Offspring size effects mediate competitive interactions in a colonial marine invertebrate

Over the past 30 years, numerous attempts to understand the relationship between offspring size and fitness have been made, and it has become clear that this critical relationship is strongly affected by environmental heterogeneity. For marine invertebrates, there has been a long-standing interest in the evolution of offspring size, but there have been very few empirical and theoretical examinations of post-metamorphic offspring size effects, and almost none have considered the effect of environmental heterogeneity on the offspring size/fitness relationship. We investigated the post-metamorphic effects of offspring size in the field for the colonial marine invertebrate Botrylloides violaceus. We also examined how the relationship between offspring size and performance was affected by three different types of intraspecific competition. We found strong and persistent effects of offspring size on survival and growth, but these effects depended on the level and type of intraspecific competition.. Generally, competition strengthened the advantages of increasing maternal investment. Interestingly, we found that offspring size determined the outcome of competitive interaction: juveniles that had more maternal investment were more likely to encroach on another juvenile's territory. This suggests that mothers have the previously unrecognized potential to influence the outcome of competitive interactions in benthic marine invertebrates. We created a simple optimality model, which utilized the data generated from our field experiments, and found that increasing intraspecific competition resulted in an increase,in predicted optimal size. Our results suggest that the relationship between offspring size and fitness is highly variable in the marine environment and strongly dependent on the density of conspecifics.

SUBVERSÃO E SUBMISSÃO EM HABAKKUK: A conversão do profeta ou duas teologias em conflito?

O livro de Habakkuk retrata um conflito entre a fé do profeta e sua realidade histórica. Enquanto sua teologia descreve YHWH, seu Deus, como alguém que vê a opressão, ouve o clamor do oprimido e o liberta da opressão, a realidade de seus dias era de opressão e clamor por socorro divino, mas YHWH não estava ouvindo o clamor, estava vendo a opressão, mas não está salvando o oprimido. O profeta não consegue entender o que está acontecendo. Finalmente, YHWH lhe responde, mas para anunciar o envio do império neobabilônico para punir os opressores que, a princípio, são pessoas dentre o próprio povo do profeta, ou seja, a elite governante judaíta dos dias do rei Joaquim entre 608 e 598 a.C. O conflito do profeta aumenta, pois, com esta medida, YHWH apenas mudará a opressão de mãos. O profeta insiste em seu clamor por uma intervenção de YHWH que resolva a questão da opressão tanto interna quanto externa. Então a resposta vem. YHWH determinou um dia quando vai ajustar contas com todo tipo de ímpio, seja interno, seja externo. YHWH vai fazer com que suas impiedades se voltem sobre suas próprias cabeças. Esta resposta põe fim ao conflito do profeta. Finalmente, o Deus que vê a opressão, que ouve o clamor do oprimido e age para liberta-lo, está novamente ativo em favor do seu povo. O livro revela que a teologia que move as queixas do profeta endereçadas a YHWH por causa do conflito entre sua fé e sua realidade histórica, é a teologia do Êxodo. O Êxodo é a experiência fundante da fé israelita. Assim, desde o princípio, Israel conheceu YHWH como aquele que ouve o clamor do oprimido, vê sua opressão e age para liberta-lo de seus opressores. Quando a opressão está reinando e YHWH não está agindo e, pior, quando o povo clama por ajuda e YHWH não ouve, se instala o conflito entre a fé e a realidade histórica conforme experimentada pelo profeta Habakkuk. O livro termina com um salmo que celebra o agir poderoso de YHWH que livra o seu povo e luta contra o ímpio. No fim o justo sabe que o seu Deus libertador está ativo e não o abandonou. Por isso, não deve desistir. Deve sim, continuar lutando contra toda sorte de opressão apoiando sua fé incondicional em YHWH e submetendo-se a ele mesmo quando não consegue entender seu modo de agir.

OPRESSÃO E RESISTENCIA REVELADAS PELOS CORPOS PEREGRINOS UM ESTUDO DE GÊNERO, CLASSE E ETNIA A PARTIR DOS SALMOS DE SUBIDA (SALMOS 120-134)

A opressão e a resistência são um fio condutor dos Salmos de peregrinação, o grupo que vai do Salmo 120 até o 134. O distintivo situa-se nas formas variadas com que estas categorias são apresentadas. Este conjunto de salmos impressiona pela maneira simples e direita de dizer as coisas, sem deixar de ser profunda. A partir da análise, observamos que a opressão e a resistência surgem em variadas formas, deixando transparecer que não se trata de falar delas em sentido geral, pois envolvem diferentes formas e facetas que se entrecruzam, sendo manifestas por meio de relações de gênero, classe e raça/etnia. O objetivo desta tese é provar que a partir dos movimentos dos corpos, suas falas e suas memórias é possível apontar para práticas de relacionamentos sociais, econômicos, políticos ou religiosos, marcadas por relações de gênero, raça/etnia, classe, que não se vinculam aos interesses de sistemas institucionais. Mas surgem da interação entre experiências de opressão e resistência e se colocam como alternativas de vida. Cada salmo traz marcas de um contexto particular que se junta às particularidades do outro até revelar um único contexto e nessa dinâmica possibilitar o conjunto. Através das estruturas, formas literárias e dos conteúdos, aponta-se para a centralidade do corpo como sendo fator hermenêutico ativo que, com seu movimento, sua fala, suas memórias, mostra situações de opressão e busca por prazer. O estudo literário e os conteúdos são determinantes, tanto para a estrutura do conjunto, dividida em três grandes partes (Sl 120-122; 123-129 e 130-134), para a tematização do desenvolvimento do conjunto, quanto para a credibilidade da proposta histórica de opressão e resistência apresentada. Constata-se que a vida religiosa aparece integrada à vida social e política da qual constitui um aspecto se bem que existe mais de uma experiência religiosa, inter-relacionada. Estas experiências revelam que as visitas ao templo de Jerusalém não só eram para cumprir com os costumes religiosos, daquela época, mas principalmente, pelo interesse que peregrinos e peregrinas tinham no cotidiano de suas vidas, seus trabalhos, suas necessidades. Elas e eles souberam fazer a articulação entre a festa e a práxis. Assim, o conjunto de salmos torna-se ponte para o diálogo que revela outras vozes e outras maneiras de identificar opressão e resistência. Não para fugir ou acomodar-se, senão reconhecendo a opressão, superando-a na criatividade e na esperança. O estudo desenvolve-se em quatro capítulos. No primeiro, enfatiza-se que os textos estão entre teologia e literatura, especificamente em serem textos poéticos. A partir daí levanta-se o estado atual do estudo sobre este conjunto de salmos e aponta-se ao contexto histórico ao qual estão relacionados estes salmos. No segundo, realiza-se a análise das estruturas poéticas, até entenderque o conjunto de salmo está relacionado como um todo. No terceiro e quarto, pelos resultados do segundo, destacam-se os principais temas que de forma indiciária levam-nos à demonstração da hipótese.

Melquisedec, sacerdote de el elyon Uma exegese de Gênesis 14,18-20

Neste estudo, que tem por base Gênesis 14,18-20, se discute a respeito de Melquisedec, o rei de Salém e seu deus el elyon , de quem é sacerdote (v.18). O texto é pós-exílico, sendo uma inserção ao capítulo 14, e reflete a história de Judá no período de sua restauração (séculos 6º a 4º a.C.), numa época em que o sacerdócio de Jerusalém assumiu gradativamente um poder sem precedentes em sua história, de maneira que o sumo-sacerdote acabou por se tornar uma autoridade civil. Melquisedec, que recebe o dízimo de Abrão, é uma imagem que evoca o poder do culto hierosolimitano na sociedade judaíta e seu alegado direito aos dízimos e ofertas oriundos do povo. Mas Melquisedec, usado num texto tardio, pertence a tradições anteriores ao exílio de Judá, segundo as quais o rei também desempenhava papel sacerdotal, como chefe religioso e intendente de Iahweh (Salmo 110). Essa dupla função foi um meio de legitimar as estruturas de poder caracterizadas por uma organização sóciopolítico- econômica que, em aspectos gerais, se ajusta ao conceito de modo de produção tributário. Assim, todo um discurso construído sobre a pessoa do rei e sobre outros aspectos ideológicos, tais quais a teologia de Sião (Salém), serviam de suporte para a manutenção do status quo. E em tal discurso coube o uso do universo simbólico da religião. Neste estudo, aventa-se a hipótese de que el elyon seja um nome composto, no qual subjazem el, que corresponde ao deus supremo do panteão cananeu (o ugarítico ilu), que tem como um de seus atributos o fato de haver gerado céus e terra (o que situa a tradição em concepções cosmogônicas médio-orientais arcaicas); e elyon, o qual parece esconder as características de outro deus, Ba al (Salmo 18, 7-17). Nota-se dessa maneira que o nome do deus de Melquisedec é a combinação sincrética de características de duas grandes divindades do panteão cananeu

Compilation of growth rate data for marine pelagic organisms

The metabolic rate of organisms may either be viewed as a basic property from which other vital rates and many ecological patterns emerge and that follows a universal allometric mass scaling law; or it may be considered a property of the organism that emerges as a result of the organism's adaptation to the environment, with consequently less universal mass scaling properties. Data on body mass, maximum ingestion and clearance rates, respiration rates and maximum growth rates of animals living in the ocean epipelagic were compiled from the literature, mainly from original papers but also from previous compilations by other authors. Data were read from tables or digitized from graphs. Only measurements made on individuals of know size, or groups of individuals of similar and known size were included. We show that clearance and respiration rates have life-form-dependent allometries that have similar scaling but different elevations, such that the mass-specific rates converge on a rather narrow size-independent range. In contrast, ingestion and growth rates follow a near-universal taxa-independent ~3/4 mass scaling power law. We argue that the declining mass-specific clearance rates with size within taxa is related to the inherent decrease in feeding efficiency of any particular feeding mode. The transitions between feeding mode and simultaneous transitions in clearance and respiration rates may then represent adaptations to the food environment and be the result of the optimization of tradeoffs that allow sufficient feeding and growth rates to balance mortality.

Viral and bacterial septicaemic infections modulate the expression of PACAP splicing variants and VIP/PACAP receptors in brown trout immune organs

Copyright © 2015. Published by Elsevier Ltd. Acknowledgments The authors thank Richard Paley, Georgina Rimmer and Tom Hill for their contribution during the brown trout infection challenges carried out in CEFAS-Weymouth biosecurity facilities. Bartolomeo Gorgoglione and Nick G. H. Taylor were supported by a DEFRA contract C3490

Catch and effort from a recreational trolling fishery in a large lake

Over recent decades recreational fisheries have grown substantially throughout the world. Despite this increase, catches from recreational fisheries have often been ignored in fisheries management, although this is now being remedied. Monitoring recreational fisheries can be expensive, and the primary means used for monitoring is angler (creel) surveys, typically funded from sales of fishing licences. The studies presented in this thesis examine different approaches to monitoring recreational trolling fisheries’ catch and effort, where fishing licenses are not required and there are no reporting requirements. I present results from a complemented roving/mail-in survey undertaken during 2013-2014 to estimate recreational effort and catch of Atlantic salmon (Salmo salar) and brown trout (S. trutta) in the largest lake in the European Union, Lake Vänern, Sweden. I also evaluate different angler catch reporting methods (mail-in, tournament reports and face-to-face interviews) and compare catch rates within and among spring and fall fishing periods. In addition, mail-in survey data are examined for recall bias.   I estimate that 28.7 tonnes of salmon and trout combined were harvested by the recreational trolling fishery in 2014, more than the commercial and subsistence fisheries combined. Seasonal differences in both recreational effort and catch were observed. Effort, in boat hours, was significantly higher in spring than in fall. Catch rates of trout were higher in fall than in spring, but there were no seasonal differences in catches of salmon. Harvest per boat day did not differ significantly among catch reporting methods, indicating that all three methods could be useful for managers interested in harvest rates. In contrast, total and released catch per boat day differed among reporting methods, with tournament anglers catching more fish in total. Finally, there was little evidence for recall bias in mail-in surveys, indicating that mail-in surveys are useful for collecting unbiased catch data. My study is the most comprehensive angler survey to date for Lake Vänern, and my results should be of immediate use to local fisheries managers and should also be of interest to researchers and managers interested in estimating catch and effort for fisheries at large spatial scales.

Annotation of Gyrodactylus salaris transcriptome

Relationship between organisms within an ecosystem is one of the main focuses in the study of ecology and evolution. For instance, host-parasite interactions have long been under close interest of ecology, evolutionary biology and conservation science, due to great variety of strategies and interaction outcomes. The monogenean ecto-parasites consist of a significant portion of flatworms. Gyrodactylus salaris is a monogenean freshwater ecto-parasite of Atlantic salmon (Salmo salar) whose damage can make fish to be prone to further bacterial and fungal infections. G. salaris is the only one parasite whose genome has been studied so far. The RNA-seq data analyzed in this thesis has already been annotated by using LAST. The RNA-seq data was obtained from Illumina sequencing i.e. yielded reads were assembled into 15777 transcripts. Last resulted in annotation of 46% transcripts and remaining were left unknown. This thesis work was started with whole data and annotation process was continued by the use of PANNZER, CDD and InterProScan. This annotation resulted in 56% successfully annotated sequences having parasite specific proteins identified. This thesis represents the first of Monogenean transcriptomic information which gives an important source for further research on this specie. Additionally, comparison of annotation methods interestingly revealed that description and domain based methods perform better than simple similarity search methods. Therefore it is more likely to suggest the use of these tools and databases for functional annotation. These results also emphasize the need for use of multiple methods and databases. It also highlights the need of more genomic information related to G. salaris.

Análise dos hábitos alimentares e de consumo de pescado das populações de Leiria e Peniche

Presentemente, o consumidor encontra à sua disposição uma diversidade de produtos alimentares que tornam a seleção dos alimentos uma tarefa muito mais complexa quando comparada com o passado. Diferenças culturais, sociais, pessoais e psicológicas influenciam o comportamento e as perceções dos consumidores. Sendo Peniche uma península com forte tradição piscatória procurou-se junto da população, perceber se as influências da região são refletidas nos seus hábitos de consumo e se diferem muito de uma região que não tenha as mesmas influências. Com base nas considerações acima referidas, o objetivo deste estudo foi avaliar os hábitos de consumo de pescado das populações de Leiria e Peniche através de um inquérito por questionário com apoio presencial, visando delinear o hábito de consumo, bem como a frequência, as preferências e restrições associadas ao consumo de pescado. Além disso, são relatadas as perceções dos consumidores em relação ao pescado selvagem e de aquacultura. Portugal é atualmente o país da União Europeia com o maior consumo anual de pescado por pessoa, e o terceiro do mundo, só ultrapassado pela Islândia e pelo Japão. O estudo foi realizado em 383 indivíduos residentes em Leiria e em 374 residentes em Peniche, maioritariamente do sexo feminino, com idades compreendidas entre os 30 e os 45 anos e detentores de grau de ensino superior. Os resultados mostram que os inquiridos consomem peixe, preferencialmente, cozido e grelhado, entre uma a três vezes por semana sendo que o bacalhau, o carapau, o salmão e a pescada estão entre as espécies mais consumidas. Devido à conveniência, pronta disponibilidade e preços acessíveis, os supermercados são os locais preferidos dos consumidores para comprarem peixe fresco e congelado. Além disso, a população de Peniche mantém o hábito de adquirir peixe fresco na peixaria e diretamente ao pescador. Apesar das duas populações exibirem uma maior propensão para consumir pescado selvagem, em Leiria o consumo de espécies de aquacultura aumenta com o grau de ensino. Por conseguinte, o pescado selvagem é considerado mais saudável, mais nutritivo, saboroso e mais seguro, sobretudo pela população que vive na zona costeira e que segue hábitos alimentares tradicionais. O pescado é percebido como um alimento saudável que possui alto teor em proteínas e ácidos gordos Omega-3, e baixo teor de gordura. No entanto, o preço elevado, a falta de disponibilidade para a sua confeção e as preocupações com os contaminantes presentes no pescado e consequentes riscos para a saúde são barreiras ao consumo de pescado. Os consumidores com mais idade mostram-se pouco recetivos à oferta de produtos inovadores à base de pescado por considerarem estes produtos de fraca qualidade. Com o avançar dos tempos, os habitantes de Peniche foram adquirindo novos hábitos de consumo e hoje em dia o consumo de pescado não difere muito da população de Leiria.

Unexpectedly high catch-and-release rates in European marine recreational fisheries: implications for science and management

While catch-and-release (C&R) is a well-known practice in several European freshwater recreational fisheries, studies on the magnitude and impact of this practice in Europeanmarine recreational fisheries are limited. To provide an overview of the practice andmagnitude of C&R among marine recreational anglers in Europe, the existing knowledge of C&R and its potential associated release mortality was collected andsummarized. The present study revealed that in several European countries over half of the total recreational catch is released by marine anglers. High release proportions of > 60% were found for Atlantic cod (Gadus morhua), European sea bass (Dicentrarchus labrax), pollack (Pollachius pollachius), and sea trout (Salmo trutta) in at least one of the studied European countries. In the case of the German recreational Baltic Sea cod fishery, release proportions varied considerably between years, presumably tracking a strong year class ofundersized fish. Reasons for release varied between countries and species, and included legal restrictions (e.g. minimumlanding sizes and daily bag limits) and voluntary C&R. Considering the magnitude of C&R practice among European marine recreational anglers, post-release mortalities of released fish may need to be accounted for in estimated fishingmortalities.However, as the survival rates of Europeanmarine species aremostly unknown, there is a need to conduct post-release survival studies and to identify factors affecting post-release survival. Such studies could also assist in developing species-specific, best-practice guidelines to minimize the impacts of C&R on released marine fish in Europe.

Life history & environmental effects on telomere dynamics in Atlantic salmon

While much of the study of molecular biology inevitably focuses on the parts of the genome that contain active genes, there are also non-coding regions that nonetheless play an essential role in maintaining genome integrity. One such region are telomeres, which cap the ends of all eukaryotic chromosomes and play an important role in chromosome protection. Telomere loss occurs at each cell division as a result of the ‘end replication problem’ and a relatively short telomere length is indicative of poor biological state. Thus far, the majority of studies on the dynamics and role of telomeres have been biased towards certain taxa. Research to date has mostly focussed on humans, other mammals and birds. There has been far less research on the telomere dynamics of ectotherms. It is important that we do so, especially since ectothermic vertebrates do not seem to down-regulate telomerase expression in the same way as endotherms, suggesting that their telomere dynamics may be less predictable in the later life stages. The main objective of this thesis was therefore to investigate how life history and environmental effects may influence telomere dynamics in Atlantic salmon Salmo salar. I carried out carefully designed experiments, both in the laboratory and in the wild, using a longitudinal approach where possible, in order to address a number of specific questions that are connected to this central theme. In chapter 2, I demonstrate that there can be significant links between parental life history and offspring telomere dynamics. Maternal life history traits, in particular egg size, were most strongly related to offspring telomere length at the embryonic stages. Paternal life history traits, such as early life growth rate, had a greater association with offspring telomere dynamics in the later stages of development. In chapter 3, using a wild Atlantic salmon population, I found that most individuals experienced a reduction in telomere length during the migratory phase of their life cycle; however the relative rate of telomere loss was dependent on sex, with males experiencing a relatively greater loss. Unexpectedly, I also found that juvenile salmon that had the shortest telomeres at the time of outward migration, had the greatest probability of surviving through to the return migration. In chapter 4, again using a wild system involving experimental manipulations of juvenile Atlantic salmon in Scottish streams, I found that telomere length in juvenile fish was influenced by parental traits and by direct environmental effects. Faster-growing fish had shorter telomeres and there was a greater cost (in terms of reduced telomere length) if the growth occurred in a harsher environment. I also found a positive association between offspring telomere length and the growth history of their fathers (but not mothers), represented by the number of years that fathers had spent at sea. Chapter 5 explored the hypotheses that oxidative DNA damage, catalase (CAT) antioxidant activity and cell proliferation rate are underlying mechanisms linking incubation temperature and telomere dynamics in salmon embryos. No evidence was found for any such effects, but telomere lengths in salmon embryos were found to be significantly affected by the temperature of the water in which they were living. There is also evidence that telomere length significantly increases during embryonic development. In summary, this thesis has shown that a complex mix of environmental and parental effects appear to influence telomere dynamics in Atlantic salmon, with parental effects especially evident during early life stages. It also demonstrated that telomeres lengthen through the embryo stages of development before reducing once the fry begin feeding, indicating that the patterns of telomere loss commonly found in endotherms may differ in ectotherms. Reasons for this variation in telomere dynamics are presented in the final Discussion chapter of the thesis.

Studio della shelf-life di filetti di salmone crio-affumicati tramite un processo innovativo

Il salmone atlantico (Salmo salar), grazie alle proprie caratteristiche sensoriali e nutrizionali, è una specie ittica ad alto valore commerciale, oggetto di numerose ricerche volte a migliorare l’efficienza del suo allevamento e la qualità dei suoi prodotti trasformati. Ad oggi, l’affumicatura a freddo (< 30°C) è il processo più comunemente applicato per valorizzare il salmone ed estenderne la shelf-life (SL), ma l’esposizione all’ossigeno atmosferico durante suddetta operazione favorisce l’ossidazione dei lipidi e la perdita di valore nutrizionale. Lo scopo del presente lavoro di tesi è stato quello di valutare l’effetto di un processo innovativo di crio- affumicatura sulla SL di filetti di salmone atlantico. A tal fine, dei filetti sono stati affumicati a 5 e 22 °C attraverso un prototipo che sfrutta l'azoto liquido come fluido di raffreddamento e l’azoto gassoso come carrier dei fumi e sono stati confrontati con filetti affumicati a 22°C in aria (affumicatura a freddo convenzionale) per lo stesso tempo (3 ore). Una volta disidratati osmoticamente, affumicati e confezionati sottovuoto, i campioni sono stati sottoposti alle determinazioni di colore, texture, sale, contenuto lipidico, aw, umidità, pH, fenoli e indici di ossidazione lipidica durante 32 giorni di conservazione refrigerata. L’evoluzione della qualità microbiologica dei filetti è stata invece valutata fino a 45 giorni. Dai risultati è emerso che, a parità di durata del trattamento, l’utilizzo della crio-affumicatura in azoto ha permesso di ridurre l’entità della perossidazione lipidica e ottenere una SL microbiologica maggiore rispetto all’affumicatura a freddo in azoto, probabilmente in ragione del mantenimento della catena del freddo. Inoltre, a seguito dell’utilizzo di azoto come gas carrier al posto dell’aria, l’assorbimento dei fenoli è risultato minore, fatto che probabilmente ha determinato una minore inibizione della crescita microbica e, pertanto, una SL microbiologica più breve.