The role of transcription factor Pitx1 and its regulation by hypoxia in Adolescent Idiopathic Scoliosis

La scoliose idiopathique de l’adolescent (SIA) est définie comme une courbure de la colonne vertébrale supérieure à 10 degrés, qui est de cause inconnue et qui affecte de façon prépondérante les adolescents. Des études précédentes sur des modèles murins ont démontré une inactivation partielle du gène Pitx1. Cette inactivation partielle provoque une déformation spinale sévère lors du développement des souris Pitx1+/-, ce qui est grandement similaire au phénotype de la SIA. En se basant sur ces observations, nous postulons que la perte de fonction de Pitx1 pourrait avoir un rôle dans la SIA et pourrait être régulée par des mécanismes moléculaires spécifiques. En effet, des études faites sur l’expression de Pitx1 révèlent une perte de son expression dans les ostéoblastes dérivés de patients SIA au niveau de l’ARNm. Nous émettons l’hypothèse que la perte de Pitx1 dans la SIA pourrait être déclenchée par des facteurs hypoxiques puisqu’il est connu que Pitx1 est réprimé par l’hypoxie et que HIF-2 alpha est surexprimés dans les ostéoblastes des patients SIA même dans des conditions normoxiques. De plus, nous avons découvert une mutation dans le domaine ODD des HIF-1 alpha chez certains patients SIA (3,1%). Une fonction connue de ce domaine est de stabiliser et d’augmenter l’activité transcriptionnelle de HIF-1 alpha dans des conditions normoxiques. Nous avons confirmé, par la technique EMSA, l’existence d’un élément de réponse fonctionnel à l’hypoxie au niveau du promoteur de Pitx1. Cependant, des co-transfections avec des vecteurs d’expression pour HIF-1 alpha et HIF-2 alpha, en présence de leur sous-unité beta ARNT, ont conduit à une activation du promoteur de Pitx1 dans la lignée cellulaire MG-63 ainsi que dans les ostéoblastes des sujets contrôles. Il est intéressant de constater qu’aucune activité du promoteur de Pitx1 dans les ostéoblastes SIA n’a été observée, même après la co-expression de HIF-2 alpha et ARNT, confirmant le fait que l’expression de Pitx1 est abrogée dans la SIA. Dans l’ensemble, nos résultats démontrent un rôle important de Pitx1 dans la SIA et une possible régulation par des facteurs hypoxiques.

Réponse cellulaire pan-spécifique : analyse de la présentation d’antigènes conservés du virus de l’influenza

Les méthodes de vaccination actuelles contre l’influenza, axées sur la réponse à anticorps dirigée contre des antigènes hautement variables, nécessitent la production d’un vaccin pour chaque nouvelle souche. Le défi est maintenant de stimuler simultanément une réponse cellulaire pan-spécifique ciblant des antigènes conservés du virus, tel que la protéine de la matrice (M1) ou la nucléoprotéine (NP). Or, la présentation antigénique de ces protéines est peu définie chez l’humain. Nous avons analysé la présentation endogène par les complexes majeurs d’histocompatibilité de classes (CMH)-I et -II de M1 et de NP. Ainsi, les protéines M1 et NP ont été exprimées dans des cellules présentatrices d’antigènes (CPAs). Notamment, des épitopes de M1 et de NP endogènes peuvent être présentées par CMH-I et -II, ce qui résulte en une activation respectivement de lymphocytes T CD8+ et CD4+ précédemment isolés. Étant donné l’importance des lymphocytes T CD4+ dans la réponse cellulaire, nous avons cloné M1 ou NP en fusion avec des séquences de la protéine gp100 permettant la mobilisation vers les compartiments du CMH-II sans affecter la présentation par CMH-I. Des CPAs exprimant de façon endogène ces constructions modifiées ou sauvages ont ensuite été utilisées pour stimuler in vitro des lymphocytes T humains dont la qualité a été évaluée selon la production de cytokines et la présence de molécules de surface (ELISA ou marquage de cytokines intracellulaire). Nous avons observé une expansion de lymphocytes T CD8+ et CD4+ effecteurs spécifiques sécrétant diverses cytokines pro-inflammatoires (IFN-γ, TNF, MIP-1β) dans des proportions comparables avec une présentation par CMH-II basale ou améliorée. Cette qualité indépendante du niveau de présentation endogène par CMH-II de M1 et de NP des lymphocytes T CD4+ et CD8+ suggère que cette présentation est suffisante à court terme. En outre, la présentation endogène de M1 et NP a permis de stimuler des lymphocytes T spécifiques à des épitopes conservés du virus, tel qu’identifié à l’aide une méthode d’identification originale basée sur des segments d’ARNm, « mRNA PCR-based epitope chase (mPEC) ». Ensemble, ces nouvelles connaissances sur la présentation antigénique de M1 et de NP pourraient servir à établir de nouvelles stratégies vaccinales pan-spécifiques contre l’influenza.

Conséquences d’une restriction de croissance intra-utérine et du sexe biologique sur le métabolisme des acides gras dans les cardiomyocytes de rats foetaux

Il est désormais accepté qu'un environnement foetal défavorable prédispose à des maladies chroniques qui surviennent à l'âge adulte. Il a été démontré dans notre laboratoire qu'une diminution de perfusion placentaire induit une redistribution du débit sanguin vers le coeur chez le foetus ainsi qu’une restriction de croissance intrautérine. De plus, un remodelage et une diminution de la contractilité des cardiomyocytes ont été observés chez les femelles devenues adultes. En période périnatale, l’utilisation des acides gras comme substrat énergétique devient plus importante que celle du glucose au niveau des cardiomyocytes. Considérant qu'un mécanisme s'est mis en place in utero, nous émettons l’hypothèse que le transfert de la voie de l’utilisation du glucose vers l’utilisation des acides gras se fait plus tôt chez les foetus en restriction de croissance. L’objectif de cette étude est de mesurer, dans les coeurs foetaux, les constituants du métabolisme des acides gras, soit le transporteur principal des acides gras, la carnitine palmitoyltransférase‒1‒alpha, ainsi que ses protéines associées soit l’acyl‒CoenzymeA synthétase‒1 et le canal anionique voltage‒dépendant de type 1. Nous mesurerons l’activité du cytochrome c oxydase et le nombre de mitochondries. L’influence du sexe et la condition foetale (restriction de croissance intrautérine vs contrôle) seront comparés. Nous avons observé que l’expression protéique de la carnitine palmitoytransférase‒1α et de l’acyl‒CoenzymeA synthétase‒1 est significativement augmentée, mais pas celle du canal anionique voltage‒dépendant de type 1, dans les coeurs de foetus en restriction de croissance intrautérine femelles. Le nombre et l’activité des mitochondries est semblable dans tous les groupes. Ces résultats suggèrent que la condition foetale et le sexe altèrent la quantité du transporteur des acides gras, la carnitine palmitoytransférase‒1α, au niveau traductionnel sans toutefois affecter l’activité du cytochrome c oxydase et le nombre de mitochondries. À long terme, nos études permettront de mieux comprendre les conséquences et causes de la RCIU afin d’en permettre la prévention.

Interaction entre ventilation mécanique et traumatisme à la moelle épinière : réponses inflammatoires pulmonaires et médullaires

Le traumatisme de la moelle épinière est à l’origine d’une inflammation locale importante caractérisée par l’augmentation massive des cellules inflammatoires et la présence de réactions oxydatives. Cette inflammation locale peut déclencher une réponse inflammatoire systémique par voie hématogène. Au niveau cervical, les lésions médullaires peuvent entraîner des faiblesses ou la paralysie des muscles respiratoires. Le patient, qui ne peut plus respirer de façon autonome, doit avoir recours à un support respiratoire. Bien que la ventilation mécanique soit la thérapie traditionnellement appliquée aux blessés médullaires souffrant d’insuffisance respiratoire, les études ont démontré qu’elle pouvait contribuer à promouvoir une réponse inflammatoire ainsi que des dommages pulmonaires. L’interaction entre le traumatisme médullaire et la ventilation mécanique, indispensable au maintien de l’équilibre des échanges respiratoires, est inconnue à ce jour. En voulant protéger les tissus, cellules et organes, l’organisme met en œuvre toute une panoplie de réponses inflammatoires à différents endroits. Nous pensons que ces réponses peuvent être altérées via l’interaction entre ce traumatisme et cette ventilation mécanique, sous l’influence de la principale source cellulaire de cytokines pour la défense de l’hôte, le macrophage, récemment classé en deux phénotypes principaux: 1) l’activation classique de type M1 et 2) l’activation alternative de type M2. Le phénotype M1 est conduit par le facteur GM-CSF et induit par l’interféron IFN-ɣ ainsi que le lipopolysaccharide. Le phénotype M2 quant à lui, est conduit par le facteur M-CSF et induit par les interleukines IL-4, IL-13 ou IL-21. M1 relâche principalement IL-1β, IL-6, TNF-α et MIP-1α tandis que M2 principalement IL-10 et MCP-1. Toutefois, nous ignorons actuellement par quel type d’activation se manifestera cette réponse immunitaire et si l’application de support respiratoire pourrait entraîner un risque inflammatoire additionnel au site du traumatisme. Nous ignorons également si la ventilation mécanique affecterait, à distance, les tissus de la moelle épinière via une inflammation systémique et amplifierait alors le dommage initial. Il n’existe pas à ce jour, de thérapie qui ait montré d’effet bénéfique réel envers une récupération fonctionnelle des patients blessés médullaires. Il paraît donc essentiel de déterminer si la ventilation mécanique peut moduler l’inflammation post-traumatique à la fois au niveau pulmonaire et au site de la lésion. Ce travail visait à caractériser les liens entre l’inflammation issue du traumatisme médullaire et celle issue de la ventilation, dans le but de fournir une meilleure compréhension des mécanismes inflammatoires activés dans ce contexte. L’étude a été menée sur un modèle animal. Elle consistait à évaluer : 1) si le traumatisme médullaire influençait les réponses inflammatoires pulmonaires induites par la ventilation mécanique, y compris le phénotype des macrophages alvéolaires et 2) si la ventilation pouvait altérer à distance, les tissus de la moelle épinière. L’impact de la blessure médullaire sur l’inflammation pulmonaire et locale, induite par la ventilation fut interprété grâce à l’analyse des cellules inflammatoires dans les lavages broncho-alvéolaires et dans les tissus prélevés à l’endroit de la blessure après 24 heures. Ces analyses ont démontré un profil spécifique des cytokines pulmonaires et médullaires. Elles ont révélé que la ventilation mécanique a engendré un environnement pro-inflammatoire en faveur d’un phénotype M1 chez les animaux ayant bénéficié de la thérapie respiratoire. Inversement, l’atteinte thoracique chez les animaux sans ventilation, a montré qu’une réponse immunitaire avait été activée en faveur d’un environnement anti-inflammatoire de phénotype M2. La lésion cervicale quant à elle a induit un profil de cytokines différent et les réponses au stress oxydatif dans le poumon induites par la ventilation ont été réduites significativement. De plus, une lésion médullaire a augmenté l’expression d’IL-6 et la ventilation a diminué l’IL-1β et augmenté le TNF-α dans les tissus de la moelle. Finalement, ces données ont fourni les premières évidences que la ventilation a induit d’avantage à un phénotype pulmonaire M1 et que le traumatisme médullaire a impacté spécifiquement les réponses inflammatoires et oxydatives dans le poumon. La ventilation a contribué non seulement à distance à une inflammation des tissus médullaires lésés mais aussi des tissus sains.

Impact de la maladie du greffon contre l’hôte sur la reconstitution immunitaire suite à une transplantation allogénique de cellules souches hématopoïétiques

La transplantation allogénique de cellules souches hématopoïétiques (ASCT) est couramment utilisée pour traiter différents cancers hématologiques. Malheureusement, l’effet bénéfique de cette technique est limité par la réaction du greffon contre l’hôte (GVHD) qui demeure la cause principale de mortalité post-greffe. La GVHD endommage différents organes et retarde la reconstitution immunitaire des lymphocytes T (LT) ce qui augmente les risques d’infection et de rechute. Le développement de nouveaux traitements permettant d’accélérer la reconstitution immunitaire augmenterait donc les chances de survie des patients greffés. Il existe deux façons de régénérer des LT: via la thymopoïèse qui consiste à produire de nouveaux LT, ou par la prolifération homéostatique (PH) qui implique l’expansion rapide des LT matures retrouvés dans le greffon. La PH requiert deux signaux essentiels: l’interleukine-7 (IL-7) et la présentation d’antigènes du soi par les cellules dendritiques (DC) via le complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) I pour les LT CD8+ et le CMH II pour les LT CD4+. Dans un contexte d’ASCT, la chimiothérapie et la GVHD endommagent le thymus rendant la thymopoïèse inefficace. Par conséquent, la reconstitution immunitaire repose presque entièrement sur la PH des LT. L’objectif de cette thèse était de comprendre comment la GVHD affecte la reconstitution des LT. Grâce à un modèle murin, nous avons démontré que la PH des LT CD4+ est absente durant la GVHD et ce, dû à de faibles niveaux d’IL-7 et une diminution du nombre de DC. La perte des DC est en grande partie causée par des niveaux réduits de stromal derived factor-1α (SDF-1α) et par l’absence de progéniteurs de DC dans la moelle osseuse des souris en GVHD. Le traitement des souris en GVHD avec du SDF-1α permet d’augmenter le nombre de DC, et lorsqu’administré avec l’IL-7, améliore significativement la PH des LT CD4+. Contrairement aux LT CD4+, l’administration d’IL-7 seule est suffisante pour restaurer la PH des LT CD8+ durant la GVHD et ce, même en absence des DC. Ces différences s’expliquent pour deux raisons : 1) l’expression du CMH I, contrairement au CMH II, n’est pas limitée aux DC mais est également exprimée par les cellules stromales du receveur ce qui est suffisant pour induire la PH des LT CD8+ et 2) les LT CD8+ répondent à des concentrations plus faibles d’IL-7 systémique comparativement aux LT CD4+. En conclusion, l’ensemble de ces résultats permettra de mettre en place des études translationnelles sur le potentiel thérapeutique du SDF-1α et de l’IL-7 dans la reconstitution immunitaire des patients greffés.

Rotational analysis of the C1Π-X1 Σ+ system of indium monofluoride

Indium monofluoride was excited in a high-frequency discharge and the C-X system was photographed at a reciprocal dispersion of 0.3 AA mm-1 using a plane-grating spectrograph. Rotational analyses of the 0,0 1,0 2,2 3,3 4,4 2,4 3,5 4,6 and 5,7 bands have been carried out and the following molecular constants have been evaluated. Be'=0.2670(+or-3) cm-1, Be"=0.2628(+or-4) cm-1, alpha e'=0.0050(+or-4) cm-1, alpha e"=0.0020(+or-1) cm-1, De'=3.65(+or-5)*10-7 cm-1, De"=2.5(+or-3)*10-7 cm-1, beta e'=0.5(+or-2)*10-7 cm-1, beta e"=0.2(+or-1)*10-7 cm-1, re'=1.9672(+or-3) AA, re"=1.9853(+or-2) AA. The re" value agrees with the microwave absorption value 1.9854 AA.

Analysis of the circadian system of the cockroach Rhyparobia (Leucophaea) maderae

Biologische Rhythmen bestimmen das gesamte Leben auf der Erde. Dabei scheint der circadiane Rhythmus der bekannteste zu sein, welcher durch eine Periodendauer von etwa (lat. circa) 24 Stunden gekennzeichnet ist. Dieser seit Jahrmillionen täglich stattfindende Wechsel von Hell- und Dunkelphasen führte zur Entwicklung von inneren Uhren in nahezu allen Organismen, welche die Physiologie und das Verhalten steuern. In der Schabe Rhyparobia (Leucophaea) maderae, einem etablierten Modellorganismus der circadianen Rhythmusforschung, konnte die innere Uhr auf die akzessorischen Medulla (AMe) eingegrenzt werden. Da neben klassischen Neurotransmittern auch Neuropeptide unablässig für die Aufrechterhaltung des endogenen Rhythmus oder aber für Synchronisationsprozesse sind, bestand der Hauptfokus der Arbeit in der Analyse einer möglichen Beteiligung des myoinhibitorischen Neuropeptids (MIP) am circadianen System von R. maderae. Mittels MALDI-TOF Massenspektrometrie konnten fünf Rhyparobia-MIPs in Präparationen der AMe identifiziert und zwei vollständig sequenziert werden. Immunzytochemische Analysen zeigten neben einer weiten MIP-Immunreaktivität im Gehirn eine dichte Innervierung der AMe und mit ihr assoziierten Neuronengruppen. Kolokalisation von MIP- und Pigment-dispersing Faktor-Immunreaktivitäten wurden in mindestens zwei circadianen Schrittmacherzellen beobachtet. Immunreaktivitäten in diversen Kommissuren lassen den Schluss zu, dass Rhyparobia-MIPs als Kopplungsfaktoren beider akzessorischen Medullae agieren. Immunzytochemische Kolokalisationsexperimente mit anderen neuroaktiven Kandidaten für den Lichteingangsweg zeigen, dass Rhyparobia-MIPs auch an der Übermittlung photischer Eingänge in die AMe vom ipsi- und kontralateralen Komplexauge beteiligt sein könnten. Darüber hinaus konnte durch Injektionsexperimente kombiniert mit Verhaltensassays gezeigt werden, dass mindestens Rhyparobia-MIP-1 und -2 Eingangssignale in die AMe sind. Des Weiteren konnte mittels enzyme-linked immunosorbent Assays gezeigt werden, dass MIP in der AMe und dem optischen Lobus mindestens über G-Protein gekoppelte Rezeptoren agiert. Diese Rezeptoren scheinen zudem tageszeitabhängig unterschiedlich exprimiert oder aber unterschiedlich sensitiv zu sein.

Thermal expansion of deuterated hopeite, Zn-3(PO4)(2)center dot 4D(2)O

The lattice parameters extracted from Lebail analysis of neutron powder diffraction data collected between 2 and 300 K have been used to calculate the temperature evolution of the thermal expansion tensor for hopeite, Zn-3(PO4)(2)center dot 2H(2)O, Pnma,Z=4with a= 10.6065(4) angstrom, b = 18.2977(4) angstrom, c= 5.0257(2) A at 275 K. The a lattice parameter shows a negative thermal expansion, the b lattice parameter appears to saturate at 275 K while the c lattice parameter has a more typical positive thermal expansion. At 275 K, the magnitudes of the thermal expansion coefficients are alpha(a) = -1. 1(4) x 10(-5) K-1, alpha(b) = 2.4(9) x 10(-6) K-1 and alpha(c) = 3.6(2) x 10(-1) K-1. Under the conditions of these experiments, hopeite begins to dehydrate to the dihydrate between 300 and 325 K, and between 480 and 500 K the monohydrate is formed. The thermal expansion of the dihydrate has been calculated between 335 and 480 and at 480 K the magnitudes of the thermal expansion coefficients are alpha(a) = 1(2) x 10(-5) K-1, alpha(b) = 4(l) x 10(-6) K-1, alpha(c) = 4(2) x 10(-5) K-1, alpha(beta) = 1 (1) x 10(-1) K-1, and alpha(v) = 2(2) x 10(-1) K-1. The thermal expansion of hopeite is described in terms of its crystal structure and possible dehydration mechanisms for the alpha and beta modifications of hopeite are discussed.

In vitro immunomodulatory activity of Lactobacillus fermentum CECT5716 and Lactobacillus salivarius CECT5713: two probiotic strains isolated from human breast milk

Commensal bacteria, including some species of lactobacilli commonly present in human breast milk, appear to colonize the neonatal gut and contribute to protection against infant infections, suggesting that lactobacilli could potentially modulate immunity. In this study, we evaluated the potential of two Lactobacillus strains isolated from human milk to modulate the activation and cytokine profile of peripheral blood mononuclear cell (PBMC) subsets in vitro. Moreover, these effects were compared to the same probiotic species of non-milk origin. Lactobacillus salivarius CECT5713 and Lactobacillus fermentum CECT5716 at 105, 106 and 107 bacteria/mL were co-cultured with PBMC (106/mL) from 8 healthy donors for 24 h. Activation status (CD69 and CD25 expressions) of natural killer (NK) cells (CD56+), total T cells (CD3+), cytotoxic T cells (CD8+) and CD4+ T cells was determined by flow cytometry. Regulatory T cells (Treg) were also quantified by intracellular Foxp3 evaluation. Regarding innate immunity, NK cells were activated by addition of both Lactobacillus strains, and in particular, the CD8+ NK subset was preferentially induced to highly express CD69 (90%, p<0.05). With respect to acquired immunity, approximately 9% of CD8+ T cells became activated after co-cultivation with L. fermentum or L salivarius. Although CD4+ T cells demonstrated a weaker response, there was a preferential activation of Treg cells (CD4+CD25+Foxp3+) after exposure to both milk probiotic bacteria (p<0.05). Both strains significantly induced the production of a number of cytokines and chemokines, including TNFα, IL-1β, IL-8, MIP-1α, MIP-1β, and GM-CSF, but some strain-specific effects were apparent. This work demonstrates that L salivarius CECT5713 and L. fermentum CECT5716 enhanced both natural and acquired immune responses, as evidenced by the activation of NK and T cell subsets and the expansion of Treg cells, as well as the induction of a broad array of cytokines.

Extended factorizations of exponential functionals of Lévy processes

Pardo, Patie, and Savov derived, under mild conditions, a Wiener-Hopf type factorization for the exponential functional of proper Lévy processes. In this paper, we extend this factorization by relaxing a finite moment assumption as well as by considering the exponential functional for killed Lévy processes. As a by-product, we derive some interesting fine distributional properties enjoyed by a large class of this random variable, such as the absolute continuity of its distribution and the smoothness, boundedness or complete monotonicity of its density. This type of results is then used to derive similar properties for the law of maxima and first passage time of some stable Lévy processes. Thus, for example, we show that for any stable process with $\rho\in(0,\frac{1}{\alpha}-1]$, where $\rho\in[0,1]$ is the positivity parameter and $\alpha$ is the stable index, then the first passage time has a bounded and non-increasing density on $\mathbb{R}_+$. We also generate many instances of integral or power series representations for the law of the exponential functional of Lévy processes with one or two-sided jumps. The proof of our main results requires different devices from the one developed by Pardo, Patie, Savov. It relies in particular on a generalization of a transform recently introduced by Chazal et al together with some extensions to killed Lévy process of Wiener-Hopf techniques. The factorizations developed here also allow for further applications which we only indicate here also allow for further applications which we only indicate here.

Association of the PPARGC1A gene polymorphism with diabetic nephropathy in an Asian Indian population (CURES-41)

BACKGROUND: The aim of this study was to evaluate the association of polymorphisms of the peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARG) gene and peroxisome proliferators-activated receptor gamma co-activator 1 alpha (PPARGC1A) gene with diabetic nephropathy (DN) in Asian Indians. METHODS: Six common polymorphisms, 3 of the PPARG gene [-1279G/A, Pro12Ala, and His478His (C/T)] and 3 of the PPARGC1A gene (Thr394Thr, Gly482Ser, and +A2962G) were studied in 571 normal glucose-tolerant (NGT) subjects, 255 type 2 diabetic (T2D) subjects without nephropathy, and 141 DN subjects. Genotypes were determined by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and direct sequencing. Logistic regression analysis was performed to assess the covariables associated with DN. RESULTS: Among the 6 polymorphisms examined, only the Gly482Ser of the PPARGC1A gene was significantly associated with DN. The genotype frequency of Ser/Ser genotype of the PPARGC1A gene was 8.8% (50/571) in NGT subjects, 7.8% (20/255) in T2D subjects, and 29.8% (42/141) in DN subjects. The odds ratios (ORs) for DN for the susceptible Gly/Ser and Ser/Ser genotype after adjusting for age, sex, body mass index, and duration of diabetes were 2.14 [95% confidence interval (CI), 1.23-3.72; P = 0.007] and 8.01 (95% CI, 3.89-16.47; P < 0.001), respectively. The unadjusted OR for DN for the XA genotype of the Thr394Thr polymorphism was 1.87 (95% CI, 1.20-2.92; P = 0.006) compared to T2D subjects. However, the significance was lost (P = 0.061) when adjusted for age, sex, BMI, and duration of diabetes. The +A2962G of PPARGC1A and the 3 polymorphisms of PPARG were not associated with DN. CONCLUSION: The Gly482Ser polymorphism of the PPARGC1A gene is associated with DN in Asian Indians.

Effect of polymorphisms in the PPARGC1A gene on body fat in Asian Indians

OBJECTIVE: To evaluate whether polymorphisms in the peroxisome proliferator-activated receptor-gamma coactivator-1 alpha (PPARGC1A) gene were related to body fat in Asian Indians. METHODS: Three polymorphisms of PPARGC1A gene, the Thr394Thr, Gly482Ser and +A2962G, were genotyped on 82 type 2 diabetic and 82 normal glucose tolerant (NGT) subjects randomly chosen from the Chennai Urban Rural Epidemiology Study using PCR-RFLP, and the nature of the variants were confirmed using direct sequencing. Linkage disequilibrium (LD) was estimated from the estimates of haplotypic frequencies using an expectation-maximization algorithm. Visceral, subcutaneous and total abdominal fat were measured using computed tomography, whereas dual X-ray absorptiometry was used to measure central abdominal and total body fat. RESULTS: None of the three polymorphisms studied were in LD. The genotype (0.59 vs 0.32, P=0.001) and allele (0.30 vs 0.17, P=0.007) frequencies of Thr394Thr polymorphism were significantly higher in type 2 diabetic subjects compared to those in NGT subjects. The odds ratio for diabetes (adjusted for age, sex and body mass index) for the susceptible genotype, XA (GA+AA) of Thr394Thr polymorphism, was 2.53 (95% confidence intervals: 1.30-5.04, P=0.009). Visceral and subcutaneous fat were significantly higher in NGT subjects with XA genotype of the Thr394Thr polymorphism compared to those with GG genotype (visceral fat: XA 148.2+/-46.9 vs GG 106.5+/-51.9 cm(2), P=0.001; subcutaneous fat: XA 271.8+/-167.1 vs GG 181.5+/-78.5 cm(2), P=0.001). Abdominal (XA 4521.9+/-1749.6 vs GG 3445.2+/-1443.4 g, P=0.004), central abdominal (XA 1689.0+/-524.0 vs GG 1228.5+/-438.7 g, P<0.0001) and non-abdominal fat (XA 18763.8+/-8789.4 vs GG 13160.4+/-4255.3 g, P<0.0001) were also significantly higher in the NGT subjects with XA genotype compared to those with GG genotype. The Gly482Ser and +A2962G polymorphisms were not associated with any of the body fat measures. CONCLUSION: Among Asian Indians, the Thr394Thr (G --> A) polymorphism is associated with increased total, visceral and subcutaneous body fat.

Peroxisome proliferator-activated receptor-gamma co-activator-1alpha (PGC-1alpha) gene polymorphisms and their relationship to Type 2 diabetes in Asian Indians

AIMS: The objective of the present investigation was to examine the relationship of three polymorphisms, Thr394Thr, Gly482Ser and +A2962G, of the peroxisome proliferator activated receptor-gamma co-activator-1 alpha (PGC-1alpha) gene with Type 2 diabetes in Asian Indians. METHODS: The study group comprised 515 Type 2 diabetic and 882 normal glucose tolerant subjects chosen from the Chennai Urban Rural Epidemiology Study, an ongoing population-based study in southern India. The three polymorphisms were genotyped using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). Haplotype frequencies were estimated using an expectation-maximization (EM) algorithm. Linkage disequilibrium was estimated from the estimates of haplotypic frequencies. RESULTS: The three polymorphisms studied were not in linkage disequilibrium. With respect to the Thr394Thr polymorphism, 20% of the Type 2 diabetic patients (103/515) had the GA genotype compared with 12% of the normal glucose tolerance (NGT) subjects (108/882) (P = 0.0004). The frequency of the A allele was also higher in Type 2 diabetic subjects (0.11) compared with NGT subjects (0.07) (P = 0.002). Regression analysis revealed the odds ratio for Type 2 diabetes for the susceptible genotype (XA) to be 1.683 (95% confidence intervals: 1.264-2.241, P = 0.0004). Age adjusted glycated haemoglobin (P = 0.003), serum cholesterol (P = 0.001) and low-density lipoprotein (LDL) cholesterol (P = 0.001) levels and systolic blood pressure (P = 0.001) were higher in the NGT subjects with the XA genotype compared with GG genotype. There were no differences in genotype or allelic distribution between the Type 2 diabetic and NGT subjects with respect to the Gly482Ser and +A2962G polymorphisms. CONCLUSIONS: The A allele of Thr394Thr (G --> A) polymorphism of the PGC-1 gene is associated with Type 2 diabetes in Asian Indian subjects and the XA genotype confers 1.6 times higher risk for Type 2 diabetes compared with the GG genotype in this population.

Species concepts in Cercospora: spotting the weeds among the roses

The genus Cercospora contains numerous important plant pathogenic fungi from a diverse range of hosts. Most species of Cercospora are known only from their morphological characters in vivo. Although the genus contains more than 5 000 names, very few cultures and associated DNA sequence data are available. In this study, 360 Cercospora isolates, obtained from 161 host species, 49 host families and 39 countries, were used to compile a molecular phylogeny. Partial sequences were derived from the internal transcribed spacer regions and intervening 5.8S nrRNA, actin, calmodulin, histone H3 and translation elongation factor 1-alpha genes. The resulting phylogenetic clades were evaluated for application of existing species names and five novel species are introduced. Eleven species are epi-, lecto- or neotypified in this study. Although existing species names were available for several clades, it was not always possible to apply North American or European names to African or Asian strains and vice versa. Some species were found to be limited to a specific host genus, whereas others were isolated from a wide host range. No single locus was found to be the ideal DNA barcode gene for the genus, and species identification needs to be based on a combination of gene loci and morphological characters. Additional primers were developed to supplement those previously published for amplification of the loci used in this study. TAXONOMIC NOVELTIES: New species - Cercospora coniogrammes Crous & R.G. Shivas, Cercospora delaireae C. Nakash., Crous, U. Braun & H.D. Shin, Cercospora euphorbiae-sieboldianae C. Nakash., Crous, U. Braun & H.D. Shin, Cercospora pileicola C. Nakash., Crous, U. Braun & H.D. Shin, Cercospora vignigena C. Nakash., Crous, U. Braun & H.D. Shin. Typifications: epitypifications - Cercospora alchemillicola U. Braun & C.F. Hill, Cercospora althaeina Sacc., Cercospora armoraciae Sacc., Cercospora corchori Sawada, Cercospora mercurialis Pass., Cercospora olivascens Sacc., Cercospora violae Sacc.; neotypifications - Cercospora fagopyri N. Nakata & S. Takim., Cercospora sojina Hara.

Effect of a calcium hydroxide-based paste associated to chlorhexidine on RAW 264.7 macrophage cell line culture

Objective. The objective of this study was to evaluate the effect of a calcium hydroxide Ca(OH)(2)-based paste (Calen) associated or not to 0.4% chlorhexidine digluconate (CHX) on RAW 264.7 macrophage cell line culture. Study design. The cell viability (MTT assay), immunostimulating properties (NO dosage), and anti-inflammatory properties (NO, TNF-alpha, and IL-1 alpha dosage) were evaluated after cell exposure to the materials. Data were analyzed statistically by Kruskal-Wallis test at 5% significance level. Results. There was low immunostimulating activity of the Calen paste associated or not to 0.4% CHX in the different materials` concentrations evaluated (P > .05). Anti-inflammatory activity with inhibition of NO and cytokine (TNF-alpha and IL1-alpha) release was observed only with Ca(OH)(2) + CHX at the highest concentration (25 mu g/mL). Conclusion. As the Calen paste associated to 0.4% CHX did not alter cell viability or the immunostimulating and anti-inflammatory properties, the addition of CHX brought no benefits to the Ca(OH)(2)-based paste with regard to the tested parameters. (Oral Surg Oral Med Oral Pathol Oral Radiol Endod 2008;106:e44-e51)