La tagatose-1,6-bisphosphate aldolase et la fructose-1,6-bisphosphate aldolase de classe I : mécanisme et stéréospécificité

La tagatose-1,6-biphosphate aldolase de Streptococcus pyogenes est une aldolase qui fait preuve d'un remarquable manque de spécificité vis à vis de ses substrats. En effet, elle catalyse le clivage réversible du tagatose-1,6-bisphosphate (TBP), mais également du fructose-1,6-bisphosphate (FBP), du sorbose-1,6-bisphosphate et du psicose-1,6-bisphosphate, quatre stéréoisomères, en dihydroxyacétone phosphate (DHAP) et en glycéraldéhyde-3-phosphate (G3P). Aldolase de classe I, qui donc catalyse sa réaction en formant un intermédiaire covalent obligatoire, ou base de Schiff, avec son susbtrat, la TBP aldolase de S. pyogenes partage 14 % d’identité avec l’enzyme modèle de cette famille, la FBP aldolase de muscle de mammifère. Bien que le mécanime catalytique de la FBP aldolase des mammifères ait été examiné en détails et qu’il soit approprié d’en tirer des renseignements quant à celui de la TBP aldolase, le manque singulier de stéréospécificité de cette dernière tant dans le sens du clivage que celui de la condensation n’est toujours pas éclairci. Afin de mettre à jour les caractéristiques du mécanisme enzymatique, une étude structurale de la TBP aldolase de S. pyogenes, un pathogène humain extrêmement versatile, a été entreprise. Elle a permis la résolution des structures de l’enzyme native et mutée, en complexe avec des subtrats et des inhibiteurs compétitifs, à des résolutions comprises entre 1.8 Å et 2.5 Å. Le trempage des cristaux de TBP aldolase native et mutante dans une solution saturante de FBP ou TBP a en outre permis de piéger un authentique intermédiaire covalent lié à la Lys205, la lysine catalytique. La determination des profils pH de la TBP aldolase native et mutée, entreprise afin d'évaluer l’influence du pH sur la réaction de clivage du FBP et TBP et ìdentifier le(s) résidu(s) impliqué(s), en conjonction avec les données structurales apportées par la cristallographie, ont permis d’identifier sans équivoque Glu163 comme résidu responsable du clivage. En effet, le mode de liaison sensiblement différent des ligands utilisés selon la stéréochimie en leur C3 et C4 permet à Glu163, équivalent à Glu187 dans la FBP aldolase de classe I, d’abstraire le proton sur l’hydroxyle du C4 et ainsi d’amorcer le clivage du lien C3-C4. L’étude du mécanimse inverse, celui de la condensation, grâce par exemple à la structure de l’enzyme native en complexe avec ses substrats à trois carbones le DHAP et le G3P, a en outre permis d’identifier un isomérisme du substrat G3P comme possible cause de la synthèse des isomères en C4 par cette enzyme. Ce résultat, ainsi que la decouverte d’un possible isomérisme cis-trans autour du lien C2-C3 de la base de Schiff formée avec le DHAP, identifié précedemment, permet de cerner presque complètement les particularités du mécanisme de cette enzyme et d’expliquer comment elle est capable de synthétiser les quatres stéréoisomères 3(S/R), 4(S/R). De plus, la résolution de ces structures a permis de mettre en évidence trois régions très mobiles de la protéine, ce qui pourrait être relié au rôle postulé de son isozyme chez S. pyogenes dans la régulation de l’expression génétique et de la virulence de la bactérie. Enfin, la résolution de la structure du mutant Lys229→Met de la FBP aldolase de muscle en complexe avec la forme cyclique du FBP, de même que des études cristallographiques sur le mutant équivalent Lys205→Met de la TBP aldolase de S. pyogenes et des expériences de calorimétrie ont permis d’identifier deux résidus particuliers, Ala31 et Asp33 chez la FBP aldolase, comme possible cause de la discrimination de cette enzyme contre les substrats 3(R) et 4(S), et ce par encombrement stérique des substrats cycliques. La cristallographie par rayons X et la cinétique enzymatique ont ainsi permis d'avancer dans l'élucidation du mécanisme et des propriétés structurales de cette enzyme aux caractéristiques particulières.

Égarements. Amour, mort et identités numériques

Êtes-vous prêt à partir en voyage? Une quête qui a pour but de répondre à une question qui d’universelle finit par sembler banale. Un voyage à la recherche de nos identités. Qui suis-je? Ou plutôt : c’est quoi, moi? Ici ni carte, ni plan. A l’écart des sentiers battus, il nous faudra naviguer jusqu’à l’égarement, à l’affût des traces que chacun laisse. L’égarement est la condition de possibilité de ce parcours. Sur ce chemin qui n’en est pas un, quelques étapes indispensables : l’amour, la mort. Comment contribuent-ils à produire notre identité? De cet égarement en naîtra un second, en apparence bien plus dépaysant, celui qui nous mènera à parcourir l’espace virtuel engendré par nos existences numériques. C’est ici semble-t-il, entre profils, pseudonymes, avatars et traces numériques, que se joue aujourd’hui le jeu de l’identité.

Les algorithmes de l’amour

Online dating systems (ODS) have had a central role in our social practices for many years. How can we analyze this phenomenon? How can we understand it? The point is not to know whether or not these services are actually able to facilitate relationship formation, but rather to understand what kinds of values the ODS are based upon and what kinds of values they produce. In other words, it is crucial to understand what ideas of love these platforms are proposing. This paper will focus on the ODS that explicitly have the goal of giving their clients the possibility of meeting someone with whom they can have a love affair or a durable romance. This paper aims to analyze how love is defined according to the ODS algorithms’ rules.

Dibutade 2.0 : la "femme-auteur" à l'ère du numérique

Prenant le parti d’étudier la culture numérique émergente selon des rapports de continuité plutôt que de rupture, cet article envisage la question de l’auctorialité féminine sur le web au regard du mythe antique de Dibutade. Il semble en effet que Dibutade, en sa qualité de figure fondatrice de nombreuses pratiques artistiques, nous permet de porter un éclairage tout à fait intéressant sur la façon dont certaines bloggeuses affirment leur statut de femme auteur, jouant rôle majeur et moteur dans l’émergence et la reconnaissance d’une littérature numérique (conçue en ligne, publiée en ligne). Les analyses conduites dans cet article entendent souligner le potentiel esthétique de certaines pratiques d’écriture en ligne souvent ignorées par les études littéraires : les profils Facebook, les blogues érotiques voire pornographiques.

"Âme et iPad" de Maurizio Ferraris

Compte rendu critique du livre « Âme et iPad » de Maurizio Ferraris (Les Presses de l'Université de Montréal, coll. Parcours numériques, 2014).

Après le dernier clic : que signifie mourir sur le web ?

L’expérience de la mort sur le web révèle un paradoxe évident, celui de sites ou de profils abandonnés par leurs ’propriétaires’, des pages qui deviennent alors des cadavres numériques, leur définitive inactivité équivalant à la mort. Il s’agit cependant d’une mort qui ne correspond pas à une disparition. Au contraire, nous sommes devant une mort temporaire, qui continue à être visible même si tout processus d’écriture, l’écriture polymorphe au fondement de notre existence numérique, s’est arrêté.

Safety check : réseaux numériques et sentiment de sécurité

La fonction de contrôle d’absence de danger ("safety check") activée par Facebook lors des attentats terroristes à Paris, nous a permis d’accéder à un ultérieur niveau d’intimité, nous entrelaçant encore une fois de plus au réseau dont nous faisons partie et qui fait autant partie de nous. Le rôle assumé par la plateforme de Zuckerberg pendant cette nuit de terreur pose autant de questions philosophiques sur la relation entre individuel et collectif que de problèmes politiques sur l’institutionnalisation d’une entreprise privée, forte d’une infrastructure transversale aux limites de l’appartenance nationale de tout un chacun, et qui aujourd’hui, hors du web, n’a pas de compétiteurs dans une capacité de plus en plus cruciale : celle de nous saisir en tant qu'éléments d’un réseau.

Toujours en ligne sur Facebook, ou l'utopie d'une absence

Aujourd'hui, Facebook est vraiment ennuyeux. Il n'y a rien, rien de rien, rien du tout. Une amie voyage seule en Écosse et publie les photos de ses repas : hier elle a pris du bacon au petit-déjeuner, aujourd'hui aussi. Un ami se marie après dix ans de fiançailles, les invités le congratulent en écrivant presque tous la même chose : félicitations, vous êtes merveilleux ! Il y a l'ami qui s'inquiète pour son chien malade, celui qui a acheté une nouvelle voiture et celui qui craint de rater son examen à la Fac. Il n'y a que cela aujourd'hui? Ce n'est que ça la vie? Non, pas seulement ça : un ami dit aussi qu'il fait chaud et qu'il n'a pas bien dormi cette nuit, un autre a beaucoup bu hier soir et a mal à la tête, un autre encore réfléchit sur le temps qui passe en regardant une photo de l'école maternelle. Il y a aussi celui qui dédie une chanson à sa copine et celui qui adhère bien ému à la commémoration pour les soldats morts en Afghanistan. C'est pratiquement tout pour aujourd'hui, ça suffit. [...]

Investigation du rôle de Myo9b dans la migration des interneurones GABAergiques corticaux

Les encéphalopathies épileptogènes sont des maladies graves de l’enfance associant une épilepsie, souvent réfractaire, et un retard de développement. Les mécanismes sous-tendant ces maladies sont peu connus. Cependant, nous postulons que ces épilepsies puissent être causées par une dysfonction du réseau inhibiteur. En effet, des défauts de migration ou de maturation des interneurones GABAergiques (INs) corticaux induisent l’épilepsie, tant chez l’humain que chez la souris. Dans le but d’étudier les causes génétiques des encéphalopathies épileptogènes sporadiques inexpliquées, le laboratoire de la Dre Rossignol a procédé au séquençage d’exome entier d’une cohorte d’enfants atteints. Cela a permis d’identifier, chez un patient, une nouvelle mutation de novo, possiblement pathogène, dans le gène MYO9b. MYO9b est impliqué dans la migration de cellules immunitaires et cancéreuses et est exprimée durant le développement cérébral. Nous émettons l’hypothèse voulant que MYO9b puisse être importante pour la migration des INs corticaux. Les résultats présentés dans ce mémoire démontrent que Myo9b est exprimé dès le stade embryonnaire par les progéniteurs des INs corticaux et que son expression se restreint aux INs dans le cortex mature. De plus, nous démontrons que la répression ex vivo de Myo9b sélectivement dans les INs au sein de tranches corticales organotypiques embryonnaires mène à des défauts morphologiques majeurs de ces cellules en migration. En effet, ces cellules présentent une morphologie multipolaire et des neurites rostraux plus longs et plus complexes. Ces changements morphologiques pourraient avoir un impact majeur sur la migration des INs et ainsi perturber le développement des réseaux inhibiteurs.

Prosodie et Syndrome de Williams : une étude inter-langue

L’objectif de l’étude est de mieux cerner les particularités acoustiques de la prosodie d’enfants porteurs du SW de langue maternelle anglaise et de langue maternelle française. Des productions spontanées ont été recueillies à l’aide de la tâche de narration « Grenouille, où es-tu ? » (Mayer, 1969). La prosodie des enfants SW est comparée à celle de deux groupes typiques, un de même âge chronologique et un de même âge développemental que le groupe avec SW La population se compose de 1. 7 enfants SW de langue française âgés entre 6 ans et 13 ans 7 mois, appariés à deux groupes typiques et 2. 13 enfants SW de langue anglaise âgés entre 6 ans et 13 ans 11 mois, appariés à deux groupes typiques. Notre analyse porte sur un paramètre acoustique de la prosodie des enfants avec SW : la Variation de la Fréquence Fondamentale. Les résultats sont discutés sur les points suivants : 1. les différences et similitudes entre les profils prosodiques des enfants avec SW et des enfants typiques de même âge chronologique ou développemental, en langue anglaise et en langue française, 2. les différences entre les enfants avec SWde langue maternelle anglaise et les enfants avec SWde langue maternelle française et 3. le développement prosodique observé chez les enfants avec SW. (For English abstract see "Additional Information")

European CMBS pricing: bond, mortgage and real estate characteristics

The recent global economic crisis is often associated with the development and pricing of mortgage-backed securities (i.e. MBSs) and underlying products (i.e. sub-prime mortgages). This work uses a rich database of MBS issues and represents the first attempt to price commercial MBSs (i.e. CMBSs) in the European market. Our results are consistent with research carried out in the US market and we find that bond-, mortgage-, real estate-related and multinational characteristics show different degrees of significance in explaining European CMBS spreads at issuance. Multiple linear regression analysis using a databank of CMBSs issued between 1997 and 2007 indicates a strong relationship with bond-related factors, followed by real estate and mortgage market conditions. We also find that multinational factors are significant, with country of issuance, collateral location and access to more liquid markets all being important in explaining the cost of secured funding for real estate companies. As floater coupon tranches tend to be riskier and exhibit higher spreads, we also estimate a model using this sub-set of data and results hold, hence reinforcing our findings. Finally, we estimate our model for both tranches A and B and find that real estate factors become relatively more important for the riskier investment products.

Combination Efficacy of Voriconazole and Amphotericin B in the Experimental Disease in Immunodeficient Mice Caused by Fluconazole-resistant Cryptococcus neoformans

The therapeutic efficacy of amphotericin B and voriconazole alone and in combination with one another were evaluated in immunodeficient mice (BALB/c-SCID) infected with a fluconazole-resistant strain of Cryptococcus neoformans var. grubii. The animals were infected intravenously with 3 x 10(5) cells and intraperitoneally treated with amphotericin B (1.5 mg/kg/day) in combination with voriconazole (40 mg/kg/days). Treatment began 1 day after inoculation and continued for 7 and 15 days post-inoculation. The treatments were evaluated by survival curves and yeast quantification (CFUs) in brain and lung tissues. Treatments for 15 days significantly promoted the survival of the animals compared to the control groups. Our results indicated that amphotericin B was effective in assuring longest-term survival of infected animals, but these animals still harbored the highest CFU of C. neoformans in lungs and brain at the end of the experiment. Voriconazole was not as effective alone, but in combination with amphotericin B, it prolonged survival for the second-longest time period and provided the lowest colonization of target organs by the fungus. None of the treatments were effective in complete eradication of the fungus in mice lungs and brain at the end of the experiment.

Suspeita de caso de ebola no Brasil provoca explosão de menções nas redes

Entrevista dada ao Jornal da GloboNews por Rogério Sobreira, Diretor-Adjunto da DAPP.

Semana pré-ENEM triplica menções na área de Educação

Com a proximidade do ENEM (Exame Nacional do Ensino Médio) as discussões a respeito do tema educação e da prova em si se multiplicaram nas redes sociais. O expressivo aumento do número de candidatos (quase 9 milhões de inscritos em 2014) tem relação direta com a crescente adesão das faculdades e universidades ao Exame. Além da possibilidade de se utilizar a nota obtida para programas como o ProUni e o Fies. O Monitor de Temas, ferramenta desenvolvida pela Diretoria de Análise de Políticas Públicas da Fundação Getulio Vargas (FGV-DAPP), permite observar o interesse pelo assunto: à medida que a prova se aproxima o número de menções na rede aumenta, tendo atingido mais de 90 mil menções até as 16h30 desta sexta-feira (7).