Immune and genetic risk factors in glioma

Despite extensive research, the etiology of adult glioma remains largely unknown. We sought to further explore the role of immune and genetic factors in glioma etiology using data from the Harris County Brain Tumor Study and the first U.S. genome-wide association study of glioma. First, using a case-control study design, we examined the association between adult glioma risk and surrogates of the timing and frequency of common early childhood infections, birth order and sibship size, respectively. We found that each one-unit increase in birth order was associated with a 12% decreased risk of glioma development in adulthood (OR=0.88, 95% CI=0.81-0.96); however, sibship size was not associated with adult glioma risk (OR=0.96, 95% CI=0.91-1.02). Second, we used a multi-strategic approach to explore the relationships between glioma risk, history of asthma/allergies, and 23 functional SNPs in 11 inflammation genes. We found three inflammation gene SNPs to be significantly associated with glioma risk (COX2/PTGS2 rs20417 [OR=1.41]; IL10 rs1800896 [OR=1.57]; and IL13 rs20541 [OR=0.39]). Joint effects analysis of the risk-conferring alleles of these three SNPs revealed a trend of increasing risk with increasing number of adverse alleles among those without asthma/allergies (p<0.0001). Finally, we conducted a case-only study to explore pairwise SNP-SNP interactions in immune-related pathways among a population of 1304 non-Hispanic white glioma cases. After correction for multiple comparisons, we found 279 significant SNP-SNP interactions among polymorphisms of immune-related genes, many of which have not been previously examined. Our results, cumulatively, suggest an important role for immune and genetic factors in glioma etiology and provide several new hypotheses for future studies.^

Genetic Predictors of Clinical Outcomes in Non-Small Cell Lung Cancer Patients

Lung cancer is the leading cause of cancer-related mortality in the US. Emerging evidence has shown that host genetic factors can interact with environmental exposures to influence patient susceptibility to the diseases as well as clinical outcomes, such as survival and recurrence. We aimed to identify genetic prognostic markers for non-small cell lung cancer (NSCLC), a major (85%) subtype of lung cancer, and also in other subgroups. With the fast evolution of genotyping technology, genetic association studies have went through candidate gene approach, to pathway-based approach, to the genome wide association study (GWAS). Even in the era of GWAS, pathway-based approach has its own advantages on studying cancer clinical outcomes: it is cost-effective, requiring a smaller sample size than GWAS easier to identify a validation population and explore gene-gene interactions. In the current study, we adopted pathway-based approach focusing on two critical pathways - miRNA and inflammation pathways. MicroRNAs (miRNA) post-transcriptionally regulate around 30% of human genes. Polymorphisms within miRNA processing pathways and binding sites may influence patients’ prognosis through altered gene regulation. Inflammation plays an important role in cancer initiation and progression, and also has shown to impact patients’ clinical outcomes. We first evaluated 240 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in miRNA biogenesis genes and predicted binding sites in NSCLC patients to determine associations with clinical outcomes in early-stage (stage I and II) and late-stage (stage III and IV) lung cancer patients, respectively. First, in 535 early-stage patients, after correcting multiple comparisons, FZD4:rs713065 (hazard ratio [HR]:0.46, 95% confidence interval [CI]:0.32-0.65) showed a significant inverse association with survival in early stage surgery-only patients. SP1:rs17695156 (HR:2.22, 95% CI:1.44-3.41) and DROSHA:rs6886834 (HR:6.38, 95% CI:2.49-16.31) conferred increased risk of progression in the all patients and surgery-only populations, respectively. FAS:rs2234978 was significantly associated with improved survival in all patients (HR:0.59, 95% CI:0.44-0.77) and in the surgery plus chemotherapy populations (HR:0.19, 95% CI:0.07-0.46).. Functional genomics analysis demonstrated that this variant creates a miR-651 binding site resulting in altered miRNA regulation of FAS, providing biological plausibility for the observed association. We then analyzed these associations in 598 late-stage patients. After multiple comparison corrections, no SNPs remained significant in the late stage group, while the top SNP NAT1:rs15561 (HR=1.98, 96%CI=1.32-2.94) conferred a significantly increased risk of death in the chemotherapy subgroup. To test the hypothesis that genetic variants in the inflammation-related pathways may be associated with survival in NSCLC patients, we first conducted a three-stage study. In the discovery phase, we investigated a comprehensive panel of 11,930 inflammation-related SNPs in three independent lung cancer populations. A missense SNP (rs2071554) in HLA-DOB was significantly associated with poor survival in the discovery population (HR: 1.46, 95% CI: 1.02-2.09), internal validation population (HR: 1.51, 95% CI: 1.02-2.25), and external validation (HR: 1.52, 95% CI: 1.01-2.29) population. Rs2900420 in KLRK1 was significantly associated with a reduced risk for death in the discovery (HR: 0.76, 95% CI: 0.60-0.96) and internal validation (HR: 0.77, 95% CI: 0.61-0.99) populations, and the association reached borderline significance in the external validation population (HR: 0.80, 95% CI: 0.63-1.02). We also evaluated these inflammation-related SNPs in NSCLC patients in never smokers. Lung cancer in never smokers has been increasingly recognized as distinct disease from that in ever-smokers. A two-stage study was performed using a discovery population from MD Anderson (411 patients) and a validation population from Mayo Clinic (311 patients). Three SNPs (IL17RA:rs879576, BMP8A:rs698141, and STK:rs290229) that were significantly associated with survival were validated (pCD74:rs1056400 and CD38:rs10805347) were borderline significant (p=0.08) in the Mayo Clinic population. In the combined analysis, IL17RA:rs879576 resulted in a 40% reduction in the risk for death (p=4.1 × 10-5 [p=0.61, heterogeneity test]). We also validated a survival tree created in MD Anderson population in the Mayo Clinic population. In conclusion, our results provided strong evidence that genetic variations in specific pathways that examined (miRNA and inflammation pathways) influenced clinical outcomes in NSCLC patients, and with further functional studies, the novel loci have potential to be translated into clinical use.

Exploration of genetic susceptibility to pancreatic cancer: A GWAS approach

Pancreatic cancer is the 4th most common cause for cancer death in the United States, accompanied by less than 5% five-year survival rate based on current treatments, particularly because it is usually detected at a late stage. Identifying a high-risk population to launch an effective preventive strategy and intervention to control this highly lethal disease is desperately needed. The genetic etiology of pancreatic cancer has not been well profiled. We hypothesized that unidentified genetic variants by previous genome-wide association study (GWAS) for pancreatic cancer, due to stringent statistical threshold or missing interaction analysis, may be unveiled using alternative approaches. To achieve this aim, we explored genetic susceptibility to pancreatic cancer in terms of marginal associations of pathway and genes, as well as their interactions with risk factors. We conducted pathway- and gene-based analysis using GWAS data from 3141 pancreatic cancer patients and 3367 controls with European ancestry. Using the gene set ridge regression in association studies (GRASS) method, we analyzed 197 pathways from the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) database. Using the logistic kernel machine (LKM) test, we analyzed 17906 genes defined by University of California Santa Cruz (UCSC) database. Using the likelihood ratio test (LRT) in a logistic regression model, we analyzed 177 pathways and 17906 genes for interactions with risk factors in 2028 pancreatic cancer patients and 2109 controls with European ancestry. After adjusting for multiple comparisons, six pathways were marginally associated with risk of pancreatic cancer ( P < 0.00025): Fc epsilon RI signaling, maturity onset diabetes of the young, neuroactive ligand-receptor interaction, long-term depression (Ps < 0.0002), and the olfactory transduction and vascular smooth muscle contraction pathways (P = 0.0002; Nine genes were marginally associated with pancreatic cancer risk (P < 2.62 × 10−5), including five reported genes (ABO, HNF1A, CLPTM1L, SHH and MYC), as well as four novel genes (OR13C4, OR 13C3, KCNA6 and HNF4 G); three pathways significantly interacted with risk factors on modifying the risk of pancreatic cancer (P < 2.82 × 10−4): chemokine signaling pathway with obesity ( P < 1.43 × 10−4), calcium signaling pathway (P < 2.27 × 10−4) and MAPK signaling pathway with diabetes (P < 2.77 × 10−4). However, none of the 17906 genes tested for interactions survived the multiple comparisons corrections. In summary, our current GWAS study unveiled unidentified genetic susceptibility to pancreatic cancer using alternative methods. These novel findings provide new perspectives on genetic susceptibility to and molecular mechanisms of pancreatic cancer, once confirmed, will shed promising light on the prevention and treatment of this disease. ^

Identification of genetic risk factors for cerebellar mutism in pediatric brain tumor patients

Following posterior fossa surgery for resection of childhood medulloblastoma and primitive neuroectodermal tumor (M/PNET), cerebellar mutism (CM) may develop. This is a condition of absent or diminished speech in a conscious patient with no evidence of oral apraxia, which can be accompanied by other symptoms of the posterior fossa syndrome complex, which includes ataxia and hypotonia. Little is known about the etiology. Therefore, we conducted a SNP, gene, and pathway-level analysis to assess the role of host genetic variation on the risk of CM in M/PNET subjects following treatment. Cases (n= 20) and controls (n= 53) were recruited from the Childhood Cancer Epidemiology and Prevention Center, in Houston, TX. DNA samples were genotyped using the Illumina Human 1M Quad SNP chip. Ten pathways were identified from logistic regression used to identify the marginal effect of each SNP on CM risk. The minP test was conducted to identify associations between SNPs categorized to genes and CM risk. Pathways were assessed to determine if there was a significant enrichment of genes in the pathway compared to all other pathways. There were 78 genes that reached the threshold of min P ≤0.05 in 948 genes. The Neurotoxicity pathway was the most significant pathway after adjusting for multiple comparisons (q=0.040 and q=0.005, using Fisher's exact test and a test of proportions, respectively). Most genes within the Neurotoxicity pathway that reached a threshold of minP ≤0.05 were known to have an apoptosis function, possibly inducing neuronal apoptosis in the dentatothalamocortical pathway, and may be important in CM etiology in this population. This is the first study to assess the potential role of genetic risk factors on CM. As an exploratory study, these results should be replicated in a larger sample. ^

Early Oligocene continental climate ofthe Paleogene Basin in Hungary and Slovenia

This paper concentrates on the Early Oligocene palaeoclimate of the southern part of Eastern and Central Europe and gives a detailed climatological analysis, combined with leaf-morphological studies and modelling of the palaeoatmospheric CO2 level using stomatal and d13 C data. Climate data are calculated using the Coexistence Approach for Kiscellian floras of the Palaeogene Basin (Hungary and Slovenia) and coeval assemblages from Central and Southeastern Europe. Potential microclimatic or habitat variations are considered using morphometric analysis of fossil leaves from Hungarian, Slovenian and Italian floras. Reconstruction of CO2 is performed by applying a recently introduced mechanistic model. Results of climate analysis indicate distinct latitudinal and longitudinal climate patterns for various variables which agree well with reconstructed palaeogeography and vegetation. Calculated climate variables in general suggest a warm and frost-free climate with low seasonal variation of temperature. A difference in temperature parameters is recorded between localities from Central and Southeastern Europe, manifested mainly in the mean temperature of the coldest month. Results of morphometric analysis suggest microclimatic or habitat difference among studied floras. Extending the scarce information available on atmospheric CO2 levels during the Oligocene, we provide data for a well-defined time-interval. Reconstructed atmospheric CO2 levels agree well with threshold values for Antarctic ice sheet growth suggested by recent modelling studies. The successful application of the mechanistic model for the reconstruction of atmospheric CO2 levels raises new possibitities for future climate inference from macro-flora studies.

HERMES: Towards an Integrated Toolbox to Characterize Functional and Effective Brain Connectivity

The analysis of the interdependence between time series has become an important field of research in the last years, mainly as a result of advances in the characterization of dynamical systems from the signals they produce, the introduction of concepts such as generalized and phase synchronization and the application of information theory to time series analysis. In neurophysiology, different analytical tools stemming from these concepts have added to the ‘traditional’ set of linear methods, which includes the cross-correlation and the coherency function in the time and frequency domain, respectively, or more elaborated tools such as Granger Causality. This increase in the number of approaches to tackle the existence of functional (FC) or effective connectivity (EC) between two (or among many) neural networks, along with the mathematical complexity of the corresponding time series analysis tools, makes it desirable to arrange them into a unified-easy-to-use software package. The goal is to allow neuroscientists, neurophysiologists and researchers from related fields to easily access and make use of these analysis methods from a single integrated toolbox. Here we present HERMES (http://hermes.ctb.upm.es), a toolbox for the Matlab® environment (The Mathworks, Inc), which is designed to study functional and effective brain connectivity from neurophysiological data such as multivariate EEG and/or MEG records. It includes also visualization tools and statistical methods to address the problem of multiple comparisons. We believe that this toolbox will be very helpful to all the researchers working in the emerging field of brain connectivity analysis.

HERMES: towards an integrated toolbox to characterize functional and effective brain connectivity

The analysis of the interdependence between time series has become an important field of research in the last years, mainly as a result of advances in the characterization of dynamical systems from the signals they produce, the introduction of concepts such as generalized and phase synchronization and the application of information theory to time series analysis. In neurophysiology, different analytical tools stemming from these concepts have added to the ?traditional? set of linear methods, which includes the cross-correlation and the coherency function in the time and frequency domain, respectively, or more elaborated tools such as Granger Causality. This increase in the number of approaches to tackle the existence of functional (FC) or effective connectivity (EC) between two (or among many) neural networks, along with the mathematical complexity of the corresponding time series analysis tools, makes it desirable to arrange them into a unified, easy-to-use software package. The goal is to allow neuroscientists, neurophysiologists and researchers from related fields to easily access and make use of these analysis methods from a single integrated toolbox. Here we present HERMES (http://hermes.ctb.upm.es), a toolbox for the Matlab® environment (The Mathworks, Inc), which is designed to study functional and effective brain connectivity from neurophysiological data such as multivariate EEG and/or MEG records. It includes also visualization tools and statistical methods to address the problem of multiple comparisons. We believe that this toolbox will be very helpful to all the researchers working in the emerging field of brain connectivity analysis.

Optimización de la aplicación de lodos de depuración de aguas residuales al abonado o mejora de suelos

El objetivo de este trabajo de investigación fue evaluar el efecto de la aplicación de lodos residuales procedentes de una planta de tratamiento de aguas residuales acondicionados como biosólido para el abonado de tres cultivos agrícolas. Esto se realizó a través del estudio de las variables de producción (desarrollo vegetal de cada cultivo) y de la comparación de las características de los suelos utilizados antes y después de los ensayos experimentales. A través de la investigación se confirmó la mejora en la calidad del suelo y mejor rendimiento de cultivo debido a los biosólidos procedentes de tratamiento de aguas residuales. Este trabajo de investigación de tipo descriptivo y experimental, utilizó lodos optimizados que fueron aplicados a tres cultivos agrícolas de ciclo corto. Fueron evaluados dos cultivos (sandía y tomate) bajo riego y un cultivo (arroz) en secano. En la primera fase del trabajo se realizó la caracterización de los lodos, para ellos se realizaron pruebas físico químicas y microbiológicas. Fue utilizado el método de determinación de metales por espectrometría de emisión atómica de plasma acoplado inductivamente, (ICP-AES) para conocer las concentraciones de metales. La caracterización microbiológica para coliformes totales y fecales se realizó utilizando la técnica del Número más probable (NMP), y para la identificación de organismos patógenos se utilizó el método microbiológico propuesto por Kornacki & Johnson (2001), que se fundamenta en dos procesos: pruebas presuntivas y prueba confirmativa. Tanto los resultados para la determinación de metales y elementos potencialmente tóxicos; como las pruebas para la determinación de microorganismos potencialmente peligrosos, estuvieron por debajo de los límites considerados peligrosos establecidos por la normativa vigente en Panama (Reglamento Técnico COPANIT 47-2000). Una vez establecido la caracterización de los lodos, se evalúo el potencial de nutrientes (macro y micro) presentes en los biosólidos para su potencial de uso como abono en cultivos agrícolas. El secado de lodos fue realizado a través de una era de secado, donde los lodos fueron deshidratados hasta alcanzar una textura pastosa. “La pasta de lodo” fue transportada al área de los ensayos de campo para continuar el proceso de secado y molida. Tres ensayos experimentales fueron diseñados al azar con cinco tratamientos y cuatro repeticiones para cada uno de los tres cultivos: sandía, tomate, arroz, en parcelas de 10m2 (sandía y tomate) y 20 m2 (arroz) para cada tratamiento. Tres diferentes dosis de biosólidos fueron evaluadas y comparadas con un tratamiento de fertilizante comercial y un tratamiento control. La dosis de fertilizante comercial utilizada en cada cultivo fue la recomendada por el Instituto de Investigación Agropecuaria de Panamá. Los ensayos consideraron la caracterización inicial del suelo, la preparación del suelo, semilla, y arreglo topográfico de los cultivos siguiendo las recomendaciones agronómicas de manejo de cultivo establecida por el Instituto de Investigación Agropecuaria. Para los ensayos de sandía y tomate se instaló el sistema de riego por goteo. Se determinaron los ácidos húmicos presentes en los cultivos, y se estudiaron las variables de desarrollo de cada cultivo (fructificación, cosecha, peso de la cosecha, dimensiones de tamaño y color de las frutas, rendimiento, y la relación costo – rendimiento). También se estudiaron las variaciones de los macro y micro nutrientes y las variaciones de pH, textura de suelo y MO disponible al inicio y al final de cada uno de los ensayos de campo. Todas las variables y covariables fueron analizadas utilizando el programa estadístico INFOSAT (software para análisis estadístico de aplicación general) mediante el análisis de varianza, el método de comparaciones múltiples propuesto por Fisher (LSD Fisher) para comparar las medias de los cultivares y el coeficiente de correlación de Pearson que nos permite analizar si existe una asociación lineal entre dos variables. En la evaluación de los aportes del biosólido a los cultivos se observó que los macronutrientes N y P se encontraban de los límites requeridos en cada uno de los cultivos, pero que los niveles de K estuvieron por debajo de los requerimientos de los cultivos. A nivel de la fertilización tradicional con fertilizante químico se observó que la dosis recomendada para cada uno de los cultivos del estudio estaba sobreestimada en los tres principales macronutrientes: Nitrógeno, Fosforo y Potasio. Contenían concentraciones superiores de N, P y K a las requeridas teóricamente por el cultivo. El nutriente que se aporta en exceso es el Fósforo. Encontramos que para el cultivo de sandía era 18 veces mayor a lo requerido por el cultivo, en tomate fue 12 veces mayor y en el cultivo de arroz, 34 veces mayor. El fertilizante comercial tuvo una influencia en el peso final y rendimiento final en cada uno de los cultivos del estudio. A diferencia, los biosólidos tuvieron una influencia directa en el desarrollo de los cultivos (germinación, coloración, tamaño, longitud, diámetro, floración y resistencia a enfermedades). Para el caso de la sandía la dosis de biosólido más cercana al óptimo para el cultivo es la mayor dosis aplicada en este ensayo (97.2 gramos de biosólido por planta). En el caso de tomate, el fertilizante comercial obtuvo los mejores valores, pero las diferencias son mínimas con relación al tratamiento T1, de menor dosis de biosólido (16.2 gramos de biosólido por planta). Los resultados generales del ensayo de tomate estuvieron por debajo del rendimiento esperado para el cultivo. Los tratamientos de aplicación de biosólidos aportaron al desarrollo del cultivo en las variables tamaño, color y resistencia a las enfermedades dentro del cultivo de tomate. Al igual que el tomate, en el caso del arroz, el tratamiento comercial obtuvo los mejores resultados. Los resultados finales de peso y rendimiento del cultivo indican que el tratamiento (T2), menor dosis de biosólido (32.4 gramos por parcela), no tuvo diferencias significativas con los resultados obtenidos en las parcelas con aplicación de fertilizante comercial (T1). El tratamiento T4 (mayor dosis de biosólido) obtuvo los mejores valores para las variables germinación, ahijamiento y espigamiento del cultivo, pero al momento de la maduración obtuvo los menores resultados. Los biosólidos aportan nutrientes a los cultivos y al final del ensayo se observó que permanecen disponibles en el suelo, aportando a la mejora del suelo final. En los tres ensayos, se pudo comprobar que los aportes de los biosólidos en el desarrollo vegetativo de los cultivos. También se encontró en todos los ensayos que no hubo diferencias significativas (p > 0.05) entre los tratamientos de biosólidos y fertilizante comercial. Para obtener mejores resultados en estos tres ensayos se requeriría que a la composición de biosólidos (utilizada en este ensayo) se le adicione Potasio, Calcio y Magnesio en las cantidades requeridas por cada uno de los cultivos. ABSTRACT The objective of this investigation was to evaluate the effect of residual sewage sludge obtained from the residual water of a treatment plant conditioned as Biosolid used on three reliable agricultural crops. The effect of the added sewage sludge was evaluated through the measurement of production variables such as crop plant development and the comparison of the soil characteristics used before and after the experimental tests. This investigation confirmed that biosolids from wastewater treatment can contribute to the growth of these crops. In this experimental approach, optimized sludge was applied to three short-cycle crops including two low-risk crops (watermelon and tomato) and one high-risk crop (rice) all grown on dry land. In the first phase of work, the characteristics of the sludge were assessed using chemical, physical and microbiological tests. The concentrations of metals were determined by atomic emission spectrometry inductively coupled plasma, (ICP-AES). Microbiological characterization was performed measuring total coliform and fecal count using the most probable number technique (NMP) and microbiological pathogens were identified using Kornacki & Johnson (2001) method based on two processes: presumptive and confirmatory tests. Both the results for the determination of metals and potentially toxic elements, as testing for the determination of potentially dangerous microorganisms were below the limits established by the applicable standard in Panama (Technical Regulate COPANIT 47-2000). After the metal and bacterial characterization of the sludge, the presence of macro or micronutrients in biosolids was measured to evaluate its potential for use as fertilizer in the growth of agricultural crops. The sludge was dehydrated via a drying process into a muddy slurry. The pulp slurry was transported to the field trial area to continue the process of drying and grinding. Three randomized experimental trials were designed to test with five treatment regimens and four replications for each of the crops: watermelon, tomato, rice. The five treatment regimens evaluated were three different doses of bio solid with commercial fertilizer treatment control and no fertilizer treatment control. Treatment areas for the watermelon and tomato were 10m2 plots land and for rice was 20m2. The amount of commercial fertilizer used to treat each crop was based on the amount recommended by Agricultural Research Institute of Panama. The experimental trials considered initial characterization of soil, soil preparation, seed, and crop topographical arrangement following agronomic crop management recommendations. For the tests evaluating the growth of watermelons and tomatoes and drip irrigation system was installed. The amount of humic acids present in the culture were determined and developmental variable of each crop were studied (fruiting crop harvest weight, size dimensions and color of the fruit, performance and cost effectiveness). Changes in macro and micronutrients and changes in pH, soil texture and OM available were measured at the beginning and end of each field trial. All variables and covariates were analyzed using INFOSAT statistical program (software for statistical analysis of general application) by analysis of variance, multiple comparisons method as proposed by Fisher (LSD Fisher) to compare the means of cultivars and the Pearson ratio that allows us to analyze if there is a linear association between two variables. In evaluating the contribution of biosolids to agricultural crops, the study determined that the macronutrients N & P were within the requirements of crops, but K levels were below the requirements of crops. In terms of traditional chemical fertilizer fertilization, we observed that the recommended dose for each study crop was overestimated for the three major nutrients: nitrogen, phosphorus and potassium. Higher concentrations containing N, P and K to the theoretically required by the crop. The recommended dose of commercial fertilizer for crops study contained greater amounts of phosphorus, crops that need. The level of phosphorous was found to be18 times greater than was required for the cultivation of watermelon; 12 times higher than required for tomato, and 34 times higher than required for rice cultivation. Phosphorus inputs of commercial fertilizer were a primary influence on the weight and performance of each crop. Unlike biosolids had a direct influence on crop development (germination, color, size, length, diameter, flowering and disease resistance). In the case of growth of watermelons, the Biosolid dose closest to the optimum for cultivation was applied the highest dose in this assay (97.2 grams of bio solids per plant). In the case of tomatoes, commercial fertilizer had the best values but the differences were minimal when compared to treatment T1, the lower dose of sewage sludge (Biosolid 16.2 grams per plant). The overall results for the tomato crop yield of the trial were lower than expected. Additionally, the application of biosolids treatment contributed to the development of fruit of variable size, color and disease resistance in the tomato crops. Similar to the tomato crop, commercial fertilizer treatment provided the best results for the rice crop. The final results of weight and crop yield for rice indicated that treatment with T2 amount of biosolids (34.2 grams per plot) was not significantly different from the result obtained in the application plot given commercial fertilizer (T1). The T4 (higher dose of bio solid) treatment had the best values for the germination, tillering and bolting variables of the rice crop but for fruit ripening yielded lower results. In all three trials, biosolids demonstrated the ability to contribute in the vegetative growth of crops. It was also found in all test no significant differences (p>0.05) between treatment of bio solid and commercial fertilizer. Biosolids provided nutrients to the crops and even at the end of the trial remained available in the ground soil, contributing to the improvement of the final ground. The best results from these three trials is that the use of bio solids such as those used in this assay would require the addition of potassium, calcium and magnesium in quantities required for each crop.

AVALIAÇÃO DA ESTABILIDADE DAS ALTERAÇÕES PROMOVIDAS PELO APARELHO REGULADOR DE FUNÇÃO FRÄNKEL-2 NOS ARCOS DENTÁRIOS

O objetivo do presente estudo consistiu em analisar a estabilidade das alterações oclusais em 18 pacientes com má oclusão de Classe II, divisão 1, idade média inicial de 10,77 anos, tratados com o aparelho regulador de função RF-2 durante 18 meses e reavaliados num período de pós-tratamento 7,16 anos, em média. Os 54 modelos de gesso foram avaliados no início do tratamento (T1), no final do tratamento (T2) e decorridos 7,16 anos pós-tratamento (T3). Foram analisadas as alterações transversais e sagitais; o Índice de irregularidade de Little e o Índice de Prioridade de Tratamento (IPT). As alterações ocorridas nos períodos analisados foram verificadas por meio da análise de Variância- ANOVA e, em seguida, pelo teste de comparações múltiplas de Bonferroni, com o valor crítico adotado de 0,05. Os resultados demonstraram que o tratamento com o RF-2 promoveu um aumento transversal estatisticamente significante, tanto no arco dentário superior quanto no inferior, porém, no período pós-tratamento, houve recidiva parcial ou mesmo total deste aumento na maioria das dimensões analisadas. Já o comprimento dos arcos dentários superior e inferior diminuiu durante todo o período avaliado. O Índice de Irregularidade de Little apresentou-se estável durante o tratamento, entretanto aumentou no período pós-tratamento. Além disso, o tratamento com o RF-2 proporcionou uma diminuição estatisticamente significante do IPT, refletindo a eficácia do tratamento realizado uma vez que esta diminuição permaneceu estável no período pós-tratamento. Portanto, o aparelho RF-2 demonstrou ser eficaz na correção dentária da má oclusão de Classe II, divisão 1, com estabilidade dos resultados decorridos 7,16 anos após o tratamento. Porém, em relação ao ganho transversal nos arcos dentários obtido durante o tratamento, houve recidiva parcial ou total de todas as variáveis analisadas.(AU)

AVALIAÇÃO DA ESTABILIDADE DAS ALTERAÇÕES PROMOVIDAS PELO APARELHO REGULADOR DE FUNÇÃO FRÄNKEL-2 NOS ARCOS DENTÁRIOS

O objetivo do presente estudo consistiu em analisar a estabilidade das alterações oclusais em 18 pacientes com má oclusão de Classe II, divisão 1, idade média inicial de 10,77 anos, tratados com o aparelho regulador de função RF-2 durante 18 meses e reavaliados num período de pós-tratamento 7,16 anos, em média. Os 54 modelos de gesso foram avaliados no início do tratamento (T1), no final do tratamento (T2) e decorridos 7,16 anos pós-tratamento (T3). Foram analisadas as alterações transversais e sagitais; o Índice de irregularidade de Little e o Índice de Prioridade de Tratamento (IPT). As alterações ocorridas nos períodos analisados foram verificadas por meio da análise de Variância- ANOVA e, em seguida, pelo teste de comparações múltiplas de Bonferroni, com o valor crítico adotado de 0,05. Os resultados demonstraram que o tratamento com o RF-2 promoveu um aumento transversal estatisticamente significante, tanto no arco dentário superior quanto no inferior, porém, no período pós-tratamento, houve recidiva parcial ou mesmo total deste aumento na maioria das dimensões analisadas. Já o comprimento dos arcos dentários superior e inferior diminuiu durante todo o período avaliado. O Índice de Irregularidade de Little apresentou-se estável durante o tratamento, entretanto aumentou no período pós-tratamento. Além disso, o tratamento com o RF-2 proporcionou uma diminuição estatisticamente significante do IPT, refletindo a eficácia do tratamento realizado uma vez que esta diminuição permaneceu estável no período pós-tratamento. Portanto, o aparelho RF-2 demonstrou ser eficaz na correção dentária da má oclusão de Classe II, divisão 1, com estabilidade dos resultados decorridos 7,16 anos após o tratamento. Porém, em relação ao ganho transversal nos arcos dentários obtido durante o tratamento, houve recidiva parcial ou total de todas as variáveis analisadas.(AU)

AVALIAÇÃO POR MEIO DE MODELOS VIRTUAIS TRIDIMENSIONAIS DAS DISTÂNCIAS INTERCANINOS E INTERMOLARES INFERIORES EM TRÊS MOMENTOS

O propósito desse estudo foi de avaliar a estabilidade do tratamento ortodôntico em três momentos distintos, por meio de mensuração das distâncias intercaninos e intermolares inferiores, utilizando, como ferramenta, modelos virtuais tridimensionais. Foram selecionados modelos de gesso da arcada inferior de 19 pacientes em três fases distintas: pré-tratamento (T1), pós-tratamento (T2) e mínimo de 5 anos pós-contenção (T3), totalizando 57 modelos, os quais foram digitalizados por meio do Scanner 3D SCANTEH ST500 (SCAN technology A/S, Dinamarca), para obtenção dos modelos virtuais tridimensionais. Nesses modelos virtuais tridimensionais foram selecionadas e mensuradas as distâncias entre as pontas de cúspide dos caninos, denominada distância intercaninos e pontas de cúspide mesiovestibulares dos primeiros molares, denominada distância intermolares, com o auxílio do programa Rapidform ( Inus Technology Inc,). Para a análise estatística, foi realizada a análise de variância de medidas repetidas, e realizadas comparações múltiplas de Bonferroni ao nível de significância de 5%. As distâncias intercaninos e intermolares, em média, diminuíram entre T1-T2 e continuaram diminuindo entre T2- T3. Após 4 semanas, 20% da amostra foi novamente mensurada para avaliação do erro do método, onde foram encontrados valores médios semelhantes aos encontrados na primeira mensuração. Nesse trabalho, utilizando-se modelos virtuais tridimensionais, nota-se que não há estabilidade durante e após o tratamento ortodôntico, no tocante às distâncias intercaninos e intermolares.

AVALIAÇÃO POR MEIO DE MODELOS VIRTUAIS TRIDIMENSIONAIS DAS DISTÂNCIAS INTERCANINOS E INTERMOLARES INFERIORES EM TRÊS MOMENTOS

O propósito desse estudo foi de avaliar a estabilidade do tratamento ortodôntico em três momentos distintos, por meio de mensuração das distâncias intercaninos e intermolares inferiores, utilizando, como ferramenta, modelos virtuais tridimensionais. Foram selecionados modelos de gesso da arcada inferior de 19 pacientes em três fases distintas: pré-tratamento (T1), pós-tratamento (T2) e mínimo de 5 anos pós-contenção (T3), totalizando 57 modelos, os quais foram digitalizados por meio do Scanner 3D SCANTEH ST500 (SCAN technology A/S, Dinamarca), para obtenção dos modelos virtuais tridimensionais. Nesses modelos virtuais tridimensionais foram selecionadas e mensuradas as distâncias entre as pontas de cúspide dos caninos, denominada distância intercaninos e pontas de cúspide mesiovestibulares dos primeiros molares, denominada distância intermolares, com o auxílio do programa Rapidform ( Inus Technology Inc,). Para a análise estatística, foi realizada a análise de variância de medidas repetidas, e realizadas comparações múltiplas de Bonferroni ao nível de significância de 5%. As distâncias intercaninos e intermolares, em média, diminuíram entre T1-T2 e continuaram diminuindo entre T2- T3. Após 4 semanas, 20% da amostra foi novamente mensurada para avaliação do erro do método, onde foram encontrados valores médios semelhantes aos encontrados na primeira mensuração. Nesse trabalho, utilizando-se modelos virtuais tridimensionais, nota-se que não há estabilidade durante e após o tratamento ortodôntico, no tocante às distâncias intercaninos e intermolares.

Qualidade de vida relacionada à saude em mulheres com reações adversas após tratamento com quimioterapia para câncer de mama

Trata-se de estudo descritivo, exploratório, transversal, quantitativo, realizado com mulheres em tratamento quimioterápico para neoplasias de mama, em Aracaju-Sergipe-Brasil. O objetivo foi avaliar a qualidade de vida relacionada à saúde (QVRS) destas mulheres que apresentaram reações adversas pós quimioterapia. Foram utilizados instrumentos contendo dados sócio demográficos, clínicos e terapêuticos, European Organization for Research and Treatment of Cancer Quality of Life Questionnaire-Core30 e formulário de registro de toxicidades dos antineoplásicos. Na análise dos dados, foram utilizados análise descritiva, cálculos de percentual, teste de Shapiro-Wilk, coeficiente de correlação de Pearson ou de Spearman, teste de ANOVA ou Kruskal-Wallis. Os resultados mostraram dados de 206 mulheres, a partir da segunda sessão de quimioterapia, com média de idade de 53,1 anos, maioria procedente de Sergipe, com Carcinoma Ductal Infiltrante, estadiamento III. A maioria realizou cirurgia oncológica, não realizaram radioterapia devido à grande fila de espera, o protocolo de quimioterapia mais comum foi TAC (docetaxel, doxorrubicina e ciclofosfamida). Quanto às reações adversas, a maioria não apresentou alterações hematológicas e metabólicas no momento da coleta das informações, nas alterações funcionais, a fadiga foi presente em 80,8% dos casos, de forma moderada. Nas alterações gastrintestinais, diarreia, constipação, mucosite, náusea, vômito e dor abdominal foram citadas pela maioria. Nas alterações dermatológicas, a alopecia, hiperpigmentação na pele, alterações nas unhas, prurido na pele, descamação e eritema multiforme foram citadas pelas entrevistadas. Nas alterações cardiovasculares, hipotensão e HAS sobressaíram-se. Nas alterações neurológicas, neuropatia periférica, perda da audição e zumbido foram comuns. Os resultados da avaliação da QVRS foram analisadas à luz do referencial teórico de Ferrel et al. (1995) com os seguintes resultados: média do escore 76,01; escalas funcionais apresentaram escore baixo, com aspectos físico, emocional, cognitivo, funcional e social bastante afetados após o tratamento, o desempenho de papéis e função emocional foram os mais prejudicados; na escala de sintomas, os domínios mais prejudicados foram: dificuldades financeiras, fadiga e insônia. Na análise de correlação, o escore geral da QVRS apresentou correlação estatisticamente significante com a quantidade de reações adversas na medula óssea. Em todos os casos estatisticamente significantes o domínio emocional apresentou correlações positivas e o domínio dor, correlações negativas. A idade apresentou correlação estatisticamente significante e negativa com os domínios físico e dificuldades financeiras e positiva com perda de apetite. Pelo procedimento de comparações múltiplas, as diferenças ocorreram entre os estados civis casado e separado e também casado e solteiro, entre as religiões católica e evangélica, entre os ensinos fundamental e médio e entre médio e superior; para a extensão da doença os domínios dor e insônia apresentaram diferenças estatisticamente significantes entre as categorias de extensão. Para renda mensal, os domínios fisico, desempenho de papel, emocional, constipação e dificuldades financeiras apresentaram diferenças estatisticamente significantes entre as categorias de renda. Nos domínios fisico, desempenho de papel e emocional as diferenças ocorreram entre as faixas de 1 a 3 e mais de 6 salários. Concluiu-se que as reações adversas causadas pelo tratamento antineoplásico com quimioterapia afetaram de algum modo as pacientes, causando déficits em vários domínios, prejudicando assim sua QVRS

Efeitos de dois modelos experimentais de dietas hipercalóricas sobre parâmetros comportamentais e biológicos em ratos da linhagem Wistar

O objetivo deste estudo foi investigar os efeitos de dois modelos experimentais de dietas hipercalóricas em comportamentos de ansiedade, processos de aprendizagem e memória e alterações metabólicas. Os animais foram divididos em seis grupos experimentais, de acordo com a condição nutricional. 1) Controle (C); 2) Dieta de Cafeteria (DC); 3) Dieta Hiperlipídica (DH); 4) Controle AIN-93 (C/AIN-93); 5) Dieta de Cafeteria AIN-93 (DC/AIN-93), e 6) Dieta Hiperlipídica AIN-93 (DH/AIN-93). Posteriormente, os grupos foram subdivididos em dois grupos independentes, conforme a tarefa à qual foram submetidos. Pesagens foram realizadas semanalmente até os 98 dias de vida; foram verificados os pesos do fígado, do coração e o peso de tecido adiposo retroperitoneal e epididimal e foram realizadas dosagens de glicose, triglicérides, TGO e TGP no soro e gordura total, colesterol total e triglicérides no fígado. Os testes utilizados: Labirinto em T Elevado (LTE), Caixa Claro/Escuro e Labirinto Aquático de Morris (LAM). Os resultados de peso corporal, os dados comportamentais do LAM, do LTE e os dados de peso dos tecidos extraídos no dia do sacrifício e as análises bioquímicas foram submetidos a uma Análise de Variância (ANOVA). Quando apropriado, foi utilizado o teste de comparações múltiplas de Newman-Keuls (p< 0,05). Os dados comportamentais do teste claro/escuro foram submetidos ao teste t-Student (p< 0,05). Animais tratados com dieta hiperlipídica apresentaram maiores medidas de peso e ganho de peso comparados aos animais controle e dieta de cafeteria, tratados com pellet e com dieta AIN-93. Animais DH1, DC1, DH1 AIN-93, DH2 AIN-93 e DH2 apresentaram maior peso no dia do sacrifício. Animais DH1, DH1 AIN-93, DH2 e DH2 AIN-93 apresentaram maior acúmulo dos tecidos adiposos retroperitoneal e epididimal. Animais DH1 AIN-93 e DC2 AIN-93 apresentaram maiores níveis de glicose. Animais C2, DH2 e DC2 apresentaram maiores níveis de triglicérides. Animais DH1 e C1 apresentaram menores valores de TGO. Animais C2 e C2 AIN-93 apresentaram maiores níveis de TGO. Animais C1, DH1, C2 e DH2 apresentaram maiores níveis de TGP. Animais DH1 AIN-93, DH1, DH2 e DH2 AIN-93 apresentaram maiores valores de gordura total no fígado. Animais DH1 AIN-93 e DH2 apresentaram maiores níveis de colesterol no fígado. Animais DH1, DC1, DH2 e DH2 AIN-93 apresentaram maiores níveis de triglicérides no fígado. Com relação ao consumo alimentar, animais DH apresentaram maior consumo calórico e maior consumo lipídico quando comparados aos animais C e DC, com ração em pellet ou dieta AIN-93. Com relação ao LTE, não foram verificadas diferenças nas esquivas e na fuga. Animais DC1, DH1 e DH1 AIN-93 apresentaram menores níveis de ansiedade verificados a partir dos dados do teste da caixa claro-escuro. Animais DC2 AIN-93 apresentaram pior desempenho em tarefa de memória. Os dados obtidos a partir deste estudo demonstraram que as dietas utilizadas foram capazes de acarretar ganho de peso, acúmulo de tecido adiposo, alterações metabólicas, diminuição da ansiedade nos animais e pior desempenho em uma tarefa de memória em um dos grupos nutricionais.

Avaliação de massa e rugosidade superficial de pastilhas de Ti-6Al-4V com aplicação de nanopartículas de prata submetidos ao teste de escovação

Este estudo teve por objetivo avaliar a variação da massa e rugosidade de pastilhas de Ti-6Al-4V com e sem aplicação superficial de nanopartículas de prata coloidal (BSafe®) de dimensões 1,5 cm; 0,5 cm e 0,2 cm, submetidas à teste de escovação e imersão pelo período experimental de 10 anos. No teste de escovação, quinze espécimes de Ti-6Al-4V (TE), quinze com B-Safe® (BE) e quinze de PMMA (PE) como controle foram subdivididos em três condições de escovação: dentifrício comum (DC), dentifrício experimental (DE) e controle com água destilada (H2O) por 200 mil ciclos em máquina de escovação. Os resultados foram submetidos ao teste ANOVA a 2 critérios (condição de escovação e ciclos) e teste de Tukey (α=0,05) para comparações múltiplas. Foi observada variação de massa apenas quando a condição de escovação foi DC nos espécimes do grupo PE e TE. Houve diferença estatisticamente significante nos valores da variação de rugosidade no grupo TE e PE quando a condição de escovação foi DC; no grupo BE, houve diferença quando a condição foi DC e DE, porém em DE houve redução dos valores médios. No teste de imersão, objetivando analisar a ação dos dentifrícios sem o atrito das cerdas, seis espécimes de Ti-6Al-4V (TI) e seis com B-Safe® (BI) foram subdivididos em três condições de imersão: DC, DE e H2O pelo período de 244 horas. Os resultados foram submetidos ao teste t de student pareado. Não foi observada diferença estatística entre as variações de massa e rugosidade de nenhum dos corpos de prova após o teste. Complementar aos ensaios, foi realizado um protocolo de desinfecção com terapia fotodinâmica com azul de metileno pelo período de 4 semanas nos espécimes escovados. Após todos os testes, foi realizada espectrometria de energia dispersiva de raios-X (EDS) para caracterização dos elementos químicos presentes nos espécimes, onde não se observou variações. Os resultados sugerem que o DE é mais indicado para utilização com implantes, enquanto DC apresenta um poder abrasivo capaz de danificar a superfície do Ti-6Al- 4V. Não foi observado nenhum indício de corrosão em nenhum grupo testado.