Automatic internal calibration in liquid chromatography/Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry of protein digests

Accurately measured peptide masses can be used for large-scale protein identification from bacterial whole-cell digests as an alternative to tandem mass spectrometry (MS/MS) provided mass measurement errors of a few parts-per-million (ppm) are obtained. Fourier transform ion cyclotron resonance (FTICR) mass spectrometry (MS) routinely achieves such mass accuracy either with internal calibration or by regulating the charge in the analyzer cell. We have developed a novel and automated method for internal calibration of liquid chromatography (LC)/FTICR data from whole-cell digests using peptides in the sample identified by concurrent MS/MS together with ambient polydimethyl-cyclosiloxanes as internal calibrants in the mass spectra. The method reduced mass measurement error from 4.3 +/- 3.7 ppm to 0.3 +/- 2.3 ppm in an E. coli LC/FTICR dataset of 1000 MS and MS/MS spectra and is applicable to all analyses of complex protein digests by FTICRMS. Copyright (c) 2006 John Wiley & Sons, Ltd.

A comparison of two time-domain analysis procedures in the determination of VO2 kinetics by pseudorandom binary sequence exercise testing

The purpose of this study was to apply and compare two time-domain analysis procedures in the determination of oxygen uptake (VO2) kinetics in response to a pseudorandom binary sequence (PRBS) exercise test. PRBS exercise tests have typically been analysed in the frequency domain. However, the complex interpretation of frequency responses may have limited the application of this procedure in both sporting and clinical contexts, where a single time measurement would facilitate subject comparison. The relative potential of both a mean response time (MRT) and a peak cross-correlation time (PCCT) was investigated. This study was divided into two parts: a test-retest reliability study (part A), in which 10 healthy male subjects completed two identical PRBS exercise tests, and a comparison of the VO2 kinetics of 12 elite endurance runners (ER) and 12 elite sprinters (SR; part B). In part A, 95% limits of agreement were calculated for comparison between MRT and PCCT. The results of part A showed no significant difference between test and retest as assessed by MRT [mean (SD) 42.2 (4.2) s and 43.8 (6.9) s] or by PCCT [21.8 (3.7) s and 22.7 (4.5) s]. Measurement error (%) was lower for MRT in comparison with PCCT (16% and 25%, respectively). In part B of the study, the VO2 kinetics of ER were significantly faster than those of SR, as assessed by MRT [33.4 (3.4) s and 39.9 (7.1) s, respectively; P<0.01] and PCCT [20.9 (3.8) s and 24.8 (4.5) s; P < 0.05]. It is possible that either analysis procedure could provide a single test measurement Of VO2 kinetics; however, the greater reliability of the MRT data suggests that this method has more potential for development in the assessment Of VO2 kinetics by PRBS exercise testing.

Testing for spatial autocorrelation: the regressors that make the power disappear

We show that for any sample size, any size of the test, and any weights matrix outside a small class of exceptions, there exists a positive measure set of regression spaces such that the power of the Cli-Ord test vanishes as the autocorrelation increases in a spatial error model. This result extends to the tests that dene the Gaussian power envelope of all invariant tests for residual spatial autocorrelation. In most cases, the regression spaces such that the problem occurs depend on the size of the test, but there also exist regression spaces such that the power vanishes regardless of the size. A characterization of such particularly hostile regression spaces is provided.

Real estate portfolio construction and estimation risk

The use of MPT in the construction real estate portfolios has two serious limitations when used in an ex-ante framework: (1) the intertemporal instability of the portfolio weights and (2) the sharp deterioration in performance of the optimal portfolios outside the sample period used to estimate asset mean returns. Both problems can be traced to wide fluctuations in sample means Jorion (1985). Thus the use of a procedure that ignores the estimation risk due to the uncertain in mean returns is likely to produce sub-optimal results in subsequent periods. This suggests that the consideration of the issue of estimation risk is crucial in the use of MPT in developing a successful real estate portfolio strategy. Therefore, following Eun & Resnick (1988), this study extends previous ex-ante based studies by evaluating optimal portfolio allocations in subsequent test periods by using methods that have been proposed to reduce the effect of measurement error on optimal portfolio allocations.

Performance of the Quantitative Food Frequency Questionnaire Used in the Brazilian Center of the Prospective Study Natural History of Human Papillomavirus Infection in Men: The HIM Study

The Natural History of Human Papillomavirus (HPV) Infection in Men: The HIM Study is a prospective multi-center cohort study that, among other factors, analyzes participants` diet. A parallel cross-sectional study was designed to evaluate the validity and reproducibility of the quantitative food frequency questionnaire (QFFQ) used in the Brazilian center from the HIM Study. For this, a convenience subsample of 98 men aged 18 to 70 years from the HIM Study in Brazil answered three 54-item QFFQ and three 24-hour recall interviews, with 6-month intervals between them (data collection January to September 2007). A Bland-Altman analysis indicated that the difference between instruments was dependent on the magnitude of the intake for energy and most nutrients included in the validity analysis, with the exception of carbohydrates, fiber, polyunsaturated fat, vitamin C, and vitamin E. The correlation between the QFFQ and the 24-hour recall for the deattenuated and energy-adjusted data ranged from 0.05 (total fat) to 0.57 (calcium). For the energy and nutrients consumption included in the validity analysis, 33.5% of participants on average were correctly classified into quartiles, and the average value of 0.26 for weighted kappa shows a reasonable agreement. The intraclass correlation coefficients for all nutrients were greater than 0.40 in the reproducibility analysis. The QFFQ demonstrated good reproducibility and acceptable validity. The results support the use of this instrument in the HIM Study. J Am Diet Assoc. 2011;111:1045-1051.

Estudo das relações de paridade de juros para a economia brasileira no período recente

O objetivo deste trabalho é verificar se o ajustamento das condições de paridade de juros por expectativa do mercado (paridade descoberta) e por prêmios de risco (paridades coberta e descoberta) leva à validação da relação de não-arbitragem subjacente, ou pelo menos a resultados econométricos mais próximos de sua validação. Para isso, combinamos taxas de retornos de instrumentos de renda fixa domésticos e norte-americanos e aplicamos o arcabouço econométrico de séries de tempo. Como primeiro passo de investigação, aplicamos a paridade de juros (descoberta e coberta) na sua forma tradicional. No passo seguinte aplicamos os testes econométricos às condições de paridade ajustadas por um prêmio de risco. No caso da PDJ, não obtivemos resultados satisfatórios, mesmo ajustando pelos prêmios de risco. Esse ajuste propiciou uma mudança nos sinais dos coeficientes na direção correta, mas a magnitude do coeficiente da desvalorização cambial efetiva passou a destoar bastante da magnitude das outras séries. Apesar de termos obtido a validade da PCJ na forma tradicional, não esperaríamos este resultado, pois isso implicaria que o prêmio de risco país seria nulo para este período. Ajustando a PCJ pelo prêmio de risco de não-pagamento passa-se a não obter co integração entre as séries, ou seja, o prêmio de risco de não-pagamento teria um comportamento independente do prêmio futuro e do diferencial de juros. As possíveis causas para a não obtenção dos resultados esperados são: intervalo amostraI menor que 3 anos, erro de medida dos dados de survey ou tentativa do Banco Central de controlar a taxa de câmbio nominal e as taxas de juros domésticas simultaneamente.

Vulnerabilidade situacional afetando a intenção comportamental: um estudo no setor de serviços automotivos

Considerando os avanços da pesquisa e teoria da psicologia do risco e, em particular, da perspectiva do risco como sentimentos, ressaltando a interação entre cognição e emoção na análise de ameaças, esta tese propõe e testa um modelo conceitual sobre o efeito da vulnerabilidade (risco como sentimento) em intenções comportamentais de serviços relacionados a automóveis. Este estudo teve como hipótese que a autoeficácia percebida pelo consumidor diminui ou elimina o efeito da vulnerabilidade nas intenções comportamentais de perpetuidade de relacionamento com a empresa de serviço. Estimularam o interesse de pesquisa tanto a carência de pesquisas sobre o papel da vulnerabilidade no consumo de serviços não relacionados à área da saúde ou ao corpo do consumidor, quanto a carência de pesquisas sobre a relação entre a vulnerabilidade e as intenções comportamentais. Testou-se em um único modelo, o impacto previsto pelos processos cognitivos e afetivos que envolvem a análise de ameaça (sentimentos de vulnerabilidade, risco e severidade das falhas) e de capacidade de enfrentamento (autoeficácia) na intenção comportamental, no contexto específico de consumo de serviços relativos a automóveis. O modelo de mensuração proposto foi avaliado quanto à dimensionalidade, validade e confiabilidade pelo uso de análise fatorial confirmatória; posteriormente, avaliou-se a relação causal proposta nas hipóteses pelo modelo completo de equações estruturais. O modelo de mensuração proposto foi avaliado quanto à dimensionalidade, validade e confiabilidade pelo uso de análise fatorial confirmatória; posteriormente, avaliou-se a relação proposta nas hipóteses pelo modelo completo de equações estruturais, usando-se o software Amos e a estimativa por máxima verossimilhança. O modelo foi estimado em uma amostra de 202 respondentes. Os dados foram coletados por meio de um levantamento eletrônico transversal e os achados da pesquisa apontam para a confirmação das hipóteses de que (1) o risco percebido cognitivamente, sentimentos de vulnerabilidade e a autoeficácia influenciam as intenções comportamentais. Não foi possível suportar a hipótese de que (2) a severidade das possíveis falhas de serviço tem relação com risco ou com sentimentos de vulnerabilidade. Esses achados ajudam a compreender a relação entre intenções comportamentais e sentimentos de vulnerabilidade. Implicações para o desenvolvimento teórico da pesquisa na área e implicações gerenciais são discutidas. Os resultados auxiliam a compreensão dos resultados de estudos realizados nos EUA nas últimas décadas. Os achados oferecem uma contribuição teórica ao entendimento do fenômeno da vulnerabilidade, a adaptação de uma escala de medida para o fenômeno no contexto brasileiro e aplicado a serviços que não sejam de saúde e cuidados com o corpo. Do ponto de vista gerencial, o estudo alerta para o fato de a vulnerabilidade exercer influência no desempenho comercial de empresas de serviços automotivos, visto que ela influência negativamente a recomendação positiva e a manutenção de relacionamentos de negócios. Os achados sugerem que os gestores de empresas de serviços devem empreender esforços para reduzir a vulnerabilidade do consumidor por meio de informações que o auxiliem na negociação e avaliação do serviço ao minimizar incertezas.

Uma fundamentação para sinais e sistemas intervalares

In this work we use Interval Mathematics to establish interval counterparts for the main tools used in digital signal processing. More specifically, the approach developed here is oriented to signals, systems, sampling, quantization, coding and Fourier transforms. A detailed study for some interval arithmetics which handle with complex numbers is provided; they are: complex interval arithmetic (or rectangular), circular complex arithmetic, and interval arithmetic for polar sectors. This lead us to investigate some properties that are relevant for the development of a theory of interval digital signal processing. It is shown that the sets IR and R(C) endowed with any correct arithmetic is not an algebraic field, meaning that those sets do not behave like real and complex numbers. An alternative to the notion of interval complex width is also provided and the Kulisch- Miranker order is used in order to write complex numbers in the interval form enabling operations on endpoints. The use of interval signals and systems is possible thanks to the representation of complex values into floating point systems. That is, if a number x 2 R is not representable in a floating point system F then it is mapped to an interval [x;x], such that x is the largest number in F which is smaller than x and x is the smallest one in F which is greater than x. This interval representation is the starting point for definitions like interval signals and systems which take real or complex values. It provides the extension for notions like: causality, stability, time invariance, homogeneity, additivity and linearity to interval systems. The process of quantization is extended to its interval counterpart. Thereafter the interval versions for: quantization levels, quantization error and encoded signal are provided. It is shown that the interval levels of quantization represent complex quantization levels and the classical quantization error ranges over the interval quantization error. An estimation for the interval quantization error and an interval version for Z-transform (and hence Fourier transform) is provided. Finally, the results of an Matlab implementation is given

Estruturas de acumulação de água subterrânea em rochas cristalinas: estudo geofísico e geológico de casos no Estado do Rio Grande do Norte

Geological and geophysical studies (resistivity, self potential and VLF) were undertaken in the Tararaca and Santa Rita farms, respectively close to the Santo Antônio and Santa Cruz villages, eastern Rio Grande do Norte State, NE Brazil. Their aim was to characterize water acummulation structures in crystalline rocks. Based on geological and geophysical data, two models were characterized, the fracture-stream and the eluvio-alluvial through, in part already described in the literature. In the Tararaca Farm, a water well was located in a NW-trending streamlet; surrounding outcrops display fractures with the same orientation. Apparent resistivity sections, accross the stream channel, confirm fracturing at depth. The VLF profiles systematically display an alignment of equivalent current density anomalies, coinciding with the stream. Based on such data, the classical fracture-stream model seems to be well characterized at this place. In the Santa Rita Farm, a NE-trending stream display a metric-thick eluvioregolith-alluvial cover. The outcropping bedrock do not present fractures paralell to the stream direction, although the latter coincides with the trend of the gneiss foliation, which dips to the south. Geophysical data confirm the absence of a fracture zone at this place, but delineate the borders of a through-shaped structure filled with sediments (alluvium and regolith). The southern border of this structure dips steeper compared to the northern one. This water acummulation structure corresponds to an alternative model as regards to the classical fracture-stream, being named as the eluvio-alluvial trough. Its local controls are the drainage and relief, coupled with the bedrock weathering preferentially following foliation planes, generating the asymmetry of the through

Agreement between direct, oscillometric and Doppler ultrasound blood pressures using three different cuff positions in anesthetized dogs

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Propriedades magnéticas do modelo de Ising bidimensional em uma rede bipartida de spins 1/2 e 1: um estudo de ferrimagnetismo com vacâncias

Pós-graduação em Ciência e Tecnologia de Materiais - FC

Análise de perdas na rede de distribuição de água em um subsetor da cidade de Presidente Prudente - SP

Pós-graduação em Engenharia Civil - FEIS

Resposta fenotípica integrada do morcego frugívoro Artibeus lituratus (Chiroptera, phyllostomidae) frente à redução da qualidade da dieta

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Equipamento eletromagnético para prospecção geofísica e modelamento reduzido

Nas últimas décadas, a prospecção por métodos eletromagnéticos vem-se constituindo numa técnica eficiente para prospecção mineral. O objetivo deste trabalho foi desenvolver um equipamento para prospecção eletromagnética quantitativa de corpos condutores, através do método dipolo-dipolo, podendo ainda ser usado em modelos reduzidos. Eletricamente, o sistema mede grandezas relacionadas ao acoplamento indutivo entre duas bobinas: transmissora e receptora. Elas são dispostas na superfície da terra, afastadas entre si, e a terra, desse modo, constitui o núcleo acoplador. Quando existem corpos condutores nas proximidades, estes são denunciados por alterações no comportamento do sinal induzido na bobina receptora. O equipamento compreende dois conjuntos: o transmissor e o receptor, além de acessórios. O transmissor gera um campo eletromagnético nas freqüências de 520 e 3.090 Hz, e um sinal de referência para o receptor, o qual é enviado através de um cabo. O receptor, inicialmente, separa o sinal induzido pelos campos secundários gerados por condutores, do campo normalmente recebido, quando a condutividade da subsuperfície é relativamente uniforme (campo primário). Em seguida, decompõe esse sinal em duas componentes ortogonais, uma em fase, e outra em quadratura com o campo primário. Através de duas escalas de precisão, as amplitudes dessas componentes são mostradas como percentagens do campo primário, com precisão de 1%. A sensibilidade do receptor é de 0,5 μV. O circuito eletrônico foi rigorosamente testado com preciso instrumental de laboratório. Em seguida, testou-se sua aplicação no Laboratório de Modelo Reduzido Eletromagnético do NCGG, refazendo-se experiências clássicas, encontradas na literatura especializada. No campo, foi experimentado próximo da cidade de Araci no Estado da Bahia, em áreas prospectadas pela "Rio Doce Geologia e Mineração S/A-DOCEGEO". Em ambos os casos, verificaram-se bons resultados.

Elucidating Redox-Level Dispersion and Local Dielectric Effects within Electroactive Molecular Films

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)