The TRANSPLANTA collection of Arabidopsis lines: a resource for functional analysis of transcription factors based on their conditional overexpression.

Los factores de transcripción (FTs) son reguladores clave de la expresión génica en todos los organismos. En eucariotas los FTs con frecuencia están representados por miembros funcionalmente redundantes de familias génicas de gran tamaño. La sobreexpresión de FTs puede representar una herramienta para revelar las funciones biológicas de FTs redundantes en plantas; sin embargo, la sobreexpresión constitutiva de FTs con frecuencia conlleva diversos defectos en el desarrollo, impidiendo su caracterización funcional. Sin embargo, aproximaciones de sobreexpresión condicional podrían ayudar a solventar este problema. En el consorcio TRANSPLANTA, en el que participan varios laboratorios del CBGP, hemos generado una colección de líneas transgénicas de Arabidopsis, cada una de las cuales expresa un FT bajo el control de un promotor inducible por ?estradiol. Hasta el momento se han generado 1636 líneas homocigotas independientes que corresponden a 634 FTs diferentes, lo que representa una media de 2,6 líneas por cada FT. Como confirmación de la utilidad de esta herramienta, el tratamiento con ?estradiol de líneas que expresaban condicionalmente FTs provoca alteraciones fenotípicas tales como proliferación de pelos radiculares, senescencia inducida por oscuridad, acumulación de antocianinas y enanismo, y que corroboran fenotipos previamente descritos debidos a la sobreexpresión de dichos FTs. Rastreos realizados posteriormente con otras líneas TRANSPLANTA han permitido la identificación de FTs implicados en diferentes procesos biológicos de plantas, confirmando que la colección es una herramienta valiosa para la caracterización funcional de FTs. Las semillas de las líneas TRANSPLANTA han sido depositadas en el Nottingham Arabidopsis Stock Centre para su distribución posterior.

Monitoring treatment of vocal fold paralysis by biomechanical analysis of voice

A case study of vocal fold paralysis treatment is described with the help of the voice quality analysis application BioMet®Phon. The case corresponds to a description of a 40 - year old female patient who was diagnosed of vocal fold paralysis following a cardio - pulmonar intervention which required intubation for 8 days and posterior tracheotomy for 15 days. The patient presented breathy and asthenic phon ation, and dysphagia. Six main examinations were conducted during a full year period that the treatment lasted consisting in periodic reviews including video - endostroboscopy, voice analysis and breathing function monitoring. The phoniatrician treatment inc luded 20 sessions of vocal rehabilitation, followed by an intracordal infiltration with Radiesse 8 months after the rehabilitation treatment started followed by 6 sessions of rehabilitation more. The videondoscopy and the voicing quality analysis refer a s ubstantial improvement in the vocal function with recovery in all the measures estimated (jitter, shimmer, mucosal wave contents, glottal closure, harmonic contents and biomechanical function analysis). The paper refers the procedure followed and the results obtained by comparing the longitudinal progression of the treatment, illustrating the utility of voice quality analysis tools in speech therapy.

Análisis de sistemas dinámicos y complejos en la Liga Profesional de Balonmano de España = Complex and dynamical systems analysis in Spanish Professional Handball League

El propósito de esta tesis fue estudiar el rendimiento ofensivo de los equipos de balonmano de élite cuando se considera el balonmano como un sistema dinámico complejo no lineal. La perspectiva de análisis dinámica dependiente del tiempo fue adoptada para evaluar el rendimiento de los equipos durante el partido. La muestra general comprendió los 240 partidos jugados en la temporada 2011-2012 de la liga profesional masculina de balonmano de España (Liga ASOBAL). En el análisis posterior solo se consideraron los partidos ajustados (diferencia final de goles ≤ 5; n = 142). El estado del marcador, la localización del partido, el nivel de los oponentes y el periodo de juego fueron incorporados al análisis como variables situacionales. Tres estudios compusieron el núcleo de la tesis. En el primer estudio, analizamos la coordinación entre las series temporales que representan el proceso goleador a lo largo del partido de cada uno de los dos equipos que se enfrentan. Autocorrelaciones, correlaciones cruzadas, doble media móvil y transformada de Hilbert fueron usadas para el análisis. El proceso goleador de los equipos presentó una alta consistencia a lo largo de todos los partidos, así como fuertes modos de coordinación en fase en todos los contextos de juego. Las únicas diferencias se encontraron en relación al periodo de juego. La coordinación en los procesos goleadores de los equipos fue significativamente menor en el 1er y 2º periodo (0–10 min y 10–20 min), mostrando una clara coordinación creciente a medida que el partido avanzaba. Esto sugiere que son los 20 primeros minutos aquellos que rompen los partidos. En el segundo estudio, analizamos los efectos temporales (efecto inmediato, a corto y a medio plazo) de los tiempos muertos en el rendimiento goleador de los equipos. Modelos de regresión lineal múltiple fueron empleados para el análisis. Los resultados mostraron incrementos de 0.59, 1.40 y 1.85 goles para los periodos que comprenden la primera, tercera y quinta posesión de los equipos que pidieron el tiempo muerto. Inversamente, se encontraron efectos significativamente negativos para los equipos rivales, con decrementos de 0.50, 1.43 y 2.05 goles en los mismos periodos respectivamente. La influencia de las variables situacionales solo se registró en ciertos periodos de juego. Finalmente, en el tercer estudio, analizamos los efectos temporales de las exclusiones de los jugadores sobre el rendimiento goleador de los equipos, tanto para los equipos que sufren la exclusión (inferioridad numérica) como para los rivales (superioridad numérica). Se emplearon modelos de regresión lineal múltiple para el análisis. Los resultados mostraron efectos negativos significativos en el número de goles marcados por los equipos con un jugador menos, con decrementos de 0.25, 0.40, 0.61, 0.62 y 0.57 goles para los periodos que comprenden el primer, segundo, tercer, cuarto y quinto minutos previos y posteriores a la exclusión. Para los rivales, los resultados mostraron efectos positivos significativos, con incrementos de la misma magnitud en los mismos periodos. Esta tendencia no se vio afectada por el estado del marcador, localización del partido, nivel de los oponentes o periodo de juego. Los incrementos goleadores fueron menores de lo que se podría esperar de una superioridad numérica de 2 minutos. Diferentes teorías psicológicas como la paralización ante situaciones de presión donde se espera un gran rendimiento pueden ayudar a explicar este hecho. Los últimos capítulos de la tesis enumeran las conclusiones principales y presentan diferentes aplicaciones prácticas que surgen de los tres estudios. Por último, se presentan las limitaciones y futuras líneas de investigación. ABSTRACT The purpose of this thesis was to investigate the offensive performance of elite handball teams when considering handball as a complex non-linear dynamical system. The time-dependent dynamic approach was adopted to assess teams’ performance during the game. The overall sample comprised the 240 games played in the season 2011-2012 of men’s Spanish Professional Handball League (ASOBAL League). In the subsequent analyses, only close games (final goal-difference ≤ 5; n = 142) were considered. Match status, game location, quality of opposition, and game period situational variables were incorporated into the analysis. Three studies composed the core of the thesis. In the first study, we analyzed the game-scoring coordination between the time series representing the scoring processes of the two opposing teams throughout the game. Autocorrelation, cross-correlation, double moving average, and Hilbert transform were used for analysis. The scoring processes of the teams presented a high consistency across all the games as well as strong in-phase modes of coordination in all the game contexts. The only differences were found when controlling for the game period. The coordination in the scoring processes of the teams was significantly lower for the 1st and 2nd period (0–10 min and 10–20 min), showing a clear increasing coordination behavior as the game progressed. This suggests that the first 20 minutes are those that break the game-scoring. In the second study, we analyzed the temporal effects (immediate effect, short-term effect, and medium-term effect) of team timeouts on teams’ scoring performance. Multiple linear regression models were used for the analysis. The results showed increments of 0.59, 1.40 and 1.85 goals for the periods within the first, third and fifth timeout ball possessions for the teams that requested the timeout. Conversely, significant negative effects on goals scored were found for the opponent teams, with decrements of 0.59, 1.43 and 2.04 goals for the same periods, respectively. The influence of situational variables on the scoring performance was only registered in certain game periods. Finally, in the third study, we analyzed the players’ exclusions temporal effects on teams’ scoring performance, for the teams that suffer the exclusion (numerical inferiority) and for the opponents (numerical superiority). Multiple linear regression models were used for the analysis. The results showed significant negative effects on the number of goals scored for the teams with one less player, with decrements of 0.25, 0.40, 0.61, 0.62, and 0.57 goals for the periods within the previous and post one, two, three, four and five minutes of play. For the opponent teams, the results showed positive effects, with increments of the same magnitude in the same game periods. This trend was not affected by match status, game location, quality of opposition, or game period. The scoring increments were smaller than might be expected from a 2-minute numerical playing superiority. Psychological theories such as choking under pressure situations where good performance is expected could contribute to explain this finding. The final chapters of the thesis enumerate the main conclusions and underline the main practical applications that arise from the three studies. Lastly, limitations and future research directions are described.

Improved static analysis and verification of energy consumption and other resources via abstract interpretation

Resource analysis aims at inferring the cost of executing programs for any possible input, in terms of a given resource, such as the traditional execution steps, time ormemory, and, more recently energy consumption or user defined resources (e.g., number of bits sent over a socket, number of database accesses, number of calls to particular procedures, etc.). This is performed statically, i.e., without actually running the programs. Resource usage information is useful for a variety of optimization and verification applications, as well as for guiding software design. For example, programmers can use such information to choose different algorithmic solutions to a problem; program transformation systems can use cost information to choose between alternative transformations; parallelizing compilers can use cost estimates for granularity control, which tries to balance the overheads of task creation and manipulation against the benefits of parallelization. In this thesis we have significatively improved an existing prototype implementation for resource usage analysis based on abstract interpretation, addressing a number of relevant challenges and overcoming many limitations it presented. The goal of that prototype was to show the viability of casting the resource analysis as an abstract domain, and howit could overcome important limitations of the state-of-the-art resource usage analysis tools. For this purpose, it was implemented as an abstract domain in the abstract interpretation framework of the CiaoPP system, PLAI.We have improved both the design and implementation of the prototype, for eventually allowing an evolution of the tool to the industrial application level. The abstract operations of such tool heavily depend on the setting up and finding closed-form solutions of recurrence relations representing the resource usage behavior of program components and the whole program as well. While there exist many tools, such as Computer Algebra Systems (CAS) and libraries able to find closed-form solutions for some types of recurrences, none of them alone is able to handle all the types of recurrences arising during program analysis. In addition, there are some types of recurrences that cannot be solved by any existing tool. This clearly constitutes a bottleneck for this kind of resource usage analysis. Thus, one of the major challenges we have addressed in this thesis is the design and development of a novel modular framework for solving recurrence relations, able to combine and take advantage of the results of existing solvers. Additionally, we have developed and integrated into our novel solver a technique for finding upper-bound closed-form solutions of a special class of recurrence relations that arise during the analysis of programs with accumulating parameters. Finally, we have integrated the improved resource analysis into the CiaoPP general framework for resource usage verification, and specialized the framework for verifying energy consumption specifications of embedded imperative programs in a real application, showing the usefulness and practicality of the resulting tool.---ABSTRACT---El Análisis de recursos tiene como objetivo inferir el coste de la ejecución de programas para cualquier entrada posible, en términos de algún recurso determinado, como pasos de ejecución, tiempo o memoria, y, más recientemente, el consumo de energía o recursos definidos por el usuario (por ejemplo, número de bits enviados a través de un socket, el número de accesos a una base de datos, cantidad de llamadas a determinados procedimientos, etc.). Ello se realiza estáticamente, es decir, sin necesidad de ejecutar los programas. La información sobre el uso de recursos resulta muy útil para una gran variedad de aplicaciones de optimización y verificación de programas, así como para asistir en el diseño de los mismos. Por ejemplo, los programadores pueden utilizar dicha información para elegir diferentes soluciones algorítmicas a un problema; los sistemas de transformación de programas pueden utilizar la información de coste para elegir entre transformaciones alternativas; los compiladores paralelizantes pueden utilizar las estimaciones de coste para realizar control de granularidad, el cual trata de equilibrar el coste debido a la creación y gestión de tareas, con los beneficios de la paralelización. En esta tesis hemos mejorado de manera significativa la implementación de un prototipo existente para el análisis del uso de recursos basado en interpretación abstracta, abordando diversos desafíos relevantes y superando numerosas limitaciones que éste presentaba. El objetivo de dicho prototipo era mostrar la viabilidad de definir el análisis de recursos como un dominio abstracto, y cómo se podían superar las limitaciones de otras herramientas similares que constituyen el estado del arte. Para ello, se implementó como un dominio abstracto en el marco de interpretación abstracta presente en el sistema CiaoPP, PLAI. Hemos mejorado tanto el diseño como la implementación del mencionado prototipo para posibilitar su evolución hacia una herramienta utilizable en el ámbito industrial. Las operaciones abstractas de dicha herramienta dependen en gran medida de la generación, y posterior búsqueda de soluciones en forma cerrada, de relaciones recurrentes, las cuales modelizan el comportamiento, respecto al consumo de recursos, de los componentes del programa y del programa completo. Si bien existen actualmente muchas herramientas capaces de encontrar soluciones en forma cerrada para ciertos tipos de recurrencias, tales como Sistemas de Computación Algebraicos (CAS) y librerías de programación, ninguna de dichas herramientas es capaz de tratar, por sí sola, todos los tipos de recurrencias que surgen durante el análisis de recursos. Existen incluso recurrencias que no las puede resolver ninguna herramienta actual. Esto constituye claramente un cuello de botella para este tipo de análisis del uso de recursos. Por lo tanto, uno de los principales desafíos que hemos abordado en esta tesis es el diseño y desarrollo de un novedoso marco modular para la resolución de relaciones recurrentes, combinando y aprovechando los resultados de resolutores existentes. Además de ello, hemos desarrollado e integrado en nuestro nuevo resolutor una técnica para la obtención de cotas superiores en forma cerrada de una clase característica de relaciones recurrentes que surgen durante el análisis de programas lógicos con parámetros de acumulación. Finalmente, hemos integrado el nuevo análisis de recursos con el marco general para verificación de recursos de CiaoPP, y hemos instanciado dicho marco para la verificación de especificaciones sobre el consumo de energía de programas imperativas embarcados, mostrando la viabilidad y utilidad de la herramienta resultante en una aplicación real.

Análisis de media de diferencia entre imágenes y su posterior implementación usando Matlab

El proyecto consta de dos partes principales y dos anexos. La primera es teórica, en ella realizamos; a modo de introducción, un estudio sobre el tratamiento digital de la imagen, desarrollando las principales técnicas de tratamiento y análisis de imágenes que pudimos estudiar durante la carrera. Una vez desgranado el análisis nos centraremos en la correlación digital de imagen, su evolución y distintas técnicas, donde nos centramos en la correlación cruzada normalizada que usamos posteriormente para la correlación de imágenes con Matlab. La segunda parte consiste en la implementación de un sencillo programa mediante Matlab en el que podremos evaluar y analizar las diferencias entre dos o más imágenes, pudiendo observar gráficamente la desviación en milímetros entre varias imágenes y su dirección con vectores. Posteriormente analizamos los resultados obtenidos y proponemos posibles mejoras para futuros proyectos de correlación de imágenes digitales. Por último, incluimos un par de anexos en los que incluimos un tutorial para automatizar acciones con Adobe Photoshop para facilitar el pretratamiento de fotografías antes de analizarlas con el script y una posible práctica de laboratorio para futuros alumnos de la escuela utilizando nuestro script de Matlab. ABSTRACT. The project involves two main parts and two annexes. The first is theoretical, it performed; by way of introduction, a study on digital image processing, developing the main treatment techniques and image analysis we were able to study along our career. Once shelled analysis we will focus on digital image correlation, evolution and different techniques, where we focus on normalized cross-correlation which we use later for the correlation of images with Matlab. The second part is the implementation of a simple program using Matlab where we can evaluate and analyze the differences between two or more images and can graphically see the deviation in millimeters between various images and their direction vectors. Then we analyze the results and propose possible improvements for future projects correlation of digital images. Finally, we have a couple of annexes in which we include a tutorial to automate actions with Adobe Photoshop to facilitate pretreatment photographs before analyzing the script and a possible lab for future school students using our Matlab script.

Mies van der Rohe's Illinois Institute of Technology: Analysis and History of a Compositive Development = El IIT de Mies van der Rohe: análisis e historia de un proceso compositivo

The Illinois Institute of Technology (iit) campus, Chicago, by architect Ludwig Mies van der Rohe, is often considered as a transitional work, usually acknowledged as significant for the reorientation of his professional career after he emigrated to the United States. Moreover, its favorable recognition today is somehow indicative of its relevance as a model for urban intervention in the contemporary American city and for contemporary city planning in general, not to mention the profound impact that it had on the cityscape of Chicago. However, today we know it was rather the result of a close collaboration between he and Ludwig Hilberseimer —later on, to be completed with Alfred Caldwell— who merged their personal ideas and expertise in the design for the first time. In addition to this, when one tries to locate the design within its own historical context and evaluate the sources of its approach to it, some contradictions arise. The major impact of the images produced by Mies to promote its realization —widely disseminated in most contemporary architectural periodicals— probably outshined the particular circumstances in which the design was conceived. In fact, it would never be materialized as originally presented, but it was, instead, continuously reworked according to land availability in the site —a circumstance often ignored by subsequent architectural critic, that enthusiastically praised the design even before it was fully completed. One of the main consequences of looking at iit from such a standpoint is that, when historically contextualized, one can appreciate that, due to the urban scale of its implementation process, the design had to face a complex reality very different to that initially planned by the architect, often far from his actual possibilities of intervention. Such approach is in contradiction with the common description of the design as a ‘tabula rasa’ that allegedly would have been formulated on the basis of a full denial of its context. On the contrary, the ever-changing circumstances of the design motivated a necessary re-interpretation of the relation between its executed fragments, in order to keep the original identity of the whole in an ever-changing context. This situation implied a continuous transformation of the design by means of a steady re-composition of its elements: as the number of completed buildings increased in its successive stages, their relation to their site-specific context changed, in a very particular process that these lines try to delineate. Requiring decades to be erected, neither of its authors would ever see the design finished as planned, partially because of the difficulties in acquiring the extension of land that it required. Considering the study of this process as able to provide a valuable gateway to understand the urban discourse that the architects entailed, the aim of these lines is to analyze the problems that the iit campus design had to face. As a starting point, a relationship between practice and theory in the activity of the authors implied in iit campus design has been assumed. Far from being interrupted during World War ii, strong historical evidence can be found to infer that both were developed in parallel. Consequently, the historical sequence of the preserved testimonies has been put into context, as well as their transformation while Mies remained in charge for the campus Master Plan. Notably, when seen from this perspective, some ideas already expressed during his previous European practice were still present during the design process. Particularly, Mies's particular understanding of certain architectural concepts — such as those of ‘order’ and ‘structure’—can be traced paralleling the theories about urban planning from his collaborators, a fact that possibly facilitated the campus successful development. The study of the way these ideas were actually redeveloped and modified in the American urban context, added to the specific process of the implementation of iit campus design, sheds a new light for a critical interpretation of the reasons that made it possible, and of the actual responsibility of Mies's collaborators in its overall development and final completion. RESUMEN El campus del Illinois Institute of Technology (iit) de Chicago, obra del arquitecto Ludwig Mies van der Rohe, es a menudo considerado como una obra de transición que, por lo general, ha venido siendo reconocida como relevante para la reorientación de su carrera profesional posterior a su exilio en los Estados Unidos. El reconocimiento del que goza el proyecto es indicativo, de algún modo, de su importancia como modelo para la intervención urbana en la ciudad norteamericana contemporánea y el planeamiento de la ciudad contemporánea en general, sin olvidar el profundo impacto que ha tenido sobre el paisaje urbano de Chicago. Sin embargo, hoy sabemos que el resultado se benefició de su estrecha colaboración con Ludwig Hilberseimer y se completaría más tarde con la de Alfred Caldwell, quienes unieron sus ideas y experiencia profesional en el proyecto por primera vez. Asimismo, cuando se intenta ubicar el proyecto dentro de su propio contexto histórico y evaluar los criterios de su manera de abordarlo, surgen algunas contradicciones. El considerable impacto de las imágenes producidas por Mies para impulsar su ejecución —ampliamente difundidas en la mayoría de publicaciones de arquitectura de la época— probablemente eclipsó las particulares circunstancias en las que el proyecto fue concebido. De hecho, nunca llegó a materializarse tal y como fue inicialmente presentado. Por contra, fue reelaborado de manera continua, de acuerdo a la disponibilidad de suelo en el emplazamiento; una circunstancia a menudo ignorada por la crítica posterior, que elogió con entusiasmo el proyecto antes siquiera de que fuese terminado. Una de las principales consecuencias de contemplar el iit desde semejante punto de vista es que, una vez contextualizada históricamente su puesta en obra, se puede apreciar que el arquitecto tuvo que enfrentarse a una compleja realidad urbana muy diferente a la inicialmente prevista —probablemente debido a la escala del proyecto— a menudo lejos de sus posibilidades reales de intervención. Este enfoque contradice la descripción habitual del proyecto como una ‘tabula rasa’, que supuestamente se habría formulado sobre la base de una negación completa de su contexto. Por el contrario, las circunstancias cambiantes del proyecto obligaron una necesaria reinterpretación de la relación entre sus frag mentos ejecutados, con el fin de mantener la identidad original del conjunto en un contexto en constante cambio. Esta situación implicó una continua transformación del proyecto por medio de una permanente re-composición de sus elementos: según se incrementaba el número de edificios construidos en las etapas sucesivas de desarrollo del conjunto, variaba su relación con el contexto específico en que se emplazaban, en un proceso muy particular que estas líneas tratan de perfilar. Al necesitar décadas para ser levantado, ninguno de sus autores vería el conjunto terminado según lo planificado, en parte debido a las dificultades para la adquisición de la extensión de suelo que demandaba. Asumiendo que el estudio de este proceso es capaz de proporcionar una valiosa puerta de entrada para elucidar el discurso urbano asumido por los Mies, el objetivo de estas líneas es analizar los problemas a los que el proyecto del campus del iit tuvo que enfrentarse. Como punto de partida, se ha supuesto una relación entre la práctica y la teoría en la actividad de los autores implicados en el proyecto del campus del iit. Lejos de interrumpirse durante la Segunda Guerra Mundial, existen evidencias históricas sólidas para deducir que ambas vertientes se desarrollaron en paralelo. En consecuencia, se ha contextualizado la secuencia histórica de los testimonios conservados, así como su transformación durante el periodo en que Mies estuvo a cargo del Plan General del campus. Significativamente, al ser contempladas bajo esta perspectiva, algunas ideas ya expresadas durante su práctica europea anterior resultan aún presentes durante la redacción del proyecto. En concreto, se puede trazar un paralelismo entre la comprensión particular de Mies de ciertos conceptos arquitectónicos —como los de ‘orden’ y ‘estructura’— y las teorías sobre el urbanismo de sus colaboradores, hecho que posiblemente facilitó el exitoso desarrollo del proyecto. El estudio de la manera en que estas ideas fueron reelaboradas y modificadas en el contexto urbano estadounidense, sumado al proceso específico de su aplicación en el proyecto del campus del iit, arroja una nueva luz para una interpretación crítica tanto de las razones que lo hicieron posible, como del papel real que los colaboradores de Mies tuvieron en su desarrollo y ejecución final.

ESTUDO COMPARATIVO DA POSIÇÃO ÂNTERO POSTERIOR DOS PRIMEIROS MOLARES INFERIORES NO TRATAMENTO ORTODÔNTICO, UTILIZANDO AS TÉCNICAS STRAIGHT-WIRE E EDGEWISE, EM CASOS DE MÁ OCLUSÃO DE CLASSE I DE ANGLE, COM EXTRAÇÃO DE PRIMEIROS PRÉ-MOLARES

Este estudo avaliou o posicionamento ântero posterior dos primeiros molares inferiores, durante o tratamento ortodôntico, utilizando o arco lingual inferior como acessório de ancoragem na técnica Straight-Wire, em comparação aos casos tratados pela técnica Edgewise, sem a utilização do arco lingual. Dois grupos foram selecionados, ambos apresentando má oclusão de Classe I de Angle7, tratados com extração dos primeiros pré-molares superiores e inferiores. Foi utilizada uma amostra de 255 telerradiografias em norma lateral, obtidas de pacientes brasileiros, de ambos os sexos, com média de idade de 13 anos e 6 meses e com diferentes padrões de crescimento facial. Embasado na análise e discussão dos resultados, concluiu-se que: 1) do início do tratamento ao fim da fase de nivelamento, a perda de ancoragem coronária do primeiro molar inferior foi maior nos casos tratados com a técnica Straight-Wire; 2) do fim da fase de nivelamento ao fim do tratamento, a perda de ancoragem coronária e radicular do primeiro molar inferior foi maior na técnica Edgewise; 3) do início ao fim tratamento a perda de ancoragem radicular foi maior nos pacientes tratados com a técnica Edgewise; e 4) o deslocamento ântero-posterior dos incisivos inferiores não apresentou diferença estatisticamente significante para ambas as técnicas, em todas as etapas observadas.(AU)

ESTUDO COMPARATIVO DA POSIÇÃO ÂNTERO POSTERIOR DOS PRIMEIROS MOLARES INFERIORES NO TRATAMENTO ORTODÔNTICO, UTILIZANDO AS TÉCNICAS STRAIGHT-WIRE E EDGEWISE, EM CASOS DE MÁ OCLUSÃO DE CLASSE I DE ANGLE, COM EXTRAÇÃO DE PRIMEIROS PRÉ-MOLARES

Este estudo avaliou o posicionamento ântero posterior dos primeiros molares inferiores, durante o tratamento ortodôntico, utilizando o arco lingual inferior como acessório de ancoragem na técnica Straight-Wire, em comparação aos casos tratados pela técnica Edgewise, sem a utilização do arco lingual. Dois grupos foram selecionados, ambos apresentando má oclusão de Classe I de Angle7, tratados com extração dos primeiros pré-molares superiores e inferiores. Foi utilizada uma amostra de 255 telerradiografias em norma lateral, obtidas de pacientes brasileiros, de ambos os sexos, com média de idade de 13 anos e 6 meses e com diferentes padrões de crescimento facial. Embasado na análise e discussão dos resultados, concluiu-se que: 1) do início do tratamento ao fim da fase de nivelamento, a perda de ancoragem coronária do primeiro molar inferior foi maior nos casos tratados com a técnica Straight-Wire; 2) do fim da fase de nivelamento ao fim do tratamento, a perda de ancoragem coronária e radicular do primeiro molar inferior foi maior na técnica Edgewise; 3) do início ao fim tratamento a perda de ancoragem radicular foi maior nos pacientes tratados com a técnica Edgewise; e 4) o deslocamento ântero-posterior dos incisivos inferiores não apresentou diferença estatisticamente significante para ambas as técnicas, em todas as etapas observadas.(AU)

AVALIAÇÃO DAS ALTERAÇÕES NA SOBREMORDIDA E NAS ALTURAS FACIAIS ANTERIOR E POSTERIOR, DECORRENTES DO TRATAMENTO ORTODÔNTICO COM EXTRAÇÃO DE PRÉ-MOLARES, EM PACIENTES COM DIFERENTES TIPOS FACIAIS.

O presente estudo investigou as alterações no trespasse vertical e na altura facial ântero-inferior em pacientes com má-oclusão de Classe I e diferentes tipos faciais com apinhamento submetidos a extração de quatro pré-molares, no pré e pós-tratamento ortodôntico. Foram selecionadas telerradiografias em norma lateral de 36 indivíduos na faixa etária de 12 anos e 2 meses a 16 anos e 5 meses, que realizaram o tratamento ortodôntico com o emprego de aparelho pré-ajustado Straight Wire..Para a análise as medidas utilizadas foram AFA, AFAI, AFP, FMA, SN.GoGn, além de medidas lineares descritas por Hans et al. As alterações nas alturas faciais anterior, antero-inferior e posterior foram similares nos três grupos estudados, apresentando aumento ao final do tratamento ortodôntico, porém sem significância estatística nas alturas faciais anteriores no grupo dos braquifaciais. Em FMA, foram estatisticamente significantes apenas para os braquifaciais e de SN.GoGn para braqui e dolicofaciais. Quanto às medidas lineares de Hans verificou-se que o grupo dos braquifaciais apresentou aumento estatisticamente significante em TLI e MNSK, no grupo dos mesofaciais, o mesmo ocorreu em BUI e MNSK e nos dolicofaciais todas as medidas exceto TUI apresentaram aumento significativo. Em todos os grupos foi observada uma diminuição da sobremordida.(AU)

AVALIAÇÃO DAS ALTERAÇÕES NA SOBREMORDIDA E NAS ALTURAS FACIAIS ANTERIOR E POSTERIOR, DECORRENTES DO TRATAMENTO ORTODÔNTICO COM EXTRAÇÃO DE PRÉ-MOLARES, EM PACIENTES COM DIFERENTES TIPOS FACIAIS.

O presente estudo investigou as alterações no trespasse vertical e na altura facial ântero-inferior em pacientes com má-oclusão de Classe I e diferentes tipos faciais com apinhamento submetidos a extração de quatro pré-molares, no pré e pós-tratamento ortodôntico. Foram selecionadas telerradiografias em norma lateral de 36 indivíduos na faixa etária de 12 anos e 2 meses a 16 anos e 5 meses, que realizaram o tratamento ortodôntico com o emprego de aparelho pré-ajustado Straight Wire..Para a análise as medidas utilizadas foram AFA, AFAI, AFP, FMA, SN.GoGn, além de medidas lineares descritas por Hans et al. As alterações nas alturas faciais anterior, antero-inferior e posterior foram similares nos três grupos estudados, apresentando aumento ao final do tratamento ortodôntico, porém sem significância estatística nas alturas faciais anteriores no grupo dos braquifaciais. Em FMA, foram estatisticamente significantes apenas para os braquifaciais e de SN.GoGn para braqui e dolicofaciais. Quanto às medidas lineares de Hans verificou-se que o grupo dos braquifaciais apresentou aumento estatisticamente significante em TLI e MNSK, no grupo dos mesofaciais, o mesmo ocorreu em BUI e MNSK e nos dolicofaciais todas as medidas exceto TUI apresentaram aumento significativo. Em todos os grupos foi observada uma diminuição da sobremordida.(AU)

Pleasant sweeping grooming touch in rhesus monkey: effects on autonomic nervous system and its codification in posterior insular and secondary somatosensory cortex

Il tatto assume un'importanza fondamentale nella vita quotidiana, in quanto ci permette di discriminare le caratteristiche fisiche di un oggetto specifico, di identificarlo e di eventualmente integrare le suddette informazioni tattili con informazioni provenienti da altri canali sensoriali. Questa è la componente sensoriale-discriminativa del tatto. Tuttavia quotidianamente il tatto assume un ruolo fondamentale durante le diverse interazioni sociali, positive, come quando abbracciamo o accarezziamo una persona con cui abbiamo un rapporto affettivo e negative, per esempio quando allontaniamo una persona estranea dal nostro spazio peri-personale. Questa componente è la cosiddetta dimensione affettiva-motivazionale, la quale determina la codifica della valenza emotiva che l'interazione assume. Questa componente ci permette di creare, mantenere o distruggere i legami sociali in relazione al significato che il tocco assume durante l'interazione. Se per esempio riceviamo una carezza da un familiare, questa verrà percepita come piacevole e assumerà un significato affiliativo. Questo tipo di tocco è comunente definito come Tocco Sociale (Social Touch). Gli aspetti discriminativi del tatto sono stati ben caratterizzati, in quanto storicamente, il ruolo del tatto è stato considerato quello di discriminare le caratteristiche di ciò che viene toccato, mentre gli aspetti affettivi sono stati solo recentemente indagati considerando la loro importanza nelle interazioni sociali. Il tocco statico responsabile dell'aspetto discriminante attiva a livello della pelle le grandi fibre mieliniche (Aβ), modulando a livello del sistema nervoso centrale le cortecce sensoriali, sia primarie che secondarie. Questo permette la codifica a livello del sistema nervoso centrale delle caratteristiche fisiche oggettive degli oggetti toccati. Studi riguardanti le caratteristiche del tocco affiliativo sociale hanno messo in evidenza che suddetta stimolazione tattile 1) è un particolare tocco dinamico che avviene sul lato peloso delle pelle con una velocità di 1-10 cm/sec; 2) attiva le fibre amieliniche (fibre CT o C-LTMRs); 3) induce positivi effetti autonomici, ad esempio la diminuzione della frequenza cardiaca e l'aumento della variabilità della frequenza cardiaca; e 4) determina la modulazione di regioni cerebrali coinvolte nella codifica del significato affiliativo dello stimolo sensoriale periferico, in particolare la corteccia insulare. Il senso del tatto, con le sue due dimensioni discriminativa e affiliativa, è quotidianamente usato non solo negli esseri umani, ma anche tra i primati non umani. Infatti, tutti i primati non umani utilizzano la componente discriminativa del tatto per identificare gli oggetti e il cibo e l'aspetto emotivo durante le interazioni sociali, sia negative come durante un combattimento, che positive, come durante i comportamenti affiliativi tra cui il grooming. I meccanismi di codifica della componente discriminativa dei primati non umani sono simili a quelli umani. Tuttavia, si conosce ben poco dei meccanismi alla base della codifica del tocco piacevole affiliativo. Pur essendo ben noto che i meccanorecettori amilienici C-LTMRs sono presenti anche sul lato peloso della pelle dei primati non umani, attualmente non ci sono studi riguardanti la correlazione tra il tocco piacevole e la loro modulazione, come invece è stato ampiamente dimostrato nell'uomo. Recentemente è stato ipotizzato (Dunbar, 2010) il ruolo delle fibre C-LTMRs durante il grooming, in particolare durante il cosiddetto swepping. Il grooming è costituito da due azioni motorie, lo sweeping e il picking che vengono eseguite in modo ritmico. Durante lo sweeping la scimmia agente muove il pelo della scimmia ricevente con un movimento a mano aperta, per poter vedere il preciso punto della pelle dove eseguire il picking, ovvero dove prendere la pelle a livello della radice del pelo con le unghie dell'indice e del pollice e tirare per rimuovere parassiti o uova di parassiti e ciò che è rimasto incastrato nel pelo. Oltre il noto ruolo igenico, il grooming sembra avere anche una importante funzione sociale affiliativa. Come la carezza nella società umana, cosi il grooming tra i primati non umani è considerato un comportamento. Secondo l'ipotesi di Dunbar l'attivazione delle C-LTMRs avverrebbe durante lo sweeping e questo porta a supporre che lo sweeping, come la carezza umana, costituisca una componente affiliativa del grooming, determinando quindi a contribuire alla sua codifica come comportamento sociale. Fino ad ora non vi è però alcuna prova diretta a sostegno di questa ipotesi. In particolare, 1) la velocità cui viene eseguito lo sweeping è compatibile con la velocità di attivazione delle fibre CT nell'uomo e quindi con la velocità tipica della carezza piacevole di carattere sociale affiliativo (1-10 cm/sec)?; 2) lo sweeping induce la stessa modulazione del sistema nervoso autonomo in direzione della modulazione del sistema vagale, come il tocco piacevole nell'uomo, attraverso l'attivazione delle fibre CT?; 3) lo sweeping modula la corteccia insulare, cosi come il tocco piacevole viene codificato come affiliativo nell'uomo mediante le proiezioni delle fibre CT a livello dell'insula posteriore? Lo scopo del presente lavoro è quella di testare l'ipotesi di Dunbar sopra citata, cercando quindi di rispondere alle suddette domande. Le risposte potrebbero consentire di ipotizzare la somiglianza tra lo sweeping, caratteristico del comportamento affiliativo di grooming tra i primati non umani e la carezza. In particolare, abbiamo eseguito 4 studi pilota. Nello Studio 1 abbiamo valutato la velocità con cui viene eseguito lo sweeping tra scimmie Rhesus, mediante una analisi cinematica di video registrati tra un gruppo di scimmie Rhesus. Negli Studi 2 e 3 abbiamo valutato gli effetti sul sistema nervoso autonomo dello sweeping eseguito dallo sperimentatore su una scimmia Rhesus di sesso maschile in una tipica situazione sperimentale. La stimolazione tattile è stata eseguita a diverse velocità, in accordo con i risultati dello Studio 1 e degli studi umani che hanno dimostrato la velocità ottimale e non ottimale per l'attivazione delle C-LTMRs. In particolare, nello Studio 2 abbiamo misurato la frequenza cardiaca e la variabilità di questa, come indice della modulatione vagale, mentre nello Studio 3 abbiamo valutato gli effetti dello sweeping sul sistema nervoso autonomo in termini di variazioni di temperatura del corpo, nello specifico a livello del muso della scimmia. Infine, nello Studio 4 abbiamo studiato il ruolo della corteccia somatosensoriale secondaria e insulare nella codifica dello sweeping. A questo scopo abbiamo eseguito registrazioni di singoli neuroni mentre la medesima scimmia soggetto sperimentale dello Studio 2 e 3, riceveva lo sweeping a due velocità, una ottimale per l'attivazione delle C-LTMRs secondo gli studi umani e i risultati dei tre studi sopra citati, ed una non ottimale. I dati preliminari ottenuti, dimostrano che 1) (Studio 1) lo sweeping tra scimmie Rhesus viene eseguito con una velocità media di 9.31 cm/sec, all'interno dell'intervallo di attivazione delle fibre CT nell'uomo; 2) (Studio 2) lo sweeping eseguito dallo sperimentatore sulla schiena di una scimmia Rhesus di sesso maschile in una situazione sperimentale determina una diminuzione della frequenza cardiaca e l'aumento della variabilità della frequenza cardiaca se eseguito alla velocità di 5 e 10 cm/sec. Al contrario, lo sweeping eseguito ad una velocità minore di 1 cm/sec o maggiore di 10 cm/sec, determina l'aumento della frequenza cardiaca e la diminuzione della variabilità di questa, quindi il decremento dell'attivazione del sistema nervoso parasimpatico; 3) (Studio 3) lo sweeping eseguito dallo sperimentatore sulla schiena di una scimmia Rhesus di sesso maschile in una situazione sperimentale determina l'aumento della temperatura corporea a livello del muso della scimmia se eseguito alla velocità di 5-10 cm/sec. Al contrario, lo sweeping eseguito ad una velocità minore di 5 cm/sec o maggiore di 10 cm/sec, determina la diminuzione della temperatura del muso; 4) (Studio 4) la corteccia somatosensoriale secondaria e la corteccia insulare posteriore presentano neuroni selettivamente modulati durante lo sweeping eseguito ad una velocità di 5-13 cm/sec ma non neuroni selettivi per la codifica della velocità dello sweeping minore di 5 cm/sec. Questi risultati supportano l'ipotesi di Dunbar relativa al coinvolgimento delle fibre CT durante lo sweeping. Infatti i dati mettono in luce che lo sweeping viene eseguito con una velocità (9.31 cm/sec), simile a quella di attivazione delle fibre CT nell'uomo (1-10 cm/sec), determina gli stessi effetti fisiologici positivi in termini di frequenza cardiaca (diminuzione) e variabilità della frequenza cardiaca (incremento) e la modulazione delle medesime aree a livello del sistema nervoso centrale (in particolare la corteccia insulare). Inoltre, abbiamo dimostrato per la prima volta che suddetta stimolazione tattile determina l'aumento della temperatura del muso della scimmia. Il presente studio rappresenta la prima prova indiretta dell'ipotesi relativa alla modulazione del sistema delle fibre C-LTMRs durante lo sweeping e quindi della codifica della stimolazione tattile piacevole affiliativa a livello del sistema nervoso centrale ed autonomo, nei primati non umani. I dati preliminari qui presentati evidenziano la somiglianza tra il sistema delle fibre CT dell'uomo e del sistema C-LTMRs nei primati non umano, riguardanti il Social Touch. Nonostante ciò abbiamo riscontrato alcune discrepanze tra i risultati da noi ottenuti e quelli invece ottenuti dagli studi umani. La velocità media dello sweeping è di 9.31 cm / sec, rasente il limite superiore dell’intervallo di velocità che attiva le fibre CT nell'uomo. Inoltre, gli effetti autonomici positivi, in termini di battito cardiaco, variabilità della frequenza cardiaca e temperatura a livello del muso, sono stati evidenziati durante lo sweeping eseguito con una velocità di 5 e 10 cm/sec, quindi al limite superiore dell’intervallo ottimale che attiva le fibre CT nell’uomo. Al contrario, lo sweeping eseguito con una velocità inferiore a 5 cm/sec e superiore a 10 cm/sec determina effetti fisiologici negativo. Infine, la corteccia insula sembra essere selettivamente modulata dallo stimolazione eseguita alla velocità di 5-13 cm/sec, ma non 1-5 cm/sec. Quindi, gli studi sul sistema delle fibre CT nell’uomo hanno dimostrato che la velocità ottimale è 1-10 cm/sec, mentre dai nostri risultati la velocità ottimale sembra essere 5-13 cm / sec. Quindi, nonostante l'omologia tra il sistema delle fibre CT nell'umano deputato alla codifica del tocco piacevole affiliativo ed il sistema delle fibre C-LTMRs nei primati non umani, ulteriori studi saranno necessari per definire con maggiore precisione la velocità ottimale di attivazione delle fibre C-LTMR e per dimostrare direttamente la loro attivazione durante lo sweeping, mediante la misurazione diretta della loro modulazione. Studi in questa direzione potranno confermare l'omologia tra lo sweeping in qualità di tocco affiliativo piacevole tra i primati non umani e la carezza tra gli uomini. Infine, il presente studio potrebbe essere un importante punto di partenza per esplorare il meccanismo evolutivo dietro la trasformazione dello sweeping tra primati non umani, azione utilitaria eseguita durante il grooming, a carezza, gesto puramente affiliativo tra gli uomini.

Correlation of the Corneal Toricity Between Anterior and Posterior Corneal Surfaces in the Normal Human Eye

Purpose: To evaluate the correlation of the magnitude of corneal toricity and power vector components of both corneal surfaces measured with a Scheimpflug photography-based system. Methods: A total of 117 healthy normal eyes of 117 subjects selected randomly with ages ranging from 7 to 80 years were included. All eyes received an anterior segment and corneal analysis with the Sirius system (CSO) evaluating the anterior and posterior mean toricity for 3 and 7 mm (aAST and pAST). The vector components J0 and J45 as well as the overall strength blur (B) were calculated for each keratometric measurement using the procedure defined by Thibos and Horner. Results: The coefficient of correlation between aAST and pAST was 0.52 and 0.62 and the mean anteroposterior ratio for toricity was 0.46 ± 0.39 and 0.57 ± 0.75 for 3 and 7 mm, respectively. These ratios correlated significantly with aAST, anterior corneal J0, and manifest refraction J0 (r ≥ 0.39, P < 0.01). The coefficient of correlation was 0.69 and 0.81 between anterior and posterior J0 for 3 and 7 mm, respectively. For J45, the coefficients were 0.62 and 0.71, respectively. The linear regression analysis revealed that the pAST and power vectors could be predicted from the anterior corneal data (R2 ≥ 0.40, P < 0.01). Conclusions: The toricity and astigmatic power vector components of the posterior corneal surface in the human healthy eye are related to those of the anterior and therefore can be predicted consistently from the anterior toricity and astigmatic power vectors.

Correlation of Anterior and Posterior Corneal Shape in Keratoconus

Purpose: To evaluate the correlation of the mean curvature and shape factors of both corneal surfaces for different corneal diameters measured with the Scheimpflug photography–based system in keratoconus eyes. Methods: A total of 61 keratoconus eyes of 61 subjects, aged 14 to 64 years, were included in this study. All eyes received a comprehensive ophthalmologic examination including anterior segment and corneal analysis with the Sirius system (CSO): anterior and posterior mean corneal radius for 3, 5, and 7 mm (aKM, pKM), anterior and posterior mean shape factor for 4.5 and 8 mm (ap, pp), central and minimal corneal thickness, and anterior chamber depth. Results: Mean aKM/pKM ratio around 1.20 (range, 0.95–1.48) was found for all corneal diameters (P = 0.24). Weak but significant correlations of this ratio with pachymetric parameters were found (r between −0.28 and −0.34, P < 0.04). The correlation coefficient between aKM and pKM was ≥0.92 for all corneal diameters. A strong and significant correlation was also found between ap and pp (r ≥ 0.86, P < 0.01). The multiple regression analysis revealed that central pKM was significantly correlated with aKM, central corneal thickness, anterior chamber depth, and spherical equivalent (R2 ≥ 0.88, P < 0.01) and that 8 mm pp was significantly correlated with 8 mm ap and age (R2 = 0.89, P < 0.01). Conclusions: Central posterior corneal curvature and shape factor in the keratoconus eye can be consistently predicted from the anterior corneal curvature and shape factor, respectively, in combination with other anatomical and ocular parameters.

Development of a magnetic resonance compatible wrist device for the analysis of movement encoding in the brain

Tese de mestrado integrado em Engenharia Biomédica e Biofísica, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2016

Concerted involvement of Cdx/Hox genes and Wnt signaling in morphogenesis of the caudal neural tube and cloacal derivatives from the posterior growth zone

Decrease in Cdx dosage in an allelic series of mouse Cdx mutants leads to progressively more severe posterior vertebral defects. These defects are corrected by posterior gain of function of the Wnt effector Lef1. Precocious expression of Hox paralogous 13 genes also induces vertebral axis truncation by antagonizing Cdx function. We report here that the phenotypic similarity also applies to patterning of the caudal neural tube and uro-rectal tracts in Cdx and Wnt3a mutants, and in embryos precociously expressing Hox13 genes. Cdx2 inactivation after placentation leads to posterior defects, including incomplete uro-rectal septation. Compound mutants carrying one active Cdx2 allele in the Cdx4-null background (Cdx2/4), transgenic embryos precociously expressing Hox13 genes and a novel Wnt3a hypomorph mutant all manifest a comparable phenotype with similar uro-rectal defects. Phenotype and transcriptome analysis in early Cdx mutants, genetic rescue experiments and gene expression studies lead us to propose that Cdx transcription factors act via Wnt signaling during the laying down of uro-rectal mesoderm, and that they are operative in an early phase of these events, at the site of tissue progenitors in the posterior growth zone of the embryo. Cdx and Wnt mutations and premature Hox13 expression also cause similar neural dysmorphology, including ectopic neural structures that sometimes lead to neural tube splitting at caudal axial levels. These findings involve the Cdx genes, canonical Wnt signaling and the temporal control of posterior Hox gene expression in posterior morphogenesis in the different embryonic germ layers. They shed a new light on the etiology of the caudal dysplasia or caudal regression range of human congenital defects.