Poli-fosforilação de um componente estrutural do esporo de Bacillus subtilis

A superfície dos esporos bacterianos é constituída por uma estrutura multi-proteica, denominada manto, com funções de proteção e de interação com o meio circundante. CotB é um componente abundante do manto do esporo de Bacillus subtilis. Durante a formação do manto, a proteína CotB, de 46 kDa (CotB-46), sofre uma modificação pós-traducional, que a converte numa espécie com uma mobilidade eletroforética de 66 kDa (CotB-66). Outras duas proteínas do manto, CotH e CotG, são necessárias para a formação de CotB-66. CotH é uma proteína morfogenética essencial para a montagem do manto, e um homólogo estrutural de cinases Ser/Thr de tipo eucariota. CotB, por seu lado, possui quatro repetições de uma sequência rica em serinas/lisinas/argininas na sua metade Cterminal, enquanto que a metade N-terminal contém dois domínios Sm-like, associados normalmente a interações RNA-RNA e RNA-proteína. A super-expressão de cotB em E. coli resulta numa proteína de 46 kDa, mas a co-expressão de cotB com cotG e cotH leva à produção de uma forma de CotB de 66kDa. Na ausência de CotG ou de CotH ou na presença de uma forma inativa de CotH, com a substituição D228Q no seu centro ativo putativo, não se verifica a formação de CotB-66. CotH sofre auto-fosforilação e é insensível ao inibidor de largo espectro staurosporina. Além disso, mostramos que CotB-46 é fosforilado diretamente por CotH in vitro. Descobrimos que a substituição D228Q resulta em alterações na composição, estrutura e propriedades do manto que se aproximam daquelas causadas por uma mutação de eliminação do gene. Mostramos que a modificação de CotB in vivo é dependente de CotG e da atividade de cinase de CotH. Sugerimos que durante a formação do manto de B. subtilis CotH fosforila CotB na sua metade C-terminal, usando CotG como co-fator.

Surdez em Portugal: estudos genéticos e funcionais do gene da conexina

A surdez é a deficiência sensorial mais comum na população humana, afetando o desenvolvimento social do indivíduo afetado por esta patologia. Estima-se que 50% dos casos de deficiência auditiva podem ser evitáveis. Cerca de 1/1000 recém-nascidos apresentam surdez e 1/3 da população acima dos 65 anos é também afetada. No presente estudo, foram analisadas 19 famílias diferentes. Analisou-se ainda 399 amostras aleatórias de recém-nascidos provenientes das várias regiões de Portugal. Mutações no gene GJB2, que codifica para a Cx26, são a principal causa de surdez hereditária não sindrómica, como tal, foi analisado nos dois tipos de população em estudo, tal como o gene GJB6, que codifica para a Cx30. Nas famílias analisadas foram encontradas as mutações c.35delG, p.Met34Thr e p.R127H, no gene GJB2, as quais se contam entre as mutações mais comuns na população portuguesa. Na população aleatória foram encontradas as mutações c.35delG. p.Met34Thr e K224Q, assim como o polimorfismo F83L. Foram caracterizadas funcionalmente três mutações da Cx26 – a p.Leu213X, p.Gly160Ser e p.Gly160Cys. Verificou-se que as proteínas contendo a mutação p.Leu213X foram observadas principalmente no citoplasma, o que sugere que elas são aí retidas. O défice no seu tráfego para a membrana poderá estar relacionado com o facto de esta mutação originar um codão STOP no domínio C-terminal da proteína. As proteínas que continham a mutação p.Gly160Ser e a p.Gly160Cys são transportadas até à membrana plasmática, tal como a Cx26 selvagem. No entanto, a permeabilidade dos canais intercelulares compostos por Cx26 apresentando estas mutações não foi investigada. Este estudo contribui para o aprofundamento do conhecimento sobre a surdez hereditária e o espectro de mutações no locus DFNB1. Permitiu também a primeira caracterização funcional de três mutações da Cx26. Os estudos funcionais têm em vista a possível aplicação de terapias destinadas à recuperação da função nativa da Cx26.

Bionanoconjugados catalíticos de tirosinase e nanopartículas de ouro

O presente estudo teve como principal objetivo a preparação de bionanoconjugados de Tirosinase e nanopartículas de ouro (AuNPs) com a finalidade de observar alterações positivas da atividade enzimática relativamente à enzima livre em solução, a partir da determinação dos respetivos parâmetros cinéticos. A atividade específica da tirosinase foi determinada com tirosina, L-3,4-dihidroxifenilalanina (L-DOPA) e 4-metilcatecol, tendo este último sido escolhido como substrato a utilizar no decorrer do restante trabalho experimental devido ao maior número de unidades específicas determinado para este substrato, bem como devido à menor concentração de enzima necessária para a realização dos ensaios. Os ensaios cinéticos com variação da temperatura e pH permitiram concluir que a 30 oC e a pH 6,5 a tirosinase é mais ativa. Os bionanoconjugados foram preparados incubando tirosinase de um dia para o outro com AuNPs. Três diferentes agentes de revestimento foram usados nos estudos: AuNPs sintetizadas revestidas por citrato, funcionalizadas com ácido 11-mercaptoundecanóico (MUA) e funcionalizadas com pentapéptido CALNN. Diferentes razões molares de tirosinase : AuNPs foram estudadas e, apesar da baixa reprodutibilidade dos resultados, os mais consistentes foram obtidos para a razão molar de 120. A conjugação da tirosinase com AuNPs aumentou a afinidade para o substrato e também a eficiência catalítica, em todos os bionanoconjugados, sendo que os melhores resultados foram observados para AuNPs funcionalizadas com CALNN, aumentando cerca de 48% a eficiência catalítica relativamente à tirosinase na sua forma livre em solução. As AuNPs funcionalizadas com citrato apresentaram maior consistência de resultados relativamente ao aumento da velocidade inicial da reacção. A modelação computacional da tirosinase a pH 6,5 revelou que a carga superficial da enzima é maioritariamente negativa, dificultando a adsorção na superfície das AuNPs, podendo esta ocorrer em regiões de maior carga positiva localizadas na subunidade L ou englobando regiões da subunidade H.

A CMMI-compliant requirements management and development process

Requirements Engineering has been acknowledged an essential discipline for Software Quality. Poorly-defined processes for eliciting, analyzing, specifying and validating requirements can lead to unclear issues or misunderstandings on business needs and project’s scope. These typically result in customers’ non-satisfaction with either the products’ quality or the increase of the project’s budget and duration. Maturity models allow an organization to measure the quality of its processes and improve them according to an evolutionary path based on levels. The Capability Maturity Model Integration (CMMI) addresses the aforementioned Requirements Engineering issues. CMMI defines a set of best practices for process improvement that are divided into several process areas. Requirements Management and Requirements Development are the process areas concerned with Requirements Engineering maturity. Altran Portugal is a consulting company concerned with the quality of its software. In 2012, the Solution Center department has developed and applied successfully a set of processes aligned with CMMI-DEV v1.3, what granted them a Level 2 maturity certification. For 2015, they defined an organizational goal of addressing CMMI-DEV maturity level 3. This MSc dissertation is part of this organization effort. In particular, it is concerned with the required process areas that address the activities of Requirements Engineering. Our main goal is to contribute for the development of Altran’s internal engineering processes to conform to the guidelines of the Requirements Development process area. Throughout this dissertation, we started with an evaluation method based on CMMI and conducted a compliance assessment of Altran’s current processes. This allowed demonstrating their alignment with the CMMI Requirements Management process area and to highlight the improvements needed to conform to the Requirements Development process area. Based on the study of alternative solutions for the gaps found, we proposed a new Requirements Management and Development process that was later validated using three different approaches. The main contribution of this dissertation is the new process developed for Altran Portugal. However, given that studies on these topics are not abundant in the literature, we also expect to contribute with useful evidences to the existing body of knowledge with a survey on CMMI and requirements engineering trends. Most importantly, we hope that the implementation of the proposed processes’ improvements will minimize the risks of mishandled requirements, increasing Altran’s performance and taking them one step further to the desired maturity level.

Otimização automática de aplicações web usando templates client-side

O crescente poder computacional dos dispositivos móveis e a maior eficiência dos navegadores fomentam a construção de aplicações Web mais rápidas e fluídas, através da troca assíncrona de dados em vez de páginas HTML completas. A OutSystems Platform é um ambiente de desenvolvimento usado para a construção rápida e validada de aplicaçõesWeb, que integra numa só linguagem a construção de interfaces de utilizador, lógica da aplicação e modelo de dados. O modelo normal de interação cliente-servidor da plataforma é coerente com o ciclo completo de pedido-resposta, embora seja possível implementar, de forma explícita, aplicações assíncronas. Neste trabalho apresentamos um modelo de separação, baseado em análise estática sobre a definição de uma aplicação, entre os dados apresentados nas páginas geradas pela plataforma e o código correspondente à sua estrutura e apresentação. Esta abordagem permite a geração automática e transparente de interfaces de utilizador mais rápidas e fluídas, a partir do modelo de uma aplicação OutSystems. O modelo apresentado, em conjunto com a análise estática, permite identificar o subconjunto mínimo dos dados a serem transmitidos na rede para a execução de uma funcionalidade no servidor, e isolar a execução de código no cliente. Como resultado da utilização desta abordagem obtém-se uma diminuição muito significativa na transmissão de dados, e possivelmente uma redução na carga de processamento no servidor, dado que a geração das páginasWeb é delegada no cliente, e este se torna apto para executar código. Este modelo é definido sobre uma linguagem, inspirada na da plataforma OutSystems, a partir da qual é implementado um gerador de código. Neste contexto, uma linguagem de domínio específico cria uma camada de abstração entre a definição do modelo de uma aplicação e o respetivo código gerado, tornando transparente a criação de templates clientside e o código executado no cliente e no servidor.

State detection in a financial portfolio: a self-organizing maps approach for financial time series

This study analyses financial data using the result characterization of a self-organized neural network model. The goal was prototyping a tool that may help an economist or a market analyst to analyse stock market series. To reach this goal, the tool shows economic dependencies and statistics measures over stock market series. The neural network SOM (self-organizing maps) model was used to ex-tract behavioural patterns of the data analysed. Based on this model, it was de-veloped an application to analyse financial data. This application uses a portfo-lio of correlated markets or inverse-correlated markets as input. After the anal-ysis with SOM, the result is represented by micro clusters that are organized by its behaviour tendency. During the study appeared the need of a better analysis for SOM algo-rithm results. This problem was solved with a cluster solution technique, which groups the micro clusters from SOM U-Matrix analyses. The study showed that the correlation and inverse-correlation markets projects multiple clusters of data. These clusters represent multiple trend states that may be useful for technical professionals.

Análise e propostas de alteração ao modelo de abertura de lojas numa cadeia de franchising

O franchising é um modelo organizacional presente em diversos sectores da economia. A decisão de franquear um negócio está muitas vezes associada à política de expansão adotada, quer nacional, quer internacional. Note-se que este modelo constitui o pilar da internacionalização de empresas espalhadas por todo o mundo, como é o caso da McDonald’s. Além disso, surge como uma ferramenta ao dispor dos empreendedores, quer sejam franqueadores ou franqueados. Por um lado, é apontado como um meio de fazer face às restrições de capital a que os empreendedores franqueadores estão sujeitos. Por outro lado, permite aos empreendedores franqueados investir num modelo de negócio comprovado e assim reduzir o risco associado à iniciação de um novo negócio. Tal como de seria de esperar, também o franchising tem sido afetado pela atual conjuntura económico-financeira, sendo cada vez mais importante que os franqueadores desenvolvam mecanismos que permitam atrair um maior número de franqueados, como por exemplo, um maior apoio um maior apoio financeiro durante o investimento inicial. No entanto, uma das principais vantagens apontadas ao franchising para o franqueador é a utilização de capital e de trabalho dos franqueados para aumentar o tamanho da rede de franquia. Esta situação traduz-se num tradeoff para as entidades franqueadoras. Tendo em conta todos os aspetos apontados nos parágrafos anteriores e a exigência dos objetivos internos da organização em termos de número de lojas abertas, a entidade franqueadora em estudo está disposta a assumir um papel mais ativo durante o processo de abertura. Por um lado pretende incorrer num maior nível de investimento inicial de modo a conseguir atrair um maior número de franqueados, e por outro lado, pretende assumir as responsabilidades mais problemáticas do franqueado no momento de abertura, tornando assim o processo mais ágil. Posto isto, o principal objetivo da presente dissertação é analisar o modelo atual de abertura de lojas e apresentar um conjunto de propostas de alteração que vão ao encontro das indicações dadas pela entidade franqueadora. Uma das propostas apresentadas passa pela transferência de atividades do franqueado para o franqueador, bem como os seus respetivos custos. Outra das propostas, alternativa à primeira mas menos agressiva, passa pela transferência dessas mesmas atividades, no entanto o franqueador assume os custos no momento inicial e ajusta um modelo de pagamento com o franqueado ao longo dos anos de exploração. É apresentada ainda outra proposta relacionada com a diminuição da garantia bancária. É realizada uma análise económico-financeira das propostas apresentadas na perspetiva do franqueado e na perspetiva do franqueador. Pretende-se que os impactos sejam positivos para o franqueado, mas ao mesmo tempo que não diminuam significativamente a rentabilidade da entidade franqueadora. No final, são apresentadas propostas de trabalho futuro e as limitações ao estudo realizado.

Cellulose nanorods in liquid crystalline elastomers for improved actuators

Nanotechnology plays a central role in ‘tailoring’ materials’ properties and thus improving its performances for a wide range of applications. Coupling nature nano-objects with nanotechnology results in materials with enhanced functionalities. The main objective of this master thesis was the synthesis of nanocrystalline cellulose (NCCs) and its further incorporation in a cellulosic matrix, in order to produce a stimuli-responsive material to moisture. The induced behaviour (bending/unbending) of the samples was deeply investigated, in order to determine relationships between structure/properties. Using microcrystalline cellulose as a starting material, acid hydrolysis was performed and the NCC was obtained. Anisotropic aqueous solutions of HPC and NCC were prepared and films with thicknesses ranging from 22μm to 61μm were achieved, by using a shear casting technique. Microscopic and spectroscopic techniques as well as mechanical and rheological essays were used to characterize the transparent and flexible films produced. Upon the application of a stimulus (moisture), the bending/unbending response times were measured. The use of NCC allowed obtaining films with response times in the order of 6 seconds for the bending and 5 seconds for the unbending, improving the results previously reported. These promising results open new horizons for building up improved soft steam engines.

Desenvolvimento de uma aplicação Android para pacientes sob tratamento

Nos dias de hoje, as tecnologias deixaram de ser tabus para qualquer faixa etária, tor-nando-se uma necessidade emergente. Os smartphones estão entre os dispositivos mais utilizados pela população em geral no quotidiano. Adicionando aos novos estilos de vida atuais, a medicação diária também tem vindo a crescer nos últimos tempos, sendo esta utilizada em casos de hipertensão, colesterol elevado, diabetes ou outras doenças perpétuas, como também na toma de multivitamínicos, medicação para aumento de produtividade, contracetivos ou antibióticos e anti-inflamatórios em casos de constipa-ções ou gripes. Aliado a um estilo de vida célere, a toma de medicação no momento indicado facilmente é esquecida, tornando os tratamentos ineficientes. A aplicação “Hora do comprimido”, desenvolvida para dispositivos Android, permite auxiliar os utilizadores na toma da sua medicação, contínua ou temporária, facilitando o quotidiano do utilizador, viabilizando assim um tratamento completo, sem falhas nas tomas ou feitas fora de horas.

Estudo de desempenho de protocolos distribuídos de acesso ao meio em redes de rádio cognitivo

Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) - NEUF PTDC/EEA- TEL/120666/2010, ADIN PTDC/EEI-TEL/2990/2012 e MANY2COMWIN EXPL/EEI-TEL/0969/2013

Novo Software para análise do epitélio nasal humano

A discinesia ciliar primária (DCP) resulta de disfunção ciliar no ser humano, estando associada a um conjunto de sintomas muito diversificados. É uma doença respiratória rara caracterizada por infecções respiratórias, situs inversus, infertilidade e hidrocefalia. Em Portugal não existe nenhum centro de diagnóstico da doença. Mas a inten-ção de criar um surgiu, seguindo o método de centros de diagnóstico para DCP utilizado noutros países. Este diagnóstico consiste em recolher amostras dos cílios do nariz, através do método de escovagem nasal e obter a gravação do batimento das células ciliadas por uma câmara de alta velocidade acoplada a um microscópio com objectivas de alta resolução. É possível estudar a DCP através da análise do comportamento físico dos cílios, e, para uma melhor abordagem, foi desenvolvido um programa executável, em C#, para análise destas amostras. Este, após a escolha de uma zona de interesse da sequência de imagens pelo utilizador (ROI), detecta as frequências do bati-mento ciliar, indicando uma lista com as percentagens das frequências obtidas e cria um mapa de frequências do ROI. A ferramenta permite ainda calcular o comprimento do cílio e realizar um estudo do movimento do mesmo, algo que ainda não foi abordado por outros programas. O código desenvolvido permitirá, assim, obter um diagnóstico de DCP em Por-tugal, rápido e nalguns casos com um melhor desempenho do que a inspecção visual seguida noutros centros de diagnóstico.

Análise elementar em tecidos biológicos

Os elementos traço são elementos que existem no organismo humano e que se apresentam em concentrações variadas. A variação da concentração destes elementos pode levar a intoxicações ou mesmo à formação de tecidos cancerígenos no organismo humano. Neste trabalho efectuaram-se dois estudos de elementos traço no organismo, sendo que numa das situações foram utilizados ratos Wistar e na outra situação utilizaram-se amostras de tecidos humanos recolhidos em biópsias. Foi utilizada a técnica de fluorescência de raios-X na análise de tecidos, nomeadamente, a espectroscopia de micro-fluorecência de raios-X ( -XRF) e a espectroscopia de energia dispersiva de raios-X com um sistema tri-axial (EDXRF). No estudo dos ratosWistar, pretendeu-se analisar a intoxicação por chumbo no organismo através da adição de acetato de chumbo na água ingerida. Conclui-se deste estudo que existe uma correlação positiva entre a acumulação de chumbo no organismo e a sua excreção através das unhas e do pêlo, sendo que o pêlo poderá vir a servir como método de diagnóstico de intoxicação por metais pesados. No estudo de tecidos cancerígenos pretendeu-se observar as possíveis alterações de elementos no organismo quando o tecido contém uma neoplasia. Analisaram-se amostras de tecidos de rim, pulmão e cólon, saudáveis e com neoplasia e concluiu-se que efectivamente existem alterações nas concentrações de elementos traço de amostras saudáveis para amostras com neoplasia variando estas concentrações de tecido para tecido.

Energia fotovoltaica em edifício unifamiliar – análise custo benefício

Com o crescimento populacional tem-se verificado um aumento exagerado no consumo energético global, no qual Portugal é também um exemplo. O recurso à utilização de combustíveis fósseis como fonte para satisfazer as necessidades adicionais de energia, tem vindo a contribuir para uma aceleração do fenómeno das alterações climáticas, que promovem efeitos negativos sobre o planeta, onde uma das suas mais sentidas consequências é o aquecimento global. O sector dos edifícios, desde a construção à utilização, apresenta um elevado consumo de energia final, do qual metade corresponde ao sub-sector residencial. Este facto torna importante que se equacionem alternativas, e que sejam adoptadas medidas que possam contribuir para alcançar uma melhoria da eficiência e do desempenho energético dos edifícios. Os edifícios habitacionais, por terem o seu desempenho energético na fase de utilização muito dependente do comportamento dos utilizadores, são aqueles que maior consumo energético apresentam. Neste contexto, torna-se importante que sejam desenvolvidas iniciativas que visem melhorar o seu desempenho e que possam ver adoptadas medidas de reabilitação energéticas de modo passivo e activo. A procura por um balanço próximo do zero, entre necessidade de consumo, e potencial de produção local de energia, permite que se possam adoptar soluções alternativas de produção de energia, focadas em fontes renováveis. Contudo, é importante que as medidas a implementar, tanto nos novos como nos edifícios já existentes, tenham sempre como principal finalidade a melhoria das condições de conforto no seu interior e um elevado nível de desempenho energético. A introdução de soluções passíveis de reforço de isolamento, devem decorrer da introdução de soluções que podem ter auxílio na ferramenta da certificação energética como suporte. Porém, as soluções de complemento para o equilíbrio do balanço entre consumo e produção podem ser auxiliadas pela introdução de sistemas activos de produção de energia, impondo-se, no entanto, que ocorra um claro benefício económico da análise custo-benefício dos investimentos associados. A presente investigação procura, estudar o nível do contributo que pode resultar da introdução de um sistema solar fotovoltaico, num edifício de habitação unifamiliar e determinar o correspondente resultado para o equilíbrio do seu desempenho energético e nível de eficiência energética.

ClearPhoto - augmented photography

The widespread use of mobile devices has made known to the general public new areas that were hitherto confined to specialized devices. In general, the smartphone came to give all users the ability to execute multiple tasks, and among them, take photographs using the integrated cameras. Although these devices are continuously receiving improved cameras, their manufacturers do not take advantage of their full potential, since the operating systems normally offer simple APIs and applications for shooting. Therefore, taking advantage of this environment for mobile devices, we find ourselves in the best scenario to develop applications that help the user obtaining a good result when shooting. In an attempt to provide a set of techniques and tools more applied to the task, this dissertation presents, as a contribution, a set of tools for mobile devices that provides information in real-time on the composition of the scene before capturing an image. Thus, the proposed solution gives support to a user while capturing a scene with a mobile device. The user will be able to receive multiple suggestions on the composition of the scene, which will be based on rules of photography or other useful tools for photographers. The tools include horizon detection and graphical visualization of the color palette presented on the scenario being photographed. These tools were evaluated regarding the mobile device implementation and how users assess their usefulness.