Systemic chemotherapy-induced microsatellite instability in the mononuclear cell fraction of women with breast cancer can be reproduced in vitro and abrogated by amifostine

Objectives Microsatellite instability (MSI) induction by alkylating agent-based chemotherapy (ACHT) may underlie both tumor resistance to chemotherapy and secondary leukaemias in cancer patients. We investigated if ACHT could induce MSI in tumor-derived plasma-circulating DNA (pfDNA) and in normal peripheral blood mononuclear (PBMN) cells. We also evaluated if amifostine could interfere with this process in an in-vitro model. Methods MSI was determined in pfDNA, PBMN cells and urine cell-free DNA (ufDNA) of 33 breast cancer patients before and after ACHT. MCF-7 cells and PBMN from normal donors were exposed in vitro to melphalan, with or without amifostine. Results We observed at least one MSI event in PBMN cells, pfDNA or ufDNA of 87, 80 and 80% of patients, respectively. In vitro, melphalan induced MSI in both MCF-7 and normal PBMN cells. In PBMN cells, ACHT-induced MSI occurred together with a significant decrease in the expression of the DNA mismatch repair gene hMSH2. Amifostine decreased hMSH2 expression and also prevented MSI induction only in normal PBMN cells. Conclusions ACHT induced MSI in PBMN cells and in tumour-derived pfDNA. Because of its protective effect against ACHT induction of MSI in normal PBMN cells in vitro, amifostine may be a potential agent for preventing secondary leukaemias in patients exposed to ACHT.

Analysis of Detergent-Insoluble and Whole Cell Lysate Fractions of Resting Neutrophils Using High-Resolution Mass Spectrometry

Neutrophilic granulocytes play a major role in the initiation and resolution of the inflammatory response, and demonstrate significant transcriptional and translational activity. Although much was known about neutrophils prior to the introduction of proteomics, the use of MS-based methodologies has provided an unprecedented tool to confirm and extend previous findings. In the present study, we performed a Gel-LC-MS/MS analysis of neutrophil detergent insoluble and whole cell lysate fractions of resting neutrophils. We achieved a set of identifications through the use of high-resolution mass spectrometry and validation of its data. We identified a total of 1249 proteins with a wide range of intensities from both detergent-insoluble and whole cell lysate fractions, allowing a mapping of proteins such as those involved in intracellular transport (Rab and Sec family proteins) and cell signaling (S100 proteins). These results represent the most comprehensive proteomic characterization of resting human neutrophils to date, and provide important information relevant for further studies of the immune system in health and disease. The methods applied here can be employed to help us understand how neutrophils respond to various physiologic and pathophysiologic conditions and could be extended to protein quantitation after cell activation.

(Virtual) Agents for running electricity markets

This paper describes a multi-agent based simulation (MABS) framework to construct an artificial electric power market populated with learning agents. The artificial market, named TEMMAS (The Electricity Market Multi-Agent Simulator), explores the integration of two design constructs: (i) the specification of the environmental physical market properties and (ii) the specification of the decision-making (deliberative) and reactive agents. TEMMAS is materialized in an experimental setup involving distinct power generator companies that operate in the market and search for the trading strategies that best exploit their generating units' resources. The experimental results show a coherent market behavior that emerges from the overall simulated environment.

Virtual power producers market strategies

This paper presents MASCEM - a multi-agent based electricity market simulator. MASCEM uses game theory, machine learning techniques, scenario analysis and optimisation techniques to model market agents and to provide them with decision-support. This paper mainly focus on the MASCEM ability to provide the means to model and simulate Virtual Power Producers (VPP). VPPs are represented as a coalition of agents, with specific characteristics and goals. The paper detail some of the most important aspects considered in VPP formation and in the aggregation of new producers and includes a case study.

MASCEM - an electricity market simulator providing coalition support for virtual power players

This paper presents MASCEM - a multi-agent based electricity market simulator. MASCEM uses game theory, machine learning techniques, scenario analysis and optimization techniques to model market agents and to provide them with decision-support. This paper mainly focus on the MASCEM ability to provide the means to model and simulate Virtual Power Players (VPP). VPPs are represented as a coalition of agents, with specific characteristics and goals. The paper details some of the most important aspects considered in VPP formation and in the aggregation of new producers and includes a case study based on real data.

Dgenco market balancing - cost repartition under light regulation markets

In this paper we present a new methodology, based in game theory, to obtain the market balancing between Distribution Generation Companies (DGENCO), in liberalized electricity markets. The new contribution of this methodology is the verification of the participation rate of each agent based in Nucléolo Balancing and in Shapley Value. To validate the results we use the Zaragoza Distribution Network with 42 Bus and 5 DGENCO.

Sistema multi-agente para gestão de tráfego em centros urbanos

Mestrado em Engenharia Informática

Modelos de simulação em MATSim aplicados à análise de sistemas de transporte

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil na Área de Especialização de Vias de Comunicação e Transportes

Uma aplicação de gestão de redes baseada no paradigma dos agentes móveis

A massificação da utilização das tecnologias de informação e da Internet para os mais variados fins, e nas mais diversas áreas, criou problemas de gestão das infra-estruturas de informática, ímpares até ao momento. A gestão de redes informáticas converteu-se num factor vital para uma rede a operar de forma eficiente, produtiva e lucrativa. No entanto, a maioria dos sistemas são baseados no Simple Network Management Protocol (SNMP), assente no modelo cliente-servidor e com um paradigma centralizado. Desta forma subsiste sempre um servidor central que colecta e analisa dados provenientes dos diferentes elementos dispersos pela rede. Sendo que os dados de gestão estão armazenados em bases de dados de gestão ou Management Information Bases (MIB’s) localizadas nos diversos elementos da rede. O actual modelo de gestão baseado no SNMP não tem conseguido dar a resposta exigida. Pelo que, existe a necessidade de se estudar e utilizar novos paradigmas de maneira a que se possa encontrar uma nova abordagem capaz de aumentar a fiabilidade e a performance da gestão de redes. Neste trabalho pretende-se discutir os problemas existentes na abordagem tradicional de gestão de redes, procurando demonstrar a utilidade e as vantagens da utilização de uma abordagem baseada em Agentes móveis. Paralelamente, propõe-se uma arquitectura baseada em Agentes móveis para um sistema de gestão a utilizar num caso real.

Negotiation platform for personalised advertising

This paper describes a multi-agent brokerage platform for near real time advertising personalisation organised in three layers: user interface, agency and marketplace. The personalisation is based on the classification of viewer profiles and advertisements (ads). The goal is to provide viewers with a personalised advertising alignment during programme intervals. The enterprise interface agents upload new ads and negotiation profiles to producer agents and new user and negotiation profiles to distributor agents. The agency layer is composed of agents that represent ad producer and media distributor enterprises as well as the market regulator. The enterprise agents offer data upload and download operations as Web Services and register the specification of these interfaces at an UDDI registry for future discovery. The market agent supports the registration and deregistration of enterprise delegate agents at the marketplace. This paper addresses the marketplace layer, an agent-based negotiation platform per se, where delegates of the relevant advertising agencies and programme distributors negotiate to create the advertising alignment that best fits a viewer profile and the advertising campaigns available. The whole brokerage platform is being developed in JADE, a multi-agent development platform. The delegate agents download the negotiation profile and upload the negotiation results from / to the corresponding enterprise agent. In the meanwhile, they negotiate using the Iterated Contract Net protocol. All tools and technologies used are open source.

B2B platform for media content personalisation

This paper proposes a novel business model to support media content personalisation: an agent-based business-to-business (B2B) brokerage platform for media content producer and distributor businesses. Distributors aim to provide viewers with a personalised content experience and producers wish to en-sure that their media objects are watched by as many targeted viewers as possible. In this scenario viewers and media objects (main programmes and candidate objects for insertion) have profiles and, in the case of main programme objects, are annotated with placeholders representing personalisation opportunities, i.e., locations for insertion of personalised media objects. The MultiMedia Brokerage (MMB) platform is a multiagent multilayered brokerage composed by agents that act as sellers and buyers of viewer stream timeslots and/or media objects on behalf of the registered businesses. These agents engage in negotiations to select the media objects that best match the current programme and viewer profiles.

Plataforma de negociação de componentes multimédia

O objectivo da tese é demonstrar a adequação do paradigma dos mercados electrónicos baseados em agentes para transaccionar objectos multimédia em função do perfil dos espectadores. Esta dissertação descreve o projecto realizado no âmbito da plataforma de personalização de conteúdos em construção. O domínio de aplicação adoptado foi a personalização dos intervalos publicitários difundidos pelos distribuidores de conteúdos multimédia, i.e., pretende-se gerar em tempo útil o alinhamento de anúncios publicitários que melhor se adeqúe ao perfil de um espectador ou de um grupo de espectadores. O projecto focou-se no estudo e selecção das tecnologias de suporte, na concepção da arquitectura e no desenvolvimento de um protótipo que permitisse realizar diversas experiências nomeadamente com diferentes estratégias e tipos de mercado. A arquitectura proposta para a plataforma consiste num sistema multiagente organizado em três camadas que disponibiliza interfaces do tipo serviço Web com o exterior. A camada de topo é constituída por agentes de interface com o exterior. Na camada intermédia encontram-se os agentes autónomos que modelam as entidades produtoras e consumidoras de componentes multimédia assim como a entidade reguladora do mercado. Estes agentes registam-se num serviço de registo próprio onde especificam os componentes multimédia que pretendem negociar. Na camada inferior realiza-se o mercado que é constituído por agentes delegados dos agentes da camada superior. O lançamento do mercado é efectuado através de uma interface e consiste na escolha do tipo de mercado e no tipo de itens a negociar. Este projecto centrou-se na realização da camada do mercado e da parte da camada intermédia de apoio às actividades de negociação no mercado. A negociação é efectuada em relação ao preço da transmissão do anúncio no intervalo em preenchimento. Foram implementados diferentes perfis de negociação com tácticas, incrementos e limites de variação de preço distintos. Em termos de protocolos de negociação, adoptou-se uma variante do Iterated Contract Net – o Fixed Iterated Contract Net. O protótipo resultante foi testado e depurado com sucesso.

Sistema Multi-Agente de prestação de serviços de seguimento adaptados aos requisitos do utilizador

Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores - Área de Especialização de Telecomunicações

Evaluating the combination of relaxation and argumentation in ontology matching negotiation

No decorrer dos últimos anos, os agentes (inteligentes) de software foram empregues como um método para colmatar as dificuldades associadas com a gestão, partilha e reutilização de um crescente volume de informação, enquanto as ontologias foram utilizadas para modelar essa mesma informação num formato semanticamente explícito e rico. À medida que a popularidade da Web Semântica aumenta e cada vez informação é partilhada sob a forma de ontologias, o problema de integração desta informação amplifica-se. Em semelhante contexto, não é expectável que dois agentes que pretendam cooperar utilizem a mesma ontologia para descrever a sua conceptualização do mundo. Inclusive pode revelar-se necessário que agentes interajam sem terem conhecimento prévio das ontologias utilizadas pelos restantes, sendo necessário que as conciliem em tempo de execução num processo comummente designado por Mapeamento de Ontologias [1]. O processo de mapeamento de ontologias é normalmente oferecido como um serviço aos agentes de negócio, podendo ser requisitado sempre que seja necessário produzir um alinhamento. No entanto, tendo em conta que cada agente tem as suas próprias necessidades e objetivos, assim como a própria natureza subjetiva das ontologias que utilizam, é possível que tenham diferentes interesses relativamente ao processo de alinhamento e que, inclusive, recorram aos serviços de mapeamento que considerem mais convenientes [1]. Diferentes matchers podem produzir resultados distintos e até mesmo contraditórios, criando-se assim conflitos entre os agentes. É necessário que se proceda então a uma tentativa de resolução dos conflitos existentes através de um processo de negociação, de tal forma que os agentes possam chegar a um consenso relativamente às correspondências que devem ser utilizadas na tradução de mensagens a trocar. A resolução de conflitos é considerada uma métrica de grande importância no que diz respeito ao processo de negociação [2]: considera-se que existe uma maior confiança associada a um alinhamento quanto menor o número de conflitos por resolver no processo de negociação que o gerou. Desta forma, um alinhamento com um número elevado de conflitos por resolver apresenta uma confiança menor que o mesmo alinhamento associado a um número elevado de conflitos resolvidos. O processo de negociação para que dois ou mais agentes gerem e concordem com um alinhamento é denominado de Negociação de Mapeamentos de Ontologias. À data existem duas abordagens propostas na literatura: (i) baseadas em Argumentação (e.g. [3] [4]) e (ii) baseadas em Relaxamento [5] [6]. Cada uma das propostas expostas apresenta um número de vantagens e limitações. Foram propostas várias formas de combinação das duas técnicas [2], com o objetivo de beneficiar das vantagens oferecidas e colmatar as suas limitações. No entanto, à data, não são conhecidas experiências documentadas que possam provar tal afirmação e, como tal, não é possível atestar que tais combinações tragam, de facto, o benefício que pretendem. O trabalho aqui apresentado pretende providenciar tais experiências e verificar se a afirmação de melhorias em relação aos resultados das técnicas individuais se mantém. Com o objetivo de permitir a combinação e de colmatar as falhas identificadas, foi proposta uma nova abordagem baseada em Relaxamento, que é posteriormente combinada com as abordagens baseadas em Argumentação. Os seus resultados, juntamente com os da combinação, são aqui apresentados e discutidos, sendo possível identificar diferenças nos resultados gerados por combinações diferentes e possíveis contextos de utilização.

Plataforma de simulação em Repast Simphony para análise da divulgação de novas ideias em mercado

Modelação e simulação baseadas em agentes estão a ganhar cada vez mais importância e adeptos devido à sua flexibilidade e potencialidade em reproduzir comportamentos e estudar um sistema na perspetiva global ou das interações individuais. Neste trabalho, criou-se um sistema baseado em agentes e desenvolvido em Repast Simphony com o objectivo de analisar a difusão de um novo produto ou serviço através de uma rede de potenciais clientes, tentando compreender, assim, como ocorre e quanto tempo demora esta passagem de informação (inovação) com diversas topologias de rede, no contato direto entre pessoas. A simulação baseia-se no conceito da existencia de iniciadores, que são os primeiros consumidores a adotar um produto quando este chega ao mercado e os seguidores, que são os potenciais consumidores que, apesar de terem alguma predisposição para adotar um novo produto, normalmente só o fazem depois de terem sido sujeitos a algum tipo de influência. Com a aplicação criada, simularam-se diversas situações com a finalidade de obter e observar os resultados gerados a partir de definições iniciais diferentes. Com os resultados gerados pelas simulações foram criados gráficos representativos dos diversos cenários. A finalidade prática desta aplicação, poderá ser o seu uso em sala de aula para simulação de casos de estudo e utilização, em casos reais, como ferramenta de apoio à tomada de decisão, das empresas.