Weak phenotypic reversion of ivermectin resistance in a field resistant isolate of Haemonchus contortus by verapamil

Recent advances in anthelmintic resistant phenotype reversion by Pgp modulating drugs in ruminant nematodes indicate that this can be a useful tool to helminth control. The aim of the present study was to evaluate the efficacy of ivermectin (IVM) in combination with verapamil (VRP), in oil or water-based vehicle, against an IVM-resistant field isolate of Haemonchus contortus through a larval migration assay and experimental infection trial. In the in vitro assay was observed a phenotypic reversion of H. contortus resistance to ivermectin at a high concentration of VRP, increasing IVM efficacy from 53.1% to 94.3. In the in vivo trial, IVM + VRP demonstrated 36.02% efficacy compared to the 7.75% of IVM alone. The vehicle formulation showed no influence in efficacy. These are the first results demonstrating the effect of VRP as a partial IVM-resistance phenotype reverser in a field isolate of IVM-resistant H. contortus experimentally inoculated in sheep.

Comprehensive digital preservation repositories: gaps, and what do we mean by “repository” anyway?

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Idioms and L2 Learners. The Effect of L1, Transparency and Frequency on Idiom Comprehension by Finnish and Italian Learners of English

Tämän sivuaineen tutkielman tarkoituksena on selvittää, miten suomalaiset ja italialaiset englannin kielen opiskelijat tunnistavat englanninkielisten idiomien merkityksiä. Erityisesti opiskelijoiden oman äidinkielen vaikutusta idiomien ymmärtämiseen tutkitaan, kuin myös idiomien eri ominaisuuksien vaikutusta. Lisäksi tutkitaan, miten opiskelijat itse ajattelevat osaavansa käyttää idiomeja, ja pitävätkö he idiomien oppimista tärkeänä. Tutkielmaan osallistui 35 suomalaista englannin kielen yliopisto-opiskelijaa ja 34 italialaista englannin kielen yliopisto-opiskelijaa. Tutkimusaineisto kerättiin monivalintakyselyn avulla. Idiomit valittiin Collins Cobuild Dictionary of Idioms (2001) -sanakirjasta. Kysely sisälsi 36 idiomia, jotka valittiin kolmesta eri frekvenssiluokasta. Jokaisesta frekvenssiluokasta valittiin neljä idiomia, joille oli vastine sekä suomen että italian kielessä, neljä idiomia, joille oli vastine vain suomen kielessä ja neljä idiomia, joille oli vastine vain italian kielessä. Kullekin idiomille oli annettu neljä merkitysvaihtoehtoa, ja näistä yksi tai kaksi oli sanakirjojen mukaisia oikeita vastauksia. Tutkimuksen tulokset näyttävät osoittavan, että sekä suomalaisilla että italialaisilla oli vaikeuksia idiomien merkitysten tunnistamisessa. Kuitenkin myös suomalaisten ja italiaisten välillä oli tilastollisesti merkittävä ero. Suomalaiset osasivat idiomit huomattavasti paremmin kuin italialaiset. Koehenkilöt ymmärsivät merkittävästi helpommin idiomit joille oli vastine heidän omassa äidinkielessään kuin idiomit joille ei ollut vastinetta. Lisäksi vastaajat näyttivät hyötyvän myös idiomien kuvainnollisen ja kirjaimellisen merkityksen läheisyydestä eli läpinäkyvyydestä. Idiomien frekvenssi sen sijaan ei näyttänyt vaikuttavan niiden ymmärtämiseen. Suomalaisten ja italialaisten englannin opiskelijoiden mukaan idiomien opiskelu on hyödyllistä ja tarpeellista. Tulokset osoittavat, että idiomien ymmärtäminen on haastavaa jopa edistyneille oppijoille. Omalla äidinkielellä näyttää olevan suuri vaikutus idiomien ymmärtämiseen, ja nimenomaan samankaltaisuudesta on hyötyä. Äidinkielen merkitykseen vieraiden kielten oppimisessa ja sanaston oppimisessa täytyisi kiinnittää enemmän huomiota, ja idiomeja sekä muuta kuvainnollista kieltä täytyisi opettaa myös edistyneemmille oppijoille.

Simulation of the Interaction Mean Free Path between Neutrons and TRISO Particles

The interaction mean free path between neutrons and TRISO particles is simulated using scripts written in MATLAB to solve the increasing error present with an increase in the packing factor in the reactor physics code Serpent. Their movement is tracked both in an unbounded and in a bounded space. Their track is calculated, depending on the program, linearly directly using the position vectors of the neutrons and the surface equations of all the fuel particles; by dividing the space in multiple subspaces, each of which contain a fraction of the total number of particles, and choosing the particles from those subspaces through which the neutron passes through; or by choosing the particles that lie within an infinite cylinder formed on the movement axis of the neutron. The estimate from the current analytical model, based on an exponential distribution, for the mean free path, utilized by Serpent, is used as a reference result. The results from the implicit model in Serpent imply a too long mean free path with high packing factors. The received results support this observation by producing, with a packing factor of 17 %, approximately 2.46 % shorter mean free path compared to the reference model. This is supported by the packing factor experienced by the neutron, the simulation of which resulted in a 17.29 % packing factor. It was also observed that the neutrons leaving from the surfaces of the fuel particles, in contrast to those starting inside the moderator, do not follow the exponential distribution. The current model, as it is, is thus not valid in the determination of the free path lengths of the neutrons.

Bone mineral density of the lumbar spine of Brazilian children and adolescents aged 6 to 14 years

The authors performed a study of bone mass in eutrophic Brazilian children and adolescents using dual-energy X-ray absorptiometry (DXA) in order to obtain curves for bone mineral content (BMC) and bone mineral density (BMD) by chronological age and correlate these values with weight and height. Healthy Caucasian children and adolescents, 120 boys and 135 girls, 6 to 14 years of age, residents of São Paulo, Brazil, were selected from the Pediatric Department outpatient clinic of Hospital São Paulo (Universidade Federal de São Paulo). BMC, BMD and the area of the vertebral body of the L2-L4 segment were obtained by DXA. BMC and BMD for the lumbar spine (L2-L4) presented a progressive increase between 6 and 14 years of age in both sexes, with a distribution that fitted an exponential curve. We identified an increase of mineral content in female patients older than 11 years which was maintained until 13 years of age, when a new decrease in the velocity of bone mineralization occurred. Male patients presented a period of accelerated bone mass gain after 11 years of age that was maintained until 14 years of age. At 14 years of age the mean BMD values for boys and girls were 0.984 and 1.017 g/cm², respectively. A stepwise multiple regression analysis of paired variables showed that the "vertebral area-age" pair was the most significant in the determination of BMD values and the introduction of a third variable (weight or height) did not significantly increase the correlation coefficient.

Bone mineral density in juvenile systemic lupus erythematosus

We evaluated spine bone mineral density (BMD) in Brazilian children with juvenile systemic lupus erythematosus (JSLE) in order to detect potential predictors of reduction in bone mass. A cross-sectional study of BMD at the lumbar spine level (L2-L4) was conducted on 16 female JSLE patients aged 6-17 years. Thirty-two age-matched healthy girls were used as control. BMD at the lumbar spine was measured by dual-energy X-ray absorptiometry. Weight, height and pubertal Tanner stage were determined in patients and controls. Disease duration, mean daily steroid doses, mean cumulative steroid doses and JSLE activity measured by the systemic lupus erythematosus disease activity index (SLEDAI) were determined for all JSLE patients based on their medical charts. All parameters were used as potential determinant factors for bone loss. Lumbar BMD tended to be lower in the JSLE patients, however, this difference was not statistically significant (P = 0.10). No significant correlation was observed in JSLE girls between BMD and age, height, Tanner stage, disease duration, corticosteroid use or disease activity. We found a weak correlation between BMD and weight (r = 0.672). In the JSLE group we found no significant parameters to correlate with reduced bone mass. Disease activity and mean cumulative steroid doses were not related to BMD values. We did not observe reduced bone mass in female JSLE.

Bone mineral density of Brazilian girls with juvenile dermatomyositis

We measured bone mineral density (BMD) in girls with juvenile dermatomyositis (JDM) considering multiple factors in order to determine if it could be used as a predictor of reduction in bone mass. A cross-sectional study of lumbar spine BMD (L2-L4) was conducted on 10 girls aged 7-16 years with JDM. A group of 20 age-matched healthy girls was used as control. Lumbar spine BMD was measured by dual-energy X-ray absorptiometry. Weight, height and pubertal Tanner stage were determined in all patients and controls. Duration of disease and mean daily and cumulative steroid doses were calculated for all patients on the basis of their medical charts. JDM activity was determined on the basis of the presence of muscle weakness, cutaneous vasculitis and/or elevation of serum concentration of one or more skeletal muscle enzymes. Seven patients demonstrated osteopenia or osteoporosis. Lumbar BMD was significantly lower in the JDM patients than the age-matched healthy control girls (0.712 vs 0.878, respectively; Student t-test, P = 0.041). No significant correlation between BMD and age, height, Tanner stage, disease duration, corticosteroid use, or disease activity was observed in JDM girls, but a correlation was observed between BMD and weight (Pearson's correlation coefficient, r = 0.802). Patients with JDM may be at risk for a significant reduction in BMD that might contribute to further skeletal fragility. Our results suggest that reduced bone mass in JDM may be related to other intrinsic mechanisms in addition to steroid treatment and some aspects of the disease itself may contribute to this condition.

Lack of relationship between glycemic control and bone mineral density in type 2 diabetes mellitus

We assessed the effect of chronic hyperglycemia on bone mineral density (BMD) and bone remodeling in patients with type 2 diabetes mellitus. We investigated 42 patients with type 2 diabetes under stable control for at least 1 year, 22 of them with good metabolic control (GMC: mean age = 48.8 ± 1.5 years, 11 females) and 20 with poor metabolic control (PMC: mean age = 50.2 ± 1.2 years, 8 females), and 24 normal control individuals (CG: mean age = 46.5 ± 1.1 years, 14 females). We determined BMD in the femoral neck and at the L2-L4 level (DEXA) and serum levels of glucose, total glycated hemoglobin (HbA1), total and ionic calcium, phosphorus, alkaline phosphatase, follicle-stimulating hormone, intact parathyroid hormone (iPTH), 25-hydroxyvitamin D (25-OH-D), insulin-like growth factor I (IGFI), osteocalcin, procollagen type I C propeptide, as well as urinary levels of deoxypyridinoline and creatinine. HbA1 levels were significantly higher in PMC patients (12.5 ± 0.6 vs 7.45 ± 0.2% for GMC and 6.3 ± 0.9% for CG; P < 0.05). There was no difference in 25-OH-D, iPTH or IGFI levels between the three groups. BMD values at L2-L4 (CG = 1.068 ± 0.02 vs GMC = 1.170 ± 0.03 vs PMC = 1.084 ± 0.02 g/cm²) and in the femoral neck (CG = 0.898 ± 0.03 vs GMC = 0.929 ± 0.03 vs PMC = 0.914 ± 0.03 g/cm²) were similar for all groups. PMC presented significantly lower osteocalcin levels than the other two groups, whereas no significant difference in urinary deoxypyridine was observed between groups. The present results demonstrate that hyperglycemia is not associated with increased bone resorption in type 2 diabetes mellitus and that BMD is not altered in type 2 diabetes mellitus.

Altered mean platelet volume in patients with polymyositis and its association with disease severity

Polymyositis (PM) is an autoimmune disease characterized by chronic inflammation in skeletal muscle. Mean platelet volume (MPV), a marker in the assessment of systemic inflammation, is easily measured by automatic blood count equipment. However, to our knowledge, there are no data in the literature with respect to MPV levels in PM patients. Therefore, in this study we aimed to investigate MPV levels in patients with PM. This study included 92 newly diagnosed PM patients and 100 healthy individuals. MPV levels were found to be significantly lower compared with healthy controls (10.3±1.23 vs 11.5±0.74 fL, P<0.001). Interestingly, MPV was found to be positively correlated with manual muscle test (MMT) score and negatively correlated with erythrocyte sedimentation rate (ESR) in patients with PM (r=0.239, P=0.022; r=−0.268, P=0.010, respectively). In addition, MPV was significantly lower in active PM patients compared with inactive PM patients (9.9±1.39 vs 10.6±0.92 fL, P=0.010). MPV was independently associated with PM in multivariate regression analyses, when controlling for hemoglobin and ESR (OR=0.312, P=0.031, 95%CI=0.108 to 0.899). The ROC curve analysis for MPV in estimating PM patients resulted in an area under the curve of 0.800, with sensitivity of 75.0% and specificity of 67.4%. Our results suggest that MPV is inversely correlated with disease activity in patients with PM. MPV might be a useful tool for rapid assessment of disease severity in PM patients.

Syntaktisk komplexitet och korrekthet – en studie av syntaktiskt komplexa strukturer i finska gymnasisters skrivna L2 svenska

Tämän tutkielman tarkoituksena on tutkia syntaktista kompleksisuutta ja kompleksisten rakenteiden oikeellisuutta sekä näiden aspektien suhdetta suomenkielisten lukiolaisten kirjoitetussa oppijankielessä sekä ryhmä- että yksilötasolla. Lisäksi tarkoituksena on tutkia, miten syntaktinen kompleksisuus, oikeellisuus ja näiden välinen suhde kehittyy Eurooppalaiseen viitekehykseen perustuvien taitotasojen välillä ja yksilötasolla. Oppijankielen rakennetta lähestytään CAF-teorian (kompleksisuus, tarkkuus ja sujuvuus) näkökulmasta. CAF-hypoteesien mukaan oppijankieli kehittyy sekä kompleksisuuden että oikeellisuuden osalta oppijankielen yleisen taitotason kehittyessä. Kompleksisuuden ja oikeellisuuden välistä suhdetta tarkastellaan sekä Trade-Off-teorian (Skehan 1998) että kognitioteorian (Robinson 2001) avulla. Teoreettiseen viitekehykseen kuuluvat myös Dynamic Systems -teoria (esim. Larsen-Freeman 2006) ja prosessoitavuusteoria (Pienemann 1998). Näitä hypoteeseja ja teorioita tarkastellaan sekä kvantitatiivisesti että kvalitatiivisesti. Kvalitatiiviseen analyysiin sisältyy tapaustutkimus, jossa kuuden koehenkilön tekstejä tarkastellaan oppijatyyppikategorisoinnin avulla (Norrby & Håkansson 2007). Aiemman tutkimuksen pohjalta (Wolfe-Quintero, Inagaki & Kim 1998, Bergman & Abrahamsson 2004) valittiin seuraavat mittarityypit kompleksisuudelle: tuotosyksiköiden keskimääräinen pituus, suhdelukuihin perustuva kompleksisuus ja ns. topikalisoitujen rakenteiden määrä. Oikeellisuutta mitataan virheettömien lauseiden, sivulauseiden ja topikalisoitujen rakenteiden avulla. Tutkimuksessa tutkitaan 46 lukiolaisen kolmella materiaalinkeräyskierroksella kirjoittamia mielipidetekstejä. Analysoitavien tekstien kokonaismäärä on täten 138. Käytetty materiaali on osa Topling-projektia, jonka yhteydessä tekstit on arvioitu Eurooppalaisen viitekehyksen taitotasojen mukaan. Tässä tutkielmassa analysoitavat tekstit sijoittuvat taitotasoille A1, A2 ja B1. Kvantitatiivinen analyysi osoitti merkittävän yhteyden taitotason ja kompleksisuuden välille. Myös vertailu kolmen aineistonkeruukierroksen välillä osoitti tilastollisesti merkitsevää kehitystä lähes kaikkien kompleksisuusmittareiden osalta. Oikeellisuusaspektin tilastollinen analyysi puolestaan osoitti, ettei taitotaso korreloi oikeellisuuden kanssa. Ainoan tilastollisesti merkitsevän eron aineistonkeruukierrosten välille näyttää mittari EFC/C, mutta ero on negatiivinen. Toisin sanoen virheettömien lauseiden osuus väheni kierrosten välillä. Nämä havainnot kompleksisuudesta ja oikeellisuudesta viittaavat trade-off-vaikutukseen aspektien välillä. Tilastollinen analyysi ei kuitenkaan osoittanut, että aspektien välillä olisi lineaarista suhdetta. Kvalitatiivinen analyysi osoitti, että koehenkilöiden tapa käsitellä informaatiota teksteissään vaikuttaa kompleksisuuden ja oikeellisuuden väliseen suhteeseen, ja että tämä suhde on luonteeltaan dynaaminen. Tutkielman keskeisimmät tulokset osoittavat, että kompleksisuuden ja oikeellisuuden välinen suhde vaihtelee sekä koehenkilöiden että koehenkilön eri tekstien välillä. Lisäksi tulokset osoittavat, että komponenttien välinen suhde voi olla luonteeltaan sekä kilpailevaa (Trade-Off-teoria) että tasapuolista (kognitioteoria).

English L2 Learners’ Speech – And How the Spoken Language Course Affects Its Lexical Richness

Tässä sivuaineen tutkielmassa tarkasteltiin englannin kielen sanaston kehitystä lukion vieraan kielen syventävän suullisen kurssin aikana. Tutkimuksessa selvitettiin, miten oppilaiden sanastollinen rikkaus muuttuu puhutussa kielessä. Sanastollista rikkautta analysoitiin sanastollisen variaation ja sanastollisen tiheyden mittareilla. Työssä hyödynnettiin pitkittäistutkimusasetelmaa eli verrattiin yhden oppilasryhmän puhetta sekä ennen lukion englannin kielen suullista kurssia että sen jälkeen. Osanottajia oli yhteensä yhdeksän, jotka kaikki olivat lukion toisella vuosikurssilla. Osallistujien tekemät suulliset testit olivat osa Turun yliopiston keräämää tutkimuskäyttöön tarkoitettua materiaalia. Äänitteistä tehdyt transkriptiot muokattiin tätä tutkimusta varten sopiviksi, jonka jälkeen niistä mitattiin sanastollista rikkautta erilaisilla mittareilla. Aineistoa tutkittiin määrällisin menetelmin. Tulokset osoittavat, että keskimääräisesti sekä puheen sanastollinen variaatio että sanastollinen tiheys kehittyivät kurssin aikana hiukan. Toisin sanoen oppilaat käyttivät kurssin jälkeen tehdyssä testissä aavistuksen verran monipuolisempaa sanastoa, ja sisältösanojen osuus kieliopillisiin sanoihin nähden oli hieman suurempi kuin ennen kurssia. Kurssin aikana oppilaiden aktiivisessa sanavarastossa tapahtunut kehitys ei kuitenkaan ollut tilastollisesti merkitsevää. Lisäksi tutkimus osoitti, että osallistujien väliset erot olivat suuria, mutta erot tasoittuivat jonkin verran kurssin jälkeen. Tutkimustulosten perusteella voidaan olettaa englannin kielen suullisen kurssin sekä lisänneen oppilaiden sanastollista rikkautta että tasoittaneen yksilöllisiä eroja, yhdessä monien muiden mahdollisten tekijöiden kanssa. Tutkimusotoksen pienuuden vuoksi tuloksia ei kuitenkaan voida yleistää. Jatkossa olisi mielenkiintoista laajentaa tutkimusnäkökulmaa koskemaan muitakin sanastollisen rikkauden osa-alueita kuten sanastollista sofistikaatiota. Olisi myös mielenkiintoista sisällyttää tutkimukseen oppilaiden passsiivisen sanavaraston mittaaminen ja mahdollisesti tutkia englannin kielen suullisen kurssin vaikutuksia oppilaiden suullisen kielitaidon kehittymiseen laajemminkin kuin vain sanavaraston osalta.

A treatment of atomic mean square displacement in higher order perturbation theory

A general derivation of the anharmonic coefficients for a periodic lattice invoking the special case of the central force interaction is presented. All of the contributions to mean square displacement (MSD) to order 14 perturbation theory are enumerated. A direct correspondance is found between the high temperature limit MSD and high temperature limit free energy contributions up to and including 0(14). This correspondance follows from the detailed derivation of some of the contributions to MSD. Numerical results are obtained for all the MSD contributions to 0(14) using the Lennard-Jones potential for the lattice constants and temperatures for which the Monte Carlo results were calculated by Heiser, Shukla and Cowley. The Peierls approximation is also employed in order to simplify the numerical evaluation of the MSD contributions. The numerical results indicate the convergence of the perturbation expansion up to 75% of the melting temperature of the solid (TM) for the exact calculation; however, a better agreement with the Monte Carlo results is not obtained when the total of all 14 contributions is added to the 12 perturbation theory results. Using Peierls approximation the expansion converges up to 45% of TM• The MSD contributions arising in the Green's function method of Shukla and Hubschle are derived and enumerated up to and including 0(18). The total MSD from these selected contributions is in excellent agreement with their results at all temperatures. Theoretical values of the recoilless fraction for krypton are calculated from the MSD contributions for both the Lennard-Jones and Aziz potentials. The agreement with experimental values is quite good.

Molecular dynamics calculation of mean square displacement in alkali metals and rare gas solids and comparison with lattice dynamics

Molec ul ar dynamics calculations of the mean sq ua re displacement have been carried out for the alkali metals Na, K and Cs and for an fcc nearest neighbour Lennard-Jones model applicable to rare gas solids. The computations for the alkalis were done for several temperatures for temperature vol ume a swell as for the the ze r 0 pressure ze ro zero pressure volume corresponding to each temperature. In the fcc case, results were obtained for a wide range of both the temperature and density. Lattice dynamics calculations of the harmonic and the lowe s t order anharmonic (cubic and quartic) contributions to the mean square displacement were performed for the same potential models as in the molecular dynamics calculations. The Brillouin zone sums arising in the harmonic and the quartic terms were computed for very large numbers of points in q-space, and were extrapolated to obtain results ful converged with respect to the number of points in the Brillouin zone.An excellent agreement between the lattice dynamics results was observed molecular dynamics and in the case of all the alkali metals, e~ept for the zero pressure case of CSt where the difference is about 15 % near the melting temperature. It was concluded that for the alkalis, the lowest order perturbation theory works well even at temperat ures close to the melting temperat ure. For the fcc nearest neighbour model it was found that the number of particles (256) used for the molecular dynamics calculations, produces a result which is somewhere between 10 and 20 % smaller than the value converged with respect to the number of particles. However, the general temperature dependence of the mean square displacement is the same in molecular dynamics and lattice dynamics for all temperatures at the highest densities examined, while at higher volumes and high temperatures the results diverge. This indicates the importance of the higher order (eg. ~* ) perturbation theory contributions in these cases.