Detecting recombination in 4-taxa DNA sequence alignments with Bayesian hidden Markov models and Markov chain Monte Carlo

This article presents a statistical method for detecting recombination in DNA sequence alignments, which is based on combining two probabilistic graphical models: (1) a taxon graph (phylogenetic tree) representing the relationship between the taxa, and (2) a site graph (hidden Markov model) representing interactions between different sites in the DNA sequence alignments. We adopt a Bayesian approach and sample the parameters of the model from the posterior distribution with Markov chain Monte Carlo, using a Metropolis-Hastings and Gibbs-within-Gibbs scheme. The proposed method is tested on various synthetic and real-world DNA sequence alignments, and we compare its performance with the established detection methods RECPARS, PLATO, and TOPAL, as well as with two alternative parameter estimation schemes.

The challenge of maintaining Atlantic forest biodiversity: A multi-taxa conservation assessment of specialist and generalist species in an agro-forestry mosaic in southern Bahia

Recent developments have highlighted the importance of forest amount at large spatial scales and of matrix quality for ecological processes in remnants. These developments, in turn, suggest the potential for reducing biodiversity loss through the maintenance of a high percentage of forest combined with sensitive management of anthropogenic areas. We conducted a multi-taxa survey to evaluate the potential for biodiversity maintenance in an Atlantic forest landscape that presented a favorable context from a theoretical perspective (high proportion of mature forest partly surrounded by structurally complex matrices). We sampled ferns, butterflies, frogs, lizards, bats, small mammals and birds in interiors and edges of large and small mature forest remnants and two matrices (second-growth forests and shade cacao plantations), as well as trees in interiors of small and large remnants. By considering richness, abundance and composition of forest specialists and generalists, we investigated the biodiversity value of matrix habitats (comparing them with interiors of large remnants for all groups except tree), and evaluated area (for all groups) and edge effects (for all groups except trees) in mature forest remnants. our results suggest that in landscapes comprising high amounts of mature forest and low contrasting matrices: (1) shade cacao plantations and second-growth forests harbor an appreciable number of forest specialists; (2) most forest specialist assemblages are not affected by area or edge effects, while most generalist assemblages proliferate at edges of small remnants. Nevertheless, differences in tree assemblages, especially among smaller trees, Suggest that observed patterns are unlikely to be stable over time. (C) 2009 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Untangling associations between chironomid taxa in Neotropical streams using local and landscape filters

1. Analyses of species association have major implications for selecting indicators for freshwater biomonitoring and conservation, because they allow for the elimination of redundant information and focus on taxa that can be easily handled and identified. These analyses are particularly relevant in the debate about using speciose groups (such as the Chironomidae) as indicators in the tropics, because they require difficult and time-consuming analysis, and their responses to environmental gradients, including anthropogenic stressors, are poorly known. 2. Our objective was to show whether chironomid assemblages in Neotropical streams include clear associations of taxa and, if so, how well these associations could be explained by a set of models containing information from different spatial scales. For this, we formulated a priori models that allowed for the influence of local, landscape and spatial factors on chironomid taxon associations (CTA). These models represented biological hypotheses capable of explaining associations between chironomid taxa. For instance, CTA could be best explained by local variables (e.g. pH, conductivity and water temperature) or by processes acting at wider landscape scales (e.g. percentage of forest cover). 3. Biological data were taken from 61 streams in Southeastern Brazil, 47 of which were in well-preserved regions, and 14 of which drained areas severely affected by anthropogenic activities. We adopted a model selection procedure using Akaike`s information criterion to determine the most parsimonious models for explaining CTA. 4. Applying Kendall`s coefficient of concordance, seven genera (Tanytarsus/Caladomyia, Ablabesmyia, Parametriocnemus, Pentaneura, Nanocladius, Polypedilum and Rheotanytarsus) were identified as associated taxa. The best-supported model explained 42.6% of the total variance in the abundance of associated taxa. This model combined local and landscape environmental filters and spatial variables (which were derived from eigenfunction analysis). However, the model with local filters and spatial variables also had a good chance of being selected as the best model. 5. Standardised partial regression coefficients of local and landscape filters, including spatial variables, derived from model averaging allowed an estimation of which variables were best correlated with the abundance of associated taxa. In general, the abundance of the associated genera tended to be lower in streams characterised by a high percentage of forest cover (landscape scale), lower proportion of muddy substrata and high values of pH and conductivity (local scale). 6. Overall, our main result adds to the increasing number of studies that have indicated the importance of local and landscape variables, as well as the spatial relationships among sampling sites, for explaining aquatic insect community patterns in streams. Furthermore, our findings open new possibilities for the elimination of redundant data in the assessment of anthropogenic impacts on tropical streams.

Avaliação da permeabilidade epitelial pulmonar em pacientes submetidos a esquemas de quimioterapia contendo bleomicina através da taxa de depuração pulmonar do 99M TC-DTPA

Resumo não disponível.

Análise econômica de sistemas de cultivo de macieiras no município de Vacaria/RS

Análise econômica dos principais sistemas de cultivo de macieiras adotados no município de Vacaria/RS. O estudo compara as tecnologias de cultivo de baixa densidade, de alta densidade e de super alta densidade de plantio, buscando encontrar aquela que proporciona maior rentabilidade econômica para o produtor ao longo dos anos. Ao longo da pesquisa, apresenta-se um cenário da situação da cultura, caracterizam-se os sistemas de cultivo, comparam-se as tecnologias de cultivo e os investimentos para produção, buscando o mais rentável, e realiza-se a análise de sensibilidade a partir dos resultados obtidos. A metodologia empregada para avaliação dos sistemas de cultivo é a análise de investimentos, utilizando-se os métodos do Valor Presente Líquido (VPL), da Taxa Interna de Retorno (TIR), do Período de Recuperação do Capital (PRC) ou “Pay Back” e da Razão Benefício/Custo. Os dados utilizados para determinação da estrutura de custos dos sistemas de cultivo foram obtidos junto à assistência técnica local e empresas produtoras da fruta. Já o preço de comercialização da maçã pelos produtores foi obtido na EMATER/RS. Os resultados indicaram o sistema de cultivo de super alta densidade como o mais apropriado para implantação pelos métodos do VPL, TIR e PRC. No entanto, pelo método da Razão B/C, deve-se optar pelo sistema de alta densidade. A análise de sensibilidade revela que se deve atentar para particularidades dos locais onde os sistemas são implantados e para a situação dos produtores, uma vez que algumas características especiais, que alterem os custos de produção ou produtividade dos pomares, modificam o sistema de cultivo recomendado.

Protocolo de recuperação por retorno, coordenado, não determinístico

O uso da recuperação de processos para obter sistemas computacionais tolerantes a falhas não é um assunto novo. Entretanto, a discussão de algoritmos para a recuperação em sistemas distribuídos, notadamente aqueles que se enquadram na categoria assíncrona, ainda encontra pontos em aberto. Este é o contexto do presente trabalho. Este trabalho apresenta um novo algoritmo de recuperação por retorno, em sistemas distribuídos. O algoritmo proposto é do tipo coordenado, e seus mecanismos componentes determinam que seja classificado como um algoritmo baseado em índices (index-based coordinated). Desta forma, a tolerância a falhas é obtida através do estabelecimento de linhas de recuperação, o que possibilita um retorno consideravelmente rápido, em caso de falha. Seu desenvolvimento foi feito com o objetivo de minimizar o impacto ao desempenho do sistema, tanto quando este estiver operando livre de falhas como quando ocorrerem as falhas. Além disso, os mecanismos componentes do algoritmo foram escolhidos visando facilitar a futura tarefa de implementação. A satisfação dos objetivos decorre principalmente de uma importante característica assegurada pelos mecanismos propostos no algoritmo: o não bloqueio da aplicação, enquanto é estabelecida uma nova linha de recuperação. Esta característica, associada ao rápido retorno, oferece uma solução promissora, em termos de eficiência, para a recuperação, um vez que o impacto no desempenho tende a ser reduzido, quando o sistema encontra-se operando em ambas condições: livre de erros ou sob falha. Diferentemente da maioria dos algoritmos coordenados encontrados na literatura, o algoritmo proposto neste trabalho trata as mensagens perdidas. A partir da análise das características das aplicações, bem como dos canais de comunicação, quando estes interagem com o algoritmo de recuperação, concluiu-se que os procedimentos usados para recuperação de processos devem prever o tratamento desta categoria de mensagens. Assim, o algoritmo proposto foi incrementado com um mecanismo para tratamento das mensagens que têm o potencial de tornarem-se perdidas, em caso de retorno, ou seja, evita a existência de mensagens perdidas. Uma das decisões tomadas durante o desenvolvimento do algoritmo foi a de permitir um processamento não determinístico. Na realidade, esta escolha visou o aumento do espectro das falhas que poderiam ser tratadas pela recuperação. Tradicionalmente, a recuperação por retorno é empregada para tolerar falhas temporárias. Entretanto, a diversidade de ambiente, freqüente nos SDs, também pode ser usada para tolerar algumas falhas permanentes. Para verificar a correção do algoritmo, decidiu-se empregar um formalismo existente. Assim, a lógica temporal de Lamport (TLA) foi usada na especificação dos mecanismos do algoritmo bem como em sua demonstração de correção. O tratamento referente às mensagens perdidas, atrav´es do uso de mensagens de resposta, associado com o uso de uma lógica temporal, levou à necessidade de rever os critérios de consistência. Esta revisão gerou um conjunto de fórmulas de consistência ajustadas à existência de mensagens de diferentes classes: mensagens da aplicação e mensagens de resposta.

Taxa de câmbio : um estudo sobre os determinantes, taxa de câmbio real e efetiva e crises cambiais

O mundo atravessa uma fase de incertezas sobre o câmbio. O objetivo deste trabalho é apresentar uma revisão bibliográfica sobre o assunto, trazendo os modelos que tentam elucidar como se forma a taxa de câmbio no curto e longo prazo. Serão tratados os motivos que levaram o Brasil a abandonar a política de bandas cambiais em 1999 e quais as medidas tomadas pelas autoridades econômicas, bem como o impacto destas sobre a economia. Ao longo dessa análise será calculada a taxa de câmbio real e real efetiva mensalmente com data base julho de 1994, permitindo visualizar as fases de apreciação e depreciação do câmbio. Encerrando o capítulo uma revisão teórica do impacto das políticas monetária e fiscal sobre o câmbio à luz dos diferentes regimes cambiais existentes. Finalmente, uma revisão dos fatos que levaram às crises cambiais no México, Tailândia, Malásia, Indonésia, Coréia do Sul, Rússia e Argentina, analisando os principais indicadores macroeconômicos destas economias tentando encontrar elementos comuns que permitam entender os motivos das crises.

Análise de investimentos para abertura de pontos de venda no setor supermercadista : o caso de uma pequena empresa familiar

O grande objetivo em finanças para os gestores das empresas é o de proporcionar aumento de valor aos acionistas. Para que isso possa ser efetivamente implementado, é necessário que o investimento proporcione para o acionista um retorno superior ao custo de oportunidade do seu capital, contemplando o risco do investimento, mensurado através de um modelo de avaliação. Este trabalho apresenta os principais conceitos de avaliação de ativos, destacando a criação de valor como a medida mais importante do desempenho da empresa. O fluxo de caixa descontado é abordado como o método que melhor resume o conceito de criação de valor, destacando-se o fluxo de caixa do acionista e o fluxo de caixa da empresa. Também são apresentados a forma de apuração dos fluxos de caixa, a estimativa das taxas de crescimento, algumas situações especiais onde o fluxo de caixa descontado necessita de adaptações e outros métodos alternativos de análise de investimentos, sendo que nenhum deles é capaz de superar a técnica do valor presente líquido – VPL, pois o método do VPL utiliza todos os fluxos de caixa de um projeto, descontando-os corretamente de acordo com o custo de oportunidade do capital O estudo mostra, ainda, uma rápida explanação das principais técnicas de mensuração do risco e do retorno exigido pelos investidores ou proprietários segundo a teoria de valor, como o CAPM (Capital Asset Price Model), o APM (Arbitrage Pricing Model) e o Multifatorial, destacando-se entre eles a dificuldade de mensuração do custo do capital próprio em empresas de capital fechado no Brasil, para a devida apuração da taxa de desconto. A metodologia proposta é aplicada na avaliação do investimento, em um novo ponto de venda, realizado por uma pequena empresa familiar do setor supermercadista. Dessa forma, ao final do estudo, propõe-se a utilização de uma ferramenta gerencial, baseada no fluxo de caixa descontado, para avaliação de futuros investimentos da empresa, buscando-se assim a maximização de valor para o acionista ou proprietário.

Avaliação e desempenho do modelo de fator de retorno esperado no Brasil

Sempre houve, na humanidade, incertezas quanto ao futuro. Por parte dos investidores, incertezas e riscos nos investimentos. Outros acreditam que os mercados financeiros operam de forma eficiente e, portanto, para reduzirem o risco e minimizarem as perdas tentam fazer regressão à média, ou seja, tomam decisões pensando que os fatos voltarão ao “normal”. Neste sentido, o presente trabalho procura discutir uma nova metodologia, proposta por Haugen (2000), e denominada de Modelo de Fator de Retorno Esperado, utilizando-se de variáveis fundamentalistas. Contudo, no dia-a-dia, os erros cometidos, a ambigüidade dos fatos e, principalmente, o poder das emoções humanas - “efeito manada”, podem rapidamente destruir um modelo. Os mercados são bem menos eficientes na prática do que quando se estudam ou se tenta aplicar as teorias. Por isso, os modelo aqui estudados, o Modelo de Fator do Retorno Esperado e, secundariamente, o Modelo de Precificação de Ativos(CAPM) e a Teoria de Preços por Arbitragem(APT), diferem muito entre si. Este trabalho teve como objetivo principal avaliar o desempenho do Modelo de Fator de Retorno Esperado. Assim, o trabalho mostrou que o Modelo de Fator de Retorno Esperado, ao ser utilizado na composição de carteiras de investimento, é eficiente. Carteiras montadas de acordo com este modelo superaram o desempenho do Índice principal do mercado acionário brasileiro. Pôde-se constatar que outras variáveis, além do beta, aqui denominadas de fundamentalistas, podem explicar a rentabilidade esperada de um ativo. São elas: Valor de Mercado (VM), Indicador de Preço/Lucro (PL), o índice Preço de Mercado/Valor Patrimonial (PV), o Retorno sobre o Patrimônio líquido (ROE), a Liquidez em Bolsa(Liq) e o Beta do Mercado (BETA).