Une nouvelle approche computationnelle pour la découverte des sites de fixation de facteurs de transcription à l’ADN, adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage

Les facteurs de transcription sont des protéines spécialisées qui jouent un rôle important dans différents processus biologiques tel que la différenciation, le cycle cellulaire et la tumorigenèse. Ils régulent la transcription des gènes en se fixant sur des séquences d’ADN spécifiques (éléments cis-régulateurs). L’identification de ces éléments est une étape cruciale dans la compréhension des réseaux de régulation des gènes. Avec l’avènement des technologies de séquençage à haut débit, l’identification de tout les éléments fonctionnels dans les génomes, incluant gènes et éléments cis-régulateurs a connu une avancée considérable. Alors qu’on est arrivé à estimer le nombre de gènes chez différentes espèces, l’information sur les éléments qui contrôlent et orchestrent la régulation de ces gènes est encore mal définie. Grace aux techniques de ChIP-chip et de ChIP-séquençage il est possible d’identifier toutes les régions du génome qui sont liées par un facteur de transcription d’intérêt. Plusieurs approches computationnelles ont été développées pour prédire les sites fixés par les facteurs de transcription. Ces approches sont classées en deux catégories principales: les algorithmes énumératifs et probabilistes. Toutefois, plusieurs études ont montré que ces approches génèrent des taux élevés de faux négatifs et de faux positifs ce qui rend difficile l’interprétation des résultats et par conséquent leur validation expérimentale. Dans cette thèse, nous avons ciblé deux objectifs. Le premier objectif a été de développer une nouvelle approche pour la découverte des sites de fixation des facteurs de transcription à l’ADN (SAMD-ChIP) adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. Notre approche implémente un algorithme hybride qui combine les deux stratégies énumérative et probabiliste, afin d’exploiter les performances de chacune d’entre elles. Notre approche a montré ses performances, comparée aux outils de découvertes de motifs existants sur des jeux de données simulées et des jeux de données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. SAMD-ChIP présente aussi l’avantage d’exploiter les propriétés de distributions des sites liés par les facteurs de transcription autour du centre des régions liées afin de limiter la prédiction aux motifs qui sont enrichis dans une fenêtre de longueur fixe autour du centre de ces régions. Les facteurs de transcription agissent rarement seuls. Ils forment souvent des complexes pour interagir avec l’ADN pour réguler leurs gènes cibles. Ces interactions impliquent des facteurs de transcription dont les sites de fixation à l’ADN sont localisés proches les uns des autres ou bien médier par des boucles de chromatine. Notre deuxième objectif a été d’exploiter la proximité spatiale des sites liés par les facteurs de transcription dans les régions de ChIP-chip et de ChIP-séquençage pour développer une approche pour la prédiction des motifs composites (motifs composés par deux sites et séparés par un espacement de taille fixe). Nous avons testé ce module pour prédire la co-localisation entre les deux demi-sites ERE qui forment le site ERE, lié par le récepteur des œstrogènes ERα. Ce module a été incorporé à notre outil de découverte de motifs SAMD-ChIP.

Recherche et développement dans les sciences de l’environnement : l’Université entre impératifs scientifico-techniques, économiques et socio-politiques. Le cas du Réseau de centres d’excellence ArcticNet.

Cette thèse cible l’étude d’une organisation sociotechnique pluraliste, le Réseau de centres d’excellence ArcticNet, établi depuis 2003 au sein de l’Université Laval et financé par le programme fédéral des Réseaux de centres d’excellence (RCE). Ce programme, effectif depuis 1988, est issu d’une initiative du ministère de l’Industrie Canada et des trois Conseils fédéraux de financement de la recherche scientifique (CRSNG, CRSH et IRSC). Par sa dimension interdisciplinaire et interinstitutionnelle, le RCE ArcticNet sollicite la mise en place de divers accommodements sur une thématique environnementale controversée, celle du développement de l’Arctique canadien côtier. Notre approche se concentre sur la description de ces collaborations pluralistes et l’analyse des stratégies de consensus mises en place par une organisation universitaire médiatrice. Si cette étude illustre le cas d’ArcticNet, elle questionne toutefois deux réalités d’ensemble: (1) D’un point de vue théorique, prépondérant dans cette thèse, les enjeux environnementaux et de développement durable s’inscrivent dans les nouvelles réalités de la production des connaissances portées par une coévolution entre science et société, contribuant à l’expansion des domaines de R&D ciblés; et, (2) D’un point de vue empirique illustratif, les éléments de formation et d’évolution d’un réseau sociotechnique intersectoriel et les stratégies des scientifiques dans la recherche et le développement de l’Arctique canadien côtier présentent un profil basé sur l’accommodement des parties prenantes. Cette recherche adhère au postulat épistémologique des théories des organisations sociotechniques pluralistes, plutôt qu’aux modèles théoriques de la société/économie de la connaissance. L’étude regroupe un total de 23 entrevues recueillies en 2008 et en 2010 auprès de l’administration, de membres scientifiques et de partenaires d’ArcticNet, suivant une logique de témoignage. Elle ouvre ainsi une nouvelle réflexion sur leur milieu de pratique de la science, plus particulièrement des sciences de l’environnement, vers lequel la société actuelle oriente la nouvelle production des connaissances, à travers les divers financements de la recherche et du développement.

Caractérisation moléculaire d’un récent modèle d’étude de la leucémie myéloïde aigüe à caryotype normal :la lignée cellulaire CG-SH

La leucémie myéloïde aigüe (LMA) est la forme de leucémie la plus fréquente chez l’adulte au Canada. Bien que de nombreux réarrangements chromosomiques récurrents aient été identifiés chez les patients LMA, près de la moitié des cas présentent un caryotype normal (LMA-CN). L’étude de la LMA-CN in vitro est rendue difficile par le fait que la survie des cellules primaires de patients est défectueuse sur le long terme et que les lignées cellulaires leucémiques ont un caryotype hautement anormal. En 2009, Munker et son équipe ont établi une nouvelle lignée cellulaire, CG-SH, ayant la particularité d’avoir un caryotype normal. L’objectif principal de ce projet d’étude est de caractériser plus en détail ce nouveau modèle d’étude. Nous avons identifié l’ensemble des variants génétiques présents dans CG-SH grâce au séquençage du génome entier. Les variants susceptibles de participer à la leucémogénèse ont été isolés, tels que des insertions détectées dans EZH2 et GATA2, et de nombreux variants faux-sens détectés dans des gènes pertinents pour la LMA. Nous avons montré que les cellules CG-SH sont sensibles à l’effet prolifératif d’une combinaison de cytokines, qui agissent sur le comportement des cellules en modifiant l’expression des gènes associés à la régulation de la prolifération, de l’apoptose et de la différentiation. De plus, les cytokines diminuent le taux de nécrose des cellules en culture sur le court terme. La présente étude a permis d’approfondir notre connaissance sur les caractéristiques moléculaires de la lignée cellulaire CG-SH, un nouveau modèle d’étude in vitro de la LMA-CN.

Inférence topologique

Les données provenant de l'échantillonnage fin d'un processus continu (champ aléatoire) peuvent être représentées sous forme d'images. Un test statistique permettant de détecter une différence entre deux images peut être vu comme un ensemble de tests où chaque pixel est comparé au pixel correspondant de l'autre image. On utilise alors une méthode de contrôle de l'erreur de type I au niveau de l'ensemble de tests, comme la correction de Bonferroni ou le contrôle du taux de faux-positifs (FDR). Des méthodes d'analyse de données ont été développées en imagerie médicale, principalement par Keith Worsley, utilisant la géométrie des champs aléatoires afin de construire un test statistique global sur une image entière. Il s'agit d'utiliser l'espérance de la caractéristique d'Euler de l'ensemble d'excursion du champ aléatoire sous-jacent à l'échantillon au-delà d'un seuil donné, pour déterminer la probabilité que le champ aléatoire dépasse ce même seuil sous l'hypothèse nulle (inférence topologique). Nous exposons quelques notions portant sur les champs aléatoires, en particulier l'isotropie (la fonction de covariance entre deux points du champ dépend seulement de la distance qui les sépare). Nous discutons de deux méthodes pour l'analyse des champs anisotropes. La première consiste à déformer le champ puis à utiliser les volumes intrinsèques et les compacités de la caractéristique d'Euler. La seconde utilise plutôt les courbures de Lipschitz-Killing. Nous faisons ensuite une étude de niveau et de puissance de l'inférence topologique en comparaison avec la correction de Bonferroni. Finalement, nous utilisons l'inférence topologique pour décrire l'évolution du changement climatique sur le territoire du Québec entre 1991 et 2100, en utilisant des données de température simulées et publiées par l'Équipe Simulations climatiques d'Ouranos selon le modèle régional canadien du climat.

Récit de l’événement et événement du récit chez Annie Ernaux, Hélène Cixous et Maurice Blanchot

Cette thèse porte sur trois textes autobiographiques qui questionnent, à travers l’élaboration d’une pensée de l’événement, les oppositions convenues entre fiction et témoignage. L’Événement (2000) d’Annie Ernaux, Le jour où je n’étais pas là (2000) d’Hélène Cixous et L’Instant de ma mort (1994) de Maurice Blanchot présentent le récit autoréférentiel d’un événement traumatique, soit un avortement clandestin pour Ernaux, la mort en bas âge d’un enfant trisomique pour Cixous et la mise en joue par un soldat nazi lors de la Seconde Guerre mondiale pour Blanchot. Ce corpus, quoique hétérogène à plusieurs égards, loge à l’enseigne d’une littérature placée sous le signe de l’aveu, de la confession et de la révélation ; cette littérature porterait au jour ce qui était jusque-là demeuré impossible à dire. Partant de la figure de la honte inscrite dans ces trois œuvres, mais aussi dans d’autres textes de ces écrivains qui permettent de déployer ce qui se trame de secret et d’événement dans le corpus principal, cette thèse a pour objectif d’analyser les déplacements et les retours d’un trauma gardé secret pendant une quarantaine d’années et qui remonte, par la voie de l’événement, à la surface de l’écriture. Sous la double impulsion de la pensée de Jacques Derrida et de l’approche psychanalytique, cette thèse s’intéresse à la question de l’événement à l’œuvre chez Ernaux, Cixous et Blanchot. Dans chacune de ces œuvres, un événement traumatique intervient comme révélateur de l’écriture et d’un rapport singulier à la pensée de l’événement, marqué soit historiquement et politiquement (Blanchot), soit intimement (Cixous et Ernaux). Par l’écriture, ces auteurs tentent en effet de rendre compte de l’authenticité de l’événement ressenti, problématisant du même coup la nature et la fonction de l’événement tant réel que psychique dans le récit de soi. L’événement est ainsi abordé dans son caractère historique, psychanalytique mais également philosophique, ontologique ; la pensée de l’événement mise à l’épreuve des textes d’Ernaux, de Cixous et de Blanchot permet d’explorer les figures de la date, de l’archive, de la mort et du deuil qui lui sont liées, en plus de donner lieu à une poétique singulière chez chacun. Enfin, la thèse traite du rapport entre l’aveu de l’événement et la langue qui, défiant l’opposition traditionnelle du constatif et du performatif, entraîne l’événement du récit, cet autre événement qui arrive en même temps que le récit de l’événement traumatique.

La schizophrénie : Adhérer à l'espoir

Vidéo disponible sur YouTube à l'adresse : https://www.youtube.com/watch?v=cciXBD72wH8

Le poids de l’oiseau sur la vitre ; suivi de L’hétérogénéité graphique dans Blankets de Craig Thompson

Le mémoire original s'accompagnait en annexe du livre-objet Le poids de l'oiseau sur la vitre.

Apprendre « sans handicap »

https://www.youtube.com/channel/UCUbsl8aV8yOGX7Rdq6Fql2A

Disclosure of Child Sexual Abuse : Impact of Interviewers’ Attitudes & Children's Collaboration during Forensic Interviews

L’agression sexuelle (AS) commise envers les enfants est un sujet complexe à enquêter et les allégations reposent souvent exclusivement sur le témoignage de l’enfant. Cependant, même quand l’enfant divulgue une AS, il peut être réticent à révéler certains détails personnels et gênants de l’AS à un étranger. Étant donné qu’il n'est pas toujours possible d'obtenir le consentement de filmer et qu’il est relativement difficile de mesurer l’attitude non verbale de l’enfant et celui de l’enquêteur au cours des entrevues d’investigations, cette recherche a été novatrice dans sa création d’échelles verbales de telles attitudes. Afin de déterminer la corrélation de l’attitude des enquêteurs et la collaboration des enfants, 90 entrevues d’enfants âgés de 4 à 13 ans ont été analysées. Les entrevues ont été enregistrées sur bande audio, transcrites et codifiées à l'aide des sous-échelles verbales d'attitudes soutenantes et non-soutenantes des enquêteurs ainsi que d’attitudes de résistance et de coopération de la part de l'enfant. La proportion des détails sur l’AS fournie par les enfants a également été calculée. Afin de comparer les entrevues avec et sans le protocole du National Institute of Child Health and Human Development (NICHD), une MANCOVA, contrôlant pour l’âge de l’enfant et la proportion de questions ouvertes, démontre tel qu’attendu que les entrevues avec le protocole obtiennent plus de détails fournis à la suite des questions ouvertes que les entrevues sans le protocole. Cependant, aucune différence ne ressort quant aux attitudes de l’enfant et celle de l’enquêteur. Afin de trouver le meilleur prédicteur de la quantité de détails dévoilés par les enfants, une analyse de régression multiple hiérarchique a été faite. Après avoir contrôlé pour l'âge de l’enfant, l’utilisation du protocole et la proportion de questions ouvertes, la résistance de l’enfant et l’attitude non-soutenante de l’enquêteur expliquent 28 % supplémentaire de la variance, tandis que la variance totale expliquée par le modèle est de 58%. De plus, afin de déterminer si la collaboration de l’enfant et l’attitude de l’enquêteur varient en fonction de l’âge des enfants, une MANOVA démontre que les enquêteurs se comportent similairement, quel que soit l'âge des enfants. Ceci, malgré le fait que les jeunes enfants sont généralement plus réticents et coopèrent significativement moins bien que les préadolescents. Finalement, une régression multiple hiérarchique démontre que le soutien de l'enquêteur est le meilleur prédicteur de la collaboration des enfants, au-delà des caractéristiques de l'enfant et de l’AS. Bien que l’utilisation du protocole NICHD ait permis des progrès considérables dans la manière d’interroger les enfants, augmentant la proportion de détails obtenus par des questions ouvertes/rappel libre et amplifiant la crédibilité du témoignage, l’adhésion au protocole n’est pas en soi suffisante pour convaincre des jeunes enfants de parler en détail d’une AS à un inconnu. Les résultats de cette thèse ont une valeur scientifique et contribuent à enrichir les connaissances théoriques sur les attitudes de l'enfant et de l'enquêteur exprimées lors des entrevues. Même si les enquêteurs de cette étude offrent plus de soutien aux enfants résistants, indépendamment de leur âge, pour promouvoir la divulgation détaillée de l’AS, de meilleures façons de contrer les attitudes de résistance exprimées par les jeunes enfants et une minimisation des attitudes non-soutenantes lors des entrevues sont nécessaires.

Le droit du travail américain : un droit plus favorable à l’investissement que le droit du travail québécois ? Une étude de la question...

L’auteur s’intéresse à la question de savoir si le droit du travail américain est plus favorable à l’investissement direct étranger (IDE) que le droit du travail québécois dans le contexte de l’ALENA. Pour ce faire, il fait une revue de littérature sur les déterminants de la localisation de l’IDE afin de clarifier l’importance du droit du travail national dans les décisions d’investissement des entreprises multinationales. Celle-ci révèle que la localisation de l’IDE est un processus complexe et multidimensionnel impliquant un grand nombre de facteurs, dont certains sont associés à la demande, d’autres aux coûts, d’autres aux caractéristiques des pays-hôtes, et d’autres, enfin, au risque. Le droit du travail national, bien que revêtant une certaine importance, n’est qu’un facteur parmi d’autres. Elle révèle également que l’importance relative des déterminants de la localisation de l’IDE, incluant le droit du travail national, varie elle-même en fonction d’autres facteurs, comme le secteur d’activité de l’entreprise, sa stratégie, sa taille et la motivation de l’IDE. Ensuite, il fait une étude de droit comparé entre le Québec et le Massachusetts afin d’identifier les principales différences qui existent entre les deux régimes de droit du travail. Cette étude a permis d’identifier des différences importantes entre les deux systèmes étudiés. Ainsi, dans l’ensemble, le droit du travail applicable au Massachusetts se fonde davantage sur les principes de la liberté contractuelle et du laisser-faire que le droit du travail québécois, qui est beaucoup plus interventionniste. Enfin, l’auteur analyse les différences observées dans le cadre de l’étude de droit comparé à la lumière des conclusions de sa revue de littérature sur les déterminants de la localisation de l’IDE. Il en vient à la conclusion que bien qu’à de nombreux égards le droits du travail québécois s’avère plus avantageux que le droit du travail applicable au Massachusetts aux fins de la localisation de l’IDE, c’est plutôt ce dernier qui, de façon générale, s’avère le plus avantageux à ce chapitre. En effet, dans l’ensemble, le droit du travail québécois est susceptible d’imposer des coûts de main-d’œuvre supérieurs et de réduire la flexibilité du marché du travail davantage que le droit du travail applicable au Massachusetts. Or, considérant que le droit du travail national n’est qu’un facteur parmi d’autres dans la décision de localisation de l’IDE, le Québec n’est pas sans moyens. En effet, il possède d’autres avantages comparatifs qu’il peut faire valoir auprès des entreprises qui œuvrent dans des secteurs d’activités où ces avantages concurrentiels sont valorisés et susceptibles d’être exploités. De plus, considérant que le droit du travail national a un importance relative qui varie elle-même en fonction d’autres facteurs, le droit du travail québécois n’a pas nécessairement le même effet sur tous les investisseurs. Enfin, considérant que le droit du travail remplit des fonctions sociales autant que des fonctions économiques, c’est un faux débat que de mettre l’accent uniquement sur les conséquences « négatives » du droit du travail national sur l’IDE. En effet, c’est faire complètement abstraction de la question des coûts sociaux que le droit du travail permet de prévenir au sein d’une société.

Énergie des vortex dans un modèle abélien de Higgs en 2+1 dimensions avec un potentiel d’ordre six

Dans ce travail, j’étudierai principalement un modèle abélien de Higgs en 2+1 dimensions, dans lequel un champ scalaire interagit avec un champ de jauge. Des défauts topologiques, nommés vortex, sont créés lorsque le potentiel possède un minimum brisant spontanément la symétrie U(1). En 3+1 dimensions, ces vortex deviennent des défauts à une dimension. Ils ap- paraissent par exemple en matière condensée dans les supraconducteurs de type II comme des lignes de flux magnétique. J’analyserai comment l’énergie des solutions statiques dépend des paramètres du modèle et en particulier du nombre d’enroulement du vortex. Pour le choix habituel de potentiel (un poly- nôme quartique dit « BPS »), la relation entre les masses des deux champs mène à deux types de comportements : type I si la masse du champ de jauge est plus grande que celle du champ sca- laire et type II inversement. Selon le cas, la dépendance de l’énergie au nombre d’enroulement, n, indiquera si les vortex auront tendance à s’attirer ou à se repousser, respectivement. Lorsque le flux emprisonné est grand, les vortex présentent un profil où la paroi est mince, permettant certaines simplifications dans l’analyse. Le potentiel, un polynôme d’ordre six (« non-BPS »), est choisi tel que le centre du vortex se trouve dans le vrai vide (minimum absolu du potentiel) alors qu’à l’infini le champ scalaire se retrouve dans le faux vide (minimum relatif du potentiel). Le taux de désintégration a déjà été estimé par une approximation semi-classique pour montrer l’impact des défauts topologiques sur la stabilité du faux vide. Le projet consiste d’abord à établir l’existence de vortex classi- quement stables de façon numérique. Puis, ma contribution fut une analyse des paramètres du modèle révélant le comportement énergétique de ceux-ci en fonction du nombre d’enroulement. Ce comportement s’avèrera être différent du cas « BPS » : le ratio des masses ne réussit pas à décrire le comportement observé numériquement.

Criblage génétique et caractérisation fonctionnelle des mutations dans les différentes sous-unités du récepteur GABAA associées à l'épilepsie génétique généralisée

Les épilepsies génétiques généralisées (ÉGGs) sont un groupe de syndromes épileptiques hétérogènes qui se manifestent habituellement durant les périodes de l’enfance et de l’adolescence. Les ÉGGs représentent 30% de toutes les épilepsies. Il n’existe présentement aucun remède à l’épilepsie génétique généralisée. Au sein de ce groupe d’épilepsies, les sujets sont le plus souvent dépourvus de lésions cérébrales, ce qui signifie que les facteurs génétiques jouent un rôle important dans l’étiologie de la maladie. Au cours des dernières années, plusieurs gènes impliqués dans des formes familiales d’ÉGG ont été identifiés. La majorité d'entre elles codent pour des canaux ioniques incluant le récepteur-ligand GABAA (RGABAA). De ce groupe, des mutations ont été identifiées dans quatre sous-unités du récepteur GABAA. Dans un premier temps, l’objectif général de cette thèse vise l’évaluation de la composante génétique de notre cohorte d’ÉGG expliquée par les gènes codant pour les sous-unités du récepteur GABAA. Puis, dans un second souffle, le rôle des variants identifiés est défini et analysé afin de mieux cerner leurs impacts dans la pathogénèse de ce phénotype. La première partie du projet consiste en une analyse exhaustive des mutations existantes dans la partie codante des 19 gènes GABRA pour des patients atteints d’ÉGG. En criblant des familles québécoises avec ÉGG, nous avons identifié 22 variants rares incluant 19 faux-sens et 3 non-sens dans 14 sous-unités du RGABAA. En séquençant ces gènes dans une grande cohorte de cas et de contrôles, nous avons établi le profil des variations rares pour ceux-ci. Ces données suggèrent qu’une proportion significative (8%) des patients atteints d’ÉGG ont des variants rares sur les gènes du RGABAA. La deuxième partie porte directement sur certains gènes identifiés lors de la première partie. De ce groupe, cinq nouvelles mutations ont été découvertes dans des gènes déjà associés à l’épilepsie (GABRA1 et GABRG2). Nous avons constaté l’impact de ces mutations dans les mécanismes génétiques de l’épilepsie, en mesurant les effets des variants sur la structure et la fonction du récepteur GABAA. La troisième partie se concentre sur notre hypothèse, voulant que les RGABAA mutants altèrent l’effet du GABA durant le développement du système nerveux central (SNC). L’objectif principal vise à déterminer la contribution relative de chacune des sous-unités mutées dans le développement du SNC. Ainsi, nous avons démontré qu’une telle perte de fonction a un impact significatif sur le développement des synapses GABAergiques et glutamatergiques ainsi que sur la plasticité des circuits corticaux. Nos résultats nous ont permis de préciser comment les mutations dans les gènes GABRA peuvent mener à l’ÉGG. Éventuellement, la caractérisation moléculaire de ces mutations contribuera à l’élaboration de nouveaux outils diagnostiques et facilitera la mise au point de traitements mieux ciblés pour les gens atteints de cette condition neurologique chronique.

Archive(s) : approche dialectique et exploitation artistique

Les archives sont aujourd’hui utilisées et envisagées hors de leur lieu traditionnel qu’est le service d’archives et souvent même hors de l’action des archivistes. Cette thèse de doctorat propose un renversement dialectique benjaminien dans la conception de l’archivistique dont le point central devient l’utilisation des archives définitives plutôt que la production des documents. Les premiers chapitres retracent les différentes compréhensions des archives depuis la création des institutions nationales au 19e siècle jusqu’au renouvellement opéré par certains archivistes se réclamant de la postmodernité à la fin du 20e siècle. Cette histoire des archives et de l’archivistique montre que les archives définitives sont caractérisées au regard du rapport au passé qu’elles permettent et que les archivistes pensent leur objet depuis la question historiographique de l’écriture de l’histoire. Ainsi, deux conceptions générales des archives coexistent aujourd’hui et apparaissent comme essentiellement contradictoires en ce que l’une (traditionnelle) est centrée sur le créateur des documents et le passé compris comme l’ensemble des actes posés par le créateur, tandis que l’autre (postmoderne) se fonde sur les fonctions sociales des archives et sur le rôle de l’archiviste. L’élément commun à ces deux visions est l’absence de prise en charge théorique des utilisateurs et de l’exploitation des documents. Or, en suivant les traces et la pensée de Walter Benjamin, nous proposons de penser la double nature des archives comme documents et comme témoignage tout en articulant cette pensée à l’archive comme modalité d’inscription de soi dans le temps. Il en ressort que les archives peuvent être considérées comme une objectivation du passé relevant d’une temporalité chronologique au cœur de laquelle réside, à l’état latent, l’archive potentiellement libératrice. L’exploitation artistique des archives, telle qu’elle est présentée dans le cinquième chapitre, montre comment la notion d’archives explose. En outre, l’observation de ce type particulier d’exploitation permet de mettre au jour le fait que les archives sont toujours inscrites dans des conditions d’utilisation (contexte, matérialité, dispositif, rapport au public) qui sont autant de conditions d’existence de l’archive. Parmi les questions abordées par les artistes celles de la mémoire, de l’authenticité, des archives comme moyen d’appropriation du monde et comme objet poétique sont alors autant de points d’entrée possibles pour revisiter l’archivistique. Le dernier chapitre synthétise l’ensemble des renouvellements proposés au fil de la thèse de manière implicite ou explicite. Nous y envisageons une temporalité non chronologique où les archives sont un objet du passé qui, saisi par un présent dialectique singulier, sont tournées à la fois vers le passé et vers l’avenir. De nouvelles perspectives sont ouvertes pour l’archivistique à partir des caractéristiques assignées aux archives par les artistes. Finalement, c’est le cycle de vie des archives qui peut être revu en y incluant l’exploitation comme dimension essentielle.

Suzanne Lilar : configurations d'une image auctoriale

Cette thèse pose la question du positionnement identitaire difficile qui marque la trajectoire littéraire de l’écrivaine belge Suzanne Lilar (1901-1992). Le tiraillement vécu par l’écrivaine entre sa vocation artistique et la nécessité de préserver une image de soi conforme aux normes du milieu social dans lequel elle s’inscrit se reflète dans les scénographies construites par ses œuvres littéraires, mais également dans son discours réflexif et paratextuel ainsi que dans la manière dont son œuvre est accueilli par la presse de l’époque. Le premier volet de cette analyse s’attache à circonscrire la position occupée par Suzanne Lilar sur la scène littéraire belge, dont la proximité avec le centre parisien a toujours entretenu la menace de l’assimilation, et sur la scène de l’écriture féminine. Le deuxième volet de cette thèse porte sur l’analyse des scénographies construites par les textes de fiction et les textes à tendance autobiographique de Suzanne Lilar. Les doubles scénographies que donnent à lire ces œuvres montrent que la démarche esthétique de Suzanne Lilar, sous-tendue par le besoin de légitimation de son entreprise, est basée principalement sur la multiplication des perspectives et des moyens d’expression. Le dédoublement de la scène énonciative des récits, la mise en abyme de la figure auctoriale ainsi que le travail d’autoréécriture témoignent de la nécessité de se positionner dans le champ littéraire, mais également de la méfiance de l’écrivaine envers l’écriture littéraire. Le troisième volet de cette recherche analyse l’éthos et la posture que Lilar construit à l’aide du discours réflexif et paratextuel par lequel elle assoit sa légitimité sur la scène littéraire et sociale. Enfin, la dernière partie de cette thèse capte les échos de l’œuvre de Lilar dans la presse de son temps. L’image de l’auteure construite par les médias permet de placer Lilar au sein de l’institution et du champ littéraire, mais également au sein du groupe social dans lequel elle s’inscrit. L’accueil réservé à l’écrivaine par la presse de son époque semble suivre les fluctuations de la posture construite par l’écrivaine elle-même. Cela confirme l’hypothèse selon laquelle Lilar est une auteure qui a éprouvé de la difficulté à assumer pleinement son rôle. Le positionnement en porte-à-faux – dont témoigne la figure du trompe-l’œil qui définit sa poétique – semble avoir représenté, pour Lilar, la seule manière d’assumer l’incontournable paratopie créatrice.

Études génétiques moléculaires des gènes de la polarité planaire cellulaire dans les anomalies du tube neural chez l’Homme

Les anomalies du tube neural (ATN) sont des malformations congénitales parmi les plus fréquentes chez l’humain en touchant 1-2 nouveau-nés par 1000 naissances. Elles résultent d’un défaut de fermeture du tube neural pendant l’embryogenèse. Les formes les plus courantes d'ATN chez l'homme sont l'anencéphalie et le spina-bifida. Leur étiologie est complexe impliquant à la fois des facteurs environnementaux et des facteurs génétiques. Un dérèglement dans la signalisation Wnt, incluant la signalisation canonique Wnt/β-caténine et non-canonique de la polarité planaire cellulaire (PCP), peut causer respectivement le cancer ou les anomalies du tube neural (ATN). Les deux voies semblent s’antagoniser mutuellement. Dans cette étude, nous investiguons les rôles de Lrp6 et deANKRD6, entant qu’interrupteurs moléculaires entre les deux voies de signalisation Wnt, et CELSR1, en tant que membre de la PCP, chez la souris mutante Skax26m1Jus, générée par l’agent mutagène N-Ethyl-N-Nitrosuera, et dans une cohorte de patients humains ATN. Pour Lrp6, nous avons démontré que Skax26m1Jus représente un allèle hypermorphe de Lrp6 avec une augmentation de l’activité de la signalisation Wnt/canonique et une diminution de l’activité JNK induite par la voie PCP. Nous avons également montré que Lrp6Skax26m1Jus interagit génétiquement avec un mutant PCP (Vangl2Lp) où les doubles hétérozygotes ont montré une fréquence élevée d’ATN et des défauts dans la polarité des cellules ciliées de la cochlée. Particulièrement, notre étude démontre l'association des nouvelles et rares mutations faux-sens dans LRP6 avec les ATN humaines. Nous montrons que trois mutations de LRP6 causent une activité canonique réduite et non-canonique élevée. Pour ANKRD6, nous avons identifié quatre nouvelles et rares mutations faux-sens chez 0,8% des patients ATN et deux chez 1,3% des contrôles. Notamment, seulement deux, des six mutations validées (p.Pro548Leu et p.Arg632His) ont démontré un effet significatif sur l’activité de ANKRD6 selon un mode hypomorphique. Pour CELSR1, nous avons identifié une mutation non-sens dans l'exon 1 qui supprime la majeure partie de la protéine et une délétionde 12 pb. Cette perte de nucléotides ne change pas le cadre de lecture et élimine un motif putatif de phosphorylation par la PKC " SSR ". Nous avons également détecté un total de 13 nouveaux et rares variants faux-sens qui avaient été prédits comme étant pathogènes in silico. Nos données confirment le rôle inhibiteur de Lrp6 dans la signalisation PCP pendant la neurulation et indiquent aussi que les mutations faux-sens identifiées chez LRP6 et ANKRD6 pourraient affecter un équilibre réciproque et un antagonisme très sensible à un dosage précis entre les deux voies Wnt. Ces variants peuvent aussi agir comme facteurs prédisposants aux ATN. En outre, nos résultats impliquent aussi CELSR1 comme un facteur de risque pour les anomalies du tube neural ou l’agénésie caudale. Nos résultats fournissent des preuves supplémentaires que la voie de signalisation PCP a un rôle pathogène dans ces malformations congénitales et un outil important pour mieux comprendre leurs mécanismes moléculaires.