Polymorphisms of the low-density lipoprotein receptor gene in Brazilian individuals with heterozygous familial hypercholesterolemia

Familial hypercholesterolemia (FH) is a metabolic disorder inherited as an autosomal dominant trait characterized by an increased plasma low-density lipoprotein (LDL) level. The disease is caused by several different mutations in the LDL receptor gene. Although early identification of individuals carrying the defective gene could be useful in reducing the risk of atherosclerosis and myocardial infarction, the techniques available for determining the number of the functional LDL receptor molecules are difficult to carry out and expensive. Polymorphisms associated with this gene may be used for unequivocal diagnosis of FH in several populations. The aim of our study was to evaluate the genotype distribution and relative allele frequencies of three polymorphisms of the LDL receptor gene, HincII1773 (exon 12), AvaII (exon 13) and PvuII (intron 15), in 50 unrelated Brazilian individuals with a diagnosis of heterozygous FH and in 130 normolipidemic controls. Genomic DNA was extracted from blood leukocytes by a modified salting-out method. The polymorphisms were detected by PCR-RFLP. The FH subjects showed a higher frequency of A+A+ (AvaII), H+H+ (HincII1773) and P1P1 (PvuII) homozygous genotypes when compared to the control group (P<0.05). In addition, FH probands presented a high frequency of A+ (0.58), H+ (0.61) and P1 (0.78) alleles when compared to normolipidemic individuals (0.45, 0.45 and 0.64, respectively). The strong association observed between these alleles and FH suggests that AvaII, HincII1773 and PvuII polymorphisms could be useful to monitor the inheritance of FH in Brazilian families.

Renal and extrarenal manifestations of autosomal dominant polycystic kidney disease

The objective of the present study was to determine the frequency of the most common clinical features in patients with autosomal dominant polycystic kidney disease in a sample of the Brazilian population. The medical records of 92 patients with autosomal dominant polycystic kidney disease attended during the period from 1985 to 2003 were reviewed. The following data were recorded: age at diagnosis, gender, associated clinical manifestations, occurrence of stroke, age at loss of renal function (beginning of dialysis), and presence of a family history. The involvement of abdominal viscera was investigated by ultrasonography. Intracranial alterations were prospectively investigated by magnetic resonance angiography in 42 asymptomatic patients, and complemented with digital subtraction arteriography when indicated. Mean age at diagnosis was 35.1 ± 14.9 years, and mean serum creatinine at referral was 2.4 ± 2.8 mg/dL. The most frequent clinical manifestations during the disease were arterial hypertension (63.3%), lumbar pain (55.4%), an abdominal mass (47.8%), and urinary infection (35.8%). Loss of renal function occurred in 27 patients (mean age: 45.4 ± 9.5 years). The liver was the second organ most frequently affected (39.1%). Stroke occurred in 7.6% of the patients. Asymptomatic intracranial aneurysm was detected in 3 patients and arachnoid cysts in 3 other patients. In conclusion, the most common clinical features were lumbar pain, arterial hypertension, abdominal mass, and urinary infection, and the most serious complications were chronic renal failure and stroke. Both intracranial aneurysms and arachnoid cysts occurred in asymptomatic patients at a frequency of 7.14%.

Molecular and cellular pathogenesis of autosomal dominant polycystic kidney disease

Autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) is one of the most common human life-threatening monogenic disorders. The disease is characterized by bilateral, progressive renal cystogenesis and cyst and kidney enlargement, often leading to end-stage renal disease, and may include extrarenal manifestations. ADPKD is caused by mutation in one of two genes, PKD1 and PKD2, which encode polycystin-1 (PC1) and polycystin-2 (PC2), respectively. PC2 is a non-selective cation channel permeable to Ca2+, while PC1 is thought to function as a membrane receptor. The cyst cell phenotype includes increased proliferation and apoptosis, dedifferentiation, defective planar polarity, and a secretory pattern associated with extracellular matrix remodeling. The two-hit model for cyst formation has been recently extended by the demonstration that early gene inactivation leads to rapid and diffuse development of renal cysts, while inactivation in adult life is followed by focal and late cyst formation. Renal ischemia/reperfusion, however, can function as a third hit, triggering rapid cyst development in kidneys with Pkd1 inactivation induced in adult life. The PC1-PC2 complex behaves as a sensor in the primary cilium, mediating signal transduction via Ca2+ signaling. The intracellular Ca2+ homeostasis is impaired in ADPKD, being apparently responsible for the cAMP accumulation and abnormal cell proliferative response to cAMP. Activated mammalian target for rapamycin (mTOR) and cell cycle dysregulation are also significant features of PKD. Based on the identification of pathways altered in PKD, a large number of preclinical studies have been performed and are underway, providing a basis for clinical trials in ADPKD and helping the design of future trials.

Caffeine intake by patients with autosomal dominant polycystic kidney disease

Because caffeine may induce cyst and kidney enlargement in autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD), we evaluated caffeine intake and renal volume using renal ultrasound in ADPKD patients. Caffeine intake was estimated by the average of 24-h dietary recalls obtained on 3 nonconsecutive days in 102 ADPKD patients (68 females, 34 males; 39 ± 12 years) and compared to that of 102 healthy volunteers (74 females, 28 males; 38 ± 14 years). The awareness of the need for caffeine restriction was assessed. Clinical and laboratory data were obtained from the medical records of the patients. Mean caffeine intake was significantly lower in ADPKD patients versus controls (86 vs 134 mg/day), and 63% of the ADPKD patients had been previously aware of caffeine restriction. Caffeine intake did not correlate with renal volume in ADPKD patients. There were no significant differences between the renal volumes of patients in the highest and lowest tertiles of caffeine consumption. Finally, age-adjusted multiple linear regression revealed that renal volume was associated with hypertension, chronic kidney disease stage 3 and the time since diagnosis, but not with caffeine intake. The present small cross-sectional study indicated a low level of caffeine consumption by ADPKD patients when compared to healthy volunteers, which was most likely due to prior awareness of the need for caffeine restriction. Within the range of caffeine intake observed by ADPKD patients in this study (0-471 mg/day), the renal volume was not directly associated with caffeine intake.

Cyst infection in hospital-admitted autosomal dominant polycystic kidney disease patients is predominantly multifocal and associated with kidney and liver volume

Positron-emission tomography/computed tomography (PET/CT) has improved cyst infection (CI) management in autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD). The determinants of kidney and/or liver involvement, however, remain uncertain. In this study, we evaluated clinical and imaging factors associated with CI in kidney (KCI) and liver (LCI) in ADPKD. A retrospective cohort study was performed in hospital-admitted ADPKD patients with suspected CI. Clinical, imaging and surgical data were analyzed. Features of infected cysts were evaluated by PET/CT. Total kidney (TKV) and liver (TLV) volumes were measured by CT-derived multiplanar reconstruction. CI was detected in 18 patients who experienced 24 episodes during an interval of 30 months (LCI in 12, KCI in 10 and concomitant infection in 2). Sensitivities of CT, magnetic resonance imaging and PET/CT were 25.0, 71.4, and 95.0%. Dysuria (P<0.05), positive urine culture (P<0.01), and previous hematuria (P<0.05) were associated with KCI. Weight loss (P<0.01) and increased C-reactive protein levels (P<0.05) were associated with LCI. PET/CT revealed that three or more infected cysts were present in 70% of the episodes. TKV was higher in kidney-affected than in LCI patients (AUC=0.91, P<0.05), with a cut-off of 2502 mL (72.7% sensitivity, 100.0% specificity). TLV was higher in liver-affected than in KCI patients (AUC=0.89, P<0.01) with a cut-off of 2815 mL (80.0% sensitivity, 87.5% specificity). A greater need for invasive procedures was observed in LCI (P<0.01), and the overall mortality was 20.8%. This study supports PET/CT as the most sensitive imaging method for diagnosis of cyst infection, confirms the multifocal nature of most hospital-admitted episodes, and reveals an association of kidney and liver volumes with this complication.

Pain determinants of pain in autosomal dominant polycystic kidney disease

Pain is the most common symptom reported by ADPKD patients, afflicting approximately 60% of cases and may result from renal hemorrhage, calculi, urinary tract infections, cyst rupture, or due to stretching of the capsule or traction of the renal pedicle. We have recently investigated pain patterns in AD-PKD patients using a translated version of a pain questionnaire specific for AD-PKD population. The questionnaire revealed that 67% patients with ADPKD exhibited some type of pain. The findings of that study emphasized that pain appeared early in the course of ADPKD, when patients still exhibited preserved renal function. In the present study, a multivariate logistic regression analysis disclosed that renal volume (9-fold increased risk) and nephrolithiasis (4-fold increased risk) were the most important determinant factors for pain in ADPKD patients with preserved renal function, after adjustments for the presence of hypertension and duration of the disease.

Mitochondrial inheritance in ustilago violacea

The anther smut fungus U stilago violacea has been developed as an important model organIsm for genetic, morphological and physiological studies. Valuable information on the nuclear genetics on U stilago violacea has been obtained in the last 20-25 years. However, in this organism almost nothing is known about mitochondria which make up an important aspect of the fungal genetic system. One fundamental aspect, mitochondrial inheritance, was addressed by this investigation. Mitochondrial DNA (mtDNA) of U. violacea was purified and restriction fragments cloned. MtDNA restriction fragment length polymorphisms (RFLPs) were identified among different isolates and were used as genetic markers for studying mitochondrial inheritance in crosses between polymorphic isolates. Matings of the yeast-like haploid cells of opposite mating types resulted in dikaryons containing mitochondria from both parents. The dikaryons were induced to form hyphae and then allowed to revert to haploid growth, resulting 1ll a colony that is bisectored for the two nuclear types. Both nuclear-type progeny of each cross were examined for parental mitochondrial type: Either mitochondrial type was observed 1ll the progeny. Thus, mitochondrial inheritance is biparental in this organism. The recovery of both mitochondrial types in the progeny was non-random. In progeny with the nuclear genotype of the al mating type parent mitochondria from both parents were inherited equally well. However, 1ll progeny with the a2 mating type, mitochondria were inherited almost exclusively (94%) from the a2 parent.

Étude clinique et génétique d’une nouvelle forme d’ataxie spinocérébelleuse pure associée à l’Érythrokératodermie

Nous présentons ici la description clinique et génétique d’un syndrome neurocutané unique. Le laboratoire du Dr Cossette a entrepris la caractérisation clinique et génétique d'une famille canadienne-française qui a été identifiée par les Drs Giroux et Barbeau en 1972 et qui comprend plus de 100 personnes sur six générations. Les membres atteints de cette famille présentent des lésions typiques d'érythrokératodermie (EK) (OMIM 133190, EKV1 et EKV2), associées à une ataxie spinocérébelleuse pure. Dans cette famille, l'ataxie est caractérisée par des troubles de la coordination et de la démarche causés par une dégénérescence du cervelet et de la moelle épinière. Cette ataxie est transmise selon un mode autosomique dominant. Une étude antérieure de cette variante d'EK avec ataxie avait suggéré une liaison sur le chromosome 1p34-p35, soit la même région que les formes EKV de type 1 et 2, causées respectivement par des mutations dans les gènes connexin-31 (GJB3; OMIM 603324) et connexin-30.3 (GJB4; OMIM 605425). Cependant, aucune mutation n'a été retrouvée dans ces gènes pour la famille canadienne-française. Nous avons récemment recontacté la famille et effectué des examens détaillés, incluant une imagerie par résonance magnétique (IRM) et un électromyogramme (EMG). Les manifestations neurologiques des individus atteints sont compatibles avec une nouvelle forme d’ataxie cérébelleuse pure à transmission autosomique dominante (ADCA de type III dans la classification de Harding) que nous avons appelée SCA34. Une cartographie complète du génome nous a permis de localiser le gène SCA34 sur le chromosome 6p12.3-q16.2. Également, en collaboration avec les Drs Alexis Brice (Hôpital Pitié-La Salpêtrière, Paris) et Alfredo Brusco (Hôpital San Giovanni Battista di Torino, Italie), nous avons confirmé que trois autres familles européennes avec SCA inexpliquée étaient également liées au locus SCA34. Notre laboratoire a récemment entrepris la recherche des mutations responsables de SCA34. Les résultats de ce criblage de gènes candidats sont présentés dans le chapitre 3 de cette thèse.

Profil et déterminants comportemental et physiologique de l’ascension à la dominance en milieu naturel chez les femelles d’une espèce de poisson hautement sociale

Malgré le fait que le statut social soit reconnu comme ayant une forte influence sur l’aptitude, les facteurs affectant le statut social et les changements de ce statut demeurent peu connus. De plus, les études sur la dominance ayant un lien avec l’agressivité portent rarement sur des femelles. Nous étudierons ces aspects en utilisant Neolamprologus pulcher, un poisson à reproduction coopérative du lac Tanganyika. La probabilité d’ascension sociale était manipulée sur le terrain et les changements physiologiques et comportementaux, ainsi que le niveau plasmatique de testostérone, associé avec l’ascension à la dominance de femelles subordonnées étaient caractérisés. Le degré de coopération et la masse étaient supérieurs chez les femelles ascendantes par rapport aux femelles non-ascendantes d’un même groupe social. Après une semaine d’ascension sociale, les femelles ascendantes ne différaient pas comportementalement, mais différaient physiologiquement des femelles dominantes. Les femelles dominantes, ascendantes et subordonnées ne différaient pas quant au niveau de testostérone plasmatique. Comprendre les bénéfices des comportements coopératifs pour les subordonnés a longtemps posé un problème évolutif. Nos résultats impliquent que les comportements coûteux métaboliquement peuvent avoir été sélectionnés en améliorant l’aptitude future via l’héritage du territoire et du statut social. De plus, le degré de coopération pourrait être un signal de qualité détecté par les compétiteurs et les collaborateurs.

Algorithmes heuristiques et exacts pour le problème de l’ensemble dominant connexe minimum.

Dans ce mémoire, nous abordons le problème de l’ensemble dominant connexe de cardinalité minimale. Nous nous penchons, en particulier, sur le développement de méthodes pour sa résolution basées sur la programmation par contraintes et la programmation en nombres entiers. Nous présentons, en l’occurrence, une heuristique et quelques méthodes exactes pouvant être utilisées comme heuristiques si on limite leur temps d’exécution. Nous décrivons notamment un algorithme basé sur l’approche de décomposition de Benders, un autre combinant cette dernière avec une stratégie d’investigation itérative, une variante de celle-ci utilisant la programmation par contraintes, et enfin une méthode utilisant uniquement la programmation par contraintes. Des résultats expérimentaux montrent que ces méthodes sont efficaces puisqu’elles améliorent les méthodes connues dans la littérature. En particulier, la méthode de décomposition de Benders avec une stratégie d’investigation itérative fournit les résultats les plus performants.

Exploration génomique de la déficience intellectuelle

La déficience intellectuelle (DI) définit un groupe de conditions génétiquement hétérogènes caractérisées par l’apparition de troubles cognitifs précoces chez l’enfant. Elle affecte 1-3% de la population dans les pays industrialisés. La prévalence de la DI est beaucoup plus élevée ailleurs dans le monde, en raison de facteurs sociodémographiques comme le manque de ressources dans le système de santé, la pauvreté et la consanguinité. Des facteurs non-génétiques sont mis en cause dans l’étiologie de la DI ; on estime qu’environ 25% des cas de DI sont d’origine génétique. Traditionnellement, les bases moléculaires de la DI ont été investiguées par des analyses cytogénétiques, les approches de cartographie génétique et le séquençage de gènes candidats ; ces techniques de génétiques classiques sont encore mises à rude épreuve dans l’analyse de maladies complexes comme la DI. La DI liée à l’X a été particulièrement étudiée, avec plus d’une centaine de gènes identifiés uniquement sur le chromosome X. Des mutations hétérozygotes composites sont mises en évidence dans la DI autosomique, dans le contexte d’unions non-consanguines. L’occurrence de ce type de mutations est rare, chez des individus non-apparentés, de sorte que les mutations dominantes de novo sont plus courantes. Des mutations homozygotes sont attendues dans les populations consanguines ou marquées par un effet fondateur. En fait, les bases moléculaires de la DI autosomique ont été presqu’exclusivement étudiées dans le contexte de populations avec des forts taux de consanguinité. L’origine de la DI demeure encore inconnue dans environ 60 % des cas diagnostiqués. En l’absence de facteurs environnementaux associés à la DI chez ces individus, il est possible d’envisager que des facteurs génétiques non identifiés entrent en jeu dans ces cas de DI inexpliqués. Dans ce projet de recherche, nous voulions explorer l’origine génétique de la DI, dans vingt familles, où une transmission de la maladie selon un mode autosomique récessif est suspectée. Nous avons mis de l’avant les techniques de séquençage de nouvelle génération, afin de mettre en évidence les déterminants génétiques de la DI, à l’échelle du génome humain. En fait, nous avons priorisé la capture et le séquençage de l’exome; soient la totalité des régions codantes du génome humain et leurs sites d’épissage flanquants. Dans nos analyses, nous avons ciblé les variants qui ne sont pas rapportés trop fréquemment dans différentes bases de données d’individus contrôles, ces mutations rares cadrent mieux avec une condition comme la DI. Nous avons porté une attention particulière aux mutations autosomiques récessives (homozygotes et hétérozygotes composites) ; nous avons confirmé que ces mutations ségréguent avec une transmission récessive dans la famille à l’étude. Nous avons identifié des mutations dans des gènes pouvant être à l’origine de la DI, dans certaines des familles analysées ; nous avons validé biologiquement l'impact fonctionnel des mutations dans ces gènes candidats, afin de confirmer leur implication dans la pathophysiologie de la DI. Nous avons élucidé les bases moléculaires de la DI dans huit des familles analysées. Nous avons identifié le second cas de patients avec syndrome de cassure chromosomique de Varsovie, caractérisé par des dysfonctions de l’ARN hélicase DDX11. Nous avons montré qu’une perte de l’activité de TBC1D7, une des sous-unités régulatrice du complexe TSC1-TSC2, est à l’origine de la pathologie dans une famille avec DI et mégalencéphalie. Nous avons mis en évidence des mutations pathogéniques dans le gène ASNS, codant pour l’Asparagine synthétase, chez des patients présentant une microcéphalie congénitale et une forme progressive d’encéphalopathie. Nous avons montré que des dysfonctions dans la protéine mitochondriale MAGMAS sont mises en cause dans une condition caractérisée par un retard prononcé dans le développement associé à une forme sévère de dysplasie squelettique. Nous avons identifié une mutation tronquant dans SPTBN2, codant pour la protéine spinocerebellar ataxia 5, dans une famille avec DI et ataxie cérébelleuse. Nous avons également mis en évidence une mutation dans PIGN, un gène impliqué dans la voie de biosynthèse des ancres de glycosylphosphatidylinositol , pouvant être à l’origine de la maladie chez des individus avec épilepsie et hypotonie. Par ailleurs, nous avons identifié une mutation - perte de fonction dans CLPB, codant pour une protéine chaperonne mitochondriale, dans une famille avec encéphalopathie néonatale, hyperekplexie et acidurie 3-méthylglutaconique. Le potentiel diagnostic des techniques de séquençage de nouvelle génération est indéniable ; ces technologies vont révolutionner l’univers de la génétique moléculaire, en permettant d’explorer les bases génétiques des maladies complexes comme la DI.

Dominant partial least square factors of consumer purchase behaviour of passenger cars

Globalization and liberalization, with the entry of many prominent foreign manufacturers, changed the automobile scenario in India, since early 1990’s. World Leaders in automobile manufacturing such as Ford, General Motors, Honda, Toyota, Suzuki, Hyundai, Renault, Mitsubishi, Benz, BMW, Volkswagen and Nissan set up their manufacturing units in India in joint venture with their Indian counterpart companies, by making use of the Foreign Direct Investment policy of the Government of India, These manufacturers started capturing the hearts of Indian car customers with their choice of technological and innovative product features, with quality and reliability. With the multiplicity of choices available to the Indian passenger car buyers, it drastically changed the way the car purchase scenario in India and particularly in the State of Kerala. This transformed the automobile scene from a sellers’ market to buyers’ market. Car customers started developing their own personal preferences and purchasing patterns, which were hitherto unknown in the Indian automobile segment. The main purpose of this paper is to develop a model with major variables, which influence the consumer purchase behaviour of passenger car owners in the State of Kerala. Though there are innumerable studies conducted in other countries, there are very few thesis and research work conducted to study the consumer behaviour of the passenger car industry in India and specifically in the State of Kerala. The results of the research contribute to the practical knowledge base of the automobile industry, specifically to the passenger car segment. It has also a great contributory value addition to the manufacturers and dealers for customizing their marketing plans in the State

Dominant Mean Percentage Score Factors Of The Consumer Purchase Behaviour Of Passenger Cars

Globalization and liberalization, with the entry of many prominent foreign manufacturers, changed the automobile scenario in India, since early 1990’s. World Leaders in automobile manufacturing such as Ford, General Motors, Honda, Toyota, Suzuki, Hyundai, Renault, Mitsubishi, Benz, BMW, Volkswagen and Nissan set up their manufacturing units in India in joint venture with their Indian counterpart companies, by making use of the Foreign Direct Investment policy of the Government of India, These manufacturers started capturing the hearts of Indian car customers with their choice of technological and innovative product features, with quality and reliability. With the multiplicity of choices available to the Indian passenger car buyers, it drastically changed the way the car purchase scenario in India and particularly in the State of Kerala. This transformed the automobile scene from a sellers’ market to buyers’ market. Car customers started developing their own personal preferences and purchasing patterns, which were hitherto unknown in the Indian automobile segment. The main purpose of this paper is to come up with the identification of possible parameters and a framework development, that influence the consumer purchase behaviour patterns of passenger car owners in the State of Kerala, so that further research could be done, based on the framework and the identified parameters.