Algorithmes pour la réconciliation d’un arbre de gènes avec un arbre d’espèces

Une réconciliation entre un arbre de gènes et un arbre d’espèces décrit une histoire d’évolution des gènes homologues en termes de duplications et pertes de gènes. Pour inférer une réconciliation pour un arbre de gènes et un arbre d’espèces, la parcimonie est généralement utilisée selon le nombre de duplications et/ou de pertes. Les modèles de réconciliation sont basés sur des critères probabilistes ou combinatoires. Le premier article définit un modèle combinatoire simple et général où les duplications et les pertes sont clairement identifiées et la réconciliation parcimonieuse n’est pas la seule considérée. Une architecture de toutes les réconciliations est définie et des algorithmes efficaces (soit de dénombrement, de génération aléatoire et d’exploration) sont développés pour étudier les propriétés combinatoires de l’espace de toutes les réconciliations ou seulement les plus parcimonieuses. Basée sur le processus classique nommé naissance-et-mort, un algorithme qui calcule la vraisemblance d’une réconciliation a récemment été proposé. Le deuxième article utilise cet algorithme avec les outils combinatoires décrits ci-haut pour calculer efficacement (soit approximativement ou exactement) les probabilités postérieures des réconciliations localisées dans le sous-espace considéré. Basé sur des taux réalistes (selon un modèle probabiliste) de duplication et de perte et sur des données réelles/simulées de familles de champignons, nos résultats suggèrent que la masse probabiliste de toute l’espace des réconciliations est principalement localisée autour des réconciliations parcimonieuses. Dans un contexte d’approximation de la probabilité d’une réconciliation, notre approche est une alternative intéressante face aux méthodes MCMC et peut être meilleure qu’une approche sophistiquée, efficace et exacte pour calculer la probabilité d’une réconciliation donnée. Le problème nommé Gene Tree Parsimony (GTP) est d’inférer un arbre d’espèces qui minimise le nombre de duplications et/ou de pertes pour un ensemble d’arbres de gènes. Basé sur une approche qui explore tout l’espace des arbres d’espèces pour les génomes considérés et un calcul efficace des coûts de réconciliation, le troisième article décrit un algorithme de Branch-and-Bound pour résoudre de façon exacte le problème GTP. Lorsque le nombre de taxa est trop grand, notre algorithme peut facilement considérer des relations prédéfinies entre ensembles de taxa. Nous avons testé notre algorithme sur des familles de gènes de 29 eucaryotes.

Défis technologiques et pédagogiques rencontrés par des enseignants lors de la mise en place d'un "projet portable" dans une école primaire de milieu défavorisé

Depuis la dernière décennie, les outils technologiques et informatiques ont connu un essor considérable dans plusieurs sphères d’activité de la société. L’éducation n’y a pas échappé, et le ministère de l’Éducation, du Loisir et du Sport (MELS) en a d’ailleurs fait une compétence transversale dans le cadre du Programme de formation de l’école québécoise. L’intégration des TIC s’est faite à travers différents moyens, à commencer par les laboratoires informatiques, les ordinateurs à même la salle de classe et, plus récemment, par l’introduction de projets portables où chaque élève et l’enseignant disposent de leur propre ordinateur. Afin d’être mené à terme, ce projet de recherche a été inscrit dans un projet à plus grande échelle, soit celui d’une recherche financée par le Conseil de recherches en sciences humaines du Canada (CRSH), qui a pour objectif d'analyser les obstacles auxquels font face les enseignants dans l'intégration des technologies à l'école. Le présent projet s'est quant à lui attardé plus spécifiquement aux défis technologiques et pédagogiques inhérents aux projets portables. L’étude s'est déroulée en milieu défavorisé, dans une école primaire montréalaise. Une telle intégration demande une planification rigoureuse et un suivi continu afin d’assurer le succès du projet. De plus, il est évident que ce type de projet pose aussi des défis technologiques et pédagogiques particuliers pour les enseignants. À ce sujet, trois catégories de facteurs qui peuvent avoir un impact sur la réussite des projets portables ont été relevées, soit : les facteurs personnels (internes à l’enseignant), les facteurs relatifs au travail (contexte d'enseignement, pratiques pédagogiques, etc.), ainsi que les facteurs relatifs au matériel et à l’infrastructure. À l’intérieur de ce mémoire, différents concepts, dimensions et indicateurs sont donc explicités et mis en relation afin de mieux comprendre les défis technologiques et pédagogiques qui peuvent survenir dans le cadre de la mise en oeuvre de projets portables. Trois enseignantes rattachées à autant de groupes d’élèves ont accepté de participer à une entrevue individuelle et de répondre à un questionnaire. Les échanges par courriel ont aussi été analysés. L'ensemble des données recueillies ont fait l'objet d'analyses qualitatives. Les analyses ont montré que la catégorie de facteurs citée la plus fréquemment était celle des facteurs relatifs au travail avec une forte majorité. Des défis ont toutefois été identifiés pour toutes les dimensions.

Manipulation of the ubiquitin-proteasome system by HIV-1 : role of the accessory protein Vpr

Le virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1), l’agent étiologique du SIDA, est un rétrovirus complexe arborant plusieurs protéines accessoires : Nef, Vif, Vpr, et Vpu. Celles-ci sont impliquées dans la modulation de la réplication virale, dans l’évasion immunitaire et dans la progression de la pathogenèse du SIDA. Dans ce contexte, il a été démontré que la protéine virale R (Vpr) induit un arrêt de cycle cellulaire en phase G2. Le mécanisme par lequel Vpr exerce cette fonction est l’activation, ATR (Ataxia telangiectasia and Rad3 related)-dépendante, du point de contrôle de dommage à l’ADN, mais les facteurs et mécanismes moléculaires directement impliqués dans cette activité demeurent inconnus. Afin d’identifier de nouveaux facteurs cellulaires interagissant avec Vpr, nous avons utilisé une purification d’affinité en tandem (TAP) pour isoler des complexes protéiques natifs contenant Vpr. Nous avons découvert que Vpr s’associait avec CRL4A(VprBP), un complexe cellulaire d’E3 ubiquitine ligase, comprenant les protéines Cullin 4A, DDB1 (DNA damage-binding protein 1) et VprBP (Vpr-binding protein). Nos études ont mis en évidence que le recrutement de la E3 ligase par Vpr était nécessaire mais non suffisant pour l’induction de l’arrêt de cycle cellulaire en G2, suggérant ainsi que des événements additionnels seraient impliqués dans ce processus. À cet égard, nous apportons des preuves directes que Vpr détourne les fonctions de CRL4A(VprBP) pour induire la polyubiquitination de type K48 et la dégradation protéosomale de protéines cellulaires encore inconnues. Ces événements d’ubiquitination induits par Vpr ont été démontrés comme étant nécessaire à l’activation d’ATR. Finalement, nous montrons que Vpr forme des foyers ancrés à la chromatine co-localisant avec VprBP ainsi qu’avec des facteurs impliqués dans la réparation de l’ADN. La formation de ces foyers représente un événement essentiel et précoce dans l’induction de l’arrêt de cycle cellulaire en G2. Enfin, nous démontrons que Vpr est capable de recruter CRL4A(VprBP) au niveau de la chromatine et nous apportons des preuves indiquant que le substrat inconnu ciblé par Vpr est une protéine associée à la chromatine. Globalement, nos résultats révèlent certains des ménanismes par lesquels Vpr induit des perturbations du cycle cellulaire. En outre, cette étude contribue à notre compréhension de la modulation du système ubiquitine-protéasome par le VIH-1 et son implication fonctionnelle dans la manipulation de l’environnement cellulaire de l’hôte.

Labelle en quête d'identité. Aménager un noyau villageois attractif

Affiche de projet terminal, baccalauréat en Urbanisme. Institut d'urbanisme, Université de Montréal.

La plume et le glaive : Caligula et la création littéraire chez Camus

Pour Albert Camus, la littérature était à la fois une activité essentielle à son bonheur et un objet de réflexion. Afin de saisir quelle conception de la littérature et quelle vision du rôle de l’écrivain se dégagent de son oeuvre, ce mémoire aborde dans un même mouvement ses deux principaux essais, Le Mythe de Sisyphe et L’Homme révolté, et une pièce de théâtre, Caligula. Notre premier chapitre consiste dans la recherche de ce qui, pour Camus, fait de la création artistique une activité privilégiée dans l’horizon de la pensée de l’absurde et de la révolte. Dans le deuxième chapitre, les différents commentaires émis par la critique à propos de Caligula seront examinés. La pièce, malgré l’opinion dominante, ne raconte pas l’histoire d’un empereur absurde qui se révolte contre son destin. L’importance du thème de la création littéraire dans cette pièce a également été grandement sous-estimée. Enfin, le troisième chapitre de ce mémoire présente notre propre analyse de la pièce. La confrontation de la fiction avec la théorie révèle une grande concordance entre les deux aspects de l’oeuvre de Camus. L’accord n’est cependant pas parfait, et l’étude des points de friction découverts permet d’apporter des éclaircissements sur un des points les plus obscurs des essais de Camus : l’éthique du créateur placé dans une situation où il doit choisir entre tuer et mourir.

La contestation internationale : les problèmes de la souveraineté et de la domination

Dans ce travail, nous posons d’abord la question de la légitimité de la contestation internationale. En partant de la conception libérale de la souveraineté étatique, nous montrons que la contestation internationale pourrait être critiquée pour l’interférence qu’elle crée entre des acteurs étrangers. Pour défendre la légitimité de la contestation, nous argumentons en faveur de la position républicaine de Philip Pettit selon laquelle la souveraineté étatique ne devrait pas être comprise comme une absence d’interférence, mais plutôt comme une absence de domination. En montrant que les problèmes environnementaux peuvent être compris en tant que domination écologique, nous tentons alors de démontrer que la contestation internationale ne pose pas nécessairement problème pour la souveraineté des États, mais qu’au contraire, celle-ci peut servir protection contre d’éventuels cas de domination. Dans la seconde partie du travail, nous explorons la question de la légitimité des moyens de contestation utilisés par les activistes. En conservant les idées de Pettit concernant la domination, nous prenons toutefois nos distances par rapport à cet auteur et sa conception délibérative de la contestation. Nous amorcerons finalement la réflexion dans le but de trouver des critères pouvant légitimer certains recours à des moyens de contestation plus radicaux. Nous défendons notamment une position originale, voulant que la contestation soit comprise en continuité avec la délibération plutôt qu’en rupture avec celle-ci.

Structure quaternaire des récepteurs de chimiokines CXCR4 et CCR2 et interaction avec leurs effecteurs

Thèse réalisée en cotutelle avec l'université Montpellier2 dans le laboratoire de pharmacologie moléculaire de Jean-Philippe Pin à l'institut de génomique fonctionnelle (IGF), Montpellier, France.

Analyse des tendances et configurations de la criminalité au Québec à l’aide d’un indice de gravité de la criminalité

La mesure traditionnelle de la criminalité (taux pour 100 000 habitants) pose problème dans l'analyse des variations de la criminalité dans le temps ou l'espace. Le problème est dû au fait que le taux de criminalité est essentiellement déterminé par des infractions moins graves et très fréquentes. La présente étude a permis de tester l’utilité du nouvel outil développé par Statistique Canada qui procure un index de « gravité de la criminalité » dans lequel chaque crime est pondéré par son score de gravité (basé sur les décisions sentencielles moyennes au Canada de 2002 à 2007 pour chaque forme de crime). Appliquées aux statistiques officielles du Québec de 1977 à 2008, nos analyses montrent que l’indice de gravité s’avère une mesure utile pour dresser un portrait plus juste des tendances des crimes violents d’une année à l’autre. Plus exactement, l’indice de gravité montre que le taux de crimes violents est demeuré stable de 1977 à 1992 contrairement à l'image fournie par le taux traditionnel qui montre plutôt une montée fulgurante durant cette période. L’indice de gravité peut également être utile à l’égard des crimes violents pour comparer plus adéquatement les territoires entre eux afin d’établir ceux qui présentent une criminalité plus grave. Cependant, à l’égard de la criminalité globale et des crimes sans violence, l’indice de gravité n’est d’aucune utilité et présente la même lecture de la criminalité que la mesure traditionnelle. Cela s’explique par le fait que ce sont toujours les mêmes infractions (les vols, les méfaits et les introductions par effraction) qui contribuent majoritairement à chacune des deux mesures de la criminalité.

Vers une transition forestière en Thaïlande? : analyse causale de l’avancée des forêts à partir du cas de Phetchabun

Selon des thèses développées au cours des années 1990 et 2000, le développement économique constitue à la fois la source et la solution aux problèmes environnementaux. Au sujet des forêts, les transitions forestières (c’est-à-dire le passage de la déforestation à la reforestation) documentées dans certains pays développés seraient causées par des dynamiques universelles intrinsèques au développement et à la modernisation des sociétés. Nos travaux ont porté sur l’application de cette vision optimiste et controversée à l’évolution des superficies forestières en Thaïlande. S’appuyant sur une recension de la littérature, sur des données secondaires ainsi que nos travaux de terrain dans la région de Phetchabun, la thèse offre les apports suivants. Elle démontre que contrairement à l’idée répandue en Thaïlande, le ralentissement de la déforestation a été suivi par une expansion forestière substantielle entre environ 1995 et 2005. Ce regain forestier est lié à la disparition presque complète de l’expansion agricole, à l’établissement de plantations sylvicoles et, surtout, à l’abandon de terres agricoles. Cet abandon agricole découle d’abord et avant tout de la faible et incertaine rentabilité de l’agriculture dans certaines zones non irriguées. Ce phénomène s’explique, entre autres, par la dégradation des sols et par l’incapacité des agriculteurs à contrer l’impact des transformations économiques internes et externes à la Thaïlande. L’accroissement de la pression de conservation n’a pu contribuer à l’expansion forestière que dans certains contextes (projets de reforestation majeurs appuyés par l’armée, communautés divisées, terres déjà abandonnées). Sans en être une cause directe, l’intensification agricole et la croissance des secteurs non agricoles ont rendu moins pénibles la confiscation et l’abandon des terres et ont permis que de tels phénomènes surviennent sans entraîner d’importants troubles sociaux. Dans un contexte d’accroissement des prix agricoles, notamment celui du caoutchouc naturel, une partie du regain forestier aurait été perdu depuis 2005 en raison d’une ré-expansion des surfaces agricoles. Cela illustre le caractère non permanent de la transition forestière et la faiblesse des mesures de conservation lorsque les perspectives de profit sont grandes. La thèse montre que, pour être robuste, une théorie de la transition forestière doit être contingente et reconnaître que les variables macro-sociales fréquemment invoquées pour expliquer les transitions forestières (ex. : démocratisation, intensification agricole, croissance économique) peuvent aussi leur nuire. Une telle théorie doit également prendre en compte des éléments d’explication non strictement économiques et souvent négligés (menaces à la sécurité nationale, épuisement des terres perçues comme arables et libres, degré d’attachement aux terres et capacité d’adaptation et résilience des systèmes agricoles). Finalement, les écrits sur la transition forestière doivent reconnaître qu’elle a généralement impliqué des impacts sociaux et même environnementaux négatifs. Une lecture de la transition forestière plus nuancée et moins marquée par l’obsession de la seule reforestation est seule garante d’une saine gestion de l’environnement en respect avec les droits humains, la justice sociale et le développement durable.

Les liens entre le statut parental et les infanticides des enfants de douze ans et moins

Mondialement, l’infanticide est une cause importante de mortalité infantile. Dans ce mémoire, les infanticides sont analysés en fonction du statut parental, du mode de décès et de l’âge de l’enfant. La première hypothèse de ce mémoire propose qu’il y ait une surreprésentation des parents non biologiques dans les cas d’infanticides chez les enfants de moins de douze ans, et ce, en regard des taux de base de la population. L’hypothèse 2 prédit que les infanticides des parents biologiques devraient revêtir un caractère plus létal (utilisation d’arme à feu, empoisonnement, etc.) que ceux des parents non biologiques qui devraient être caractérisés principalement par des mauvais traitements et de la négligence. D’autres hypothèses sont examinées en fonction des taux de suicide et du sexe de l’agresseur. La présente étude porte sur les cas d’infanticides d’enfants de douze ans et moins sur le territoire du Québec provenant des archives du bureau du coroner pour la période se situant entre 1990 et 2007 (n=182). Les résultats obtenus appuient partiellement l’hypothèse 1 et confirment l’hypothèse 2. En ce sens, les résultats de cette étude viennent appuyer les hypothèses évolutionnistes qui soutiennent une influence du statut parental sur le comportement de l’infanticide. De façon générale, ces résultats mettent en lumière les différences qualitatives qui existent entre les parents biologiques et les parents non biologiques dans les cas d’infanticides. Les implications des résultats obtenus sont discutées.

Efficacité d’un traitement intra-­mammaire prolongé à base de ceftiofur (Spectramast®) pour les mammites cliniques chez les vaches laitières

Peu d’études ont exploré l’utilisation du traitement prolongé pour les mammites cliniques et aucune ne portait sur l’utilisation du traitement prolongé à base de ceftiofur pour le traitement des mammites cliniques légères à modérées. L’objectif de cette étude était d’évaluer l’efficacité du traitement intra-mammaire prolongé à base de ceftiofur pour les mammites cliniques légères à modérées, en considérant toutes les bactéries responsables ou seulement Staphylococcus aureus (S. aureus) et les streptocoques. Des vaches laitières (n = 241) de 22 élevages du Québec et de l’Ontario ont été inclues. L’étude a été conçue comme un essai clinique à allocation aléatoire. Pour chaque cas de mammite clinique légère à modérée, 125 mg d’hydrochloride de ceftiofur (Spectramast® LC) a été administré par voie intra-mammaire une fois par jour pour 2 ou 8 jours. Le pourcentage de guérison clinique 21 jours après la fin du traitement était de 89% (n = 98/110 pour chaque groupe, p = 0,95). Les pourcentages de guérison bactériologique 21 jours après la fin du traitement pour les groupes 2 jours et 8 jours étaient 32% (n = 15/47) et 61% (n = 25/41) respectivement pour toutes les bactéries (p < 0,01); 64% (n = 9/14) et 82% (n = 9/11) respectivement pour les streptocoques (p = 0,50); et 0% (n = 0/20) et 47% (n = 9/19) pour S. aureus (p < 0,01). Il n'y avait pas de différence entre les 2 groupes pour les nouvelles infections intra-mammaires (p = 0,30). Le traitement prolongé à base de ceftiofur est un choix raisonnable pour le traitement des mammites cliniques légères à modérées, en particulier causées par S. aureus.

Modulation de la signalisation du récepteur de type 2 du facteur de croissance de l’endothélium vasculaire (VEGFR-2) par l’ubiquitination

Résumé L’angiogenèse est l’un des processus les plus importants pour le maintien de l’homéostasie de l’oxygène dans les tissus. Le facteur de croissance de l’endothélium vasculaire, VEGF, joue un rôle primordial dans la réponse angiogénique. Ce facteur de croissance mène à l’activation du récepteur de type 2 du facteur de croissance de l’endothélium vasculaire, VEGFR-2. Suite à une activation du VEGFR-2, plusieurs cascades de signalisation sont activées dans les cellules endothéliales. Afin d’atténuer cette signalisation, le VEGFR-2 est multi-ubiquitiné sur des résidus lysine et de cette manière, il est amené aux voies de dégradation, principalement dans les lysosomes. Cette ubiquitination est induite par l’association de l’ubiquitine ligase (E3) c-Cbl à un résidu tyrosine phosphorylé du domaine C-terminal du récepteur. Dans cette étude, nous avons identifié la tyrosine 1319 comme étant nécessaire pour l’association de c-Cbl au VEGFR-2 et son ubiquitination. Nos résultats démontrent aussi que dans des cellules endothéliales aortiques bovines, BAEC, la surexpression du récepteur mutant Y1319F ralentit la dégradation du VEGFR-2 et induit une activation plus forte et prolongée de la synthétase endothéliale du monoxyde d’azote (eNOS). Ces résultats nous permettent de mieux comprendre le déroulement de la régulation de la signalisation du VEGFR-2 au niveau intracellulaire. Mots-clés: [Angiogenèse, VEGFR-2, VEGF, c-Cbl, Ubiquitination, Tyrosine 1319, Dégradation]

Les marques du diable et les signes de l'Autre : rhétorique du dire démonologique à la fin de la Renaissance

Comment le motif de la marque insensible du diable a-t-il pu se frayer un chemin au sein du discours théologique, juridique et médical de la fin de la Renaissance jusqu'à s'imposer comme une pièce essentielle du crime de sorcellerie? Selon quels mécanismes et à partir de quels systèmes de croyance cette marque corporelle en est-elle venue à connaître une si large diffusion et une aussi grande acceptation tant chez les gens du livres que parmi les couches populaires? En cette époque marquée par la grande chasse aux sorcières et le développement de l'investigation scientifique, l'intérêt que les savants portent à cette étrange sémiologie constitue une porte d'accès privilégiée pour aborder de front la dynamique du déplacement des frontières que la démonologie met en oeuvre au sein des différents champs du savoir. Cette thèse a pour objectif d'étudier le réseau des mutations épistémologiques qui conditionne l'émergence de la marque du diable dans le savoir démonologique français à la charnière des XVIe et XVIIe siècles. Nous examinerons par quels cheminements l'altérité diabolique s'est peu à peu intériorisée dans le corps et l'âme des individus sous l'influence grandissante des vertus de l'empirisme, de la méthode expérimentale et de l'observation. En analysant la construction rhétorique de la théorie des marques du diable et en la reliant aux changements qui s'opèrent sur la plateforme intellectuelle de l'Ancien Régime, nous entendons éclairer la nouvelle distribution qui s'effectue entre les faits naturels et surnaturels ainsi que les modalités d'écriture pour en rendre compte.

Répétition et variation de la tradition dans les romans de Hue de Rotelande

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Secteur public et développement économique régional : impacts de l'emploi gouvernemental et de la décentralisation

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal