Empobrecimento e podzolização de solos lateríticos da bacia do Rio Negro e gênese dos podzóis na alta Bacia da Amazônia

Pós-graduação em Geografia - IGCE

Phonologie et morphologie du Soninke

L’objet de ce travail est la description des interactions phonologiques et morphologiques en soninké à l’exemple du dialecte parlé à Bakel (Sénégal). La description a donné lieu à des adaptations de la théorie substantive utilisée, celle de la rection. La définition des éléments a été revue et l’inventaire augmenté de telle manière à refléter le système du soninké. En plus d’un inventaire d’éléments soniques, un inventaire d’éléments tonals aégalement été proposé. L’étude morphologique repose sur une conception détaillée de la structure sémantique et des schèmes d’énonciation pertinents pour l’identification des classes syntaxiques de lexèmes. Les différents types de sémèmes et leur association avec les deux catégorèmes disponibles ont été le préalable à l’identification des morphèmes et à l’établissement de séquences licites sémantiques et morphémiques.

L’expérience de “Textes en bouche”

Est ici décrite une démarche pédagogique visant à l’acquisition des divers styles du français oral. L’intonation et le rythme sont considérés comme les éléments premiers, exercés à partir de la répétition de documents sonores. Des exercices sont proposés, dont l’isolement du rythme d’une séquence et le passage par des langues imaginaires. L’acquisition s’effectue ensuite à partir de la comparaison des systèmes phonétiques de diverses langues. Lors du spectacle, des séquences de textes sont réparties selon les étudiants, qui ne sont pas cantonnés dans des rôles mais peuvent performer les divers styles, selon une procédure souple et modulable.

Biochemical and functional characterization of the tumor suppressors BRCA1 and BAP1

L’ubiquitination est une modification post-traductionnelle qui joue un rôle majeur dans la régulation d’une multitude de processus cellulaires. Dans cette thèse, je discuterai de la caractérisation de deux protéines, BRCA1 et BAP1, soit deux suppresseurs de tumeurs fonctionnellement reliés. BRCA1, une ubiquitine ligase qui catalyse la liaison de l’ubiquitine à une protéine cible, est mutée dans les cancers du sein et de l'ovaire. Il est bien établi que cette protéine aide à maintenir la stabilité génomique suite à un bris double brin de l’ADN (BDB), et ce, à l’aide d’un mécanisme de réparation bien caractérisé appelé recombinaison homologue. Cependant, les mécanismes de régulation de BRCA1 suite à des stresses génotoxiques n’impliquant pas directement un BDB ne sont pas pleinement élucidés. Nous avons démontré que BRCA1 est régulée par dégradation protéasomale suite à une exposition des cellules à deux agents génotoxiques reconnus pour ne pas directement générer des BDBs, soit les rayons UV, qui provoquent la distorsion de l’hélice d’ADN, et le méthyle méthanesulfonate (MMS), qui entraîne l’alkylation de l’ADN. La dégradation de BRCA1 est réversible et indépendante des kinases associées à la voie des PI3 kinase, soit ATM, ATR et DNA-PK, protéines qui sont rapidement activées par les dommages à l’ADN. Nous proposons que la dégradation de BRCA1 prévienne son recrutement intempestif, ainsi que celui des facteurs qui lui sont associés, à des sites de dommages d’ADN qui ne sont pas des BDBs, et que cette régulation coordonne la réparation de l’ADN. L’enzyme de déubiquitination BAP1 a initialement été identifiée comme une protéine capable d’interagir avec BRCA1 et de réguler sa fonction. Elle est également connue pour sa capacité à se lier avec les protéines du groupe Polycomb, ASXL1 et ASXL2. Cependant, l’importance de ces interactions n’a toujours pas été établie. Nous avons démontré que BAP1 forme deux complexes protéiques mutuellement exclusifs avec ASXL1 et ASXL2. Ces interactions sont critiques pour la liaison de BAP1 à l’ubiquitine ainsi que pour la stimulation de son activité enzymatique envers l’histone H2A. Nous avons également identifié des mutations de BAP1 dérivées de cancers qui empêchent à la fois son interaction avec ASXL1 et AXSL2, et son activité de déubiquitinase, ce qui fournit un lien mécanistique direct entre la déubiquitination de H2A et la tumorigenèse. Élucider les mécanismes de régulation de BRCA1 et BAP1 menera à une meilleure compréhension de leurs rôles de suppresseurs de tumeurs, permettant ainsi d’établir de nouvelles stratégies de diagnostic et traitement du cancer.

Optimisation du promoteur CR5 inductible au cumate

Les produits biologiques représentent une avenue thérapeutique très prometteuse pour diverses maladies actuellement sans traitement, dont le cancer. La demande pour ces produits est donc très forte et des bioprocédés industriels efficaces et fiables doivent être mis en place pour y répondre. Le système inductible au cumate (CR5) développé par le groupe de Bernard Massie permet d’exprimer des protéines d’intérêt de façon finement régulable et à haut niveau dans les cellules CHO. Un travail d’optimisation est toutefois nécessaire afin de maximiser l’expression tout en améliorant l’étanchéité du système. Dans cette optique, diverses constructions du promoteur comportant des configurations différentes d’espacement entre ses constituants, des transactivateurs comportant des domaines d’activation différents, et une séquence opératrice synthétique ont été testées pour évaluer leur capacité à améliorer le rendement et l’étanchéité du CR5. Ainsi, un protomoteur comportant trois séquences opératrices avec six paires de bases entre chacune de ces dernières s’est montré plus efficace en termes de rendement et d’étanchéité que la configuration actuelle du CR5. De plus, une nouvelle configuration du CR5 où le transactivateur est régulé par le système inductible à la coumermycine a été étudiée et a montré une régulation très fine. Le travail d’optimisation effectué dans ce projet s’applique seulement dans le but d’optimiser un procédé dans des conditions spécifiques. Son application à d’autres lignées cellulaires et d’autres promoteurs reste à démontrer.

Caractérisation bioinformatique des nouvelles protéines mitochondriales chez les moules d’eau douce (Bivalvia : Unionoida)

Malgré que le contenu des génomes mitochondriaux animaux soit dit bien conservé, des nouveaux gènes mitochondriaux ont été identifiés chez plusieurs espèces, surtout des invertébrés. Par exemple, les bivalves exhibant la double transmission uniparentale de leurs génomes mitochondriaux possèdent des nouveaux gènes spécifiques au sexe (M-ORF dans l’ADN de type M, F-ORF dans l’ADN de type F) qui ont été caractérisés in silico chez trois espèces de l’ordre Mytiloida, une espèce de Veneroida et une espèce de Unionoida par une précédente étude. Même si les séquences varient beaucoup entre ces trois ordres, cette étude à montré que des hélices transmembranaires ainsi que des peptides signaux sont conservés pour toutes les séquences. L’étude a aussi montré que les nouveaux gènes pourraient avoir des rôles dans la signalisation cellulaire, le cycle cellulaire et la réponse immunitaire et qu’ils pourraient être le résultat de l’endogénisation de l’ADN viral. Le projet présenté ici a pour but de mieux caractériser ces nouveaux gènes et leur origine potentielle, en plus d’étudier le H-ORF particulier aux hermaphrodites, en ciblant les espèces des unionidés. Les résultats montrent que les hélices transmembranaires et peptides signaux sont conservés chez les unionidés, les protéines semblent être associées à la membrane et être capables de lier des acides nucléiques et protéines, et les fonctions potentielles sont conservées. Les M-ORFs semblent avoir un rôle dans le transport et des processus cellulaires tels que la signalisation, le cycle cellulaire et la division, et l’organisation du cytosquelette. Les F-ORFs semblent être impliqués dans le trafic et transport cellulaire et la réponse immunitaire. Finalement, les H-ORFs semblent être des glycoprotéines structurales avec des rôles dans la signalisation, le transport et la transcription. Les résultats de ce projet pourraient supporter une origine virale ou mitochondriale pour ces gènes.

Caractérisation bioinformatique des nouvelles protéines mitochondriales chez les moules d’eau douce (Bivalvia : Unionoida).

Malgré que le contenu des génomes mitochondriaux animaux soit dit bien conservé, des nouveaux gènes mitochondriaux ont été identifiés chez plusieurs espèces, surtout des invertébrés. Par exemple, les bivalves exhibant la double transmission uniparentale de leurs génomes mitochondriaux possèdent des nouveaux gènes spécifiques au sexe (M-ORF dans l’ADN de type M, F-ORF dans l’ADN de type F) qui ont été caractérisés in silico chez trois espèces de l’ordre Mytiloida, une espèce de Veneroida et une espèce de Unionoida par une précédente étude. Même si les séquences varient beaucoup entre ces trois ordres, cette étude à montré que des hélices transmembranaires ainsi que des peptides signaux sont conservés pour toutes les séquences. L’étude a aussi montré que les nouveaux gènes pourraient avoir des rôles dans la signalisation cellulaire, le cycle cellulaire et la réponse immunitaire et qu’ils pourraient être le résultat de l’endogénisation de l’ADN viral. Le projet présenté ici a pour but de mieux caractériser ces nouveaux gènes et leur origine potentielle, en plus d’étudier le H-ORF particulier aux hermaphrodites, en ciblant les espèces des unionidés. Les résultats montrent que les hélices transmembranaires et peptides signaux sont conservés chez les unionidés, les protéines semblent être associées à la membrane et être capables de lier des acides nucléiques et protéines, et les fonctions potentielles sont conservées. Les M-ORFs semblent avoir un rôle dans le transport et des processus cellulaires tels que la signalisation, le cycle cellulaire et la division, et l’organisation du cytosquelette. Les F-ORFs semblent être impliqués dans le trafic et transport cellulaire et la réponse immunitaire. Finalement, les H-ORFs semblent être des glycoprotéines structurales avec des rôles dans la signalisation, le transport et la transcription. Les résultats de ce projet pourraient supporter une origine virale ou mitochondriale pour ces gènes.

Radiolarian-based bransfer function for the estimation of sea surface temperatures in the Southern Ocean (Atlantic Sector)

A new radiolarian-based transfer function for sea surface temperature (SST) estimations has been developed from 23 taxa and taxa groups in 53 surface sediment samples recovered between 35° and 72°S in the Atlantic sector of the Southern Ocean. For the selection of taxa and taxa groups ecological information from water column studies was considered. The transfer function allows the estimation of austral summer SST (December-March) ranging between -1 and 18°C with a standard error of estimate of 1.2°C. SST estimates from selected late Pleistocene squences were sucessfully compared with independend paleotemperature estimates derived from a diatom transfer function. This shows that radiolarians provide an excellent tool for paleotemperature reconstructions in Pleistocene sediments of the Southern Ocean.

Comment ne pas perdre la tête? À propos des effets d'intervention dans les interronégatives en comment et de leur suspension dans les questions rhétoriques

Les interrogatives partielles peuvent être marquées par un mot en QU en position initiale de la phrase. Cette position est analysée dans différents cadres génératifs comme mettant en jeu le mouvement du mot QU depuis une position intraprédicative. Ce mouvement serait démontré par le fait qu’il peut être interrompu par différents opérateurs, dont la négation. Cette interruption distinguerait le mouvement des arguments et des non-arguments: les QU sous-catégorisés pourraient passer par-dessus la négation parce que leur prédicat licencie leur trace. Cela prédit que comment, combien, où, pourquoi et quand ne peuvent pas introduire de questions négatives (?* Comment ne lui a-t-il pas parlé?), ce que pourraient qui, que, quoi (À qui n’a-t-il pas parlé?). C’est cette prédiction que teste ce travail qui considère le mot QU comment avec des propositions interrogatives niées. Il se fonde sur le recensement des attestations dans Frantext pour le 20ème siècle, parmi lesquelles prédominent les questions rhétoriques (Comment ne pas perdre la tête?). L’identification de ces dernières face aux interrogations réelles demande des critères que formule ce travail. La raison pour laquelle les questions rhétoriques rendent possible les séquences considérées est envisagée, et sont considérées une hypothèse syntaxique sur un prédicat sous-jacent et une hypothèse interprétative sur le rôle des présuppositions. L’intervention des présuppositions reflète la définition même de la question rhétorique, et suggère que la putative impossibilité des questions négatives avec un QU adverbial tiendrait à des facteurs d’informativité.

Une façon d’indiquer la «non-coïncidence entre les mots et les choses», on va dire…

Nous souhaitons nous pencher ici sur un emploi particulier de la périphrase en aller + infinitif qui n’a fait l’objet – à notre connaissance – que d’un article (Lansari 2010). Cet emploi « modalisant » que Lansari limite à la formule 'on va dire' mériterait d’être approfondi pour plusieurs raisons. D’une part, l’emploi n’est décrit que sur base de « vingt exemples tirés d’internet, de blogs ou de forums » (Lansari 2010: 120) alors que, de l’aveu de Lansari elle-même, l’emploi relève de l’oral. Il serait donc utile d’enrichir – quantitativement et qualitativement - le corpus et d’y intégrer des occurrences d’oral authentique. D’autre part, Lansari restreint l’emploi modalisant à la séquence 'on va dire' ; on pourrait s’interroger sur la capacité de séquences comme 'je vais dire' à remplir les mêmes fonctions discursives. Dans cet article, nous commencerons par un – forcément bref – état de la question. Après avoir présenté le corpus, nous testerons les hypothèses précédemment défendues à la lueur du corpus rassemblé: (a) Le corpus CFPP2000 issu du projet Discours sur la ville. Corpus de Français Parlé Parisien des années 2000 (disponible en ligne à http://cfpp2000.univ-paris3.fr/Corpus.html). CFPP2000 donne la parole à 41 informateurs en 28 interviews (2198 min) et a généré 96 occurrences de on va dire modalisant. (b) Le corpus CLAPI comprenant 45 heures d’interactions interrogeables en ligne à http://clapi.univ-lyon2.fr/analyse_requete_aide.php?menu=outils. On y a relevé 12 exemples de on va dire modalisant. (c) Un corpus personnel d’interviews (163min) réalisées pendant l’année académique 2009-10 auprès de cinq étudiants Erasmus français grâce au soutien d’une bourse de la Délégation Générale à la Langue Française et aux Langues de France (DGLFLF). Les entretiens avec une assistante de recherche, basés sur les thèmes suivants, étaient supposés générer l’emploi d’une variété de temps verbaux : - Récits de rêve (imparfait) - Récits biographiques (personnage historique vs autobiographie) (PC vs PS) - Narration de film vs d’épisode historique (PC/ PRES vs PS) - Présentation de projets d’avenir vs conjectures (Futur périphrastique ou simple) Le corpus contient dix-sept occurrences de on va dire générés par deux des cinq informateurs : 15 par A. et 2 par J. Notre réflexion se basera donc sur 125 occurrences orales de 'on va dire'.

Inactivation de la MAP kinase atypique ERK4 via la délétion du gène Mapk4 murin

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Dynamic Programming Approaches for Estimating and Applying Large-scale Discrete Choice Models

People go through their life making all kinds of decisions, and some of these decisions affect their demand for transportation, for example, their choices of where to live and where to work, how and when to travel and which route to take. Transport related choices are typically time dependent and characterized by large number of alternatives that can be spatially correlated. This thesis deals with models that can be used to analyze and predict discrete choices in large-scale networks. The proposed models and methods are highly relevant for, but not limited to, transport applications. We model decisions as sequences of choices within the dynamic discrete choice framework, also known as parametric Markov decision processes. Such models are known to be difficult to estimate and to apply to make predictions because dynamic programming problems need to be solved in order to compute choice probabilities. In this thesis we show that it is possible to explore the network structure and the flexibility of dynamic programming so that the dynamic discrete choice modeling approach is not only useful to model time dependent choices, but also makes it easier to model large-scale static choices. The thesis consists of seven articles containing a number of models and methods for estimating, applying and testing large-scale discrete choice models. In the following we group the contributions under three themes: route choice modeling, large-scale multivariate extreme value (MEV) model estimation and nonlinear optimization algorithms. Five articles are related to route choice modeling. We propose different dynamic discrete choice models that allow paths to be correlated based on the MEV and mixed logit models. The resulting route choice models become expensive to estimate and we deal with this challenge by proposing innovative methods that allow to reduce the estimation cost. For example, we propose a decomposition method that not only opens up for possibility of mixing, but also speeds up the estimation for simple logit models, which has implications also for traffic simulation. Moreover, we compare the utility maximization and regret minimization decision rules, and we propose a misspecification test for logit-based route choice models. The second theme is related to the estimation of static discrete choice models with large choice sets. We establish that a class of MEV models can be reformulated as dynamic discrete choice models on the networks of correlation structures. These dynamic models can then be estimated quickly using dynamic programming techniques and an efficient nonlinear optimization algorithm. Finally, the third theme focuses on structured quasi-Newton techniques for estimating discrete choice models by maximum likelihood. We examine and adapt switching methods that can be easily integrated into usual optimization algorithms (line search and trust region) to accelerate the estimation process. The proposed dynamic discrete choice models and estimation methods can be used in various discrete choice applications. In the area of big data analytics, models that can deal with large choice sets and sequential choices are important. Our research can therefore be of interest in various demand analysis applications (predictive analytics) or can be integrated with optimization models (prescriptive analytics). Furthermore, our studies indicate the potential of dynamic programming techniques in this context, even for static models, which opens up a variety of future research directions.

Relations parents-enfant et fonctions exécutives des enfants à l’âge de l’entrée scolaire : l’importance des pères

De nombreuses études empiriques ont démontré que la qualité des relations parent-enfant est importante pour le développement des fonctions exécutives (FE) des enfants. Cependant, la majorité des études ont porté sur des échantillons de mères ou de pères, mais non des deux. Le présent mémoire contient un article empirique qui poursuit deux buts. Premièrement, l’article a examiné la contribution unique de la qualité des interactions mère-enfant et père-enfant avec leur bambin (toddler) à la prédiction des FE en milieu scolaire. Deuxièmement, l’article a investigué les effets d'interactions entre la qualité des relations mère-enfant et père-enfant. L’étude a été menée auprès de 46 familles intactes (mère-père-enfant). Lorsque les enfants avaient 18 mois, la qualité des interactions mère-enfant et père-enfant a été mesurée par observation de séquences indépendantes de jeu avec le Mutually Responsive Orientation scale. À la maternelle, les problèmes exécutifs des enfants furent rapportés par le professeur à l’aide du Behavior Rating Inventory of Executive Function. Les résultats indiquent que les enfants qui ont des interactions de meilleure qualité avec leur père à 18 mois sont ensuite considérés par leur professeur de maternelle comme ayant moins de déficits exécutifs. Cela suggère que la relation père-enfant peut être un facteur important à considérer en ce qui concerne le développement des FE des enfants. Les implications théoriques et empiriques ainsi que les implications pratiques, notamment celles concernant les professeurs, sont abordées lors de la conclusion de ce mémoire.