Algorithmes pour la réconciliation d’un arbre de gènes avec un arbre d’espèces

Une réconciliation entre un arbre de gènes et un arbre d’espèces décrit une histoire d’évolution des gènes homologues en termes de duplications et pertes de gènes. Pour inférer une réconciliation pour un arbre de gènes et un arbre d’espèces, la parcimonie est généralement utilisée selon le nombre de duplications et/ou de pertes. Les modèles de réconciliation sont basés sur des critères probabilistes ou combinatoires. Le premier article définit un modèle combinatoire simple et général où les duplications et les pertes sont clairement identifiées et la réconciliation parcimonieuse n’est pas la seule considérée. Une architecture de toutes les réconciliations est définie et des algorithmes efficaces (soit de dénombrement, de génération aléatoire et d’exploration) sont développés pour étudier les propriétés combinatoires de l’espace de toutes les réconciliations ou seulement les plus parcimonieuses. Basée sur le processus classique nommé naissance-et-mort, un algorithme qui calcule la vraisemblance d’une réconciliation a récemment été proposé. Le deuxième article utilise cet algorithme avec les outils combinatoires décrits ci-haut pour calculer efficacement (soit approximativement ou exactement) les probabilités postérieures des réconciliations localisées dans le sous-espace considéré. Basé sur des taux réalistes (selon un modèle probabiliste) de duplication et de perte et sur des données réelles/simulées de familles de champignons, nos résultats suggèrent que la masse probabiliste de toute l’espace des réconciliations est principalement localisée autour des réconciliations parcimonieuses. Dans un contexte d’approximation de la probabilité d’une réconciliation, notre approche est une alternative intéressante face aux méthodes MCMC et peut être meilleure qu’une approche sophistiquée, efficace et exacte pour calculer la probabilité d’une réconciliation donnée. Le problème nommé Gene Tree Parsimony (GTP) est d’inférer un arbre d’espèces qui minimise le nombre de duplications et/ou de pertes pour un ensemble d’arbres de gènes. Basé sur une approche qui explore tout l’espace des arbres d’espèces pour les génomes considérés et un calcul efficace des coûts de réconciliation, le troisième article décrit un algorithme de Branch-and-Bound pour résoudre de façon exacte le problème GTP. Lorsque le nombre de taxa est trop grand, notre algorithme peut facilement considérer des relations prédéfinies entre ensembles de taxa. Nous avons testé notre algorithme sur des familles de gènes de 29 eucaryotes.

Analyse comparative des conceptions de l’enfant et des institutions de l’adoption dans le monde arabo-musulman et en Occident : une réconciliation est-elle possible?

Ce mémoire traite du droit de l’adoption dans une perspective comparative entre régimes arabo-musulman, français et québécois. Dans un premier temps est abordée la place de l’enfant dans l’Islam : de sa conception au sein de la famille musulmane à l’ensemble de ses droits selon le droit religieux. Ce tour d’horizon permet d’aborder l’épineux problème de l’interdiction de l’adoption par le Coran et les alternatives qui ont été développées pour y remédier, plus particulièrement la kafala. La kafala sera expliquée et située dans l’ordre public international, puis examinée au regard de quatre législations arabes : le Maroc, la Tunisie, l’Algérie et le Liban. Dans un deuxième temps, la question sera examinée d’un point de vue occidental. Il y sera analysé la possibilité et les difficultés entourant l’application des règles musulmanes de statut personnel en France et au Québec. Finalement sera abordé l’accueil que ces deux sociétés ont réservé à la kafala dans leur système respectif.

Justice réparatrice et théorie de la responsabilité : problématique de la réconciliation dans un contexte de transition : les cas du Chili, de l’Argentine et de l’Afrique du Sud

Les gouvernants d'État qui émergent de conflits politiques - guerre civile, dictature - sont confrontés à des demandes que inconciliables que les auteurs estiment pourtant indispensables. Ils font face à l'exigence de justice pénale formulées par les victimes et la revendication d'impunité émanant des auteurs de crimes, très souvent, constitués par les anciens responsables de l'État. Le châtiment, en effet, ne permet ni la pacification ni la démocratisation.Il devient, dès lors, explicite que la sortie de crise peut prendre des voies autres que celle de la sanction pénale. La justice réparatrice apparaît ainsi comme un type de justice susceptible de faire droit aux demandes des offenseurs et des offensés en favorisant la paix et la démocratisation. On lui adresse pourtant des critiques ayant trait à la déresponsabilisation des individus ou à l'incrimination de tout le monde dans l'exécution des crimes perpétrés. L'objectif ultime est de favoriser la délibération, entre les offenseurs et les offensés, sur les crimes. Il faut cependant prémunir un tel dialogue contre les risques d'instrumentalisation. Dans les Commissions Vérité le discours tourne autour essentiellement des thématiques des droits de l'homme, des excuses, du pardon et de l'amnistie. Toutefois, l'usage de ces notions ne fait pas disparaître comme enchantement la haine de certaines victimes.

Quête spirituelle et réconciliation identitaire : une ethnographie de la Communauté des druides du Québec

Au cours du vingtième siècle, le Québec a connu un bouleversement identitaire et religieux lorsqu’une majorité de Québécois a délaissé les prescriptions doctrinales catholiques, la religion identitaire du Québec, qui encadrait leur vie et s’imposait en tant que détentrice du « code exclusif du sens » (Hervieu-Léger 1993 : 155). Pour combler la perte de repères (Lemieux 2008) engendrée par les bouleversements décrits précédemment, plusieurs individus se tournèrent vers d’autres formes de spiritualité, soit en se convertissant à un nouveau système religieux ou en s’engageant dans une quête spirituelle. Certains Québécois, au cours de leur quête, ont alors découvert le druidisme, une spiritualité fondée sur le désir de retour à l’ancienne religion païenne des Celtes, et l’ont intégré en tant que composante principale ou secondaire de leur spiritualité. Le but de ce mémoire sera d’apporter quelques éléments d’explication à la présence du druidisme au Québec. Nous soulignerons l’importance du contexte moderne dans la quête de sens amorcée par l’adepte de paganisme celte, car ce contexte semble avoir servi de catalyseur dans le processus de découverte du druidisme pour ces Québécois. Puis, nous mettrons l’accent sur les raisons identitaires mises de l’avant par la CDQ pour justifier leur choix d’intégrer le druidisme à leur cheminement spirituel. Nous verrons que pour le druidisant, cette religion vient à la fois répondre à des besoins spirituels et combler un vide identitaire.

Entre esthétique et politique : le théâtre de la réconciliation

Les situations d'après-guerre demandent plus qu'une déclaration officielle pour retrouver la stabilité et l'entente sociales. Les réflexions philosophiques portant sur les moyens d'atteindre une réconciliation sont nombreuses, mais il y a encore peu de recherches portant sur l'impact de l'art pour ressouder les liens sociaux et guérir les membres constituant la société. Après avoir démontré la légitimité d'une réflexion portant sur le rôle que pourrait tenir le théâtre pour la réconciliation et l'établissement de normes, nous justifions pourquoi les notions de récit, de performance publique, de travail de création et de transmission d'émotion deviennent des critères de validation du théâtre pour la réconciliation. Par l'usage du théâtre, les intervenants pourront ainsi mieux accompagner les victimes dans leur deuil et les aider à créer de nouveaux liens profitant au développement d'un contrat social sain pour la refonte de l’État.

Pour un modèle chrétien de réconciliation dans la société luba : une interprétation des pratiques traditionnelles luba de réconciliation à partir de Genèse 32–33 et une proposition d’appropriation chrétienne contemporaine

Pour des raisons de limitation, cette thèse analyse le thème de la réconciliation à partir des pratiques traditionnelles des Baluba du Katanga; elle concerne et s'applique également aux autres ethnies bantu en Afrique Centrale où ces pratiques sont similaires.

Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation

Les gènes, qui servent à encoder les fonctions biologiques des êtres vivants, forment l'unité moléculaire de base de l'hérédité. Afin d'expliquer la diversité des espèces que l'on peut observer aujourd'hui, il est essentiel de comprendre comment les gènes évoluent. Pour ce faire, on doit recréer le passé en inférant leur phylogénie, c'est-à-dire un arbre de gènes qui représente les liens de parenté des régions codantes des vivants. Les méthodes classiques d'inférence phylogénétique ont été élaborées principalement pour construire des arbres d'espèces et ne se basent que sur les séquences d'ADN. Les gènes sont toutefois riches en information, et on commence à peine à voir apparaître des méthodes de reconstruction qui utilisent leurs propriétés spécifiques. Notamment, l'histoire d'une famille de gènes en terme de duplications et de pertes, obtenue par la réconciliation d'un arbre de gènes avec un arbre d'espèces, peut nous permettre de détecter des faiblesses au sein d'un arbre et de l'améliorer. Dans cette thèse, la réconciliation est appliquée à la construction et la correction d'arbres de gènes sous trois angles différents: 1) Nous abordons la problématique de résoudre un arbre de gènes non-binaire. En particulier, nous présentons un algorithme en temps linéaire qui résout une polytomie en se basant sur la réconciliation. 2) Nous proposons une nouvelle approche de correction d'arbres de gènes par les relations d'orthologie et paralogie. Des algorithmes en temps polynomial sont présentés pour les problèmes suivants: corriger un arbre de gènes afin qu'il contienne un ensemble d'orthologues donné, et valider un ensemble de relations partielles d'orthologie et paralogie. 3) Nous montrons comment la réconciliation peut servir à "combiner'' plusieurs arbres de gènes. Plus précisément, nous étudions le problème de choisir un superarbre de gènes selon son coût de réconciliation.

De l’autorité et de l’égalité chez Hannah Arendt, une réconciliation est-elle souhaitable?

Il semble régner aujourd’hui une certaine confusion lorsqu’on aborde des concepts et réalités politiques tels que le pouvoir, l’autorité, la domination, voire même la violence. De plus, les sociétés démocratiques et libérales contemporaines s’accordent de plus en plus avec un modèle de gouvernance individualiste et conformiste, ce qui semble limiter significativement toute forme de sens commun. En tant que réalité et catégorie spécifique du politique, l’autorité semble à cet égard s’effacer pour laisser place à une nouvelle figure. Celle-ci combine différents concepts et réalité du politique tels qu’autorité, pouvoir, violence, force, puissance souvent incarné par le chef ou le leader politique, ou encore est institutionnalisée au sein du gouvernement en place. La combinaison de ces différents concepts pour n’en former qu’un rend plutôt confuse notre compréhension de l’autorité et rend conflictuel sa relation avec l’égalité. Pour Hannah Arendt, la disparition de la catégorie politique de l’autorité s’exprime par l’intermédiaire d’une crise. Une crise marquée par une rupture du sens commun qui met en échec non seulement l’égalité entre les citoyennes et citoyens, mais aussi notre façon de concevoir le politique dans son ensemble. Réfléchir à la crise de l’autorité nous amèneras donc à repenser le politique, et ce faisant, les notions d’autorité et d’égalité. Dans ce mémoire, nous soutenons qu’une forme d’équilibre entre l’autorité et l’égalité est toujours possible, et même nécessaire dans notre monde politique contemporain.

Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation

Les gènes, qui servent à encoder les fonctions biologiques des êtres vivants, forment l'unité moléculaire de base de l'hérédité. Afin d'expliquer la diversité des espèces que l'on peut observer aujourd'hui, il est essentiel de comprendre comment les gènes évoluent. Pour ce faire, on doit recréer le passé en inférant leur phylogénie, c'est-à-dire un arbre de gènes qui représente les liens de parenté des régions codantes des vivants. Les méthodes classiques d'inférence phylogénétique ont été élaborées principalement pour construire des arbres d'espèces et ne se basent que sur les séquences d'ADN. Les gènes sont toutefois riches en information, et on commence à peine à voir apparaître des méthodes de reconstruction qui utilisent leurs propriétés spécifiques. Notamment, l'histoire d'une famille de gènes en terme de duplications et de pertes, obtenue par la réconciliation d'un arbre de gènes avec un arbre d'espèces, peut nous permettre de détecter des faiblesses au sein d'un arbre et de l'améliorer. Dans cette thèse, la réconciliation est appliquée à la construction et la correction d'arbres de gènes sous trois angles différents: 1) Nous abordons la problématique de résoudre un arbre de gènes non-binaire. En particulier, nous présentons un algorithme en temps linéaire qui résout une polytomie en se basant sur la réconciliation. 2) Nous proposons une nouvelle approche de correction d'arbres de gènes par les relations d'orthologie et paralogie. Des algorithmes en temps polynomial sont présentés pour les problèmes suivants: corriger un arbre de gènes afin qu'il contienne un ensemble d'orthologues donné, et valider un ensemble de relations partielles d'orthologie et paralogie. 3) Nous montrons comment la réconciliation peut servir à "combiner'' plusieurs arbres de gènes. Plus précisément, nous étudions le problème de choisir un superarbre de gènes selon son coût de réconciliation.

Un modèle rétroactif de réconciliation utilité-confidentialité sur les données d’assurance

Le partage des données de façon confidentielle préoccupe un bon nombre d’acteurs, peu importe le domaine. La recherche évolue rapidement, mais le manque de solutions adaptées à la réalité d’une entreprise freine l’adoption de bonnes pratiques d’affaires quant à la protection des renseignements sensibles. Nous proposons dans ce mémoire une solution modulaire, évolutive et complète nommée PEPS, paramétrée pour une utilisation dans le domaine de l’assurance. Nous évaluons le cycle entier d’un partage confidentiel, de la gestion des données à la divulgation, en passant par la gestion des forces externes et l’anonymisation. PEPS se démarque du fait qu’il utilise la contextualisation du problème rencontré et l’information propre au domaine afin de s’ajuster et de maximiser l’utilisation de l’ensemble anonymisé. À cette fin, nous présentons un algorithme d’anonymat fortement contextualisé ainsi que des mesures de performances ajustées aux analyses d’expérience.

Un modèle rétroactif de réconciliation utilité-confidentialité sur les données d’assurance

Le partage des données de façon confidentielle préoccupe un bon nombre d’acteurs, peu importe le domaine. La recherche évolue rapidement, mais le manque de solutions adaptées à la réalité d’une entreprise freine l’adoption de bonnes pratiques d’affaires quant à la protection des renseignements sensibles. Nous proposons dans ce mémoire une solution modulaire, évolutive et complète nommée PEPS, paramétrée pour une utilisation dans le domaine de l’assurance. Nous évaluons le cycle entier d’un partage confidentiel, de la gestion des données à la divulgation, en passant par la gestion des forces externes et l’anonymisation. PEPS se démarque du fait qu’il utilise la contextualisation du problème rencontré et l’information propre au domaine afin de s’ajuster et de maximiser l’utilisation de l’ensemble anonymisé. À cette fin, nous présentons un algorithme d’anonymat fortement contextualisé ainsi que des mesures de performances ajustées aux analyses d’expérience.

Promoção da saúde mental em espaço urbano

RESUMO: A saúde pública deve estar atenta aos contextos e às mudanças sociais, políticas, económicas, científicas e tecnológicas com que se confrontam constantemente as comunidades, particularmente em situações de grandes transformações como o momento que a União Europeia atravessa. A urbanização é provavelmente a mudança demográfica mais importante das últimas décadas. Tendo importantes repercussões sobre a saúde mental, é importante desenvolver a investigação neste domínio, de forma multidisciplinar e integrando a compreensão dos diferentes determinantes sociais, psicológicos e físicos. As políticas de saúde mental tornaram-se uma parte importante da política social e da sociedade de bem-estar, em particular se considerarmos a urbanização das nossas comunidades. Considerar a saúde mental em espaço urbano é fundamentalmente estudar como um espaço particular pode influenciar a saúde. Baseado nesta reflexão, desenvolveu-se uma investigação participada de base comunitária, com recurso a uma metodologia de estudo de caso. Recorreu-se a dezenas de documentos de referência local, registos em arquivo, à observação direta, à observação participante e à observação in loco do espaço urbano. Foi utilizada uma amostragem em bola de neve, estratificada, para selecionar 697 habitantes de uma cidade da área metropolitana de Lisboa. Estes habitantes foram entrevistados por 42 entrevistadores, previamente formados, assim como foram enviados questionários online dirigidos aos professores (196) e aos Técnicos Superiores de Serviço Social (12) em exercício no espaço urbano em estudo, para a caraterização sociodemográfica e para avaliação de indicadores de saúde, de indicadores relacionados com a saúde e de indicadores estruturais de saúde mental. Os resultados mostraram um espaço urbano promotor de saúde estrutura-se para capacitar os seus cidadãos a se integrarem ativamente no funcionamento da sua comunidade. Foram identificadas algumas caraterísticas como 1) o início do processo de promoção da saúde mental ser o mais precoce possível; 2) a participação comunitária ativa, num sentimento de segurança individual e comunitária, envolvendo estruturas governamentais e não-governamentais; 3) a solidariedade e a inclusão, promovendo o voluntariado e a promoção do suporte social e desenvolvendo a coesão social; 4) o reconhecimento das necessidades expressas pelos habitantes; 5) a identificação de respostas para a conciliação entre vida pessoal, familiar e profissional; 6) as estruturas de acompanhamento dos grupos sociais mais desfavorecidos; 7) as estratégias de combate ao isolamento envolvendo a população sénior e outros grupos minoritários ativamente no processo de reorganização do seu funcionamento social; 8) uma efetiva governança e gestão relacional por parte dos poderes locais, centrando a vida quotidiana da comunidade nas pessoas. A investigação participada de base comunitária constitui um instrumento útil e eficaz no desenho de planos locais de promoção da saúde mental para encontrar respostas ao desafio em saúde pública: a saúde mental e a urbanização.

L'Ancien Testament légitime-t-il un "droit du sol" ou un "droit du sang"?

(Résumé de l'ouvrage) Résister aux extrémismes racistes et xénophobes : c'est dans une telle perspective que cet ouvrage s'inscrit. Ecrit à plusieurs voix, dans une pluralité d'approches historique, théologique, témoignages..., ce livre aide chaque lecteur à débusquer la tentation du rejet de l'autre, à se forger une opinion sur cette question, à nourrir ses engagements, à discerner les chemins de sa fidélité ; il appelle aussi chaque communauté à devenir lieu de guérison, de réconciliation et de pardon. Le livre ne fait pas de l'Evangile une valeur d'où le lecteur déduirait des valeurs opposables à l'idéologie de l'extrême droite, mais il le recentre sur l'essentiel : la rencontre avec le Christ, l'écoute de sa Parole qui toujours et d'abord appelle à sa propre conversion. C'est donc fondamentalement une parole théologique qui résonne ici."

Utopie de la littérature : la question littéraire dans l'oeuvre de Theodor W. Adorno

La thèse se propose d'étudier la question de la littérature dans l'oeuvre de Theodor W. Adorno. Elle fait apparaître la fonction utopique que le philosophe allemand attribue à la littérature en tant que celle-ci dessine l'horizon d'une « langue sans terre », ligne de fuite hors de la « Dialektik der Aufklàrung » et de l'autodestruction de la Raison. Tandis que le discours philosophique a sans cesse reproduit dans son appareil conceptuel la violence mythico- rationnelle à l'encontre du singulier non-identique, la langue littéraire semble en mesure d'indiquer la possibilité de parvenir par le concept au-delà du concept, ce qui constitue le désir utopique de la pensée comme dialectique négative. L'enjeu n'est pas seulement épistémique : il est bien éthico-politique, lié à la possibilité d'établir des rapports à l'autre libérés de la contrainte de l'identité.¦Dans les oeuvres littéraires dont il entreprend la lecture - qu'il s'agisse de celles d'Eichendorff, de Hôlderlin, de Proust, de Valéry, de Beckett ou encore de Kafka - Adorno ne cherche cependant pas une figure concrète de l'utopie, mais la trace de « ce qui nous appartient en propre et qui a été laissé en blanc» - aussi bien dans les textes que dans l'Histoire. La littérature porte alors en creux ce possible impossible dont la puissance hante le présent entre ses lignes ; elle est de la réconciliation ( Versôhnung) une image sans image, tout à la fois ressource de la critique radicale des conditions existantes et réserve du désir d'un autre à venir.¦A partir d'une esquisse du geste inaugural de l'utopie de la littérature dans le premier romantisme de Iéna, la thèse expose les enjeux philosophiques, esthétiques et politiques de la littérature dans la pensée adornienne, puis procède - et c'est là le coeur du travail - à une « lecture de lectures », à une traversée des essais qu'Adorno consacra, tout au long de sa vie, aux textes littéraires, pour trouver en ceux-ci les indices de l'utopie à l'oeuvre.

Analyse rétrospective et création d'un modèle prédictif des réadmissions précoces dans le Service de Médecine Interne du CHUV

Le taux de réadmission à 30 jours de la sortie de l'hôpital est un indicateur de la qualité de prise en charge hospitalière pouvant refléter des soins suboptimaux ou une coordination insuffisante avec les intervenants ambulatoires. Il existe un algorithme informatisé validé dénommé SQLape® qui, basé sur des données administratives suisses, les codes diagnostiques et les codes d'interventions, permet d'identifier rétrospectivement les réadmissions potentiellement évitables (REAPE), avec une haute sensibilité (96%) et spécificité (96%). Sont considérées REAPE, les réadmissions précoces (< 30 jours), non planifiées à la sortie du séjour index et dues à un diagnostic déjà actif lors du précédent séjour ou dues à une complication d'un traitement. Le but de notre étude a été d'analyser rétrospectivement tous les séjours des patients admis dans le service de Médecine Interne du CHUV entre le 1 janvier 2009 et le 31 décembre 2011, afin de quantifier la proportion de REAPE, puis d'identifier des facteurs de risques afin d'en dériver un modèle prédictif. Nous avons analysé 11'074 séjours. L'âge moyen était de 72 +/- 16,8 ans et 50,3 % étaient des femmes. Nous avons comptabilisé 8,4 % décès durant les séjours et 14,2 % réadmissions à 30 jours de la sortie, dont la moitié (7,0 %) considérées potentiellement évitables selon SQLape®. Les facteurs de risques de REAPE que nous avons mis en évidence étaient les suivants : au moins une hospitalisation antérieure à l'admission index, un score de comorbidité de Charlson > 1, la présence d'un cancer actif, une hyponatrémie, une durée de séjour > 11 jours ou encore la prescription d'au moins 15 médicaments différents durant le séjour. Ces variables ont été utilisées pour en dériver un modèle prédictif de REAPE de bonne qualité (aire sous la courbe ROC de 0,70), plus performant pour notre population qu'un autre modèle prédictif développé et validé au Canada, dénommé score de LACE. Dans une perspective d'amélioration de la qualité des soins et d'une réduction des coûts, la capacité à identifier précocement les patients à risque élevé de REAPE permettrait d'implémenter rapidement des mesures préventives ciblées (par exemple un plan de sortie détaillé impliquant le patient, son entourage et son médecin traitant) en plus des mesures préventives générales (par exemple la réconciliation médicamenteuse)