Genetic algorithm based indicator sequence method for exon prediction

Considerable research effort has been devoted in predicting the exon regions of genes. The binary indicator (BI), Electron ion interaction pseudo potential (EIIP), Filter method are some of the methods. All these methods make use of the period three behavior of the exon region. Even though the method suggested in this paper is similar to above mentioned methods , it introduces a set of sequences for mapping the nucleotides selected by applying genetic algorithm and found to be more promising

Air-gap based vertical cavity micro-opto-electro-mechanical Fabry-Perot filters

Mikrooptische Filter sind heutzutage in vielen Bereichen in der Telekommunikation unersetzlich. Wichtige Einsatzgebiete sind aber auch spektroskopische Systeme in der Medizin-, Prozess- und Umwelttechnik. Diese Arbeit befasst sich mit der Technologieentwicklung und Herstellung von luftspaltbasierenden, vertikal auf einem Substrat angeordneten, oberflächenmikromechanisch hergestellten Fabry-Perot-Filtern. Es werden zwei verschiedene Filtervarianten, basierend auf zwei verschiedenen Materialsystemen, ausführlich untersucht. Zum einen handelt es sich dabei um die Weiterentwicklung von kontinuierlich mikromechanisch durchstimmbaren InP / Luftspaltfiltern; zum anderen werden neuartige, kostengünstige Siliziumnitrid / Luftspaltfilter wissenschaftlich behandelt. Der Inhalt der Arbeit ist so gegliedert, dass nach einer Einleitung mit Vergleichen zu Arbeiten und Ergebnissen anderer Forschergruppen weltweit, zunächst einige theoretische Grundlagen zur Berechnung der spektralen Reflektivität und Transmission von beliebigen optischen Schichtanordnungen aufgezeigt werden. Auß erdem wird ein kurzer theoretischer Ü berblick zu wichtigen Eigenschaften von Fabry-Perot-Filtern sowie der Möglichkeit einer mikromechanischen Durchstimmbarkeit gegeben. Daran anschließ end folgt ein Kapitel, welches sich den grundlegenden technologischen Aspekten der Herstellung von luftspaltbasierenden Filtern widmet. Es wird ein Zusammenhang zu wichtigen Referenzarbeiten hergestellt, auf denen diverse Weiterentwicklungen dieser Arbeit basieren. Die beiden folgenden Kapitel erläutern dann ausführlich das Design, die Herstellung und die Charakterisierung der beiden oben erwähnten Filtervarianten. Abgesehen von der vorangehenden Epitaxie von InP / GaInAs Schichten, ist die Herstellung der InP / Luftspaltfilter komplett im Institut durchgeführt worden. Die Herstellungsschritte sind ausführlich in der Arbeit erläutert, wobei ein Schwerpunktthema das trockenchemische Ä tzen von InP sowie GaInAs, welches als Opferschichtmaterial für die Herstellung der Luftspalte genutzt wurde, behandelt. Im Verlauf der wissenschaftlichen Arbeit konnten sehr wichtige technische Verbesserungen entwickelt und eingesetzt werden, welche zu einer effizienteren technologischen Herstellung der Filter führten und in der vorliegenden Niederschrift ausführlich dokumentiert sind. Die hergestellten, für einen Einsatz in der optischen Telekommunikation entworfenen, elektrostatisch aktuierbaren Filter sind aus zwei luftspaltbasierenden Braggspiegeln aufgebaut, welche wiederum jeweils 3 InP-Schichten von (je nach Design) 357nm bzw. 367nm Dicke aufweisen. Die Filter bestehen aus im definierten Abstand parallel übereinander angeordneten Membranen, die über Verbindungsbrücken unterschiedlicher Anzahl und Länge an Haltepfosten befestigt sind. Da die mit 357nm bzw. 367nm vergleichsweise sehr dünnen Schichten freitragende Konstrukte mit bis zu 140 nm Länge bilden, aber trotzdem Positionsgenauigkeiten im nm-Bereich einhalten müssen, handelt es sich hierbei um sehr anspruchsvolle mikromechanische Bauelemente. Um den Einfluss der zahlreichen geometrischen Strukturparameter studieren zu können, wurden verschiedene laterale Filterdesigns implementiert. Mit den realisierten Filter konnte ein enorm weiter spektraler Abstimmbereich erzielt werden. Je nach lateralem Design wurden internationale Bestwerte für durchstimmbare Fabry-Perot-Filter von mehr als 140nm erreicht. Die Abstimmung konnte dabei kontinuierlich mit einer angelegten Spannung von nur wenigen Volt durchgeführt werden. Im Vergleich zu früher berichteten Ergebnissen konnten damit sowohl die Wellenlängenabstimmung als auch die dafür benötigte Abstimmungsspannung signifikant verbessert werden. Durch den hohen Brechungsindexkontrast und die geringe Schichtdicke zeigen die Filter ein vorteilhaftes, extrem weites Stopband in der Größ enordnung um 550nm. Die gewählten, sehr kurzen Kavitätslängen ermöglichen einen freien Spektralbereich des Filters welcher ebenfalls in diesen Größ enordnungen liegt, so dass ein weiter spektraler Einsatzbereich ermöglicht wird. Während der Arbeit zeigte sich, dass Verspannungen in den freitragenden InPSchichten die Funktionsweise der mikrooptischen Filter stark beeinflussen bzw. behindern. Insbesondere eine Unterätzung der Haltepfosten und die daraus resultierende Verbiegung der Ecken an denen sich die Verbindungsbrücken befinden, führte zu enormen vertikalen Membranverschiebungen, welche die Filtereigenschaften verändern. Um optimale Ergebnisse zu erreichen, muss eine weitere Verbesserung der Epitaxie erfolgen. Jedoch konnten durch den zusätzlichen Einsatz einer speziellen Schutzmaske die Unterätzung der Haltepfosten und damit starke vertikale Verformungen reduziert werden. Die aus der Verspannung resultierenden Verformungen und die Reaktion einzelner freistehender InP Schichten auf eine angelegte Gleich- oder Wechselspannung wurde detailliert untersucht. Mittels Weisslichtinterferometrie wurden lateral identische Strukturen verglichen, die aus unterschiedlich dicken InP-Schichten (357nm bzw. 1065nm) bestehen. Einen weiteren Hauptteil der Arbeit stellen Siliziumnitrid / Luftspaltfilter dar, welche auf einem neuen, im Rahmen dieser Dissertation entwickelten, technologischen Ansatz basieren. Die Filter bestehen aus zwei Braggspiegeln, die jeweils aus fünf 590nm dicken, freistehenden Siliziumnitridschichten aufgebaut sind und einem Abstand von 390nm untereinander aufweisen. Die Filter wurden auf Glassubstraten hergestellt. Der Herstellungsprozess ist jedoch auch mit vielen anderen Materialien oder Prozessen kompatibel, so dass z.B. eine Integration mit anderen Bauelemente relativ leicht möglich ist. Die Prozesse dieser ebenfalls oberflächenmikromechanisch hergestellten Filter wurden konsequent auf niedrige Herstellungskosten optimiert. Als Opferschichtmaterial wurde hier amorph abgeschiedenes Silizium verwendet. Der Herstellungsprozess beinhaltet die Abscheidung verspannungsoptimierter Schichten (Silizium und Siliziumnitrid) mittels PECVD, die laterale Strukturierung per reaktiven Ionenätzen mit den Gasen SF6 / CHF3 / Ar sowie Fotolack als Maske, die nasschemische Unterätzung der Opferschichten mittels KOH und das Kritisch-Punkt-Trocken der Proben. Die Ergebnisse der optischen Charakterisierung der Filter zeigen eine hohe Ü bereinstimmung zwischen den experimentell ermittelten Daten und den korrespondierenden theoretischen Modellrechnungen. Weisslichtinterferometermessungen der freigeätzten Strukturen zeigen ebene Filterschichten und bestätigen die hohe vertikale Positioniergenauigkeit, die mit diesem technologischen Ansatz erreicht werden kann.

GaInAsP-basierende Resonatorstrukturen

Physikalische Grundlagenforschung und anwendungsorientierte physikalische Forschung auf den Gebieten nanoskaliger kristalliner und amorpher fester Körper haben in vielfacher Weise eine große Bedeutung. Neben dem Verständnis für die Struktur der Materie und die Wechselwirkung von Objekten von der Größe einiger Atome ist die Erkenntnis über die physikalischen Eigenschaften nanostrukturierter Systeme von hohem Interesse. Diese Forschung eröffnet die Möglichkeit, die mit der Mikroelektronik begonnene Miniaturisierung fortzusetzen und wird darüber hinaus neue Anwendungsfelder eröffnen. Das Erarbeiten der physikalischen Grundlagen der Methoden zur Herstellung und Strukturierung ist dabei zwingend notwendig, da hier Wirkungsprinzipien dominieren, die erst bei Strukturgrößen im Nanometerbereich auftreten oder hinreichend stark ausgeprägt sind. Insbesondere Halbleitermaterialien sind hier von großem Interesse. Die in dieser Arbeit untersuchten Resonatorstrukturen, die auf dem kristallinen Verbindungshalbleitermaterial GaInAsP/InP basieren, erschließen wichtige Anwendungsfelder im Bereich der optischen Datenübertragung sowie der optischen Sensorik. Hergestellt wird das Halbleitermaterial mit der Metallorganischen Gasphasenepitaxie. Die experimentell besimmten Kenngrößen lassen Rückschlüsse auf die Güte der Materialien, die quantenmechanischen Wirkungsprinzipien und die Bauelementcharakteristik zu und führen zu optimal angepassten Kristallstrukturen. Auf Basis dieser optimierten Materialien wurde ein durchstimmbarer Fabry-Perot-Filter hergestellt, der aus einer Kombination aus InP-Membranen und Luftspalten besteht und elektromechanisch aktuiert werden kann. Das GaInAsP dient hierbei als wenige hundert nm dicke Opferschicht, die ätztechnisch hochselektiv beseitigt wird. Die Qualität der Grenzflächen zum InP ist entscheidend für die Qualität der freigeätzten Kavitäten und damit für die mechanische Gesamtstabilität der Struktur. Der in dieser Arbeit beschriebene Filter hat eine Zentralwellenlänge im Bereich von 1550 nm und weist einen Durchstimmbereich von 221 nm auf. Erzielt wurde dieser Wert durch ein konsistentes Modell der wirkenden Verspannungskomponenten und einer optimierten epitaktischen Kontrolle der Verspannungsparameter. Das realisierte Filterbauelement ist vielversprechend für den Einsatz in der optischen Kommunikation im Bereich von WDM (wavelength division multiplexing) Anwendungen. Als weitere Resonatorstrukur wurde ein Asymmetrisch gekoppelter Quantenfilm als optisch aktives Medium, bestehend aus GaInAsP mit variierender Materialkomposition und Verspannung, untersucht, um sein Potential für eine breitbandige Emission zu untersuchen und mit bekannten Modellen zu vergleichen. Als Bauelementdesign wurde eine kantenemittierende Superlumineszenzleuchtdiode gewählt. Das Ergebnis ist eine Emissionskurve von 100 nm, die eine höhere Unabhängigkeit vom Injektionsstrom aufweist als andere bekannte Konzepte. Die quantenmechanischen Wirkungsprinzipien - im wesentlichen die Kopplung der beiden asymmetrischen Potentialtöpfe und die damit verbundene Kopplung der Wellenfunktionen - werden qualitativ diskutiert. Insgesamt bestätigt sich die Eignung des Materials GaInAsP auch für neuartige, qualitativ höchst anspruchsvolle Resonatorstrukturen und die Bedeutung der vorgestellten und untersuchten Resonatorkonzepte. Die vorgestellten Methoden, Materialien und Bauelemente liefern aufgrund ihrer Konzeption und der eingehenden experimentellen Untersuchungen einen Beitrag sowohl zu den zugrunde liegenden mechanischen, optoelektronischen und quantenmechanischen Wirkungsprinzipien der Strukturen, als auch zur Realisierung neuer optoelektronischer Bauelemente.

Reinforcement Learning by Policy Search

One objective of artificial intelligence is to model the behavior of an intelligent agent interacting with its environment. The environment's transformations can be modeled as a Markov chain, whose state is partially observable to the agent and affected by its actions; such processes are known as partially observable Markov decision processes (POMDPs). While the environment's dynamics are assumed to obey certain rules, the agent does not know them and must learn. In this dissertation we focus on the agent's adaptation as captured by the reinforcement learning framework. This means learning a policy---a mapping of observations into actions---based on feedback from the environment. The learning can be viewed as browsing a set of policies while evaluating them by trial through interaction with the environment. The set of policies is constrained by the architecture of the agent's controller. POMDPs require a controller to have a memory. We investigate controllers with memory, including controllers with external memory, finite state controllers and distributed controllers for multi-agent systems. For these various controllers we work out the details of the algorithms which learn by ascending the gradient of expected cumulative reinforcement. Building on statistical learning theory and experiment design theory, a policy evaluation algorithm is developed for the case of experience re-use. We address the question of sufficient experience for uniform convergence of policy evaluation and obtain sample complexity bounds for various estimators. Finally, we demonstrate the performance of the proposed algorithms on several domains, the most complex of which is simulated adaptive packet routing in a telecommunication network.

AXARM : una aplicació eXtensible per assistència remota i monitorització

Un dels camps que aquest projecte ha estat treballant és el de la telemedicina. Aquest projecte presenta una aplicació per assistir al personal mèdic rehabilitador en tasques de telerehabilitació (i teleassistència) fent servir una connexió bàsica ADSL i hardware comú. És la continuació del projecte TeleRehabilitació i Esclerosi Múltiple (TRiEM), un esforç conjunt entre el grup de recerca Comunicacions i Sistemes Distribuïts (BCDS en anglès) de la Universitat de Girona (UdG) i de la Fundació Esclerosi Múltiple (FEM) per desenvolupar una eina per ajudar a tasques de rehabilitació de l’Esclerosi Múltiple. L’aplicació AXARM és una iniciativa del grup de Comunicacions i Sistemes Distribuïts de la Universitat de Girona per impulsar una eina d’assistència telemàtica entre doctors i pacients. Facilita una eina útil als especialistes d’un centre per realitzar tasques de rehabilitació, assistència remota o monitorització (sanitària, assistencial o d’una altra mena) amb pacients que es trobin en un altre punt físic a través d’Internet

Disseny i implementació d’un sistema experimental de telefonia IP per a la Unitat de Tecnologies de la Informació i Comunicació de l’Institut Català de la Salut a Girona

L'objectiu d'aquest projecte és dissenyar i implementar un servei de telefonia IP per a la Unitat de Tecnologies de la Informació i Comunicació (UTIC) de l'Institut Català de la Salut (ICS) a Girona. En primer lloc, es descriu el funcionament actual del servei de telefonia de l'ICS a Girona i la seva infraestructura de xarxa. A continuació s’estudia els fonaments de la VoIP. Es segueix amb el disseny, les eines escollides i la implementació realitzada, per acabar amb les conclusions

ToIP: Implementació d'un identificador de trucades

El principal objectiu d’aquest projecte és desenvolupar una aplicació client en .NET que sigui capaç de processar les trucades IP entrants que pugui rebre un usuari al llarg de la seva jornada laboral. L’empresa per la qual es desenvoluparà aquest projecte és Caixa Girona, una empresa dedicada a la banca, fundada l’any 1940 per la Diputació de Girona i que disposa d’una plantilla d’uns 1300 empleats repartits entre unes 250 oficines disposades arreu del territori català i uns Serveis Centrals (SSCC) situats a la ciutat de Girona

Immersió lingüística, cultural i acadèmica per a estudiants de Telecomunicació

L’Escola Tècnica Superior d’Enginyers de Telecomunicació (ETSET) de la Universitat Politècnica de València (UPV) promou la mobilitat dels seus estudiants i professors, no només a través de programes nacionals –SICUE-Sèneca– o internacionals (ERASMUS, PROMOE), sinó també per la realització de viatges de pràctiques de llengua estrangera. D’aquesta manera, els estudiants matriculats en les assignatures de francès, anglès o alemany poden beneficiar- se d’una estada a França, Gran Bretanya o Alemanya, visitant-ne les universitats i empreses del sector. En aquesta comunicació ens remetem a l’últim viatge realitzat a París al març passat, durant el qual quinze estudiants de l’ETSET, matriculats en els cinc grups de les assignatures de francès (nivell bàsic, intermedi i avançat), van visitar una Grande École, l’ENSEA (École Nationale Supérieure de l’Électronique et de ses Applications). La visita, coordinada i programada entre els professors responsables d’ambdues escoles, va consistir a efectuar presentacions institucionals (escola, universitat d’origen) i generals (informació sobre la ciutat i la seua cultura) per part dels mateixos estudiants espanyols i francesos en els diferents grups de les assignatures d’espanyol. Per a fer-ho, cada grup havia preparat la presentació en PowerPoint de la seua escola o ciutat en la llengua d’estudi. Aquest tipus d’activitats facilita la immersió lingüística, cultural i acadèmica dels estudiants, de manera que els permet rebre informació de primera mà sobre el panorama dels seus estudis en un altre país, i alhora patrocinen la seua pròpia escola entre els estudiants estrangers

Evaluating the probability and the impact of a failure in GMPLS based networks

In this paper, we define a new scheme to develop and evaluate protection strategies for building reliable GMPLS networks. This is based on what we have called the network protection degree (NPD). The NPD consists of an a priori evaluation, the failure sensibility degree (FSD), which provides the failure probability, and an a posteriori evaluation, the failure impact degree (FID), which determines the impact on the network in case of failure, in terms of packet loss and recovery time. Having mathematical formulated these components, experimental results demonstrate the benefits of the utilization of the NPD, when used to enhance some current QoS routing algorithms in order to offer a certain degree of protection

Minimum interference routing with fast protection

One of the most effective techniques offering QoS routing is minimum interference routing. However, it is complex in terms of computation time and is not oriented toward improving the network protection level. In order to include better levels of protection, new minimum interference routing algorithms are necessary. Minimizing the failure recovery time is also a complex process involving different failure recovery phases. Some of these phases depend completely on correct routing selection, such as minimizing the failure notification time. The level of protection also involves other aspects, such as the amount of resources used. In this case shared backup techniques should be considered. Therefore, minimum interference techniques should also be modified in order to include sharing resources for protection in their objectives. These aspects are reviewed and analyzed in this article, and a new proposal combining minimum interference with fast protection using shared segment backups is introduced. Results show that our proposed method improves both minimization of the request rejection ratio and the percentage of bandwidth allocated to backup paths in networks with low and medium protection requirements

Resource dimensioning aspect of heterogeneous traffic with different service requirements: Integration versus segregation

In this paper, we consider the ATM networks in which the virtual path concept is implemented. The question of how to multiplex two or more diverse traffic classes while providing different quality of service requirements is a very complicated open problem. Two distinct options are available: integration and segregation. In an integration approach all the traffic from different connections are multiplexed onto one VP. This implies that the most restrictive QOS requirements must be applied to all services. Therefore, link utilization will be decreased because unnecessarily stringent QOS is provided to all connections. With the segregation approach the problem can be much simplified if different types of traffic are separated by assigning a VP with dedicated resources (buffers and links). Therefore, resources may not be efficiently utilized because no sharing of bandwidth can take place across the VP. The probability that the bandwidth required by the accepted connections exceeds the capacity of the link is evaluated with the probability of congestion (PC). Since the PC can be expressed as the CLP, we shall simply carry out bandwidth allocation using the PC. We first focus on the influence of some parameters (CLP, bit rate and burstiness) on the capacity required by a VP supporting a single traffic class using the new convolution approach. Numerical results are presented both to compare the required capacity and to observe which conditions under each approach are preferred

Optimal Traffic Grooming in WDM using Lighttours

Recent developments in optical communications have allowed simpler optical devices to improve network resource utilization. As such, we propose adding a lambda-monitoring device to a wavelength-routing switch (WRS) allowing better performance when traffic is routed and groomed. This device may allow a WRS to aggregate traffic over optical routes without incurring in optical-electrical-optical conversion for the existing traffic. In other words, optical routes can be taken partially to route demands creating a sort of "lighttours". In this paper, we compare the number of OEO conversions needed to route a complete given traffic matrix using either lighttours or lightpaths

QoS online routing and MPLS multilevel protection: a survey

A survey of MPLS protection methods and their utilization in combination with online routing methods is presented in this article. Usually, fault management methods pre-establish backup paths to recover traffic after a failure. In addition, MPLS allows the creation of different backup types, and hence MPLS is a suitable method to support traffic-engineered networks. In this article, an introduction of several label switch path backup types and their pros and cons are pointed out. The creation of an LSP involves a routing phase, which should include QoS aspects. In a similar way, to achieve a reliable network the LSP backups must also be routed by a QoS routing method. When LSP creation requests arrive one by one (a dynamic network scenario), online routing methods are applied. The relationship between MPLS fault management and QoS online routing methods is unavoidable, in particular during the creation of LSP backups. Both aspects are discussed in this article. Several ideas on how these actual technologies could be applied together are presented and compared

Adding QoS protection in order to enhance MPLS QoS routing

In this paper, a method for enhancing current QoS routing methods by means of QoS protection is presented. In an MPLS network, the segments (links) to be protected are predefined and an LSP request involves, apart from establishing a working path, creating a specific type of backup path (local, reverse or global). Different QoS parameters, such as network load balancing, resource optimization and minimization of LSP request rejection should be considered. QoS protection is defined as a function of QoS parameters, such as packet loss, restoration time, and resource optimization. A framework to add QoS protection to many of the current QoS routing algorithms is introduced. A backup decision module to select the most suitable protection method is formulated and different case studies are analyzed

An improved method for discovering link criticality in transport networks

Quantitatively assessing the importance or criticality of each link in a network is of practical value to operators, as that can help them to increase the network's resilience, provide more efficient services, or improve some other aspect of the service. Betweenness is a graph-theoretical measure of centrality that can be applied to communication networks to evaluate link importance. However, as we illustrate in this paper, the basic definition of betweenness centrality produces inaccurate estimations as it does not take into account some aspects relevant to networking, such as the heterogeneity in link capacity or the difference between node-pairs in their contribution to the total traffic. A new algorithm for discovering link centrality in transport networks is proposed in this paper. It requires only static or semi-static network and topology attributes, and yet produces estimations of good accuracy, as verified through extensive simulations. Its potential value is demonstrated by an example application. In the example, the simple shortest-path routing algorithm is improved in such a way that it outperforms other more advanced algorithms in terms of blocking ratio