The Three-dimensional Solution Structure of NaD1, a New Floral Defensin from Nicotiana alata and its Application to a Homology Model of the Crop Defense Protein alfAFP

NMR spectroscopy and simulated annealing calculations have been used to determine the three-dimensional structure of NaD1, a novel antifungal and insecticidal protein isolated from the flowers of Nicotiana alata. NaD1 is a basic, cysteine-rich protein of 47 residues and is the first example of a plant defensin from flowers to be characterized structurally. Its three-dimensional structure consists of an a-helix and a triple-stranded anti-parallel beta-sheet that are stabilized by four intramolecular disulfide bonds. NaD1 features all the characteristics of the cysteine-stabilized up motif that has been described for a variety of proteins of differing functions ranging from antibacterial insect defensins and ion channel-perturbing scorpion toxins to an elicitor of the sweet taste response. The protein is biologically active against insect pests, which makes it a potential candidate for use in crop protection. NaD1 shares 31% sequence identity with alfAFP, an antifungal protein from alfalfa that confers resistance to a fungal pathogen in transgenic potatoes. The structure of NaD1 was used to obtain a homology model of alfAFP, since NaD1 has the highest level of sequence identity with alfAFP of any structurally characterized antifungal defensin. The structures of NaD1 and alfAFP were used in conjunction with structure - activity data for the radish defensin Rs-AFP2 to provide an insight into structure-function relationships. In particular, a putative effector site was identified in the structure of NaD1 and in the corresponding homology model of alfAFP. (C) 2002 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

Modelling High-Dimensional Data by Mixtures of Factor Analyzers

We focus on mixtures of factor analyzers from the perspective of a method for model-based density estimation from high-dimensional data, and hence for the clustering of such data. This approach enables a normal mixture model to be fitted to a sample of n data points of dimension p, where p is large relative to n. The number of free parameters is controlled through the dimension of the latent factor space. By working in this reduced space, it allows a model for each component-covariance matrix with complexity lying between that of the isotropic and full covariance structure models. We shall illustrate the use of mixtures of factor analyzers in a practical example that considers the clustering of cell lines on the basis of gene expressions from microarray experiments. (C) 2002 Elsevier Science B.V. All rights reserved.

Preservation of three-dimensional capillary structure in frog muscle during aestivation

In mammals, prolonged immobilization of the limbs can result in a loss of capillary tortuosity, resulting in skeletal muscle haemorrhaging if rapid remobilization is permitted. In this study, we examined the effect of 4 months' immobilization on semimembranosus capillary structure in the Green-striped burrowing frog, Cyclorana alboguttata. C alboguttata routinely aestivates as part of a physiological strategy to avoid desiccation in semi-arid environments and, in this capacity, the hindlimbs of C alboguttata are immobilized in a cocoon for months at a time. We found that 4 months' aestivation had no effect on three-dimensional capillary structure in the semimembranosus muscle and that capillary tortuosity is preserved in immobilized C. alboguttata. The preservation of capillary structure in the hindlimb muscles of C alboguttata in part accounts for their remarkable ability to emerge with a fully competent locomotor system after prolonged immobilization.

One-dimensional quantum walk with unitary noise

The effect of unitary noise on the discrete one-dimensional quantum walk is studied using computer simulations. For the noiseless quantum walk, starting at the origin (n=0) at time t=0, the position distribution P-t(n) at time t is very different from the Gaussian distribution obtained for the classical random walk. Furthermore, its standard deviation, sigma(t) scales as sigma(t)similar tot, unlike the classical random walk for which sigma(t)similar toroott. It is shown that when the quantum walk is exposed to unitary noise, it exhibits a crossover from quantum behavior for short times to classical-like behavior for long times. The crossover time is found to be Tsimilar toalpha(-2), where alpha is the standard deviation of the noise.

Comments on "Maintenance policies with two-dimensional warranty"

Chen and Popova [Res. Engng Syst. Saf. 77 (2002) 61] discuss maintenance policies for items sold with a two-dimensional warranty. However, their paper fails to give a proper review of the literature and it also contains errors. In this note we first review the relevant literature and then comment on the errors in their analysis. (C) 2003 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Repair-replace strategies for two-dimensional warranty policies

For repairable items sold with free replacement warranty, the actions available to the manufacturer to rectify failures under warranty are to (1) repair the failed item or (2) replace it with a new one. A proper repair-replace strategy can reduce the expected cost of servicing the warranty. In this paper, we study repair-replace strategies for items sold with a two-dimensional free replacement warranty. (C) 2003 Elsevier Ltd. All rights reserved.

The application of wave induced forces to a two-dimensional finite element long wave hydrodynamic model

This paper describes the modification of a two-dimensional finite element long wave hydrodynamic model in order to predict the net current and water levels attributable to the influences of waves. Tests examine the effects of the application of wave induced forces, including comparisons to a physical experiment. An example of a real river system is presented with comparisons to measured data, which demonstrate the importance of simulating the combined effects of tides and waves upon hydrodynamic behavior. (C) 2002 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

Dimensional X: a dificuldade na obten????o da informa????o em meio a problemas na gest??o de pessoas

Ant??nio foi convidado para assumir um cargo em que deveria gerenciar os sistemas de informa????o de um grande minist??rio. Com a miss??o inicial de fornecer uma informa????o sobre a for??a de trabalho, percebeu que havia problemas que iam muito al??m da simples utiliza????o desses sistemas, como a pol??tica de capacita????o de pessoal, a rotatividade de servidores, a falta de integra????o entre as ??reas e outros problemas na ??rea de gest??o de pessoas

Texto para discuss??o 2: a quest??o da estabilidade do servidor p??blico no Brasil: perspectivas de flexibiliza????o

A discuss??o em torno da estabilidade do servidor p??blico emerge a partir de um contexto marcado pela necessidade de transforma????es s??cio-pol??ticas e econ??micas. Essas tranforma????es implicam a reestrutura????o do Estado brasileiro, bem como da administra????o p??blica, tendo em vista a moderniza????o da burocracia, buscando garantir efici??ncia e efic??cia no atendimento do interesse p??blico

Cultivo in vitro de Crambe abyssinica Hochst. : germinação, micropropagação, estabilidade genética e anatomia foliar

Crambe (Crambe abyssinica) pertence à família Brassicaceae, originário da Etiópia e principalmente destinado à produção de forragem (30 a 32% de proteína bruta). Atualmente, tem sido bastante cultivado visando à extração de óleo vegetal. Com os atuais incentivos à busca de fontes de energias renováveis, o cultivo de crambe vem ganhando papel de destaque na produção de biodiesel por suas diversas vantagens, como: (a) rápido ciclo de vida (colhida em torno de 90 dias); (b) alta produção de biomassa; (c) alta produtividade de sementes (1000 e 1500 kg ha-1); (d) menor custo de produção em relação a outras fontes oleaginosas, como, canola, girassol e soja; (e) um percentual de óleo total na semente entre 32 e 38%, superando, por exemplo, a soja; (f) potencial de fitorremediação, eficiente na descontaminação de arsênio, cromo e outros metais pesados; e (g) elevado percentual de ácido erúcico (50 a 60%) sendo útil na indústria de plástico e lubrificante. Devido aos poucos trabalhos realizados com crambe, abre-se um vasto campo de investigações científicas que tenham como objetivo desenvolver as potencialidades dessa cultura e, consequentemente, melhorar os aspectos agronômicos e tecnológicos para seu emprego na indústria de biodiesel. Nesse contexto, as técnicas de cultivo in vitro foram importantes tanto para a propagação massal, quanto como ferramenta para uma possível aplicação de outras técnicas biotecnológicas, contribuindo para uma produção homogênea, fiel e em larga escala. Portanto, este trabalho teve como objetivo geral avaliar as condições mais favoráveis à germinação, estabelecimento in vitro e micropropagação de Crambe abyssinica Hochst., além de verificar possíveis alterações genéticas e anatômicas, possibilitando a regeneração e produção de plântulas viáveis. Para a germinação e estabecimento in vitro de crambe, as condições mais favoráveis foram em meio B5 ou WPM, na presença ou ausência de pericarpo e na presença de luz. Na micropropagação dessa espécie, uma frequência satisfatória de regeneração de brotos foi obtida a partir de segmentos apicais utilizados como explante em meio contendo 5 μM de BAP (6- benzilaminopurina), e o alongamento foi satisfatório com 1 μM de GA3 (ácido giberélico). Os marcadores moleculares ISSR (Inter-Simples Sequence Repeats) utilizados para a análise da estabilidade genética indicaram que o segmento apical de crambe é um explante confiável para a micropropagação de plantas geneticamente verdadeiras (true-to-tipe), ou seja, mantém a estabilidade genética. As diversas fontes de citocininas e concentrações utilizadas neste trabalho não promoveram mudanças, no sentido de alterar a organização e/ou a espessura em relação ao controle, e as alterações observadas na estrutura e espessura das folhas dos tratamentos de aclimatização prejudicaram o processo de estabelecimento da plântula ex vitro. Contudo, existe a necessidade de um enraizamento e aclimatização eficiente para completa propagação in vitro de crambe. Portanto, este protocolo de regeneração de plantas in vitro de crambe pode ser útil no processo de criação e desenvolvimento de novas cultivares em um tempo mais curto e no melhoramento genético usando explantes apicais.

Estudo da Influencia de antioxidantes na avaliacao da estabilidade oxidativa de biodiesel pelo metodo petroOXY

O uso do biodiesel como um substituto total ou parcial do diesel de petróleo é significativo, entretanto a sua baixa estabilidade oxidativa é um ponto desfavorável. Portanto o uso de antioxidantes é viável desde que diminuam a velocidade de degradação promovido pela oxidação. Mas a ação de um antioxidante está relacionada com a composição química do biodiesel ao qual é adicionado. Considerando a importância e o crescimento da indústria de biodiesel, a necessidade de utilização de antioxidantes, e a busca por novas fontes como matérias primas, faz-se necessário estudar a eficiência de antioxidantes para o aumento da vida útil do biodiesel, além de avaliar novas culturas com potencial de produção como o pinhão manso (Jatropha curcas L.) e nabo forrageiro (Raphanus sativus L.). O objetivo deste trabalho foi avaliar os antioxidantes BHT (butilhidroxitolueno), PA (ácido pirogálico) e PG (galato de propila), em concentrações de 50, 200, 500, 1000 e 2000 mg/kg, nos biodiesel de pinhão manso, nabo forrageiro e soja, empregando a metodologia PetroOXY, ensaio acelerado de oxidação, para a determinação do seu período de indução. Os biodieseis foram obtidos através de reações de transesterificação, utilizando rota metílica, com rendimentos superiores a 80% e foram caracterizados através de alguns parâmetros físico-químicos. Foi observada a eficiência do uso de antioxidantes no aumento da vida útil do biodiesel. E com o aumento da concentração houve um aumento do período de indução. A eficiência do BHT foi sempre crescente com o aumento da concentração para todos os biodieseis enquanto que para o PG e PA houve uma diminuição da eficiência na maior concentração. A metodologia usada para avaliação da estabilidade oxidativa, PetroOXY, mostrou-se eficaz, de boa repetibilidade e reprodutibilidade, além de ser mais rápida e completa que o método Rancimat. Na concentração mais elevada, 2000 mg/kg, o melhor desempenho foi para o BHT, nas concentrações inferiores a 2000 mg/kg, a melhor eficiência foi para o PA ~ PG, nos três biodieseis estudados, soja, nabo forrageiro e pinhão manso.

Implicações do efeito Lombard sobre a intensidade, freqüência fundamental e estabilidade da voz de indivíduos com doença de Parkinson

A Doença de Parkinson afeta o sistema nervoso central resultando em alterações qualitativas da voz que pouco melhoram com o tratamento farmacológico e com a fonoterapia tradicional. Estudos mostram que o mascaramento auditivo leva ao aumento da intensidade da voz em indivíduos normais (Efeito Lombard). OBJETIVO: Avaliar implicações do efeito Lombard sobre a intensidade, freqüência fundamental e estabilidade da voz de indivíduos com doença de Parkinson (N=17). FORMA DE ESTUDO: Estudo clínico e experimental. Material e Métodos: Através de análise acústica, avaliamos as alterações de intensidade e freqüência fundamental, antes e depois da exposição a mascaramento auditivo "white noise", em 40, 70 e 90 dBNS, bem como as variações durante cada emissão e comparamos com um grupo controle (N=16). RESUTADOS: A intensidade de emissão vocal variou de acordo com a intensidade de mascaramento, tendendo a aumento não-linear, ocorrendo também nos grupos Parkinson e controle, não sendo influenciado pelo sexo. A freqüência fundamental da emissão vocal variou, tendendo a aumento não-linear, em ambos os grupos e sexos. Ocorreu melhora da estabilidade, tanto com relação à freqüência quanto à intensidade de emissão vocal. CONCLUSÃO: O Efeito Lombard elevou a intensidade e freqüência fundamental e melhorou a estabilidade da voz desses pacientes.

Adaptabilidade e estabilidade de genotipos de soja avaliados no Estado do Mato Grosso

Este trabalho teve o objetivo de avaliar o desempenho, a estabilidade e a adaptabilidade de 20 genótipos de soja [Glycine max (L.) Merrill], em seis ambientes no Estado do Mato Grosso. O delineamento experimental foi blocos ao acaso, com três repetições. Os ensaios foram conduzidos nos anos agrícolas de 2004/05 e 2005/06 nos municípios de Rondonópolis, Campo Verde e Vera. Para avaliação da adaptabilidade e estabilidade, utilizaram-se os métodos de Lin & Binns (1988) modificado por Carneiro (1998) e Centróide (Rocha et al., 2005). A produtividade média de grãos variou de 2.372 kg.ha-1 (Rondonópolis IV) a 3.539 kg.ha-1 (Vera), com média geral dos ambientes de 2.994 kg.ha-1. Em ambas as metodologias, as linhagens BCR 02 57, BCR 02 25, e BCR 02 20 e os cultivares Tabarana e SL 88102 foram classificados como os mais produtivos, adaptados e estáveis, havendo, portanto, coerência entre tais metodologias. Foram recomendadas as linhagens de soja BCR 02 57, e BCR 02 25, BCR 02 20 para amplas condições ambientais, tendo em vista a produtividade de grãos superior.

Estabilidade de agregados em argissolo sob diferentes usos, comparado com mata

A estrutura exerce grande importância no comportamento agrícola do solo, pela sua influência em propriedades do solo. Assim, objetivou-se avaliar a estabilidade de agregados e relacioná-la com diferentes frações orgânicas de um ARGISSOLO Vermelho-amarelo distrófico sob mata, seringueira, laranjeira e pastagem degradada. A amostragem foi realizada em trincheiras, de 0 a 10, 10 a 20 e 20 a 30 cm. Foram analisadas textura, argila dispersa em água, grau de floculação, densidade do solo, carbono orgânico total (COT), nitrogênio total (NT), ácidos fúlvicos (AF), húmicos (AH) e humina (HN), carbono da biomassa microbiana (C-Micr) e matéria orgânica leve (MOL). Foi determinada a estabilidade de agregados em água e calculados índices de estabilidade. Os resultados mostram diferenças de densidade do solo, seguindo a ordem mata < seringueira < laranjeira < pastagem. A estabilidade de agregados não se altera entre os usos nas profundidades de 0 a 10 e 10 a 20 cm, enquanto de 20 a 30 cm nota-se a ordem mata > seringueira > laranjeira > pastagem. No solo sob mata, seringueira e laranjeria a estabilidade de agregados está relacionada aos maiores teores de COT, NT,AF, AH, HN, C-Micr e MOL, enquanto na pastagem está relacionada principalmente a ciclos de umedecimento e secagem.