Diversidade genética entre híbridos de laranja-doce e tangor 'Murcott' avaliada por fAFLP e RAPD

O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética em uma população de 148 híbridos de tangor 'Murcott' (Citrus reticulata Blanco x C. sinensis L. Osbeck) e laranja 'Pêra' (C. sinensis L. Osbeck) obtidos por polinização controlada, pelo uso de marcadores fAFLP e RAPD. Marcadores polimórficos (416 marcadores fAFLP e 33 RAPD) foram utilizados para avaliar a similaridade genética entre os híbridos, calculada com o coeficiente Jaccard pelo método UPGMA. A consistência de cada agrupamento foi determinada pelo programa BOOD. Houve alta similaridade genética entre os parentais. A laranja 'Pêra' apresentou maior número (132) de loci em heterozigose em relação ao tangor 'Murcott' (105), corroborando a teoria de origem híbrida para a laranja-doce. Observaram-se dois grupos distintos de plantas, e um deles abrangeu 80% dos híbridos com maior similaridade com a laranja 'Pêra'. A análise bootstrap não revelou consistência estatística entre esses grupos. Marcadores fAFLP são mais eficientes na avaliação do polimorfismo, sendo indicados para seleção de indivíduos híbridos mais próximos a um dos parentais.

The Job Board : Borsa de treball on-line, distribuïda i multi-dispositiu

Aquest treball final de carrera es basa en la creació d'una borsa de treball on-line, distribuïda i multi-dispositiu. Ha estat creada a partir de noves tecnologies com Play Framework i Twiter Bootstrap, utilitzant els llenguatges Java i Scala, usant marcatge HTML5 i desplegada en un servidor de cloud computing anomenat Heroku.

Diversidade genética de Litopenaeus vannamei cultivado na Bahia

O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de estoques comerciais do camarão Litopenaeus vannamei, por meio de marcadores RAPD e diferentes métodos estatísticos de análises, em Canavieiras, BA. Vinte primers foram utilizados para a obtenção de 59 marcadores polimórficos. A análise com o programa AMOVA evidenciou diferenciação genética significativa entre os estoques, com fiST = 0,186 (p<0,001). Entretanto, as análises obtidas com o programa HICKORY sugeriram não existir estruturação (q b ou = 0,002), mas considerável taxa de endogamia dentro dos estoques, em razão, provavelmente, do cruzamento entre indivíduos geneticamente mais similares (f = 0,729). Testes com bootstrap mostraram 48 como o número mínimo de marcadores RAPD adequados para estudos de variabilidade genética nessa espécie. Pelo dendrograma, gerado a partir da matriz de similaridade de Jaccard (Sj), observou-se que nos três estoques comerciais estudados existem animais geneticamente distintos.

Renovació del sistema de gestió d'assistència a l'Institut de Vidreres

Implantació i adaptació de l'aplicació django-aula, per a passar llista i anotar incidències de l'alumnat a un institut, incloent la renovació de la interfície gràfica per a adaptar-la a dispositius petits i tàctils.

Tamanho de amostra para estimação do coeficiente de correlação linear de Pearson entre caracteres de milho

O objetivo deste trabalho foi determinar o tamanho de amostra para a estimação do coeficiente de correlação linear de Pearson entre caracteres de três híbridos de milho. Para as análises, foram tomadas aleatoriamente 361, 373 e 416 plantas, respectivamente, de híbridos simples, triplo e duplo. Para cada planta, os seguintes caracteres foram mensurados: diâmetro maior e menor do colmo, altura da planta e altura, peso, comprimento e diâmetro da espiga, número de fileiras por espiga, peso e diâmetro de sabugo, massa de cem grãos, número de grãos por espiga, comprimento e produtividade de grãos. Para cada um dos 91 pares de caracteres e híbridos, foi determinado o tamanho de amostra a partir de "bootstrap", com reposição de 1.000 amostras, de cada tamanho de amostra simulado. Na estimação do coeficiente de correlação linear de Pearson com a mesma precisão, o tamanho de amostra (número de plantas) aumenta na direção de pares de caracteres com menor intensidade de relação linear, independentemente do tipo de híbrido. Para os 91 pares de caracteres estudados, 252 plantas são suficientes para a estimação do coeficiente de correlação linear de Pearson, no intervalo de confiança de "bootstrap" de 95%, igual a 0,30

Determinación de tamaño de muestra de características del xilema de brote de aguacate mediante remuestreo

El propósito de este trabajo fue determinar el tamaño de muestra adecuado, para detectar diferencias estadísticas en análisis de varianza de los caracteres de xilema, en brotes anuales de aguacate. Para esto, fueron registradas en tres árboles con altura contrastante las variables frecuencia, área, perímetro y diámetro de los vasos del xilema. A partir de 50 observaciones de cada árbol, se realizaron 5.000 remuestreos no paramétricos, para cada repetición de 2 a 50 campos microscópicos. A partir del tamaño de muestra de 15 repeticiones, las desviaciones en los cinco estadísticos son mínimas, por lo que se propone como el mínimo para el muestreo de dichas variables.

Renovació del sistema de gestió d'assistència a l'Institut de Vidreres

Implantació i adaptació de l'aplicació Django-aula per passar llista i anotar incidències de l'alumnat a un institut, incloent la renovació de la interfície gràfica per adaptar-la a dispositius petits i tàctils.

Precisão experimental de ensaios de trigo em regiões homogêneas de adaptação

O objetivo deste trabalho foi avaliar a adequação de estatísticas de precisão experimental em conjuntos de ensaios de competição de genótipos de trigo (Triticum aestivum), realizados em regiões homogêneas de adaptação. As estatísticas herdabilidade, coeficiente de determinação, valor do teste F para genótipo, índice de diferenciação de Fasoulas, acurácia seletiva e coeficiente de repetibilidade foram calculadas a partir de resultados de produtividade de grãos de trigo de 572 ensaios de competição com 25 genótipos, em quatro regiões homogêneas de adaptação, nas safras de 2007 a 2011. Foram estimadas as correlações lineares entre as estatísticas e realizada a análise de trilha. As estatísticas foram agrupadas pelo método hierárquico de Ward. As médias das estatísticas de cada região de adaptação foram comparadas pelo teste t "bootstrap". As estatísticas acurácia seletiva, coeficiente de determinação, coeficiente de herdabilidade e coeficiente de repetibilidade apresentam relação algébrica e são adequadas para avaliar a precisão experimental de ensaios de competição de trigo em diferentes regiões de adaptação. As regiões utilizadas para avaliação do valor de cultivo e uso do trigo diferem quanto à acurácia seletiva e ao coeficiente de repetibilidade.

Bootstrapping a statistical speech translator from a rule-based one

We describe a series of experiments in which we start with English to French and English to Japanese versions of an Open Source rule-based speech translation system for a medical domain, and bootstrap correspondign statistical systems. Comparative evaluation reveals that the rule-based systems are still significantly better than the statistical ones, despite the fact that considerable effort has been invested in tuning both the recognition and translation components; also, a hybrid system only marginally improved recall at the cost of a los in precision. The result suggests that rule-based architectures may still be preferable to statistical ones for safety-critical speech translation tasks.

Optimal use of SSR markers for varietal identification of upland cotton

Abstract: The objective of this work was to identify polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers for varietal identification of cotton and evaluation of the genetic distance among the varieties. Initially, 92 SSR markers were genotyped in 20 Brazilian cotton cultivars. Of this total, 38 loci were polymorphic, two of which were amplified by one primer pair; the mean number of alleles per locus was 2.2. The values of polymorphic information content (PIC) and discrimination power (DP) were, on average, 0.374 and 0.433, respectively. The mean genetic distance was 0.397 (minimum of 0.092 and maximum of 0.641). A panel of 96 varieties originating from different regions of the world was assessed by 21 polymorphic loci derived from 17 selected primer pairs. Among these varieties, the mean genetic distance was 0.387 (minimum of 0 and maximum of 0.786). The dendrograms generated by the unweighted pair group method with arithmetic average (UPGMA) did not reflect the regions of Brazil (20 genotypes) or around the world (96 genotypes), where the varieties or lines were selected. Bootstrap resampling shows that genotype identification is viable with 19 loci. The polymorphic markers evaluated are useful to perform varietal identification in a large panel of cotton varieties and may be applied in studies of the species diversity.

Estudi comparatiu dels filtres de Kalman i IMM per a navegació

Els sistemes híbrids de navegació integren mesures de posició i velocitat provinents de satèl·lits (GPS) i d’unitats de mesura inercials (IMU).Les dades d’aquests sensors s’han de fusionar i suavitzar, i per a aquest propòsit existeixen diversos algorismes de filtratge, que tracten les dades conjuntament o per separat. En aquest treball s’han codificat en Matlab els algorismes dels filtres de Kalman i IMM, i s’han comparat les seves prestacions en diverses trajectòries d’un vehicle. S’han avaluat quantitativament els errors dels dos filtres, i s’han sintonitzat els seus paràmetres per a minimitzar aquests errors. Amb una correcta sintonia dels filtres, s’ha comprovat que el filtre IMM és superior al filtre de Kalman, tant per maniobres brusques com per maniobres suaus, malgrat que la complexitat i el temps de càlcul requerit són majors.

Discovery of a 29-gene panel in peripheral blood mononuclear cells for the detection of colorectal cancer and adenomas using high throughput real-time PCR.

Colorectal cancer (CRC) is the second leading cause of cancer-related death in developed countries. Early detection of CRC leads to decreased CRC mortality. A blood-based CRC screening test is highly desirable due to limited invasiveness and high acceptance rate among patients compared to currently used fecal occult blood testing and colonoscopy. Here we describe the discovery and validation of a 29-gene panel in peripheral blood mononuclear cells (PBMC) for the detection of CRC and adenomatous polyps (AP). Blood samples were prospectively collected from a multicenter, case-control clinical study. First, we profiled 93 samples with 667 candidate and 3 reference genes by high throughput real-time PCR (OpenArray system). After analysis, 160 genes were retained and tested again on 51 additional samples. Low expressed and unstable genes were discarded resulting in a final dataset of 144 samples profiled with 140 genes. To define which genes, alone or in combinations had the highest potential to discriminate AP and/or CRC from controls, data were analyzed by a combination of univariate and multivariate methods. A list of 29 potentially discriminant genes was compiled and evaluated for its predictive accuracy by penalized logistic regression and bootstrap. This method discriminated AP >1cm and CRC from controls with a sensitivity of 59% and 75%, respectively, with 91% specificity. The behavior of the 29-gene panel was validated with a LightCycler 480 real-time PCR platform, commonly adopted by clinical laboratories. In this work we identified a 29-gene panel expressed in PBMC that can be used for developing a novel minimally-invasive test for accurate detection of AP and CRC using a standard real-time PCR platform.

Identificación de constructos competitivos y estratégicos de las exportaciones de manzanas chilenas a los mercados asiáticos

En esta investigación se analiza la competitividad de las exportaciones de manzanas de la región del Maule, Chile, en los mercados asiáticos de China, Hong Kong, Taiwán e India. El objetivo fue identificar estrategias competitivas y determinar las variables de ventaja competitiva de mayor relevancia. Para determinar los constructos estratégicos se realizó un bootstrap junto con un análisis factorial de componentes principales (PCA). Los constructos encontrados indican que las estrategias competitivas del sector exportador está orientado en lograr economías de escalas y optimizar procesos productivos y comerciales, para lograr menores costos y competir eficientemente en los mercados asiáticos.

ASTRAL-R score predicts non-recanalisation after intravenous thrombolysis in acute ischaemic stroke.

Intravenous thrombolysis (IVT) as treatment in acute ischaemic strokes may be insufficient to achieve recanalisation in certain patients. Predicting probability of non-recanalisation after IVT may have the potential to influence patient selection to more aggressive management strategies. We aimed at deriving and internally validating a predictive score for post-thrombolytic non-recanalisation, using clinical and radiological variables. In thrombolysis registries from four Swiss academic stroke centres (Lausanne, Bern, Basel and Geneva), patients were selected with large arterial occlusion on acute imaging and with repeated arterial assessment at 24 hours. Based on a logistic regression analysis, an integer-based score for each covariate of the fitted multivariate model was generated. Performance of integer-based predictive model was assessed by bootstrapping available data and cross validation (delete-d method). In 599 thrombolysed strokes, five variables were identified as independent predictors of absence of recanalisation: Acute glucose > 7 mmol/l (A), significant extracranial vessel STenosis (ST), decreased Range of visual fields (R), large Arterial occlusion (A) and decreased Level of consciousness (L). All variables were weighted 1, except for (L) which obtained 2 points based on β-coefficients on the logistic scale. ASTRAL-R scores 0, 3 and 6 corresponded to non-recanalisation probabilities of 18, 44 and 74 % respectively. Predictive ability showed AUC of 0.66 (95 %CI, 0.61-0.70) when using bootstrap and 0.66 (0.63-0.68) when using delete-d cross validation. In conclusion, the 5-item ASTRAL-R score moderately predicts non-recanalisation at 24 hours in thrombolysed ischaemic strokes. If its performance can be confirmed by external validation and its clinical usefulness can be proven, the score may influence patient selection for more aggressive revascularisation strategies in routine clinical practice.

Cost-benefit analysis of an enhanced recovery protocol for pancreaticoduodenectomy.

BACKGROUND: Enhanced recovery after surgery (ERAS) programmes have been shown to decrease complications and hospital stay. The cost-effectiveness of such programmes has been demonstrated for colorectal surgery. This study aimed to assess the economic outcomes of a standard ERAS programme for pancreaticoduodenectomy. METHODS: ERAS for pancreaticoduodenectomy was implemented in October 2012. All consecutive patients who underwent pancreaticoduodenectomy until October 2014 were recorded. This group was compared in terms of costs with a cohort of consecutive patients who underwent pancreaticoduodenectomy between January 2010 and October 2012, before ERAS implementation. Preoperative, intraoperative and postoperative real costs were collected for each patient via the hospital administration. A bootstrap independent t test was used for comparison. ERAS-specific costs were integrated into the model. RESULTS: The groups were well matched in terms of demographic and surgical details. The overall complication rate was 68 per cent (50 of 74 patients) and 82 per cent (71 of 87 patients) in the ERAS and pre-ERAS groups respectively (P = 0·046). Median hospital stay was lower in the ERAS group (15 versus 19 days; P = 0·029). ERAS-specific costs were euro922 per patient. Mean total costs were euro56 083 per patient in the ERAS group and euro63 821 per patient in the pre-ERAS group (P = 0·273). The mean intensive care unit (ICU) and intermediate care costs were euro9139 and euro13 793 per patient for the ERAS and pre-ERAS groups respectively (P = 0·151). CONCLUSION: ERAS implementation for pancreaticoduodenectomy did not increase the costs in this cohort. Savings were noted in anaesthesia/operating room, medication and laboratory costs. Fewer patients in the ERAS group required an ICU stay.