Estudo genômico e transcritômico de isolados selecionados de alto rendimento de dorna de fermentação alcoólica de Saccharomyces cerevisiae

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Produção de vetores recombinantes para análise das propriedades biológicas e cancerígenas da proteína K1 do herpesvírus associado ao sarcoma de Kaposi (KSHV/HHV-8)

Pós-graduação em Patologia - FMB

Análise in silico de uma pirofosfatase e de uma tiosterase de uma biblioteca metagenômica de solo de Eucalipto spp

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Análise da distribuição dos subtipos de Linepithema micans (Formicidae: Dolichoderinae) na região sul do Brasil através da ferramenta molecular barcode

Formigas do gênero Linepithema se encontram distribuídas amplamente por todo o globo, algumas delas, como Linepithema humile são muito conhecidas por sua ação invasora, comprometendo fauna e flora dos ambientes que invadem. Devido a notoriedade dessa espécie, há uma tendência em identificar erroneamente como L. humile as espécies próximas. Assim ocorreu com outras espécies da região Sul do Brasil com características próximas a ela. L. micans é a principal espécie que se associa com a pérola-da-terra Eurhizococcus brasiliensis (Hemíptera: Margarodidae), importante praga na vinicultura gaúcha. Análises preliminares revelaram a existência de três subtipos de L. micans. No presente estudo foram analisadas diferentes populações de L. micans das vinícolas do Estado do Rio Grande do Sul com a utilização de dois genes mitocondriais, utilizados para DNA Barcode de animais, com o propósito de estabelecer a distribuição dos diferentes mitótipos de L. micans. O resultado obtido revelou a existência de 14 haplótipos, sendo 12 novos e a análise da rede de haplótipos sugere a existência de dois possíveis grupos ancestrais

Prevalência da excreção e caracterização molecular do poliomavírus humano JC em amostras de urina de pacientes com aids sem leucoencefalopatia multifocal pro-gressiva

The human poliomavirus is the etiologic agente of Progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), a disease characterized by focal lesions not expansives of the central nervous system that develops in imunocompromissed patients, specially people with aids. The main aim of the study was to evalute the prevalence of the JCV excretion in urine samples of patients with aids, without PML, to compare two JCV DNA detection techniques through of two diferents genomic regions and to evaluate the genotypic characterization of the positive samples. A total of 75 samples were colected in the Instituto de Infectologia Emílio Ribas, in Sao Paulo, Brazil, between may and november, 2009. To detect the JC virus it was made the DNA extraction and then the polimerase chain reaction (PCR). Firstly a fragment of 215 bp was amplified, which corresponds to the codifying gene of the strutural protein of de JC vírus capsid VP1. All the samples were later submitted to another PCR that uses a pair of primers complementaries to the early region of the JCV (T antigen) amplifying a fragment of 173 bp. Followed by the digestion of the amplified product with the restriction enzime BamH1, resulting in two smaller fragments (120 bp and 53 bp). The JC vírus was detected in 53 samples, for both techniques (70,7% for VP1 PCR, and the restriction enzime BamH1), 34/46 were men (73,9%) and 19/29 were women (65,5%). The JCV excretion was higher in individuals that were over 46 years old. Regarding the seven genotypes described in the literature, the ones that were more prevalent among the JC positive patients were 3B and 3A with 10 samples each (21,0%), the 2B with 9 samples (19,0%) and genotype 6, with six samples (13,0%). As in the brown patients as the white ones, the most prevalent genotype was 3B. In the present study it was observed a high prevalence of JCV DNA (70,7%) and the genotype 3 (43,0%)... (Complete abstract click electronic access below)

Estudo das interações in vivo entre as proteínas teloméricas LaRPA-1 e LaRbp38 usando o sistema do duplo híbrido

A leishmaniose é um conjunto de doenças infecciosas causadas por parasitas do gênero Leishmania, que afligem milhões de pessoas no mundo, tendo a cada ano dois milhões de novos casos e 70 mil mortes. As drogas utilizadas no tratamento das diferentes formas clínicas da doença apresentam alta toxicidade e baixa eficácia, além de apresentarem muitos efeitos colaterais e colaborarem com o aparecimento de parasitas e vetores resistentes. Devido a estas adversidades, o desenvolvimento de novas terapias para o tratamento desta parasitose é incentivada pela Organização Mundial da Saúde (OMS) e um maior conhecimento sobre a biologia molecular destes protozoários poderá facilitar estas descobertas. Ultimamente, os telômeros, estruturas nucleoproteícas nos terminais dos cromossomos de eucariotos, têm sido alvo intenso de estudos, que visam utilizá-los como alvo terapêutico contra tumores malignos e microrganismos patogênicos. Os telômeros geralmente se apresentam como estruturas dinâmicas onde ocorrem interações entre o DNA e proteínas, resultando na formação do complexo telomérico, que é responsável pela proteção e manutenção dos cromossomos e estabilidade do genoma, caracterizando uma função imprescindível para viabilidade celular. Componentes do complexo telomérico de Leishmania amazonensis foram identificados por ensaios bioquímicos em extratos positivos para a atividade de telomerase. Entre estes componentes identificou-se as proteínas LaRPA-1 (L. amazonensis Replication Protein A-1) e a LaRbp38 (L. amazonensis RNA binding protein) as quais mostraram habilidade de interagir com o DNA telomérico in vitro e in vivo. Mais recentemente, utilizando-se ensaios de imunoprecipitação e de captura por “pull-down” foi demonstrado que estas proteínas fazem parte de um mesmo complexo nos telômeros do parasita. Este trabalho pretende confirmar estas possíveis interações entre as proteínas teloméricas LaRPA-1 e ...

Avaliação do metabolismo oxidativo em cepas de Trypanosoma cruzi naturalmente resistentes ao benzonidazol

O agente etiológico da doença de Chagas, Trypanosoma cruzi, é responsável pela infecção de milhões de pessoas na América Latina. No momento há apenas dois fármacos disponíveis, o nifurtimox (5-nitrofurano), teve o uso descontinuado no Brasil, e o benzonidazol (2-nitroimidazole), embora ambos possuam ações limitadas, visto que dependem da fase da doença, das condições fisiológicas do hospedeiro, da suscetibilidade e variabilidade genética da cepa. Assim, a busca de novas moléculas torna-se urgente e necessária, bem como a compreensão do mecanismo de resistência aos fármacos tripanocidas. Alguns estudos relatam aumento na produção de enzimas que atuam na defesa celular, as quais, provavelmente, poderiam ser responsáveis pela resistência de certas cepas do parasita. Tais enzimas têm funções importantes na sobrevivência e crescimento dos parasitas: superóxido dismutase (SOD), uma metaloenzima que elimina radicais superóxido ao convertê-los em peróxido de hidrogênio e oxigênio molecular; old yellow enzyme (OYE), que é uma NADPH flavina oxidoredutase e pode estar envolvida na redução de substâncias tripanocidas; e, peroxiredoxina (Prx), que catalisa a redução de peróxidos. O objetivo deste projeto é avaliar a suscetibilidade de diferentes cepas ao benzonidazol, clonar, sequenciar e expressar enzimas possivelmente envolvidas na resistência a este fármaco e realizar análises morfológicas serão nos parasitos após serem expostos à substância em questão. Futuramente os anticorpos policlonais obtidos a partir das proteínas recombinantes de Prx, SOD e OYE serão empregados para avaliar o nível de expressão das mesmas em parasitas tratados e não tratados com o benzonidazol.

Identificação molecular e genotipagem pela técnica de Spoligotyping de Mycobacterium tuberculosis isolado da população indígena e não-indígena no Mato Grosso do Sul (MS)

O presente trabalho baseou-se na análise de amostras de isolados de M. tuberculosis provenientes da população indígena e não indígena do Mato Grosso do Sul. As análises foram feitas basicamente por três técnicas de Biologia Molecular: PCR-IS6110 e PRA (para identificação) e Spoligotyping (para genotipagem), ressaltando que somente as amostras negativas para PCR-IS6110 foram submetidas ao PRA. Os objetivos do estudo eram: confirmar por técnicas moleculares de PCR e de PRA a identificação do complexo M. tuberculosis e de outras micobactérias, após o descongelamento e cultivo, analisar a incidência de isolados de M. tuberculosis da região do Mato Grosso do Sul que não tem o IS6110, avaliar a incidência de outras micobactérias entre a população indígena e não indígena do Mato Grosso do Sul, agrupar em famílias, por similaridade epidemiológica os isolados de M. tuberculosis procedentes da população indígena e não indígena com TB e avaliar a presença efetiva de grupos genéticos predominantes; Pela técnica de PCR-IS6110, analisamos um total de 119 isolados clínicos, sendo que apenas 6 apresentaram negatividade, sendo assim submetidos à técnica do PRA. Feito isso, também apresentaram resultado positivo para CMTB, nos permitindo concluir que essas técnicas podem se tornar ferramentas de grande valia no diagnóstico rápido da TB. Pela técnica de genotipagem do Spoligotyping foram analisadas 97 amostras e foi constatado um maciço predomínio da família LAM, principalmente da subfamília LAM 9, representados por 4 SITs, sendo SIT 42 com 44 isolados e SITs 177, 1337 e 1075 com respectivamente 4, 2 e 1 isolados cada (essa subfamília representou 52,6% do total de isolados). Outras famílias, tais como T, H e U também estiveram presentes no estudo em menores proporções

Estudos estruturais com a importina-α e Sequências de Localização Nuclear (NLS) de proteínas envolvidas no metabolismo de Neurospora crassa

Proteínas que apresentam atividades no núcleo e possuem sequência de localização nuclear (NLS) tem seu deslocamento dependente do heterodímero importina-α/β. A importina- (ImpA) é responsável pelo reconhecimento inicial do substrato a ser importado através da interação com os NLS. Os sinais são caracterizados por apresentar um ou mais grupos de aminoácidos básicos, denominados como sequências monopartidas e bipartidas. O fungo Neurospora crassa vem sendo utilizado há mais de 70 anos como organismo modelo em estudos de expressão gênica, desenvolvimento e diferenciação celular, ritmo circadiano, defesa do genoma, bem como outros aspectos da biologia de eucariotos. A presença de um grande número de genes no genoma de N. crassa ainda com funções desconhecidas aponta este organismo como um promissor modelo para o estudo de novos mecanismos genéticos e bioquímicos ainda não identificados. Considerando a importância do metabolismo do glicogênio para os organismos, o presente trabalho teve como objetivo o estudo estrutural de complexos de ImpA com peptídeos NLSs (NCM e NCB) de proteínas envolvidas no metabolismo de glicogênio do fungo N. crassa, utilizando técnicas de cristalografia de proteínas. Monocristais dos complexos ImpA-NCM e ImpA-NCB foram obtidos para a coleta dos dados de difração de raios-X, resultando em dois conjuntos de dados à 2,1Å e 2,45Å de resolução, respectivamente. Após elucidação da estrutura da ImpA, mapas de densidade eletrônica gerados revelaram uma densidade eletrônica no sítio principal de reconhecimento de NLS da ImpA de ambas estruturas, possibilitando modelagem dos peptídeos. Em uma comparação do mapa de densidade eletrônica obtido de ambos complexos com um mapa de uma estrutura nativa de ImpA (70-529) coletada à 2,0Å de resolução, a qual usualmente apresenta um peptídeo “contaminante” no sitio de ligação... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Análise da expressão gênica de pequenos RNAs derivados de tRNAs (tRFs) em plantas

Small non coding RNAs emerged as important characters in several biology aspects. Among then, the most studied are microRNAs (miRNAs) and short interfering RNAs (siRNAs), that regulate their target gene post-transcriptionally in plants, animals and RNAi pathway intermediates, respectively. Both of classes have similar biogenesis being processed by Dicer enzymes and subsequent association with Argonaute enzymes. In plants, miRNAs and siRNAs have important functions in development, genome integrity and biotic and abiotic stress responses. The advances in high-throughtput sequencing and in silico analisys provide the uncover of new small non coding RNAs classes, many of them with unknown functions and biogenesis. tRNA derived small RNAs (tRFs) are a small non coding RNA class, that have as precursor a tRNA molecule. These were uncovers in the last decade in many organisms and, recently, in plants. Recent works detected tRFs from different sizes, with different source portions of the mature tRNA molecule (5’ end; 3’ end, anti-codon loop) and some from the tRNA precursor (pre-tRNA), suggesting that may be a novel class of small RNA and not random degradation products. Works in humans showed that some tRFs are processed by the Dicer enzymes, have association with the Argonaute enzymes and cell differentiation, tumor appearance and gene silencing related functions. Works in Arabidopsis and pumpkin (Cucurbita maxima) showed, respectively, that the tRFs have nutritional stress response possible functions and long distance signaling function between source and drain tissues, and may affect the translation. The tRFs biogenesis in plants are, until now an unknown, absence information about it in the literature and its possible biological functions are few studied yet, making then interesting target for studies among the small non coding RNAs in plants

Estudo citogenético em neoplasias e lesões proliferativas ósseas

A busca pela identificação de fatores que possam apontar o diagnóstico, a resposta terapêutica e sobrevida dos pacientes portadores de neoplasias ósseas tem sido incessante. Poderá ser de grande valia na escolha da proposta terapêutica presumir a agressividade tumoral, capacidade de invasão tecidual, propensão ao desenvolvimento de metástases e resposta ao tratamento. As neoplasias ósseas constituem um grupo heterogêneo de tumores, considerando-se os sítios anatômicos e a etiologia. Existe uma grande dificuldade para se estabelecer o prognóstico nestas patologias. Estudos citogenéticos possibilitam um melhor conhecimento antecipado dessas doenças. Embora fatores ambientais e dietéticos contribuam para a etiologia do câncer, as neoplasias se originam de um processo de múltiplos passos envolvendo alterações de genes e seleção clonal da progênie variante. Estas mutações ocorrem em classes de genes reguladores da proliferação celular como os oncogenes, genes supressores de tumor, fatores de crescimento, vias de sinalização e genes de reparo de DNA. Este projeto tem por objetivo detectar e descrever alterações cromossômicas consistentes e recorrentes através da utilização da citogenética clássica e o seu envolvimento no prognóstico em neoplasias ósseas, de pacientes do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu, UNESP. Os conhecimentos sobre a biologia molecular melhoram o entendimento sobre os múltiplos aspectos da carcinogênese. Entretanto, embora, as perspectivas permaneçam, não houve até agora benefícios significativos em termos de prevenção, diagnóstico tratamento e seguimento dos pacientes com lesões ósseas. Este projeto visa estudos na tentativa de contribuir para um melhor entendimento e, por conseqüência, gerar dados para posteriores empregos em terapias mais eficazes para melhorar as taxas de sobrevida e beneficiar maior número de pacientes com neoplasias ósseas

Prospecção de novos peptídeos com ação leishmanicida por dinâmica molecular

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudo das interações de peptídeos antimicrobianos e sistemas miméticos de membrana por dinâmica molecular

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Efeito protetor da proteína anti-inflamatória Galectina-1 sobre o processo de uveíte induzida pelo inflamógeno lipopolissacarídeo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Expressão dos genes MDR-1, TP53, BCL-2 e BAX em tumor venéreo transmissível canino e sua relação com a agressividade e resposta à terapia

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)