Carboxy-fluorescein diacetate, succinimidyl ester labeled papillomavirus virus-like particles fluoresce after internalization and interact with heparan sulfate for binding and entry

Human papillomaviruses (HPVs) infect epithelial cells and are associated with genital carcinoma. Most epithelial cell lines express cell-surface glycosaminoglycans (GAGs) usually found attached to the protein core of proteoglycans. Our aim was to study how GAGs influenced HPV entry. Using a human keratinocyte cell line (HaCaT), preincubation of HPV virus-like particles (VLPs) with GAGs showed a dose-dependent inhibition of binding. The IC50 (50% inhibition) was only 0.5 mug/ml for heparin, 1 mug/ml for dextran sulfate, and 5-10 mug/ml for heparan sulfate from mucosal origin. Mutated chinese hamster ovary (CHO) cell lines lacking heparan sulfate or all GAGs were unable to bind HPV VLPs. Here we also report a method to study internalization by using VLPs labeled with carboxy-fluorescein diacetate, succinimidyl ester, a fluorochrome that is only activated after cell entry. Pretreatment of labeled HPV VLPs with heparin inhibited uptake, suggesting a primary interaction between HPV and cell-surface heparan sulfate. (C) 2003 Elsevier Science (USA). All rights reserved.

O gênero Apenesia (Hymenoptera, Bethylidae) na Mata Atlântica : notas e descrição de sete espécies novas

Foram estudadas as espécies de Apenesia Westwood, coletadas em 29 localidades ao longo de um gradiente latitudinal na Mata Atlântica. Foram descritas e ilustradas as sete espécies novas seguintes: Apenesia pectinata sp. nov., A. atlantica sp. nov., A. perlonga sp. nov., A. exigua sp. nov., A. patens sp. nov., A. simplex sp. nov., A. hepatica sp. nov.. Foi descoberta e descrita a fêmea de Apenesia elongata Evans, 1963. Foram adicionados registros novos de distribuição geográfica de quatorze espécies previamente descritas: A. apicilata Azevedo & Batista, A. aurita Waichert & Azevedo, A. clypeata Leal & Azevedo, A. concavata Corrêa & Azevedo, A. crenutala (Kieffer), A. distincta Corrêa & Azevedo, A. elongata Evans, A. inca Evans, A. neotropica (Kieffer), A. photophila (Ogloblin), A. quadrata Evans, A. spinipes Evans, A. stricta Corrêa & Azevedo e A. transversa Evans. Apenesia é registrada pela primeira vez para os estados de Paraíba, Pernambuco, Alagoas, Sergipe e Bahia.

Pesquisa do vírus herpes simples na saliva de pacientes com paralisia facial periférica de Bell

Os primeiros herpes-vírus a serem descritos foram os tipos 1 e 2, cuja denominação é herpes simplex 1 e 2 ou HSV-1 e HSV-2. Estes vírus possuem características biológicas particulares, tais como a capacidade de causar diferentes tipos de doenças, assim como estabelecer infecções latentes ou persistentes por toda a vida dos hospedeiros e de serem reativados causando lesões que podem se localizar no sítio da infecção primária inicial ou próxima a ele. Postula-se que a reativação deste vírus no gânglio geniculado esteja relacionada com a paralisia de Bell. Nesta situação, os vírus, que estariam latentes neste gânglio, sofreriam reativação e replicação difundindo-se pelo nervo facial e seus ramos, dentre eles o nervo corda do tímpano, que ao estimular a secreção salivar possibilitaria a identificação do DNA viral na saliva dos pacientes. Até recentemente, um grande número de pacientes eram diagnosticados como portadores de uma forma desta paralisia, chamada de idiopática ou de paralisia de Bell. Com o advento da técnica de estudo do DNA viral pelo método da reação da polimerase em cadeia (PCR), diversos autores encontraram DNA do vírus herpes simplex tipo I no líquido cefalorraquidiano, na secreção lacrimal, na saliva e nos gânglios geniculados de pacientes com paralisia de Bell. OBJETIVO: observar a prevalência do vírus herpes simplex tipo I pela técnica de PCR, na saliva de pacientes com PFP de Bell, relacionando-a com a evolução clínica destes casos. METODOLOGIA: Avaliamos 38 pacientes portadores de Paralisia Facial Periférica de Bell, que foram submetidos a anamnese, exame médico geral e otorrinolaringológico e coleta de saliva para detecção do DNA viral pela técnica de PCR. O grupo controle correspondeu a 10 adultos normais. RESULTADOS: Obtivemos positividade para o DNA viral em 11 casos dos 38 avaliados, o que corresponde a 29% da amostra. Este resultado foi estatisticamente significante se comparado ao grupo controle, no qual não foi obtido nenhum caso de positividade. CONCLUSÃO: Concluiu-se que a presença do HSV-1 na saliva de pacientes portadores de PFP de Bell indica que a reativação viral pode ser a etiologia desta doença. A detecção do vírus na saliva destes pacientes não influencia o prognóstico da doença.

Learning dependent sources using mixtures of Dirichlet: applications on hyperspectral unmixing

This paper is an elaboration of the DECA algorithm [1] to blindly unmix hyperspectral data. The underlying mixing model is linear, meaning that each pixel is a linear mixture of the endmembers signatures weighted by the correspondent abundance fractions. The proposed method, as DECA, is tailored to highly mixed mixtures in which the geometric based approaches fail to identify the simplex of minimum volume enclosing the observed spectral vectors. We resort then to a statitistical framework, where the abundance fractions are modeled as mixtures of Dirichlet densities, thus enforcing the constraints on abundance fractions imposed by the acquisition process, namely non-negativity and constant sum. With respect to DECA, we introduce two improvements: 1) the number of Dirichlet modes are inferred based on the minimum description length (MDL) principle; 2) The generalized expectation maximization (GEM) algorithm we adopt to infer the model parameters is improved by using alternating minimization and augmented Lagrangian methods to compute the mixing matrix. The effectiveness of the proposed algorithm is illustrated with simulated and read data.

Optimização de consumos no âmbito da eficiência energética em edifícios

Segundo estudos oficiais, a produção de energia eléctrica, principalmente através da queima de combustíveis fósseis, é responsável pelo aumento das emissões de gases de efeito estufa na atmosfera, contribuindo desta forma para o aquecimento global do planeta. Nesse sentido, os governos de diversos países, assumiram vários compromissos a nível internacional, com o propósito de reduzir o impacto ambiental associado à procura global de energia no planeta, assim como a utilização de recursos naturais. Desses compromissos, destaca-se o Protocolo de Quioto, no qual Portugal assumiu o compromisso de não apresentar um aumento de emissões superior a 27% relativamente ao ano de referência de 1990, durante o período de 2008-2012. Nesse sentido, uma das medidas para o controlo dessas emissões, passa pelo uso racional de energia consumida, nomeadamente através do sector doméstico, um dos sectores que registou uma maior subida do consumo de energia eléctrica nos últimos tempos. Uma das formas de o fazer, poderá passar pela escolha racional dos equipamentos que se utilizam hoje em dia no sector doméstico, baseada por sua vez em normas e critérios específicos para o efeito. No presente trabalho, o problema de maximização de eficiência energética é apresentado e formulado como um problema de optimização, sendo a sua resolução suportada em algoritmos evolucionários, nomeadamente algoritmos genéticos como referência o método Simplex para comparação de resultados e posterior validação dos algoritmos genéticos, enquanto método de optimização para a resolução deste tipo de problema. Factores como o ciclo de vida do produto, investimento realizado e despesas no consumo de energia eléctrica, serão tidos em conta, quando existe a necessidade de se obter uma solução ecológica e económica, assegurando ao mesmo tempo a satisfação do consumidor e do meio ambiente. Serão apresentadas ainda, diversas hipóteses de parametrização, tendo em vista os estudos de desempenho dos dois métodos de optimização a serem analisados e será elaborado ainda um estudo, para avaliar o desempenho dos algoritmos genéticos, mediante a variação de parâmetros a ele associados. No final conclui-se que a utilização dos AG’s é adequada ao problema de maximização da eficiência energética providenciando soluções distintas na escolha de equipamentos com valores semelhantes de indicadores económicos.

Derivative-free optimization and filter methods to solve nonlinear constrained problems

In real optimization problems, usually the analytical expression of the objective function is not known, nor its derivatives, or they are complex. In these cases it becomes essential to use optimization methods where the calculation of the derivatives, or the verification of their existence, is not necessary: the Direct Search Methods or Derivative-free Methods are one solution. When the problem has constraints, penalty functions are often used. Unfortunately the choice of the penalty parameters is, frequently, very difficult, because most strategies for choosing it are heuristics strategies. As an alternative to penalty function appeared the filter methods. A filter algorithm introduces a function that aggregates the constrained violations and constructs a biobjective problem. In this problem the step is accepted if it either reduces the objective function or the constrained violation. This implies that the filter methods are less parameter dependent than a penalty function. In this work, we present a new direct search method, based on simplex methods, for general constrained optimization that combines the features of the simplex method and filter methods. This method does not compute or approximate any derivatives, penalty constants or Lagrange multipliers. The basic idea of simplex filter algorithm is to construct an initial simplex and use the simplex to drive the search. We illustrate the behavior of our algorithm through some examples. The proposed methods were implemented in Java.

Development and characterization of microsattelite Loci for the harvested limpets Patella Candei (D'orbigny, 1839) and Patella Aspera (Röding, 1798) using 454 sequencing

World Congress of Malacology, Ponta Delgada, July 22-28, 2013.

Core group approach to identify college students at risk for sexually transmitted infections

OBJECTIVE: To analyze the core group for sexually transmitted infections (STI) among college students. METHODS: Cross-sectional study carried out in a convenience sample comprising 711 college students of the public university of Morelos, Mexico, between 2001 and 2003. Sociodemographic and sexual behavior information were collected using self-applied questionnaires. Herpes simplex 2 (HSV-2) infection was tested in the blood. The number of sexual partners in the last year and cocaine consumption were used as indicators to construct the dependent variable "level of STI risk" in three categories: low, medium and high risk (core group). A multinomial analysis was conducted to evaluate whether different sex behaviors were associated with the variable "level of STI risk". RESULTS: There was significant association between HSV-2 seroprevalence and the variable "level of STI risk": 13%, 5.6% and 3.8% were found in high (core group), medium and low categories, respectively. There were gender differences regarding the core group. Men started having sexual intercourse earlier, had more sex partners, higher alcohol and drug consumption, higher frequency of sex intercourse with sex workers, exchanging sex for money, occasional and concurrent partners compared to women. CONCLUSIONS: The study findings suggest existing contextual characteristics in the study population that affect their sex behavior. In Mexico, the cultural conception of sexuality is determined mainly by gender differences where men engage in higher risky sexual behavior than women.

Monitorização de cobre em vinhos verdes

A presente dissertação descreve o desenvolvimento e a caracterização de sensores potenciométricos com base em polímeros de impressão molecular e de sensores ópticos com base em membranas de poli(cloreto de vinilo), PVC, para a determinação de cobre em vinhos verdes. Os sensores potenciométricos foram preparados a partir de diferentes solventes (metanol e clorofórmio), tendo o seu crescimento decorrido na presença ou ausência da molécula molde (cobre). Os sistemas sensores selectivos ao cobre continham partículas de polímeros com ou sem impressão molecular como material electroactivo, dispersas em solvente plastificante, PVC e, em alguns casos, aditivo aniónico. A avaliação dos vários sistemas baseou-se na comparação das características operacionais dos diversos eléctrodos onde foram aplicados. Estas características foram obtidas a partir de curvas de calibração, cujos declives e limites de detecção variaram entre -39,9 – 37,0 mV decada-1 e 4,2 – 29,1 μg mL-1, respectivamente. Os sensores não são independentes do pH uma vez que o complexo formado entre o cobre e a difenilcarbazida é favorecido por valores de pH próximos de 5. Assim, obtiveram-se melhores resultados usando água desionizada ou solução tampão de HEPES revelando-se um método rápido e relativamente eficaz nestas condições. Os sensores ópticos basearam-se na reacção colorimétrica entre o cobre e um complexante. Os reagentes complexantes escolhidos foram a neocuproína, a difenilcarbazida e o dietilditiocarbamato de sódio. Avaliou-se o efeito de vários parâmetros experimentais na resposta destes sensores, tais como o pH (avaliado para os valores 3,00 e 5,00), a concentração de cobre (que variou entre 0,06 e 317,7 mg L- 1) e as próprias características da membrana. Os melhores resultados foram obtidos a pH 3, numa gama de concentrações de 0,06 e 31,8 mg L-1 usando a difenilcarbazida como reagente complexante. A aplicação destes sensores a vinhos requer ainda estudos adicionais, especialmente no que diz respeito à necessidade de implementar algum procedimento de pré-tratamento de amostra.

Vertex component analysis: a fast algorithm to extract endmembers spectra from hyperspectral data

Chapter in Book Proceedings with Peer Review First Iberian Conference, IbPRIA 2003, Puerto de Andratx, Mallorca, Spain, JUne 4-6, 2003. Proceedings

Vertex component analysis: a fast algorithm to unmix hyperspectral data

Given a set of mixed spectral (multispectral or hyperspectral) vectors, linear spectral mixture analysis, or linear unmixing, aims at estimating the number of reference substances, also called endmembers, their spectral signatures, and their abundance fractions. This paper presents a new method for unsupervised endmember extraction from hyperspectral data, termed vertex component analysis (VCA). The algorithm exploits two facts: (1) the endmembers are the vertices of a simplex and (2) the affine transformation of a simplex is also a simplex. In a series of experiments using simulated and real data, the VCA algorithm competes with state-of-the-art methods, with a computational complexity between one and two orders of magnitude lower than the best available method.

Unmixing hyperspectral intimate mixtures

Proceedings of International Conference Conference Volume 7830 Image and Signal Processing for Remote Sensing XVI Lorenzo Bruzzone Toulouse, France | September 20, 2010

Filters method in direct search optimization, new measures to admissibility

Constrained nonlinear optimization problems are usually solved using penalty or barrier methods combined with unconstrained optimization methods. Another alternative used to solve constrained nonlinear optimization problems is the lters method. Filters method, introduced by Fletcher and Ley er in 2002, have been widely used in several areas of constrained nonlinear optimization. These methods treat optimization problem as bi-objective attempts to minimize the objective function and a continuous function that aggregates the constraint violation functions. Audet and Dennis have presented the rst lters method for derivative-free nonlinear programming, based on pattern search methods. Motivated by this work we have de- veloped a new direct search method, based on simplex methods, for general constrained optimization, that combines the features of the simplex method and lters method. This work presents a new variant of these methods which combines the lters method with other direct search methods and are proposed some alternatives to aggregate the constraint violation functions.

Analysis of the domain of applicability of an algorithm for a resources system selection problem for Distributed/Agile/Virtual Enterprises integration

The process of resources systems selection takes an important part in Distributed/Agile/Virtual Enterprises (D/A/V Es) integration. However, the resources systems selection is still a difficult matter to solve in a D/A/VE, as it is pointed out in this paper. Globally, we can say that the selection problem has been equated from different aspects, originating different kinds of models/algorithms to solve it. In order to assist the development of a web prototype tool (broker tool), intelligent and flexible, that integrates all the selection model activities and tools, and with the capacity to adequate to each D/A/V E project or instance (this is the major goal of our final project), we intend in this paper to show: a formulation of a kind of resources selection problem and the limitations of the algorithms proposed to solve it. We formulate a particular case of the problem as an integer programming, which is solved using simplex and branch and bound algorithms, and identify their performance limitations (in terms of processing time) based on simulation results. These limitations depend on the number of processing tasks and on the number of pre-selected resources per processing tasks, defining the domain of applicability of the algorithms for the problem studied. The limitations detected open the necessity of the application of other kind of algorithms (approximate solution algorithms) outside the domain of applicability founded for the algorithms simulated. However, for a broker tool it is very important the knowledge of algorithms limitations, in order to, based on problem features, develop and select the most suitable algorithm that guarantees a good performance.

Hyperspectral unmixing based on mixtures of Dirichlet components

This paper introduces a new unsupervised hyperspectral unmixing method conceived to linear but highly mixed hyperspectral data sets, in which the simplex of minimum volume, usually estimated by the purely geometrically based algorithms, is far way from the true simplex associated with the endmembers. The proposed method, an extension of our previous studies, resorts to the statistical framework. The abundance fraction prior is a mixture of Dirichlet densities, thus automatically enforcing the constraints on the abundance fractions imposed by the acquisition process, namely, nonnegativity and sum-to-one. A cyclic minimization algorithm is developed where the following are observed: 1) The number of Dirichlet modes is inferred based on the minimum description length principle; 2) a generalized expectation maximization algorithm is derived to infer the model parameters; and 3) a sequence of augmented Lagrangian-based optimizations is used to compute the signatures of the endmembers. Experiments on simulated and real data are presented to show the effectiveness of the proposed algorithm in unmixing problems beyond the reach of the geometrically based state-of-the-art competitors.