A possible correlation between the host genetic background in the epidemiology of Hepatitis B virus in the Amazon region of Brazil

ABSTRACT: The Amazon region of Brazil is an area of great interest because of the large distribution of hepatitis B virus in specific Western areas. Seven urban communities and 24 Indian groups were visited in a total of 4,244 persons. Each individual was interviewed in order to obtain demographic and familial information. Whole blood was collected for serology and genetic determinations. Eleven genetic markers and three HBV markers were tested. Among the most relevant results it was possible to show that (i) there was a large variation of previous exposure to HBV in both urban and non-urban groups ranging from 0 to 59.2%; (ii) there was a different pattern of epidemiological distribution of HBV that was present even among a same linguistic Indian group, with mixed patterns of correlation between HBsAg and anti-HBs and (iii) the prevalence of HBV markers (HBsAg and anti-HBs) were significantly higher (P=0.0001) among the Indian population (18.8%) than the urban groups (12.5%). Its possible that the host genetic background could influence and modulate the replication of the virus in order to generate HB carrier state.

Prevalence of ∆F508, G551D, G542X, and R553X mutations among cystic fibrosis patients in the North of Brazil

ABSTRACT: Cystic fibrosis (CF) is the most common genetic disease among Caucasians and is rare among sub-Saharan Africans. The Brazilian population is not ethnically homogeneous but it is the result of three-way ethnic admixture of Europeans, Africans and Amerindians in varying proportions, depending on the region. In the present study, we investigated 33 patients who had been diagnosed and are currently under treatment for CF at the University Hospital João de Barros Barreto, Belém, Pará State. The molecular analysis for G542X, G551D and R553X mutations was performed by PCR followed by RFLP using BstNI, HincII and MboI, respectively, in polyacrylamide gel eletrophoresis and stained with AgNO3. The DF508 mutation (a deletion of 3 bp) was only analyzed by polyacrylamide gel electrophoresis and stained with AgNO3. Each sample was analyzed for regions of interest in the CFTR gene using amplified by PCR and specific primers. The DF508 and G551D mutations presented frequencies of 22.7 and 3%, respectively. In 74.3% of the remaining patients, none of the mutations investigated was found. The present study characterized in a sample of patients with an established clinical diagnosis of CF (asthma, repeated bronchopneumonia, disorders of nutritional status, etc.) the most frequent mutation ( DF508) in the North region of Brazil and is also the first report of the G551D mutation. In spite of the wide spectrum of CF mutations and the heterogeneous ethnic origin of the Amazon population, the molecular diagnosis is a helpful additional tool for the diagnosis and treatment of CF patients.

HTLV-I associated myelopathy in the northern region of Brazil (Belém-Pará): serological and clinical features of three cases

Três pacientes (masculinos, negros, idades 37, 40 e 57) foram atendidos em uma clínica universitária com uma paraparesia progressiva de origem obscura. Um paciente que referiu a duração da doença por mais de 16 anos, mostrou hiporreflexia, sinal de Babinski bilateral, uma sensibilidade vibratória diminuída, disfunção urinária e dor lombar. Os outros dois pacientes (com um e seis anos de duração da doença) queixavam-se de fraqueza em uma das pernas, hiperreflexia e lombalgia. Sinal de Babinski e distúrbio urinário estavam também presentes no paciente com seis anos de doença. Amostras de sangue testadas por ELISA e Western blot foram positivos para HTLV-I. A análise familiar de um dos pacientes, mostrou um possível padrão de transmissão sexual e vertical do vírus. Ao nosso conhecimento, estes são os primeiros casos comprovados de uma provável associação entre o HTLV-I e PET/MAH em Belém, Pará, e enfatiza a necessidade de uma busca ativa de casos de doenças neurológicas associadas ao vírus na região.

Molecular evidence of mother-to-child transmission of HTLV-IIc in the Kararao Village (Kayapo) in the Amazon Region of Brazil

Amostras de sangue de índios nativos na aldeia Kararao (Kayapó) foram analisadas, usando-se métodos sorológico e molecular, para caracterizar a infecção e analisar a transmissão do HTLV-II. Observou-se reatividade específica em 3/26 indivíduos, dos quais duas amostras eram de uma mãe e de seu filho. A análise pela RFLP de regiões pX e env confirmou a infecção pelo HTLV-II. A seqüência de nucleotídios do segmento 5'LTR e a análise filogenética mostraram alta similaridade (98%) entre as três amostras e o protótipo HTLV-IIa (mot) e confirmaram a ocorrência do subtipo HTLV-IIc. Houve uma alta similaridade genética (99,9%) entre as amostras da mãe e do filho e a única diferença foi uma deleção de dois nucleotídios (TC) na seqüência materna. Estudos epidemiológicos anteriores entre índios nativos do Brasil forneceram prova da transmissão intrafamilial e vertical do HTLV-IIc. O presente estudo fornece evidência molecular da transmissão do HTLV-IIc de mãe para filho, um mecanismo que em grande parte é responsável pela endemicidade do HTLV nessas populações epidemiologicamente fechadas. Embora a verdadeira via de transmissão seja desconhecida, a amamentação materna poderia ser a mais provável.

Detection of HTLV-IIa in blood donors in an urban area of the Amazon Region of Brazil (Belém, PA)

Os vírus linfotrópicos de células T humanas tipo I (HTLV-I) e tipo II (HTLV-II) são membros de um grupo de retrovírus de mamíferos com propriedades biológicas similares que apresentam como uma das principais rotas de transmissão a transfusão sangüínea. O HTLV-I é endêmico em diferentes áreas geográficas e está associado a vários distúrbios clínicos. O HTLV-II é endêmico em vários grupos indígenas das Américas e em usuários de drogas intravenosas na América do Norte e do Sul, Europa e Sudeste da Ásia. Durante o ano de 1995, todos os doadores de sangue positivos para HTLV-I/II no Banco de Sangue do Estado (HEMOPA), foram direcionados a um médico e ao Laboratório de Virologia na Universidade Federal do Pará, para consulta, aconselhamento e confirmação do diagnóstico laboratorial. Trinta e cinco soros foram testados por um ensaio imunoenzimático e confirmados por um Western blot que discrimina as infecções por HTLV-I e HTLV-II. Amostras soropositivas para HTLV-II foram submetidas à reação em cadeia da polimerase (PCR) para as regiões genômicas env e pX e confirmaram ser do subtipo IIa. Esta é a primeira detecção, em Belém, da presença da infecção pelo HTLV-IIa em doadores de sangue. Estes resultados enfatizam que o HTLV-II está presente em áreas urbanas da região Amazônica e a necessidade de incluir testes de triagem capazes de detectar anticorpos para ambos os tipos de HTLV.

Molecular characterization of human T-cell lymphotropic virus coinfecting human immunodeficiency virus 1 infected patients in the Amazon region of Brazil

ABSTRACT: The present work evaluated the epidemiology of human immunodeficiency virus 1/human T-cell lymphotropic virus (HIV-1/HTLV) coinfection in patients living in Belém (state of Pará) and Macapá (state of Amapá), two cities located in the Amazon region of Brazil. A total of 169 blood samples were collected. The sera were tested by enzyme-linked immunosorbent assay to determine the presence of antibodies anti-HTLV-1/2. Confirmation of infection and discrimination of HTLV types and subtypes was performed using a nested polymerase chain reaction targeting the pX and 5' LTR regions, followed by restriction fragment length polymorphism and sequencing analysis. The presence of anti-HTLV1/2 was detected in six patients from Belém. The amplification of the pX region followed by RFLP analysis, demonstrated the presence of HTLV-1 and HTLV-2 infections among two and four patients, respectively. Sequencing HTLV-1 5' LTR indicated that the virus is a member of the Cosmopolitan Group, Transcontinental subgroup. HTLV-2 strains isolated revealed a molecular profile of subtype HTLV-2c. These results are a reflex of the epidemiological features of HIV-1/HTLV-1/2 coinfection in the North region of Brazil, which is distinct from other Brazilian regions, as reported by previous studies.

Epidemiological aspects of retrovirus (HTLV) infection among Indian populations in the Amazon Region of Brazil

O HTLV foi descrito inicialmente associado a uma leucemia no Japão e a uma doença neurológica presente no Caribe. Logo foi evidenciado que o HTLV-II era endêmico entre Ameríndios e, particularmente, entre Índios brasileiros. A Amazônia brasileira é a maior área endêmica para o vírus e dessa forma, permitiu que fossem realizados vários estudos relacionados com a sua biologia, a busca de doença, informações epidemiológicas que incluíram uma bem definida distribuição geográfica, a definição dos modos de transmissão e manutenção do vírus em comunidades pequenas, epidemiologicamente fechadas, assim como contribuições para o diagnóstico laboratorial da infecção. Um novo subtipo molecular, denominado HTLV-IIc, foi adicionalmente descrito baseando-se no sequenciamento genético do vírus e na análise filogenética. Esse subtipo está presente em outras áreas do país, indicando que o HTLV também funciona como um marcador precioso das migrações humanas nas Américas no passado e um provável marcador dos costumes das populações atuais. O outro retrovírus humano, o HIV, ainda não é prevalente nas comunidades indígenas, apesar de que elas podem ser facilmente alcançadas em virtude das inúmeras facilidades de transmissão para o vírus.

Multidisciplinary approach to identification of fishery production systems on the northern coast of Brazil

A pesca artesanal na costa Norte do Brasil é caracterizado por um conjunto de modalidades de pesca diferentes. Utilizando uma abordagem multidisciplinar, 20 sistemas de produção pesqueira foram identificados, com características distintas em relação à tecnologia e finalidade. As características de cada sistema foram classificados em cinco dimensões (ecológicas, económicas, sociais, tecnológicos e políticos). A análise de escalonamento multidimensional revelou que alguns destes 20 sistemas têm semelhanças maiores. Assim, um total de 10 grupos distintos foram identificados.

Species composition and abundance of the benthic community of Axiidea

ABSTRACT: The thalassinideans (Axiidea and Gebiidea) encompasses approximately 615 species with reclusive habits, generally confined to extensive galleries burrowed into the sand or mud and, more rarely, in openings in reefs or the cavities of sessile animals such as sponges and coral. These species use the galleries for shelter, feeding and breeding, except during the pelagic larval stage. They inhabit estuaries, bays, lagoons, beaches, seas and both tropical and temperate oceanic areas throughout the world, distributed predominantly in the intertidal zone (mid-littoral and infralittoral zones). The aim of the present study was to assess the species composition and abundance of thalassinideans, comparing two micro-habitats (consolidated and non-consolidated substrates), and determine whether there is a correlation between abundance of the organisms and time of the year, collection sites or salinity. Twelve monthly samplings were carried out between August 2006 and July 2007 over consolidated and non-consolidated bottoms of the upper and lower portions of the mid-littoral zones, with three sub-samplings, totaling 48 monthly samples and 576 in all. A total of 651 individuals were collected – 114 Lepidophthalmus siriboia Felder & Rodrigues, 1993 and 537 Upogebia vasquezi Ngoc-Ho, 1989. There was correlation between the abundance of both species and salinity, but U. vasquezi was more abundant in the rainy season. Lepidophthalmus siriboia appears to prefer non-consolidated substrates, whereas U. vasquezi prefers consolidated substrates. The recruitment period for the callianassid L. siriboia appears to occur in just two periods of the year and is more intense in the dry season, whereas U. vasquezi is more frequent throughout the year. The smallest and largest sizes (carapace length – CL) recorded for L. siriboia were smaller than those recorded for the species in northeastern region of Brazil. CL values for ovigerous females suggest that U. vasquezi reaches sexual maturity at a smaller size than L. siriboia.

Spatial and temporal distribution in density and biomass of two Pseudodiaptomus species (Copepoda: Calanoida) in the Caeté river estuary (Amazon region - North of Brazil)

A distribuição espacial e temporal da densidade e biomassa dos copépodos planctônicos Pseudodiaptomus richardi e P. acutus, ao longo de um gradiente de salinidade, foi estudada no Estuário do Rio Caeté (Norte do Brasil) durante os meses de junho e dezembro de 1998 (estação seca) e fevereiro e maio de 1999 (estação chuvosa). A biomassa dos copépodos foi estimada a partir de parâmetros da regressão baseada na relação entre o peso seco e o comprimento do corpo (prossoma) de organismos adultos. O Estuário do Rio Caeté caracterizou-se por uma grande variação espacial e sazonal na salinidade (0,8-37,2). A relação peso-comprimento para ambas as espécies de Pseudodiaptomus foi do tipo exponencial. Os valores de densidade e biomassa oscilaram entre 0,28-46,18 ind. m^-3 e 0,0022-0,3507 mg DW. m^-3 para P. richardi; e entre 0,01-17,02 ind. m^-3 e 0,0005-0,7181 mg DW. m^-3 para P. acutus. Os resultados revelaram que a contribuição de P. richardi para a produção secundária no Estuário do Rio Caeté é mais importante na zona liminética que em outras zonas onde foram dominantes os regimes eurihalino-polihalino. Contudo, para P. acutus não foi possível observar de forma clara um padrão de distribuição espacial e temporal para a área estudada.

Prevalence of human T cell leukemia virus-I (HTLV-I) antibody among populations living in the Amazon region of Brazil (preliminary report)

Prevalence of human T cell leukemia virus-I (HTLV-I) antibody among populations living in the Amazon region of Brazil (preliminary report)NakauchiC. M.LinharesA. C.MaruyamaK.KanzakiL. I.MacedoJ. E.AzevedoV. N.CassebJ. S. R. Fundação Serviços de Saúde Pública, Seção de Vírus, Instituto Evandro Chagas Belém Brasil Chiba Cancer Research Institute, Department of Pathology Chiba Japan Universidade Federal do Pará Belém Brasil Instituto Offir Loyola Belém Brasil Faculdade Estadual de Medicina Belém Brasil 0319908512933Forty-tree (31.4%) out of 137 serum samples obtained from two Indian communities living in the Amazon region were found to be positive for HTLV-I antibody, as tested by enzyme-linked immunosorbent assay (Elisa). Eighty-two sera were collected from Mekranoiti Indians, yielding 39% of positivity, whereas 11 (20.0%) or the 55 Tiriyo serum samples had antibody to HTLV-I. In addition, positive results occurred in 10 (23.2%) out of 43 sera obtained from patients living in the Belem area, who were suffering from cancer affecting different organs. Five (16.7%) out of 30 Elisa positive specimens were also shown to be positive by either Western blot analysis (WB) or indirect immunogold electron microscopy (IIG-EM).

Prevalence of HTLV-I antibody among two distinct ethnic groups inhabiting the Amazon region of Brazil

Soroprevalências para HTLV-I de 3,63% (02/55), 12,9% (10/82) e 13,88% (10/72) foram demonstradas entre os Tiryió, Mekranoiti e Xicrin, respectivamente - indígenas habitantes da Amazônia -, utilizando-se a técnica de "Western Blot" (WBEI). Por outro lado, a imunomicroscopia eletrônica indireta (IIME) revelou como positivos 2 Tiryió, 9 Mekranoiti e 6 Xicrins. Das 44 amostras de soro oriundas de migrantes japoneses, nenhuma resultou positiva pelas duas técnicas antes mencionadas. Foram reativos por ambos os métodos, 1, 8 e 6 amostras dos índios Tiryió, Mekranoiti e Xicrin, respectivamente. Nossos resultados representam uma forte evidência de que o HTV-I e/ou variante(s) antigenicamente similar(es) circula(m) entre populações que habitam a região amazônica do Brasil.

Food categories reconstruction and feeding consumption estimates for the Sciaenid Macrodon ancylodon (Bloch & Schneider), and the congeneric fishes Stellifer rastrifer (Jordan) and Stellifer naso (Jordan) (Pisces, Perciformes) in the Caeté Estuary, Northern Coast of Brazil

Um método quantitativo para se estimar o consumo alimentar e o aporte energético das diferentes categorias alimentares é apresentado através da reconstrução das presas ingeridas com base em estruturas corporais não digeríveis. Para tal, o presente estudo estabelece, através do exame dos conteúdos estomacais de 1.086 exemplares dissecados de Macrodon ancylodon (Bloch & Schneider, 1801), Stellifer rastrifer (Jordan, 1889) e Stellifer naso (Jordan, 1889), as equações das relações funcionais entre o peso das presas e estruturas corporais. Com as categorias reconstruídas foi possível quantificar o alimento ingerido pelos espécimes. Os resultados indicaram que existe uma marcada diferença, tanto na composição das categorias alimentares, bem como no aporte energético acompanhando o desenvolvimento ontogênico do predador.

Spatial distribution of the amazon river prawn Macrobrachium Amazonicum (Heller, 1862) (Decapoda, Caridea, Palaemonidae) in two perennial creeks of an estuary on the northern coast of Brazil (Guajará Bay, Belém, Pará)

Macrobrachium amazonicum é o crustáceo dulcícola mais frequentemente consumido pelas populações ribeirinhas da Amazônia. Entretanto, apesar de sua relativa abundância e vasto conhecimento da espécie a partir de dados de cultivo, pouco se conhece sobre sua biologia no ambiente natural, especialmente quanto à forma de utilização de canais fortemente influenciados pelas marés. Amostras desse camarão foram coletadas em setembro/06 (período seco) e março/07 (período chuvoso), em dois canais perenes da Baía do Guajará, Pará, utilizando armadilhas (matapis) como as utilizadas pelos pescadores locais para identificar a distribuição espacial dos organismos. Os canais de maré são utilizados por camarões de todos os tamanhos nas duas estações do ano, inclusive para a reprodução. A maior abundância de indivíduos da espécie foi encontrada no período seco, nas áreas a montante dos canais. Postula-se que a abundante matéria orgânica alóctone e a busca de locais protegidos podem ser os fatores que explicam a concentração da abundância e da atividade reprodutiva nas áreas a montante dos canais.

Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers

Duplicatas costumam ocorrer em bancos de germoplasma e a sua identificação é necessária para facilitar o manejo dos bancos ativos de germoplasma (BAGs) e diminuir custos de manutenção. O objetivo deste trabalho foi identificar duplicatas de mandioca determinadas previamente pela caracterização morfo-agronômica, em um BAG da Amazônia Oriental. Foram selecionados 36 acessos que se agrupavam em 13 grupos de similaridade morfo-agronômica para serem genotipados com 15 locos microssatélites. Todos os locos foram polimórficos, sendo obtidos 75 alelos, com média de cinco alelos por loco e H_E = 0,66. Foram encontrados 34 pares de genótipos que apresentaram perfis multilocos idênticos e a probabilidade de identidade genética foi de 1,1x10^-12 com probabilidade de exclusão de 99,9999%. Entre essas duplicatas, estão materiais coletados em épocas e locais diferentes, e com diferentes denominações e acessos com o mesmo nome coletados em diferentes locais e anos. O estudo identificou genótipos que vem sendo cultivados em diferentes locais e que vêm sendo mantidos pelos agricultores ao longo dos anos.