A Study of the Molecular Basis of Microvariants at the FGA and D21S11 Loci Used in Forensic DNA Testing

Microvariant alleles, defined as alleles that contain an incomplete repeat unit, often complicate the process of DNA analysis. Understanding the molecular basis of microvariants would help to catalogue results and improve upon the analytical process involved in DNA testing. The first step is to determine the sequence/cause of a microvariant. This was done by sequencing samples that were determined to have a microvariant at the FGA or D21S11 loci. The results indicate that a .2 microvariant at the D21S11 locus is caused by a -TA- dinucleotide partial repeat before the last full TCTA repeat. The .2 microvariant at the FGA locus is caused by a -TT- dinucleotide partial repeat after the fifth full repeat and before the variable CTTT repeat motif. There are several possibilities for the reason the .2 microvariants are all the same at a locus, each of which carry implications on the forensic community. The first possibility is that the microvariants are identical by descent, which means that the microvariant is an old allele that has been passed down through the generations. The second possibility is that the microvariants are identical by state, which would mean that there is a mechanism selecting for these microvariants. Future research studying the flanking regions of these microvariants is proposed to determine which of these possibilities is the actual cause and to learn more about the molecular basis of microvariants.

Yield prediction and inbreeding of maize synthetics generated with lines and single crosses : classic probability

reduce costs and labor associated with predicting the genotypic mean (GM) of a synthetic variety (SV) of maize (Zea mays L.), breeders can develop SVs from L lines and s single crosses (SynL,SC) instead of L+2s lines (SynL). The objective of this work was to derive and study formulae for the inbreeding coefficient (IC) and GM of SynL,SC, SynL, and the SV derived from (L+2s)/2 single crosses (SynSC). All SVs were derived from the same L+2s unrelated lines whose IC is FL, and each parent of a SV was represented by m plants. An a priori probability equation for the IC was used. Important results were: 1) the largest and smallest GMs correspond to SynL and SynL,SC, respectively; 2) the GM predictors with the largest and intermediate precision are those for SynL and SynL,SC, respectively; 3) only when FL=1, or m is large, SynL and SynSC are the same population, but only with SynSC prediction costs and labor undergo the maximum decrease, although its prediction precision is the lowest. To determine the SV to be developed, breeders should also consider the availability of lines, single crosses, manpower and land area; besides budget, target farmers, target environments, etc.

La construcción interactiva de la identidad en la entrevista periodística de humor : Categorías, ejecución y marcos

La identidad en la interacción ha sido objeto de numerosos estudios dentro de la Etnometodología. Esta investigación busca combinar los métodos de investigación del MCA (Membership Categorization Analysis) con la teoría de la ejecución y el concepto de alternancia de marcos para explicar el despliegue dinámico de la identidad de los participantes en entrevistas transcriptas. Utilizando los recursos retóricos, lingüísticos y discursivos que tienen a su disposición, los participantes construyen colaborativamente diferentes identidades para sí mismos y para el otro en el curso de la interacción, que están disponibles para la audiencia en la versión escrita. Los resultados muestran que el entrevistador construye su identidad posicionándose como performer o ejecutante (en el sentido de Bauman) frente a la audiencia (los futuros lectores de la entrevista) y a su entrevistado del momento, y alternando estratégicamente entre el marco humorístico y el marco serio. El entrevistador emplea una serie de recursos retóricos, discursivos y lingüísticos para producir el efecto cómico que ayudan a constituir su identidad como transgresor e ingenioso. Por otra parte, la identidad de los entrevistados se construye a través de procesos de auto y heterocategorización.

Identidades enlazadas : Memoria, democracia e indignación: diálogos intergeneracionales en la España del siglo XXI

Este artículo estudia las razones culturales por las que una nueva generación de escritores en España decide investigar un pasado que, pormotivos biológicos, nunca vivieron. Según mi hipótesis de trabajo, este interés nace de la constatación de un vacío de causas y de una necesidad de identificación histórica. El sujeto, por lo tanto, pasará a definir su identidad enlazando los discursos que el pasado le ofrece

Identidades enlazadas : Memoria, democracia e indignación: diálogos intergeneracionales en la España del siglo XXI

Este artículo estudia las razones culturales por las que una nueva generación de escritores en España decide investigar un pasado que, pormotivos biológicos, nunca vivieron. Según mi hipótesis de trabajo, este interés nace de la constatación de un vacío de causas y de una necesidad de identificación histórica. El sujeto, por lo tanto, pasará a definir su identidad enlazando los discursos que el pasado le ofrece

La construcción interactiva de la identidad en la entrevista periodística de humor : Categorías, ejecución y marcos

La identidad en la interacción ha sido objeto de numerosos estudios dentro de la Etnometodología. Esta investigación busca combinar los métodos de investigación del MCA (Membership Categorization Analysis) con la teoría de la ejecución y el concepto de alternancia de marcos para explicar el despliegue dinámico de la identidad de los participantes en entrevistas transcriptas. Utilizando los recursos retóricos, lingüísticos y discursivos que tienen a su disposición, los participantes construyen colaborativamente diferentes identidades para sí mismos y para el otro en el curso de la interacción, que están disponibles para la audiencia en la versión escrita. Los resultados muestran que el entrevistador construye su identidad posicionándose como performer o ejecutante (en el sentido de Bauman) frente a la audiencia (los futuros lectores de la entrevista) y a su entrevistado del momento, y alternando estratégicamente entre el marco humorístico y el marco serio. El entrevistador emplea una serie de recursos retóricos, discursivos y lingüísticos para producir el efecto cómico que ayudan a constituir su identidad como transgresor e ingenioso. Por otra parte, la identidad de los entrevistados se construye a través de procesos de auto y heterocategorización.

Identidades enlazadas : Memoria, democracia e indignación: diálogos intergeneracionales en la España del siglo XXI

Este artículo estudia las razones culturales por las que una nueva generación de escritores en España decide investigar un pasado que, pormotivos biológicos, nunca vivieron. Según mi hipótesis de trabajo, este interés nace de la constatación de un vacío de causas y de una necesidad de identificación histórica. El sujeto, por lo tanto, pasará a definir su identidad enlazando los discursos que el pasado le ofrece

Identidades enlazadas : Memoria, democracia e indignación: diálogos intergeneracionales en la España del siglo XXI

Este artículo estudia las razones culturales por las que una nueva generación de escritores en España decide investigar un pasado que, pormotivos biológicos, nunca vivieron. Según mi hipótesis de trabajo, este interés nace de la constatación de un vacío de causas y de una necesidad de identificación histórica. El sujeto, por lo tanto, pasará a definir su identidad enlazando los discursos que el pasado le ofrece

La construcción interactiva de la identidad en la entrevista periodística de humor : Categorías, ejecución y marcos

La identidad en la interacción ha sido objeto de numerosos estudios dentro de la Etnometodología. Esta investigación busca combinar los métodos de investigación del MCA (Membership Categorization Analysis) con la teoría de la ejecución y el concepto de alternancia de marcos para explicar el despliegue dinámico de la identidad de los participantes en entrevistas transcriptas. Utilizando los recursos retóricos, lingüísticos y discursivos que tienen a su disposición, los participantes construyen colaborativamente diferentes identidades para sí mismos y para el otro en el curso de la interacción, que están disponibles para la audiencia en la versión escrita. Los resultados muestran que el entrevistador construye su identidad posicionándose como performer o ejecutante (en el sentido de Bauman) frente a la audiencia (los futuros lectores de la entrevista) y a su entrevistado del momento, y alternando estratégicamente entre el marco humorístico y el marco serio. El entrevistador emplea una serie de recursos retóricos, discursivos y lingüísticos para producir el efecto cómico que ayudan a constituir su identidad como transgresor e ingenioso. Por otra parte, la identidad de los entrevistados se construye a través de procesos de auto y heterocategorización.

A geomorphological seabed classification for the Weddell Sea, Antarctica, with links to ArcGIS project files

Sea floor morphology plays an important role in many scientific disciplines such as ecology, hydrology and sedimentology since geomorphic features can act as physical controls for e.g. species distribution, oceanographically flow-path estimations or sedimentation processes. In this study, we provide a terrain analysis of the Weddell Sea based on the 500 m × 500 m resolution bathymetry data provided by the mapping project IBCSO. Seventeen seabed classes are recognized at the sea floor based on a fine and broad scale Benthic Positioning Index calculation highlighting the diversity of the glacially carved shelf. Beside the morphology, slope, aspect, terrain rugosity and hillshade were calculated. Applying zonal statistics to the geomorphic features identified unambiguously the shelf edge of the Weddell Sea with a width of 45-70 km and a mean depth of about 1200 m ranging from 270 m to 4300 m. A complex morphology of troughs, flat ridges, pinnacles, steep slopes, seamounts, outcrops, and narrow ridges, structures with approx. 5-7 km width, build an approx. 40-70 km long swath along the shelf edge. The study shows where scarps and depressions control the connection between shelf and abyssal and where high and low declination within the scarps e.g. occur. For evaluation purpose, 428 grain size samples were added to the seabed class map. The mean values of mud, sand and gravel of those samples falling into a single seabed class was calculated, respectively, and assigned to a sediment texture class according to a common sediment classification scheme.

Pollen records from Elbe-Weser Dreieck

A long-running interdisciplinary research project on the development of landscape, prehistoric habitation and the history of vegetation within a "siedlungskammer" (limited habitation areal from neolithic to modern times has been carried out in the NW German lowlands, The siedlungskammer Flögeln is situated between the rivers Weser and EIbe and comprises about 23.5 km^2. It is an isolated pleistocene area surrounded by bogs, the soils consisting mainly of poor sands. In this siedlungskammer large-seale archaeological excavations and mappings have been performed, parallel to pedological, historical and above all pollen analytical investigations. The aim of the project is to record the individual phases in time, to delimit the respective settlement areas and to reconstruct the conditions of life and economy for each time period. A dense network of 10 pollen diagrams has been constructed. Several of them derive from the marginal area and from the centre of the large raised bog north of the siedlungskammer. These diagrams reflect the history of vegetation and habitation of a large region; due to the large pollen source area the habitation phases in the diagrams are poorly defined. Even in the utmost marginal diagram of this woodless bog, a great village with adjoining fields, situated only 100 m away from it, is registered with only low values of anthropogenic indicators. In contrast to this, the numerous pollen diagrams from kettle-hole bogs inside the siedlungskammer yield an exact picture of the habitation of the siedlungskammer and their individual parts. Early traces of habitation can be identified in the pollen diagram soon after the elm decline (around 5190 BP). Some time later in the middle neolithic period there follows a marked habitation phase, which starts between 4500 and 4400 BP and reflects the immigration of the trichterbecher culture. It corresponds to the landnam phase of Iversen in Denmark and begins with a sharp decline of the pollen curves of lime and oak, followed by the increase of anthropogenic indicators pointing to arable and pastural farming. High values of wild grasses and Calluna witness extensive forest grazing. This middle to late neolithic habitation is also registered archaeologically by settlements and numerous graves. After low human activity during Bronze Age and Older Iron Age times the archaeological and pollen analytical records of Roman and Migration periods is again very strong. This is followed by a gap in habitation during the 6th and 7th centuries and afterwards in the western part of the siedlungskammer from about 700 AD until the 14th century by the activity of the medieval village of Dalem, that was also excavated and whose fields were recorded by phosphate mapping to a size of 117 hectares. This medieval settlement phase is marked by much cereal cultivation (mainly rye). The dense network of pollen diagrams offers an opportunity to register the dispersion of the anthropogenic indicators from the areas of settlement to different distances and thus to obtain quantitative clues for the assessment of these anthropogenic indicators in pollen diagrams. In fig. 4 the reflection of the neolithic culture in the kettle-hole bogs and the large raised bog is shown in 3 phases: a) pre landnam, b) TRB-landnam, c) post landnam. Among arboreal pollen the reaction of Quercus is sharp close to the settlement but is not found at more distant profiles, whilst in contrast to this Tilia shows a significant decline even far away from the settlements. The record of most anthropogenic indicators outside the habitation area is very low, in particular cereal pollen is poorly dispersed; much more certain as an indicator for habitation (also for arable farming!) is Plantago lanceolata. A strong increase of wild grasses (partly Calluna aswell) some distance from the habitation areas indicates far reaching forest grazing. Fig. 5 illustrates the reflection of the anthropogenie indicators from the medieval village Dalem. In this instance the field area could be mapped exactly using phosphate investigations, and it has been possible to indicate the precise distances of the profile sites from the medieval fields. Here also, there is a clear correlation between decreasing anthropogenic indicators and increasing distance. In a kettle-hole bog (FLH) a distance of 3000 m away this marked settlement phase is not registered. The contrast between the pollen diagrams SWK and FLH (fig. 2 + 3, enclosure), illustrates the strong differences between diagrams from kettlehole bogs close to and distant from the settlements, for the neolithic as well as for the medieval period. On the basis of the examples presented here, implications concerning the interpretation of pollen diagrams with respect to habitation phases are discussed.

Solución para la delegación de identidad en Sistemas de Gestión de Identidad paneuropeos basada en infraestructuras de certificación y lenguajes formales de asertos de seguridad

La estrategia i2010 de la UE tiene como objetivo garantizar el liderazgo europeo en materia de TIC y poner los beneficios de la Sociedad de la Información al servicio de la economía, la sociedad y la calidad de vida personal, teniendo presente que los éxitos de Europa hasta la fecha se han basado en favorecer la competencia leal en los mercados de las telecomunicaciones y crear un mercado sin fronteras para contenidos y medios de comunicación digitales. En esta línea, la Comisión Europea ha establecido que los distintos estados miembros deben contribuir activamente al desarrollo y uso seguro de los servicios telemáticos entre sus ciudadanos. Más concretamente, atribuye a las Administraciones Públicas, tanto a nivel nacional, regional como local, un papel dinamizador de la Sociedad de la Información que les obliga a ofrecer paulatinamente todos los actos administrativos a los ciudadanos a través de Internet. Como primer paso para el uso seguro de los servicios telemáticos que ofrecen las instituciones públicas se hace preciso dotar a los ciudadanos de una identidad digital que les permita identificarse ante un Proveedor de Servicio o ante otros ciudadanos de manera inequívoca. Por esta razón, la mayoría de países europeos – y otros en el resto del mundo – están promoviendo, sistemas fiables de gestión de identidad electrónica (eIDM), de tal manera que los ciudadanos, las empresas y departamentos gubernamentales (incluso en Estados miembros diferentes) pueden identificar y certificar sus operaciones con precisión, rapidez y sencillez. Sin embargo, la gestión de esta identidad por las Administraciones Públicas supone un importante desafío, acentuado cuando se hace necesaria la interoperabilidad entre Administraciones de diferentes países, puesto que personas y entidades tienen credenciales de identificación diferentes en función de su propio marco jurídico nacional. Consciente del problema, en la Unión Europea se han puesto en marcha una serie de proyectos con el objetivo de conseguir la interoperabilidad de los eIDMs entre las instituciones públicas de diferentes Estados miembros. A pesar de ello, las soluciones adoptadas hasta la fecha son insuficientes porque no prevén todos los posibles casos de interacción del usuario con las instituciones. En concreto, no tienen en cuenta un aspecto muy importante que se ofrece en los distintos sistemas jurídicos nacionales, a saber, la delegación de la identidad, mediante la cual un ciudadano puede autorizar a otro para que actúe en su nombre para acceder a determinados servicios prestados por las instituciones públicas. En esta tesis se realizan un conjunto de aportaciones que dan solución a distintos aspectos de los problemas planteados y que, de forma conjunta, permiten la interoperabilidad y la delegación de identidad en determinados Sistemas de Gestión de Identidad aplicados al entorno de las Administraciones Públicas. En el caso de la delegación, se ha definido un sistema de delegación dinámica de identidad entre dos entidades genéricas que permite solucionar el problema del acceso delegado a los servicios telemáticos ofrecidos por las Administraciones Públicas. La solución propuesta se basa en la generación de un token de delegación, constituido a partir de un Certificado Proxy, que permite a la entidad que delega establecer la delegación de identidad en otra entidad en base a un subconjunto de sus atributos como delegador, estableciendo además, en el propio token de delegación, restricciones en el conjunto de servicios accesibles a la entidad delegada y el tiempo de validez de la delegación. Adicionalmente, se presentan los mecanismos necesarios tanto para poder revocar un token de delegación como para comprobar sin un token de delegación ha sido o no revocado. Para ello se propone una solución para la identificación unívoca de tokens de delegación y la creación de una nueva entidad denominada Autoridad de Revocación de Tokens de Delegación. Entre las características del sistema de delegación propuesto destaca el que es lo suficientemente seguro como para ser utilizado en el entorno de la Administración Pública, que no requiere el uso de mecanismos off‐line para la generación de la delegación y que se puede realizar la delegación de forma instantánea y sin la necesidad de trámites complejos o la participación de un elevado número de entidades. Adicionalmente, el token de delegación propuesto es perfectamente integrable en las infraestructura de clave pública actual lo que hace que, dado que gran parte de las Administraciones Públicas europeas basan sus sistemas de identidad digital en el uso de la PKI y certificados de identidad X.509, la solución pueda ser puesta en marcha en un entorno real sin necesidad de grandes cambios o modificaciones de comportamiento. En lo referente a la interoperabilidad, se realiza un análisis exhaustivo y la correspondiente evaluación de las principales propuestas de Sistemas de Gestión de Identidad orientados a conseguir la interoperabilidad realizadas hasta la fecha en el marco de la Unión Europea y se propone, a alto nivel, una arquitectura de interoperabilidad para la gestión de identidad en las Administraciones Públicas. Dicha arquitectura es lo suficientemente genérica como para poder ser aplicada tanto en el entorno pan‐Europeo como en los entornos nacionales, autonómicos y locales, de tal forma que la interoperabilidad en la gestión de la identidad esté garantizada en todos los niveles de la Administración Pública. Por último, mediante la integración de la solución de delegación dinámica de identidad y la arquitectura de interoperabilidad propuestas se presenta una solución al problema de la delegación en un escenario pan‐Europeo de gestión de identidad, dando lugar a una arquitectura global de interoperabilidad pan‐Europea con soporte a la delegación de identidad. SUMMARY The i2010 European Union Plan aims to ensure European leadership in ICT and to promote the positive contribution that information and communication technologies can make to the economic, social and personal quality of life, bearing in mind that, to date, success in Europe has been based on promoting fair competition in telecommunications markets and on creating a borderless market for contents and digital media. In this line, the European Commission has established that the different member states should contribute actively to the development and secure use of telematic services among their citizens. More specifically, it is attributed to national, regional and local Public Administrations to have a supportive role of the Information Society, requiring them to gradually provide the citizens with Internet‐based access to all administrative procedures acts. As a first step for the secure use of telematic services offered by public institutions, it is necessary to provide the citizens with a digital identity to enable them to identify themselves unequivocally to a Service Provider or to other citizens. For this reason, most European countries ‐ and others in the rest of the world ‐ are promoting reliable systems for managing electronic identity (eIDM), so that citizens, businesses and government departments (even in different Member States) can identify and certify their operations with precision, speed and simplicity. However, the identity management by Public Administrations is a major challenge that becomes more difficult when interoperability between administrations of different countries is needed, due to the fact that individuals and entities have different identification credentials according to their own national legal framework. Aware of the problem, the European Union has launched a series of projects with the aim of achieving interoperability of eIDMs between public institutions of different Member States. However, the solutions adopted to date are insufficient because they do not foresee all possible cases of user interaction with the institutions. In particular, solutions do not take into account a very important aspect that is offered in different national legal systems, namely, the delegation of identity, by which a citizen can authorize another to act on his/her behalf to access certain services provided by public institutions. In this thesis a collection of contributions that provide solution to different aspects of the aforementioned problems are carried out. The solutions, in global, enable interoperability and identity delegation in some of the Identity Management Systems applied to Public Administration environment. In the case of delegation, a dynamic identity delegation system between generic entities is defined. This system makes it possible to solve the problem of delegated access to telematic services offered by Public Administrations. The proposed solution is based on the generation of a piece of information called delegation token. This delegation token, derived from a Proxy Certificate, allows the establishment of identity delegation by an entity that delegates (delegator) in other entity (delegatee) making use of a subset of delegator attributes. It also establishes restrictions on services that can be used by the delegated entity and the expiry date of delegation. In addition to this, the mechanisms necessary to revoke and check the revocation status of a delegation token are presented. To do this, a solution to univocally identify delegation tokens and the creation of a completely new entity, called Token Delegation Revocation Authority, are proposed. The most remarkable characteristics of the proposed delegation system are its security, enough for it to be used in the Public Administration environment, the fact that it does not require off‐line processes in order to generate the delegation, and the possibility of performing the delegation instantaneously and without neither complex processes nor the intervention of a large number of entities. The proposed delegation token can be completely incorporated into current Public Key Infrastructure (PKI). Thus, since most of the European Public Administrations base their digital identity systems on PKI and X.509 identity certificates, the solution can be adopted in a real environment without great changes or performance modifications. Regarding interoperability, an exhaustive analysis and evaluation of most significant proposals on Identity Management Systems that aim to achieve interoperability carried out in the European Union framework until now are performed. A high level identity management interoperability architecture for Public Administrations is also proposed. This architecture is sufficiently generic to be applied to both pan‐European environment and national, regional or local environments, thus interoperability in identity management at all Public Administration levels is guaranteed. Finally, through the integration of the proposed dynamic identity delegation solution and the high level interoperability architecture, a solution to the problem of identity delegation in a pan‐European identity management environment is suggested, leading to a pan‐European global interoperability architecture with identity delegation support.

Evaluación del ruido ambiental en espacios naturales protegidos: implicaciones para su gestión

Esta Tesis Doctoral trata sobre la caracterización acústica de los ecosistemas naturales y la evaluación del impacto ambiental del ruido antropogénico sobre sus potenciales receptores en estos lugares, incluidos los receptores no humanos y sus efectos ecológicos, además, analiza las implicaciones para su gestión a distintas escalas y se lleva a cabo una valoración económica. Este trabajo ofrece soluciones para caracterizar los paisajes sonoros de forma compatible con distintas escalas de trabajo, nivel de esfuerzo técnico y en contextos de recursos limitados que haga viable su tratamiento como cualquier otra variable ambiental en el ámbito de la conservación y gestión del medio natural. Se han adaptado herramientas y metodologías propias de disciplinas como la acústica ambiental, bioacústica y ecología del paisaje, para servir a los objetivos específicos de la evaluación y gestión de los paisajes sonoros y el ruido ambiental en amplias extensiones geográficas. Se ha establecido un método general de muestreo sistemático para trabajo de campo y también se han adaptado métodos de modelización informática, que permiten analizar escenarios sonoros dinámicos en el tiempo y en el espacio, desde localizaciones puntuales hasta la escala del paisaje. Es posible elaborar cartografía ambiental con esta información y se ha representado gráficamente la zona de influencia de distintas fuentes de ruido sobre la calidad de distintos hábitats faunísticos. Se recomienda el uso del indicador del nivel de presión sonora equivalente (Leq) por su operatividad en medición y modelización, y su adaptabilidad a cualquier dimensión espacial y temporal que se requiera, por ejemplo en función del paisaje, actividades o especies que se establezcan como objeto de análisis. Se ha comprobado que las voces y conversaciones de parte de los excursionistas en zonas de reposo, observación y descanso (Laguna Grande de Peñalara) es la fuente de ruido que con mayor frecuencia identifican los propios visitantes (51%) y causa un incremento del nivel de presión sonora equivalente de unos 4,5 dBA sobre el nivel correspondiente al ambiente natural (Lnat). También se ha comprobado que carreteras con bajo nivel de tráfico (IMD<1000) pueden causar estrés fisiológico sobre la fauna y afectar a la calidad de sus hábitats. La isófona de 30 dBA del índice Leq (24h) permite dividir a los corzos de la zona de estudio en dos grupos con diferente nivel de estrés fisiológico, más elevado en los que se sitúan más cerca de la carretera con mayor volumen de tráfico y se expone a mayores niveles de ruido. Por otro lado, ha sido posible delimitar una zona de exclusión para la nidificación de buitre negro alrededor de las carreteras, coincidente con la isófona Leq (24h) de 40 dBA que afecta al 11% de su hábitat potencial. Además se ha llevado a cabo una novedosa valoración económica de la contaminación acústica en espacios naturales protegidos, mediante el análisis de la experiencia sonora de los visitantes del antiguo Parque Natural de Peñalara, y se ha constatado su disposición al pago de una entrada de acceso a estos lugares (aproximadamente 1 euro) si redundara en una mejora de su estado de conservación. En conclusión, los espacios naturales protegidos pueden sufrir un impacto ambiental significativo causado por fuentes de ruido localizadas en su interior pero también lejanas a ellos, que se sitúan fuera del ámbito de competencias de sus gestores. Sucesos sonoros como el sobrevuelo de aviones pueden incrementar en aproximadamente 8 dBA el nivel de referencia Lnat en las zonas tranquilas del parque. Se recomienda llevar a cabo una gestión activa del medio ambiente sonoro y se considera necesario extender la investigación sobre los efectos ecológicos del ruido ambiental a otros lugares y especies animales. ABSTRACT This PhD Thesis deals with acoustic characterization of natural ecosystems and anthropogenic noise impact assessment on potential receivers, including non-human receivers and their ecological effects. Besides, its management implications at different scales are analyzed and an economic valuation is performed. This study provides solutions for characterizing soundscapes in a compatible way with different working scales, level of technical effort and in a context of limited resources, so its treatment becomes feasible as for any other environmental variable in conservation and environmental management. Several tools and methodologies have been adapted from a variety of disciplines such as environmental acoustics, bioacoustics and landscape ecology, to better serve the specific goals of assessing and managing soundscapes and environmental noise in large areas. A procedure has been established for systematic field measurement surveys and noise common computer modelling methods have also been adapted in order to analyze dynamic soundscapes across time and space, from local to landscape scales. It is possible to create specific thematic cartography as for instance delimiting potential influence zone from different noise sources on animal habitats quality. Use of equivalent continuous sound pressure level index (Leq) is recommended because it provides great flexibility in operation for noise measurement and modelling, and because of its adaptability to any required temporal and spatial dimension, for instance landscape, activities or the target species established as study subjects. It has been found that human voices and conversations in a resting and contemplation area (Laguna Grande de Peñalara) is the most frequently referred noise source by national park visitors (51 %) when asked. Human voices alter this recreational area by increasing the sound pressure level approximately 4.5 dBA over the natural ambient level (Lnat). It has also been found that low traffic roads (AADT<1000 ) may cause physiological stress on wildlife and affect the quality of their habitats. It has also been possible to define a road-effect zone by noise mapping, which suggests an effective habitat loss within the Leq (24h) 30 dBA isophone in case of Roe deer and also divide the study area in two groups with different physiological stress level, higher for those exposed to higher noise levels and traffic volume. On the other hand, it has been possible to determine an exclusion area for Cinereous vulture nesting surrounding roads which is coincident with the Leq (24h) 40 dBA isophone and affects 11 % of the vulture potential habitat. It has also been performed an economic estimation of noise pollution impact on visitors’ perception and results showed that visitors would be willing to pay an entrance fee of approximately 1 euro if such payment is really bringing an improvement of the conservation status. In conclusion, protected areas may be significantly affected by anthropogenic noise sources located within the park borders but perturbations may also be caused by large-distance noise sources outside the park managers’ jurisdiction. Aircraft overflight events disrupted quietness and caused Leq increases of almost 8 dBA during a monitoring period with respect to Lnat reference levels in the park quiet areas. It is recommended to actively manage the acoustic environment. Finally, further research on ecological impacts of environmental noise needs to be extended to other species and places.

Correction of the Colour Variations under Uncontrolled Lighting Conditions

Esta tesis trata sobre métodos de corrección que compensan la variación de las condiciones de iluminación en aplicaciones de imagen y video a color. Estas variaciones hacen que a menudo fallen aquellos algoritmos de visión artificial que utilizan características de color para describir los objetos. Se formulan tres preguntas de investigación que definen el marco de trabajo de esta tesis. La primera cuestión aborda las similitudes que se dan entre las imágenes de superficies adyacentes en relación a su comportamiento fotométrico. En base al análisis del modelo de formación de imágenes en situaciones dinámicas, esta tesis propone un modelo capaz de predecir las variaciones de color de la región de una determinada imagen a partir de las variaciones de las regiones colindantes. Dicho modelo se denomina Quotient Relational Model of Regions. Este modelo es válido cuando: las fuentes de luz iluminan todas las superficies incluídas en él; estas superficies están próximas entre sí y tienen orientaciones similares; y cuando son en su mayoría lambertianas. Bajo ciertas circunstancias, la respuesta fotométrica de una región se puede relacionar con el resto mediante una combinación lineal. No se ha podido encontrar en la literatura científica ningún trabajo previo que proponga este tipo de modelo relacional. La segunda cuestión va un paso más allá y se pregunta si estas similitudes se pueden utilizar para corregir variaciones fotométricas desconocidas en una región también desconocida, a partir de regiones conocidas adyacentes. Para ello, se propone un método llamado Linear Correction Mapping capaz de dar una respuesta afirmativa a esta cuestión bajo las circunstancias caracterizadas previamente. Para calcular los parámetros del modelo se requiere una etapa de entrenamiento previo. El método, que inicialmente funciona para una sola cámara, se amplía para funcionar en arquitecturas con varias cámaras sin solape entre sus campos visuales. Para ello, tan solo se necesitan varias muestras de imágenes del mismo objeto capturadas por todas las cámaras. Además, este método tiene en cuenta tanto las variaciones de iluminación, como los cambios en los parámetros de exposición de las cámaras. Todos los métodos de corrección de imagen fallan cuando la imagen del objeto que tiene que ser corregido está sobreexpuesta o cuando su relación señal a ruido es muy baja. Así, la tercera cuestión se refiere a si se puede establecer un proceso de control de la adquisición que permita obtener una exposición óptima cuando las condiciones de iluminación no están controladas. De este modo, se propone un método denominado Camera Exposure Control capaz de mantener una exposición adecuada siempre y cuando las variaciones de iluminación puedan recogerse dentro del margen dinámico de la cámara. Los métodos propuestos se evaluaron individualmente. La metodología llevada a cabo en los experimentos consistió en, primero, seleccionar algunos escenarios que cubrieran situaciones representativas donde los métodos fueran válidos teóricamente. El Linear Correction Mapping fue validado en tres aplicaciones de re-identificación de objetos (vehículos, caras y personas) que utilizaban como caracterísiticas la distribución de color de éstos. Por otra parte, el Camera Exposure Control se probó en un parking al aire libre. Además de esto, se definieron varios indicadores que permitieron comparar objetivamente los resultados de los métodos propuestos con otros métodos relevantes de corrección y auto exposición referidos en el estado del arte. Los resultados de la evaluación demostraron que los métodos propuestos mejoran los métodos comparados en la mayoría de las situaciones. Basándose en los resultados obtenidos, se puede decir que las respuestas a las preguntas de investigación planteadas son afirmativas, aunque en circunstancias limitadas. Esto quiere decir que, las hipótesis planteadas respecto a la predicción, la corrección basada en ésta y la auto exposición, son factibles en aquellas situaciones identificadas a lo largo de la tesis pero que, sin embargo, no se puede garantizar que se cumplan de manera general. Por otra parte, se señalan como trabajo de investigación futuro algunas cuestiones nuevas y retos científicos que aparecen a partir del trabajo presentado en esta tesis. ABSTRACT This thesis discusses the correction methods used to compensate the variation of lighting conditions in colour image and video applications. These variations are such that Computer Vision algorithms that use colour features to describe objects mostly fail. Three research questions are formulated that define the framework of the thesis. The first question addresses the similarities of the photometric behaviour between images of dissimilar adjacent surfaces. Based on the analysis of the image formation model in dynamic situations, this thesis proposes a model that predicts the colour variations of the region of an image from the variations of the surrounded regions. This proposed model is called the Quotient Relational Model of Regions. This model is valid when the light sources illuminate all of the surfaces included in the model; these surfaces are placed close each other, have similar orientations, and are primarily Lambertian. Under certain circumstances, a linear combination is established between the photometric responses of the regions. Previous work that proposed such a relational model was not found in the scientific literature. The second question examines whether those similarities could be used to correct the unknown photometric variations in an unknown region from the known adjacent regions. A method is proposed, called Linear Correction Mapping, which is capable of providing an affirmative answer under the circumstances previously characterised. A training stage is required to determine the parameters of the model. The method for single camera scenarios is extended to cover non-overlapping multi-camera architectures. To this extent, only several image samples of the same object acquired by all of the cameras are required. Furthermore, both the light variations and the changes in the camera exposure settings are covered by correction mapping. Every image correction method is unsuccessful when the image of the object to be corrected is overexposed or the signal-to-noise ratio is very low. Thus, the third question refers to the control of the acquisition process to obtain an optimal exposure in uncontrolled light conditions. A Camera Exposure Control method is proposed that is capable of holding a suitable exposure provided that the light variations can be collected within the dynamic range of the camera. Each one of the proposed methods was evaluated individually. The methodology of the experiments consisted of first selecting some scenarios that cover the representative situations for which the methods are theoretically valid. Linear Correction Mapping was validated using three object re-identification applications (vehicles, faces and persons) based on the object colour distributions. Camera Exposure Control was proved in an outdoor parking scenario. In addition, several performance indicators were defined to objectively compare the results with other relevant state of the art correction and auto-exposure methods. The results of the evaluation demonstrated that the proposed methods outperform the compared ones in the most situations. Based on the obtained results, the answers to the above-described research questions are affirmative in limited circumstances, that is, the hypothesis of the forecasting, the correction based on it, and the auto exposure are feasible in the situations identified in the thesis, although they cannot be guaranteed in general. Furthermore, the presented work raises new questions and scientific challenges, which are highlighted as future research work.

Estimación del coste de almacenamiento de una solución de preservación de la privacidad en archivos BAM reales

A menudo los científicos secuencian el ADN de un gran número de personas con el objetivo de determinar qué genes se asocian con determinadas enfermedades. Esto permite meóon del genoma humano. El precio de un perfil genómico completo se ha posicionado por debajo de los 200 dólares y este servicio lo ofrecen muchas compañías, la mayor parte localizadas en EEUU. Como consecuencia, en unos pocos a~nos la mayoría de las personas procedentes de los países desarrollados tendrán los medios para tener su ADN secuenciado. Alrededor del 0.5% del ADN de cada persona (que corresponde a varios millones de nucleótidos) es diferente del genoma de referencia debido a variaciones genéticas. Así que el genoma contiene información altamente sensible y personal y representa la identidad biológica óon sobre el entorno o estilo de vida de uno (a menudo facilmente obtenible de las redes sociales), sería posible inferir el fenotipo del individuo. Multiples GWAS (Genome Wide Association Studies) realizados en los últimos a~nos muestran que la susceptibilidad de un paciente a tener una enfermedad en particular, como el Alzheimer, cáncer o esquizofrenia, puede ser predicha parcialmente a partir de conjuntos de sus SNP (Single Nucleotide Polimorphism). Estos resultados pueden ser usados para medicina genómica personalizada (facilitando los tratamientos preventivos y diagnósticos), tests de paternidad genéticos y tests de compatibilidad genética para averiguar a qué enfermedades pueden ser susceptibles los descendientes. Estos son algunos de los beneficios que podemos obtener usando la información genética, pero si esta información no es protegida puede ser usada para investigaciones criminales y por compañías aseguradoras. Este hecho podría llevar a discriminaci ón genética. Por lo que podemos concluir que la privacidad genómica es fundamental por el hecho de que contiene información sobre nuestra herencia étnica, nuestra predisposición a múltiples condiciones físicas y mentales, al igual que otras características fenotópicas, ancestros, hermanos y progenitores, pues los genomas de cualquier par de individuos relacionados son idénticos al 99.9%, contrastando con el 99.5% de dos personas aleatorias. La legislación actual no proporciona suficiente información técnica sobre como almacenar y procesar de forma segura los genomas digitalizados, por lo tanto, es necesaria una legislación mas restrictiva ---ABSTRACT---Scientists typically sequence DNA from large numbers of people in order to determine genes associated with particular diseases. This allows to improve the modern healthcare and to provide a better understanding of the human genome. The price of a complete genome profile has plummeted below $200 and this service is ofered by a number of companies, most of them located in the USA. Therefore, in a few years, most individuals in developed countries will have the means of having their genomes sequenced. Around 0.5% of each person's DNA (which corresponds to several millions of nucleotides) is diferent from the reference genome, owing to genetic variations. Thus, the genome contains highly personal and sensitive information, and it represents our ultimate biological identity. By combining genomic data with information about one's environment or lifestyle (often easily obtainable from social networks), could make it possible to infer the individual's phenotype. Multiple Genome Wide Association Studies (GWAS) performed in recent years have shown that a patient's susceptibility to particular diseases, such as Alzheimer's, cancer, or schizophrenia, can be partially predicted from sets of his SNPs. This results can be used for personalized genomic medicine (facilitating preventive treatment and diagnosis), genetic paternity tests, ancestry and genealogical testing, and genetic compatibility tests in order to have knowledge about which deseases would the descendant be susceptible to. These are some of the betefts we can obtain using genoma information, but if this information is not protected it can be used for criminal investigations and insurance purposes. Such issues could lead to genetic discrimination. So we can conclude that genomic privacy is fundamental due to the fact that genome contains information about our ethnic heritage, predisposition to numerous physical and mental health conditions, as well as other phenotypic traits, and ancestors, siblings, and progeny, since genomes of any two closely related individuals are 99.9% identical, in contrast with 99.5%, for two random people. The current legislation does not ofer suficient technical information about safe and secure ways of storing and processing digitized genomes, therefore, there is need for more restrictive legislation.