Caractérisation et surexpression des fimbriae de type chaperon-placier de Salmonella enterica sérovar Typhi

Salmonella enterica sérovar Typhi (S. Typhi) est l’agent responsable de la fièvre typhoïde et cause environ 200 000 morts et 27 millions de cas annuellement. C’est un pathogène entérique dont le réservoir est restreint à l’Homme. Les raisons de cette restriction d’hôte sont méconnues et pourraient dépendre de l’expression de facteurs d’adhésion à des étapes importantes au cours de la pathogenèse. L’annotation bioinformatique du génome de S. Typhi identifie 12 fimbriae de type chaperon-placier (FCP), un curli ainsi qu’un pilus de type IV. L’objectif de ce projet de recherche est d’étudier ces systèmes d’adhésion peu caractérisés. D’abord, le niveau d’expression de ces gènes a été évalué dans différentes conditions de culture in vitro en utilisant une approche de gènes rapporteurs. L’expression des 14 systèmes d’adhésion a été détectée. Nos résultats indiquent qu’une carence en fer favorise l’expression des opérons bcf et csg. Indépendamment du fer, l’expression de bcf, csg, pil, sef, sta, stc, stg et sth est influencée par la richesse nutritive du milieu. L’incubation en milieu LB liquide favorise l’expression de la plupart des systèmes d’adhésion par rapport à un milieu LB liquide sans agitation ou un milieu LB solide. En somme, l’expression des systèmes d’adhésion de S. Typhi a été observée et est influencée par des conditions environnementales. Dans un second volet, nous avons tent de surexprimer les différents systèmes d’adhésion chez une souche d’E. coli ou de S. Typhi afimbriaire. Avec cette approche, nous avons été en mesure de démontrer que l’opéron tcf encode pour un fimbria fonctionnel que l’on a pu observer en microscopie électronique. L’expression de tcf chez une souche afimbriaire d’E. coli et S. Typhi a également diminué leur capacité d’adhésion à des cellules épithéliales intestinales humaines lors d’essais in vitro. Nos observations démontrent que l’expression des systèmes d’adhésion retrouvés chez S. Typhi est influencée par les conditions enviroi9onnementales. Au moins un de ces systèmes est fonctionnel. Ceci suggère une contribution des systèmes d’adhésion retrouvés chez S. Typhi lors de l’interaction de ce pathogène avec l’humain.

A single amino acid substitution in the mRNA capping enzyme λ2 of a mammalian orthoreovirus mutant increases interferon sensitivity.

In the last few years, the development of a plasmid-based reverse genetics system for mammalian reovirus has allowed the production and characterization of mutant viruses. This could be especially significant in the optimization of reovirus strains for virotherapeutic applications, either as gene vectors or oncolytic viruses. The genome of a mutant virus exhibiting increased sensitivity to interferon was completely sequenced and compared with its parental virus. Viruses corresponding to either the parental or mutant viruses were then rescued by reverse genetics and shown to exhibit the expected phenotypes. Systematic rescue of different viruses harboring either of the four parental genes in a mutant virus backbone, or reciprocally, indicated that a single amino acid substitution in one of λ2 methyltransferase domains is the major determinant of the difference in interferon sensitivity between these two viruses.

Définition du mécanisme de localisation des ARNm cen et ik2 aux centrosomes chez la Drosophile

L’organisation cellulaire repose sur une distribution organisée des macromolécules dans la cellule. Deux ARNm, cen et ik2, montrent une colocalisation parfaite aux centrosomes. Ces deux gènes font partie du même locus sur le chromosome 2L de Drosophila melanogaster et leur région 3’ non traduite (3’UTR) se chevauchent. Dans le mutant Cen, le transport de Ik2 est perturbé, mais dans le mutant Ik2, la localisation de cen n’est aucunement affectée. Ces résultats suggèrent que cen est le régulateur principal de la co-localisation de cen et ik2 aux centrosomes et que cette co-localisation se produit par un mécanisme impliquant la région complémentaire au niveau du 3’UTR des deux transcrits. La localisation de cen au niveau des centrosomes dans les cellules épithéliales de l’embryon est conservée dans différentes espèces de Drosophile : D. melanogater, D. simulans, D. virilis et D. mojavensis. Cependant, la localisation de ik2 n’est pas conservée dans D. virilis et D. mojavensis, deux espèces dont les gènes cen et ik2 sont dissociés dans le génome. Ces résultats suggèrent que la proximité de Cen et Ik2 dans le génome est importante afin d’avoir un événement de co-localisation de ces deux transcrits. J’ai généré différentes lignées de mouches transgéniques dans lesquelles un transgène contenant la séquence GFP fusionnée à différentes partie de Cen (partie codante, 3’UTR, Cod+3’UTR) qui sont sous le contrôle du promoteur UAS et qui sont gal4 inductibles. La région codante de l’ARNm cen était suffisante pour avoir un ciblage précis du transcrit aux centrosomes.

La génétique inverse dans l'étude des réovirus: Progrès, obstacles et développements futurs

En génétique dite « classique », l’examen d’un phénotype conduit à l’étude des gènes impliqués dans son obtention. La génétique inverse est une méthode expérimentale très puissante dans laquelle, au contraire, le matériel génétique est modifié et utilisé pour reconstruire un organisme complet, afin de déterminer le résultat de ces modifications. Cette approche est spécialement bien adaptée à l'étude des virus, compte tenu de la relative simplicité et de la petite taille de leurs génomes; l’obstacle principal demeure de récupérer des virus infectieux à partir de génomes viraux clonés. Au cours des années, cet exploit a été accompli pour des représentants de presque toutes les familles de virus de mammifères. Jusqu’à récemment, les Reoviridae, virus à génome d'ARN bicaténaire segmenté, faisaient toutefois exception. Dans cette revue, les progrès réalisés vers la mise au point de la génétique inverse pour l'étude du réovirus seront discutés. La génétique inverse pourrait avoir un impact majeur dans l'optimisation de nouvelles souches de réovirus pour leur utilisation en thérapie comme agents oncolytiques et pour le développement de vaccins dans le cas des rotavirus et des orbivirus. Les travaux actuels font toutefois ressortir les limites de l'approche, la nécessité d’une analyse prudente des résultats obtenus, ainsi que le besoin de développer des systèmes plus efficaces et polyvalents.

Addition of exogenous polypeptides on the mammalian reovirus outer capsid using reverse genetics

Addition of exogenous peptide sequences on viral capsids is a powerful approach to study the process of viral infection or to retarget viruses toward defined cell types. Until recently, it was not possible to manipulate the genome of mammalian reovirus and this was an obstacle to the addition of exogenous sequence tags onto the capsid of a replicating virus. This obstacle has now been overcome by the advent of the plasmid-based reverse genetics system. In the present study, reverse genetics was used to introduce different exogenous peptides, up to 40 amino acids long, at the carboxyl-terminal end of the σ1 outer capsid protein. The tagged viruses obtained were infectious, produce plaques of similar size, and could be easily propagated at hight titers. However, attempts to introduce a 750 nucleotides-long sequence failed, even when it was added after the stop codon, suggesting a possible size limitation at the nucleic acid level.

Contribution différentielle de Neuroligine‐1 et d’EphA4 à la régulation du sommeil

Le sommeil est un besoin vital et le bon fonctionnement de l’organisme dépend de la quantité et de la qualité du sommeil. Le sommeil est régulé par deux processus : un processus circadien qui dépend de l’activité des noyaux suprachiasmatiques de l’hypothalamus et qui régule le moment durant lequel nous allons dormir, et un processus homéostatique qui dépend de l’activité neuronale et se reflète dans l’intensité du sommeil. En effet, le sommeil dépend de l’éveil qui le précède et plus l’éveil dure longtemps, plus le sommeil est profond tel que mesuré par des marqueurs électroencéphalographiques (EEG). Des études ont montré que le bon fonctionnement de ces deux processus régulateurs du sommeil dépend de la plasticité synaptique. Ainsi, les éléments synaptiques régulant la communication et la force synaptique sont d’importants candidats pour agir sur la physiologie de la régulation du sommeil. Les molécules d’adhésion cellulaire sont des acteurs clés dans les mécanismes de plasticité synaptique. Elles régulent l’activité et la maturation des synapses. Des études ont montré que leur absence engendre des conséquences similaires au manque de sommeil. Le but de ce projet de thèse est d’explorer l’effet de l’absence de deux familles de molécule d’adhésion cellulaire, les neuroligines et la famille des récepteur Eph et leur ligand les éphrines dans les processus régulateurs du sommeil. Notre hypothèse est que l’absence d’un des membres de ces deux familles de molécule affecte les mécanismes impliqués dans le processus homéostatique de régulation du sommeil. Afin de répondre à notre hypothèse, nous avons étudié d’une part l’activité EEG chez des souris mutantes n’exprimant pas Neuroligine‐1 (Nlgn1) ou le récepteur EphA4 en condition normale et après une privation de sommeil. D’autre part, nous avons mesuré les changements moléculaires ayant lieu dans ces deux modèles après privation de sommeil. Au niveau de l’activité EEG, nos résultats montrent que l’absence de Nlgn1 augmente la densité des ondes lentes en condition normale et augment l’amplitude et la pente des ondes lentes après privation de sommeil. Nlgn1 est nécessaire au fonctionnement normal de la synchronie corticale, notamment après une privation de sommeil, lui attribuant ainsi un rôle clé dans l’homéostasie du sommeil. Concernant le récepteur EphA4, son absence affecte la durée du sommeil paradoxal ainsi que l’activité sigma qui dépendent du processus circadien. Nos résultats suggèrent donc que ce récepteur est un élément important dans la régulation circadienne du sommeil. Les changements transcriptionnels en réponse à la privation de sommeil des souris n’exprimant pas Nlgn1 et EphA4 ne sont pas différents des souris sauvages. Toutefois, nous avons montré que la privation de sommeil affectait la distribution des marques épigénétiques sur le génome, tels que la méthylation et l’hydroxyméthylation, et que l’expression des molécules régulant ces changements est modifiée chez les souris mutantes pour le récepteur EphA4. Nos observations mettent en évidence que les molécules d’adhésion cellulaire, Nlgn1 et le récepteur EphA4, possèdent un rôle important dans les processus homéostatique et circadien du sommeil et contribuent de manière différente à la régulation du sommeil.

Establishing a Robust In Vitro Embryonic Stem Cell Differentiation Assay to Monitor the Hematopoietic Potential of DELES Clones

Afin d’effectuer des études fonctionnelles sur le génome de la souris, notre laboratoire a généré une bibliothèque de clones de cellules souches embryonnaires (ESC) présentant des suppressions chromosomiques chevauchantes aléatoires – la bibliothèque DELES. Cette bibliothèque contient des délétions couvrant environ 25% du génome murin. Dans le laboratoire, nous comptons identifier de nouveaux déterminants du destin des cellules hématopoïétiques en utilisant cet outil. Un crible primaire utilisant la benzidine pour démontrer la présence d'hémoglobine dans des corps embryoïdes (EBS) a permis d’identifier plusieurs clones délétés présentant un phénotype hématopoïétique anormal. Comme cet essai ne vérifie que la présence d'hémoglobine, le but de mon projet est d'établir un essai in vitro de différenciation des ESC permettant de mesurer le potentiel hématopoïétique de clones DELES. Mon hypothèse est que l’essai de différenciation hématopoïétique publié par le Dr Keller peut être importé dans notre laboratoire et utilisé pour étudier l'engagement hématopoïétique des clones DELES. À l’aide d’essais de RT-QPCR et de FACS, j’ai pu contrôler la cinétique de différenciation hématopoïétique en suivant l’expression des gènes hématopoïétiques et des marqueurs de surface comme CD41, c-kit, RUNX1, GATA2, CD45, β-globine 1 et TER-119. Cet essai sera utilisé pour valider le potentiel hématopoïétique des clones DELES candidats identifiés dans le crible principal. Mon projet secondaire vise à utiliser la même stratégie rétro-virale a base de Cre-loxP utilisée pour générer la bibliothèque DELES pour générer une bibliothèque de cellules KBM-7 contenant des suppressions chromosomiques chevauchantes. Mon but ici est de tester si la lignée cellulaire leuémique humaine presque haploïde KBM-7 peut être exploitée en utilisant l'approche DELES pour créer cette bibliothèque. La bibliothèque de clones KBM-7 servira à définir les activités moléculaires de drogues anti-leucémiques potentielless que nous avons identifiées dans le laboratoire parce qu’elles inhibent la croissance cellulaire dans plusieurs échantillons de leucémie myéloïde aiguë dérivés de patients. Elle me permettra également d'identifier les voies de signalisation moléculaires qui, lorsque génétiquement perturbées, peuvent conférer une résistance à ces drogues.

Introducció al GNU_Linux per a usuaris : Mandriva 2008_Gnome. 'Introducción al GNU_Linux para usuarios : Mandriva 2008_Gnome'.

Resumen tomado de la publicación. Incluye imágenes de capturas de pantalla del ordenador que refuerzan las explicaciones del curso y un listado de enlaces de interés disponibles en la página del material del curso (adjunta en el archivo ZIP)

Approccio metodologico per la valutazione del rischio dovuto agli sversamenti accidentali di petrolio in mare

Il trasporto del petrolio via mare tramite navi petroliere è molto utilizzato per congiungere i paesi produttori con quelli consumatori. Durante il trasporto possono avvenire rilasci accidentali di petrolio in mare, con contaminazione anche estesa dell’ambiente marino. La stima del rischio di contaminazione ambientale imputabile alle attività di trasporto via mare è fondamentale al fine di ridurre il rischio stesso. Per prevedere il destino degli sversamenti di olio in mare, sono stati sviluppati diversi software che simulano lo spostamento della chiazza di olio rilasciato e le trasformazioni chimico-fisiche cui essa è soggetta, dette fenomeni di oil weathering. L’obiettivo del presente lavoro di tesi è stato quello di individuare un software per la simulazione del destino dei rilasci di olio in mare idoneo ad essere utilizzato nell’ambito di una innovativa metodologia di valutazione del rischio per l’ambiente marino. A tal fine sono stati studiati e confrontati, sia da un punto di vista teorico sia tramite l’applicazione a casi di studio, i software GNOME, ADIOS e OSCAR; dal confronto è emerso che GNOME e ADIOS contengono modelli semplificati per simulare i fenomeni di oil weathering subiti da una chiazza di olio formatasi a seguito di un rilascio. Rispetto ai software GNOME e ADIOS, OSCAR è molto più complesso e articolato; richiede numerosi dati in ingresso, ma fornisce in uscita una descrizione dello scenario più aderente alla realtà. Un’importante peculiarità di OSCAR, che lo rende estremamente vantaggioso nell’ambito di una metodologia di valutazione del rischio, consiste nel fatto che esso dispone di una modalità di funzionamento stocastica. Per validare l’utilizzo di OSCAR nell’ambito di una metodologia di valutazione del rischio, se ne è effettuata l’applicazione ad un caso di studio, ovvero alla rotta da Suez a Porto Marghera. Si è pertanto osservato che il rischio derivante da un rilascio di olio in mare è dipendente dal punto in cui questo rilascio avviene. È dunque possibile concludere che il software OSCAR è uno strumento valido nell’analisi del rischio ambientale derivante da sversamenti di olio in mare. Il lavoro di tesi è strutturato come descritto nel seguito. Il Capitolo 1 è introduttivo e, dopo aver descritto la problematica legata agli sversamenti di idrocarburi in mare, elenca e spiega i fenomeni di oil weathering. Il Capitolo 2 è incentrato sulle caratteristiche e sul confronto dei software dell’ente americano NOAA, ossia ADIOS e GNOME. Il Capitolo 3 si occupa della descrizione del software OSCAR dell’ente norvegese SINTEF. Il Capitolo 4 riporta la metodologia seguita per il calcolo del rischio di contaminazione del mare, ripresa da una metodologia per il calcolo del rischio già consolidata nell’industria di processo relativa all’uomo. Il Capitolo 5 introduce il caso di studio, ovvero l’applicazione della metodologia alla rotta da Suez a Marghera. Il Capitolo 6 riporta alcune considerazioni conclusive.

"A buen entendedor, pocas palabras" : Funcionamiento argumental de las gnomai en Medea de Eurípides

Entendemos las gnomai como un grupo de locuciones que pueden traducirse como sentencias o proverbios que versan sobre temas de carácter general aplicables a un caso particular (Retórica,1394 a21-26) y que son utilizadas para sustentar, ilustrar o sintetizar una opinión en una secuencia argumental. Poseen una gran fuerza ilocutoria y su empleo como estrategia argumentativa funciona como una garantía que sostiene la doxa o el conocimiento compartido que se tiene sobre un tema determinado (Gándara: 2004). En cuanto citas de saber general están incluidas en la tragedia dentro del discurso de los personajes trágicos, discurso primario del texto teatral, en el marco de la acción dramática donde adquieren toda su fuerza y sentido

Afinidad entre semejantes: sentido y proyección de una paroimía homérica (Od. 17.218)

Od. 17.218 constituye el registro más antiguo del proverbio griego sobre a´Çünidad entre semejantes, recordado numerosas veces y bajo gran variedad de enunciados en la tradición paremiográ´Çü ca griega. Este artículo propone un estudio de dicho proverbio, que se inicia con una revisión del antiguo concepto de paroimía, con especial referencia a su vinculación con el concepto de gnome. A continuación se analiza el sentido del proverbio homérico y los rasgos inherentes a su inserción en el texto de Odisea. Por último, se examina la proyección del proverbio en autores griegos y en las colecciones del Corpus Paroemiographorum Graecorum.

Afinidad entre semejantes: sentido y proyección de una paroimía homérica (Od. 17.218)

Od. 17.218 constituye el registro más antiguo del proverbio griego sobre a´Çünidad entre semejantes, recordado numerosas veces y bajo gran variedad de enunciados en la tradición paremiográ´Çü ca griega. Este artículo propone un estudio de dicho proverbio, que se inicia con una revisión del antiguo concepto de paroimía, con especial referencia a su vinculación con el concepto de gnome. A continuación se analiza el sentido del proverbio homérico y los rasgos inherentes a su inserción en el texto de Odisea. Por último, se examina la proyección del proverbio en autores griegos y en las colecciones del Corpus Paroemiographorum Graecorum.

"A buen entendedor, pocas palabras" : Funcionamiento argumental de las gnomai en Medea de Eurípides

Entendemos las gnomai como un grupo de locuciones que pueden traducirse como sentencias o proverbios que versan sobre temas de carácter general aplicables a un caso particular (Retórica,1394 a21-26) y que son utilizadas para sustentar, ilustrar o sintetizar una opinión en una secuencia argumental. Poseen una gran fuerza ilocutoria y su empleo como estrategia argumentativa funciona como una garantía que sostiene la doxa o el conocimiento compartido que se tiene sobre un tema determinado (Gándara: 2004). En cuanto citas de saber general están incluidas en la tragedia dentro del discurso de los personajes trágicos, discurso primario del texto teatral, en el marco de la acción dramática donde adquieren toda su fuerza y sentido

Afinidad entre semejantes: sentido y proyección de una paroimía homérica (Od. 17.218)

Od. 17.218 constituye el registro más antiguo del proverbio griego sobre a´Çünidad entre semejantes, recordado numerosas veces y bajo gran variedad de enunciados en la tradición paremiográ´Çü ca griega. Este artículo propone un estudio de dicho proverbio, que se inicia con una revisión del antiguo concepto de paroimía, con especial referencia a su vinculación con el concepto de gnome. A continuación se analiza el sentido del proverbio homérico y los rasgos inherentes a su inserción en el texto de Odisea. Por último, se examina la proyección del proverbio en autores griegos y en las colecciones del Corpus Paroemiographorum Graecorum.

"A buen entendedor, pocas palabras" : Funcionamiento argumental de las gnomai en Medea de Eurípides

Entendemos las gnomai como un grupo de locuciones que pueden traducirse como sentencias o proverbios que versan sobre temas de carácter general aplicables a un caso particular (Retórica,1394 a21-26) y que son utilizadas para sustentar, ilustrar o sintetizar una opinión en una secuencia argumental. Poseen una gran fuerza ilocutoria y su empleo como estrategia argumentativa funciona como una garantía que sostiene la doxa o el conocimiento compartido que se tiene sobre un tema determinado (Gándara: 2004). En cuanto citas de saber general están incluidas en la tragedia dentro del discurso de los personajes trágicos, discurso primario del texto teatral, en el marco de la acción dramática donde adquieren toda su fuerza y sentido