Intestinal content detection in capsule endoscopy using robust features

This work covers two aspects. First, it generally compares and summarizes the similarities and differences of state of the art feature detector and descriptor and second it presents a novel approach of detecting intestinal content (in particular bubbles) in capsule endoscopy images. Feature detectors and descriptors providing invariance to change of perspective, scale, signal-noise-ratio and lighting conditions are important and interesting topics in current research and the number of possible applications seems to be numberless. After analysing a selection of in the literature presented approaches, this work investigates in their suitability for applications information extraction in capsule endoscopy images. Eventually, a very good performing detector of intestinal content in capsule endoscopy images is presented. A accurate detection of intestinal content is crucial for all kinds of machine learning approaches and other analysis on capsule endoscopy studies because they occlude the field of view of the capsule camera and therefore those frames need to be excluded from analysis. As a so called “byproduct” of this investigation a graphical user interface supported Feature Analysis Tool is presented to execute and compare the discussed feature detectors and descriptor on arbitrary images, with configurable parameters and visualized their output. As well the presented bubble classifier is part of this tool and if a ground truth is available (or can also be generated using this tool) a detailed visualization of the validation result will be performed.

Els refranys: estudi i equivalències

Treball de recerca realitzat per una alumna d'ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit científic del Jovent l'any 2009. El treball es divideix en tres grans blocs temàtics, seguint una seqüència lògica: teoria dels refranys, recull de refranys catalans i els seus equivalents (inclou la creació d un diccionari) i l’aplicació pràctica del treball en un lloc web. Dins del bloc teòric es tracten amb profunditat àmbits de la fraseologia i la paremiologia (ciència dels refranys i les unitats fraseològiques) com ara la formació dels refranys, la seva estructura, el seu significat i el seu ús. També s’hi inclou un criteri de comparació de refranys de llengües diferents, tenint en compte aspectes com el seu grau d idiomaticitat (possibilitat d’establir el significat d’una unitat pel seu sentit figurat i a la vegada pel seu sentit literal). Cal destacar que l’estudi teòric dels refranys és gairebé inexistent en llengua catalana, i que en conseqüència l’elaboració d’aquesta part del projecte ha requerit un esforç suplementari. En el segon bloc, partint d’un recull de refranys pertanyent al besavi de l’alumna, on hi constaven refranys catalans amb els seus equivalents en francès i castellà, s’elabora un diccionari de refranys, explicant el significat d’aquests i afegint-hi l’equivalent en anglès, i en alguns casos, fins i tot es comenta l’antecedent llatí del refrany. Per tal de trobar una dimensió pràctica al nou recull, es procedeix a la creació d’un lloc web, amb la intenció de difondre el contingut del diccionari. Aquest seria el tercer bloc que conforma el treball.

Mapa web interactiu de Barcelona

L’objectiu principal d’aquest projecte és crear un sistema que permeti generar i gestionar un mapa de navegació interactiu per a la web i per qualsevol àmbit. Per aconseguir-ho, el projecte està dividit en dos parts: el mapa de navegació i el gestor de continguts. La primera part és una interfície gràfica on hi hauran diferents menús amb les seves categories, cadascuna amb els seus filtres, i per últim, un menú per seleccionar diferents nivells de zoom. El gestor de continguts, la segona part del projecte, és l’eina que permet gestionar via web tots els aspectes relacionats amb la configuració del mapa i la gestió de continguts (menús, punts del mapa, punts d’interès i rutes).

Comment on "Streaming potential dependence on water-content in Fontainebleau sand" by V. Allegre, L. Jouniaux, F. Lehmann and P. Sailhac

Allegre et al. recently presented new experimental data regarding the dependence of the streaming potential coupling coefficient with the saturation of the water phase. Such experiments are important to model the self-potential response associated with the flow of water in the vadose zone and the electroseismic/seismoelectric conversions in unsaturated porous media. However, the approach used to interpret the data is questionable and the conclusions reached by Allegre et al. likely incorrect

Ampliació i extensió en l'ús del portafolis digital en l'avaluació de l'alumnat

El treball realitzat amb l’ajuda MQD2006 està relacionat amb l’ús de portafolis electrònics en un context universitari. Els objectius que ens havíem traçat, eren: 1)Dissenyar una versió beta del portafolis digital desenvolupat adhoc pel grup 2)Implementar una metodologia avaluativa basada en el portafolis digital desenvolupat 3)Generar portafolis digitals com a model de bones pràctiques d’avaluació de l’alumnat 4)Recollir dades sobre el seu funcionament en relació a l’alumnat A més dels anteriors objectius, relacionats amb els aspectes pedagògics freuit de la implementació i ús dels portafolis digitals, hi ha dos objectius relacionats amb aspectes didàctics. Aquests són: 5) Anàlisi dels canvis en la metodologia didàctica i en els continguts curriculars 6) Anàlisi de criteris de sostenibilitat de la utilització continuada del portafolis digital. Almenys 5 d’aquests 6 objectius s’han complert de manera completa, i un (el nombre cinc) ha quedat solament esbossat. Per altra banda, alguns resultats inesperats s’han produït en aquests dos anys i es poden afegir a aquesta llista inicial: 7) Expansió i difusió de l’experiència cap a altres universitats. 8) Possibilitat de plantejar un projecte d’investigació bàsica sobre les conseqüències de l’ús de portafolis en la docència universitària basada en l’EEES. La Memòria seguirà de prop aquests objectius, si bé es distribuiran d’una manera diferent. Com a resultats i conclusions hem pogut veure que l’eina ha estat ben valorada en quant a la metodologia d’ús proposada, en quant al propi seguiment de l’aprenentatge i per una autoavaluació continuada. Hem vist una millora en les reflexions dels estudiants fent servir un diàleg on-line entre professor-estudiant. D’altra banda, hem detectat que es requereix millorar la seva usabilitat, un ús continuat més llarg i algunes recomanacions encarades al treball docent del professorat i no tant de l’eina.

A Comparative Study of the Organic Acid Content of the Hemolymph of Schistosoma mansoni-Resistant and Susceptible Strains of Biomphalaria glabrata

The freshwater snail Biomphalaria glabrata is an intermediate host of the trematode Schistosoma mansoni. However, some strains of B. glabrata are resistant to successful infection by S. mansoni larvae. The present work examines the profile of organic acids present in S. mansoni-resistant and -susceptible strains of B. glabrata, in order to determine whether the type of organic acid present is related to susceptibility. The organic acids were extracted from the hemolymph of two susceptible B. glabrata strains (PR, Puerto Rico and Ba, Jacobina-Bahia from Brazil), and from the resistant strains 13-16-R1 and 10R2, using solid phase extraction procedures followed by high performance liquid chromatography. The organic acids obtained were analyzed and identified by comparison with known standards. Pyruvate, lactate, succinate, malate, fumarate, acetate, propionate, ß-hydroxybutyrate and acetoacetate were detected in all hemolymph samples. Under standard conditions, the concentration of each of these substances varied among the strains tested and appeared to be specific for each strain. An interesting variation was the low concentration of pyruvate in the hemolymph of PR-snails. Only the concentration of fumarate was consistently different (p£ 0.05) between resistant and susceptible strains

Effect of changes in the deuterium content of drinking water on the hydrogen isotope ratio of urinary steroids in the context of sports drug testing.

The hydrogen isotope ratio (HIR) of body water and, therefore, of all endogenously synthesized compounds in humans, is mainly affected by the HIR of ingested drinking water. As a consequence, the entire organism and all of its synthesized substrates will reflect alterations in the isotope ratio of drinking water, which depends on the duration of exposure. To investigate the effect of this change on endogenous urinary steroids relevant to doping-control analysis the hydrogen isotope composition of potable water was suddenly enriched from -50 to 200 0/00 and maintained at this level for two weeks for two individuals. The steroids under investigation were 5β-pregnane-3α,20α-diol, 5α-androst-16-en-3α-ol, 3α-hydroxy-5α-androstan-17-one (ANDRO), 3α-hydroxy-5β-androstan-17-one (ETIO), 5α-androstane-3α,17β-diol, and 5β-androstane-3α,17β-diol (excreted as glucuronides) and ETIO, ANDRO and 3β-hydroxyandrost-5-en-17-one (excreted as sulfates). The HIR of body water was estimated by determination of the HIR of total native urine, to trace the induced changes. The hydrogen in steroids is partly derived from the total amount of body water and cholesterol-enrichment could be calculated by use of these data. Although the sum of changes in the isotopic composition of body water was 150 0/00, shifts of approximately 30 0/00 were observed for urinary steroids. Parallel enrichment in their HIR was observed for most of the steroids, and none of the differences between the HIR of individual steroids was elevated beyond recently established thresholds. This finding is important to sports drug testing because it supports the intended use of this novel and complementary methodology even in cases where athletes have drunk water of different HIR, a plausible and, presumably, inevitable scenario while traveling.

Uncovering hidden duplicated content in public transcriptomics data.

As part of the development of the database Bgee (a dataBase for Gene Expression Evolution), we annotate and analyse expression data from different types and different sources, notably Affymetrix data from GEO and ArrayExpress, and RNA-Seq data from SRA. During our quality control procedure, we have identified duplicated content in GEO and ArrayExpress, affecting ∼14% of our data: fully or partially duplicated experiments from independent data submissions, Affymetrix chips reused in several experiments, or reused within an experiment. We present here the procedure that we have established to filter such duplicates from Affymetrix data, and our procedure to identify future potential duplicates in RNA-Seq data. Database URL: http://bgee.unil.ch/

Desenvolupament d'eines d'alta ressolució per al cribatge (screening) de l'activitat de fàrmacs

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a la Satandford University, EEUU, entre 2007 i 2009. Els darrers anys, hi ha hagut un avanç espectacular en la tecnologia aplicada a l’anàlisi del genoma i del proteoma (microarrays, PCR quantitativa real time, electroforesis dos dimensions, espectroscòpia de masses, etc.) permetent la resolució de mostres complexes i la detecció quantitativa de diferents gens i proteïnes en un sol experiment. A més a més, la seva importància radica en la capacitat d’identificar potencials dianes terapèutiques i possibles fàrmacs, així com la seva aplicació en el disseny i desenvolupament de noves eines de diagnòstic. L’aplicabilitat de les tècniques actuals, però, està limitada al nivell al que el teixit pot ser disseccionat. Si bé donen valuosa informació sobre expressió de gens i proteïnes implicades en una malaltia o en resposta a un fàrmac per exemple, en cap cas, s’obté una informació in situ ni es pot obtenir informació espacial o una resolució temporal, així com tampoc s’obté informació de sistemes in vivo. L’objectiu d’aquest projecte és desenvolupar i validar un nou microscopi, d’alta resolució, ultrasensible i de fàcil ús, que permeti tant la detecció de metabòlits, gens o proteïnes a la cèl•lula viva en temps real com l’estudi de la seva funció. Obtenint així una descripció detallada de les interaccions entre proteïnes/gens que es donen dins la cèl•lula. Aquest microscopi serà un instrument sensible, selectiu, ràpid, robust, automatitzat i de cost moderat que realitzarà processos de cribatge d’alt rendiment (High throughput screening) genètics, mèdics, químics i farmacèutics (per aplicacions diagnòstiques i de identificació i selecció de compostos actius) de manera més eficient. Per poder realitzar aquest objectius el microscopi farà ús de les més noves tecnologies: 1)la microscopia òptica i d’imatge, per millorar la visualització espaial i la sensibilitat de l’imatge; 2) la utilització de nous mètodes de detecció incloent els més moderns avanços en nanopartícules; 3) la creació de mètodes informàtics per adquirir, emmagatzemar i processar les imatges obtingudes.

Stomach content analyses of Simulium perflavum Roubaud 1906 (Diptera: Simuliidae) larvae from streams in Central Amazônia, Brazil

Stomach contents of Simulium perflavum Roubaud larvae were analyzed and compared with plankton and periphyton collected in five streams, in Central Amazonia (Manaus and Presidente Figueiredo counties), in Sep./Oct.1996 (dry season) and Feb./Mar. 1997 (rainy season). A total of 1,400 last-instar larvae were dissected; the stomach contents were analyzed using different methods: fresh and after oxidation. A total of 87 taxa (algae, diatoms and rotifers) were found in the stomach contents. In each stream, qualitative samples of plankton and periphyton were collected; these were mounted between slides and cover slips. A total of 94 taxa of plankton and 54 taxa of periphyton were collected. One species of Rotifera was present in the stomach contents, plankton and periphyton. Cluster analysis based on species composition of the organisms present in the stomach contents grouped the streams into two major groups, each belonging to a different drainage area. Correlations based on presence/absence of species of microalgae in the stomach contents, plankton and periphyton indicated significant associations (p<0.05) between stomach contents and plankton and between plankton and periphyton (z test); the Sorensen coefficient and cluster analysis corroborate the same associations.

La dimensió política de la construcció social del Programari Lliure

Aquest estudi es presenta com una aproximació al fenomen del Programari Lliure des de la seva vessant política. Lluny de tractar-se d'una alternativa tecnològica la naturalesa de la qual seria explicable en termes exclusivament tècnics - la qual cosa no faria sinó atribuir-li una presumpta neutralitat tecnològica -, ací assumim que tota tecnologia s'inscriu en un procés de construcció social en el que incideixen factors de tipus social, econòmic, polític i/o moral que rebasen allò merament tècnic. Creguem que en el cas del Programari Lliure es donen cita tots aquests factors, sent el plànol polític el que adquireix un especial protagonisme en dit procés de construcció i que mereix de tractament aïllat. D'aquesta manera, la semàntica de allò polític serà examinada en les seves diferents accepcions a través de dos plànols complementaris. Per una banda, rastrejant els fonaments culturals que subjauen al Programari Lliure i les seves possibles concomitàncies de contingut polític. D'altra, descrivint la praxis actual d'actors heterogenis (corporacions, governs, associacions d'usuaris,...) desenvolupada en un marc global d'interacció col·lectiva, que es revisteix igualment, producte de la confrontació estratègica d'interpretacions i discursos particulars sobre el mateix, d'un caràcter indubtablement polític.

Biased gene conversion and GC-content evolution in the coding sequences of reptiles and vertebrates.

Mammalian and avian genomes are characterized by a substantial spatial heterogeneity of GC-content, which is often interpreted as reflecting the effect of local GC-biased gene conversion (gBGC), a meiotic repair bias that favors G and C over A and T alleles in high-recombining genomic regions. Surprisingly, the first fully sequenced nonavian sauropsid (i.e., reptile), the green anole Anolis carolinensis, revealed a highly homogeneous genomic GC-content landscape, suggesting the possibility that gBGC might not be at work in this lineage. Here, we analyze GC-content evolution at third-codon positions (GC3) in 44 vertebrates species, including eight newly sequenced transcriptomes, with a specific focus on nonavian sauropsids. We report that reptiles, including the green anole, have a genome-wide distribution of GC3 similar to that of mammals and birds, and we infer a strong GC3-heterogeneity to be already present in the tetrapod ancestor. We further show that the dynamic of coding sequence GC-content is largely governed by karyotypic features in vertebrates, notably in the green anole, in agreement with the gBGC hypothesis. The discrepancy between third-codon positions and noncoding DNA regarding GC-content dynamics in the green anole could not be explained by the activity of transposable elements or selection on codon usage. This analysis highlights the unique value of third-codon positions as an insertion/deletion-free marker of nucleotide substitution biases that ultimately affect the evolution of proteins.

O2 : Estudi d'accessibilitat del repositori documental de la UOC

Els repositoris de documents són una font important d'informació per a in­vestigadors, universitaris, docents, i per qualsevol persona que vulgui ac­cedir a informació contrastada sobre qualsevol temàtica. És important que aquesta informació sigui accessible a tothom, i gràcies a Internet s'ha trobat el mitjà vehicular perquè això sigui possible. Ara bé, un cop tenim el mitjà per arribar-­hi, cal que el destí, els programaris contenidors dels repositoris, també siguin accessibles. Amb aquest propòsit, aquest treball recull la informació recaptada de l'avaluació d'una mostra de pàgines del repositori de la UOC. Aquesta avaluació s'ha fet seguint les directrius marcades per la W3C (World Wide Web Consortium), mitjançant el seu grup de treball WAI (Web Accessibility Initiative) i amb la versió 2.0 del recull de directrius WCAG (Web Content Accessibility Guidelines).