The genomic distribution of intraspecific and interspecific sequence divergence of human segmental duplications relative to human/chimpanzee chromosomal rearrangements

Background: It has been suggested that chromosomal rearrangements harbor the molecular footprint of the biological phenomena which they induce, in the form, for instance, of changes in the sequence divergence rates of linked genes. So far, all the studies of these potential associations have focused on the relationship between structural changes and the rates of evolution of single-copy DNA and have tried to exclude segmental duplications (SDs). This is paradoxical, since SDs are one of the primary forces driving the evolution of structure and function in our genomes and have been linked not only with novel genes acquiring new functions, but also with overall higher DNA sequence divergence and major chromosomal rearrangements.Results: Here we take the opposite view and focus on SDs. We analyze several of the features of SDs, including the rates of intraspecific divergence between paralogous copies of human SDs and of interspecific divergence between human SDs and chimpanzee DNA. We study how divergence measures relate to chromosomal rearrangements, while considering other factors that affect evolutionary rates in single copy DNA. Conclusion: We find that interspecific SD divergence behaves similarly to divergence of single-copy DNA. In contrast, old and recent paralogous copies of SDs do present different patterns of intraspecific divergence. Also, we show that some relatively recent SDs accumulate in regions that carry inversions in sister lineages.

Máscaras mecânicas de sombra por eletrocorrosão para dispositivos eletro-ópticos

Shadow masks are used in manufacturing processes for electro-optic devices to transfer patterns with different shapes and dimensions. For fabrication of organic based devices, shadow masks should be made of materials stable against organic solvents, high temperature, and robust, remaining unchanged after multiple cycles of use and fixation. Thus, stainless steel is suitable for shadow masks. A simple, cheap and quick method of obtaining shadow masks by electrochemical corrosion of stainless steel is reported. The shadow mask was used to evaporate cathode material to obtain an organic light emitting diode with active area of 9 mm². This device exhibited a turn-on voltage of 5 V and luminance of 14 cd/m².

DIALÉTICA, EXPERIÊNCIA E INTUIÇÃO: ENTRE HERMENÊUTICA FILOSÓFICA E FILOSOFIA BUDISTA

RESUMO Hans-Georg Gadamer retomou e elevou a atividade hermenêutica ao status de filosofia. Uma das suas idiossincrasias consiste em entrelaçar, no seu discurso, experiências de ordem ética, política, metafísica e estética. A hermenêutica filosófica pauta-se pela prática do diálogo sobre questões relativas ao pensar e à conduta humana. O presente artigo tem por meta realizar um exercício dialógico entre o projeto filosófico de Gadamer e o pensamento oriental - mais especificamente, o budismo zen da tradição da escola de Kyoto, representada pelo pensamento de Nishida Kitarō. Nossa reflexão será articulada sobre quatro momentos distintos, mas que devem ser tomados dialeticamente: inicialmente, apresentaremos um quadro geral, indicando o estado da questão da hermenêutica gadameriana relativo ao pensamento oriental; a seguir, sustentaremos as semelhanças sobre o modo de proceder de ambas, sua metodologia dialética; posteriormente, aprofundaremos a noção fundamental de experiência e as proximidades que permeiam as perspectivas de ambas as tradições; enfim, como implicação das reflexões precedentes, sustentaremos a hipótese de um saber intuitivo enquanto experiência e ação intuitivas. Ao final, apontaremos algumas conclusões instauradas a partir desse exercício dialógico para a prática filosófica.

QUALIDADE DO CARVÃO VEGETAL PARA O CONSUMO DOMÉSTICO COMERCIALIZADO NA REGIÃO SERRANA SUL DE SANTA CATARINA1

Este trabalho teve como objetivo averiguar a qualidade do carvão vegetal para consumo doméstico, comercializado na região Serrana Sul de Santa Catarina. Foram coletadas 12 marcas de carvão na região da Associação dos Municípios da Região Serrana (AMURES) e Curitibanos. Foram descritas e analisadas as características gerais das embalagens e determinadas as propriedades físicas e energéticas de cada uma das marcas. As propriedades analisadas foram: densidade relativa aparente, teor de umidade, poder calorífico, teor de carbono fixo, voláteis e cinzas. As marcas comercializadas na região são oriundas dos Estados de Santa Catarina, Rio Grande do Sul e Paraná. A acácia-negra e os eucaliptos são as espécies mais usadas para a produção de carvão. Não existe padronização das informações nas embalagens. O carvão vegetal apresentou densidade relativa aparente alta (0,403 g/cm3); teor de umidade alto (7,35%); poder calorífico superior médio de 6.449 kcal/kg, com muita variação entre as amostras; alto teor de voláteis e cinzas; e baixo teor de carbono fixo (32,85%, 1,96% e 65,17%, respectivamente). A produção e consumo do carvão vegetal no Planalto Sul catarinense são regionalizados, sem padronização das embalagens e com registro nos órgãos ambientais de fiscalização. A qualidade do carvão comercializado na região é baixa.

Tobacco experimental model to induce urinary bladder neoplasms

OBJECTIVE: to develop an experimental model of exposure to tobacco burning (cigarette) products to assess the effects of its chronic use in relation to cancers of the bladder. METHODS: the animals were chronically exposed to the burning tobacco products in a semi-open chamber to simulate smoking. Thirty young Wistar rats were divided into two groups: one with 20 animals simulating smoking for six months, and ten not exposed control animals for the same period. After exposure by inhalation of cigarette smoke, animals were euthanized and subjected to histopathological study of the bladder wall. RESULTS: no tumor was found but mild and non significant alterations. The studies of hemo-oximetry (carboxyhemoglobin and methemoglobin) and the concentration of carbon dioxide (CO2) confirm that the animals were exposed to high concentrations of tobacco smoke and its derivatives. CONCLUSION: no bladder mucosal neoplasia was found in the pathological study of animals. The developed experimental models were highly efficient, practical and easy to use and can be used in other similar studies to determine the harmful effects caused by smoking.

Amenorréia e anormalidades do cromossomo X

OBJETIVO: correlacionar as manifestações clínicas de pacientes com amenorréia e anormalidades do cromossomo X. MÉTODOS: realizou-se uma análise retrospectiva dos achados clínicos e laboratoriais das pacientes com amenorréia e anormalidades do cromossomo X, atendidas entre janeiro de 1975 e novembro de 2007. Suas medidas antropométricas foram avaliadas através de tabelas de crescimento padrão, sendo que, quando presentes, dismorfias menores e maiores foram anotadas. O estudo dos cromossomos foi realizado através do cariótipo com bandamento GTG. RESULTADOS: do total de 141 pacientes com amenorréia, 16% apresentavam anormalidades numéricas e 13% estruturais do cromossomo X. Destas pacientes com anormalidade do X (n=41), 35 possuíam descrição clínica completa. Todas elas apresentavam hipogonadismo hipergonadotrófico. Amenorréia primária foi observada em 24 pacientes, das quais 91,7% com fenótipo de síndrome de Turner. Com exceção de um caso com deleção Xq22-q28, todas as demais pacientes com este fenótipo apresentavam alterações envolvendo Xp (uma com uma linhagem 46,XY associada). Os dois casos restantes com apenas amenorréia primária possuíam deleções proximais de Xq. Entre as 11 pacientes com amenorréia secundária, 54,5% apresentavam fenótipo de Turner (todas com monossomia do X isolada ou em mosaico). Entre aquelas com fenótipo de falência ovariana isolada observaram-se somente deleções Xq e trissomia do X. CONCLUSÕES: a análise cromossômica deve sempre ser realizada em mulheres com falência ovariana de causa não conhecida, mesmo na ausência de achados dismórficos. Esta também é de extrema importância em pacientes sindrômicas, pois, além de confirmar o diagnóstico, é capaz de identificar pacientes em risco, como nos casos com uma linhagem 46,XY.

Amenorréia primária e cariótipo XY: identificando pacientes em risco

OBJETIVO: verificar a prevalência e as características clínicas de pacientes com amenorréia primária e cariótipo XY avaliadas em nosso Serviço com o intuito de identificar achados que possam auxiliar em seu reconhecimento. MÉTODOS: no período de Janeiro de 1975 a Novembro de 2007, foram avaliadas 104 pacientes com amenorréia primária. Para todos os casos foi realizada a análise pelo cariótipo por bandas GTG. Destas, 21 (20,2%) apresentavam uma constituição 46,XY. Contudo, duas foram excluídas do estudo por terem prontuários incompletos. Das 19 pacientes que compuseram a amostra, a maior parte veio encaminhada pela ginecologia (63,2%). Suas idades variaram entre 16 e 41 anos (média de 22,1 anos). Realizou-se uma coleta de dados sobre sua história familiar e pregressa, exame físico e resultados de exames complementares. Para determinação dos seus diagnósticos levaram-se em consideração essas informações. RESULTADOS: a síndrome de resistência aos androgênios foi o diagnóstico predominante (n=12; 63,2%). Cinco pacientes (26,3%) apresentavam disgenesia gonadal pura XY (DGP XY), uma (5,3%) deficiência de 17-alfa hidroxilase e uma (5,3%) deficiência de 5-alfa redutase. Achados clínicos freqüentemente observados nessas pacientes incluíram desenvolvimento anormal dos caracteres sexuais secundários (n=19), agenesia uterina com vagina em fundo de saco (n=14), história familiar de amenorréia (n=8) e gônadas palpáveis no canal inguinal (n=5). Duas delas apresentavam história de hérnia inguinal. Hipertensão arterial sistêmica foi diagnosticada somente na paciente com deficiência de 17-alfa hidroxilase, e malignização gonadal, naquela com DGP XY. CONCLUSÕES: a freqüência de pacientes com cariótipo XY (20%) foi superior à usualmente descrita na literatura (3 a 11%). Acreditamos que isso tenha relação com a forma de encaminhamento das pacientes ao Serviço. Certos achados da história clínica e do exame físico deveriam ser rotineiramente avaliados em indivíduos com amenorréia primária. Dessa forma, haveria um reconhecimento mais precoce das pacientes 46,XY e, conseqüentemente, um adequado manejo clínico das mesmas.

Anormalidades cromossômicas em casais com história de aborto recorrente

OBJETIVO: verificar a prevalência e as características clínicas de casais com história de abortos de repetição e anormalidade cromossômica atendidos em nosso serviço. MÉTODOS: foram avaliados retrospectivamente todos os casais encaminhados de janeiro de 1975 a junho de 2008 por história de abortos de repetição. Foram incluídos no estudo somente aqueles casais, em que a análise cromossômica feita com o cariótipo por bandas GTG foi realizada com sucesso. Foram coletados dados clínicos referentes às suas idades, bem como o número de abortamentos, natimortos, crianças polimalformadas, nativivos por casal e resultado do exame de cariótipo. Para comparação da frequência das alterações cromossômicas encontradas em nosso estudo com as da literatura, bem como entre os diferentes subgrupos de nossa amostra, foi utilizado o teste exato de Fisher (p<0,05). RESULTADOS: a amostra foi composta de 108 casais. As idades variaram de 21 a 58 anos entre os homens (média de 31,4 anos) e de 19 a 43 anos entre as mulheres (média de 29,9 anos). O número de abortos oscilou de dois a nove (média de 3,2). Alterações cromossômicas foram observadas em um dos parceiros em dez casais (9,3%) e corresponderam, respectivamente, a três casos (30%) de translocação recíproca [dois de t(5;6) e um de t(2;13)], dois (20%) de translocação Robertsoniana [um de der(13;14) e um de der(13;15)], cinco (50%) de mosaicismo (mos) [dois casos de mos 45,X/46,XX, um de mos 46,XX/47,XXX, um de mos 46,XY/47,XXY e um de mos 46,XY/47,XYY] e um (10%) de inversão cromossômica [inv(10)]. Em um dos casais, a parceira apresentava duas alterações concomitantes: t(2;13) e der(13;14). Anormalidades cromossômicas foram verificadas em 5% dos casais com história de dois abortamentos, em 10,3% com três abortos e 14,3% com quatro ou mais abortos. CONCLUSÕES: a frequência de anormalidades cromossômicas verificada neste estudo (9,3%) foi similar à da maior parte dos trabalhos realizados nos últimos 20 anos, a qual variou de 4,8 a 10,8%. Contudo, nos chamou a atenção o alto percentual de pacientes com mosaicismo. Acreditamos que este achado possa estar associado ao maior número de metáfases rotineiramente analisadas no presente serviço.

Medborgare, brukare av välfärd eller klient? : en jämförande studie om brukarens inflytande mellan en kommun, ett assistansbolag och ett brukarkooperativ som utför personlig assistans

The focus of this licentiate dissertation is to produce a better understanding of how we may give citi-zen as users a stronger influence over their welfare services and in the long run help to democratize the welfare state. The aim of this project is to analyze what kind of influence a user with a functional dis-order may have in different organizational contexts over his or her personal assistance. This study focuses on the influence a user may have over his or her welfare service, personal assis-tance. A municipality, an assistance firm and a user cooperative are compared with the thesis that the organization that surrounds the users shapes the possibilities the user have to influence his or her per-sonal assistance. The major thesis is thus: Participatory democracy as a model or approach may function differently when the services are delivered in a different way by different organizations – varying organizational forms. There are questions that try to answer if there are outspoken social goals within each organization. Questions regarding influence of the user when she or he is choosing the assistance provider and the users possibility to influence and his or her power to decide who and when anyone works as an assis-tant are asked. The results indicate that there are different sets of internal logic within the organizations that affect their goals and level of user influence. Within the user cooperative the user is considered a citizen and as a user expected to handle the role as work leader for his or her personal assistants. However the user is also a citizen and is expected within the usercooperative to act as a member and citizen to have po-litical influence. The usercooperative aims at influencing the political policy process regarding ques-tions concerning the rights of persons with disabilities. This gives the user a part in collective action as a member of the usercooperative. The other producers of personal assistance, the municipality and the assistance firm gives in this study a similar result as they give the user of personal assistance quite similar models for user influence within the respective organization. Within these organizations the user have chosen to let the organiza-tions handle the role of work leader in the written agreements with the producer and thereby the influ-ence they may have in practice is not so much a case of self-determination as a case of co-influence. The user can be seen as a user within a municipality, a client or consumer within the assistance firm and a citizen within the usercooperative. The results indicate the need for future research where co-production, institutional logic and development of democratic theory through democratic innovations are central aspects of future research.

Expression of dorsal-ventral genes during early development of Rhynchosciara americana embryos

The establishment of dorsal-ventral polarity in Drosophila is a complex process which involves the action of maternal and zygotically expressed genes. Interspecific differences in the expression pattern of some of these genes have been described in other species. Here we present the expression of dorsal-ventral genes during early embryogenesis in the lower dipteran Rhynchosciara americana. The expression of four genes, the ventralizing genes snail (sna) and twist (twi) and the dorsalizing genes decapentaplegic (dpp) and zerknüllt (zen), was investigated by whole-mount in situ hybridization. Sense and antisense mRNA were transcribed in vitro using UTP-digoxigenin and hybridized at 55°C with dechorionated fixed embryos. Staining was obtained with anti-digoxigenin alkaline phosphatase-conjugated antibody revealed with NBT-BCIP solution. The results showed that, in general, the spatial-temporal expression of R. americana dorsal-ventral genes is similar to that observed in Drosophila, where twi and sna are restricted to the ventral region, while dpp and zen are expressed in the dorsal side. The differences encountered were subtle and probably represent a particular aspect of dorsal-ventral axis determination in R. americana. In this lower dipteran sna is expressed slightly later than twi and dpp expression is expanded over the lateral ectoderm during cellular blastoderm stage. These data suggest that the establishment of dorsal-ventral polarity in R. americana embryos follows a program similar to that observed in Drosophila melanogaster.

The neurobiology of meditation for the control of pain

La douleur est une expérience multidimensionnelle comportant des aspects sensoriels, émotionnels et cognitifs. Il a été montré que cette expérience peut être modulée par des facteurs psychologiques ou des interventions cognitives comme l’attention, la distraction, l’hypnose ou les attentes. La tradition orientale suggère également que la pratique de la méditation pourrait avoir des effets analgésiques. D’un point de vue théorique, plusieurs mécanismes pourraient expliquer ces effets. Cependant, très peu d’études ont testé ces hypothèses. Les études présentées dans cette thèse avaient donc pour objectif d’examiner les mécanismes analgésiques de la méditation. Dans un premier temps, une étude psychophysique a été réalisée afin de comparer les réponses à la douleur entre des adeptes de la méditation Zen et des sujets contrôles, dans différentes conditions attentionnelles. Durant la condition attentionnelle de type « mindful », les adeptes de la méditation ont présenté une plus faible sensibilité à la douleur, des réponses attentionnelles à la douleur atypiques et une diminution de la perception de la douleur associée à l’entraînement à la méditation. Une deuxième étude a été réalisée en imagerie par résonance magnétique fonctionnelle (IRMf) avec des groupes de participants similaires. Dans une condition sans méditation, les adeptes de la méditation ont présenté de plus fortes réponses nociceptives dans les régions primaires de la douleur. Les régions cérébrales associées aux processus d’évaluation, à la mémoire et aux émotions ont quant à elles montré une diminution d’activité. De plus, cette diminution était plus importante chez les adeptes de la méditation les plus expérimentés et elle était associée à des évaluations de douleur plus faibles. Par ailleurs, des changements de connectivité fonctionnelle entre le cortex préfrontal et une région primaires de la douleur étaient associés à la sensibilité à la douleur chez les adeptes de la méditation. Finalement, une étude d’imagerie cérébrale structurale (publiée comme deux études séparées) a été réalisée pour examiner les différences d’épaisseur corticale entre les groupes, pour des régions associées à la douleur. Les adeptes de la méditation ont présenté une épaisseur plus importante de matière grise dans plusieurs régions associées à la douleur et l’attention. De plus, ces différences étaient associées à une mesure expérientielle de l’attention, à la sensibilité à la douleur et à l’expérience de méditation. Dans l’ensemble, ces résultats suggèrent que la méditation pourrait influencer la perception de la douleur par des changements fonctionnels et physiques dans le cerveau. De plus, le patron d’activation et la modulation de l’expérience paraissent uniques en comparaison à ceux d’autres interventions, ce qui suggère qu’un état de détachement et un focus mental favorisent la dissociation entre les aspects désagréables et sensoriels d’un stimulus nociceptif.

Etude spectroscopique d’un plasma micro-onde à la pression atmosphérique et son application à la synthèse de nanostructures

L’objectif de ce mémoire de maîtrise est de caractériser la distribution axiale des plasmas tubulaires à la pression atmosphérique créés et entretenus par une onde électromagnétique de surface ainsi que d’explorer le potentiel de ces sources pour la synthèse de matériaux et de nanomatériaux. Un précédent travail de thèse, qui avait pour objectif de déterminer les mécanismes à l’origine de la contraction radiale du plasma créé dans des gaz rares, a mis en lumière un phénomène jusque-là inconnu dans les plasmas d’onde de surface (POS). En effet, la distribution axiale varie différemment selon la puissance incidente ce qui constitue une différence majeure par rapport aux plasmas à pression réduite. Dans ce contexte, nous avons réalisé une étude paramétrique des POS à la pression atmosphérique dans l’Ar. À partir de nos mesures de densité électronique, de température d’excitation et de densité d’atomes d’Ar dans un niveau métastable (Ar 3P2), résolues axialement, nous avons conclu que le comportement axial de l’intensité lumineuse avec la puissance n’est pas lié à un changement de la cinétique de la décharge (qui est dépendante de la température des électrons et de la densité d’atomes d’Ar métastables), mais plutôt à une distribution anormale de dissipation de puissance dans le plasma (reliée à la densité d’électrons). Plus précisément, nos résultats suggèrent que ce dépôt anormal de puissance provient d’une réflexion de l’onde dans le fort gradient de densité de charges en fin de colonne, un effet plus marqué pour de faibles longueurs de colonnes à plasma. Ensuite, nous avons effectué une étude spectroscopique du plasma en présence de précurseurs organiques, en particulier le HMDSO pour la synthèse de matériaux organosiliciés et l’IPT pour la synthèse de matériaux organotitaniques. Les POS à la PA sont caractérisés par des densités de charges très élevées (>10^13 cm^-3), permettant ainsi d’atteindre des degrés de dissociation des précurseurs nettement plus élevés que ceux d'autres plasmas froids à la pression atmosphérique comme les décharges à barrière diélectrique. Dans de tels cas, les matériaux synthétisés prennent la forme de nanopoudres organiques de taille inférieure à 100 nm. En présence de faibles quantités d’oxygène dans le plasma, nous obtenons plutôt des nanopoudres à base d’oxyde de silicium (HMDSO) ou à base de titanate de silicium (IPT), avec très peu de carbone.