Sistema para integrar automáticamente datos públicos del NCBI en la plataforma de medicina personalizada p-medicine

En los últimos años ha habido un gran aumento de fuentes de datos biomédicos. La aparición de nuevas técnicas de extracción de datos genómicos y generación de bases de datos que contienen esta información ha creado la necesidad de guardarla para poder acceder a ella y trabajar con los datos que esta contiene. La información contenida en las investigaciones del campo biomédico se guarda en bases de datos. Esto se debe a que las bases de datos permiten almacenar y manejar datos de una manera simple y rápida. Dentro de las bases de datos existen una gran variedad de formatos, como pueden ser bases de datos en Excel, CSV o RDF entre otros. Actualmente, estas investigaciones se basan en el análisis de datos, para a partir de ellos, buscar correlaciones que permitan inferir, por ejemplo, tratamientos nuevos o terapias más efectivas para una determinada enfermedad o dolencia. El volumen de datos que se maneja en ellas es muy grande y dispar, lo que hace que sea necesario el desarrollo de métodos automáticos de integración y homogeneización de los datos heterogéneos. El proyecto europeo p-medicine (FP7-ICT-2009-270089) tiene como objetivo asistir a los investigadores médicos, en este caso de investigaciones relacionadas con el cáncer, proveyéndoles con nuevas herramientas para el manejo de datos y generación de nuevo conocimiento a partir del análisis de los datos gestionados. La ingestión de datos en la plataforma de p-medicine, y el procesamiento de los mismos con los métodos proporcionados, buscan generar nuevos modelos para la toma de decisiones clínicas. Dentro de este proyecto existen diversas herramientas para integración de datos heterogéneos, diseño y gestión de ensayos clínicos, simulación y visualización de tumores y análisis estadístico de datos. Precisamente en el ámbito de la integración de datos heterogéneos surge la necesidad de añadir información externa al sistema proveniente de bases de datos públicas, así como relacionarla con la ya existente mediante técnicas de integración semántica. Para resolver esta necesidad se ha creado una herramienta, llamada Term Searcher, que permite hacer este proceso de una manera semiautomática. En el trabajo aquí expuesto se describe el desarrollo y los algoritmos creados para su correcto funcionamiento. Esta herramienta ofrece nuevas funcionalidades que no existían dentro del proyecto para la adición de nuevos datos provenientes de fuentes públicas y su integración semántica con datos privados.---ABSTRACT---Over the last few years, there has been a huge growth of biomedical data sources. The emergence of new techniques of genomic data generation and data base generation that contain this information, has created the need of storing it in order to access and work with its data. The information employed in the biomedical research field is stored in databases. This is due to the capability of databases to allow storing and managing data in a quick and simple way. Within databases there is a variety of formats, such as Excel, CSV or RDF. Currently, these biomedical investigations are based on data analysis, which lead to the discovery of correlations that allow inferring, for example, new treatments or more effective therapies for a specific disease or ailment. The volume of data handled in them is very large and dissimilar, which leads to the need of developing new methods for automatically integrating and homogenizing the heterogeneous data. The p-medicine (FP7-ICT-2009-270089) European project aims to assist medical researchers, in this case related to cancer research, providing them with new tools for managing and creating new knowledge from the analysis of the managed data. The ingestion of data into the platform and its subsequent processing with the provided tools aims to enable the generation of new models to assist in clinical decision support processes. Inside this project, there exist different tools related to areas such as the integration of heterogeneous data, the design and management of clinical trials, simulation and visualization of tumors and statistical data analysis. Particularly in the field of heterogeneous data integration, there is a need to add external information from public databases, and relate it to the existing ones through semantic integration methods. To solve this need a tool has been created: the term Searcher. This tool aims to make this process in a semiautomatic way. This work describes the development of this tool and the algorithms employed in its operation. This new tool provides new functionalities that did not exist inside the p-medicine project for adding new data from public databases and semantically integrate them with private data.

Diseño de una estrategia para la definición de proyectos a partir de la vigilancia tecnológica: aplicación a las interfaces naturales

A la hora de afrontar un proyecto de investigación, no basta con una vigilancia tradicional del entorno. Ya que debido a lo cambiante del mundo, a la globalización, a lo rápido que se desarrollan nuevas tecnologías y productos es preciso realizar un proceso sistemático que permita a las organizaciones o empresas anticiparse a los cambios tecnológicos. En este contexto, el diseño de metodologías basadas en la Vigilancia Tecnológica (VT) permite gestionar la actividad innovadora de organizaciones o empresas facilitando el proceso de generación de ideas para el desarrollo de productos o servicios. Es por ello que en este Proyecto de Fin de Grado se ha diseñado una estrategia para aplicar metodologías de Vigilancia Tecnológica aplicadas a un proyecto de I+D que estudia las Interfaces Naturales de Usuario (NUI). Para ello se ha partido de la metodología de trabajo basada en el proceso de Vigilancia Tecnológica e Inteligencia Competitiva del proyecto CETISME, identificando claramente cada una de las fases que lo componen: identificación de objetivos, selección de las fuentes de información, búsqueda y almacenamiento de la información, análisis de la información y por último validación de la información que concluye con la creación de informes de Vigilancia Tecnológica. Por lo tanto, para cada una de las fases que componen lo que comúnmente se llama el ciclo de la vigilancia, se ha explicado en primer lugar en qué consisten, que estrategias a seguir son las más adecuadas así como la manera de llevarlas a cabo, y por último, si fuera necesario, qué herramientas (desde bases de datos a software) son necesarias o son de utilidad para llevar a cabo el proceso y optimizarlo. De esta manera, como se verá a lo largo de este documento, la aplicación de dicha metodología permitirá a las organizaciones o empresas obtener situaciones ventajosas a la hora de innovar, captar oportunidades o detectar amenazas, identificar competidores o alianzas potenciales, entre otros. ABSTRACT. When taking over a research project, a traditional surveillance of the environment is not enough. Mainly due to the changing the world, to the globalization, to how fast new technologies and products are developed, is necessary to make a systematic process that enables organizations or companies anticipate to technological changes. In this context, the design of methodologies based on the Technology Watch (TW) allows managing the innovative activity of organizations or companies facilitating the process of generating ideas for products or services development. For this reason, in this Thesis a strategy for applying Technological Watch methodologies applied to a R&D project studying Natural User Interfaces (NUI) has been designed. To achieve this goal, the starting point was the CETISME project methodologies, which are based on the Technology Watch and the Competitive Intelligence process, clearly identifying each of the phases that compose it: identification of objectives, selection of the information sources, storage, search and analysis of the information, and finally validating the information that concludes with the creation of Technological Watch reports. Therefore, for each of the phases composing what is commonly known as the monitoring cycle, it has been explained in first place what they consist of, what strategies are more adequate as well as how they should be implemented, and finally, if necessary, what tools (from databases to software) are needed or are useful for managing the process and optimize it. Thus, as discussed throughout this document, the application of said methodology will allow organizations or companies to obtain advantageous situations when it comes to innovate, catch opportunities or detect threats, to identify competitors or potential alliances, among others.

Diseño y construcción de una aplicación de soporte a la gestión académica de asignaturas

El objetivo fundamental del PFC desarrollado es el diseño y construcción de una aplicación web, que sirva de soporte a la gestión académica de asignaturas, basadas en un tipo de evaluación mixto, parte teórica y parte práctica, cada una formada por varías notas correspondientes a las diferentes pruebas realizadas, cada una de las cuales posee una ponderación. Permitiendo a los profesores de las asignaturas gestionar alumnos, profesores, grupos de teoría, grupos de prácticas, notas, fórmulas de ponderación, histórico y generar fichero con formato moodle. Además pueden realizar consultas, generar listados, consultar datos estadísticos tanto del curso académico actual, como de un curso académico previo almacenado en el histórico. La base de datos empleada es de tipo relacional y se ha utilizado el sistema gestor de bases de datos (DBMS) MySQLWorkbench 5.2 CE, impuesto por el cliente. Para la implementación de la aplicación se ha usado los lenguajes Java, JavaScript y HTML; por tratarse todos ellos de lenguajes de libre distribución. ABSTRACT The main objective of PFC developed is the design and construction of a web application that serves as support to academic subjects management, based on a type of mixed evaluation, theoretical and practical part, each consisting of several notes to different tests, each of which has a weighting. Allowing subject teachers manage students, teachers, group theory, practice groups, notes, weighting formulas, historical and generate Moodle file format. They can perform queries, generate lists, consult statistics of the current academic year or a previous academic year stored in the history. The database used is relational and has been used MySQLWorkbench CE 5.2 database management system (DBMS), imposed by the client. To implement the application has used the Java, HTML and JavaScript languages; because it is all free distribution languages.

Diseño e implementación de un sistema de intercambio de imágenes ecográficas basado en OpenMRS y adaptado a las necesidades de las zonas rurales de Guatemala

Este trabajo fin de grado forma parte del proyecto Embarazo Saludable que la Fundación EHAS desarrolla con la colaboración de TulaSalud en los departamentos de Alta Verapaz y San Marcos en Guatemala. El proyecto Embarazo Saludable tiene como principal objetivo reducir la mortalidad materna de mujeres gestantes en zonas rurales de Guatemala. Para conseguirlo se han centrado los esfuerzos en mejorar los controles sanitarios en comunidades con pocos recursos y alejadas del centro de salud. En este documento se presenta el estudio e implementación de un mecanismo de sincronización en el Sistema de Información en Salud empleado en el proyecto que está basado en OpenMRS. Este mecanismo de sincronización debe permitir el intercambio de información entre los ordenadores de las brigadas itinerantes de atención y un servidor central. Para empezar, se analizaron los datos recogidos en las citas médicas y se especificaron que tipo de información se quiere conservar en la base de datos y una vez identificada la información a sincronizar, con el objetivo de sincronizar las bases de datos de todas las brigadas, se implementaron los cambios necesarios en el módulo de sincronización de OpenMRS. Además se estudiaron y definieron los roles de usuario dentro de la plataforma y se creó un sistema de alertas entre el enfermero que realiza las consultas y el ginecólogo que supervisa a los enfermeros. Una vez modificado el módulo de sincronización se realizaron pruebas del sistema y se probó el correcto funcionamiento de la sincronización de: imágenes, texto, números, usuarios y formularios entre dispositivos. Estas pruebas se realizaron primero en local y luego en remoto con el servidor central. El trabajo fin de grado se empezó en Madrid hasta alcanzar una versión inicial del programa y posteriormente en Cobán se realizaron tareas de mejora e implementación, así como capacitaciones dirigidas al personal técnico encargado de la plataforma. El uso de OpenMRS como Sistema de Información Sanitaria ha supuesto una importante mejora en la calidad del seguimiento de mujeres gestantes. La posibilidad de sincronizar información entre brigadas permite a todos los facilitadores (enfermeros) disponer de la información de consultas a todas las mujeres gestantes de una comunidad. No obstante, el éxito del proyecto dependerá del mantenimiento y actualización de la plataforma por parte de los técnicos capacitados.

Modelado conceptual de aplicaciones adaptivas y proactivas en OO-H

Comunicación presentada en las VII Jornadas de Ingeniería del Software y Bases de Datos (JISBD 2002), dentro del II Taller sobre Ingeniería del Software Orientada al Web (Web Engineering) WebE'2002, El Escorial, Madrid, 19 noviembre 2002.

Tratamiento de la personalización dinámica en modelos conceptuales de aplicaciones web

Comunicación presentada en las VIII Jornadas de Ingeniería del Software y Bases de Datos, JISBD 2003, Alicante, 12-14 noviembre 2003.

Diseño de Experimentación en Química Inorgánica sostenible

Se plantea al alumnado el análisis de la huella de carbono que tiene, en la actualidad, la asignatura práctica Experimentación en Química Inorgánica, con el objetivo de que busquen las posibilidades de sustitución y/o reducción de reactivos tóxicos y peligrosos en las prácticas de laboratorio que se imparten. Previamente, en base a dicho análisis, la red ha redactado las directrices que guiarán al alumno en sus búsquedas en bases de datos y su proposición de sustitución razonada de reactivos. Cada grupo de alumnos que trabaja en un proyecto particular de “Síntesis y caracterización de sustancias inorgánicas”, redacta un protocolo de actuación para eliminar/reducir el uso de reactivos peligrosos/contaminantes en su proyecto. Como colofón, se redacta un protocolo global para hacer más sostenible el proceso de enseñanza/aprendizaje de esta asignatura práctica. Además de trabajar el contenido específico de la asignatura, con esta metodología de aprendizaje, se pretende aumentar la capacidad del alumnado del Grado en Química para ser autónomo a la hora de proponer actuaciones fundamentadas que conduzcan a preservar el medio ambiente en su futuro ejercicio de la profesión de graduado en química.

Identificación de las estrategias de gestión de innovación en las empresas del sector textil, confección, diseño y moda de la región centro sur de caldas para la mejora de la competitividad

En la actualidad, las organizaciones de la industria de la moda en la región de Caldas presentan dificultades en gestión estratégica y gestión de innovación, y el conjugar estas dos variables se hace necesario para que puedan lograr la competitividad que les permita permanecer y crecer en el mercado local y global. Es por esto que en este proyecto el propósito es identificar las estrategias de gestión de innovación en las empresas del sector textil, confección, diseño y moda de la Región Centro Sur de Caldas y así saber qué impide que esta industria tenga bajos índices de competitividad. Los instrumentos metodológicos aplicados fueron validados por panel de expertos en innovación y estrategia organizacional, fueron tratados estadísticamente mediante el software SPSS y fueron aplicados a las empresas pertenecientes a las bases de datos disponibles en la ciudad de Manizales. Se encuentra que más del 70% de las empresas es informal en la aplicación de actividades de innovación, para un 40% las directrices organizacionales son informales y para el 30% son inexistentes y finalmente, los procesos estratégicos un 70% los tienen definidos informalmente y para un 20% son inexistentes.

Relaciones entre el conocimiento conceptual y el procedimental en el aprendizaje de las fracciones

El objetivo de este trabajo fue analizar las relaciones entre el conocimiento conceptual y el procedimental de las fracciones durante su aprendizaje. Para esto se efectuó una búsqueda bibliográfica en las bases de datos ERIC, PsycInfo, Scielo y Redalyc, con los siguientes términos en español y sus equivalentes en inglés: fracciones (fractions), conocimiento conceptual (conceptual knowledge), conocimiento procedimental (procedural knowledge) y niños (children), combinados de diferente forma con el operador booleano AND (Y). Los resultados de esta búsqueda permitieron hallar quince artículos empíricos que pueden clasificarse en cuatro grupos de investigaciones: las que indican una relación bidireccional, las que sugieren una relación unidireccional, las que muestran cierta independencia o restricciones en su vinculación y, por último, las que señalan que las relaciones varían según los sujetos. Esta falta de acuerdo podría explicarse por ciertas diferencias metodológicas de los estudios, por ejemplo, diferencias en el grado de consolidación del conocimiento de las fracciones de los participantes, el sentido conceptual o la habilidad procedimental estudiada, el tipo de enseñanza matemática recibida, etc. Por ello se sugiere que, para profundizar la comprensión de las relaciones entre el conocimiento conceptual y procedimental de las fracciones, estos aspectos metodológicos deben ser controlados.

Un diseño óptimo en tercera forma normal

Existen métodos clásicos de diseño de bases de datos relacionales -descomposición y síntesis- El objetivo de esas aproximaciones clásicas es alcanzar el más alto nivel de normalización. El método de diseño por descomposición es “top-down” que comienza con una relación existente, investiga su forma normal y la descompone vía proyecciones hasta que el esquema relacional adquiera el grado de normalización deseado.

Diseño, validación e implementación de una herramienta para la identificación de metabolitos

La Metabolómica es una sub-área de la biología de sistemas que tiene como objetivo el estudio de las moléculas de pequeño tamaño (normalmente <1000 Da) llamadas metabolitos. Los metabolitos son el resultado de las reacciones químicas que concurren en una célula y que revelan información acerca del estado del organismo en el que se encuentran. La parte computacional de un análisis metabolómico comienza con la identifcación de los compuestos químicos (metabolitos) correspondientes con las masas obtenidas mediante espectrografía de masas, y se lleva a cabo mediante búsquedas manuales en múltiples bases de datos de metabolitos. El proceso de identificación requiere del análisis de cada una de las masas detectadas en el espectrómetro junto a datos que ofrece la espectrometría, como es la abundancia de cada una de las masas o los tiempos de retención. Este proceso es tedioso y consume una gran cantidad de tiempo del químico analítico, pues debe buscarse la información base de datos a base de datos e ir cruzando los datos de cada una de las búsquedas hasta obtener una lista de resultados formada por los metabolitos presentes en la muestra a analizar. El objetivo de este proyecto es desarrollar una herramienta web que simplifque y automatice la búsqueda e identifcación de metabolitos. Para ello se ha construido una herramienta capaz de integrar y buscar automáticamente información de los metabolitos en múltiples bases de datos metabolómicas. Esto ha requerido unifcar los compuestos entre las diferentes bases de datos cuando había sufciente información para asegurar que los compuestos provenientes de varias fuentes de datos eran realmente el mismo. Además, en este proceso de búsqueda se tiene en cuenta conocimiento sobre las reacciones químicas que pueden alterar la masa del metabolito registrada por el espectrómetro de masas, como la formación de aductos y multímeros.

Materials docents de l'assignatura Disseny de Bases de Dades, curs 2013-2014

Materials de teoria i pràctiques de l'assignatura Disseny de Bases de Dades per al curs 2013-2014 (materials en valencià).

El diseño de preguntas clínicas en la práctica basada en la evidencia: modelos de formulación

Objetivo: Identificar estructuras estandarizadas para la formulación de preguntas clínicas en el marco de la práctica basada en la evidencia. Método: Se realizó una revisión de la literatura. La búsqueda bibliográfica se efectuó en las bases de datos MEDLINE, CINAHL, EMBASE y LILACS, y en el buscador académico Google Scholar. Se efectuaron estrategias de búsqueda sensibles y acordes a cada base de datos. Límites de búsqueda: intervalo de tiempo (enero de 1995 a abril de 2015), idioma (artículos en inglés). Se usaron palabras clave libres y descriptores del Medical Subject Headings (MeSH) pertinentes: evidence based practice, question, formulation, well-built question, framework. Resultados: Se encontraron 10 manuscritos que aportaron el diseño original de estructuras para la formulación de preguntas clínicas en el ámbito de la práctica basada en la evidencia. El modelo PICO es la estructura más conocida y comúnmente utilizada en investigación cuantitativa y de él derivan los modelos PICOT, PICOTT, PICOS, PIPOH, PECORD, PESICO. En el campo de la gestión sanitaria la estructura ECLIPSE se erige para formulación de preguntas relacionadas con la gestión. Por último, para la búsqueda de evidencias cualitativas se han configurado los modelos SPICE y SPIDER adecuando sus componentes al fenómeno cualitativo. Conclusiones: Estos modelos estandarizadas se comportan como un instrumento idóneo para guiar la estrategia de búsqueda y delimitar el área de interés. Dada la gran variedad de piezas que integran las estructuras, su conocimiento exhaustivo acrecienta sus usos potenciales. Estas estructuras no deben ser consideradas como una guía rígida a la que ceñirse ineludiblemente.

Sistema de información didáctico bajo el método del ciclo de vida de los sistemas, hata la etapa de diseño para el área de contabilidad de costos como herramienta tecnológica en el proceso de enseñanza.

Los cambiantes avances en la tecnología han transformado la manera en la que el hombre realiza su trabajo, es por ello que las instituciones que brindan educación en todos los niveles desde parvularia hasta la superior deben participar en su formación haciendo de cada estudiante una persona capaz de desenvolverse en dicha área y adaptable a las innovaciones que van surgiendo. Una de las áreas en la que el estudiante debe de estar preparado y adquirir experiencia según exigencias del Ministerio de Educación en el plan 2021 es en la incorporación de la tecnología en los centros de estudio de educación superior esto con el fin de mejorar la productividad y el desarrollo económico, además de preparar capital humano de manera especializada; mientras que la UNESCO establece en que no basta con que los docentes sepan manejar las TIC para que sean capaces de enseñar esta materia a sus alumnos si no que los docentes también puedan ayudar a los estudiantes para que estos trabajen mancomunadamente, resuelvan problemas y desarrollen un aprendizaje creativo mediante el uso de las TIC, de manera que lleguen a ser ciudadanos activos y elementos eficaces de la fuerza laboral. Otro órgano importante como lo es la IFAC a través de la emisión de las normas internacionales de formación establece el contenido para la formación de un profesional en el área de contabilidad entre ellos destaca el conocimiento y competencia en tecnologías de información ya que estos pueden ayudar en el proceso de aprendizaje haciendo de esta manera una combinación de comprensión y experiencia práctica para la solución de los problemas que se le presenten al momento de desenvolverse en sus labores como profesional en las diferentes empresas. Conociendo que dentro de la tecnología de información y comunicación se incluyen los sistemas de información tanto hardware como software, bases de datos, redes y otros dispositivos, se afirma que actualmente en la metodología de estudio para la materia de contabilidad de costos aún no se está implementando; aunque la Facultad de Ciencias Económicas cuenta con los recursos materiales necesarios no se posee un software hecho a la medida del contenido a impartir. Dicha problemática es identificada en el capítulo II en donde se presenta la metodología de investigación y dentro de ella un análisis sobre las unidades de estudio. Por todo lo descrito anteriormente se propone en el presente trabajo la incorporación de herramientas tecnológicas en el proceso de enseñanza-aprendizaje a través de un software didáctico hecho a la medida en el área de contabilidad de costos, lo cual se proporcionará hasta la fase de diseño para que posteriormente sea desarrollado e implementado. Como último punto se concluye y recomienda sobre las TIC en la educación y la forma en que esta puede mejorar el proceso de enseñanza – aprendizaje en la contabilidad específicamente en el área de costo formando en los estudiantes futuros profesionales competentes.

Actividad física, imagen corporal y condiciones de vida. Un abordaje teórico desde los determinantes y la determinación social de la salud

El objetivo de este trabajo fue analizar la construcción social del conocimiento en Actividad física desde dos planteamientos teóricos de la salud centrando el análisis en la relación con la imagen corporal y las condiciones de vida. Se trata de un estudio teórico desde el análisis de contenido de corte narrativo de 98 artículos desarrollado en cinco etapas a través de: rastreo de documentos en bases de datos en el periodo 2000-2014, revisión de artículos, y análisis y hallazgos de significados, sentidos o contenidos. Como hallazgo importante se puede mencionar que en la literatura científica relacionada con la triada Actividad física-imagen corporal-condiciones de vida predomina la construcción del conocimiento a partir de modelos hegemónicos y dominantes que priorizan la intensidad, la frecuencia y el tiempo dedicado a la AF, la estandarización en la comparación de la apariencia física y la medición de elementos materiales en el modo de vivir de las personas, principalmente desde el abordaje de los determinantes sociales de la salud. Se concluye que es necesario revisar las poblaciones que incluyendo en los estudios al estar concentrados el conocimiento en solo unos grupos; así como se hace explícita la necesidad de revisar cuales son los aportes de la Educación Física y otras disciplinas (ciencias sociales) para una mayor comprensión teórica y práctica de la AF.