Validation of short tandem repeat analysis for the investigation of cases of disputed paternity

This study details validation of two separate multiplex STR systems for use in paternity investigations. These are the Second Generation Multiplex (SGM) developed by the UK Forensic Science Service and the PowerPlex 1 multiplex commercially available from Promega Inc. (Madison, WI, USA). These multiplexes contain 12 different STR systems (two are duplicated in the two systems). Population databases from Caucasian, Asian and Afro-Caribbean populations have been compiled for all loci. In all but two of the 36 STR/ethnic group combinations, no evidence was obtained to indicate inconsistency with Hardy-Weinberg (HW) proportions. Empirical and theoretical approaches have been taken to validate these systems for paternity testing. Samples from 121 cases of disputed paternity were analysed using established Single Locus Probe (SLP) tests currently in use, and also using the two multiplex STR systems. Results of all three test systems were compared and no non-conformities in the conclusions were observed, although four examples of apparent germ line mutations in the STR systems were identified. The data was analysed to give information on expected paternity indices and exclusion rates for these STR systems. The 12 systems combined comprise a highly discriminating test suitable for paternity testing. 99.96% of non-fathers are excluded from paternity on two or more STR systems. Where no exclusion is found, Paternity Index (PI) values of > 10,000 are expected in > 96% of cases.

Evidence for involvement of both IKCa and SKCa channels in hyperpolarizing responses of the rat middle cerebral artery

Endothelium-derived hyperpolarizing factor responses in the rat middle cerebral artery are blocked by inhibiting IKCa channels alone, contrasting with peripheral vessels where block of both IKCa and SKCa is required. As the contribution of IKCa and SKCa to endothelium-dependent hyperpolarization differs in peripheral arteries, depending on the level of arterial constriction, we investigated the possibility that SKCa might contribute to equivalent hyperpolarization in cerebral arteries under certain conditions. METHODS: Rat middle cerebral arteries (approximately 175 microm) were mounted in a wire myograph. The effect of KCa channel blockers on endothelium-dependent responses to the protease-activated receptor 2 agonist, SLIGRL (20 micromol/L), were then assessed as simultaneous changes in tension and membrane potential. These data were correlated with the distribution of arterial KCa channels revealed with immunohistochemistry. RESULTS: SLIGRL hyperpolarized and relaxed cerebral arteries undergoing variable levels of stretch-induced tone. The relaxation was unaffected by specific inhibitors of IKCa (TRAM-34, 1 micromol/L) or SKCa (apamin, 50 nmol/L) alone or in combination. In contrast, the associated smooth-muscle hyperpolarization was inhibited, but only with these blockers in combination. Blocking nitric oxide synthase (NOS) or guanylyl cyclase evoked smooth-muscle depolarization and constriction, with both hyperpolarization and relaxation to SLIGRL being abolished by TRAM-34 alone, whereas apamin had no effect. Immunolabeling showed SKCa and IKCa within the endothelium. CONCLUSIONS: In the absence of NO, IKCa underpins endothelium-dependent hyperpolarization and relaxation in cerebral arteries. However, when NOS is active SKCa contributes to hyperpolarization, whatever the extent of background contraction. These changes may have relevance in vascular disease states where NO release is compromised and when the levels of SKCa expression may be altered.

Possible role for K+ in endothelium-derived hyperpolarizing factor–linked dilatation in rat middle cerebral artery

Background and Purpose— Endothelium-derived hyperpolarizing factor (EDHF) and K+ are vasodilators in the cerebral circulation. Recently, K+ has been suggested to contribute to EDHF-mediated responses in peripheral vessels. The EDHF response to the protease-activated receptor 2 ligand SLIGRL was characterized in cerebral arteries and used to assess whether K+ contributes as an EDHF. Methods— Rat middle cerebral arteries were mounted in either a wire or pressure myograph. Concentration-response curves to SLIGRL and K+ were constructed in the presence and absence of a variety of blocking agents. In some experiments, changes in tension and smooth muscle cell membrane potential were recorded simultaneously. Results— SLIGRL (0.02 to 20 μmol/L) stimulated concentration and endothelium-dependent relaxation. In the presence of NG-nitro-L-arginine methyl ester, relaxation to SLIGRL was associated with hyperpolarization and sensitivity to a specific inhibitor of IKCa, 1-[(2-chlorophenyl)diphenylmethyl]-1H-pyrazole (1μmol/L), reflecting activation of EDHF. Combined inhibition of KIR with Ba2+ (30μmol/L) and Na+/K+-ATPase with ouabain (1 μmol/L) markedly attenuated the relaxation to EDHF. Raising extracellular [K+] to 15 mmol/L also stimulated smooth muscle relaxation and hyperpolarization, which was also attenuated by combined application of Ba2+ and ouabain. Conclusions— SLIGRL evokes EDHF-mediated relaxation in the rat middle cerebral artery, underpinned by hyperpolarization of the smooth muscle. The profile of blockade of EDHF-mediated hyperpolarization and relaxation supports a pivotal role for IKCa channels. Furthermore, similar inhibition of responses to EDHF and exogenous K+ with Ba2+ and ouabain suggests that K+ may contribute as an EDHF in the middle cerebral artery.

Allosteric mechanism controls traffic in the chaperone/usher pathway

Many virulence organelles of Gram-negative bacterial pathogens are assembled via the chaperone/ usher pathway. The chaperone transports organelle subunits across the periplasm to the outer membrane usher, where they are released and incorporated into growing fibers. Here, we elucidate the mechanism of the usher-targeting step in assembly of the Yersinia pestis F1 capsule at the atomic level. The usher interacts almost exclusively with the chaperone in the chaperone:subunit complex. In free chaperone, a pair of conserved proline residues at the beginning of the subunit-binding loop form a ‘‘proline lock’’ that occludes the usher-binding surface and blocks usher binding. Binding of the subunit to the chaperone rotates the proline lock away from the usher-binding surface, allowing the chaperone-subunit complex to bind to the usher. We show that the proline lock exists in other chaperone/usher systems and represents a general allosteric mechanism for selective targeting of chaperone:subunit complexes to the usher and for release and recycling of the free chaperone.

The variant rpoS allele of S-enteritidis strain 27655R does not affect virulence in a chick model nor constitutive curliation but does generate a cold-sensitive phenotype

Adherence of pathogenic Escherichia coli and Salmonella spp. to host cells is in part mediated by curli fimbriae which, along with other virulence determinants, are positively regulated by RpoS. Interested in the role and regulation of curli (SEF17) fimbriae of Salmonella enteritidis in poultry infection, we tested the virulence of naturally occurring S. enteritidis PT4 strains 27655R and 27655S which displayed constitutive and null expression of curli (SEF17) fimbriae, respectively, in a chick invasion assay and analysed their rpoS alleles. Both strains were shown to be equally invasive and as invasive as a wild-type phage type 4 strain and an isogenic derivative defective for the elaboration of curli. We showed that the rpoS allele of 27655S was intact even though this strain was non-curliated and we confirmed that a S. enteritidis rpoS::str(r) null mutant was unable to express curli, as anticipated. Strain 27655R, constitutively curliated, possessed a frameshift mutation at position 697 of the rpoS coding sequence which resulted in a truncated product and remained curliated even when transduced to rpoS::str(r). Additionally, rpoS mutants are known to be cold-sensitive, a phenotype confirmed for strain 27655R. Collectively, these data indicated that curliation was not a significant factor for pathogenesis of S. enteritidis in this model and that curliation of strains 27655R and 27655S was independent of RpoS. Significantly, strain 27655R possessed a defective rpoS allele and remained virulent. Here was evidence that supported the concept that different naturally occurring rpoS alleles may generate varying virulence phenotypic traits. (C) 1998 Federation of European Microbiological Societies. Published by Elsevier Science B.V. All rights reserved.

The APE atlas

This Atlas presents statistical analyses of the simulations submitted to the Aqua-Planet Experiment (APE) data archive. The simulations are from global Atmospheric General Circulation Models (AGCM) applied to a water-covered earth. The AGCMs include ones actively used or being developed for numerical weather prediction or climate research. Some are mature, application models and others are more novel and thus less well tested in Earth-like applications. The experiment applies AGCMs with their complete parameterization package to an idealization of the planet Earth which has a greatly simplified lower boundary that consists of an ocean only. It has no land and its associated orography, and no sea ice. The ocean is represented by Sea Surface Temperatures (SST) which are specified everywhere with simple, idealized distributions. Thus in the hierarchy of tests available for AGCMs, APE falls between tests with simplified forcings such as those proposed by Held and Suarez (1994) and Boer and Denis (1997) and Earth-like simulations of the Atmospheric Modeling Intercomparison Project (AMIP, Gates et al., 1999). Blackburn and Hoskins (2013) summarize the APE and its aims. They discuss where the APE fits within a modeling hierarchy which has evolved to evaluate complete models and which provides a link between realistic simulation and conceptual models of atmospheric phenomena. The APE bridges a gap in the existing hierarchy. The goals of APE are to provide a benchmark of current model behaviors and to stimulate research to understand the cause of inter-model differences., APE is sponsored by the World Meteorological Organization (WMO) joint Commission on Atmospheric Science (CAS), World Climate Research Program (WCRP) Working Group on Numerical Experimentation (WGNE). Chapter 2 of this Atlas provides an overview of the specification of the eight APE experiments and of the data collected. Chapter 3 lists the participating models and includes brief descriptions of each. Chapters 4 through 7 present a wide variety of statistics from the 14 participating models for the eight different experiments. Additional intercomparison figures created by Dr. Yukiko Yamada in AGU group are available at http://www.gfd-dennou.org/library/ape/comparison/. This Atlas is intended to present and compare the statistics of the APE simulations but does not contain a discussion of interpretive analyses. Such analyses are left for journal papers such as those included in the Special Issue of the Journal of the Meteorological Society of Japan (2013, Vol. 91A) devoted to the APE. Two papers in that collection provide an overview of the simulations. One (Blackburn et al., 2013) concentrates on the CONTROL simulation and the other (Williamson et al., 2013) on the response to changes in the meridional SST profile. Additional papers provide more detailed analysis of the basic simulations, while others describe various sensitivities and applications. The APE experiment data base holds a wealth of data that is now publicly available from the APE web site: http://climate.ncas.ac.uk/ape/. We hope that this Atlas will stimulate future analyses and investigations to understand the large variation seen in the model behaviors.

Barabas's Fall

Early modern play-texts present numerous puzzles for scholars interested in ascertaining how plays were (or may have been) staged. the principal evidence of course for a notional "reconstruction" of practices is the apparatus of stage directions, augmented by indications in the dialogue. in conjunction a joining-of-the-dots is often possible, at least in broad-brush terms. But as is well known, the problem is that stage directions tend to be incomplete, imprecise, inaccurate ­ or missing altogether; more significantly, even when present they offer only slight and indirect evidence of actual stagecraft. Some stage directions are rather more "literary" than "theatrical" in provenance, and in any case to the extent that they do serve the reader (early modern or modern) they cannot be regarded as providing a record of stage practice. After all, words can be no more than imperfect substitutes for (and of another order from) the things they represent. For the most part directions serve as a guide that provides the basis for reasonable interpretation informed by our knowledge of theatre architecture, technology, and comparable play-situations, rather than concrete evidence of actual practice. Quite how some stage business was carried out remains uncertain, leaving the scholar little option but to hypothesize solutions. One such conundrum arises in christopher Marlowe's The Jew of Malta. the scenario in question is hardly an obscure one, but it has not been examined in detail, even by modern editors. the purpose of this essay is to explore what sense might be made of the surviving textual evidence, in combination with our knowledge of theatre architecture and playmaking culture in the late sixteenth century.

The CATH Hierarchy Revisited-Structural Divergence in Domain Superfamilies and the Continuity of Fold Space

This paper explores the structural continuum in CATH and the extent to which superfamilies adopt distinct folds. Although most superfamilies are structurally conserved, in some of the most highly populated superfamilies (4% of all superfamilies) there is considerable structural divergence. While relatives share a similar fold in the evolutionary conserved core, diverse elaborations to this core can result in significant differences in the global structures. Applying similar protocols to examine the extent to which structural overlaps occur between different fold groups, it appears this effect is confined to just a few architectures and is largely due to small, recurring super-secondary motifs (e.g., alpha beta-motifs, alpha-hairpins). Although 24% of superfamilies overlap with superfamilies having different folds, only 14% of nonredundant structures in CATH are involved in overlaps. Nevertheless, the existence of these overlaps suggests that, in some regions of structure space, the fold universe should be seen as more continuous.

Korslagde armar och tomma kassakistor : Avdelning 332 vid Grycksbo Pappersbruk och storstrejken 1909

Syftet med uppsatsen är att undersöka hur en fackförening på en liten ort i Dalarna upplevt den stora arbetsmarknadskonflikt hösten 1909, känd som storstrejken. Hur dess medlemmar upplevde de påfrestningar de drabbades av och hur de klarade strejken och dess följder. Materialet består av mötesprotokoll från avdelningen samt den korrespondens som förekom mellan fackföreningen och förbundsledningen, och LO:s landssekretariat. I centrum för undersökningen står den under 1907 startade fackföreningen vid J.H. Munktells pappersbruk AB i Grycksbo, avdelning 332, tillhörande Grov- och Fabriksarbetarförbundet. Resultatet av undersökningen visar att fackföreningen kände en mycket begränsad entusiasm för storstrejken, beroende på dålig ekonomi och bristande tilltro till den egna förmågan. Vid strejkens början gick fackföreningen lojalt ut i strejk. Den fortsatta utvecklingen ledde till den inte ovanliga bilden med blockad och fridlysning av arbetsplatsen, strejkbryteri och ett med tiden ökande antal arbetare som gav upp strejken och sitt fackliga engagemang. För några få arbetare blev konsekvensen avsked. För fackföreningen blev konsekvensen ett drastiskt minskande medlemsantal.

Användning av arkiv i samhällskunskapsundervisningen på gymnasiet

Syftet med denna uppsats är att undersöka om, och i så fall hur, man på ett fruktbart sätt kan göra de kommunala arkiven (och ev. andra arkiv) användbara i ämnet samhällskunskap A på gymnasiet. Detta test sker utifrån ett pedagogiskt undervisningsmaterial, närmare bestämt en portfölj tillsammans med en undervisningsplanering i samhällskunskap på gymnasiet. För denna uppsats har en forskarpraktiserande metod använts. Den används för att kunna uppnå syftet med skapandet av ett pedagogiskt undervisningsmaterial (portföljen) för gymnasieungdomar i samhällskunskap A. Utgångspunkterna för undersökningen är för det fösta att samhällskunskap är idag ett tvärvetenskapligt ämne som t.ex. består av ekonomi och politik och historia, geografi m.m. Den andra är att ingen forskare, enligt min vetskap, tidigare har genomfört ett projekt där kommunarkiven har involverats i samhällkunskap. Däremot använder lärare och forskare arkivinformation inom ämnen såsom historia och geografi. Källorna i undersökningen är läromedlet Reflex A, styrdokumenten och arkivhandlingar från 1878, 1970-2000 och forskning från pedagoger och arkivpedagoger. Denna forskning har legat till grund för den framtagna undervisningsplaneringen samt den pedagogiska portföljen. Arbetet gick ut på att skapa en portfölj med arkivhandlingar som skulle användas i samhällkunskap A. De övergripande målen som ex styrdokumenten visa på att det finns inga direkta konkreta direktiv som sa att läraren inte kunde använda arkivhandlingar. Det står tydligt att eleverna skall ha ett dåtida, nutida och framtida perspektiv och att de skall lära sig använda flera källor samt vara källkritiska. Resultatet är även det som finns i portföljen och är portföljen med dess handbok. Introduceringen av arkiven sker utifrån ett pedagogiskt undervisningsmaterial och en undervisningsplanering. Det krävs emellertid att läraren får den tid för att sammanställa ett fungerande material för användandet av arkiven i undervisningen.

Intervjustudie av oskyddade trafikanters situation på 13 m mötesseparerad landsväg

I kölvattnet av Nollvisionen uppstår problem för oskyddade trafikanter. Vid mittseparering av 13-metersvägar blir utrymmet för dessa trafikantgrupper otillräckligt och nya lösningar måste till. Detta examensarbete syftar till att förbättra framkomligheten och trafiksäkerheten för oskyddade trafikanter på s k MLV (Mötesseparerad LandsVäg). Målet med examensarbetet har varit att inventera problem, identifiera förbättringsområden, finna bra lösningar samt att beräkna vilka kostnader som dessa lösningar orsakar.Som ett resultat av arbetet har framkommit att det saknas en nationell samstämmighet i synen på hur oskyddade trafikanter på MLV, skall behandlas. Vidare existerar det en stor fokusering i centrala direktiv, kanske mest inofficiella, på bilisters och transportörers behov vid utformningen av MLV. Som en konsekvens av detta har de oskyddade trafikanterna blivit undanträngda, både bildligt och fysiskt talat, från dessa vägtyper och därmed begränsas deras förflyttnings-möjligheter. Ytterligare resultat är att det behövs mer utredning kring hänvisning för de oskyddade trafikanterna på MLV, detta för att i möjligaste mån separera trafikantgrupperna.I arbetet har också utförts en kostnadsberäkning av en GCM-lösning (GCM står för Gång, Cykel och Moped) på en vägsträcka, riksväg 80 mellan Falun och Hofors. Kostnaden blev 1,1 - 2,2 mn kr, vilket motsvarar en projektfördyring med 4,4 - 11 %, beroende på alternativ. De viktigaste slutsatserna i arbetet är att man bör anstränga sig till det yttersta för att erbjuda ett alternativ till en MLV, och att man då också måste förbättra skyltningen, för att undvika att oskyddade trafikanter irrar sig in på MLV:n, trots acceptabla alternativvägar. För detta har ett förslag till ett nytt vägmärke framtagits, Alternativ GCM-väg längs MLV, se Bilaga 5.

Systemintegration mellan Java och VB.NET med webservices

I dagens näringsliv är effektiv kommunikation och informationsutbyte mellan företag en förutsättning för verksamheten. Näringslivet utmärks av förändring; företag köps upp, företag slås samman, företag samarbetar i projektform. Behovet av att integrera varandras informationssystem står i paritet med ovanstående förändringar. Ett stort problem med systemintegration är variationsrikedomen mellan informationssystemen, beträffande teknisk plattform och programspråk. Webservices erbjuder metoder att enkelt integrera olika informationssystem med varandra.I rapporten beskrivs hur webservices implementeras och vilka tekniska komponenter som ingår, samt de fördelar som webservicetekniken ger. Uppdraget från Sogeti, Borlänge var att designa och implementera en prototyp, i vilken klientapplikationer i Java och VB.NET integreras med varandra genom webservices i respektive programspråk. För analys och design har metoden UML använts. Slutsatsen av rapporten är att Java och VB.NET kan kommunicera med varandra genom webserviceteknik. Dock är integrationen mellan de två programspråken inte okomplicerad. Detta leder till slutsatsen att webservicetekniken måste standardiseras för att få ordentligt genomslag som teknik för systemintegration mellan olika programspråk.

Medarbetarsamtal : En kvalitativ studie av medarbetarsamtalets betydelse, genomförande och uppföljning bland enhetschefer och medarbetare i den offentliga sektorn

Intresset för medarbetarsamtal har vuxit under det senaste decenniet, men medarbetar-samtal har beforskats i lite utsträckning. En hypotes som vi har utgått från är att medarbetarsamtalet många gånger inte ges det utrymme som det borde för att gynna organisationen och individen. Studien syfte har varit att skapa kunskap kring vad ett medarbetarsamtal är i offentlig sektor. Det är en kvalitativ undersökning omfattande såväl en litteraturstudie, som en intervjuundersökning med enhetschefer och medarbetare för att få fram medarbetarsamtalets betydelse i den offentliga sektorn. Studien har visat att medarbetarsamtal idealt handlar om individen och organisationens utveckling och ska genomföras en gång per år. I praktiken har vi sett att det mer kommit att handla om att förbättra relationen mellan parterna och att vikten av att bli bekräftad av sin chef som medarbetare är stor. Hur medarbetarsamtalet var utformat varierade bland de enheter som ingick i studien men alla enheterna genomförde medarbetarsamtal en gång per år. Medarbetarsamtalet kan fungera som ett ledningsinstrument och även för att ta reda på behovet av förändring och utveckling inom organisationen. Studien har visat att medarbetarsamtal har relevans för det arbete som utförs på enheten. Dokumentation och uppföljning som görs under medarbetarsamtalet står till största del ledningen för. Litteraturstudien har visat att det saknas forskningsstudier kring området medarbetarsamtal.

Alkohol : En undersökning av första års programstudenter vid campus Borlänge

I denna uppsats har en undersökning av studenters alkoholvanor gjorts. Syftet med arbetet var att få en uppfattning om första års programstudenters alkoholvanor vid Högskolan Dalarna campus Borlänge. Följande frågeställningar belyses i studien: Hur ofta och hur mycket dricker studenter vid respektive program, hur ser kvinnornas alkoholvanor ut jämfört med männens, samt om alkoholvanorna skiljer sig mellan programmen.Jag har använt mig av en kvantitativ enkätundersökning där totalt 60 studenter från tre olika program har medverkat. Studenterna går första året på Högskolan Dalarna och är i åldrarna 19-24 år. De program som undersöktes var Grafisk teknologi och design, Materialdesign samt Ekonomprogrammet. Jag vill påpeka att bortfallet i undersökningen är litet och de flesta har svarat på enkäten (60/74). Vid ett eventuellt bortfall bör man fråga sig om de frånvarande studenterna skiljer sig avsevärt från de studenter som deltog i undersökningen. Orsaken till att några studenter inte var närvarande vid undersökningen kan jag inte uttala mig om.De teorier som används i uppsatsen är teorier om identitetsfinnande, rusets betydelse för konsumtionen, samt en teori om normer och avvikande beteende.Innan jag genomförde undersökningen tog jag kontakt med några av skolans studieadministratörer för att få tillgång till antal registrerade studenter på de olika programmen. Därefter tog jag kontakt med lärare på respektive program och bestämde datum och tid för utlämnande av enkäten. Då kunde jag själv dela ut och samla in enkäten. Efter att jag fått in svar på enkäten sammanställdes all information för att få en övergripande syn på studenternas alkoholvanor.Resultatet av undersökningen visar att 91,7% av studenterna konsumerar alkohol. Den visar också att männen dricker oftare än vad kvinnorna gör och även större mängder vid ett och samma tillfälle. Dock är det många kvinnor som dricker ofta och mycket. Detta kan bero på att de existerande könsroller som finns håller på att lösas upp.Studenter på Materialdesignprogrammet har högst konsumtion om man jämför med de övriga programmen. På detta program dricker många av studenterna fler än 1 gång i veckan. De dricker också stora mängder. Ekonomprogrammet har låg konsumtion både när det gäller hur ofta och hur mycket de dricker. Det mest häpnadsväckande resultatet har programmet Grafisk teknologi och design där det faktiskt är kvinnorna som står för den högsta konsumtionen.

Bilder talar sitt tydliga språk : Om könsschabloner i marknadsföring av leksaker och barnrum

Bilder av barnrum och produktbilder med leksaker står i centrum för denna uppsats, där huvudsyftet varit att utreda hur genussymboler och könsroller förmedlas i marknadsföringen vänd till barn. Källmaterialet har bestått av bilder strategiskt utvalda. Bildmaterialet har sedan analyserats med hjälp av en bildanalysmodell där flickor och pojkar placerats som motpoler med skilda genussymboler, som representerar de båda könsrollerna. Genussymboler som förekommer i bildmaterialet är allt ifrån bildtexter, färgval, kläder och utseende, föremål, idrott, aktiviteter till miljö. Tillsammans med ett närvarande barn är detta de symboler som gör bilden tydlig för sin tänkte mottagare. Genom bildanalysmodellen uppenbarar sig de genusspecifika symbolerna. Produktbilderna visar att könsschabloner är riktförekommande bland de bilder som visar leksaker respektive barnrum. Det går alltså att påvisa att det finns skapade barnrum för flickor och pojkar som har iscensatts med hjälp av genussymboler för respektive kön, detsamma går även att utläsas i bilderna av leksakerna.