Molecular characterization of the Hepatitis B virus genotypes in Colombia: A Bayesian inference on the genotype F

Hepatitis B is a worldwide health problem affecting about 2 billion people and more than 350 million are chronic carriers of the virus. Nine HBV genotypes (A to I) have been described. The geographical distribution of HBV genotypes is not completely understood due to the limited number of samples from some parts of the world. One such example is Colombia, in which few studies have described the HBV genotypes. In this study, we characterized HBV genotypes in 143 HBsAg-positive volunteer blood donors from Colombia. A fragment of 1306 bp partially comprising HBsAg and the DNA polymerase coding regions (S/POL) was amplified and sequenced. Bayesian phylogenetic analyses were conducted using the Markov Chain Monte Carlo (MCMC) approach to obtain the maximum clade credibility (MCC) tree using BEAST v.1.5.3. Of all samples, 68 were positive and 52 were successfully sequenced. Genotype F was the most prevalent in this population (77%) - subgenotypes F3 (75%) and Fib (2%). Genotype G (7.7%) and subgenotype A2 (15.3%) were also found. Genotype G sequence analysis suggests distinct introductions of this genotype in the country. Furthermore, we estimated the time of the most recent common ancestor (TMRCA) for each HBV/F subgenotype and also for Colombian F3 sequences using two different datasets: (i) 77 sequences comprising 1306 bp of S/POL region and (ii) 283 sequences comprising 681 bp of S/POL region. We also used two other previously estimated evolutionary rates: (i) 2.60 x 10(-4) s/s/y and (ii) 1.5 x 10(-5) s/s/y. Here we report the HBV genotypes circulating in Colombia and estimated the TMRCA for the four different subgenotypes of genotype F. (C) 2010 Elsevier B.V. All rights reserved.

Molecular Characterization, Distribution, and Dynamics of Hepatitis C Virus Genotypes in Blood Donors in Colombia

Hepatitis C virus (HCV) is a frequent cause of acute and chronic hepatitis and a leading cause for cirrhosis of the liver and hepatocellular carcinoma. HCV is classified in six major genotypes and more than 70 subtypes. In Colombian blood banks, serum samples were tested for anti-HCV antibodies using a third-generation ELISA. The aim of this study was to characterize the viral sequences in plasma of 184 volunteer blood donors who attended the ""Banco Nacional de Sangre de la Cruz Roja Colombiana,`` Bogota, Colombia. Three different HCV genomic regions were amplified by nested PCR. The first of these was a segment of 180 bp of the 5`UTR region to confirm the previous diagnosis by ELISA. From those that were positive to the 5`UTR region, two further segments were amplified for genotyping and subtyping by phylogenetic analysis: a segment of 380 bp from the NS5B region; and a segment of 391 bp from the E1 region. The distribution of HCV subtypes was: 1b (82.8%), 1a (5.7%), 2a (5.7%), 2b (2.8%), and 3a (2.8%). By applying Bayesian Markov chain Monte Carlo simulation, it was estimated that HCV-1b was introduced into Bogota around 1950. Also, this subtype spread at an exponential rate between about 1970 to about 1990, after which transmission of HCV was reduced by anti-HCV testing of this population. Among Colombian blood donors, HCV genotype 1b is the most frequent genotype, especially in large urban conglomerates such as Bogota, as is the case in other South American countries. J. Med. Virol. 82: 1889-1898, 2010. (C) 2010 Wiley-Liss, Inc.

Karyotype variability in KP1(+) and KP1(-) strains of Trypanosoma rangeli isolated in Brazil and Colombia

In the present study, the molecular karyotypes of 12 KP1(+) and KP1(-) Trypanosoma rangeli strains were determined and 10 different molecular markers were hybridized to the chromosomes of the parasite, including seven obtained from T. rangeli [ubiquitin hydrolase (UH), a predicted serine/threonine protein kinase (STK), hexose transporter, hypothetical protein, three anonymous sequences] and three from Trypanosoma cruzi [ubiquitin-conjugating enzyme E2 (UBE2), ribosomal RNA methyltransferase (rRNAmtr), proteasome non-ATPase regulatory subunit 6 (PSMD6)]. Despite intraspecific variation, analysis of the karyotype profiles permitted the division of the T rangeli strains into two groups coinciding with the KP1(+) and KP1(-) genotypes. Southern blot hybridization showed that, except for the hexose transporter probe, all other probes produced distinct patterns able to differentiate the KP1(+) and KP1(-) genotypes. The UH, STK and An-1A04 probes exclusively hybridized to the chromosomes of KP1(+) strains and can be used as markers of this group. In addition, the UBE2, rRNAmtr and PSMD6 markers, which are present in a conserved region in all trypanosomatid species sequenced so far, co-hybridized to the same T. rangeli chromosomal bands, suggesting the occurrence of gene synteny in these species. The finding of distinct molecular karyotypes in KP1(+) and KP1 (-) strains of T rangeli is noteworthy and might be used as a new approach to the study of genetic variability in this parasite. Together with the Southern blot hybridization results, these findings demonstrate that differences at the kDNA level might be associated with variations in nuclear DNA. (c) 2009 Elsevier BY. All rights reserved.

Late Devonian acanthodians from Colombia

Acanthodian remains occur in micaceous siltstone lenses (presumed to have been deposited during a marine incursion) in the Cuche Formation (?Frasnian) of northeast Colombia. The acanthodians are represented by patches of scales from climatiidid Nostolepis sp. cf. N. gatijensis and a fin spine and scales from a new diplacanthid. Type material of N. gaujensis is from the Frasnian Sventoji regional stage in the Baltic, and Nostolepis sp. cf. N. gaujensis has been recorded in the Frasnian of Iran, as well as from Colombia. The new diplacanthid taxon shows affinity to Baltic and Antarctic diplacanthids. The fauna thus shows possible links to both Gondwanan and Euramerican acanthodian assemblages. (C) 2003 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

A crise do transporte a??reo no Brasil: 2006-2007

Este estudo de caso aborda a crise vivida pelo setor de transporte a??reo brasileiro nos anos de 2006 e 2007. Deflagrada por um acidente de vulto, a crise teve como protagonistas os controladores de tr??fego a??reo, que, sob suspeita de falha funcional e comunica????o dif??cil com as autoridades do setor, reagiram por meio de uma estrat??gia de opera????o-padr??o (greve branca). Essa situa????o, somada ?? escassez de pessoal, provocou, de novembro de 2006 at?? meados de 2007, o descontrole operacional dos principais aeroportos do pa??s, com grandes preju??zos aos usu??rios. Um novo acidente a??reo, no decorrer da crise, agravou ainda mais a situa????o do setor, expondo defici??ncias estruturais e profissionais ?? opini??o p??blica brasileira, em uma ??rea at?? ent??o considerada segura. O caso relata as tentativas de equacionamento da crise por parte das autoridades respons??veis pela pol??tica de transporte a??reo, frente ao descontentamento e ??s reivindica????es dos controladores de tr??fego a??reo e ?? indigna????o da sociedade. O objetivo do estudo de caso ?? ilustrar uma situa????o de crise e de processo de negocia????o, tendo sido originalmente utilizado em uma oficina sobre negocia????es no setor p??blico. O caso pode ser utilizado como material de apoio em cursos que abordem, entre outros, os seguintes t??picos: negocia????o, gest??o de crises, comunica????o e planejamento estrat??gico

Viabilizando o neg??cio de transporte mar??timo no sistema Petrobr??s

O texto descreve o processo de reorganiza????o e implanta????o de mudan??as na FRONAPE que a levou, em um curto espa??o de tempo, a uma fant??stica revers??o de resultados que vem criando valor e viabilizando o neg??cio de transporte mar??timo dentro do sistema Petrobr??s, se constituindo no fortalecimento e na viabiliza????o da pr??pria marinha mercante brasileira

An??lise da estrutura organizacional da fiscaliza????o do transporte rodovi??rio na ag??ncia nacional de transportes terrestres

Fiscalizar a presta????o dos servi??os de transporte interestadual e internacional de passageiros e de transporte rodovi??rio de cargas ?? atribui????o da Superintend??ncia de Fiscaliza????o da Ag??ncia Nacional de Transportes Terrestres ??? ANTT. Esta pesquisa visa analisar a efici??ncia e efic??cia desta estrutura organizacional

Transporte de trabalhadores rurais: parceria para uma nova realidade

Parceria concebida pela DRT-GO que envolve as Pol??cias Rodovi??rias com outros ??rg??os do governo e entidades sindicais, para equacionar problemas existentes no transporte de trabalhadores rurais devido ?? falta de fiscaliza????o. As Pol??cias Rodovi??rias Federal e Estadual assumiram a fiscaliza????o e o controle do transporte de trabalhadores em todo o estado. Foram reduzidas as den??ncias de transporte irregular de trabalhadores rurais. A incid??ncia de mortes ou invalidez por acidentes de trajeto devido ao transporte irregular dos trabalhadores foi praticamente eliminada no Estado

Revison of Alongatepyris (Hymenoptera: Bethylidae) with description of a new species from Colombia

Espécies do gênero Neotropical Alongatepyris Azevedo são raramente coletadas. O gênero é reconhecido dentre os Sclerodermini por possuir o corpo extremamente achatado e a célula submediana da asa anterior pequena e completamente fechada. É descrita e ilustrada uma segunda espécie, Alongatepyris ingens sp. nov. da Colômbia. Esta espécie é caracterizada por não possuir a nervura radial da asa anterior. É apresentada uma diagnose de A. platunissimus Azevedo, 1992. É apresentada uma chave para as espécies do gênero.

Estudo do transporte atmosférico de Mp10 e SO2 com os Modelos WRF/CMAQ em regiões costeiras urbanas

O objetivo principal deste trabalho foi o estudo do transporte atmosférico de PM10 e SO2 em regiões costeiras urbanas usando modelos WRF/CMAQ. Duas regiões foram contempladas neste estudo. Uma é a Região da Grande Vitória (RGV), no estado do Espírito Santo, Brasil; a outra é a Região da Grande Dunkerque (RGD), no Departamento Nord Pas-de-Calais, França. A RGV é cercada por uma cadeia de montanhas paralela à costa, resultando num topografia complexa e acidentada. Já a RGD possui uma topografia muito mais suave. As entradas de dados para os modelos WRF/CMAQ englobaram o inventário de emissões de poluentes atmosféricos do IEMA-ES para a RGV, e o inventário de emissões no nível do solo de Nord Pas-de-Calais denominado ―Cadastre_totaux_3km_A2008 _M2010_V2_SNAPN2‖ para a RGD. Ambos os inventários apresentaram restrições, todavia. O inventário da RGV apresentou valores de ressuspensão em vias de tráfego elevados, em comparação com diversos estudos, e teve esses dados modificados. Os dados no nível do solo e a grande área de das células da grade (9 km2) do inventário da RGD não permitiram resultados satisfatórios de modelagem. A validação dos modelos foi realizada por comparação com resultados obtidos em duas campanhas experimentais: uma na cidade de Dunkerque, no norte da França, em setembro de 2009; a outra na cidade de Vitória, no sudeste do Brasil, em julho de 2012. Esses dados foram obtidos pelo uso de sistemas de Light Detection and Ranging (LIDAR) e Sonic Detection and Ranging (SODAR), bem como de Estações Meteorológicas de Superfície (EMS) e de monitoramento atmosférico. Os resultados deste trabalho mostraram que: a) existe uma necessidade de melhorias contínuas nos inventários regionais de emissões, adaptando-os para condições locais específicas e focando na obtenção de parâmetros necessários para modelagem fotoquímica; b) os valores de módulo e direção das velocidades obtidas na modelagem meteorológica influenciam fortemente os resultados da modelagem de concentração de poluentes; c) a qualidade do ar tanto na RGV quanto na RGD merece atenção, sobretudo no que diz respeito às concentrações de MP10. De acordo com os dados das estações de monitoramento, a situação parece mais crítica na RGD; d) a modelagem da RGV apresentou resultados mais satisfatórios do que a da RGD, de acordo com os resultados das validações; e) a entrada da brisa do mar provocou alterações significativas na concentração dos poluentes, o que pôde ser observado na análise da dinâmica da dispersão de MP10 e SO2. Esse fenômeno foi mais marcante na RGV, onde a entrada da brisa marítima provocou um movimento oscilatório na pluma de poluição, levando-a para os bairros mais densamente povoados do conglomerado urbano. Na RGD, a entrada da brisa não foi cotidiana e, no dia em que ela aconteceu, houve uma alteração de quase 180º na direção do movimento da pluma de poluição. Além do aumento da turbulência vertical, o qual já foi estudado por diversos autores, este estudo focou também na influência brisa do mar na dinâmica da pluma de dispersão de poluentes atmosféricos em regiões costeiras.

Métodos de estudo do transporte mucociliar

Disfunções no transporte mucociliar trazem desde queda na qualidade de vida dos pacientes, como nas rinites e rinossinusites crônicas, até graves conseqüências com risco de seqüelas irreversíveis e mesmo letais, como nos casos de fibrose cística e das discinesias ciliares primárias. Desta forma, torna-se fundamental o conhecimento do funcionamento normal do aparelho mucociliar e de como alterações em seus componentes (cílio, muco-fluido periciliar e interação dinâmica entre ambos) afetam o transporte das secreções respiratórias. OBJETIVOS: Este artigo visa a revisar e discutir as diferentes técnicas de avaliação do transporte mucociliar descrevendo suas peculiaridades e aplicabilidades clínicas e experimentais. CONCLUSÕES: Os métodos citados nesta revisão nos fornecem informações importantes sobre os diferentes aspectos do transporte mucociliar. Alguns apresentam uma maior facilidade de realização e resultados reprodutíveis, já outros apenas mostraram-se com aplicabilidade em protocolos de pesquisa em virtude de dificuldades técnicas e limitações financeiras. Há que se considerar a inexistência de métodos que avaliem ambulatorialmente a freqüência de batimento ciliar (FBC) "in vivo" e "in situ", o que se tornaria uma ferramenta importante, tanto no âmbito científico, quanto na prática clínica, auxiliando no diagnóstico das discinesias ciliares e evitando a realização de procedimentos mais invasivos para a sua confirmação diagnóstica.

A política estadunidense de desgermanização do sistema de transporte aéreo brasileiro: o caso da Condor

Análise e avaliação da política dos Estados Unidos de extinção das atividades da empresa de transporte aéreo Condor, por meio de sua inclusão na Lista Negra, do corte no fornecimento de combustível, da pressão pela exclusão de trabalhadores e acionistas alemães ou simpatizantes do Eixo. Consideraram-se outros meios, como a oferta de crédito para aquisição de equipamentos de aviação estadunidenses e de ações da Condor, e treinamento de brasileiros, assim como infiltração de técnicos e consultores na empresa.

Estudios etiológicos de la marchitez del aguacate en Antioquia-Colombia

El cultivo de aguacate en Colombia ha presentado un incremento en el área sembrada durante la última década, especialmente en clima frío moderado, entre 1.800 y 2.500 msnm. La variedad Hass se destaca por tener la mayor área sembrada en este clima, en el departamento de Antioquia-Colombia. Este cultivo presenta grandes retos tecnológicos para su expansión; entre ellos el manejo de enfermedades ocupa un lugar predominante por las implicaciones que tiene en costos, impacto en la salud, ambiente y restricciones para exportaciones. La marchitez, ocasiona la muerte de numerosos árboles en todas las etapas del cultivo y presenta la mayor incidencia y severidad de las enfermedades identificadas para este cultivo. El desconocimiento de los agentes causales de esta enfermedad, ha llevado a realizar prácticas de manejo encaminadas principalmente al control del oomycete Phytophthora cinnamomi Rands, como único agente causal. Esta investigación tuvo como objetivo identificar los distintos agentes causales de la marchitez del aguacate y la relación de su incidencia con las prácticas de manejo en lotes cultivados en el departamento de Antioquia-Colombia. Los resultados encontrados muestran que la marchitez es el principal problema del cultivo de aguacate. Los microorganismos P. cinnamomi, Phytophthora heveae Thompson, Phytophthora citrícola Sawada, Verticillium sp., y Cylindrocarpon destructans (Zinss) Scholten fueron aislados y reprodujeron los síntomas asociados a marchitez. Las condiciones de bajo contenido de oxigeno el suelo también reprodujeron la sintomatología de marchitez, involucrando también un origen abiótico en la etiología.

Satisfacción con el empleo de extensionista rural: un estudio cualitativo en Caldas, Colombia

Como aporte al posicionamiento de la extensión rural como objeto multidimensional de estudio, se analizan las valoraciones realizadas por extensionistas rurales acerca de situaciones inherentes a su experiencia cotidiana de trabajo, seguido de la identificación de factores de satisfacción/insatisfacción laboral. En consonancia con la esencia cualitativa del estudio, la información se generó a partir de entrevistas semiestructuradas a 23 extensionistas rurales adscritos las Unidades Municipales de Asistencia Técnica (UMATA) de cinco municipios del departamento de Caldas, Colombia. El análisis de discurso permitió identificar ocho factores: a) gusto por la profesión ejercida, b) posibilidades de proyección social, c) alcance y visualización de logros, d) reconocimiento público, e) posibilidades de ascenso, f) posibilidades de aprendizaje continuo, g) autonomía, y h) estabilidad laboral. Se concluye que desconocer el estado emocional de los extensionistas hacia el trabajo produce el riesgo de crear o conservar escenarios que limiten el compromiso con la labor social realizada y el mantenimiento de la vocación extensionista.