Can DNA barcoding accurately discriminate megadiverse Neotropical freshwater fish fauna?

Background: The megadiverse Neotropical freshwater ichthyofauna is the richest in the world with approximately 6,000 recognized species. Interestingly, they are distributed among only 17 orders, and almost 80% of them belong to only three orders: Characiformes, Siluriformes and Perciformes. Moreover, evidence based on molecular data has shown that most of the diversification of the Neotropical ichthyofauna occurred recently. These characteristics make the taxonomy and identification of this fauna a great challenge, even when using molecular approaches. In this context, the present study aimed to test the effectiveness of the barcoding methodology (COI gene) to identify the mega diverse freshwater fish fauna from the Neotropical region. For this purpose, 254 species of fishes were analyzed from the Upper Parana River basin, an area representative of the larger Neotropical region.Results: Of the 254 species analyzed, 252 were correctly identified by their barcode sequences (99.2%). The main K2P intra- and inter-specific genetic divergence values (0.3% and 6.8%, respectively) were relatively low compared with similar values reported in the literature, reflecting the higher number of closely related species belonging to a few higher taxa and their recent radiation. Moreover, for 84 pairs of species that showed low levels of genetic divergence (<2%), application of a complementary character-based nucleotide diagnostic approach proved useful in discriminating them. Additionally, 14 species displayed high intra-specific genetic divergence (>2%), pointing to at least 23 strong candidates for new species.Conclusions: Our study is the first to examine a large number of freshwater fish species from the Neotropical area, including a large number of closely related species. The results confirmed the efficacy of the barcoding methodology to identify a recently radiated, megadiverse fauna, discriminating 99.2% of the analyzed species. The power of the barcode sequences to identify species, even with low interspecific divergence, gives us an idea of the distribution of inter-specific genetic divergence in these megadiverse fauna. The results also revealed hidden genetic divergences suggestive of reproductive isolation and putative cryptic speciation in some species (23 candidates for new species). Finally, our study constituted an important contribution to the international Barcoding of Life (iBOL.org) project, providing barcode sequences for use in identification of these species by experts and non-experts, and allowing them to be available for use in other applications. © 2013 Pereira et al.; licensee BioMed Central Ltd.

Contribuições para desenvolvimento da pesquisa e da avaliação em política e gestão educacional com uso de novas tecnologias: desenvolvimento de bases de dados

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Desenvolvimento de um sistema computacional para tratamento de dados meteorológicos no setor de agroenergia

Pós-graduação em Agronomia (Energia na Agricultura) - FCA

O uso de sistema de informação geográfica na avaliação de diferentes alternativas de geração de cartas de suscetibilidade à erosão

Pós-graduação em Engenharia Civil - FEIS

Modelo de avaliação de maturidade em gerenciamento de projetos

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Composição, riqueza e abundância de espécies de anfíbios na região do médio rio Xingú

Este estudo teve como objetivo inventariar a fauna de anfíbios nos diferentes hábitats da região do Médio Rio Xingu. Para tanto, foram selecionadas seis localidades, sendo as amostragens realizadas em três incursões, entre novembro de 2007 e março de 2008, totalizando 48 dias. Foram identificados seis tipos de hábitats na região amostrada: floresta de terra-firme, floresta sazonalmente alagável (várzea), margem do rio, “pedral”, lagoa e área alterada. Para a coleta de dados foram utilizadas duas metodologias: armadilhas de interceptação e queda e procura ativa. As armadilhas foram instaladas apenas nas áreas de floresta de terra-firme, enquanto a procura ativa foi empregada em todos os tipos de hábitats identificados. As amostragens resultaram no registro de 56 espécies de anfíbios e outras oito espécies foram identificadas e registradas em estudos anteriores na área. A diversidade e riqueza de espécies foram maiores na localidade Caracol, onde predominou a floresta de terra-firme, e menor na localidade Ilha Grande, dominada por floresta sazonalmente alagável. Foram registrados nove modos reprodutivos na área de estudo, sendo todos observados na floresta de terra-firme e apenas três nos “pedrais”, o que parece refletir a baixa heterogeneidade ambiental dessa área. Para comparar as localidades estudadas foram realizadas duas análises de similaridade, uma para cada metodologia de coleta utilizada. A análise de similaridade dos dados de procura ativa apontou maior semelhança na composição das espécies entre as áreas de floresta de terra-firme do que entre os outros hábitats. A análise de agrupamento realizada entre a composição de espécies obtida nesse estudo e outros levantamentos realizados na Amazônia agrupou esta área com outra também localizada no Médio Xingu.

Ecologia da ictiofauna e análise ecossistêmica das áreas de influência direta da UHE Coaracy Nunes, Ferreira Gomes - AP

O reservatório da UHE Coaracy Nunes no rio Araguari esta localizado entre os municípios de Ferreira Gomes e Porto Grande no estado do Amapá-Brasil, distando 200 km do Oceano Atlântico. A usina Coaracy Nunes foi a primeira hidrelétrica a ser construída na Amazônia brasileira, tendo suas obras iniciadas em 1967. O rio Araguari e o principal rio do estado do Amapá e representa fonte de geração de renda através da pesca, atividades agropecuárias em sua várzea, navegação, mineração, geração de energia e lazer. O presente estudo teve por objetivo avaliar as alterações impostas pela construção do reservatório da UHE Coaracy Nunes, através das assembleias de peixes de quatro áreas de influencia direta desta usina. Para isso, no período de maio de 2009 a julho de 2010, foram realizadas coletas bimensais, de peixes, com redes de malhas padronizadas variando de 1,0 a 10,0 cm entre nos adjacentes e outras técnicas auxiliares. A partir destas coletas, no capitulo 1 foi verificado a composição, abundancia (CPUEn) e biomassa (CPUEp) relativas da ictiofauna, eficiência amostral (curva do coletor, curva de rarefação e Jacknife) e descritores ecológicos de comunidades (riqueza, diversidade, equitabilidade e dominância) das assembleias das quatro áreas. Foram efetuadas analises de variância (ANOVA: bifatorial), Kruskal-Wallis, teste-T e Mann-Whitney para verificar se havia diferenças significativas dos descritores entre as áreas e períodos sazonais. Estas análises foram corroboradas por analises multivariadas de agrupamento (cluster), ordenamento (MDS), Anosim e Simper. No capitulo 2, os estados ecológicos das quatro áreas foram verificados utilizando como indicadores: curvas espécie abundancia, curvas K-dominância e curvas ABC, assim como modelos espécie-abundancia serie geométrica, log serie, log normal e broken stick, e modelo de regressão linear de espectros de tamanho. No capitulo 3, a estrutura trófica foi estimada a partir da categorização das espécies de cada área em 5 guildas: piscívora, onívora, detritívora, carnívora e herbívora. A abundancia, biomassa e índices ecológicos destas guildas foram estimados e verificados suas variações espaço-temporais, por analises de variância (ANOVA: bifatorial e Kruskal-Wallis) e teste t. No capitulo 4, a dieta das espécies mais abundantes das assembleias de cada área foi verificada e suas variações espaço-temporais detectadas por analise de variância (ANOVA: bifatorial e Kruskal-Wallis). Também foram estimados a amplitude e sobreposição de nicho das espécies mais abundantes, assim como a existência de competição entre as espécies através de modelagem nula. No capitulo 5 foi realizada a avaliação ecossistêmica das quatro áreas através de modelos de fluxo de biomassa na rede trófica do ecossistema, usando como instrumento de modelação o software Ecopath. Essas análises tinham por objetivo descrever as variações dos atributos ecológicos que quantificam as propriedades de maturidade, estabilidade e resiliência ecossistêmica que pudessem refletir os estados ecológicos dessas áreas. O modelo incluiu compartimentos funcionais desde produtores primários ate predadores de topo. No geral, todas as análises indicaram sensíveis alterações na ictiofauna atribuídas a implantação da UHE Coaracy Nunes, que se refletem nos três níveis de organização: ecossistema, comunidade (assembleia) e guilda. Os resultados indicaram a captura de 1.977 peixes distribuídos em 2 classes, 9 ordens, 23 famílias, 73 gêneros e 108 espécies. As curvas de acumulação de espécies e curvas de rarefação individualizadas demonstraram que houve suficiência amostral nas áreas Reservatório e Lacustre. Os resultados mostraram que a área Jusante foi mais rica, diversa e equitativa em relação as demais e que a sazonalidade não influenciou na variação destes índices. A abundancia relativa (CPUEn) foi superior nas áreas Reservatório e Lacustre e a biomassa relativa (CPUEb) foi superior na área Jusante, não havendo diferenças sazonais para esses descritores em todas as áreas. As analises de agrupamento (cluster) e ordenamento (MDS) da ictiofauna permitiram identificar a formação de três assembleias distintas: Jusante, Montante e uma assembleia que compreende as áreas Reservatório e Lacustre, ratificando a similaridade dessas duas áreas. Os resultados das curvas whitakeplot, ABC e K-dominância, assim como o ajuste satisfatório do modelo broken stick e os padrões das curvas de espectro de tamanho para a assembleia da área a jusante indicam que esta área foi a mais equilibrada em termos ecológicos. Nas áreas Lacustre e Reservatório, os resultados tanto do ajuste ao modelo serie geométrica, quanto os resultados das curvas whitake-plot, ABC e K-dominância e o espectro de tamanho, assim como os resultados das curvas e ajustes ao modelo série e menor espectro de tamanho para a assembleia da área Reservatório, refletem que os peixes destas áreas, em sua maioria, são indivíduos pequenos com elevada dominância e baixa equitabilidade, caracterizando comunidades típicas de áreas impactadas. A estrutura trófica das assembleias de peixes das áreas represadas (Reservatório e Lacustre) foram formatadas em função do barramento do rio, que isolou e fragmentou o ambiente, determinando sua modificação física, impondo o estabelecimento de uma ictiofauna de espécies pré-adaptadas as condições ambientais de represamento, diferente, em parte, da estrutura da ictiofauna fluvial pre-barramento, destacando as piscívoras, onívoras e detritívoras, que foram as mais ricas e abundantes em função da disponibilidade, nas duas áreas, dos recursos alimentares de sua preferencia. Os resultados demonstraram que as dietas das assembleias de todas as áreas foram similares quanto ao predomínio do consumo de peixes e detritos, seguidos de alimento vegetal aloctone, revelando um padrão com poucos nichos amplos e uma concentração maior de espécies com nichos mais estreitos. Contudo, o padrão de baixa amplitude trófica foi evidenciado pelo predomínio da guilda piscívora, somada as guildas detritívora e herbívora. A sazonalidade pouco influenciou na alimentação da maioria das espécies em todas as áreas. Os padrões comparativos da dieta entre as áreas Montante e Jusante com as áreas Reservatório e Lacustre indicam que a maioria das espécies das áreas represadas pertenciam as guildas piscívora, onívora e detritívora antes do barramento do rio, que colonizaram estes ambientes, influenciadas, principalmente, pela abundancia dos recursos alimentares de suas preferencias e das condições físicas ambientais favoráveis. Interações competitivas foram evidenciadas pelos modelos nulos, sugerindo que a competição também foi um fator importante na estruturação das assembleias. Ecossistemicamente, os quatro modelos de fluxo de biomassa representam ecossistemas com elevada produção primaria oriunda da floresta riparia e algas filamentosas, que são utilizadas parcialmente. A cadeia trófica baseada em detrito apresentou ser mais importante que a que tem como base a produção primaria nas áreas Reservatório e Lacustre. A maioria dos fluxos ocorre nos compartimentos de níveis tróficos baixos. As propriedades ecossistêmicas da área Jusante indicam que este ambiente se encontra mais desenvolvido e maduro em relação aos outros, caracterizado por resiliência e entropia altas. As áreas represadas (Reservatório e Lacustre) apresentaram atributos ecossistêmicos que lhe conferiram características de menos resiliente e menos maduro que as áreas de rio. A área Montante apresentou um padrão intermediário de resiliência, estabilidade e maturidade. Esses resultados evidenciam que apos quarenta anos da construção da barragem do reservatório de Coaracy Nunes, a fragmentação do ambiente proporcionou alterações ecossistêmicas negativas, refletidas nas assembleias de peixes das áreas acima do barramento e na analise ecossistêmica, evidenciando que a área jusante apresenta características de ambiente em bom estado ecológico, com baixa alteração de origem antrópica e capaz de suportar distúrbios.

Ensino de gestão da capacidade e da empresa com o apoio do jogo Mercado Virtual no curso de Mestrado Integrado em Engenharia Industrial e Gestão da UMINHO/Azurém e no Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Produção da FEB/Bauru/UNESP

O jogo de empresas Mercado Virtual foi desenvolvido para mediar o processo ensino-aprendizagem na área de tomada decisão e gestão de empresas e tem um banco de dados que armazena as decisões dos alunos. Os dados nele armazenados foram analisados em relação ao balanceamento de capacidade, objetivo de lucro e uso de recursos financeiros da empresa e foram encontradas incoerências entre os conteúdos pertinentes ao modelo e as decisões dos alunos. Elas foram classificadas como lacunas de aprendizado. Com o objetivo de analisar se as mesmas se repetem entre alunos do Programa de Mestrado Engenharia de Produção da UNESP de Bauru e Mestrado Integrado em Engenharia Industrial e Gestão da Uminho de Guimarães, Portugal, foram realizados dois experimentos, um em cada grupo. Para realizá-los utilizou-se o jogo Mercado Virtual e uma planilha de dimensionamento da empresa nos dois locais. A Sala de Estudos, os indicadores e o questionário de pesquisa da opinião foram utilizados somente em Portugal. Os resultados mostraram que o jogo é capaz de evidenciar as diferenças de domínio de conteúdo nos dois grupos e, também, que estas diferenças estão associadas aos projetos dos cursos. Sendo uma pesquisa exploratória, os experimentos foram realizados considerando-se somente os controles do jogo. Por isso, propõe-se a realização de pesquisas adicionais combinando controle sobre algumas das variáveis relacionadas do uso do jogo e atuação sobre aprendizagem dos alunos na forma de entrevistas e pesquisas não estruturadas. Conforme previsto, a pesquisa mostrou que os jogos podem ser utilizados com objetivos de aprendizagem mais amplos, considerando-se a avaliação indireta e cruzada sobre as decisões tomadas pelos alunos, como é o caso dos indicadores. Outra contribuição importante da pesquisa refere-se ao uso de jogos de empresas sob condições pouco controladas, ou seja, não houve...

Distribuição espacial das assembleias de peixes em dois trechos do alto rio Paranapanema e lagoas marginais associadas: composição e estrutura

Ichthyofaunistic studies aims to broad the knowledge of composition, abundance and distribution of species in certain areas, and when possible, to infer patterns of distribution, as well as extrinsic factors that affect these patterns in space and time. The Paranapanema River suffers the impact of the construction of hydroelectric power plants in cascade system along its main channel, changing the characteristics of lotic to lentic and semi-lentic. These changes affect the entire biocenosis and the surroundings of the reservoir and, in particular, the fish fauna. In this context, the aim of this study was to characterize the fish assemblage in two lakes and stretches of the main channel, located near the outfall of the Paranapanema River, Jurumirim reservoir area, comparing them to their composition and structure, using ecological indices as tools. Fish were caught every three months from April 2011 to January 2013, using gill nets of various mesh openings in four stretches: Environment 1 - Calha Sete Ilhas, Environment 2 - Calha Poço da Pedra, Environment 3 - Lagoa Sete Ilhas and Environment 4 - Lagoa Poço de Pedra. After the capture, the specimens were identified and biometric analysis was performed (total and standard length weight). We captured 4,006 individuals belonging to four orders and 34 species, 31 native species and three non-native species. In abundance (n) and number of species (S), there was a predominance of Characiformes (57 %) followed by Siluriformes (31%). Overall, most of the species was constant concerning the frequency of capture. The five most representative species in abundance were Schizodon intermedius, Cyphocarax modestus, Pimelodus maculatus, Hoplosternum littorale and Serrasalmus maculatus, contributing with 60% of total individuals captured. Regarding the stretches, these species present diversity (H'), evenness (E), dominance (D) and richness (d) of similar species, since the abundance was higher in ...

Biologia reprodutiva de Cyphocharax modestus (Characiformes: Curimatidae) no rio Taquari (alto rio Paranapanema), São Paulo, Brasil

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Zoologia) - IBB

Critérios técnicos e de participação social para a recuperação florestal: quais as diferenças na definição de áreas prioritárias?

The Jararaca River Basin suffers significative environmental impacts caused by inaccurate land use. In Brazil, the areas for permanent preservation are defined and protected by the 2012 Federal Law 12.651. These areas are located in the bank side and other specific places. The objective of this paper was to analyze the results of possible alternatives in function of different procedures used in the proposal elaboration. The methodology used was the elaboration of a priority map for the recovery of these areas using the Geographic Information System with multicriterial analyses and comparing it with the guidelines from the Jararaca River Basin Management Plan. As a result, there were identified differences in the priorities defined by technical issues from the priorities defined by public consultation process.

Mapeamento do conhecimento no processode atribuição de aulas em Escolas Técnicas

This article has the objective to describe the importance of management knowledge. And, for that, we have done a study upon a case, based on the mapping of the process of classes distribution in the Escolas Técnicas do Centro Paula Souza. The management of knowledge is a way to provide it to the people, considering that knowledge becomes a fundamental and necessary resource to the development of the privante or public organizations. The use of knowledge maps becomes a crucial factor in this process of transformation of tacit knowledge into explicit, because having a high knowledge level, and socialize it, is as essential and important as all the other resources that exist within the institutions.

Influência dos fatores organizacionais no sucesso de projetos no setor automotivo

Pós-graduação em Engenharia de Produção - FEB

Experimental Deer-To-Deer Transmission of Mycobacterium bovis

Objective—To determine whether Mycobacterium bovis can be transmitted from experimentally infected deer to uninfected in-contact deer. Animals—Twenty-three 6-month-old white-tailed deer. Procedure—On day 0, M bovis (2 X 108 colony-forming units) was administered by intratonsillar instillation to 8 deer; 3 control deer received saline (0.9% NaCl) solution. Eight in-contact deer were comingled with inoculated deer from day 21. On day 120, inoculated deer were euthanatized and necropsied. On day 180, 4 in-contact deer were euthanatized, and 4 new incontact deer were introduced. On day 360, all in-contact deer were euthanatized. Rectal, oral, and nasal swab specimens and samples of hay, pelleted feed, water, and feces were collected for bacteriologic culture. Tissue specimens were also collected at necropsy for bacteriologic culture and histologic analysis. Results—On day 90, inoculated and in-contact deer developed delayed-type hypersensitivity (DTH) reactions to purified protein derivative of M bovis. Similarly, new in-contact deer developed DTH reactions by 100 days of contact with original in-contact deer. Tuberculous lesions in in-contact deer were most commonly detected in lungs and tracheobronchial and medial retropharyngeal lymph nodes. Mycobacterium bovis was isolated from nasal secretions and saliva from inoculated and in-contact deer, urine and feces from in-contact deer, and hay and pelleted feed. Conclusions and Clinical Relevance—Mycobacterium bovis is efficiently transmitted from experimentally infected deer to uninfected in-contact deer through nasal secretions, saliva, or contaminated feed. Wildlife management practices that result in unnatural gatherings of deer may enhance both direct and indirect transmission of M bovis.

Catches of Humpback Whales, Megaptera novaeangliae, by the Soviet Union and Other Nations in the Southern Ocean, 1947–1973

The great whales of the Southern Ocean were extensively exploited by modern whaling methods, with the first catches made in the Falkland Islands Dependencies region of IWC Management Area II in 1904 (Tønnesson and Johnsen, 1982; Hart, 2006). Exploitation went through several phases. Populations of humpback whales, Megaptera novaeangliae, and blue whales, Balaenoptera musculus, around South Georgia crashed around the time of World War I, and further exploitation occurred in other regions into the 1930’s. There was a hiatus in whaling during World War II, but large-scale catches resumed in Antarctic waters after 1945.