513 resultados para Chromosomic aberrations


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DNA double-strand breaks (DSBs) represent a major threat to the genomic stability of eukaryotic cells. DNA repair mechanisms such as non-homologous end joining (NHEJ) are responsible for the maintenance of eukaryotic genomes. Dysfunction of one or more of the many protein complexes that function in NHEJ can lead to sensitivity to DNA damaging agents, apoptosis, genomic instability, and severe combined immunodeficiency. One protein, Pso2p, was shown to participate in the repair of DSBs induced by DNA inter-strand cross-linking (ICL) agents such as cisplatin, nitrogen mustard or photo-activated bi-functional psoralens. The molecular function of Pso2p in DNA repair is unknown, but yeast and mammalian cell line mutants for PSO2 show the same cellular responses as strains with defects in NHEJ, e.g., sensitivity to ICLs and apoptosis. The Pso2p human homologue Artemis participates in V(D)J recombination. Mutations in Artemis induce a variety of immunological deficiencies, a predisposition to lymphomas, and an increase in chromosomal aberrations. In order to better understand the role of Pso2p in the repair of DSBs generated as repair intermediates of ICLs, an in silico approach was used to characterize the catalytic domain of Pso2p, which led to identification of novel Pso2p homologues in other organisms. Moreover, we found the catalytic core of Pso2p fused to different domains. In plants, a specific ATP-dependent DNA ligase I contains the catalytic core of Pso2p, constituting a new DNA ligase family, which was named LIG6. The possible functions of Pso2p/Artemis/Lig6p in NHEJ and V(D)J recombination and in other cellular metabolic reactions are discussed.

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Mercury is a xenobiotic metal that is a highly deleterious environmental pollutant. The biotransformation of mercury chloride (HgCl2) into methylmercury chloride (CH3HgCl) in aquatic environments is well-known and humans are exposed by consumption of contaminated fish, shellfish and algae. The objective of the present study was to determine the changes induced in vitro by two mercury compounds (HgCl2 and CH3HgCl) in cultured human lymphocytes. Short-term human leukocyte cultures from 10 healthy donors (5 females and 5 males) were set-up by adding drops of whole blood in complete medium. Cultures were separately and simultaneously treated with low doses (0.1 to 1000 µg/l) of HgCl2 and CH3HgCl and incubated at 37ºC for 48 h. Genotoxicity was assessed by chromosome aberrations and polyploid cells. Mitotic index was used as a measure of cytotoxicity. A significant increase (P < 0.05) in the relative frequency of chromosome aberrations was observed for all concentrations of CH3HgCl when compared to control, whether alone or in an evident sinergistic combination with HgCl2. The frequency of polyploid cells was also significantly increased (P < 0.05) when compared to control after exposure to all concentrations of CH3HgCl alone or in combination with HgCl2. CH3HgCl significantly decreased (P < 0.05) the mitotic index at 100 and 1000 µg/l alone, and at 1, 10, 100, and 1000 µg/l when combined with HgCl2, showing a synergistic cytotoxic effect. Our data showed that low concentrations of CH3HgCl might be cytotoxic/genotoxic. Such effects may indicate early cellular changes with possible biological consequences and should be considered in the preliminary evaluation of the risks of populations exposed in vivo to low doses of mercury.

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The objective of the present study was to determine the frequency of somatic chromosomal anomalies and Y chromosomal microdeletions (azoospermia factor genes, AZF) in infertile males who seek assisted reproduction. These studies are very important because the assisted reproduction techniques (mainly intracytoplasmic sperm injection) bypass the natural selection process and some classical chromosomal abnormalities, microdeletions of AZF genes or some deleterious genic mutations could pass through generations. These genetic abnormalities can cause in the offspring of these patients male infertility, ambiguous external genitalia, mental retardation, and other birth defects. We studied 165 infertile men whose infertility was attributable to testicular problems (60 were azoospermic, 100 were oligospermic and 5 were asthenospermic). We studied 100 metaphases per patient with GTG banding obtained from temporary lymphocyte culture for chromosomal abnormality detection and performed a genomic DNA analysis using 28 Y chromosome-specific sequence-tagged sites for Y AZF microdeletion detection. Karyotyping revealed somatic anomalies in 16 subjects (16/165 = 9.6%). Of these 16, 12 were in the azoospermic group (12/60 = 20%) and 4 were in the oligospermic group (4/100 = 4%). The most common chromosomal anomaly was Klinefelter syndrome (10/165 = 6%). Microdeletions of AZF genes were detected in 12 subjects (12/160 = 7.5%). The frequencies detected are similar to those described previously. These results show the importance of genetic evaluation of infertile males prior to assisted reproduction. Such evaluation can lead to genetic counseling and, consequently, to primary and secondary prevention of mental retardation and birth defects.

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This thesis studies metamaterial-inspired mirrors which provide the most general control over the amplitude and phase of the reflected wavefront. The goal is to explore practical possibilities in designing fully reflective electromagnetic structures with full control over reflection phase. The first part of the thesis describes a planar focusing metamirror with the focal distance less than the operating wavelength. Its practical applicability from the viewpoint of aberrations when the incident angle deviates from the normal one is verified numerically and experimentally. The results indicate that the proposed focusing metamirror can be efficiently employed in many different applications due to its advantages over other conventional mirrors. In the second part of the thesis a new theoretical concept of reflecting metasurface operation is introduced based on Huygens’ principle. This concept in contrast to known approaches takes into account all the requirements of perfect metamirror operation. The theory shows a route to improve the previously proposed metamirrors through tilting the individual inclusions of the structure at a chosen angle from normal. It is numerically tested and the results demonstrate improvements over the previous design.

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The high abortion rate of 45,X embryos indicates that patients with Turner syndrome and 45,X karyotype could be mosaics, in at least one phase of embryo development or cellular lineage, due to the need for the other sex chromosome presence for conceptus to be compatible with life. In cases of structural chromosomal aberrations or hidden mosaicism, conventional cytogenetic techniques can be ineffective and molecular investigation is indicated. Two hundred and fifty patients with Turner syndrome stigmata were studied and 36 who had female genitalia and had been cytogenetically diagnosed as having "pure" 45,X karyotype were selected after 100 metaphases were analyzed in order to exclude mosaicism and the presence of genomic Y-specific sequences (SRY, TSPY, and DAZ) was excluded by PCR. Genomic DNA was extracted from peripheral blood and screened by the human androgen receptor (HUMARA) assay. The HUMARA gene has a polymorphic CAG repeat and, in the presence of a second chromosome with a different HUMARA allele, a second band will be amplified by PCR. Additionally, the CAG repeats contain two methylation-sensitive HpaII enzyme restriction sites, which can be used to verify skewed inactivation. Twenty-five percent (9/36) of the cases showed a cryptic mosaicism involving a second X and approximately 14% (5/36), or 55% (5/9) of the patients with cryptic mosaicism, also presented skewed inactivation. The laboratory identification of the second X chromosome and its inactivation pattern are important for the clinical management (hormone replacement therapy, and inclusion in an oocyte donation program) and prognostic counseling of patients with Turner syndrome.

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The antioxidant and free radical scavenger properties of melatonin have been well described in the literature. In this study, our objective was to determine the protective effect of the pineal gland hormone against the DNA damage induced by cyclophosphamide (CP), an anti-tumor agent that is widely applied in clinical practice. DNA damage was induced in rats by a single intraperitoneal injection of CP (20 or 50 mg/kg). Animals received melatonin during the dark period for 15 days (1 mg/kg in the drinking water). Rat bone marrow cells were used for the determination of chromosomal aberrations and of formamidopyrimidine DNA glycosylase enzyme (Fpg)-sensitive sites by the comet technique and ofXpf mRNA expression by qRT-PCR. The number (mean ± SE) of chromosomal aberrations in pinealectomized (PINX) animals treated with melatonin and CP (2.50 ± 0.50/100 cells) was lower than that obtained for PINX animals injected with CP (12 ± 1.8/100 cells), thus showing a reduction of 85.8% in the number of chromosomal aberrations. This melatonin-mediated protection was also observed when oxidative lesions were analyzed by the Fpg-sensitive assay, both 24 and 48 h after CP administration. The expression of Xpf mRNA, which is involved in the DNA nucleotide excision repair machinery, was up-regulated by melatonin. The results indicate that melatonin is able to protect bone marrow cells by completely blocking CP-induced chromosome aberrations. Therefore, melatonin administration could be an alternative and effective treatment during chemotherapy.

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The objective of this study was to evaluate the cytotoxic effect of the food dyes sunset yellow, bordeaux red, and tartrazine yellow on the cellular cycle of Allium cepa L. Each dye was evaluated at the doses of 0.4 and 4.0 mL, at the exposure times of 24 and 48 hours in root tip cells of Allium cepa L. Slides were prepared and cells were analyzed during the whole cell cycle for cellular aberrations totaling 5,000 total cells for each dose evaluated. The mitotic index was calculated, and statistical analysis was performed using the Chi-squared test (p < 0.05). The results showed that the three dyes used under the evaluated doses and exposure times were cytotoxic to the cells of the system-test used. Further cytotoxicity studies should be conducted for additional results and a proper evaluation of the effect of these three dyes on a cellular level.

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This study aimed to evaluate the cytotoxic and genotoxic potential of food flavorings (Strawberry, Condensed Milk and Chocolate) on Allium cepa meristematic root cells, with exposure times of 24 and 48 hours. Cytotoxic and mutagenic potential were evaluated separately at doses of 0.2, 0.4 and 0.6 ml and in combination, in which for each dose, the same dose of one other flavoring was combined. The results were analyzed by the Chi-square test (p <0.05). The Strawberry flavor in both exposure times and the three studied doses, the Condensed Milk at 0.6 ml in the 48 hour exposure time, the Chocolate flavor at 0.4 ml, exposure time of 48 hours, and at 0.6 ml, in both exposure times and all treatments with combined doses, significantly reduced the cell division rate, proving to be cytotoxic. No treatment resulted in a significant number of cellular aberrations in A. cepa cells, therefore, the flavorings, under the conditions studied, were non- mutagenic.

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Abstract Powdered juices are widely consumed by the population especially because of their convenient preparation, availability in various fruit flavors and low cost when compared to other industrialized beverages. They have complex formulation, consisting of several classes of food additives. However, there are no scientific studies on the toxicity of these foods. Thus, this study evaluated the toxicity at the cellular level of industrialized powdered juices of orange and guava flavors of three different food companies. This analysis was made using root meristem cells of Allium cepa L., at the exposure times of 24 and 48 hours, and two concentrations, 30 g/1000 mL, considered ideal for consumption according to the label of the products, and 30 g/500 mL. Both flavors of juices, of the three companies, in both concentrations and the two exposure times promoted significant antiproliferative effect to root meristem cells and caused a statistically significant number of mitotic spindle changes and micronuclei in cells of the test system used. Therefore, under the studied conditions, all the samples of juice powder exhibited cytotoxic and genotoxic potential.

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Confocal and two-photon microcopy have become essential tools in biological research and today many investigations are not possible without their help. The valuable advantage that these two techniques offer is the ability of optical sectioning. Optical sectioning makes it possible to obtain 3D visuahzation of the structiu-es, and hence, valuable information of the structural relationships, the geometrical, and the morphological aspects of the specimen. The achievable lateral and axial resolutions by confocal and two-photon microscopy, similar to other optical imaging systems, are both defined by the diffraction theorem. Any aberration and imperfection present during the imaging results in broadening of the calculated theoretical resolution, blurring, geometrical distortions in the acquired images that interfere with the analysis of the structures, and lower the collected fluorescence from the specimen. The aberrations may have different causes and they can be classified by their sources such as specimen-induced aberrations, optics-induced aberrations, illumination aberrations, and misalignment aberrations. This thesis presents an investigation and study of image enhancement. The goal of this thesis was approached in two different directions. Initially, we investigated the sources of the imperfections. We propose methods to eliminate or minimize aberrations introduced during the image acquisition by optimizing the acquisition conditions. The impact on the resolution as a result of using a coverslip the thickness of which is mismatched with the one that the objective lens is designed for was shown and a novel technique was introduced in order to define the proper value on the correction collar of the lens. The amoimt of spherical aberration with regard to t he numerical aperture of the objective lens was investigated and it was shown that, based on the purpose of our imaging tasks, different numerical apertures must be used. The deformed beam cross section of the single-photon excitation source was corrected and the enhancement of the resolution and image quaUty was shown. Furthermore, the dependency of the scattered light on the excitation wavelength was shown empirically. In the second part, we continued the study of the image enhancement process by deconvolution techniques. Although deconvolution algorithms are used widely to improve the quality of the images, how well a deconvolution algorithm responds highly depends on the point spread function (PSF) of the imaging system applied to the algorithm and the level of its accuracy. We investigated approaches that can be done in order to obtain more precise PSF. Novel methods to improve the pattern of the PSF and reduce the noise are proposed. Furthermore, multiple soiu'ces to extract the PSFs of the imaging system are introduced and the empirical deconvolution results by using each of these PSFs are compared together. The results confirm that a greater improvement attained by applying the in situ PSF during the deconvolution process.

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Nous montrons l’utilisation de la puce exon d’Affymetrix pour l’analyse simultanée de l’expression des gènes et de la variation d’isoformes. Nous avons utilisé les échantillons d’ARN du cerveau et des tissus de référence qui ont été antérieurement utilisés dans l’étude du consortium MicroArray Quality Control (MAQC). Nous démontrons une forte concordance de la quantification de l’expression des gènes entre trois plateformes d’expression populaires à savoir la puce exon d’Affymetrix, la puce Illumina et la puce U133A d’Affymetrix. Plus intéressant nous montrons que la majorité des discordances entre les trois plateformes résulterait des positions différentes des sondes à travers les plateformes et que les variations d’isoforme exactes ne peuvent être identifiées que par la puce exon. Nous avons détecté avec succès, entre les tissus de référence et ceux du cerveau, une centaine de cas d’évènements d’épissage alternatif. La puce exon est requise dans l’analyse de l’épissage alternatif associé aux pathologies telles que les cancers et les troubles neurologiques. Comme application de cette technologie, nous avons analysé les variations d’épissage dans la métastase du cancer de sein développé dans le model de la souris. Nous avons utilisé une gamme bien définie de trois lignées de tumeur mammaire ayant différents potentiels métastatiques. Par des analyses statistiques, nous avons répertorié 2623 transcripts présentant des variations d’expression et d’isoformes entre les types de tumeur. Une analyse du réseau de gènes montre qu’environ la moitié d’entre eux est impliquée dans plusieurs activités cellulaires, ainsi que dans nombreux cancers et désordres génétiques.

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Cette thèse porte sur l’amélioration des techniques d’imagerie à haut-contraste permettant la détection directe de compagnons à de faibles séparations de leur étoile hôte. Plus précisément, elle s’inscrit dans le développement du Gemini Planet Imager (GPI) qui est un instrument de deuxième génération pour les télescopes Gemini. Cette caméra utilisera un spectromètre à champ intégral (SCI) pour caractériser les compagnons détectés et pour réduire le bruit de tavelure limitant leur détection et corrigera la turbulence atmosphérique à un niveau encore jamais atteint en utilisant deux miroirs déformables dans son système d’optique adaptative (OA) : le woofer et le tweeter. Le woofer corrigera les aberrations de basses fréquences spatiales et de grandes amplitudes alors que le tweeter compensera les aberrations de plus hautes fréquences ayant une plus faible amplitude. Dans un premier temps, les performances pouvant être atteintes à l’aide des SCIs présentement en fonction sur les télescopes de 8-10 m sont investiguées en observant le compagnon de l’étoile GQ Lup à l’aide du SCI NIFS et du système OA ALTAIR installés sur le télescope Gemini Nord. La technique de l’imagerie différentielle angulaire (IDA) est utilisée pour atténuer le bruit de tavelure d’un facteur 2 à 6. Les spectres obtenus en bandes JHK ont été utilisés pour contraindre la masse du compagnon par comparaison avec les prédictions des modèles atmosphériques et évolutifs à 8−60 MJup, où MJup représente la masse de Jupiter. Ainsi, il est déterminé qu’il s’agit plus probablement d’une naine brune que d’une planète. Comme les SCIs présentement en fonction sont des caméras polyvalentes pouvant être utilisées pour plusieurs domaines de l’astrophysique, leur conception n’a pas été optimisée pour l’imagerie à haut-contraste. Ainsi, la deuxième étape de cette thèse a consisté à concevoir et tester en laboratoire un prototype de SCI optimisé pour cette tâche. Quatre algorithmes de suppression du bruit de tavelure ont été testés sur les données obtenues : la simple différence, la double différence, la déconvolution spectrale ainsi qu’un nouvel algorithme développé au sein de cette thèse baptisé l’algorithme des spectres jumeaux. Nous trouvons que l’algorithme des spectres jumeaux est le plus performant pour les deux types de compagnons testés : les compagnons méthaniques et non-méthaniques. Le rapport signal-sur-bruit de la détection a été amélioré d’un facteur allant jusqu’à 14 pour un compagnon méthanique et d’un facteur 2 pour un compagnon non-méthanique. Dernièrement, nous nous intéressons à certains problèmes liés à la séparation de la commande entre deux miroirs déformables dans le système OA de GPI. Nous présentons tout d’abord une méthode utilisant des calculs analytiques et des simulations Monte Carlo pour déterminer les paramètres clés du woofer tels que son diamètre, son nombre d’éléments actifs et leur course qui ont ensuite eu des répercussions sur le design général de l’instrument. Ensuite, le système étudié utilisant un reconstructeur de Fourier, nous proposons de séparer la commande entre les deux miroirs dans l’espace de Fourier et de limiter les modes transférés au woofer à ceux qu’il peut précisément reproduire. Dans le contexte de GPI, ceci permet de remplacer deux matrices de 1600×69 éléments nécessaires pour une séparation “classique” de la commande par une seule de 45×69 composantes et ainsi d’utiliser un processeur prêt à être utilisé plutôt qu’une architecture informatique plus complexe.

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Le Syndrome d’Impatiences Musculaires de l’Éveil (SIME) est une maladie neurologique caractérisée par un besoin urgent de bouger les jambes. C’est également l’une des causes les plus fréquentes d’insomnie. C’est une maladie très répandue, avec une prévalence de presque 15 % dans la population générale. Les maladies multifactorielles comme le SIME sont souvent le résultat de l’évolution d’une composante génétique et d’une composante environnementale. Dans le cadre du SIME, les études d’association génomique ont permis l’identification de 4 variants à effet modéré ou faible. Cependant, ces quatre variants n’expliquent qu’une faible partie de la composante génétique de la maladie, ce qui confirme que plusieurs nouveaux variants sont encore à identifier. Le rôle des déséquilibres génomiques (Copy Number Variations ou CNVs) dans le mécanisme génétique du SIME est à ce jour inconnu. Cependant, les CNVs se sont récemment positionnés comme une source d’intérêt majeur de variation génétique potentiellement responsable des phénotypes. En collaboration avec une équipe de Munich, nous avons réalisé deux études CNVs à échelle génomique (biopuces à SNP et hybridation génomique comparée (CGH)) sur des patients SIME d’ascendance germanique. À l’aide d’une étude cas-contrôle, nous avons pu identifier des régions avec une occurrence de CNVs différentes pour les patients SIME, comparés à différents groupes contrôles. L’une de ces régions est particulièrement intéressante, car elle est concordante à la fois avec des précédentes études familiales ainsi qu’avec les récentes études d’associations génomiques.

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La neurogenèse persiste à l’âge adulte dans deux régions du système nerveux central (SNC) des mammifères : la zone sous-ventriculaire (SVZ) du cerveau antérieur et la zone sous-granulaire (SGZ) de l’hippocampe. Cette neurogenèse est possible grâce à la capacité de prolifération des cellules souches présentes dans les niches de la SVZ et la SGZ, mais en vieillissant, le cerveau subit une diminution dramatique du nombre de cellules souches neurales adultes (CSNa), une diminution de la prolifération cellulaire et une altération des niches de neurogenèse. Cependant, une importante question reste sans réponse : comment la perte tardive des CSNa est temporellement reliée aux changements de l’activité de prolifération et de la structure de la principale niche de neurogenèse (la SVZ)? Afin d’avoir un aperçu sur les événements initiaux, nous avons examiné les changements des CSNa et de leur niche dans la SVZ entre le jeune âge et l’âge moyen. La niche de la SVZ des souris d’âge moyen (12 mois) subit une réduction de l’expression des marqueurs de plusieurs sous-populations de précurseurs neuraux en comparaison avec les souris jeunes adultes (2 mois). Anatomiquement, cela est associé avec des anomalies cytologiques, incluant une atrophie générale de la SVZ, une perte de la couche de cellules sousépendymaires par endroit et l’accumulation de gouttelettes lipidiques de grande taille dans l’épendyme. Fonctionnellement, ces changements sont corrélés avec une diminution de l’activité de la SVZ et une réduction du nombre de nouveaux neurones arrivant aux bulbes olfactifs. Pour déterminer si les CSNa de la SVZ ont subi des changements visibles, nous avons évalué les paramètres clés des CSNa in vivo et in vitro. La culture cellulaire montre qu’un nombre équivalent de CSNa ayant la capacité de former des neurosphères peut être isolé du cerveau du jeune adulte et d’âge moyen. Cependant, à l’âge moyen, les précurseurs neuraux semblent moins sensibles aux facteurs de croissance durant leur différenciation in vitro. Les CSNa donnent des signes de latence in vivo puisque leur capacité d’incorporation et de rétention du BrdU diminue. Ensemble, ces données démontrent que, tôt dans le processus du vieillissement, les CSNa et leur niche dans la SVZ subissent des changements significatifs, et suggèrent que la perte de CSNa liée au vieillissement est secondaire à ces événements.

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Les lésions tumorales cortico-surrénaliennes sont majoritairement des adénomes bénins et très rarement des carcinomes. Les altérations génétiques impliquées dans le développement des tumeurs cortico-surrénaliennes sporadiques, plus particulièrement au stade malin, demeurent à ce jour très peu connues. Lors de travaux récents menant à l’identification d’altérations génétiques de β-CATÉNINE nous avons constaté que plusieurs tumeurs présentaient une accumulation nucléo/cytoplasmique de la protéine β-CATÉNINE sans toutefois contenir de mutations pour ce gène. Nous avons donc émis l’hypothèse que, comme pour d’autres types de cancers, d’autres composants de la voie de signalisation Wnt/β-CATÉNINE, tel qu’AXIN2, pourrait être impliqués dans le développement des tumeurs du cortex surrénalien. De plus, plusieurs aberrations dans l’expression d’AXIN2 et de β-CATÉNINE sont associées à des tumeurs présentant de l’instabilité microsatellite dans d’autres types de cancer, notamment le cancer gastrique et colorectal. Nous avons donc étudié une cohorte de 30 adénomes, 6 carcinomes, 5 AIMAH, 3 hyperplasies ACTH-dépendante et 5 PPNAD ainsi que les lignées cellulaires de carcinomes cortico-surrénaliens humains H295R et SW13. Une étude préliminaire du statut MSI a également été réalisée sur 10 tumeurs contenant une mutation pour AXIN2 et/ou β-CATÉNINE. Nous avons trouvé des mutations d’AXIN2 dans 7% des adénomes (2/30) et 17% des carcinomes (1/6) cortico-surrénaliens. L’analyse fonctionnelle des mutations par immunohistochimie, analyse western blot et analyse de RT-PCR en temps réel a révélé une diminution de l’expression d’AXIN2 associée à cette mutation. L’analyse préliminaire MSI a démontré 1 échantillon AIMAH MSI-H, c’est-à-dire instable pour le locus BAT-25 et BAT-26 et 3 autres adénomes sécrétant de l’aldostérone instables seulement pour le locus BAT-26. Ainsi, ces travaux permirent d’identifier une nouvelle altération génétique associée au développement des tumeurs du cortex surrénalien en plus de rapporter pour la première fois la présence de MSI-H dans ce type de tumeurs.