No evidence of association between common autoimmunity STAT4 and IL23R risk polymorphisms and non-anterior uveitis.

OBJECTIVE: STAT4 and IL23R loci represent common susceptibility genetic factors in autoimmunity. We decided to investigate for the first time the possible role of different STAT4/IL23R autoimmune disease-associated polymorphisms on the susceptibility to develop non-anterior uveitis and its main clinical phenotypes. METHODS Four functional polymorphisms (rs3821236, rs7574865, rs7574070, and rs897200) located within STAT4 gene as well as three independent polymorphisms (rs7517847, rs11209026, and rs1495965) located within IL23R were genotyped using TaqMan® allelic discrimination in a total of 206 patients with non-anterior uveitis and 1553 healthy controls from Spain. RESULTS No statistically significant differences were found when allele and genotype distributions were compared between non-anterior uveitis patients and controls for any STAT4 (rs3821236: P=0.39, OR=1.12, CI 95%=0.87-1.43; rs7574865: P=0.59 OR=1.07, CI 95%=0.84-1.37; rs7574070: P=0.26, OR=0.89, CI 95%=0.72-1.10; rs897200: P=0.22, OR=0.88, CI 95%=0.71-1.08;) or IL23R polymorphisms (rs7517847: P=0.49, OR=1.08, CI 95%=0.87-1.33; rs11209026: P=0.26, OR=0.78, CI 95%=0.51-1.21; rs1495965: P=0.51, OR=0.93, CI 95%=0.76-1.15). CONCLUSION Our results do not support a relevant role, similar to that described for other autoimmune diseases, of IL23R and STAT4 polymorphisms in the non-anterior uveitis genetic predisposition. Further studies are needed to discard a possible weak effect of the studied variant.

Gene-lifestyle interaction and type 2 diabetes: the EPIC interact case-cohort study.

BACKGROUND Understanding of the genetic basis of type 2 diabetes (T2D) has progressed rapidly, but the interactions between common genetic variants and lifestyle risk factors have not been systematically investigated in studies with adequate statistical power. Therefore, we aimed to quantify the combined effects of genetic and lifestyle factors on risk of T2D in order to inform strategies for prevention. METHODS AND FINDINGS The InterAct study includes 12,403 incident T2D cases and a representative sub-cohort of 16,154 individuals from a cohort of 340,234 European participants with 3.99 million person-years of follow-up. We studied the combined effects of an additive genetic T2D risk score and modifiable and non-modifiable risk factors using Prentice-weighted Cox regression and random effects meta-analysis methods. The effect of the genetic score was significantly greater in younger individuals (p for interaction  = 1.20×10-4). Relative genetic risk (per standard deviation [4.4 risk alleles]) was also larger in participants who were leaner, both in terms of body mass index (p for interaction  = 1.50×10-3) and waist circumference (p for interaction  = 7.49×10-9). Examination of absolute risks by strata showed the importance of obesity for T2D risk. The 10-y cumulative incidence of T2D rose from 0.25% to 0.89% across extreme quartiles of the genetic score in normal weight individuals, compared to 4.22% to 7.99% in obese individuals. We detected no significant interactions between the genetic score and sex, diabetes family history, physical activity, or dietary habits assessed by a Mediterranean diet score. CONCLUSIONS The relative effect of a T2D genetic risk score is greater in younger and leaner participants. However, this sub-group is at low absolute risk and would not be a logical target for preventive interventions. The high absolute risk associated with obesity at any level of genetic risk highlights the importance of universal rather than targeted approaches to lifestyle intervention.

Molecular testing for fragile X: analysis of 5062 tests from 1105 fragile X families--performed in 12 clinical laboratories in Spain.

Fragile X syndrome is the most common inherited form of intellectual disability. Here we report on a study based on a collaborative registry, involving 12 Spanish centres, of molecular diagnostic tests in 1105 fragile X families comprising 5062 individuals, of whom, 1655 carried a full mutation or were mosaic, three cases had deletions, 1840 had a premutation, and 102 had intermediate alleles. Two patients with the full mutation also had Klinefelter syndrome. We have used this registry to assess the risk of expansion from parents to children. From mothers with premutation, the overall rate of allele expansion to full mutation is 52.5%, and we found that this rate is higher for male than female offspring (63.6% versus 45.6%; P < 0.001). Furthermore, in mothers with intermediate alleles (45-54 repeats), there were 10 cases of expansion to a premutation allele, and for the smallest premutation alleles (55-59 repeats), there was a 6.4% risk of expansion to a full mutation, with 56 repeats being the smallest allele that expanded to a full mutation allele in a single meiosis. Hence, in our series the risk for alleles of <59 repeats is somewhat higher than in other published series. These findings are important for genetic counselling.

Intronic variants in the NFKB1 gene may influence hearing forecast in patients with unilateral sensorineural hearing loss in Meniere's disease.

Meniere's disease is an episodic vestibular syndrome associated with sensorineural hearing loss (SNHL) and tinnitus. Patients with MD have an elevated prevalence of several autoimmune diseases (rheumatoid arthritis, systemic lupus erythematosus, ankylosing spondylitis and psoriasis), which suggests a shared autoimmune background. Functional variants of several genes involved in the NF-κB pathway, such as REL, TNFAIP3, NFKB1 and TNIP1, have been associated with two or more immune-mediated diseases and allelic variations in the TLR10 gene may influence bilateral affectation and clinical course in MD. We have genotyped 716 cases of MD and 1628 controls by using the ImmunoChip, a high-density genotyping array containing 186 autoimmune loci, to explore the association of immune system related-loci with sporadic MD. Although no single nucleotide polymorphism (SNP) reached a genome-wide significant association (p<10(-8)), we selected allelic variants in the NF-kB pathway for further analyses to evaluate the impact of these SNPs in the clinical outcome of MD in our cohort. None of the selected SNPs increased susceptibility for MD in patients with uni or bilateral SNHL. However, two potential regulatory variants in the NFKB1 gene (rs3774937 and rs4648011) were associated with a faster hearing loss progression in patients with unilateral SNHL. So, individuals with unilateral MD carrying the C allele in rs3774937 or G allele in rs4648011 had a shorter mean time to reach hearing stage 3 (>40 dB HL) (log-rank test, corrected p values were p = 0.009 for rs3774937 and p = 0.003 for rs4648011, respectively). No variants influenced hearing in bilateral MD. Our data support that the allelic variants rs3774937 and rs4648011 can modify hearing outcome in patients with MD and unilateral SNHL.

TRAF1/C5 but not PTPRC variants are potential predictors of rheumatoid arthritis response to anti-tumor necrosis factor therapy.

BACKGROUND The aim of our work was to replicate, in a Southern European population, the association reported in Northern populations between PTPRC locus and response to anti-tumor necrosis factor (anti-TNF) treatment in rheumatoid arthritis (RA). We also looked at associations between five RA risk alleles and treatment response. METHODS We evaluated associations between anti-TNF treatment responses assessed by DAS28 change and by EULAR response at six months in 383 Portuguese patients. Univariate and multivariate linear and logistic regression analyses were performed. In a second step to confirm our findings, we pooled our population with 265 Spanish patients. RESULTS No association was found between PTPRC rs10919563 allele and anti-TNF treatment response, neither in Portuguese modeling for several clinical variables nor in the overall population combining Portuguese and Spanish patients. The minor allele for RA susceptibility, rs3761847 SNP in TRAF1/C5 region, was associated with a poor response in linear and logistic univariate and multivariate regression analyses. No association was observed with the other allellic variants. Results were confirmed in the pooled analysis. CONCLUSION This study did not replicate the association between PTPRC and the response to anti-TNF treatment in our Southern European population. We found that TRAF1/C5 risk RA variants potentially influence anti-TNF treatment response.

Influence of the LILRA3 Deletion on Multiple Sclerosis Risk: Original Data and Meta-Analysis.

BACKGROUND Multiple sclerosis (MS) is a neurodegenerative, autoimmune disease of the central nervous system. Genome-wide association studies (GWAS) have identified over hundred polymorphisms with modest individual effects in MS susceptibility and they have confirmed the main individual effect of the Major Histocompatibility Complex. Additional risk loci with immunologically relevant genes were found significantly overrepresented. Nonetheless, it is accepted that most of the genetic architecture underlying susceptibility to the disease remains to be defined. Candidate association studies of the leukocyte immunoglobulin-like receptor LILRA3 gene in MS have been repeatedly reported with inconsistent results. OBJECTIVES In an attempt to shed some light on these controversial findings, a combined analysis was performed including the previously published datasets and three newly genotyped cohorts. Both wild-type and deleted LILRA3 alleles were discriminated in a single-tube PCR amplification and the resulting products were visualized by their different electrophoretic mobilities. RESULTS AND CONCLUSION Overall, this meta-analysis involved 3200 MS patients and 3069 matched healthy controls and it did not evidence significant association of the LILRA3 deletion [carriers of LILRA3 deletion: p = 0.25, OR (95% CI) = 1.07 (0.95-1.19)], even after stratification by gender and the HLA-DRB1*15:01 risk allele.

Natalizumab-related anaphylactoid reactions in MS patients are associated with HLA class II alleles.

OBJECTIVES We aimed to investigate potential associations between human leukocyte antigen (HLA) class I and class II alleles and the development of anaphylactic/anaphylactoid reactions in patients with multiple sclerosis (MS) treated with natalizumab. METHODS HLA class I and II genotyping was performed in patients with MS who experienced anaphylactic/anaphylactoid reactions and in patients who did not develop infusion-related allergic reactions following natalizumab administration. RESULTS A total of 119 patients with MS from 3 different cohorts were included in the study: 54 with natalizumab-related anaphylactic/anaphylactoid reactions and 65 without allergic reactions. HLA-DRB1*13 and HLA-DRB1*14 alleles were significantly increased in patients who developed anaphylactic/anaphylactoid reactions (p M-H = 3 × 10(-7); odds ratio [OR]M-H = 8.96, 95% confidence interval [CI] = 3.40-23.64), with a positive predictive value (PPV) of 82%. In contrast, the HLA-DRB1*15 allele was significantly more represented in patients who did not develop anaphylactic/anaphylactoid reactions to natalizumab (p M-H = 6 × 10(-4); ORM-H = 0.2, 95% CI = 0.08-0.50), with a PPV of 81%. CONCLUSIONS HLA-DRB1 genotyping before natalizumab treatment may help neurologists to identify patients with MS at risk for developing serious systemic hypersensitivity reactions associated with natalizumab administration.

Filogeografia de Brachidontes puniceus (GMELIN, 1791) no Arquipelago de Cabo Verde

A espécie Brachidontes puniceus (Gmelin, 1791) é um bivalve pertencente a família Mytilidae, habita fissuras rochosas e lagoas de marés. Trata-se de uma espécie que tem uma distribuição restrita à costa ocidental africana e arquipélago de Cabo Verde (desde a Mauritânia até Angola) existindo um registo incerto na ilha de Natal. Tendo como objectivo fazer uma análise filogeográfica baseada em sequências parciais do gene mitocondrial citocromo oxidase subunidade I (cox1), amostraram-se as ilhas de Santo Antão, São Vicente, Santa Luzia, São Nicolau, Sal, Boavista, Maio e Santiago. Foram sequenciadas 115 amostras obtendo um total de 37 haplótipos, sendo 6 destes partilhados entre ilhas. A rede de haplótipos apresenta uma configuração em estrela, com um haplótipo central presente em todas as ilhas, rodeado por haplótipos raros e pouco distintos entre si. A variabilidade haplotípica detectada foi alta (65-89%) e a variabilidade nucleotídica baixa (0.14-0.35%). A variância genética entre pares de ilhas não foi estatisticamente significativa, o que indica que não há diferenças genéticas entre as ilhas (P>0.69). Os valores significativos dos testes de neutralidade (R2 = 0.0169, D* = -2.54), as análises de variância molecular e a distribuição em estrela dos haplótipos sugerem uma expansão populacional rápida de B. puniceus em Cabo Verde. O desenvolvimento planctotrófico das larvas e o tempo que estas passam na coluna de água, constitui um factor de dispersão para a espécie, sendo provavelmente o factor chave que impede a diferenciação genética entre ilhas.

O Lugar dos negros na Imagem de Lisboa

lisboeta, ou uma visita às secções dedicadas ao turismo, nas livrarias que registam maior afluência, permite-nos perceber que os negros não são incluídos na imagem dominante de Lisboa veiculada pelos guias turísticos da cidade.Umaanálise mais aprofundada confirma-nos exactamente isso, mas revela-nos também que, embora extremamente raros, existem guias que apresentam, precisamente, uma Lisboa negra, africana (ver Agualusa 1999; Rocha, Agualusa e Semedo, 1993; Loude, 2005).1 Não deixa de ser intrigante o facto de aquela imagem de Lisboa, que exclui os negros, se alicerçar, embora não exclusivamente, sobre elementos—musicais, gastronómicos, arquitectónicos, etc.,—cujo valor enquanto componentes dessa mesma imagem é justificado com recurso aos critérios de longa presença temporal no espaço citadino e ao carácter de típico e único que lhes é atribuído. Então, torna-se pertinente questionar como é que determinados aspectos desses elementos, designadamente os relacionados com os negros, cuja presença em Lisboa ultrapassa meio milénio, estão praticamente ausentes nessa imagem da cidade construída através dos guias turísticos de ampla difusão? É à sombra deste questionamento que surgem as narrativas turísticas (Pires, 2003) que procuram incluir os negros na imagem de Lisboa, jogando com os mesmos critérios utilizados para ditar a sua exclusão. Assiste-se deste modo a uma luta pelas representações (Bourdieu, 1998; Ulin, 1995; Hall, 1991) de Lisboa que redunda na construção de imagens distintas da cidade: alfacinha, africana e da diversidade.

Polimorfismos Genéticos do Vegf, Rage, Pon1 e Pon2 na Retinopatia Diabética em Indivíduos com Diabetes Tipo 2

A diabetes mellitus tipo 2 (DM2) é responsável por uma elevada morbilidade e mortalidade em todo o Mundo, essencialmente devido às suas complicações, entre as quais a retinopatia diabética (RD), considerada uma das mais graves, e responsável por 4,8% dos casos de cegueira. Estudos sugerem uma componente genética como um dos principais factores para o desenvolvimento da RD. O gene do VEGF (vascular endothelial growth factor) é um dos mais estudados, por promover a angiogénese e a neovascularização. Outro importante gene candidato é o RAGE (receptor for advanced glycation end products), e, mais recentemente, os genes da paraoxonase, PON1 e PON2. Objectivou-se avaliar a influência dos polimorfismos VEGF -634C/G, RAGE -374T/A, PON1Gln192Arg e PON2Cys310Ser no aparecimento e progressão da RD em indivíduos com DM2 e a sua influência no aparecimento da DM2. Analisaram-se 129 indivíduos, 86 com DM2 e 43 indivíduos saudáveis. Os polimorfismos foram avaliados em todos os indivíduos por PCR-FRLP. A caracterização clínica e a determinação da actividade enzimática da PON1 foram avaliadas em 47 diabéticos. Não se obtiveram diferenças para o polimorfismo do VEGF-634 G/C. O alelo A do polimorfismo RAGE -374A/T mostrou-se mais frequente em indivíduos sem RD ou EMD quando comparados com indivíduos com RD ou EMD. O alelo Q (Gln) e o alelo S (Ser) dos polimorfismos PON1Gln192Arg e PON2Cys310Ser, respectivamente, mostraram-se mais frequentes em indivíduos com DM2 quando comparados com indivíduos saudáveis. Não houve quaisquer diferenças relativamente à actividade enzimática da PON1, nem em relação ao polimorfismo da PON1 nem em relação à presença ou ausência de RD ou EMD. Conclui-se que o alelo A do polimorfismo RAGE -374A/T é factor protector para o aparecimento da RD e do EMD, enquanto os alelos Q e S dos polimorfismos PON1Gln192Arg e PON2Cys310Ser, respectivamente, são factores de risco para o aparecimento da DM2

Aspectos Específicos da Biologia de Milpés de Santo Antão

A espécie Bandeirenica (Spinotarsus) caboverdus pertence a esses muito raros milpés no mundo, que atacam e prejudicam culturas agrícolas. Os danos às culturas agrícolas são provocados, principalmente, pelos juvenis de estádios mais avançados e adultos. O desenvolvimento desta praga é adaptado à época pluvial e à disponibilidade de alimentos durante o ano. Os factores abióticos constantes durante o ano não têm influência negativa na densidade populacional da praga. Por isso a descoberta e promoção dum efectivo inimigo natural de B. caboverdus em Santo Antão é de grande importância.

Aspectos Específicos da Biologia de Milpés de Santo Antão

A espécie Bandeirenica (Spinotarsus) caboverdus pertence a esses muito raros milpés no mundo, que atacam e prejudicam culturas agrícolas. Os danos às culturas agrícolas são provocados, principalmente, pelos juvenis de estádios mais avançados e adultos. O desenvolvimento desta praga é adaptado à época pluvial e à disponibilidade de alimentos durante o ano. Os factores abióticos constantes durante o ano não têm influência negativa na densidade populacional da praga. Por isso a descoberta e promoção dum efectivo inimigo natural de B. caboverdus em Santo Antão é de grande importância.

A redefinição da fonte jornalística na escrita de Ryszard Kapuściński

Raras vezes reflectimos sobre as relações e paralelismos existentes entre o trabalho do historiador e do jornalista. Embora os dois descrevam a realidade, as preocupações e os objectivos são bem diferentes. O que une os dois campos de actividade humana é a dependência da fonte, como condicionante de qualquer trabalho jornalístico ou histórico. No caso do trabalho jornalístico os padrões de qualidade incluem também actualidade dos trabalhos produzidos, o que provoca evidentemente um stress e muitas vezes obriga a sacrificar o aprofundamento das questões. O historiador, por seu lado, não é pressionado no trabalho pela deadline quase imediata, mas muito raras vezes dispõe das fontes directas. De qualquer forma, o jornalismo como tal, fica em relação de interdependência quer com a literatura, o que já foi suficientemente comentado e estudado, quer com a história.

Espectroscopia de infravermelho na determinação da textura do solo

A aplicação de técnicas espectroscópicas que utilizam a radiação infravermelha (NIRS-Near Infrared Spectroscopy e DRIFTS-Diffuse Reflectance Fourier Transformed Spectroscopy) na análise inorgânica do solo tem sido proposta desde a década de 1970, mas até os dias atuais são raros os métodos implementados rotineiramente no Brasil. Isso deve-se à dificuldade em construir modelos de calibração, por meio de métodos estatísticos multivariados, utilizando-se amostras reais de solo, de constituição complexa, que varia geograficamente e de acordo com o manejo. Por isso, os objetivos deste trabalho foram construir modelos de calibração em NIRS e DRIFTS para a quantificação das frações de argila e areia, em amostras de solos de classes diferentes - Latossolo Vermelho (predominante), Nitossolo, Argissolo Vermelho e Neossolo Quartzarênico - e avaliar qual dessas duas técnicas é mais adequada para essa finalidade, assim como a interferência do agrupamento de amostras e da seleção de variáveis espectrais na qualidade desses modelos. Para isso, valores de referência obtidos pelo método do densímetro, método largamente utilizado nos laboratórios de análise de solo, foram correlacionados com valores de absorbância em NIRS e DRIFTS pela ferramenta estatística PLS (Partial Least Squares), obtendo-se altos coeficientes de determinação (R²), de 0,95, 0,90 e 0,91 para argila, silte e areia, respectivamente, na validação externa. Isso confirma a aplicabilidade das técnicas espectroscópicas na análise granulométrica do solo para fins agrícolas. O agrupamento das amostras segundo a localização e a seleção de variáveis espectrais pouco influenciou na qualidade dos modelos. A técnica espectroscópica mais indicada para essa finalidade foi a DRIFTS.

Eficiência agronômica de fosfatos de rocha em solo com elevado teor de cálcio trocável

No Brasil, a maioria dos trabalhos sobre a aplicação de fosfatos de rocha foi realizada em solos do Cerrado com pH menor que 5,5 e baixos teores de Ca trocável. Estudos em condições diferentes dessa, além de raros, têm sido desestimulados, pois esses solos podem apresentar-se restritivos à dissolução dessas fontes, a depender da espécie cultivada e da natureza geológica do fosfato aplicado. Um experimento para estudar a eficiência agronômica dos fosfatos de Bayóvar e Itafós, aplicados por meio da adubação corretiva, foi implantado em um Cambissolo Háplico Ta eutrófico vertissólico de elevado teor de Ca trocável e pH 6. O delineamento experimental utilizado foi em blocos ao acaso com parcelas subdivididas em faixas e quatro repetições. As parcelas consistiam de três tratamentos de fosfatagem, na dose de 200 kg ha-1 de P2O5, com o Fosfato Natural Reativo de Bayóvar, o Fosfato de Rocha Itafós e o superfosfato triplo (fonte de referência), além de um tratamento-padrão sem correção de P. As subparcelas correspondiam aos três níveis de adubação de manutenção (0, 60 e 120 kg ha-1 de P2O5) aplicados anualmente no sulco de semeadura, utilizando superfosfato triplo. Cultivou-se milho nos dois anos em que o experimento foi conduzido (2011 e 2012). No período avaliado, a produtividade de grãos e o teor de P foliar do milho indicaram menores necessidades de reposição de P, por meio das doses de manutenção, conforme maior era a solubilidade da fonte corretiva aplicada. Tanto Mehlich-1 quanto a Resina de Troca Iônica Mista removeram mais P dos tratamentos em que foram aplicados fosfatos de rocha em relação ao tratamento onde foi aplicado o superfosfato triplo via adubação corretiva. Quando aplicados de maneira isolada (dose 0 de manutenção), os índices de eficiência agronômica dos fosfatos de rocha foram de 72,08 e 82,31% para o Bayóvar e de 43,85 e 47,47% para o Itafós nos anos de 2011 e 2012, respectivamente. No período avaliado, os tratamentos de maior economicidade foram a fosfatagem com o superfosfato triplo nas doses de manutenção de 0 e 60 kg ha-1 de P2O5 e a com o fosfato reativo de Bayóvar, nas doses de 60 e 120 kg ha-1 de P2O5.