Estudo biotecnológico, citogenético e molecular em espécies de orquídeas endêmicas da flora brasileira

Pós-graduação em Biociências - FCLAS

Investigação das atividades alelopática, fitotóxica e antioxidante de extratos e frações de Tridax procumbens L. (Asteraceae). e Ouratea spectabilis (mart. ex engl.) engl. (Ochnaceae)

Pós-graduação em Biociências - FCLAS

Análise temporal da dinâmica populacional de Aedes aegypti

Dengue virus is a major public health problem worldwide. Aedes (Stegomyia) aegypti is the main dengue vector. Since there is no specific treatment or effective vaccine, control measure is focused on vector control. It is believed that population density is higher in the warmer/rainy season than in cold/dry. The study aimed to genetically characterize population dynamics of Ae. aegypti during climatic variations. Collections were performed at least once in both periods over five years by oviposition traps at Botucatu city. The technique of TaqMan allelic discrimination was used for genetic analysis, in which SNPs from nine genes distributed on three chromosomes of the mosquito were genotyped. Bayesian analysis did not show variance on population structure over the five year period. The percentage of variation among samples in statistical analysis was low (Fst = 0.0028, p = 0.7634), furthermore the allele frequencies were constant. The results show that despite wide variation in the density of adults, population size does not vary. Therefore, there is variation in the prevalence of the species life stages: adults in warmer/rainy, and possibly eggs in cold/dry, resulting in different control strategies for each period. Moreover, estimation of population size should not consider only winged adults, but all other found life stages forms

Estudo das interações in vivo entre as proteínas teloméricas LaRPA-1 e LaRbp38 usando o sistema do duplo híbrido

A leishmaniose é um conjunto de doenças infecciosas causadas por parasitas do gênero Leishmania, que afligem milhões de pessoas no mundo, tendo a cada ano dois milhões de novos casos e 70 mil mortes. As drogas utilizadas no tratamento das diferentes formas clínicas da doença apresentam alta toxicidade e baixa eficácia, além de apresentarem muitos efeitos colaterais e colaborarem com o aparecimento de parasitas e vetores resistentes. Devido a estas adversidades, o desenvolvimento de novas terapias para o tratamento desta parasitose é incentivada pela Organização Mundial da Saúde (OMS) e um maior conhecimento sobre a biologia molecular destes protozoários poderá facilitar estas descobertas. Ultimamente, os telômeros, estruturas nucleoproteícas nos terminais dos cromossomos de eucariotos, têm sido alvo intenso de estudos, que visam utilizá-los como alvo terapêutico contra tumores malignos e microrganismos patogênicos. Os telômeros geralmente se apresentam como estruturas dinâmicas onde ocorrem interações entre o DNA e proteínas, resultando na formação do complexo telomérico, que é responsável pela proteção e manutenção dos cromossomos e estabilidade do genoma, caracterizando uma função imprescindível para viabilidade celular. Componentes do complexo telomérico de Leishmania amazonensis foram identificados por ensaios bioquímicos em extratos positivos para a atividade de telomerase. Entre estes componentes identificou-se as proteínas LaRPA-1 (L. amazonensis Replication Protein A-1) e a LaRbp38 (L. amazonensis RNA binding protein) as quais mostraram habilidade de interagir com o DNA telomérico in vitro e in vivo. Mais recentemente, utilizando-se ensaios de imunoprecipitação e de captura por “pull-down” foi demonstrado que estas proteínas fazem parte de um mesmo complexo nos telômeros do parasita. Este trabalho pretende confirmar estas possíveis interações entre as proteínas teloméricas LaRPA-1 e ...

Desenvolvimento de um banco de dados genético brasileiro para marcadores STR do cromossomo x

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Desenvolvimento de solução para o problema de alocação de navios em berços de terminais portuários: aplicação de algoritmos genéticos e otimização por nuvens de partículas

This work proposes two optimization algorithms for the solution of the Berth Allocation Problem (PAB). Due to the economic development of the country, it became necessary for the improvement of means of transport, which mainly shipping. For this, you need a better system management port, you will receive a lot of ships carrying cargo. In this work the PAB is approached so that the goals are to reduce costs and time handling in ports. For this, we applied two computational techniques, genetic algorithms and optimization for cloud particles, to obtain the best results for this problem. The results obtained with each type of algorithm are compared to conclude which method is more efficient for the port system

Mapeamento físico dos genes ribosomais 18S e 5S em peixes do gênero Trichomycterus (Teleostei, Trichomycteridae)

The present study aimed to cytogenetic analysis and structural and molecular level of four fish species of the genus Trichomycterus: T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus and T. cf. mimonha collected in different river basins in Brazil. Techniques were used for classical cytogenetic (Giemsa, Silver nitrate impregnation, C-banding) and molecular with the chromosomal location of genes for 18S and 5S rDNA. All individuals examined had a diploid number 54 chromosomes and karyotype consisting of types of metacentric, submetacentric and subtelocentric. The constitutive heterochromatin identified by C-banding was observed in two small blocks in the karyotype of T. diabolus and large blocks of centromeric several pairs in chromosomal karyotypes of T. iheringi, T. zonatus and T. cf. mimonha. The Silver nitrate impregnation and hybridization with 18S rDNA probe revealed the existence of only a couple carryng nucleolar organizing regions (NORs) on the species T. diabolus, T. iheringi and T. cf mimonha, and two pairs carrying 18S rDNA in T. zonatus. The 5S rDNA was observed in interstitial position 6 of the pair in T. iheringi, the synteny with the two pair in 18S rDNA of T.diabolus in pericentromeric position of and two pairs submetacentric, one being also a case of synteny with the 18S rDNA in T. zonatus and T. cf. mimonha, this rDNA was located in the pairs 3, 18 and 25, and synteny in the 18S rDNA pair 18. Although representatives of these four species Trichomycterus present diploid number and karyotypic formula preserved, three is specific about the distribuition patterns of heterochromatin and location of rDNA sequences, indicating that chromosomal differentiation events in this group of fish are acting directly on these genomic portions

Nephila clavipes e Nephila sexpunctata (Araneae, Araneomorphae, Nephilidae): cariótipo, heterocromatina constitutiva e região organizadora de nucléolo

As espécies de Nephila estão incluídas na família Nephilidae que pertence ao grupo das aranhas Entelegynae, o qual é considerado filogeneticamente derivado em relação aos outros grupos da ordem Araneae. Análises citogenéticas realizadas nas aranhas Entelegynae com técnicas de coloração convencional, têm mostrado que a maioria das espécies possui uniformidade cariotípica principalmente em relação a morfologia telo-acrocêntrica dos cromossomos e sistema cromossômico sexual (SCS) do tipo X1X20/X1X1X2X2. Além disso, estas análises têm demonstrado que algumas famílias de Entelegynae também possuem uniformidade cariotípica concernente ao número diplóide de cromossomos na maioria das suas espécies. Por outro lado, o emprego adicional de técnicas de coloração diferencial de regiões cromossômicas específicas em alguns representantes de Entelegynae têm revelado características que podem ser usadas para determinar os mecanismos envolvidos na evolução cromossômica e na diferenciação cariotípica de espécies relacionadas. Contudo, poucas espécies de Entelegynae tiveram seus cariótipos analisados com técnicas de coloração diferencial. O Brasil possui aproximadamente 4.000 espécies de Araneae descritas taxonomicamente; entretanto apenas cerca de 20 destas foram analisadas do ponto de vista citogenético. Considerando estas informações, o objetivo deste trabalho foi investigar o cariótipo de duas espécies de Nephila, Nephila clavipes e Nephila sexpunctata, com técnicas de coloração convencional e diferencial para determinar o número diplóide, a morfologia cromossômica, o tipo de SCS, e o padrão de distribuição da heterocromatina constitutiva (bandas C) e das regiões organizadoras de nucléolo (RONs) ativas, e comparar os dados obtidos com aqueles de espécies relacionadas, para estabelecer os mecanismos de evolução cromossômica...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Estudo da organização e mapeamento cromossômico do elemento transponível Rex1 em espécies do gênero Astyanax Baird & Girard, 1854 (Characiformes: Characidae) provenientes de diferentes bacias hidrográficas

O gênero Astyanax apresenta uma extensa variabilidade em suas fórmulas cariotípicas, as quais acompanham sua diversidade biológica. Estes dados fazem com que a taxonomia do gênero ainda seja confusa, devido à grande plasticidade fenotípica existente entre as populações e a ausência de caracteres morfológicos confiáveis para sua correta identificação. Por outro lado, a análise das sequências e distribuição cromossômica do retrotransposon Rex1 revelou pouca variabilidade. As diferenças encontradas com relação às sequências deste retrotransposon mostram que as variações podem estar associadas à distribuição geográfica das espécies, visto que as espécies mais distantes geograficamente revelaram maiores diferenças em sua composição nucleotídica. A distribuição cromossômica desse elemento mostrou-se conservada entre as espécies do gênero, com marcações dispersas pelos genomas dos mesmos, contribuindo com a ideia de que esses elementos podem se acumular em regiões genômicas específicas dentro de cada grupo de peixes, sendo que esta tendência é maior para peixes do mesmo grupo e menor para grupos diferentes. Deste modo, a ampla distribuição de Rex1 observada nas espécies estudadas sugere que esse elemento pode ter sido incorporado há muito tempo nos genomas desses peixes, e que vem desempenhando um papel importante na evolução do grupo. Ainda assim, devido à grande diversidade encontrada no gênero, mais estudos podem contribuir tanto para o melhor entendimento da taxonomia de Astyanax, como da dinâmica evolutiva dos retrotransposons no gênero e em outros grupos de peixes

Estudo da organização genômica e localização cromossômica do gene snRNA U1 em peixes do gênero Leporinus

Em eucariotos os íntrons de mRNAs codificantes de proteína são retirados e os éxons são mantidos junto ao transcrito primário pela maquinaria do spliceossomo. Este consiste em um grande complexo RNA-proteína que contém mais de 200 proteínas e cinco tipos de RNAs não codificantes, metabolicamente estáveis, conhecidos como snRNAs U, que incluem U1, U2, U4, U5 e U6. Os genes snRNA U estão presentes em múltiplas cópias dispersas no genoma de diversos eucariotos e parecem apresentar comportamento semelhante aqueles dos elementos móveis exibindo pouca conservação sintênica. No presente trabalho pretendia-se estudar a organização genômica e a localização cromossômica do gene snRNA U1 em espécies de peixes do gênero Leporinus, que é um grupo de peixes que se configura como um modelo interessante para estudo de DNAs repetitivos e evolução genômica em peixes. Porém, após diversas tentativas não foi possível amplificar este gene e então optou-se por estudar o gene snRNA U2. O DNA genômico de diferentes espécies de Leporinus e de Schizodon (grupo próximo evolutivamente) foi amplificado utilizando primers específicos para o gene, por meio da técnica de PCR e os produtos obtidos enviados para o sequenciamento. O tamanho encontrado para essa sequência correspondeu a aproximadamente 200 pb, valor esse já encontrado para outras espécies. As sequências foram analisadas e resultados não concisos das sequencias obtidas não permitiram análises subsequentes. A localização cromossômica do gene foi realizada por meio da técnica de hibridação in situ e as marcações foram evidenciadas em um par cromossômico submetacêntrico de tamanho médio em todas as espécies. A localização destas sequências não mostrou relação com cromossomos sexuais, presentes em algumas das espécies analisadas, mas demonstrou forte evidência de conservação do gene entre as diferentes espécies estudadas

Influência do SNP T3801C CYP1A1 sobre os níveis de danos oxidativos no DNA de células da mucosa gástrica de pacientes infectados pelo H. Pylori

Helicobacter pylori (H. pylori) is a common gastric pathogen that has infected more than 50% of the population of the world and it has been associated with chronic gastritis, gastric ulcers, duodenal ulcer, and gastric cancer. Although, almost all infected people develop gastritis, there is a variety of clinical outcomes, and only a minority (<1%) of infected individuals develop gastric cancer. There are evidences which suggest that the chronic inflammatory reaction caused by the bacterial infection may be involved in the production of reactive oxygen species or reactive nitrogen species. It may lead to DNA damage, which together with the cellular response could lead to gene mutations, chromosomal aberrations characterizing genomic instability that may represent the early step in gastric carcinogenesis. The extent and severity of gastric mucosal inflammation, as well as the clinical outcome of the infection, depend on a number of factors, including the host genetic susceptibility such SNP T3801 CYP1A1, immune response, age at which the infection was acquired, environmental factors, especially dietary and bacterial virulence factors. Due to the risk of developing gastric cancer in humans infected by H. pylori, we used the Comet Assay to investigate the influence of the SNP T3801C CYP1A1 on levels of oxidative DNA damage in gastric epithelial cells. The study was conducted with biopsies from the gastric antrum and corpus of 103 H. pylori-infected patients and 24 uninfected control patients. Genotype of SNP T3801C CYP1A1 was determined by PCR-RFLP and DNA damage levels were measured in gastric mucosal cells from antrum and corpus by the Comet assay. Levels of DNA damage in gastric mucosa cells from antrum and corpus of H. pylori-infected patients with mild, moderate, severe gastritis, and gastric cancer were significantly higher compared to uninfected normal mucosa cells. However, levels... (Complete abstract click electronic access below)

Correlação entre aneuploidia cromossômica em espermatozóides e taxa de implantação embrionária: subtitulo

Infertility is directly related to chromosomal abnormalities in germ cells. Among them, the aneuploidies are the most frequent chromosomal abnormalities and responsible for embryo implantation failures, miscarriages, fetal losses and newborns with congenital malformations, mental disability and neuropsychomotor developmental delay. Male patients with normal somatic karyotype may present different rates of aneuploidies in sperm, resulting in abnormal embryos. This study aimed to correlate the frequency of chromosomal aneuploidies in spermatozoa with embryo implantation rate in couples undergoing assisted reproductive techniques. The methodology has included chromosomal analysis by GTG banding and molecular cytogenetic study using Fluorescent In Situ Hybridization technique for evaluation of chromosomes 9, X and Y in germ cells of 22 patients referred to the Human Reproduction Service of the Clinical Hospital FMRP-USP. Embryo implantation rates were determined by hormonal evaluation in maternal peripheral blood and ultrasound confirmation. Two patients presented abnormal karyotype, characterized by polymorphism of the heterochromatic region of the long arm of chromosome 9 and a satellite in the short arm of chromosome 22. Both alterations, usually considered variants of normality, have been related to infertility phenotype and miscarriages. Significant differences were detected between couples who presented pregnancy (group 1) and couples with embryo implantation failure (group 2), with higher frequency of aneusomy and diploidy of chromosome 9, as well as total aneuploidy in sperm of group 2 patients. Our results suggest a correlation between aneuploidy and embryo implantation rates, since the infertile group with reproductive failure has showed higher frequency of aneuploidy. Screening for aneuploidies detection in male germ cells should be included in order to decrease embryo implantation failures, miscarriages and fetuses with chromosomal ...

Mapeamento citogenético de sequências histônicas e ribossomais revelam conservação e divergência cromossômica em populações de peixes da espécie Astyanax bockmanni (Teleostei, Characidae)

In the present work we performed molecular cytogenetic studies in two different populations of Astyanax bockmanni from streams of Botucatu, SP: one from Capivara river, on Tietê river basin and one from Água da Madalena river, on Paranapanema river basin. The results showed that the population of Astyanax bockmanni from Capivara river have a diploid number of 50 chromosomes, with karyotype consisting of 8 methacentric, 14 submethacentric, 12 subtelocentric and 16 acrocentric, while the individuals of the population from Água da Madalena river have 50 diploid chromosomes but with karyotype organized in 8 metacentric, 14 submetacentric, 16 subtelocentric and 12 acrocentric. Also, the rDNA 18s sequences are widely dispersed throughout the genome of two populations, with intra and interindividual variations. On the other hand, the sequences for rDNA 5S and Histone H1 remained chromosomally conserved in these two samples and sites located in pairs 2 and 19 (rDNA 5S) and the pairs 2 and 15 (Histone H1). The low dispersion of structural genes and a functional dynamic independence between sequences of rDNA 5S and rDNA 18S may be related to the process of karyotype maintenance and differentiation in these populations of Astyanax bockmanni

Estudos de elementos repetitivos presentes no genoma da espécie Schizodon borelli (Characiformes: Anostomidae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Obtenção de uma nova proteína recombinante componente do complexo telemérico LAGT1 de Leishmania Amazonensis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)