Automated traffic route identification through the shared nearest neighbour algorithm

Many organisations need to extract useful information from huge amounts of movement data. One example is found in maritime transportation, where the automated identification of a diverse range of traffic routes is a key management issue for improving the maintenance of ports and ocean routes, and accelerating ship traffic. This paper addresses, in a first stage, the research challenge of developing an approach for the automated identification of traffic routes based on clustering motion vectors rather than reconstructed trajectories. The immediate benefit of the proposed approach is to avoid the reconstruction of trajectories in terms of their geometric shape of the path, their position in space, their life span, and changes of speed, direction and other attributes over time. For clustering the moving objects, an adapted version of the Shared Nearest Neighbour algorithm is used. The motion vectors, with a position and a direction, are analysed in order to identify clusters of vectors that are moving towards the same direction. These clusters represent traffic routes and the preliminary results have shown to be promising for the automated identification of traffic routes with different shapes and densities, as well as for handling noise data.

Identificação de compostos que modulam a patogénese da doença de Machado-Joseph em C.elegans: autofagia como alvo terapêutico: identification of small compounds that modulate pathogenesis of Machado-Joseph disease in a C.elegans model: targeting autophagy

A doença de Machado-Joseph (DMJ) ou ataxia espinocerebelosa do tipo 3 (SCA3), conhecida por ser a mais comum das ataxias hereditárias dominantes em todo o mundo, é uma doença neurodegenerativa autossómica dominante que leva a uma grande incapacidade motora, embora sem alterar o intelecto, culminando com a morte do doente. Atualmente não existe nenhum tratamento eficaz para esta doença. A DMJ é resultado de uma alteração genética causada pela expansão de uma sequência poliglutamínica (poliQ), na região C-terminal do gene que codifica a proteína ataxina-3 (ATXN3). Os mecanismos celulares das doenças de poliglutaminas que provocam toxicidade, bem como a função da ATXN3, não são ainda totalmente conhecidos. Neste trabalho, usamos, pela sua simplicidade e potencial genético, um pequeno animal invertebrado, o nemátode C. elegans, com o objetivo de identificar fármacos eficazes para o combate contra a patogénese da DMJ, analisando simultaneamente o seu efeito na agregação da ATXN3 mutante nas células neuronais in vivo e o seu impacto no comportamento motor dos animais. Este pequeno invertebrado proporciona grandes vantagens no estudo dos efeitos tóxicos de proteínas poliQ nos neurónios, uma vez que a transparência das suas 959 células (das quais 302 são neurónios) facilita a deteção de proteínas fluorescentes in vivo. Para além disso, esta espécie tem um ciclo de vida curto, é económica e de fácil manutenção. Neste trabalho testámos no nosso modelo transgénico da DMJ com 130Qs em C.elegans dois compostos potencialmente moduladores da agregação da ATXN3 mutante e da resultante disfunção neurológica, atuando pela via da autofagia. De modo a validar a possível importância terapêutica da ativação da autofagia os compostos candidatos escolhidos foram o Litío e o análogo da Rapamicina CCI-779, testados independentemente e em combinação. A neuroproteção conferida pelo Litío e pelo CCI-779 independentemente sugere que o uso destes fármacos possa ser considerado uma boa estratégia como terapia para a DMJ, a testar em organismos evolutivamente mais próximos do humano. A manipulação da autofagia, segundo vários autores, parece ser benéfica e pode ser a chave para o desenvolvimento de novos tratamentos para várias doenças relacionadas com a agregação proteica e o envelhecimento.

Key-elements of family interventions for psychosis : a qualitative research

RESUMO:As perturbações psicóticas são doenças mentais complexas sendo influenciadas na sua etiologia e prognóstico por factores biológicos e psicossociais. A interferência do ambiente familiar na evolução da doença espelha bem esta realidade. Quando em 1962 George Brown e colaboradores descobriram que ambientes familiares com elevada Emoção Expressa (EE) contribuíam para um aumento significativo do número de recaídas de pessoas com esquizofrenia (Brown et al., 1962), estava aberto o caminho para o desenvolvimento de novas intervenções familiares. A EE inclui cinco componentes: três componentes negativos, i.e. criticismo, hostilidade e envolvimento emocional excessivo; e dois componentes positivos, i.e. afectividade e apreço (Amaresha & Venkatasubramanian, 2012; Kuipers et al., 2002). No final dos anos 1970 surgiram os primeiros trabalhos na área das intervenções familiares nas psicoses (IFP). Dois grupos em países diferentes, no Reino Unido e nos Estados Unidos da América, desenvolveram quase em simultâneo duas abordagens distintas. Em Londres, a equipa liderada por Julian Leff desenhava uma intervenção combinando sessões unifamiliares em casa, incluindo o paciente, e sessões em grupo, apenas para os familiares (Leff et al., 1982). Por seu turno, em Pittsburgh, Gerard Hogarty e colaboradores desenvolviam uma abordagem que compreendia a dinamização de sessões educativas em grupo (Anderson e tal., 1980). Para designar este trabalho, Hogarty e colaboradores propuseram o termo “psicoeducação”. As IFP começaram a ser conhecidas por esta designação que se generalizou até aos dias de hoje. Neste contexto a educação era vista como a partilha de informação acerca da doença, dos profissionais para os familiares. Nas sessões os profissionais eram informados acerca das manifestações, etiologia, tratamento e evolução das psicoses, bem como de formas para lidar com as situações difíceis geradas pela doença, e.g. risco de recaída. Os trabalhos pioneiros das IFP foram rapidamente sucedidos pelo desenvolvimento de novos modelos e a proliferação de estudos de eficácia. Para além dos modelos de Leff e Hogarty, os modelos IFP que ficaram mais conhecidos foram: (1) a Terapia Familiar-Comportamental, desenvolvida por Ian Falloon e colaboradores (Falloon et al., 1984); e (2) a Terapia Multifamiliar em Grupo, desenvolvida por William McFarlane e colaboradores (McFarlane, 1991). O incremento de estudos de eficácia contribuiu rapidamente para as primeiras meta-análises. Estas, por sua vez, resultaram na inclusão das IFP nas normas de orientação clínica mais relevantes para o tratamento das psicoses, nomeadamente da esquizofrenia (e.g. PORT Recomendations e NICE Guidelines). No geral os estudos apontavam para uma diminuição do risco de recaída na esquizofrenia na ordem dos 20 a 50% em dois anos (Pitschel-Walz et al., 2001). No final dos anos 1990 as IFP atingiam assim o apogeu. Contudo, a sua aplicação prática tem ficado aquém do esperado e as barreiras à implementação das IFP passaram a ser o foco das atenções (Gonçalves-Pereira et al., 2006; Leff, 2000). Simultaneamente, alguns autores começaram a levantar a questão da incerteza sobre quais os elementos-chave da intervenção. O conhecimento sobre o processo das IFP era reduzido e começaram a surgir as primeiras publicações sobre o assunto (Lam, 1991). Em 1997 foi dinamizada uma reunião de consenso entre os três investigadores mais relevantes do momento, Falloon, Leff e McFarlane. Deste encontro promovido pela World Schizophrenia Fellowship for Schizophrenia and Allied Disorders surgiu um documento estabelecendo dois objectivos e quinze princípios para as IFP (WFSAD, 1997). Não obstante os contributos que foram feitos, continua a existir uma grande falta de evidência empírica acerca do processo das IFP e dos seus elementos-chave (Cohen et al., 2008; Dixon et al., 2001; Lam, 1991; Leff, 2000; McFarlane et al., 2003). Também em Portugal, apesar da reflexão teórica nesta área e do registo de ensaios de efectividade de grupos para familiares – estudo FAPS (Gonçalves-Pereira, 2010), os componentes fundamentais das IFP nunca foram analisados directamente. Assim, o projecto de investigação descrito nesta tese teve como objectivo identificar os elementos-chave das IFP com base em investigação qualitativa. Para tal, conduzimos três estudos que nos permitiriam alcançar dados empíricos sobre o tema. O primeiro estudo (descrito no Capítulo 2) consistiu na realização de uma revisão sistemática da literatura científica acerca das variáveis relacionadas com o processo das IFP. A nossa pesquisa esteve focada essencialmente em estudos qualitativos. Contudo, decidimos não restringir demasiado os critérios de inclusão tendo em conta as dificuldades em pesquisar sobre investigação qualitativa nas bases de dados electrónicas e também devido ao facto de ser possível obter informação sobre as variáveis relacionadas com o processo a partir de estudos quantitativos. O método para este estudo foi baseado no PRISMA Statement para revisões sistemáticas da literatura. Depois de definirmos os critérios de inclusão e exclusão, iniciámos várias pesquisas nas bases de dados electrónicas utilizando termos booleanos, truncações e marcadores de campo. Pesquisámos na PubMed/MEDLINE, Web of Science e nas bases de dados incluídas na EBSCO Host (Academic Search Complete; Education Research Complete; Education Source; ERIC; and PsycINFO). As pesquisas geraram 733 resultados. Depois de serem removidos os duplicados, 663 registos foram analisados e foram seleccionados 38 artigos em texto integral. No final, 22 artigos foram incluídos na síntese qualitativa tendo sido agrupados em quatro categorias: (1) estudos examinando de forma abrangente o processo; (2) estudos acerca da opinião dos participantes sobre a intervenção que receberam; (3) estudos comparativos que individualizaram variáveis sobre o processo; e (4) estudos acerca de variáveis mediadoras. Os resultados evidenciaram um considerável hiato na investigação em torno do processo das IFP. Identificámos apenas um estudo que abordava de forma abrangente o processo das IFP (Bloch, et al., 1995). Este artigo descrevia uma análise qualitativa de um estudo experimental de uma IFP. Contudo, as suas conclusões gerais revelaramse pobres e apenas se podia extrair com certeza de que as IFP devem ser baseadas nas necessidades dos participantes e que os terapeutas devem assumir diferentes papéis ao longo da intervenção. Da revisão foi possível perceber que os factores terapêuticos comuns como a aliança terapêutica, empatia, apreço e a “aceitação incondicional”, podiam ser eles próprios um elemento isolado para a eficácia das IFP. Outros estudos enfatizaram a educação como elemento chave da intervenção (e.g. Levy-Frank et al., 2011), ao passo que outros ainda colocavam a ênfase no treino de estratégias para lidar com a doença i.e. coping (e.g. Tarrier et al., 1988). Com base nesta diversidade de resultados e tendo em conta algumas propostas prévias de peritos (McFarlane, 1991; Liberman & Liberman, 2003), desenvolvemos a hipótese de concebermos as IFP como um processo por etapas, de acordo com as necessidades dos familiares. No primeiro nível estariam as estratégias relacionadas com os factores terapêuticos comuns e o suporte emocional,no segundo nível a educação acerca da doença, e num nível mais avançado, o foco seria o treino de estratégias para lidar com a doença e diminuir a EE. Neste estudo concluímos que nem todas as famílias iriam precisar de IFP complexas e que nesses casos seria possível obter resultados favoráveis com IFP pouco intensas. O Estudo 2 (descrito no Capítulo 3) consistiu numa análise qualitativa dos registos clínicos do primeiro ensaio clínico da IFP de Leff e colaboradores (Leff et al., 1982). Este ensaio clínico culminou numa das evidências mais substanciais alguma vez alcançada com uma IFP (Leff et al., 1982; Leff et al., 1985; Pitschel-Walz et al., 2001). Este estudo teve como objectivo modular a EE recorrendo a um modelo misto com que compreendia sessões familiares em grupo e algumas sessões unifamiliares em casa, incluindo o paciente. Os resultados mostraram uma diminuição das recaídas em nove meses de 50% no grupo de controlo para 8% no grupo experimental. Os registos analisados neste estudo datam do período de 1977 a 1982 e podem ser considerados como material histórico de alto valor, que surpreendentemente nunca tinha sido analisado. Eram compostos por descrições pormenorizadas dos terapeutas, incluindo excertos em discurso directo e estavam descritos segundo uma estrutura, contendo também os comentários dos terapeutas. No total os registos representavam 85 sessões em grupo para familiares durante os cinco anos do ensaio clínico e 25 sessões unifamiliares em casa incluindo o paciente. Para a análise qualitativa decidimos utilizar um método de análise dedutivo, com uma abordagem mecânica de codificação dos registos em categorias previamente definidas. Tomámos esta decisão com base na extensão apreciável dos registos e porque tínhamos disponível informação válida acerca das categorias que iríamos encontrar nos mesmos, nomeadamente a informação contida no manual da intervenção, publicado sob a forma de livro, e nos resultados da 140 nossa revisão sistemática da literatura (Estudo 1). Deste modo, foi construída uma grelha com a estrutura de codificação, que serviu de base para a análise, envolvendo 15 categorias. De modo a cumprir com critérios de validade e fidelidade rigorosos, optámos por executar uma dupla codificação independente. Deste modo dois observadores leram e codificaram independentemente os registos. As discrepâncias na codificação foram revistas até se obter um consenso. No caso de não ser possível chegar a acordo, um terceiro observador, mais experiente nos aspectos técnicos das IFP, tomaria a decisão sobre a codificação. A análise foi executada com recurso ao programa informático NVivo® versão 10 (QSR International). O número de vezes que cada estratégia foi utilizada foi contabilizado, especificando a sessão e o participante. Os dados foram depois exportados para uma base de dados e analisados recorrendo ao programa informático de análise estatística SPSS® versão 20 (IBM Corp.). Foram realizadas explorações estatísticas para descrever os dados e obter informação sobre possíveis relações entre as variáveis. De modo a perceber a significância das observações, recorremos a testes de hipóteses, utilizando as equações de estimação generalizadas. Os resultados da análise revelaram que as estratégias terapêuticas mais utilizadas na intervenção em grupo foram: (1) a criação de momentos para ouvir as necessidades dos participantes e para a partilha de preocupações entre eles – representando 21% de todas as estratégias utilizadas; (2) treino e aconselhamento acerca de formas para lidar com os aspectos mais difíceis da doença – 15%; (3) criar condições para que os participantes recebam suporte emocional – 12%; (4) lidar com o envolvimento emocional excessivo 10%; e (5) o reenquadramento das atribuições dos familiares acerca dos comportamentos dos pacientes – 10%. Nas sessões unifamiliares em casa, as estratégias mais utilizadas foram: (1) lidar com o envolvimento emocional excessivo – representando 33% de todas as estratégias utilizadas nas sessões unifamiliares em casa; (2) treino e aconselhamento acerca de formas para lidar com os aspectos desafiadores da doença – 22%; e (3) o reenquadramento das atribuições dos familiares acerca dos comportamentos dos pacientes, juntamente com o lidar com a zanga, o conflito e a rejeição – ambas com 10%. A análise longitudinal mostrou que a criação de momentos para ouvir as necessidades dos familiares tende a acontecer invariavelmente ao longo do programa. Sempre que isso acontece, são geralmente utilizadas estratégias para ajudar os familiares a lidarem melhor com os aspectos difíceis da doença e estratégias para fomentar o suporte emocional. Por sua vez, foi possível perceber que o trabalho para diminuir o envolvimento emocional excessivo pode acontecer logo nas primeiras sessões. O reenquadramento e o lidar com a zanga/ conflito/ rejeição tendem a acontecer a partir da fase intermédia até às últimas sessões. A análise das diferenças entre os familiares com baixa EE e os de elevada EE, mostrou que os familiares com elevada EE tendem a tornar-se o foco da intervenção grupal. Por sua vez, os familiares com baixa EE recebem mais estratégias relacionadas com aliança terapêutica, comparativamente com os familiares com elevada EE. São de realçar os dados relativamente às estratégias educativas. Foi possível observar que estas tendem a acontecer mais no início dos grupos, não estando associadas a outras estratégias. Contudo é de notar a sua baixa utilização, a rondar apenas os 5%.O Estudo 3 (descrito no Capítulo 4) surgiu como uma forma de completar a análise do Estudo 2, permitindo uma visão mais narrativa do processo e focando, adicionalmente, as mudanças que ocorrem nos participantes. Com base nos mesmos registos utilizados no Estudo 2, codificámos de forma secundária os registos em duas categorias i.e. marcadores de mudança e marcadores emocionais. Os marcadores de mudança foram cotados sempre que um participante exibia comportamentos ou pensamentos diferentes dos anteriores no sentido de uma eventual redução na EE. Os marcadores emocionais correspondiam à expressão intensa de sentimentos por parte dos participantes nas sessões e que estariam relacionados com assuntos-chave para essas pessoas. Os excertos que continham a informação destes marcadores foram posteriormente revistos e articulados com notas e comentários não estruturados que recolhemos durante a codificação do Estudo 2. Com base nesta informação os registos foram revistos e, utilizando um método indutivo, elaborámos uma narrativa acerca da intervenção. Os resultados da narrativa foram discutidos com dados de que dispúnhamos, referentes a reuniões com os terapeutas envolvidos na intervenção em análise (Elizabeth Kuipers, Ruth Berkowitz e Julian Leff; Londres, Novembro de 2011). Reconhecemos que, pela sua natureza não estruturada e indutiva, a avaliação narrativa está mais sujeita ao viés de observador. Não obstante, os resultados deste Estudo 3 parecem revestir uma consistência elevada. O mais relevante foi a evidência de que na intervenção em análise ocorreram mudanças emocionais significativas nos familiares ao longo das sessões em grupo. Numa fase inicial os familiares tenderam a expressar sentimentos de zanga. Seguidamente, os terapeutas iam nterrompendo o discurso de reminiscências, direccionavam o discurso para as suas preocupações actuais e os familiares pareciam ficar mais calmos. Contudo, à medida que os 143 participantes “mergulhavam” nos problemas com que se confrontavam na altura, os sentimentos de zanga davam lugar a sentimentos de perda e angústia. Nessa altura os terapeutas enfatizavam o suporte emocional e introduziam progressivamente técnicas de reenquadramento para ajudar os participantes a avaliar de forma mais positiva as situações. Este trabalho dava lugar a sentimentos mais positivos, como a aceitação, apreço e a sensação de controlo. O Estudo 3 evidenciou também o que designamos como o “Efeito de Passagem de Testemunho”. Este efeito aconteceu sempre que um membro novo se juntava ao grupo. Os membros antigos, que estavam a ser o alvo das atenções e naturalmente a receber mais intervenção, mudam de papel e passam eles próprios a focar as suas atenções nos membros mais recentes do grupo, contribuindo para a dinâmica do grupo com as mesmas intervenções que os ajudaram previamente. Por exemplo, alguns membros antigos que eram altamente críticos nos grupos em relação aos seus familiares passavam a fazer comentários de reenquadramento dirigidos para os novos membros. Por fim, o Capítulo 5 resume as conclusões gerais deste projecto de investigação. Os estudos apresentados permitiram um incremento no conhecimento acerca do processo das IFP. Anteriormente esta informação era baseada sobretudo na opinião de peritos. Com este projecto aumentámos o nível de evidência ao apresentar estudos com base em dados empíricos. A análise qualitativa do Estudo 2 permitiu pela primeira vez, tanto quanto é do nosso conhecimento, perceber de forma aprofundada o processo subjacente a uma IFP (no contexto de um ensaio clínico que se revelou como um dos mais eficazes de sempre). Identificámos as estratégias mais utilizadas, as relações entre elas e a sua diferente aplicação entre familiares com baixa EE e familiares com alta EE.O Estudo 3 completou a informação incluindo aspectos relacionados com as mudanças individuais durante o programa. No final foi possível perceber que as IFP devem ser um programa por etapas. Nos Estudo 2 e 3, evidenciámos que numa fase inicial, os terapeutas dedicaram especial atenção para que os familiares tivessem espaço para partilharem as suas necessidades, disponibilizando logo de seguida estratégias para promover o suporte emocional e estratégias de coping. Num nível subsequente do programa, o trabalho terapêutico avançou para estratégias mais direccionadas para regular a EE, mantendo sempre as estratégias iniciais ao longo das sessões. Assim apesar de a educação ter sido um componente importante na IFP em análise, houve outras estratégias mais relevantes no processo. A evidência gerada pelos Estudos 2 e 3 baseou-se em registos históricos de elevado valor, sendo que os constructos subjacentes na época, nomeadamente a EE, continuam a ser a base da investigação e prática das IFP a nível mundial em diferentes culturas (Butzlaff & Hooley, 1998). Concluímos que as IFP são um processo complexo com diferentes níveis de intervenção, podendo gerar mudanças emocionais nos participantes durante as sessões. No futuro será importante replicar o nosso trabalho (nomeadamente o Estudo 2) com outras abordagens de IFP, de modo a obter informação acerca do seu processo. Esse conhecimento será fundamental para uma possível evolução do paradigma das IFP. ----------- ABSTRACT: Background: Psychotic-spectrum disorders are complex biopsychosocial conditions and family issues are important determinants of prognosis. The discovery of the influence of expressed emotion on the course of schizophrenia paved the road to the development of family interventions aiming to lower the “emotional temperature” in the family. These treatment approaches became widely recognised. Effectiveness studies showed remarkable and strong results in relapse prevention and these interventions were generalised to other psychotic disorders besides schizophrenia. Family interventions for psychosis (FIP) prospered and were included in the most important treatment guidelines. However, there was little knowledge about the process of FIP. Different FIP approaches all led to similar outcomes. This intriguing fact caught the attention of authors and attempts were made to identify the key-elements of FIP. Notwithstanding, these efforts were mainly based on experts’ opinions and the conclusions were scanty. Therefore, the knowledge about the process of FIP remains unclear. Aims: To find out which are the key-elements of FIP based on empirical data. Methods: Qualitative research. Three studies were conducted to explore the process of FIP and isolate variables that allowed the identification of the key-elements of FIP. Study 1 consisted of a systematic literature review of studies evaluating process-related variables of FIP. Study 2 subjected the intervention records of a formerly conducted effective clinical trial of FIP to a qualitative analysis. Records were analysed into categories and the emerging data were explored using descriptive statistics and generalised estimating equations. Study 3 consisted of a narrative evaluation using an inductive qualitative approach, examining the same data of Study 2. Emotional markers and markers of change were identified in the records and the content of these excerpts was synthesised and discussed. Results: On Study 1, searches revealed 733 results and 22 papers were included in the qualitative synthesis. We found a single study comprehensively exploring the process of FIP. All other studies focused on particular aspects of the process-related variables. The key-elements of FIP seemed to be the so-called “common therapeutic factors”, followed by education about the illness and coping skills training. Other elements were also identified, as the majority of studies evidenced a multiple array of components. Study 2,revealed as the most used strategies in the intervention programme we analysed: the addressing of needs; sharing; coping skills and advice; emotional support; dealing with overinvolvement; and reframing relatives’ views about patients’ behaviours. Patterns of the usefulness of the strategies throughout the intervention programme were identified and differences between high expressed emotion and low expressed emotion relatives were elucidated. Study 3 accumulated evidence that relatives experience different emotions during group sessions, ranging from anger to grief, and later on, to acceptance and positive feelings. Discussion: Study 1 suggested a stepped model of intervention according to the needs of the families. It also revealed a gap in qualitative research of FIP. Study 2 demonstrated that therapists of the trial under analysis often created opportunities for relatives to express and share their concerns throughout the entire treatment programme. The use of this strategy was immediately followed by coping skills enhancement, advice and emotional support. Strategies aiming to deal with overinvolvement may also occur early in the treatment programme. Reframing was the next most used strategy, followed by dealing with anger, conflict and rejection. This middle and later work seems to operate in lowering criticism and hostility, while the former seems to diminish overinvolvement. Single-family sessions may be used to augment the work developed in the relatives groups. Study 3 revealed a missing part of Study 2. It demonstrated that the process of FIP promotes emotional changes in the relatives and therapists must be sensitive to the emotional pathway of each participant in the group.

A pictorial field guide for the rapid identification of sandflies (DIPTERA: PSYCHODIDAE), commonly encountered in Pará state, Brazil.

A pictorial field guide to the 30 species of sandfly most commonly encountered in Pará State is presented, based on the easily recognised external characters of the length of the 5th palpal segment, thoracic infuscation, abdominal colour and head and body size. In most cases this allows identification to the species. In others, especially with females, it gives an indication of the species, which may then be confirmed with data from more detailed taxanomix studies. This type of field guide helps in teaching, rapid sorting of flies prior to dissection and in acquainting visitors with the variety of species present in a given area.A rapid technique for the taxonomic sorting of unmounted, freshly killed female sandflies is required, prior to the dissection of large numbers of a particular species. Such a method is useful in areas where numerous species occur in studies on natural flagellate infections, age determination and for ecological studies. With the above points in mind a pictorial field guide has been designed that enables the identification of unmounted, unmacerated specimens of the 30 more commonly encountered species of phleboto-mine sandflies (***) in Pará State, North Brazil. It is based on the easily recognised external characters of the length of the 5th palpal segment, thoracic infuscation, ad-dominal colour and proboscis and body size.Taxonomy of male phlebotomine sandflies is based on the structure of the genitalia and, as most of this is external, a wholly external character key is readily made. Female taxonomy, however, is based on the internal character of the cibarium, pharynx and sperma thecae. In order to produce an external character key we therefore return to an unso phisticated "phlebotometry" (see Martins et al., 1978 p. 3 for review), using relative lengths of the proboscis, palpal segments and body, along with the degree of infuscation. Ihis idea is not new; indeed many sandfly specialists presently use external characters to separate certain species (H. Fraiha, R. P. Lane, P. D. Ready, D. G. Young and R. D. Ward personal communications 1983 & 1984).A key used to separate five anthropophillic sandflies by Biagi (1966), in Mexico, was based mainly on palpal segment length and infuscation. Floch and Abonnenc (1952) stressed the use of relative lengths of palpal segments in their keys to the sandflies of French Guiana, and four members of the shannoni group have been similarly separated according to the degree of infuscation by Morales et al. (1982). The use of thoracic infuscation as a reliable character seems to be gaining favour, having been used by young & Fairchild (1974) and Ready & Fraiha (1981). Indeed Chariotis 1974) showed the usefulness of thoracic infuscation to sepenate 7 anthropophillic species, during studies onvesicular stomatitis in Panama. Identification using external characters is essential for work on viral isolations from sandflies, where bulk samples of whole sandflies are used.Perhaps the major advantage of a simple visual guide is for teaching purposes. Technical staff in this lnstitute are able to identify most of the species they encounter without having to use the standard, more unwieldly (and in many cases unavailable) internal character keys, and the guides presented below have allowed rapid species sorting prior to the dissection of sandflies in our leismaniasis study areas (Ryan et at. ,1985).

A key to the bats of the Philippine Islands / Nina R. Ingle, Lawrence R. Heaney.

n.s. no.69(1992)

An input-output analysis of the "key" sectors in CO2 emissions from a production perspective: an application to the spanish economy

Here we present an approach that allows the identification of the "key" productive sectors responsible for CO2 emission. For this purpose, we develop an input–output methodology from a supply perspective. We focus on the impact of an increase in the value-added of the different productive sectors on total CO2 emissions and we identify the productive sectors responsible for the increase in CO2 emissions when there is an increase in the income of the economy. The approach shows the contribution of the various sectors to CO2 emission from a production perspective and allows us to identify the sectors that deserve more consideration for mitigation policies. This analysis is complementary to the input–output analysis from a demand perspective. The methodology is applied to the Spanish economy.

Transcriptional response to cardiac injury in the zebrafish: systematic identification of genes with highly concordant activity across in vivo models.

BACKGROUND: Zebrafish is a clinically-relevant model of heart regeneration. Unlike mammals, it has a remarkable heart repair capacity after injury, and promises novel translational applications. Amputation and cryoinjury models are key research tools for understanding injury response and regeneration in vivo. An understanding of the transcriptional responses following injury is needed to identify key players of heart tissue repair, as well as potential targets for boosting this property in humans. RESULTS: We investigated amputation and cryoinjury in vivo models of heart damage in the zebrafish through unbiased, integrative analyses of independent molecular datasets. To detect genes with potential biological roles, we derived computational prediction models with microarray data from heart amputation experiments. We focused on a top-ranked set of genes highly activated in the early post-injury stage, whose activity was further verified in independent microarray datasets. Next, we performed independent validations of expression responses with qPCR in a cryoinjury model. Across in vivo models, the top candidates showed highly concordant responses at 1 and 3 days post-injury, which highlights the predictive power of our analysis strategies and the possible biological relevance of these genes. Top candidates are significantly involved in cell fate specification and differentiation, and include heart failure markers such as periostin, as well as potential new targets for heart regeneration. For example, ptgis and ca2 were overexpressed, while usp2a, a regulator of the p53 pathway, was down-regulated in our in vivo models. Interestingly, a high activity of ptgis and ca2 has been previously observed in failing hearts from rats and humans. CONCLUSIONS: We identified genes with potential critical roles in the response to cardiac damage in the zebrafish. Their transcriptional activities are reproducible in different in vivo models of cardiac injury.

Identification of particular groups of microRNAs that positively or negatively impact on beta cell function in obese models of type 2 diabetes.

AIMS/HYPOTHESIS: MicroRNAs are key regulators of gene expression involved in health and disease. The goal of our study was to investigate the global changes in beta cell microRNA expression occurring in two models of obesity-associated type 2 diabetes and to assess their potential contribution to the development of the disease. METHODS: MicroRNA profiling of pancreatic islets isolated from prediabetic and diabetic db/db mice and from mice fed a high-fat diet was performed by microarray. The functional impact of the changes in microRNA expression was assessed by reproducing them in vitro in primary rat and human beta cells. RESULTS: MicroRNAs differentially expressed in both models of obesity-associated type 2 diabetes fall into two distinct categories. A group including miR-132, miR-184 and miR-338-3p displays expression changes occurring long before the onset of diabetes. Functional studies indicate that these expression changes have positive effects on beta cell activities and mass. In contrast, modifications in the levels of miR-34a, miR-146a, miR-199a-3p, miR-203, miR-210 and miR-383 primarily occur in diabetic mice and result in increased beta cell apoptosis. These results indicate that obesity and insulin resistance trigger adaptations in the levels of particular microRNAs to allow sustained beta cell function, and that additional microRNA deregulation negatively impacting on insulin-secreting cells may cause beta cell demise and diabetes manifestation. CONCLUSIONS/INTERPRETATION: We propose that maintenance of blood glucose homeostasis or progression toward glucose intolerance and type 2 diabetes may be determined by the balance between expression changes of particular microRNAs.

c-Jun N-terminal kinase has a key role in Alzheimer disease synaptic dysfunction in vivo.

Altered synaptic function is considered one of the first features of Alzheimer disease (AD). Currently, no treatment is available to prevent the dysfunction of excitatory synapses in AD. Identification of the key modulators of synaptopathy is of particular significance in the treatment of AD. We here characterized the pathways leading to synaptopathy in TgCRND8 mice and showed that c-Jun N-terminal kinase (JNK) is activated at the spine prior to the onset of cognitive impairment. The specific inhibition of JNK, with its specific inhibiting peptide D-JNKI1, prevented synaptic dysfunction in TgCRND8 mice. D-JNKI1 avoided both the loss of postsynaptic proteins and glutamate receptors from the postsynaptic density and the reduction in size of excitatory synapses, reverting their dysfunction. This set of data reveals that JNK is a key signaling pathway in AD synaptic injury and that its specific inhibition offers an innovative therapeutic strategy to prevent spine degeneration in AD.

Identification et caractérisation de gènes suppresseurs de tumeurs dans le glioblastome

Introduction: Glioblastoma (WHO Grade IV glioma) is the most frequent and most¦malignant primary tumor of the brain. With a mean survival of 15 months despite¦multidisciplinary management combining surgery, chemo- and radiotherapy, the prognosis¦is poor. Different studies measured a down-regulation of Wnt Inhibitory Factor 1 (WIF1)¦expression in a majority of gliobastoma due to genetic and epigenetic regulation. Recently,¦a focus on chromosome 12 identified WIF1 as a potential tumor suppressor gene. In¦previous results, transfected glioblastoma cells with ectopic expression of WIF1 had a¦decreased growth rate and adopted a senescence-like phenotype. In this report, we first¦investigated the effect of WIF1 re-expression in glioblastoma cell lines to see if Wnt¦inhibition by WIF1 can lead to senescence. To look further, we assessed p21 and c-Myc¦expression. p21 has a key role in senescence onset and is directly inhibited by c-Myc,¦itself a target of Wnt-pathway. We thus looked if a variation of expression of these genes is¦triggered by WIF1 activity. Finally, as autophagy is thought to play a role in senescence¦onset, we analyzed the expression of different autophagy genes. We therefore looked for¦an association between autophagy activity and senescent phenotype in WIF1-¦overexpressing cell lines.¦Methods: WIF1-overexpressing clones were selected after transfection of stable¦glioblastoma cell lines. Analysis were made through quantitative Polymerase Chain¦Reaction (qPCR), Fluorescence-activated Cell Sorting (FACS) and histochemistry.¦IGFBP7 and ALDH1A3 have been selected to reflect senescence. ATG5, ATG7 and ULK3¦have been selected to reflect autophagy activity.¦Results: Using FACS analysis, we found a higher percentage of large cells with increased¦granularity amongst WIF1-overexpressing cell lines, which are characteristics of¦senescence. In addition, histochemistry showed a higher percentage of multi-nucleated,¦beta-galactosidase positive cells in the same cell lines. An increased expression of genes¦associated with senescence was found as well. All characteristics were correlated with¦levels of WIF1 expression. We did not find any association between p21 and WIF1¦expression. No correlation between WIF1 and c-Myc expression was noticed either. In one¦of the two cell lines analyzed, the expression of autophagy genes showed some¦correlation with expression of WIF1 and expression of genes associated with senescence.¦Discussion: After investigations and characterizations on multiple levels, we have¦evidence for a senescence phenotype upon WIF1-overexpressing cell lines. This gives a¦role to Wnt pathway in the tumorigenicity of glioblastoma. Further experiments are¦required to investigate how Wnt inhibition leads to senescence. The role of autophagy in¦our senescent cells is here still unclear. Some correlations can be found, letting us think¦that there is indeed some involvement of autophagy. However, it is yet to soon to explain¦this relationship. Further experiments are required again to confirm the preliminary results¦and analyze the variations of autophagy activity within time.

Finite field treatment of vibrational polarizabilities and hyperpolarizabilities: on the role of the Eckart conditions, their implementation, and their use in characterizing key vibrations

In the finite field (FF) treatment of vibrational polarizabilities and hyperpolarizabilities, the field-free Eckart conditions must be enforced in order to prevent molecular reorientation during geometry optimization. These conditions are implemented for the first time. Our procedure facilities identification of field-induced internal coordinates that make the major contribution to the vibrational properties. Using only two of these coordinates, quantitative accuracy for nuclear relaxation polarizabilities and hyperpolarizabilities is achieved in π-conjugated systems. From these two coordinates a single most efficient natural conjugation coordinate (NCC) can be extracted. The limitations of this one coordinate approach are discussed. It is shown that the Eckart conditions can lead to an isotope effect that is comparable to the isotope effect on zero-point vibrational averaging, but with a different mass-dependence

SV40-induced expression of calretinin protects mesothelial cells from asbestos cytotoxicity and may be a key factor contributing to mesothelioma pathogenesis.

The calcium-binding protein calretinin has emerged as a useful marker for the identification of mesotheliomas of the epithelioid and mixed types, but its putative role in tumor development has not been addressed previously. Although exposure to asbestos fibers is considered the main cause of mesothelioma, undoubtedly, not all mesothelioma patients have a history of asbestos exposure. The question as to whether the SV40 virus is involved as a possible co-factor is still highly debated. Here we show that increased expression of SV40 early gene products in the mesothelial cell line MeT-5A induces the expression of calretinin and that elevated calretinin levels strongly correlate with increased resistance to asbestos cytotoxicity. Calretinin alone mediates a significant part of this protective effect because cells stably transfected with calretinin cDNA were clearly more resistant to the toxic effects of crocidolite than mock-transfected control cells. Down-regulation of calretinin by antisense methods restored the sensitivity to asbestos toxicity to a large degree. The protective effect observed in clones with higher calretinin expression levels could be eliminated by phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K) inhibitors, implying an important role for the PI3K/AKT signaling (survival) pathway in mediating the protective effect. Up-regulation of calretinin, resulting from either asbestos exposure or SV40 oncoproteins, may be a common denominator that leads to increased resistance to asbestos cytotoxicity and thereby contributes to mesothelioma carcinogenesis.

Identification and characterization of the members of the pho1 gene family in moss and rice

Inorganic phosphate (Pi) is one of the main nutrients limiting plant growth anddevelopment in many agro-ecosystems. In plants, phosphate is acquired from the soil by theroots, and is then transferred to the shoot via the xylem. In the model plant Arabidopsisthaliana, PHO1 was previously identified as being involved in loading Pi into the xylem ofroots. AtPHO1, belongs to a multigenic family composed of 10 additional members, namelyAtPHO1;H1 to AtPHO1;10. In this study, we aimed at further investigating the role of thePHO1 gene family in Pi homeostasis in plants, and to this end we isolated and characterizedthe PHO1 members of two main model plants, the moss Physcomitrella patens and the riceOryza sativa.In the bryophyte P. patens, bioinformatic analyses revealed the presence of seven AtPHO1homologues, highly similar to AtPHO1. The seven moss PHO1 genes, namely PpPHO1;1 toPpPHO1;7 appeared to be differentially regulated, both at the tissue level and in response toPi status. However only PpPHO1;1 and PpPHO1;7 were specifically up-regulated upon Pistarvation, suggesting a potential role in Pi homeostasis. We also characterized the responseof P. patens to Pi starvation, showing that higher and lower plants share some commonstrategies to adapt to Pi-deficiency.In the second part, focusing on the monocotyledon rice, we showed the existence of threePHO1 homologues OsPHO1;1 to OsPHO1;3, with the unique particularity of each havingNatural Antisense Transcripts (NATs). Molecular analyses revealed that both the sense andthe antisense OsPHO1;2 transcripts were by far the most abundantly expressed transcripts ofthe family, preferentially expressed in the roots. The stable expression of OsPHO1;2 in allconditions tested, in opposition with the highly induced antisense transcript upon Pistarvation, suggest a putative role for the antisense in regulating the sense transcript.Moreover, mutant analyses revealed that OsPHO1;2 plays a key role in Pi homeostasis, intransferring Pi from the root to the shoot. Finally, complementing the pho1 mutant inArabidopsis, characterized by low Pi in the shoot and reduced growth, with the riceOsPHO1;2 gene revealed a new role for PHO1 in Pi signaling. Indeed, the complementedplants showed normal growth, with however low Pi content.

Key to the adults of the most common forensic species of Diptera in South America

Flies (Diptera, blow flies, house flies, flesh flies, horse flies, cattle flies, deer flies, midges and mosquitoes) are among the four megadiverse insect orders. Several species quickly colonize human cadavers and are potentially useful in forensic studies. One of the major problems with carrion fly identification is the lack of taxonomists or available keys that can identify even the most common species sometimes resulting in erroneous identification. Here we present a key to the adults of 12 families of Diptera whose species are found on carrion, including human corpses. Also, a summary for the most common families of forensic importance in South America, along with a key to the most common species of Calliphoridae, Muscidae, and Fanniidae and to the genera of Sarcophagidae are provided. Drawings of the most important characters for identification are also included.