L’étude des stratégies de séparations préparatrices de protéines par électrophorèse capillaire

La protéomique est un sujet d'intérêt puisque l'étude des fonctions et des structures de protéines est essentiel à la compréhension du fonctionnement d'un organisme donné. Ce projet se situe dans la catégorie des études structurales, ou plus précisément, la séquence primaire en acides aminés pour l’identification d’une protéine. La détermination des protéines commence par l'extraction d'un mélange protéique issu d'un tissu ou d'un fluide biologique pouvant contenir plus de 1000 protéines différentes. Ensuite, des techniques analytiques comme l’électrophorèse en gel polyacrylamide en deux dimensions (2D-SDS-PAGE), qui visent à séparer ce mélange en fonction du point isoélectrique et de la masse molaire des protéines, sont utilisées pour isoler les protéines et pour permettre leur identification par chromatographie liquide and spectrométrie de masse (MS), typiquement. Ce projet s'inspire de ce processus et propose que l'étape de fractionnement de l'extrait protéique avec la 2D-SDS-PAGE soit remplacé ou supporté par de multiples fractionnements en parallèle par électrophorèse capillaire (CE) quasi-multidimensionnelle. Les fractions obtenues, contenant une protéine seule ou un mélange de protéines moins complexe que l’extrait du départ, pourraient ensuite être soumises à des identifications de protéines par cartographie peptidique et cartographie protéique à l’aide des techniques de séparations analytiques et de la MS. Pour obtenir la carte peptidique d'un échantillon, il est nécessaire de procéder à la protéolyse enzymatique ou chimique des protéines purifiées et de séparer les fragments peptidiques issus de cette digestion. Les cartes peptidiques ainsi générées peuvent ensuite être comparées à des échantillons témoins ou les masses exactes des peptides enzymatiques sont soumises à des moteurs de recherche comme MASCOT™, ce qui permet l’identification des protéines en interrogeant les bases de données génomiques. Les avantages exploitables de la CE, par rapport à la 2D-SDS-PAGE, sont sa haute efficacité de séparation, sa rapidité d'analyse et sa facilité d'automatisation. L’un des défis à surmonter est la faible quantité de masse de protéines disponible après analyses en CE, due partiellement à l'adsorption des protéines sur la paroi du capillaire, mais due majoritairement au faible volume d'échantillon en CE. Pour augmenter ce volume, un capillaire de 75 µm était utilisé. Aussi, le volume de la fraction collectée était diminué de 1000 à 100 µL et les fractions étaient accumulées 10 fois; c’est-à-dire que 10 produits de séparations étaient contenu dans chaque fraction. D'un autre côté, l'adsorption de protéines se traduit par la variation de l'aire d'un pic et du temps de migration d'une protéine donnée ce qui influence la reproductibilité de la séparation, un aspect très important puisque 10 séparations cumulatives sont nécessaires pour la collecte de fractions. De nombreuses approches existent pour diminuer ce problème (e.g. les extrêmes de pH de l’électrolyte de fond, les revêtements dynamique ou permanent du capillaire, etc.), mais dans ce mémoire, les études de revêtement portaient sur le bromure de N,N-didodecyl-N,N-dimethylammonium (DDAB), un surfactant qui forme un revêtement semi-permanent sur la paroi du capillaire. La grande majorité du mémoire visait à obtenir une séparation reproductible d'un mélange protéique standard préparé en laboratoire (contenant l’albumine de sérum de bovin, l'anhydrase carbonique, l’α-lactalbumine et la β-lactoglobulin) par CE avec le revêtement DDAB. Les études portées sur le revêtement montraient qu'il était nécessaire de régénérer le revêtement entre chaque injection du mélange de protéines dans les conditions étudiées : la collecte de 5 fractions de 6 min chacune à travers une séparation de 30 min, suivant le processus de régénération du DDAB, et tout ça répété 10 fois. Cependant, l’analyse en CE-UV et en HPLC-MS des fractions collectées ne montraient pas les protéines attendues puisqu'elles semblaient être en-dessous de la limite de détection. De plus, une analyse en MS montrait que le DDAB s’accumule dans les fractions collectées dû à sa désorption de la paroi du capillaire. Pour confirmer que les efforts pour recueillir une quantité de masse de protéine étaient suffisants, la méthode de CE avec détection par fluorescence induite par laser (CE-LIF) était utilisée pour séparer et collecter la protéine, albumine marquée de fluorescéine isothiocyanate (FITC), sans l'utilisation du revêtement DDAB. Ces analyses montraient que l'albumine-FITC était, en fait, présente dans la fraction collecté. La cartographie peptidique a été ensuite réalisée avec succès en employant l’enzyme chymotrypsine pour la digestion et CE-LIF pour obtenir la carte peptidique.

Les politiques en matière de drogue : une question de valeur?

Dans le domaine des drogues actuellement illicites, deux courants politiques opposés s'affrontent: un mouvement en faveur de la répression fait face à ce que l'on nomme bien souvent l'anti-prohibitionnisme. Comment, à partir de la réalité actuelle, en arrive-t-on à prendre des positions tellement opposées? L'objectif de cet article consiste à analyser les valeurs dominantes qui sont à la base de chacun de ces discours. La méthode privilégiée pour atteindre cet objectif consiste en une recension des écrits scientifiques des 20 dernières années. Quatre bases de données furent consultées: NCJRS, Socio-file, Psyclitt, et Current Content. De cette interrogation, 200 textes furent retenus pour analyse. L'analyse des écrits scientifiques traitant des politiques répressives envers les drogues et de la position anti-prohibitionniste a permis de faire ressortir trois valeurs principales: la gestion optimale des ressources humaines et sociales, la promotion et la santé, et la liberté individuelle vs la protection de l'état. Ces valeurs ne sont pas mutuellement exclusives puisque certaines idées invoquées en vue de justifier la position défendue peuvent s'appliquer à l'une ou l'autre des valeurs identifiées, démontrant combien ceux-ci sont fortement inter-reliées. Enfin, mentionnons que l'ensemble de ces écrits sur le thème étudié présente des faiblesses majeures - elles sont discutées en conclusion.

Le secret du raconteur

À partir d’une interrogation sur le temps du récit raconté, l’article trace les contours de ce que l’on pourrait appeler la présence narrative. Loin d’être une simple question de temps verbal, la présence narrative implique une mémoire complexe que le raconteur tresse sous un mode spécifique, celui du secret. Il s’agit donc d’examiner les liens entre récit, mémoire et secret, pour ensuite proposer une lecture de "L’appareil-photo" de Jean-Philippe Toussaint. L’hypothèse suivant laquelle la mémoire à l’oeuvre dans le récit de Toussaint est non seulement littéraire mais aussi cinématographique ouvre à l’idée d’une mémoire non seulement intertextuelle mais aussi intermédiale (ce qui veut dire que les qualités propres à un médium donné peuvent se déplacer d’un milieu à un autre); quant au secret, il débouche sur un questionnement des mutations contemporaines du récit dans le milieu hypertextuel en pleine expansion.

Bodies, stories, cities : learning to read and write (in) Montréal with Gail Scott

Cette lecture, tant critique, comparative, et théorique que pédagogique, s’ancre dans le constat, premièrement, qu’il advient aux étudiantEs en littérature de se (re)poser la question des coûts et complicités qu’apprendre à lire et à écrire présuppose aujourd’hui; deuxièmement, que nos pratiques littéraires se trament au sein de lieux empreints de différences, que l’on peut nommer, selon le contexte, métaphore, récit, ville; et, troisièmement, que les efforts et investissements requis sont tout autant couteux et interminable qu’un plaisir et une nécessité politique. Ces conclusions tendent vers l’abstrait et le théorique, mais le langage en lequel elles sont articulées, langage corporel et urbain, de la dépendance et de la violence, cherche d’autant plus une qualité matérielle et concrète. Or, l’introduction propose un survol des lectures et comparaisons de Heroine de Gail Scott qui centre ce projet; identifie les contextes institutionnels, historiques, et personnels qui risquent, ensuite, de décentrer celui-ci. Le premier chapitre permet de cerner le matérialisme littéraire qui me sert de méthode par laquelle la littérature, à la fois, sollicite et offre une réponse à ces interrogations théoriques. Inspirée de l’œuvre de Gail Scott et Réjean Ducharme, premièrement, et de Walter Benjamin, Elisabeth Grosz, et Pierre Macherey ensuite, ‘matérialisme’ fait référence à cette collection de figures de pratiques littéraires et urbaines qui proviennent, par exemple, de Georges Perec, Michel DeCerteau, Barbara Johnson, et Patricia Smart, et qui invitent ensuite une réflexions sur les relations entre corporalité et narrativité, entre la nécessité et la contingence du littéraire. De plus, une collection de figures d’un Montréal littéraire et d’une cité pédagogique, acquis des œuvres de Zygmunt Bauman, Partricia Godbout, et Lewis Mumford, constitue en effet un vocabulaire nous permettant de mieux découvrir (et donc enseigner) ce que lire et apprendre requiert. Le deuxième chapitre propose une lecture comparée de Heroine et des romans des auteures québécoises Anne Dandurand, Marie Gagnon, et Tess Fragoulis, dans le contexte, premièrement, les débats entourant l’institutionnalisation de la littérature (anglo)Québécoise et, deuxièmement, des questions pédagogiques et politiques plus larges et plus urgentes que nous pose, encore aujourd’hui, cette violence récurrente qui s’acharna, par exemple, sur la Polytechnique en 1989. Or, cette intersection de la violence meurtrière, la pratique littéraire, et la pédagogie qui en résulte se pose et s’articule, encore, par le biais d’une collection de figures de styles. En fait, à travers le roman de Scott et de l’œuvre critique qui en fait la lecture, une série de craques invite à reconnaître Heroine comme étant, ce que j’appelle, un récit de dépendance, au sein duquel se concrétise une temporalité récursive et une logique d’introjection nous permettant de mieux comprendre la violence et, par conséquent, le pouvoir d’une pratique littéraire sur laquelle, ensuite, j’appuie ma pédagogie en devenir. Jetant, finalement, un regard rétrospectif sur l’oeuvre dans son entier, la conclusion de ce projet se tourne aussi vers l’avant, c’est-à-dire, vers ce que mes lectures dites matérialistes de la littérature canadienne et québécoise contribuent à mon enseignement de la langue anglaise en Corée du Sud. C’est dans ce contexte que les propos de Jacques Rancière occasionnent un dernier questionnement quant à l’historique des débats et des structures pédagogiques en Corée, d’une part, et, de l’autre, les conclusions que cette lecture de la fiction théorique de Gail Scott nous livre.

Totally Clueless : Heckerling and Queer Sexuality in Austen’s « Emma »

This chapter offers a new reading of the sexual politics that are at play in Jane Austen's 1816 "Emma" through the exploration of film director Amy Heckerling's retelling of Austen's original story. Heckerling's 1995 film, "Clueless", can be understood as a free translation of "Emma" which allows an interrogation of some of the novel's received readings, especially those related to its male characters. [...]

La naissance de l'espace moderne: Merleau‐Ponty et Panofsky sur la perspective linéaire

Nous nous proposons d’examiner et de comparer les analyses de Maurice Merleau-Ponty et d’Erwin Panofsky sur la question de la perspective linéaire. Merleau-Ponty, dans le sillage des analyses de Panofsky, soutient la thèse selon laquelle la perspective linéaire est non seulement une technique picturale qui nous présente une vision et une interprétation de l’espace et, plus généralement, du monde se constituant en rupture avec la perception naturelle, mais une « construction symbolique » qui nous fait proprement voir et concevoir le monde d’après les principes de la géométrie euclidienne. Quoiqu’ils partagent la même interprétation historique et symbolique de la perspective, Merleau-Ponty et Panofsky diffèrent pourtant quant à la signification philosophique qu’ils lui donnent. Alors que pour Panofsky la perspective témoigne de la vérité indépassable du criticisme kantien, elle est l’expression chez Merleau-Ponty d’une interrogation ontologique sur la perception irréductible à la conception de l’espace de la philosophie moderne.

Design and Development of Fiber Grating Based Chemical and Bio-Sensors

International School of Photonics

Patent DE10 2004 037 519 B4 “Sensor Process and Device for Determining a Physical Value“. A Proof of Concept

At present, a fraction of 0.1 - 0.2% of the patients undergoing surgery become aware during the process. The situation is referred to as anesthesia awareness and is obviously very traumatic for the person experiencing it. The reason for its occurrence is mostly an insufficient dosage of the narcotic Propofol combined with the incapability of the technology monitoring the depth of the patient’s anesthetic state to notice the patient becoming aware. A solution can be a highly sensitive and selective real time monitoring device for Propofol based on optical absorption spectroscopy. Its working principle has been postulated by Prof. Dr. habil. H. Hillmer and formulated in DE10 2004 037 519 B4, filed on Aug 30th, 2004. It consists of the exploitation of Intra Cavity Absorption effects in a two mode laser system. In this Dissertation, a two mode external cavity semiconductor laser, which has been developed previously to this work is enhanced and optimized to a functional sensor. Enhancements include the implementation of variable couplers into the system and the implementation of a collimator arrangement into which samples can be introduced. A sample holder and cells are developed and characterized with a focus on compatibility with the measurement approach. Further optimization concerns the overall performance of the system: scattering sources are reduced by re-splicing all fiber-to-fiber connections, parasitic cavities are eliminated by suppressing the Fresnel reflexes of all one fiber ends by means of optical isolators and wavelength stability of the system is improved by the implementation of thermal insulation to the Fiber Bragg Gratings (FBG). The final laser sensor is characterized in detail thermally and optically. Two separate modes are obtained at 1542.0 and 1542.5 nm, tunable in a range of 1nm each. Mode Full Width at Half Maximum (FWHM) is 0.06nm and Signal to Noise Ratio (SNR) is as high as 55 dB. Independent of tuning the two modes of the system can always be equalized in intensity, which is important as the delicacy of the intensity equilibrium is one of the main sensitivity enhancing effects formulated in DE10 2004 037 519 B4. For the proof of concept (POC) measurements the target substance Propofol is diluted in the solvents Acetone and DiChloroMethane (DCM), which have been investigated for compatibility with Propofol beforehand. Eight measurement series (two solvents, two cell lengths and two different mode spacings) are taken, which draw a uniform picture: mode intensity ratio responds linearly to an increase of Propofol in all cases. The slope of the linear response indicates the sensitivity of the system. The eight series are split up into two groups: measurements taken in long cells and measurements taken in short cells.

Absorptionsspektrometrie in der Kavität eines Halbleiterlasers unter Ausnutzung der Modenkonkurrenz zwischen zwei Moden

Motivation dieser Arbeit ist die Idee, ein höchst sensitives und selektives Spektroskop, welches gleichzeitig robust ist, auf Basis von Halbleiterlasern zum Einsatz in der Atemgasdiagnostik zu entwickeln. Technische Grundlage ist die Idee, die Probe innerhalb des Laserresonators zu vermessen (sogenannte intra cavity absorption spectroscopy, ICAS). Im speziellen soll durch die Verwendung des relativen Intensitätsrauschens zur Messwertbestimmung und die Verwendung von nur zwei Moden statt der sonst für ICAS verwendeten multimodigen Laser, die Empfindlichkeit erhöht, sowie die Messwerterfassung vereinfacht werden. Die Probe im Laserresonator zu Messen, hat den Vorteil, dass durch die multiple Hin­ und Rückreflektion die wirksame Pfadlänge durch die Probe vervielfacht wird. Dabei werden Verluste an den Resonatorspiegeln durch die Verstärkung der aktiven Zone des Lasers kompensiert. Außerdem wird durch die Konkurrenz der Moden um die idealerweise homogen verbreiterte Verstärkung im Laser die Empfindlichkeit noch einmal bedeutend erhöht. Schon eine geringe Absorption bei einer bestimmten Wellenlänge wird die Intensität des betroffenen Modes zugunsten der anderen Moden verringern. Die Arbeit beschäftigt sich zum einen mit der spektroskopischen Untersuchung zwei- er für die Atemgasdiagnostik relevanter Stoffe, Aceton und das in der Anästhesie häufig eingesetzte Propofol, um das Umfeld, in dem der Laser Verwendung finden soll, zu beleuchten. Diese Untersuchungen flossen in die Entwicklung des später zum Sensor auszubauenden Lasers ein. Für den Laser wurden in der Telekommunikation übliche, glasfaserbasierte, robuste Standardbauteile wie ein optischer Halbleiterverstärker (semiconductor optical amplifier, SOA), Faserkoppler und Faser­Bragg­Gitter verwendet. Die Bauteile wurden charakterisiert. Teilaspekte des Aufbaus wurden mit der Software CAMFR simuliert. Schließlich wurde der Laser als solcher aufgebaut und charakterisiert. Das Ziel der Zweimodigkeit, in einem Intervall von 2 nm durchstimmbar, konnte erreicht werden. An einem vom Heinrich­Hertz­Institut in Berlin entwickelten zweimodigen Halbleiterlasers wurden Untersuchungen der Idee zur Vereinfachung der Messwerterfassung mittels relativen Intensitätsrauschens (relative intensity noise, RIN) durchgeführt. Als Messgröße stellt das RIN die Amplituden der Intensitätsschwankungen des Lasers gegen die Frequenzen der Intensitätsschwankungen als Rauschspektrum dar. Es konnte nachgewiesen werden, dass das Rauschspektrum charakteristisch für das Oszillationsverhalten des Lasers ist.

Extracting Urban Food Potential: design-based methods for digital and bodily cartography

Sweden’s recent report on Urban Sustainable Development calls out a missing link between the urban design process and citizens. This paper investigates if engaging citizens as design agents by providing a platform for alternate participation can bridge this gap, through the transfer of spatial agency and new modes of critical cartography. To assess whether this is the case, the approaches are applied to Stockholm’s urban agriculture movement in a staged intervention. The aim of the intervention was to engage citizens in locating existing and potential places for growing food and in gathering information from these sites to inform design in urban agriculture. The design-based methodologies incorporated digital and bodily interfaces for this cartography to take place. The Urban CoMapper, a smartphone digital app, captured real-time perspectives through crowd-sourced mapping. In the bodily cartography, participant’s used their bodies to trace the site and reveal their sensorial perceptions. The data gathered from these approaches gave way to a mode of artistic research for exploring urban agriculture, along with inviting artists to be engaged in the dialogues. In sum, results showed that a combination of digital and bodily approaches was necessary for a critical cartography if we want to engage citizens holistically into the urban design process as spatial agents informing urban policy. Such methodologies formed a reflective interrogation and encouraged a new intimacy with nature, in this instance, one that can transform our urban conduct by questioning our eating habits: where we get our food from and how we eat it seasonally.

The Royal Army Education Corps in the Gulf Conflict of 1990-91

The official history of the Royal Army Education Corps' involvement in Operation 'Desert Storm', the liberation of Kuwait from Iraqi occupation in 1991, their roles including prisoner of war interrogation, psychological operations, IT services and acting as interpreters for senior officers.

The role of weeds in supporting biological diversity within crop fields

Weeds are major constraints on crop production, yet as part of the primary producers within farming systems, they may be important components of the agroecosystem. Using published literature, the role of weeds in arable systems for other above-ground trophic levels are examined. In the UK, there is evidence that weed flora have changed over the past century, with some species declining in abundance, whereas others have increased. There is also some evidence for a decline in the size of arable weed seedbanks. Some of these changes reflect improved agricultural efficiency, changes to more winter-sown crops in arable rotations and the use of more broad-spectrum herbicide combinations. Interrogation of a database of records of phytophagous insects associated with plant species in the UK reveals that many arable weed species support a high diversity of insect species. Reductions in abundances of host plants may affect associated insects and other taxa. A number of insect groups and farmland birds have shown marked population declines over the past 30 years. Correlational studies indicate that many of these declines are associated with changes in agricultural practices. Certainly reductions in food availability in winter and for nestling birds in spring are implicated in the declines of several bird species, notably the grey partridge, Perdix perdix . Thus weeds have a role within agroecosystems in supporting biodiversity more generally. An understanding of weed competitivity and the importance of weeds for insects and birds may allow the identification of the most important weed species. This may form the first step in balancing the needs for weed control with the requirements for biodiversity and more sustainable production methods.

Interactions of KLVFF-PEG peptide conjugate with fibrinogen in neutral aqueous solutions

In this work we report on the interaction of KLVFF-PEG with fibrinogen (Fbg) in neutral aqueous solutions at 20 degrees C, for particular ratios of KLVFF-PEG to Fbg concentration, Delta = CKLVFF-PEG/C-Fbg- Our results show the formation of Fbg/KLVFF-PEG complexes for Delta > 0, such that there is not an extended network of complexes throughout the solution. In addition, cleaved protein and Fbg dimers are identified in the solution for Delta >= 0. There is a dramatic change in the tertiary structure of the Fbg upon KLVFF-PEG binding, although the KLVFF-PEG binds to the Fbg without affecting the secondary structure elements of the glycoprotein.

Hidden interlocutor misidentification in practical Turing Tests

Based on insufficient evidence, and inadequate research, Floridi and his students report inaccuracies and draw false conclusions in their Minds and Machines evaluation, which this paper aims to clarify. Acting as invited judges, Floridi et al. participated in nine, of the ninety-six, Turing tests staged in the finals of the 18th Loebner Prize for Artificial Intelligence in October 2008. From the transcripts it appears that they used power over solidarity as an interrogation technique. As a result, they were fooled on several occasions into believing that a machine was a human and that a human was a machine. Worse still, they did not realise their mistake. This resulted in a combined correct identification rate of less than 56%. In their paper they assumed that they had made correct identifications when they in fact had been incorrect.

Distributed water ingress and water potential measurements using fibre optics

We report on a distributed moisture detection scheme which uses a cable design based on waterswellable hydrogel polymers. The cable modulates the loss characteristic of light guided within a multi-mode optical fibre in response to relative water potentials in the surrounding environment. Interrogation of the cable using conventional optical time-domain reflectometry (OTDR) instruments allows water ingress points to be identified and located with a spatial resolution of 50 cm. The system has been tested in a simulated tendon duct grouting experiment as a means of mapping the extent of fill along the duct during the grouting process. Voided regions were detected and identified to within 50 cm. A series of salt solutions has been used to determine the sensor behaviour over a range of water potentials. These experiments predict that measurements of soil moisture content can be made over the range 0 to – 1500 kPa. Preliminary data on soil measurements have shown that the sensor can detect water pressure changes with a resolution of 45 kPa. Applications for the sensor include quality assurance of grouting procedures, verification of waterproofing barriers and soil moisture content determination (for load-bearing calculations).