ASTRAL-R score predicts non-recanalisation after intravenous thrombolysis in acute ischaemic stroke.

Intravenous thrombolysis (IVT) as treatment in acute ischaemic strokes may be insufficient to achieve recanalisation in certain patients. Predicting probability of non-recanalisation after IVT may have the potential to influence patient selection to more aggressive management strategies. We aimed at deriving and internally validating a predictive score for post-thrombolytic non-recanalisation, using clinical and radiological variables. In thrombolysis registries from four Swiss academic stroke centres (Lausanne, Bern, Basel and Geneva), patients were selected with large arterial occlusion on acute imaging and with repeated arterial assessment at 24 hours. Based on a logistic regression analysis, an integer-based score for each covariate of the fitted multivariate model was generated. Performance of integer-based predictive model was assessed by bootstrapping available data and cross validation (delete-d method). In 599 thrombolysed strokes, five variables were identified as independent predictors of absence of recanalisation: Acute glucose > 7 mmol/l (A), significant extracranial vessel STenosis (ST), decreased Range of visual fields (R), large Arterial occlusion (A) and decreased Level of consciousness (L). All variables were weighted 1, except for (L) which obtained 2 points based on β-coefficients on the logistic scale. ASTRAL-R scores 0, 3 and 6 corresponded to non-recanalisation probabilities of 18, 44 and 74 % respectively. Predictive ability showed AUC of 0.66 (95 %CI, 0.61-0.70) when using bootstrap and 0.66 (0.63-0.68) when using delete-d cross validation. In conclusion, the 5-item ASTRAL-R score moderately predicts non-recanalisation at 24 hours in thrombolysed ischaemic strokes. If its performance can be confirmed by external validation and its clinical usefulness can be proven, the score may influence patient selection for more aggressive revascularisation strategies in routine clinical practice.

Cost-benefit analysis of an enhanced recovery protocol for pancreaticoduodenectomy.

BACKGROUND: Enhanced recovery after surgery (ERAS) programmes have been shown to decrease complications and hospital stay. The cost-effectiveness of such programmes has been demonstrated for colorectal surgery. This study aimed to assess the economic outcomes of a standard ERAS programme for pancreaticoduodenectomy. METHODS: ERAS for pancreaticoduodenectomy was implemented in October 2012. All consecutive patients who underwent pancreaticoduodenectomy until October 2014 were recorded. This group was compared in terms of costs with a cohort of consecutive patients who underwent pancreaticoduodenectomy between January 2010 and October 2012, before ERAS implementation. Preoperative, intraoperative and postoperative real costs were collected for each patient via the hospital administration. A bootstrap independent t test was used for comparison. ERAS-specific costs were integrated into the model. RESULTS: The groups were well matched in terms of demographic and surgical details. The overall complication rate was 68 per cent (50 of 74 patients) and 82 per cent (71 of 87 patients) in the ERAS and pre-ERAS groups respectively (P = 0·046). Median hospital stay was lower in the ERAS group (15 versus 19 days; P = 0·029). ERAS-specific costs were euro922 per patient. Mean total costs were euro56 083 per patient in the ERAS group and euro63 821 per patient in the pre-ERAS group (P = 0·273). The mean intensive care unit (ICU) and intermediate care costs were euro9139 and euro13 793 per patient for the ERAS and pre-ERAS groups respectively (P = 0·151). CONCLUSION: ERAS implementation for pancreaticoduodenectomy did not increase the costs in this cohort. Savings were noted in anaesthesia/operating room, medication and laboratory costs. Fewer patients in the ERAS group required an ICU stay.

Una aplicación de RExcel para el cálculo de provisiones técnicas con modelo lineal generalizado

Aplicativo de RExcel que realiza cálculo de provisiones técnicas de prestaciones pendientes para el caso en que el modelo lineal generalizado tiene distribución de Poisson (sobredispersa) junto con función de enlace logarítmica y por lo tanto tiene como caso particular el método Chain-Ladder. Contempla el cálculo de reservas por años de origen, por años de calendario y total. Y permite aplicar fórmulas analíticas o distribuciones estimadas mediante bootstrap.

HIV-1 Transmission During Recent Infection and During Treatment Interruptions as Major Drivers of New Infections in the Swiss HIV Cohort Study.

BACKGROUND: Reducing the fraction of transmissions during recent human immunodeficiency virus (HIV) infection is essential for the population-level success of "treatment as prevention". METHODS: A phylogenetic tree was constructed with 19 604 Swiss sequences and 90 994 non-Swiss background sequences. Swiss transmission pairs were identified using 104 combinations of genetic distance (1%-2.5%) and bootstrap (50%-100%) thresholds, to examine the effect of those criteria. Monophyletic pairs were classified as recent or chronic transmission based on the time interval between estimated seroconversion dates. Logistic regression with adjustment for clinical and demographic characteristics was used to identify risk factors associated with transmission during recent or chronic infection. FINDINGS: Seroconversion dates were estimated for 4079 patients on the phylogeny, and comprised between 71 (distance, 1%; bootstrap, 100%) to 378 transmission pairs (distance, 2.5%; bootstrap, 50%). We found that 43.7% (range, 41%-56%) of the transmissions occurred during the first year of infection. Stricter phylogenetic definition of transmission pairs was associated with higher recent-phase transmission fraction. Chronic-phase viral load area under the curve (adjusted odds ratio, 3; 95% confidence interval, 1.64-5.48) and time to antiretroviral therapy (ART) start (adjusted odds ratio 1.4/y; 1.11-1.77) were associated with chronic-phase transmission as opposed to recent transmission. Importantly, at least 14% of the chronic-phase transmission events occurred after the transmitter had interrupted ART. CONCLUSIONS: We demonstrate a high fraction of transmission during recent HIV infection but also chronic transmissions after interruption of ART in Switzerland. Both represent key issues for treatment as prevention and underline the importance of early diagnosis and of early and continuous treatment.

Programa MicroEconometria. Paquet estadístic i economètric

MicroEconometria és un paquet estadístic i economètric que contempla l’estimació de models uniequacionals: 1- Regressió simple i múltiple: anàlisi de residus, influència i atipicitat, diagnòstics de multicol·linealitat, estimació robusta, predicció, diagnòstics d’estabilitat, bootstrap. 2- Regressió en panell: efectes fixes, efectes aleatoris i efectes combinats. 3- Regressió lògit i probit. 4- Regressió censurada: tobit i model de selecció de Heckman. 5- Regressió multinomial. 6- Regressió poisson: model ‘count data’. 7- Índexs amb variables renda i riquesa i impostos transferències. Genera un informe per a cada una de les possibilitats contemplades que conté la presentació dels resultats de les estimacions, incloent les sortides gràfiques pertinents. L’input del programa és qualsevol base de dades, en la que es pugui identificar la variable endògena i les variables exògenes del model utilitzat, continguda en un llibre d’EXCEL de Microsoft.

Desenvolupament d'una aplicació per a la creació de pressupostos on-line

En aquests moments, el mercat no es troba en una bona situació, per aquest motiu les empreses han de buscar noves maneres de créixer, expandir-se i noves formes d’interactuar amb els clients. La idea original d’aquest projecte sorgeix de la necessitat de disposar d’una manera diferent de promocionar-se i oferir nous serveis a través d’internet mitjançant una pàgina web. Degut a la situació actual, el preu és un aspecte molt important i influent a l’hora de realitzar una obra. Per aquest motiu es va pensar que seria molt interessant que el client pogués demanar de forma fàcil i ràpida un pressupost, i a l’instant tingués un preu orientatiu del que li pot costar la obra. D’aquesta manera l’interessat s’estalvia i agilitza molts passos previs abans de començar una obra. Després d’analitzar quina era la millor manera de portar a terme el projecte informàtic, s’ha determinat que la pàgina web es desenvoluparà utilitzant els llenguatges HTML i PHP combinant-lo amb el framework CodeIgniter. El disseny de la web es realitzarà mitjançant fulles d’estil CSS conjuntament amb el framework BootStrap. Per realitzar l’aplicació web que realitza els pressupostos s’utilitzarà AJAX i jQuery perquè d’aquesta manera el procés sigui dinàmic. L’entorn de desenvolupament escollit és el NetBeans i per provar el projecte s’utilitza el XAMPP. Un usuari només necessitarà un navegador i connexió a internet per fer servir totes les funcions de la web. Podrà realitzar pressupostos, concertar visites, contactar i per suposat veure tota la part informativa de la pàgina

Diversidade de Phytophthora parasitica isolados de Citrus usando seqüências de nucleotídeos da região ITS-5.8S rDNA

Realizou-se estudo para caracterização e verificação da diversidade genética de Phytophthora parasitica, agente causador da gomose dos citros. Quatorze isolados de Phytophthora parasitica, provenientes do Estado de São Paulo, foram seqüenciados a partir das regiões internas transcritas (ITS1 e ITS2) do gene 5.8S. Obtiveram-se seqüências de 812 pb a 860 pb que foram comparadas com seqüências de outras espécies de Phytophthora spp depositadas no NCBI. Foram feitos estudos filogenéticos, utilizando-se o método "neighbor-joining" com 1000 "bootstrap" e construído o dendrograma mais representativo. Obtiveram-se os resultados de 98,88% a 100% de similaridade genética entre os 14 isolados paulistas, e 99,5% a 98,8% entre estes e a seqüência de P. nicotianae (gi| 8927482) obtida do GenBank NCBI.

Phylogenetic analysis of Tomato mosaic virus from Hemerocallis sp. and Impatiens hawkeri

The culture and commercialization of ornamental plants have considerably increased in the last years. To supply the commercial demand, several Hemerocallis and Impatiens varieties have been bred for appreciated qualities such as flowers with a diversity of shapes and colors. With the aim of characterizing the tobamovirus isolated from Hemerocallis sp. (tobamo-H) and Impatiens hawkeri (tobamo-I) from the USA and São Paulo, respectively, as well as to establish phylogenetic relationships between them and other Tobamovirus species, the viruses were submitted to RNA extraction, RT-PCR amplification, coat-protein gene sequencing and phylogenetic analyses. Comparison of tobamovirus homologous sequences yielded values superior to 98.5% of identity with Tomato mosaic virus (ToMV) isolates at the nucleotide level. In relation to tobamo-H, 100% of identity with ToMV from tomatoes from Australia and Peru was found. Based on maximum likelihood (ML) analysis it was suggested that tobamo-H and tobamo-I share a common ancestor with ToMV, Tobacco mosaic virus, Odontoglossum ringspot virus and Pepper mild mottle virus. The tree topology reconstructed under ML methodology shows a monophyletic group, supported by 100% of bootstrap, consisting of various ToMV isolates from different hosts, including some ornamentals, from different geographical locations. The results indicate that Hemerocallis sp. and I. hawkeri are infected by ToMV. This is the first report of the occurrence of this virus in ornamental species in Brazil.

Estabilidade em análise de agrupamento: estudo de caso em ciência florestal

Objetivou-se, neste trabalho, propor uma sistemática para o estudo e interpretação da estabilidade dos métodos de análise de agrupamento, através de vários algoritmos de agrupamento em dados de vegetação. Utilizaram-se dados provenientes de levantamento na Mata da Silvicultura, da Universidade Federal de Viçosa ,em Viçosa, MG. Para a análise de agrupamento, foram estimadas as matrizes de distância de Mahalanobis com base nos dados originais e via reamostragem "bootstrap", bem como aplicados os métodos da ligação simples, ligação completa e médias das distâncias, do centróide, da mediana e do Ward. Para a detecção de associação entre os métodos, foi aplicado o teste Qui-Quadrado (chi2) a 1 e 5% de probabilidade. Para os diversos métodos de agrupamento foi obtida a correlação cofenética. Os resultados de associação dos métodos foram semelhantes, indicando, em princípio, que qualquer algoritmo de agrupamento estudado está estabilizado e existem, de fato, grupos entre os indivíduos observados. No entanto, verificou-se que os métodos são coincidentes, exceto os métodos do centróide e Ward e os métodos do centróide e mediana, em comparação com o de Ward, respectivamente, com base nas matrizes de Mahalanobis a partir dos dados originais e "bootstrap". A sistemática proposta é promissora para o estudo e interpretação da estabilidade dos métodos de análise de agrupamento em dados de vegetação.

Diversidade genética entre indivíduos de Spondias lutea L. procedentes do baixo são francisco sergipano, por meio de marcadores rapd

A recuperação de matas ciliares com mudas que apresentam o máximo de diversidade genética possível é de suma importância para a conservação das espécies. Assim, este estudo foi realizado com o objetivo de caracterizar geneticamente, por meio de marcadores RAPD, indivíduos de Spondias lutea L. (cajá), com a finalidade de elaborar estratégias de produção de sementes para a recuperação de mata ciliar. O estudo foi realizado em uma área de mata ciliar no Baixo São Francisco sergipano, onde foi coletado material foliar de 17 indivíduos para a análise de RAPD. A extração de DNA foi realizada por meio de tampão CTAB 2%, e para a geração de polimorfismo foram empregados 17 oligonucleotídios. A matriz binária construída com presença (1) e ausência de bandas (0) foi usada para o cálculo da estimativa de similaridade genética e, a partir desta, foi feita a representação simplificada das similaridades, pelo método de agrupamento UPGMA, e a estabilidade dos agrupamentos foi testada pela análise "bootstrap". Para visualização da divergência entre os indivíduos, realizou-se o agrupamento dos indivíduos pelo método de Tocher. A matriz de distância genética foi comparada com a matriz de distância geográfica pelo teste de Mantel, com a finalidade de verificar se há correlação entre as mesmas. A similaridade genética média entre os indivíduos foi de 46,8%, e a amplitude das similaridades variou de 21 a 78%. Não houve associação entre as distâncias genéticas e geográficas (r = 0,08). Com o método de agrupamento de Tocher, houve a formação de cinco grupos e o valor mínimo de similaridade calculado, acima do qual os indivíduos são considerados geneticamente iguais, foi igual a 91%. Assim, os indivíduos analisados são considerados divergentes e podem ser utilizados como matrizes porta-sementes em programas de produção de sementes para a recuperação de mata ciliar.

Tamanho amostral para ensaios de mecanismos dosadores de sementes de milho em esteira carpetada

Devido à grande diversidade de tamanhos amostrais empregados em avaliações de desempenho de mecanismos dosadores de sementes, o objetivo deste trabalho foi determinar o tamanho de amostra para experimentos em laboratório, com dosadores de sementes tipo disco alveolado horizontal e pneumático, e estudar o efeito dos tratamentos na regularidade de distribuição de sementes da cultura do milho. Para isso, foi conduzido experimento em condições de laboratório, conforme a norma ISO 7256/1. Os tratamentos compreenderam a combinação de quatro mecanismos dosadores (dois pneumáticos e dois de disco alveolado horizontal), com três velocidades de semeadura, de 0,7; 1,4 e 2,1 m s-1. Foram utilizados os métodos de determinação do tamanho de amostra, intensidade de amostragem e bootstrap adaptado. Quanto à distribuição de sementes, os mecanismos dosadores estudados não apresentam diferenças na regularidade de distribuição, cuja regularidade caiu com aumento da velocidade de deslocamento na média dos dosadores. No que se refere ao tamanho da amostra, é possível reduzir, para a cultura do milho, para 103 espaçamentos entre sementes com nível de erro de 5% da média amostral, independentemente da velocidade de semeadura e mecanismo dosador utilizado.

Análise filogenética de isolados do vírus da raiva de herbívoros na fronteira de Minas Gerais e São Paulo (2000-2009), Brasil

A raiva transmitida por morcegos hematófagos da espécie Desmodus rotundus representa uma preocupação de saúde pública e causa de importantes prejuízos para a pecuária brasileira. A evidência atual sugere que a ocorrência de raiva está relacionada às características da paisagem, topografia, hidrografia, sistemas de produção animal e usos da terra. Contudo, existem poucos estudos que analisem as possíveis conexões entre fatores geográficos e a diversidade molecular do vírus da raiva, permitindo a compreensão da dinâmica espacial e temporal dos focos de raiva. Um desses trabalhos estabeleceu que a última epizootia de raiva dos herbívoros registrada no leste do estado de São Paulo (na fronteira com Minas Gerais), aconteceu em duas ondas epidêmicas, sendo a primeira em 1998 e, em 1999, a segunda. Considerando esta evidência, o intuito do presente estudo foi analisar casos de raiva em herbívoros na região sudeste de Minas Gerais (2000-2009) e sua possível relação com a epidemia previamente mencionada, incluindo as características geográficas da região. Foram obtidas sequencias parciais dos genes da glicoproteína (539 nt) e da nucleoproteína (414 nt) a partir de 31 isolados de vírus da raiva procedentes de herbívoros. Foi proposta uma árvore filogenética para cada região genômica usando o método de Neighbor joining, fixando o modelo evolutivo Kimura 2 - parâmetros com um nível de bootstrap de 1000 replicações. As sublinhagens genéticas foram localizadas sobre mapas, considerando as áreas de risco para raiva dos herbívoros em São Paulo, assim como as características topográficas e bacias hidrográficas com o intuito de visualizar qualquer padrão aparente de distribuição segundo essas características. As duas árvores filogenéticas mostraram topologias concordantes, sugerindo uma possível origem comum para os surtos que aconteceram ao longo da fronteira SP/MG, ao redor das porções menos elevadas da Serra da Mantiqueira e acompanhando as bacias hidrográficas dos rios Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo e Mogi-Guaçu. Foi possível observar circulação de varias linhagens virais simultaneamente em alguns municípios, possivelmente por causa de sobreposição de surtos. As sequencias de proteína inferidas a partir dos dois genes mostraram mutações sinônimas, excetuando aquelas encontradas entre os resíduos 20 a 200, correspondentes ao domínio externo da glicoproteína. Esta informação salienta a importância da cooperação entre as autoridades sanitárias de ambos os estados para reforçar o programa de controle da doença nas áreas limítrofes.

Mirage 2: A responsive user interface for DSpace

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

DSpace 2014: JSPUI reborn and research management

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Sustainable linguistic repository built on DSpace

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014