Rôle des protéoglycanes à héparane sulfate dans le transfert de gène des cellules CHO et HEK293

La possibilité de programmer une cellule dans le but de produire une protéine d’intérêt est apparue au début des années 1970 avec l’essor du génie génétique. Environ dix années plus tard, l’insuline issue de la plateforme de production microbienne Escherichia coli, fut la première protéine recombinante (r-protéine) humaine commercialisée. Les défis associés à la production de r-protéines plus complexes et glycosylées ont amené l’industrie biopharmaceutique à développer des systèmes d’expression en cellules de mammifères. Ces derniers permettent d’obtenir des protéines humaines correctement repliées et de ce fait, biologiquement actives. Afin de transférer le gène d’intérêt dans les cellules de mammifères, le polyéthylènimine (PEI) est certainement un des vecteurs synthétiques le plus utilisé en raison de son efficacité, mais aussi sa simplicité d’élaboration, son faible coût et sa stabilité en solution qui facilite son utilisation. Il est donc largement employé dans le contexte de la production de r-protéines à grande échelle et fait l’objet d’intenses recherches dans le domaine de la thérapie génique non virale. Le PEI est capable de condenser efficacement l’ADN plasmidique (vecteur d’expression contenant le gène d’intérêt) pour former des complexes de petites tailles appelés polyplexes. Ces derniers doivent contourner plusieurs étapes limitantes afin de délivrer le gène d’intérêt au noyau de la cellule hôte. Dans les conditions optimales du transfert de gène par le PEI, les polyplexes arborent une charge positive nette interagissant de manière électrostatique avec les protéoglycanes à héparane sulfate (HSPG) qui décorent la surface cellulaire. On observe deux familles d’HSPG exprimés en abondance à la surface des cellules de mammifères : les syndécanes (4 membres, SDC1-4) et les glypicanes (6 membres, GPC1-6). Si l’implication des HSPG dans l’attachement cellulaire des polyplexes est aujourd’hui largement acceptée, leur rôle individuel vis-à-vis de cet attachement et des étapes subséquentes du transfert de gène reste à confirmer. Après avoir optimisées les conditions de transfection des cellules de mammifères CHO et HEK293 dans le but de produire des r-protéines secrétées, nous avons entrepris des cinétiques de capture, d’internalisation des polyplexes et aussi d’expression du transgène afin de mieux comprendre le processus de transfert de gène. Nous avons pu observer des différences au niveau de ces paramètres de transfection dépendamment du système d’expression et des caractéristiques structurelles du PEI utilisé. Ces résultats présentés sous forme d’articles scientifiques constituent une base solide de l’enchaînement dans le temps des évènements essentiels à une transfection efficace des cellules CHO et HEK293 par le PEI. Chaque type cellulaire possède un profil d’expression des HSPG qui lui est propre, ces derniers étant plus ou moins permissifs au transfert de gène. En effet, une étude menée dans notre laboratoire montre que les SDC1 et SDC2 ont des rôles opposés vis-à-vis du transfert de gène. Alors que tous deux sont capables de lier les polyplexes, l’expression de SDC1 permet leur internalisation contrairement à l’expression de SDC2 qui l’inhibe. De plus, lorsque le SDC1 est exprimé à la surface des cellules HEK293, l’efficacité de transfection est augmentée de douze pourcents. En utilisant la capacité de SDC1 à induire l’internalisation des polyplexes, nous avons étudié le trafic intracellulaire des complexes SDC1 / polyplexes dans les cellules HEK293. De plus, nos observations suggèrent une nouvelle voie par laquelle les polyplexes pourraient atteindre efficacement le noyau cellulaire. Dans le contexte du transfert de gène, les HSPG sont essentiellement étudiés dans leur globalité. S’il est vrai que le rôle des syndécanes dans ce contexte est le sujet de quelques études, celui des glypicanes est inexploré. Grâce à une série de traitements chimiques et enzymatiques visant une approche « perte de fonction », l’importance de la sulfatation comme modification post-traductionnelle, l’effet des chaînes d’héparanes sulfates mais aussi des glypicanes sur l’attachement, l’internalisation des polyplexes, et l’expression du transgène ont été étudiés dans les cellules CHO et HEK293. L’ensemble de nos observations indique clairement que le rôle des HSPG dans le transfert de gène devrait être investigué individuellement plutôt que collectivement. En effet, le rôle spécifique de chaque membre des HSPG sur la capture des polyplexes et leur permissivité à l’expression génique demeure encore inconnu. En exprimant de manière transitoire chaque membre des syndécanes et glypicanes à la surface des cellules CHO, nous avons déterminé leur effet inhibiteur ou activateur sur la capture des polyplexes sans pouvoir conclure quant à l’effet de cette surexpression sur l’efficacité de transfection. Par contre, lorsqu’ils sont présents dans le milieu de culture, le domaine extracellulaire des HSPG réduit l’efficacité de transfection des cellules CHO sans induire la dissociation des polyplexes. Curieusement, lorsque chaque HSPG est exprimé de manière stable dans les cellules CHO, seulement une légère modulation de l’expression du transgène a pu être observée. Ces travaux ont contribué à la compréhension des mécanismes d'action du vecteur polycationique polyéthylènimine et à préciser le rôle des protéoglycanes à héparane sulfate dans le transfert de gène des cellules CHO et HEK293.

Développement d'une méthode de prédiction de l'orientation et de l'insertion des protéines dans une membrane modèle

Les protéines membranaires intégrales jouent un rôle indispensable dans la survie des cellules et 20 à 30% des cadres de lectures ouverts codent pour cette classe de protéines. La majorité des protéines membranaires se trouvant sur la Protein Data Bank n’ont pas une orientation et une insertion connue. L’orientation, l’insertion et la conformation que les protéines membranaires ont lorsqu’elles interagissent avec une bicouche lipidique sont importantes pour la compréhension de leur fonction, mais ce sont des caractéristiques difficiles à obtenir par des méthodes expérimentales. Des méthodes computationnelles peuvent réduire le temps et le coût de l’identification des caractéristiques des protéines membranaires. Dans le cadre de ce projet de maîtrise, nous proposons une nouvelle méthode computationnelle qui prédit l’orientation et l’insertion d’une protéine dans une membrane. La méthode est basée sur les potentiels de force moyenne de l’insertion membranaire des chaînes latérales des acides aminés dans une membrane modèle composèe de dioléoylphosphatidylcholine.

Dynamique holocène d'une tourbière à palses de la région du lac à l'Eau-Claire (Nunavik)

Cette recherche porte sur l’étude paléoécologique d’une tourbière à palses, située à l’intérieur des terres, au-delà de la limite marine de la mer de Tyrrell, sur la rive nord du lac à l’Eau-Claire (Wiyâshâkimî en langue crie). L’objectif principal est de retracer l’impact des changements climatiques sur l’évolution temporelle de cet écosystème. L’analyse de macrorestes végétaux extraits de la tourbe accumulée depuis la déglaciation nous a permis de reconstituer l’évolution des conditions trophiques de la tourbière depuis sa formation. L’accumulation de la matière organique a débuté vers 6290 ans BP (années étalonnées). Par la suite l’évolution de la tourbière a suivi trois étapes successives: une étape d’étang (de 6290 à 5790 ans étal. BP), une étape de tourbière minérotrophe (de 5790 à 4350 ans étal. BP) et une étape de tourbière ombrotrophe (à partir de 4350 ans étal. BP). L’installation du pergélisol menant à la formation de la palse est survenue vers 160 ans étal. BP. La dégradation des palses et la formation subséquente d’une mare de thermokarst auraient été engendrées par le réchauffement climatique qui a commencé au début du siècle. Ainsi, l’étude de l’évolution de la mare de thermokarst située en marge de la tourbière à palse indique la succession de trois phases distinctes, subaquatique, minérotrophe et ombrotrophe. La comparaison de nos résultats avec ceux portant sur les tourbières à palses situées près de la baie d’Hudson et de la baie de James suggère que la continentalité n’a pas influencé d’une façon significative l’évolution de la tourbière du Lac à l’Eau-Claire.

Bagdadbahn : géopolitique en mutation et renseignement militaire russe au Moyen-Orient (1878-1914)

Ce mémoire vise à démontrer, à travers l’analyse des sources du renseignement militaire russe, que vers la fin du XIXᵉ siècle, la construction du chemin de fer de Bagdad par les Allemands conduit à la reconfiguration du Grand Jeu. L’intervalle historique qui s’étend de 1878 à 1914 représente la période de l’avènement de l’Allemagne en tant que nouvel acteur de la rivalité qui opposait jusqu’ici les Russes et les Britanniques en Asie centrale. L’immixtion allemande en Asie Mineure amène à l’internationalisation de la scène moyen-orientale par la construction de la voie ferrée qui, devant relier le Bosphore au golfe Persique, menaçait directement la domination britannique sur la route des Indes et modifiait la conception antérieure du Grand Jeu. En analysant quelques centaines de pages de documents provenant des sources du renseignement militaire russe, à savoir des dépêches, des comptes rendus et des rapports des agents militaires (voennye agenty) ainsi que des notices des représentants diplomatiques russes au Moyen-Orient, nous avons discerné les positions prises par les grandes puissances dans l’entreprise de Bagdad, tout en mettant de l’avant le conflit d’intérêts qui accompagnait l’établissement du tracé du futur chemin de fer. En menaçant la sécurité de l’Inde britannique d’un côté, et en contribuant au renforcement de l’armée turque à la frontière caucasienne de l’autre, le projet allemand de la Bagdadbahn fait avancer la Marche vers l’Est en inaugurant la Weltpolitik germanique.

Relier les mesures d'atténuation et d'adaptation aux changements climatiques : la situation des régions côtières du Québec

Les conséquences associées aux changements climatiques peuvent déjà être perçues dans différents secteurs socio-économiques. Tel est le cas des zones côtières. Afin d’assurer la pérennité des populations dans les régions insulaires, différentes mesures d’adaptation côtières peuvent être utilisées. Or, ces mesures peuvent parfois manquer de vision à long terme et d’intégration de l’autre type de réaction aux changements climatiques soit l’atténuation. La difficulté à relier adaptation et atténuation est présente dans plusieurs secteurs, dont les zones côtières. La situation dans les territoires Québécois maritimes (plus précisément les côtes de la Côte-Nord, du Bas- Saint-Laurent et de la Gaspésie-Îles-de-la-Madeleine) est semblable à celle observée ailleurs, mais demeure unique étant donné la composition de ses côtes, l’évolution démographique de ces municipalités et son économie fortement basée sur le tourisme et l’industrie des pêches. Les principaux enjeux retrouvés dans ces territoires sont associés au tourisme, à l’industrie de la pêche, à la densité humaine et aux infrastructures qui en découlent ou au milieu naturel. Ces enjeux présentent différentes vulnérabilités face au changement climatique côtier auxquelles les municipalités doivent s’adapter. Les mesures d’adaptation côtières implantées au Québec peuvent être divisées en deux grandes catégories : les mesures techniques et les mesures règlementaires et politiques. Or, afin de s’adapter adéquatement les municipalités doivent faire preuve de multidisciplinarité et combiner les différentes techniques disponibles, ceci peut présenter une difficulté notable. La situation canadienne à l’extérieur du Québec est similaire pour les territoires Atlantiques Canadiens. Du côté du Pacifique, les types de menaces surviennent dans des proportions différentes à celles de l’Est. De façon générale, les provinces les plus à risques de la hausse du niveau des mers sont aussi celles qui utilisent principalement des mesures de protection d’urgence, optant pour une vision à court terme, ceci incluant le Québec. Le cadre législatif encadrant les territoires côtiers québécois du Golfe est complexe. En effet, il s’agit d’une combinaison de lois et règlements fédéraux et provinciaux qui s’entrecoupent, étant donné l’entrecroisement des compétences gouvernemental dans ce secteur. Ceci peut compliquer d’avantages le travail des municipalités québécoises. Afin de faciliter l’implantation de mesures d’adaptation considérant l’atténuation, les municipalités côtières québécoises pourraient développer un cadre d’évaluation des différentes mesures.

Évolution des systèmes d'élevage dans les steppes du Maghreb : enjeux et perspectives

L’objectif de cet essai est d’analyser les forces, faiblesses, menaces et opportunités des systèmes d’élevage du Maghreb en territoire steppique, afin de proposer des pistes d’évolution vers un système durable. Le pastoralisme en steppe, comme ailleurs, repose sur la disponibilité fourragère des pâturages, qui permet de nourrir les animaux. Or, le Maroc, l’Algérie et la Tunisie rencontrent actuellement des difficultés pour exercer cette pratique : les ressources naturelles des parcours diminuent à la fois en surface et en productivité, tandis que le cheptel augmente pour répondre à la demande alimentaire des populations grandissantes. La pâture ne permet plus de satisfaire les besoins des troupeaux. Les éleveurs sont donc obligés d’apporter des complémentations alimentaires au cheptel, notamment de l’orge en grain. De ce fait, les systèmes d’élevage sont devenus dépendants du marché des compléments. Dans ces conditions, comment assurer une activité d’élevage en steppe sur le long terme ? Les pratiques de restauration et de réhabilitation des parcours dégradés, comme la mise en défens, le pâturage différé ou les plantations pastorales, ainsi que d’autres modes de conduite des animaux peuvent limiter la diminution du couvert végétal. Aussi, les sous-produits agro-industriels tels que les grignons d’olives ou la pulpe de tomates semblent offrir une certaine alternative pour nourrir les animaux. Ils peuvent remplacer les apports en orge et différentes techniques permettent leur conservation. Il est également important de renforcer la synergie entre les acteurs pour amener à une gestion durable du territoire steppique. Diverses actions de lutte contre la pauvreté, la désertification, la contrebande et la course à l’appropriation foncière vont également dans le sens de la préservation de l’environnement et du bien-être des sociétés de ces territoires d’élevage. Il s’agit d’un défi de taille, dont les enjeux sont primordiaux pour les populations du Maghreb. Les systèmes pastoraux s’intensifient et les inégalités foncières issues des jeux de pouvoir sociaux creusent la pauvreté en steppe. La complémentation animale est telle qu’on ne peut d’ailleurs plus vraiment parler de pastoralisme. De nos jours, les produits des terres cultivées du monde servent en grande partie à nourrir les animaux d’élevage au lieu d’utiliser les ressources naturelles disponibles de manière raisonnée. Il y a là une incohérence flagrante dans les chaînes de production de viande et les habitudes de consommation. Il serait donc intéressant pour l’avenir des populations de repenser ces mécanismes afin d’aller vers une solidarité socioécologique, au niveau du Maghreb comme au niveau mondial.

Une analyse comparative du contenu culturel de messages publicitaires marocains et québécois

L'économie mondiale actuelle est caractérisée par une grande concurrence entre les entreprises internationales. Dans ce contexte, les politiques de globalisation sont devenues des armes stratégiques pour les dirigeants d'entreprises internationales. L'un des principaux obstacles à une politique globale est la culture dans les pays étrangers. Les dirigeants d'entreprises internationales seront donc amenés à prendre une décision quant à la standardisation ou l'adaptation de leurs messages publicitaires. L'objectif principal de cette étude est d'examiner la présence de la culture dans les messages publicitaires télévisés marocains et québécois. Les dimensions culturelles retenues dans cette étude sont: la langue, les orientations des valeurs culturelles, les productions culturelles et les normes. 71 messages télévisés marocains et 72 messages québécois ont été enregistrés sur deux chaînes, l'une privée et l'autre publique. Ces messages ont été analysés par quatre juges: deux Marocains, un Québécois et un Français. Les juges connaissent les deux cultures marocaine et québécoise. Les résultats indiquent que les orientations de valeurs culturelles ne sont pas très présentes dans les messages marocains et québécois, à l'exception des deux dimensions: individualisme-collectivisme et masculinité-féminité. On a aussi trouvé qu'en général les produits non durables, les produits adressés à une cible âgée, les détergents et les produits de cuisine reflètent plus les productions culturelles et les normes traditionnelles marocaines et québécoises que les produits durables, les produits adressés à une cible jeune et les shampooings.

Développement, validation et nouvelles applications d’un modèle d’analyse des modes normaux basé sur la séquence et la structure de protéines

Les protéines existent sous différents états fonctionnels régulés de façon précise par leur environnement afin de maintenir l‘homéostasie de la cellule et de l‘organisme vivant. La prévalence de ces états protéiques est dictée par leur énergie libre de Gibbs alors que la vitesse de transition entre ces états biologiquement pertinents est déterminée par le paysage d‘énergie libre. Ces paramètres sont particulièrement intéressants dans un contexte thérapeutique et biotechnologique, où leur perturbation par la modulation de la séquence protéique par des mutations affecte leur fonction. Bien que des nouvelles approches expérimentales permettent d‘étudier l‘effet de mutations en haut débit pour une protéine, ces méthodes sont laborieuses et ne couvrent qu‘une fraction de l‘ensemble des structures primaires d‘intérêt. L‘utilisation de modèles bio-informatiques permet de tester et générer in silico différentes hypothèses afin d‘orienter les approches expérimentales. Cependant, ces méthodes basées sur la structure se concentrent principalement sur la prédiction de l‘enthalpie d‘un état, alors que plusieurs évidences expérimentales ont démontré l‘importance de la contribution de l‘entropie. De plus, ces approches ignorent l‘importance de l‘espace conformationnel protéique dicté par le paysage énergétique cruciale à son fonctionnement. Une analyse des modes normaux peut être effectuée afin d‘explorer cet espace par l‘approximation que la protéine est dans une conformation d‘équilibre où chaque acide aminé est représenté par une masse régie par un potentiel harmonique. Les approches actuelles ignorent l‘identité des résidus et ne peuvent prédire l‘effet de mutations sur les propriétés dynamiques. Nous avons développé un nouveau modèle appelé ENCoM qui pallie à cette lacune en intégrant de l‘information physique et spécifique sur les contacts entre les atomes des chaînes latérales. Cet ajout permet une meilleure description de changements conformationnels d‘enzymes, la prédiction de l‘effet d‘une mutation allostérique dans la protéine DHFR et également la prédiction de l‘effet de mutations sur la stabilité protéique par une valeur entropique. Comparativement à des approches spécifiquement développées pour cette application, ENCoM est plus constant et prédit mieux l‘effet de mutations stabilisantes. Notre approche a également été en mesure de capturer la pression évolutive qui confère aux protéines d‘organismes thermophiles une thermorésistance accrue.

Post-rift evolution of the Gulf of Lion margin tested by stratigraphic modelling

The sedimentary architecture of basins and passive margins is determined by a complex interaction of parameters, including subsidence, eustasy, and sediment supply. A quantification of the post-rift (20 Ma-0 Ma) vertical movements of the Gulf of Lion (West Mediterranean) is proposed here based on the stratigraphic study of sedimentary paleomarkers using a large 3D grid of reflection seismic data, correlations with existing drillings, and refraction data. Post-rift subsidence was measured by the direct use of sedimentary geometries analysed in 3D and validated by numerical stratigraphic modelling. Three domains of subsidence were found: on the continental shelf and slope, subsidence corresponds to a seaward tilting with different amplitudes, whereas the deep basin subsides purely vertically. We show that these domains fit with the deeper crustal domains highlighted by previous geophysical data, and that post-break-up subsidence follows the initial hinge lines of the rifting phase. Subsidence rates are quantified on each domain for each stratigraphic interval. At a constant distance from the rotational hinge line, the Plio-Quaternary subsidence rate is constant on the shelf overall. Conversely, Miocene subsidence rates are very different on the eastern and western shelves. Stratigraphic simulations focused on the Messinian salinity crisis (MSC) were also performed. Their results are discussed together with our post-rift subsidence estimates in order to provide ideas and hypotheses for future detailed quantifications of Miocene subsidence, including isostatic readjustments linked to the MSC.

La stimulation de la cétogenèse par la prise de différents suppléments alimentaires : carnitine, leucine, butyrate et monoglycéride d’octanoate

Introduction : Un hypométabolisme du glucose au cerveau peut apparaître des décennies avant le diagnostic de maladie d’Alzheimer. Pourtant, le métabolisme des cétones, le carburant alternatif principal au glucose, n’est pas altéré, autant chez les personnes plus âgées que chez les personnes atteintes de la maladie d’Alzheimer. Les méthodes connues (diète cétogène, jeûne, huile de triglycérides de moyennes chaînes) pour augmenter la production de cétones comportent leurs inconvénients. L’objectif de ces projets était de vérifier l’efficacité de produits commerciaux vendus à cet effet et d’évaluer d’autres molécules qui pourraient être utilisées pour leur propriété cétogène. Ce sont des suppléments alimentaires pouvant servir de substrat pour la cétogenèse (butyrate, monoglycéride d’octanoate (O-MAG), leucine) ou de facilitateur du transport des acides gras (carnitine). Méthodes : Pour ce faire, les participants devaient se présenter au laboratoire pour plusieurs demi-journées d’étude d’une durée de 4 heures. Lors de ces journées, un des suppléments leur était servi avec un déjeuner et des prises de sang étaient effectuées toutes les 30 minutes. Résultats : Le produit commercial contenant des MCT, le butyrate, l’O-MAG et la leucine ont permis d’augmenter respectivement les concentrations maximales en cétones plasmatiques de 568, 226, 67 et 70 µmol/L (p≤0,05) par rapport au contrôle. De plus, la concentration plasmatique en octanoate était corrélée significativement avec la concentration sanguine d’acétoacétate (r=0,85 ; p <0,0001) et de β-hydroxybutyrate (r=0,58 ; p=0,01). L’aire sous la courbe par gramme de produit ingéré montre que le butyrate était le supplément cétogène le plus efficace et était plus cétogène que le produit commercial, l’O-MAG et la leucine (p=0,009). Discussion : Le butyrate était 3 fois plus cétogène que tous les autres suppléments testés. Par contre, son ingestion a causé quelques effets secondaires à certains participants. La leucine a été le seul supplément à ne créer aucun inconfort chez les participants. Il faudrait donc étudier la possibilité de combiner plusieurs molécules dans un supplément chimiquement pensé pour être le plus efficace possible et pour être intéressant lors d’une utilisation quotidienne.

Relatório de estágio realizado na Escola Secundária de Francisco Franco

O Estágio Pedagógico, realizado na Escola Secundária de Francisco Franco, constituiu um processo de formação, onde o professor estagiário teve a oportunidade de aplicar os seus conhecimentos, adquiridos no âmbito da licenciatura e do mestrado, no contexto escolar. Este relatório apresenta uma descrição e reflexão sobre o processo de Estágio, apresentando todos os procedimentos adotados e opções tomadas, relativamente às linhas programáticas do Estágio Pedagógico, isto é: a prática letiva, as atividades de intervenção na comunidade escolar, as atividades de integração no meio e as atividades de natureza científico-pedagógica. A prática letiva englobou a Gestão do processo de Ensino-Aprendizagem, onde adquiriram-se capacidades de planeamento, de realização e de controlo das aulas, procurando sempre promover um ambiente de aprendizagem favorável para a progressão dos alunos. Também contemplou as assistências às aulas de outros professores, onde foi possível observar e refletir relativamente a diferentes estratégias e metodologias de ensino. As atividades de intervenção na comunidade escolar abarcaram o projeto “O Franquinho”, que envolveu toda a comunidade escolar (professores, alunos, funcionários e encarregados de educação), e consistiu num evento pontual onde realizaram-se atividades relacionadas com a Educação Física e com as diferentes áreas do conhecimento, estabelecendo-se fenómenos de transdisciplinaridade. As atividades de integração no meio, relacionadas com a direção de turma, envolveram a caraterização da turma e um estudo de caso a um aluno com problemas cardíacos. Quanto à ação de extensão curricular realizou-se uma visita de estudo relacionada com a modalidade do Golfe. Na atividade de natureza científico-pedagógica individual explorou-se a importância do desenvolvimento da aptidão física nas aulas de Educação Física e na vida quotidiana. Na atividade de natureza científico-pedagógica coletiva abordaram-se temáticas relacionadas com a Educação Física e Desporto, nomeadamente as ideias e perspetivas do professor João Mateus e a sua aplicabilidade neste contexto.

Sous projet 4. Gestion des ressources des Pêches de Poitou- Charentes

L'enjeu du sous-projet 4 «Gestion des Ressources des Pêches de Poitou-Charentes» est de fournir une information pertinente pour une gestion responsable des ressources des pêches de Poitou-Charentes garante de la durabilité de leur exploitation. Le sous-projet se focalise sur quatre espèces phares de la production halieutique régionale ainsi que sur certaines interactions estimées critiques entre les pêches régionales et d'autres activités. La coquille Saint-Jacques et le pétoncle noir constituent deux ressources majeures pour la pêche dans les pertuis Charentais. Leur importance devrait encore croître avec la limitation la pêche de la civelle envisagée dans le cadre du plan de gestion de l'anguille. Les travaux ont pour objectif le maintien de la pêche des pectinidés pour d'une part, l'adaptation de l'effort de pêche à l'état de ces ressources et d'autre part en progressant dans les capacités de contrôle de l'abondance et de la qualité de ces ressources. La sole et l'anguille sont en valeur les deux premières espèces exploitées du golfe de Gascogne. Elles ont en commun un état préoccupant justifiant des mesures européennes de gestion de leur pêche. Cette partie vise à mieux connaître la contribution des pertuis charentais à la dynamique de ces deux stocks, l'impact sur ceux-ci des diverses activités humaines régionales et aussi d'apprécier l'impact sur les pêches charentaises des mesures de conservation prises pour ces deux ressources majeures au niveau national mais aussi régional.

Assessing natural mortality of Bay of Biscay anchovy from survey population and biomass estimates

La fermeture de la pêche de l’anchois (Engraulis encrasicolus) du Golfe de Gascogne entre 2005 et 2010, en raison de la faible biomasse du stock, a été une opportunité pour estimer la mortalité naturelle à partir de données de campagnes halieutiques issues de l’observation de la présence d’oeufs (DEPM) et de mesures acoustiques, utilisées pour l’évaluation de cette population depuis 1987. En considérant que la mortalité naturelle est constante au cours du temps et que la capturabilité des deux campagnes est identique pour tous les âges, la mortalité naturelle peut être estimée par des modèles log-linéaires appliquées aux séries temporelles de nombres aux âges issues des campagnes, et par des modèles d’évaluations de stock prenant en compte la saison. L’analyse suggère des valeurs de M autour de 0.9 comme mortalité naturelle courante à tous les âges. Cependant, nous avons des éléments forts indicateurs que la mortalité aux âges 2 et plus (M2+) est remarquablement plus forte qu’à l’âge 1 (M1) ce qui suppose un signe de mortalité sénescente, une possibilité qui a déjà été évoquée il y a longtemps pour ce type d’espèce à vie courte.

Étude des mécanismes d’extraction lipidique par le peptide mélittine et la protéine BSP1

Les peptides et protéines extracteurs de lipides (PEL) se lient aux membranes lipidiques puis en extraient des lipides en formant de plus petits auto-assemblages, un phénomène qui peut aller jusqu'à la fragmentation des membranes. Dans la nature, cette extraction se produit sur une gamme de cellules et entraîne des conséquences variées, comme la modification de la composition de la membrane et la mort de la cellule. Cette thèse se penche sur l’extraction lipidique, ou fragmentation, induite par le peptide mélittine et la protéine Binder-of-SPerm 1 (BSP1) sur des membranes lipidiques modèles. Pour ce faire, des liposomes de différentes compositions sont préparés et incubés avec la mélittine ou la BSP1. L'association aux membranes est déterminée par la fluorescence intrinsèque des PEL, tandis que l'extraction est caractérisée par une plateforme analytique combinant des tests colorimétriques et des analyses en chromatographie en phase liquide et spectrométrie de masse (LCMS). La mélittine fait partie des peptides antimicrobiens cationiques, un groupe de PEL très répandu chez les organismes vivants. Ces peptides sont intéressants du point du vue médical étant donné leur mode d’action qui vise directement les lipides des membranes. Plusieurs de ceux-ci agissent sur les membranes des bactéries selon le mécanisme dit « en tapis », par lequel ils s’adsorbent à leur surface, forment des pores et ultimement causent leur fragmentation. Dans cette thèse, la mélittine est utilisée comme peptide modèle afin d’étudier le mécanisme par lequel les peptides antimicrobiens cationiques fragmentent les membranes. Les résultats montrent que la fragmentation des membranes de phosphatidylcholines (PC) est réduite par une déméthylation graduelle de leur groupement ammonium. L'analyse du matériel fragmenté révèle que les PC sont préférentiellement extraites des membranes, dû à un enrichissement local en PC autour de la mélittine à l'intérieur de la membrane. De plus, un analogue de la mélittine, dont la majorité des résidus cationiques sont neutralisés, est utilisé pour évaluer le rôle du caractère cationique de la mélittine native. La neutralisation augmente l'affinité du peptide pour les membranes neutres et anioniques, réduit la fragmentation des membranes neutres et augmente la fragmentation des membranes anioniques. Malgré les interactions électrostatiques entre le peptide cationique et les lipides anioniques, aucune spécificité lipidique n'est observée dans l'extraction. La BSP1 est la protéine la plus abondante du liquide séminal bovin et constitue un autre exemple de PEL naturel important. Elle se mélange aux spermatozoïdes lors de l’éjaculation et extrait des lipides de leur membrane, notamment le cholestérol et les phosphatidylcholines. Cette étape cruciale modifie la composition lipidique de la membrane du spermatozoïde, ce qui faciliterait par la suite la fécondation de l’ovule. Cependant, le contact prolongé de la protéine avec les spermatozoïdes endommagerait la semence. Cette thèse cherche donc à approfondir notre compréhension de ce délicat phénomène en étudiant le mécanisme moléculaire par lequel la protéine fragmente les membranes lipidiques. Les résultats des présents travaux permettent de proposer un mécanisme d’extraction lipidique en 3 étapes : 1) L'association à l’interface des membranes; 2) La relocalisation de l’interface vers le cœur lipidique; 3) La fragmentation des membranes. La BSP1 se lie directement à deux PC à l'interface; une quantité suffisante de PC dans les membranes est nécessaire pour permettre l'association et la fragmentation. Cette liaison spécifique ne mène généralement pas à une extraction lipidique sélective. L'impact des insaturations des chaînes lipidiques, de la présence de lysophosphatidylcholines, de phosphatidyléthanolamine, de cholestérol et de lipides anioniques est également évalué. Les présentes observations soulignent la complexe relation entre l'affinité d'un PEL pour une membrane et le niveau de fragmentation qu'il induit. L'importance de la relocalisation des PEL de l'interface vers le cœur hydrophobe des membranes pour permettre leur fragmentation est réitérée. Cette fragmentation semble s'accompagner d'une extraction lipidique préférentielle seulement lorsqu'une séparation de phase est induite au niveau de la membrane, nonobstant les interactions spécifiques PEL-lipide. Les prévalences des structures amphiphiles chez certains PEL, ainsi que de la fragmentation en auto-assemblages discoïdaux sont discutées. Finalement, le rôle des interactions électrostatiques entre les peptides antimicrobiens cationiques et les membranes bactériennes anioniques est nuancé : les résidus chargés diminueraient l'association des peptides aux membranes neutres suite à l'augmentation de leur énergie de solvatation.

Lecture des incrémentations journalières sur des otolithes d’anchois adulte : Pourquoi et comment faire ?

La population d’anchois du Golfe de Gascogne présente une grande variabilité dans le recrutement de jeunes individus à la population, si bien que le stock a quasiment disparu en 2005. Bien qu’aujourd’hui la population soit revenue à un niveau démographique satisfaisant, les mécanismes qui interviennent dans le succès du recrutement sont toujours mal connus. Le but de cette étude est d’estimer plus précisément un intervalle de temps, à l’intérieur de la période de ponte de l’anchois européen, dans lequel sont nés des anchois d’un an, donc recrutés à la population. La détermination d’âge annuel des poissons par la lecture des otolithes est commune, mais le rétro-calcul de la date d’éclosion d’individus adulte par lecture des stries journalières n’a, à ce jour, fait l’objet d’aucune publication. Nous mettons donc en évidence, sur des otolithes d’anchois échantillonnés lors de PELGAS 2004, la faisabilité d’une telle méthode. Les résultats obtenus indiquent, pour l’année concernée, un recrutement qui a lieu sur une courte période de temps (un mois), et en dehors du pic de ponte. De plus, la taille des individus d’un an, très variable, ne dépendrait pas de leur nombre de jours de croissance. Ces premiers résultats, obtenus par une méthode inédite, posent les bases d’une réflexion sur les premiers stades de vie de l’anchois et les facteurs qui régissent sa croissance et sa probabilité de recrutement à la population.