PanConverter - a tool for data conversion and recalculation, written to convert special data collections to standard import format used by PANGAEA

Supported file formats: - CrossRef XML file(s) - TRiDaS (Tree Ring Data Standard, http://www.tridas.org). Example: hdl:10013/epic.42747.d001 - IMMA (International Maritime Meteorological Archive). Used by the project CLIWOC (García-Herrera et al. 2007, http://doi.pangaea.de/10.1594/PANGAEA.743343) - NOAA IOAS (International Ocean Atlas Series). Example: hdl:10013/epic.42747.d008 - SOCAT (Surface Ocean CO2 Atlas, Bakker et al. 2014, http://doi.pangaea.de/10.1594/PANGAEA.811776) - CHUAN (Comprehensive Historical Upper-Air Network, Stickler et al. 2013, http://doi.pangaea.de/10.1594/PANGAEA.821222). Example: hdl:10013/epic.42747.d003 - Thermosalinograph (TSG) data. Format developed by Gerd Rohardt. Example: hdl:10013/epic.42747.d002 - Columus GPS Data Logger V-900 format to KML or GPX. Example: hdl:10013/epic.42747.d006

Soporte de redes activas para un servicio integrado de multipunto fiable con control de congestión

Las limitaciones de las tecnologías de red actuales, identificadas en la Agencia de Proyectos de Investigación Avanzados para la Defensa (DARPA) durante 1995, han originado recientemente una propuesta de modelo de red denominado Redes Activas. En este modelo, los nodos proporcionan un entorno de ejecución sobre el que se ejecuta el código asociado a cada paquete. El objetivo es disponer de una tecnología de red que permita que nuevos servicios de red sean desarrollados e instalados rápidamente sin modificar los nodos de la red. Un servicio de red que se puede beneficiar de esta tecnología es la transmisión de datos en multipunto con diferentes grados fiabilidad. Las propuestas actuales de servicios de multipunto fiable proporcionan una solución específica para cada clase de aplicaciones, y los protocolos existentes extremo a extremo sufren de limitaciones técnicas relacionadas con una fiabilidad limitada, y con la ausencia de mecanismos de control de congestión efectivos. Esta tesis realiza propuestas originales conducentes a solucionar parte de las limitaciones actuales en el ámbito de Redes Activas y multipunto fiable con control de congestión. En primer lugar, se especificará un servicio genérico de multipunto fiable que, basándose en los requisitos de una serie de aplicaciones consideradas relevantes, proporcione diferentes clases de sesiones y grados de fiabilidad. Partiendo de la definición del servicio genérico especificado, se diseñará un protocolo de comunicaciones sobre la tecnología de Redes Activas que proporcione dicho servicio. El protocolo diseñado estará dotado de un mecanismo de control de congestión para que la fuente ajuste dinámicamente el tráfico inyectado a las condiciones de carga de la red. En esta tesis se pretende también profundizar en el estudio y análisis de la tecnología de Redes Activas, experimentando con dicha tecnología para proporcionar una realimentación a sus diseñadores. Dicha experimentación se realizará en tres ámbitos: el de los servicios y protocolos que puede soportar, el del modelo y arquitectura de las Redes Activas y el de las plataformas de ejecución disponibles. Como aportación adicional de este trabajo, se validarán los objetivos anteriores mediante una implementación piloto de las entidades de protocolo y de su interfaz de servicio sobre uno de los entornos de ejecución disponibles. Abstract The limitations of current networking technologies identified in the Defense Advance Research Projects Agency (DARPA) along 1995 have led to a recent proposal of a new network model called Active Networks. In this model, the nodes provide an execution environment over which the code used to process each packet is executed. The objective is a network technology that allows the fast design and deployment of new network services without requiring the modification of the network nodes. One network service that could benefit from this technology is the transmission of multicast data with different types of loss tolerance. The current proposals for reliable multicast services provide specific solutions for each application class, and existing end-to-end protocols suffer from technical drawbacks related to limited reliability and lack of an effective congestion control mechanism. This thesis contains original proposals that aim to solve part of the current drawbacks in the scope of Active Networks and reliable multicast with congestion control. Firstly, a generic reliable multicast network service will be specified. This service will be designed from the requirements of a relevant set of applications, and will provide different session classes and different types of reliability. Then, a network protocol based on Active Network technology will be designed such that it provides the specified network service. This protocol will incorporate a congestion control mechanism capable of performing an automatic adjustment of the traffic injected by the source to the available network capacity. This thesis will also contribute to a deeper study and analysis of Active Network technology, by experimenting with the technology in order to provide feedback to its designers. This experimentation will be done attending to three different scopes: support of Active Network for services and protocols, Active Network model and architecture, and currently available Active Network execution environments. As an additional contribution of this work, the previous objectives will be validated through a prototype implementation of the protocol entities and the service interface based on one of the current execution environments.

Contribución a los modelos de gestión de las redes móviles ad hoc

La capacidad de comunicación de los seres humanos ha crecido gracias a la evolución de dispositivos móviles cada vez más pequeños, manejables, potentes, de mayor autonomía y más asequibles. Esta tendencia muestra que en un futuro próximo cercano cada persona llevaría consigo por lo menos un dispositivo de altas prestaciones. Estos dispositivos tienen incorporados algunas formas de comunicación: red de telefonía, redes inalámbricas, bluetooth, entre otras. Lo que les permite también ser empleados para la configuración de redes móviles Ad Hoc. Las redes móviles Ad Hoc, son redes temporales y autoconfigurables, no necesitan un punto de acceso para que los nodos intercambien información entre sí. Cada nodo realiza las tareas de encaminador cuando sea requerido. Los nodos se pueden mover, cambiando de ubicación a discreción. La autonomía de estos dispositivos depende de las estrategias de como sus recursos son utilizados. De tal forma que los protocolos, algoritmos o modelos deben ser diseñados de forma eficiente para no impactar el rendimiento del dispositivo, siempre buscando un equilibrio entre sobrecarga y usabilidad. Es importante definir una gestión adecuada de estas redes especialmente cuando estén siendo utilizados en escenarios críticos como los de emergencias, desastres naturales, conflictos bélicos. La presente tesis doctoral muestra una solución eficiente para la gestión de redes móviles Ad Hoc. La solución contempla dos componentes principales: la definición de un modelo de gestión para redes móviles de alta disponibilidad y la creación de un protocolo de enrutamiento jerárquico asociado al modelo. El modelo de gestión propuesto, denominado High Availability Management Ad Hoc Network (HAMAN), es definido en una estructura de cuatro niveles, acceso, distribución, inteligencia e infraestructura. Además se describen los componentes de cada nivel: tipos de nodos, protocolos y funcionamiento. Se estudian también las interfaces de comunicación entre cada componente y la relación de estas con los niveles definidos. Como parte del modelo se diseña el protocolo de enrutamiento Ad Hoc, denominado Backup Cluster Head Protocol (BCHP), que utiliza como estrategia de encaminamiento el empleo de cluster y jerarquías. Cada cluster tiene un Jefe de Cluster que concentra la información de enrutamiento y de gestión y la envía al destino cuando esta fuera de su área de cobertura. Para mejorar la disponibilidad de la red el protocolo utiliza un Jefe de Cluster de Respaldo el que asume las funciones del nodo principal del cluster cuando este tiene un problema. El modelo HAMAN es validado a través de un proceso la simulación del protocolo BCHP. El protocolo BCHP se implementa en la herramienta Network Simulator 2 (NS2) para ser simulado, comparado y contrastado con el protocolo de enrutamiento jerárquico Cluster Based Routing Protocol (CBRP) y con el protocolo de enrutamiento Ad Hoc reactivo denominado Ad Hoc On Demand Distance Vector Routing (AODV). Abstract The communication skills of humans has grown thanks to the evolution of mobile devices become smaller, manageable, powerful, more autonomy and more affordable. This trend shows that in the near future each person will carry at least one high-performance device. These high-performance devices have some forms of communication incorporated: telephony network, wireless networks, bluetooth, among others. What can also be used for configuring mobile Ad Hoc networks. Ad Hoc mobile networks, are temporary and self-configuring networks, do not need an access point for exchange information between their nodes. Each node performs the router tasks as required. The nodes can move, change location at will. The autonomy of these devices depends on the strategies of how its resources are used. So that the protocols, algorithms or models should be designed to efficiently without impacting device performance seeking a balance between overhead and usability. It is important to define appropriate management of these networks, especially when being used in critical scenarios such as emergencies, natural disasters, wars. The present research shows an efficient solution for managing mobile ad hoc networks. The solution comprises two main components: the definition of a management model for highly available mobile networks and the creation of a hierarchical routing protocol associated with the model. The proposed management model, called High Availability Management Ad Hoc Network (HAMAN) is defined in a four-level structure: access, distribution, intelligence and infrastructure. The components of each level: types of nodes, protocols, structure of a node are shown and detailed. It also explores the communication interfaces between each component and the relationship of these with the levels defined. The Ad Hoc routing protocol proposed, called Backup Cluster Head Protocol( BCHP), use of cluster and hierarchies like strategies. Each cluster has a cluster head which concentrates the routing information and management and sent to the destination when out of cluster coverage area. To improve the availability of the network protocol uses a Backup Cluster Head who assumes the functions of the node of the cluster when it has a problem. The HAMAN model is validated accross the simulation of their BCHP routing protocol. BCHP protocol has been implemented in the simulation tool Network Simulator 2 (NS2) to be simulated, compared and contrasted with a hierarchical routing protocol Cluster Based Routing Protocol (CBRP) and a routing protocol called Reactive Ad Hoc On Demand Distance Vector Routing (AODV).

An automatic documentation generator for (C)LP - Reference manual

Lpdoc is an automatic program documentation generator for (C)LP systems. Lpdoc generates a reference manual automatically from one or more source files for a logic program (including ISO-Prolog, Ciao, many CLP systems, ...). It is particularly useful for documenting library modules, for which it automatically generates a description of the module interface. However, lpdoc can also be used quite successfully to document full applications and to generate nicely formatted plain ascii "readme" files. A fundamental advantage of using lpdoc to document programs is that it is much easier to maintain a true correspondence between the program and its documentation, and to identify precisely to what version of the program a given printed manual corresponds. The quality of the documentation generated can be greatly enhanced by including within the program text: • assertions (types, modes, etc. ...) for the predicates in the program, and • machine-readable comments (in the "literate programming" style). The assertions and comments included in the source file need to be written using the Ciao system assertion language. A simple compatibility library is available to make traditional (constraint) logic programming systems ignore these assertions and comments allowing normal treatment of programs documented in this way. The documentation is currently generated in HTML or texinf o format. From the texinf o output, printed and on-line manuals in several formats (dvi, ps, info, etc.) can be easily generated automatically, using publicly available tools, lpdoc can also generate 'man' pages (Unix man page format) as well as brief descriptions in html or emacs info formats suitable for inclusion in an on-line index of applications. In particular, lpdoc can create and maintain fully automatically WWW and info sites containing on-line versions of the documents it produces. The lpdoc manual (and the Ciao system manuals) are generated by lpdoc. Lpdoc is distributed under the GNU general public license. Note: lpdoc is fully supported on Linux, Mac OS X, and other Un*x-like systems. Due to the use of several Un*x-related utilities, some documentation back-ends may require Cygwin under Win32. This documentation corresponds to version 3.0 (2011/7/7, 16:33:15 CEST).

Node sampling using random centrifugal walks

Sampling a network with a given probability distribution has been identified as a useful operation. In this paper we propose distributed algorithms for sampling networks, so that nodes are selected by a special node, called the source, with a given probability distribution. All these algorithms are based on a new class of random walks, that we call Random Centrifugal Walks (RCW). A RCW is a random walk that starts at the source and always moves away from it. Firstly, an algorithm to sample any connected network using RCW is proposed. The algorithm assumes that each node has a weight, so that the sampling process must select a node with a probability proportional to its weight. This algorithm requires a preprocessing phase before the sampling of nodes. In particular, a minimum diameter spanning tree (MDST) is created in the network, and then nodes weights are efficiently aggregated using the tree. The good news are that the preprocessing is done only once, regardless of the number of sources and the number of samples taken from the network. After that, every sample is done with a RCW whose length is bounded by the network diameter. Secondly, RCW algorithms that do not require preprocessing are proposed for grids and networks with regular concentric connectivity, for the case when the probability of selecting a node is a function of its distance to the source. The key features of the RCW algorithms (unlike previous Markovian approaches) are that (1) they do not need to warm-up (stabilize), (2) the sampling always finishes in a number of hops bounded by the network diameter, and (3) it selects a node with the exact probability distribution.

Análisis de la actividad neuronal y cerebral mediante técnicas de redes complejas

El cerebro humano es probablemente uno de los sistemas más complejos a los que nos enfrentamos en la actualidad, si bien es también uno de los más fascinantes. Sin embargo, la compresión de cómo el cerebro organiza su actividad para llevar a cabo tareas complejas es un problema plagado de restos y obstáculos. En sus inicios la neuroimagen y la electrofisiología tenían como objetivo la identificación de regiones asociadas a activaciones relacionadas con tareas especificas, o con patrones locales que variaban en el tiempo dada cierta actividad. Sin embargo, actualmente existe un consenso acerca de que la actividad cerebral tiene un carácter temporal multiescala y espacialmente extendido, lo que lleva a considerar el cerebro como una gran red de áreas cerebrales coordinadas, cuyas conexiones funcionales son continuamente creadas y destruidas. Hasta hace poco, el énfasis de los estudios de la actividad cerebral funcional se han centrado en la identidad de los nodos particulares que forman estas redes, y en la caracterización de métricas de conectividad entre ellos: la hipótesis subyacente es que cada nodo, que es una representación mas bien aproximada de una región cerebral dada, ofrece a una única contribución al total de la red. Por tanto, la neuroimagen funcional integra los dos ingredientes básicos de la neuropsicología: la localización de la función cognitiva en módulos cerebrales especializados y el rol de las fibras de conexión en la integración de dichos módulos. Sin embargo, recientemente, la estructura y la función cerebral han empezado a ser investigadas mediante la Ciencia de la Redes, una interpretación mecánico-estadística de una antigua rama de las matemáticas: La teoría de grafos. La Ciencia de las Redes permite dotar a las redes funcionales de una gran cantidad de propiedades cuantitativas (robustez, centralidad, eficiencia, ...), y así enriquecer el conjunto de elementos que describen objetivamente la estructura y la función cerebral a disposición de los neurocientíficos. La conexión entre la Ciencia de las Redes y la Neurociencia ha aportado nuevos puntos de vista en la comprensión de la intrincada anatomía del cerebro, y de cómo las patrones de actividad cerebral se pueden sincronizar para generar las denominadas redes funcionales cerebrales, el principal objeto de estudio de esta Tesis Doctoral. Dentro de este contexto, la complejidad emerge como el puente entre las propiedades topológicas y dinámicas de los sistemas biológicos y, específicamente, en la relación entre la organización y la dinámica de las redes funcionales cerebrales. Esta Tesis Doctoral es, en términos generales, un estudio de cómo la actividad cerebral puede ser entendida como el resultado de una red de un sistema dinámico íntimamente relacionado con los procesos que ocurren en el cerebro. Con este fin, he realizado cinco estudios que tienen en cuenta ambos aspectos de dichas redes funcionales: el topológico y el dinámico. De esta manera, la Tesis está dividida en tres grandes partes: Introducción, Resultados y Discusión. En la primera parte, que comprende los Capítulos 1, 2 y 3, se hace un resumen de los conceptos más importantes de la Ciencia de las Redes relacionados al análisis de imágenes cerebrales. Concretamente, el Capitulo 1 está dedicado a introducir al lector en el mundo de la complejidad, en especial, a la complejidad topológica y dinámica de sistemas acoplados en red. El Capítulo 2 tiene como objetivo desarrollar los fundamentos biológicos, estructurales y funcionales del cerebro, cuando éste es interpretado como una red compleja. En el Capítulo 3, se resumen los objetivos esenciales y tareas que serán desarrolladas a lo largo de la segunda parte de la Tesis. La segunda parte es el núcleo de la Tesis, ya que contiene los resultados obtenidos a lo largo de los últimos cuatro años. Esta parte está dividida en cinco Capítulos, que contienen una versión detallada de las publicaciones llevadas a cabo durante esta Tesis. El Capítulo 4 está relacionado con la topología de las redes funcionales y, específicamente, con la detección y cuantificación de los nodos mas importantes: aquellos denominados “hubs” de la red. En el Capítulo 5 se muestra como las redes funcionales cerebrales pueden ser vistas no como una única red, sino más bien como una red-de-redes donde sus componentes tienen que coexistir en una situación de balance funcional. De esta forma, se investiga cómo los hemisferios cerebrales compiten para adquirir centralidad en la red-de-redes, y cómo esta interacción se mantiene (o no) cuando se introducen fallos deliberadamente en la red funcional. El Capítulo 6 va un paso mas allá al considerar las redes funcionales como sistemas vivos. En este Capítulo se muestra cómo al analizar la evolución de la topología de las redes, en vez de tratarlas como si estas fueran un sistema estático, podemos caracterizar mejor su estructura. Este hecho es especialmente relevante cuando se quiere tratar de encontrar diferencias entre grupos que desempeñan una tarea de memoria, en la que las redes funcionales tienen fuertes fluctuaciones. En el Capítulo 7 defino cómo crear redes parenclíticas a partir de bases de datos de actividad cerebral. Este nuevo tipo de redes, recientemente introducido para estudiar las anormalidades entre grupos de control y grupos anómalos, no ha sido implementado nunca en datos cerebrales y, en este Capítulo explico cómo hacerlo cuando se quiere evaluar la consistencia de la dinámica cerebral. Para concluir esta parte de la Tesis, el Capítulo 8 se centra en la relación entre las propiedades topológicas de los nodos dentro de una red y sus características dinámicas. Como mostraré más adelante, existe una relación entre ellas que revela que la posición de un nodo dentro una red está íntimamente correlacionada con sus propiedades dinámicas. Finalmente, la última parte de esta Tesis Doctoral está compuesta únicamente por el Capítulo 9, el cual contiene las conclusiones y perspectivas futuras que pueden surgir de los trabajos expuestos. En vista de todo lo anterior, espero que esta Tesis aporte una perspectiva complementaria sobre uno de los más extraordinarios sistemas complejos frente a los que nos encontramos: El cerebro humano. ABSTRACT The human brain is probably one of the most complex systems we are facing, thus being a timely and fascinating object of study. Characterizing how the brain organizes its activity to carry out complex tasks is highly non-trivial. While early neuroimaging and electrophysiological studies typically aimed at identifying patches of task-specific activations or local time-varying patterns of activity, there has now been consensus that task-related brain activity has a temporally multiscale, spatially extended character, as networks of coordinated brain areas are continuously formed and destroyed. Up until recently, though, the emphasis of functional brain activity studies has been on the identity of the particular nodes forming these networks, and on the characterization of connectivity metrics between them, the underlying covert hypothesis being that each node, constituting a coarse-grained representation of a given brain region, provides a unique contribution to the whole. Thus, functional neuroimaging initially integrated the two basic ingredients of early neuropsychology: localization of cognitive function into specialized brain modules and the role of connection fibres in the integration of various modules. Lately, brain structure and function have started being investigated using Network Science, a statistical mechanics understanding of an old branch of pure mathematics: graph theory. Network Science allows endowing networks with a great number of quantitative properties, thus vastly enriching the set of objective descriptors of brain structure and function at neuroscientists’ disposal. The link between Network Science and Neuroscience has shed light about how the entangled anatomy of the brain is, and how cortical activations may synchronize to generate the so-called functional brain networks, the principal object under study along this PhD Thesis. Within this context, complexity appears to be the bridge between the topological and dynamical properties of biological systems and, more specifically, the interplay between the organization and dynamics of functional brain networks. This PhD Thesis is, in general terms, a study of how cortical activations can be understood as the output of a network of dynamical systems that are intimately related with the processes occurring in the brain. In order to do that, I performed five studies that encompass both the topological and the dynamical aspects of such functional brain networks. In this way, the Thesis is divided into three major parts: Introduction, Results and Discussion. In the first part, comprising Chapters 1, 2 and 3, I make an overview of the main concepts of Network Science related to the analysis of brain imaging. More specifically, Chapter 1 is devoted to introducing the reader to the world of complexity, specially to the topological and dynamical complexity of networked systems. Chapter 2 aims to develop the biological, topological and functional fundamentals of the brain when it is seen as a complex network. Next, Chapter 3 summarizes the main objectives and tasks that will be developed along the forthcoming Chapters. The second part of the Thesis is, in turn, its core, since it contains the results obtained along these last four years. This part is divided into five Chapters, containing a detailed version of the publications carried out during the Thesis. Chapter 4 is related to the topology of functional networks and, more specifically, to the detection and quantification of the leading nodes of the network: the hubs. In Chapter 5 I will show that functional brain networks can be viewed not as a single network, but as a network-of-networks, where its components have to co-exist in a trade-off situation. In this way, I investigate how the brain hemispheres compete for acquiring the centrality of the network-of-networks and how this interplay is maintained (or not) when failures are introduced in the functional network. Chapter 6 goes one step beyond by considering functional networks as living systems. In this Chapter I show how analyzing the evolution of the network topology instead of treating it as a static system allows to better characterize functional networks. This fact is especially relevant when trying to find differences between groups performing certain memory tasks, where functional networks have strong fluctuations. In Chapter 7 I define how to create parenclitic networks from brain imaging datasets. This new kind of networks, recently introduced to study abnormalities between control and anomalous groups, have not been implemented with brain datasets and I explain in this Chapter how to do it when evaluating the consistency of brain dynamics. To conclude with this part of the Thesis, Chapter 8 is devoted to the interplay between the topological properties of the nodes within a network and their dynamical features. As I will show, there is an interplay between them which reveals that the position of a node in a network is intimately related with its dynamical properties. Finally, the last part of this PhD Thesis is composed only by Chapter 9, which contains the conclusions and future perspectives that may arise from the exposed results. In view of all, I hope that reading this Thesis will give a complementary perspective of one of the most extraordinary complex systems: The human brain.