Geographic Structure of Plasmodium vivax: Microsatellite Analysis of Parasite Populations from Sri Lanka, Myanmar, and Ethiopia

Genetic diversity and population structure of Plasmodium viva-V parasites call predict the origin and Spread of novel Variants Within a population enabling Population specific malaria control measures. We analyzed the genetic diversity and population Structure of 425 P. vivax isolates from Sri Lanka, Myanmar, and Ethiopia using 12 trinucleotide and tetranucleotide microsatellite markers. All three parasite populations were highly polymorphic with 3-44 alleles per locus. Approximately 65% were multiple-clone infections. Mean genetic diversity (H(E)) was 0.7517 in Ethiopia, 0.8450 in Myanmar, and 0.8610 in Sri Lanka. Significant linkage disequilibrium Was maintained. Population structure showed two clusters (Asian and African) according to geography and ancestry Strong clustering of outbreak isolates from Sri Lanka and Ethiopia was observed. Predictive power of ancestry using two-thirds of the isolates as a model identified 78.2% of isolates accurately as being African or Asian. Microsatellite analysis is a useful tool for mapping short-term outbreaks of malaria and for predicting ancestry.

Multi-objective clustering ensemble for gene expression data analysis

In this paper, we present an algorithm for cluster analysis that integrates aspects from cluster ensemble and multi-objective clustering. The algorithm is based on a Pareto-based multi-objective genetic algorithm, with a special crossover operator, which uses clustering validation measures as objective functions. The algorithm proposed can deal with data sets presenting different types of clusters, without the need of expertise in cluster analysis. its result is a concise set of partitions representing alternative trade-offs among the objective functions. We compare the results obtained with our algorithm, in the context of gene expression data sets, to those achieved with multi-objective Clustering with automatic K-determination (MOCK). the algorithm most closely related to ours. (C) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.

Many-body energy decomposition of hydrogen-bonded glycine clusters in gas-phase

A detailed analysis of the many-body contribution to the interaction energies of the gas-phase hydrogen-bonded glycine clusters, (Gly)(N), N = 1-4 is presented. The energetics of the hydrogen-bonded dimer, trimer and tetramer complexes have been analyzed using density-functional theory. The magnitude of the two-through four-body energy terms have been calculated and compared. The relaxation energy and the two-body energy terms are the principal contributors to the total binding energy. Four-body contribution is negligible. However, the three-body contribution is found to be sizable and the formation of the cyclic glycine trimer presents geometric strains that make it less favorable. (C) 2010 Elsevier B.V. All rights reserved.

Structural requirement for PPAR gamma binding revealed by a meta analysis of holo-crystal structures

PPAR gamma is a ligand regulated transcriptional factor that modulates the transcription of several genes involved in fat and sugar metabolism. Due to its easy bacterial expression and crystallization, several crystal structures of holo-PPAR gamma have been reported and deposited in the Protein Data Bank. Here, we investigated the three-dimensional electrostatic properties of 55 PPAR gamma ligands and used this information for clustering them through principal component analysis. We found out that, according to their electrostatic potential, these ligands can be separated in three groups, with different binding features. We also observed that non-selective and selective ligands show different 3D electrostatic properties and are separated in different clusters. The relevance of this analysis for the development of new binders is discussed. (C) 2010 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.

Statistical coupling analysis of aspartic proteinases based on crystal structures of the Trichoderma reesei enzyme and its complex with pepstatin A

The crystal structures of an aspartic proteinase from Trichoderma reesei (TrAsP) and of its complex with a competitive inhibitor, pepstatin A, were solved and refined to crystallographic R-factors of 17.9% (R(free)=21.2%) at 1.70 angstrom resolution and 15.81% (R(free) = 19.2%) at 1.85 angstrom resolution, respectively. The three-dimensional structure of TrAsP is similar to structures of other members of the pepsin-like family of aspartic proteinases. Each molecule is folded in a predominantly beta-sheet bilobal structure with the N-terminal and C-terminal domains of about the same size. Structural comparison of the native structure and the TrAsP-pepstatin complex reveals that the enzyme undergoes an induced-fit, rigid-body movement upon inhibitor binding, with the N-terminal and C-terminal lobes tightly enclosing the inhibitor. Upon recognition and binding of pepstatin A, amino acid residues of the enzyme active site form a number of short hydrogen bonds to the inhibitor that may play an important role in the mechanism of catalysis and inhibition. The structures of TrAsP were used as a template for performing statistical coupling analysis of the aspartic protease family. This approach permitted, for the first time, the identification of a network of structurally linked residues putatively mediating conformational changes relevant to the function of this family of enzymes. Statistical coupling analysis reveals coevolved continuous clusters of amino acid residues that extend from the active site into the hydrophobic cores of each of the two domains and include amino acid residues from the flap regions, highlighting the importance of these parts of the protein for its enzymatic activity. (C) 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Dereplication of Bromotyrosine-derived Metabolites by LC-PDA-MS and Analysis of the Chemical Profile of 14 Aplysina Sponge Specimens from the Brazilian Coastline

In order to investigate the chemical profile of 14 specimens of Aplysina spp. marine sponges, we have developed a method based on LC-PDA-MS for the detection of bromotyrosine-derived metabolites. The method enabled the dereplication of three distinct chemotypes of bromotyrosine-derived compounds based on UV absorptions, which were further refined by electrospray ionization-mass spectrometry analysis of the brominated quasi-molecular ion clusters. This procedure led to either a single compound assignment, or a maximum of two possible isobaric compounds. The dereplication study indicated that the chemical profile of the 14 specimens of Aplysina spp. analyzed presented practically the same dibromotyrosine-derived compounds. The results obtained suggested a possible biogenetic pathway for the formation of dibromotyrosine-derived compounds of wide occurrence in Verongida sponges.

The value of local partners in Brazil: the effects of ownership clusters and business group membership on firm value in emerging markets

Este estudo analisa como a classe de acionistas afeta o valor das empresas brasileiras listadas na bolsa de valores no ponto de vista da governança corporativa. O trabalho examina a interação entre o valor das empresas e cinco tipos de concentrações acionárias comumente presente em mercados emergentes: famílias, agentes públicos, investidores estrangeiros, executivos e investidores financeiros nacionais. A análise empírica demonstra que o mix e a concentração de participação acionária afeta significativamente o valor das empresas. Utilizando uma compilação única de dados em painel de 2004 a 2008, a presente pesquisa também desenvolve hipóteses sobre o efeito da participação em grupos econômicos para o valor das empresas. A investigação encontra evidências de que, apesar de sua importância para o desenvolvimento de empresas brasileiras, o capital familiar, instituições públicas, e investidores estrangeiros estão cedendo lugar a monitores mais especializados e menos concentrados, como executivos e instituições financeiras nacionais. Estes resultados indicam que a governança corporativa no Brasil pode estar alcançando níveis de maturidade mais elevados. Adicionalmente, apesar de não haver indicação da existência de correlação entre a participação em grupos econômicos e o valor das empresas, os resultados indicam que a presença de um tipo específico de acionista em uma empresa do grupo facilita investimentos futuros desta classe de acionista em outras empresas do mesmo grupo, sinalizando que os interesses acionários são provavelmente perpetuados dentro de uma mesma rede de empresas. Finalmente, a pesquisa demonstra que enquanto o capital familiar prefere investir em empresas com ativa mobilidade do capital, investidores internacionais e instituições públicas procuram investimentos em equity com menor mobilidade de capital, o que lhes garante mais transparência com relação ao uso dos recursos e fundos das empresas.

The influence of urban structures on entrepreneurial decision-making: a comparative analysis of Mexico City and São Paulo

Promover a atividade empreendedora é hoje mais do que nunca uma prioridade para as economias em desenvolvimento. Em diferentes partes do mundo, empreendedores têm sido reconhecidos como verdadeiros agentes de transformação, e as novas empresas que eles criam tornam-se condutoras de inovação, que ao final pode ser difundida ao resto da economia. Teorias de economia urbana, que analisam a dinâmica da relação entre aglomeração urbana e atividade econômica, enfatizam a importância da concentração espacial das indústrias num mesmo setor industrial. Entender os incentivos que dão início à atividade empreendedora é algo novo e o foco desses estudos tem sido principalmente em alguns poucos casos de economias industrializadas. Não obstante, o sucesso de um punhado de clusters de alta tecnologia, como o Vale do Silício, por exemplo, na Califórnia, Estados Unidos, não pode ser replicado, e as condições locais devem ser consideradas a fim de entender a surgimento desses ecossistemas. Este estudo pretende investigar os critérios em que os empreendedores fundamentam suas decisões quando selecionam as localizações do seu negócio. Especificamente, a pesquisa explora o recente movimento dos ecossistemas de empreendedores na Cidade do México e em São Paulo, as duas maiores áreas metropolitanas da América Latina, à luz das teorias de economia urbana. A fim de chegar aos resultados, a pesquisa segue o método baseado sobre uma análise comparativa de estudo de casos em dois bairros: Vila Leopoldina em São Paulo e a Colônia Roma Norte na Cidade do México. Os resultados consolidados baseados em entrevistas qualitativas realizadas nos dois bairros revelam que o lugar/sitio urbano, definido em termos de laços locais assim como da atmosfera geral do ambiente, continua sendo importante para os atores apesar das comunicações de alta velocidade que produzem mais interações entre as regiões do mundo. Além disso, a relação entre o empreendedor e o seu entorno é altamente dependente do estágio de desenvolvimento e da natureza da atividade da empresa; redes informais revelam-se essenciais para identificar as oportunidades de negócio antes de serem progressivamente substituídas por relações instituídas com fundos de capital de risco ou incubadoras. Estes dois ecossistemas nascentes geram suas próprias características, o que já pode sugerir suas futuras evoluções.

Abordagem para identificação, análise e caracterização dos estágios de desenvolvimento dos clusters: um estudo em regiões metropolitanas

O estudo do fenômeno cluster, nos últimos 30 anos, sob inúmeras qualificações, tem atraído atenção crescente tanto do meio acadêmico quanto dos responsáveis pelo desenvolvimento de políticas públicas. No entanto, seu ciclo de desenvolvimento ainda é um aspecto pouco explorado. A necessidade em se investigar e compreender o ciclo de desenvolvimento dos clusters é destacada por vários autores. Do ponto de vista das políticas públicas, a importância em se identificar o ciclo de evolução dos clusters, bem como cada um de seus estágios, reside na assertividade das ações por elas proporcionada. A tese é apresentada na forma de três artigos científicos. O primeiro busca determinar a natureza e as dimensões da noção de cluster pela exploração das bases teórico-conceituais de três áreas de conhecimento em que o conceito é mais comumente empregado: a geografia econômica, a administração estratégica e a administração de operações. Além de outras descobertas, os resultados proporcionam uma classificação dos temas de pesquisa ao redor do conceito, bem como das linhas teórico-conceituais que os sustentam. O segundo lida com a questão de como os clusters são identificados. Partindo de algumas limitações das estatísticas da economia regional, em especial do Quociente Locacional (QL), o autor propõe uma abordagem de aplicação conjunta dessas estatísticas com aquelas apresentadas pela Análise Exploratória de Dados Espaciais (AEDE). Os resultados mostram a complementariedade das abordagens, pois parte das limitações da primeira consegue ser resolvida pela segunda, mas, mais importante, conseguem revelar o valor proporcionado pelas estatísticas da AEDE acerca da dinâmica regional. Por fim, o terceiro e último artigo propõe um instrumento de avaliação do ciclo de desenvolvimento dos clusters envolvendo 6 dimensões e 11 elementos de avaliação. A partir dos potenciais clusters identificados no segundo artigo, o instrumento é aplicado sobre três deles. O resultado é a obtenção de uma abordagem simples, conceitualmente coerente, prática e de baixo custo de aplicação.

Main obstacles in the business environment affecting firm growth: a comparative analysis between Chinese and Brazilian SMEs

Usando dados do Banco Mundial, esta dissertação analisa as semelhanças e diferenças entre os obstáculos enfrentados pelas micro, pequenas e médias empresas (MSME) no Brasil e na China. Realizamos tanto uma análise comparativa entre os dos países como uma análise de clusters para confrontar os dados subjetivos e objetivos recolhidos, de modo a identificar o desempenho das empresas, levando em consideração as características dos países e o ambiente de negócios.

Discrimination of geomorphic surfaces with multivariate analysis of soil attributes in sandstone - basalt lithosequence

O conceito de superfície geomórfica permite uma interligação entre os diferentes ramos da ciência do solo, tais como geologia, geomorfologia e pedologia. Esta associação favorece a compreensão da distribuição espacial dos solos na paisagem, e torna possível compreender o comportamento dos atributos do solo, que estão principalmente relacionadas com a estratigrafia e formas do relevo. Assim, este estudo visa à aplicação da estatística multivariada para categorizar superfícies geomórficas em uma litossequência arenito-basalto, de modo a fornecer uma base para a avaliação do solo em áreas afins. A área de estudo está localizada no município de Pereira Barreto, São Paulo, Brasil. A área escolhida possui 530 hectares, onde foram localizadas e mapeadas três superfícies geomórficas (I, II e III). Na área, 134 amostras foram coletadas nas profundidades de 0,0-0,2 m e 0,8-1,0 m, foram determinados os conteúdos de areia, silte e argila, pH em CaCl2, conteúdo de MO, P, Ca, Mg, K, Al e H+Al. Com base nos resultados, foram realizadas a análise univariada e multivariada de variância, clusters e principal componente, a fim de comparar as três superfícies geomórficas. A análise estatística univariada dos atributos do solo não foi eficiente na identificação das três superfícies geomórficas. Utilizando-se os atributos físicos e químicos do solo, as técnicas estatísticas multivariada permitiram à separação dos três grupos de corpos naturais do solo que foram equivalentes as três superfícies geomórficas mapeadas. Estes resultados são interessantes, pois demonstram a viabilidade da utilização de classificação numérica das superfícies geomórficas para ajudar no mapeamento de solo.

Ultrastructural analysis of spermiogenesis in the neotropical cichlid Cichla kelberi Kullander & Ferreira, 2006 (Perciformes: Cichlidae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Theoretical analysis of the energy levels induced by oxygen vacancies and the doping process (Co, Cu and Zn) on SnO2 (110) surface models

Density functional calculation at B3LYP level was employed to study the surface oxygen vacancies and the doping process of Co, Cu and Zn on SnO2 (110) surface models. Large clusters, based on (SnO2)(15) models, were selected to simulate the oxidized (Sn15O30), half-reduced (Sn15O29) and the reduced (Sn15O28) surfaces. The doping process was considered on the reduced surfaces: Sn13Co2O28, Sn13Cu2O28 and Sn13Zn2O28. The results are analyzed and discussed based on a calculation of the energy levels along the bulk band gap region, determined by a projection of the monoelectron level structure on to the atomic basis set and by the density of states. This procedure enables one to distinguish the states coming from the bulk, the oxygen vacancies and the doping process, on passing from an oxidized to a reduced surface, missing bridge oxygen atoms generate electronic levels along the band gap region, associated with 5s/5p of four-/five-fold Sn and 2p of in-plane O centers located on the exposed surface, which is in agreement with previous theoretical and experimental investigations. The formation energy of one and two oxygen vacancies is 3.0 and 3.9 eV, respectively. (C) 2001 Elsevier B.V. B.V. All rights reserved.

Theoretical study of the structure and stability of NbxOy, and NbxOy+ (x = 1-3; y = 2-5, 7, 8) clusters

Geometric, thermodynamic and electronic properties of cluster neutrals NbxOy and cations NbxOy+ (x = 1-3; y = 2-5, 7, 8) have been characterized theoretically. A DFT calculation using a hybrid combination of B3LYP with contracted Huzinaga basis sets. Numerical results of the relative stabilities, ionization potentials and band gaps of different clusters are in agreement with experiment. Analysis of dissociation channels supports the more stable building blocks as formed by NbO2, NbO2+ NbO3 and NbO3+ stoichiometries. The net atomic charges suggest that oxygen donor molecules can interact more favorably on central niobium atoms of cluster cations, while the interaction with oxygen acceptor molecules is more favorable on the terminal oxygen atoms of neutral clusters. A topological analysis of the electron localization function gradient field indicates that the clusters may be described as having a strong ionic interaction between Nb and O atoms. Published by Elsevier B.V. B.V.

Multidimensional cluster stability analysis from a Brazilian Bradyrhizobium sp RFLP/PCR data set

The taxonomy of the N(2)-fixing bacteria belonging to the genus Bradyrhizobium is still poorly refined, mainly due to conflicting results obtained by the analysis of the phenotypic and genotypic properties. This paper presents an application of a method aiming at the identification of possible new clusters within a Brazilian collection of 119 Bradryrhizobium strains showing phenotypic characteristics of B. japonicum and B. elkanii. The stability was studied as a function of the number of restriction enzymes used in the RFLP-PCR analysis of three ribosomal regions with three restriction enzymes per region. The method proposed here uses Clustering algorithms with distances calculated by average-linkage clustering. Introducing perturbations using sub-sampling techniques makes the stability analysis. The method showed efficacy in the grouping of the species B. japonicum and B. elkanii. Furthermore, two new clusters were clearly defined, indicating possible new species, and sub-clusters within each detected cluster. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.