A new isoform of anti-lipopolysaccharide factor identified from the blue swimmer crab, Portunus pelagicus: Molecular characteristics and phylogeny

Anti-lipopolysaccharide factors are small proteins that bind and neutralize lipopolysaccharide and exhibit potent antimicrobial activities. This study presents the molecular characterization and phylogenetic analysis of the first ALF isoform (Pp-ALF1; JQ745295) identified from the hemocytes of Portunus pelagicus. The full length cDNA of Pp-ALF1 consisted of 880 base pairs encoding 293 amino acids with an ORF of 123 amino acids and contains a putative signal peptide of 24 amino acids. Pp-ALF1 possessed a predicted molecular weight (MW) of 13.86 kDa and theoretical isoelectric point (pI) of 8.49. Two highly conserved cysteine residues and putative LPS binding domain were observed in Pp-ALF1. Peptide model of Pp-ALF1 consisted of two α-helices crowded against a four-strand β-sheet. Comparison of amino acid sequences and neighbor joining tree showed that Pp-ALF1 has a maximum similarity (46%) to ALF present in Portunus trituberculatus followed by 39% similarity to ALF of Eriocheir sinensis and 38% similarity to ALFs of Scylla paramamosain and Scylla serrata. Pp-ALF1 is found to be a new isoform of ALF family and its characteristic similarity with other known ALFs signifies its role in protection against invading pathogens.

Two isoforms of anti-lipopolysaccharide factors identified and characterized from the hemocytes of portunid crabs, Portunus pelagicus and Scylla tranquebarica

Anti-lipopolysaccharide factors (ALFs), a type of cationic antimicrobial peptides (AMPs), and their derivatives are becoming predominant candidates for potential drugs in viral and bacterial diseases. This study reports the first ALF from the mud crab Scylla tranquebarica (StALF, JQ899453) and the second ALF isoform from the blue swimmer crab Portunus pelagicus (PpALF2, JQ899452). Both sequences encoded for precursor molecules, starting with a signal peptide containing 26 amino acid residues, followed by a highly cationic mature peptide, containing two conserved cysteine residues flanking a putative lipopolysaccharide (LPS)-binding domain. BLAST analysis revealed that both PpALF2 and StALF exhibited significant similarity with crustacean ALF sequences. The predicted molecular mass of the mature ALFs was 11.2 kDa with an estimated pI of 10.0. PpALF2 and StALF also showed the typical pattern of alternating hydrophobic and hydrophilic residues in their putative disulphide loop, suggesting that they comprise the same functional domain. Phylogenetic analysis showed that PpALF2 and StALF have similar evolutionary status and they were phylogenetically ancient immune effector molecules which may play an essential role in the host defense mechanism. The spatial structures of PpALF2 and StALF possessed four beta-strands and two alpha-helices. The results indicated that there were more than one ALF involved in crab immunity against various pathogens. ALFs would provide candidate promising therapeutic or prophylactic agents in health management and diseases control in crustacean aquaculture

In vivo screening of mangrove plants for anti WSSV activity in Penaeus monodon, and evaluation of Ceriops tagal as a potential source of antiviral molecules

The objective of the study was to find out a natural way to fight white spot syndrome virus (WSSV) in cultured shrimps, as the present scenario necessitated an organic remedy for the devastating pathogen in crustaceans. Under this research programme seven mangrove plants were collected, identified and aqueous extracts screened for their protective effect on the giant tiger shrimp Penaeus monodon against WSSV. The experimental design consisted two modes of application, such as exposure of the virus to the extract and injection challenge, and oral administration of the extract coated feed followed by oral challenge. All experimental animals were monitored through a nested diagnostic PCR analysis. Of the seven mangrove extracts screened aqueous extract from Ceriops tagal imparted total protection to shrimp from WSSV when challenged by both methods. Shrimps administered with the aqueous extract from C. tagal were devoid of virions. The HPLC fingerprint of the aqueous extracts from C. tagal showed more than 25 peaks and 7 of them were larger and well separated. Preliminary phytochemical analysis revealed the presence of alkaloids, flavonoids, polyphenolics, cardiac glycosides, saponins and sterols. The study indicated suitability of the aqueous extract of C. tagal as a possible prophylaxis for WSSV infection in shrimp. This is the first report on the anti WSSV property of the mangrove plant C. tagal

Cèl.lula i genoma. 'Célula y genoma'.

Resumen tomado de la publicación

Análisis de la política anti-narcóticos en la República del Perú y la influencia de la cooperación estadounidense (2006-2011)

En este estudio de caso se presenta un repaso histórico de las políticas anti-narcóticos en el Perú así como la influencia que ha ejercido EE. UU en ésta a través de la cooperación bilateral. Se analizan igualmente los programas de cooperación en el gobierno de Alan García(2006 - 2011) y sus resultados

Anti-c1q y anti-nucleosoma en lupus eritematoso sistémico – relación con actividad

ntroducción : La mortalidad de los pacientes con Lupus eritematoso sistémico (LES) es 3 a 5 veces comparada con la población general. Detect ar oportunam ente la actividad del LES reduc e morbi - mortalidad. Las pruebas disponibles actualmente no son eficientes. Se requieren nuevos biomarcadores

Seguint la pista del DNA : una proposta per a l'estudi de la genètica actual. 'Siguiendo la pista del ADN : una propuesta para el estudio de la genética actual'.

Resumen tomado de la publicación en catalán. Este artículo forma parte del monográfico 'Ciències experimentals: propostes didàctiques'

Un viatge d'anada amb o sense tornada : població i migracions al món. 'Un viaje de ida con o sin vuelta : población y migraciones en el mundo'.

Resumen basado en el del documento en catalán

Algunas reflexiones sobre la influencia de la clase social y el género en el rechazo a la escuela : análisis etnográfico del colectivo anti-escuela en el primer curso de Formación Profesional.

Resaltar la ineficacia del aspecto compensatorio de las políticas educativas de carácter comprensivo, basándose en el alto porcentaje de fracaso escolar del alumnado que proviene de clases sociales más desfavorecidas; analizar las actitudes hacia el sistema educativo de un grupo de alumnos/as de primero de Formación Profesional que se autoexcluyen y fracasan en la escuela, así como de un grupo que se enfrenta a la experimentación del nuevo sistema educativo, con características opuestas al anterior en cuanto a actitudes hacia la escuela y distribución por sexos, pero de procedencia sociocultural muy similar; plantear alternativas para su integración. Dos grupos de alumnos de primero de Formación Profesional de los institutos IFP Galileo y IFP Ramón y Cajal, de Valladolid. Se llevó a cabo un estudio de casos de carácter etnográfico. Se destaca el fuerte rechazo hacia la institución escolar del alumnado que pertenece a familias obreras que viven en un barrio periférico de Madrid, y el hecho de que las chicas obtienen mejores resultados escolares y una mayor disposición hacia el estudio que los chicos. Se propone como alternativa la necesidad de otorgar a la Formación Profesional un carácter más práctico que incluya en su currículum una parte de trabajo productivo.

Alumnos anti-escuela : un análisis cualitativo del abandono y rechazo escolares.

Averiguar las causas que conducen a un preocupante número de alumnos a abandonar la escuela sin concluir la Enseñanza Secundaria, o mejor, captar las pautas culturales del fenómeno del fracaso escolar. Alumnos anti-escuela (que se oponen abiertamente a la escuela y a los profesores) de 3 Institutos públicos de EEMM, uno de BUP (mixto) y dos de FP (uno de chicas y otro de chicos). También se incluyen en la muestra a los profesores y padres de estos alumnos. Partiendo de la justificación del estudio y de la metodología a utilizar y tras definir los escenarios de la investigación, el autor reflexiona y profundiza en los grandes temas relacionados con el rechazo y abandono escolares (hegemonía de la escuela, currículum, sub-culturas juveniles, mercado de trabajo, desempleo juvenil...), citando autores y experiencias e intercalando resultados del trabajo de campo realizado. Observación participante. Entrevistas y grupos de discusión, con alumnos, profesores y algunos padres. Investigación etnográfica. Cuanto la escuela enseña está profundamente alejado de la realidad. Esto es más grave para los chicos procedentes de ambientes obreros porque la escuela no sólo está alejada sino que rechaza su realidad cultural. En general, la escuela tiene un prototipo de buen alumno que no se ajusta a las características de la mayor parte de la población de este país. Los profesores mantienen esta situación, la mayor parte no ha conocido más mundo que la enseñanza, y lo que es más grave, carecen de conocimientos del mundo de la infancia y de la adolescencia. Esta escuela genera rechazo y abandono; ello a su vez conduce a ocupar malos empleos y a la aparición de ciudadanos menos participativos en su sociedad. Hay que hacer todo lo posible para que la escuela empiece a parecer interesante a todos los chicos que abandonan el Sistema Educativo. Sugiere que se rejuvenezca a los profesores, no sólo en edad sino en conocimientos psicológicos y pedagógicos (formación permanente del profesorado).

I Feria Cient??fico-Human??stica

Se describe la I Feria Cient??fico-Human??stica llevada a cabo en el IES Gabriel y Gal??n (Montehermoso, C??ceres), una actividad multidisciplinar y cooperativa, en la que se sigui?? una metodolog??a de trabajo por proyectos. Los trabajos presentados fueron: 'Dentici??n adulta humana', 'El circuito del tubo digestivo', 'Las maravillas del mundo antiguo', 'Casa bioclim??tica', 'Don Quijote reutiliza', 'Formas geom??tricas en la naturaleza y tri??ngulo de Sierpinski', 'Comparte un monumento europeo', 'F??siles: huellas del pasado', 'ADN: mol??cula de la vida', ' Volcanes', 'El tiempo en la antig??edad', 'Ludi romani (Juegos romanos)', 'M??sica reciclada', 'Evoluaci??n de las plantas desde el Jur??sico hasta el siglo XXI' y 'My class is a museum'

Serveis Tècnics de Recerca. Unitat de Biotecnologia i Biomedicina

Al laboratori de la Unitat de Biotecnologia i Biomedicina, que es troba a l’edifici Jaume Casademont del Parc Científic de la UdG, es disposa de les tècniques necessàries per extraure ADN humà de mostres biològiques de qualsevol tipus, com ara sang, saliva, semen, teixits, ossos o restes biològiques sobre roba i altres materials

Tecnologia dels materials: amb qüestions i exercicis 2a edició [versió html]

Dins de la disciplina de Ciència i Enginyeria dels Materials, en la qual s’estudia la interrelació entre l’estructura, el processament, les propietats i les aplicacions dels materials, aquest llibre intenta descriure com les tècniques de processament industrial afecten l’estructura dels materials. L’enfocament del text se centra en el material, no pas en les tècniques emprades, temàtica més propera a les tecnologies de fabricació. El temari s’ha organitzat en cinc grans temes. Els quatre primers intenten donar els fonaments d’una tecnologia de processament (colament dels metalls, conformació per deformació, conformació per sinterització, tractaments tèrmics) mentre que el cinquè es dedica a la corrosió. El temari no inclou la tecnologia dels materials polímers que mereixeria un temari específic

Estudi Qsar d'una família de Quinolones utilitzant índex de semblança i índex topològics de semblança i índexs topològics de semblanç

En aquest treball es presenta un exemple d'aplicació de la semblança molecular quàntica en l'àmbit de la determinació de relacions entre l'estructura i les propietats o activitats biològiques de molècules. La família estudiada està formada per un conjunt de divuit quinolones de les quals es coneixen dues propietats relacionades amb l'activitat biològica: la concentració mínima inhibitòria de la reproducció en E. Coli i I'escissió de l'ADN per la girasa, també en E. Coli. L'estudi s'ha realitzat emprant dues metodologies diferents, fonamentades ambdues en el desenvolupament de la semblança molecular quàntica. Aquestes dues metodologies es basen, respectivament, en el càlcul i l'aplicació dels índexs de semblança i dels índexs topològics de semblança

Les sHsps en surera: capacitat protectora enfront l'estrés i variabilitat genètica

Els organismes responen a la temperatura i a molts altres estressos sintetitzant un grup de proteïnes anomenat proteïnes de xoc de calor (HSPs). En plantes les sHsps, d'entre 15 i 30 kDa formen el grup més abundant i divers, classificat en funció de la seva localització subcel.lular i homologia en: mitocondrials, cloroplàstiques, de reticle endoplasmàtic i citoplàsmiques de classe I i II. Les sHsps-CI s'ha descrit que s'indueixen per estrès tèrmic, hídric i oxidatiu (peròxid d'hidrògen, llum UV, ozó) i en resposta a algunes hormones. També s'expressen durant el desenvolupament, per exemple durant l'embriogènesi, on es creu que podrien tenir un paper protector de l'embrió enfront la dessecació. Tot i que hi ha abundants treballs que correlacionen la resistència a l'estrès i l'acumulació de sHsps-CI, els mecanismes moleculars d'aquesta activitat són poc conguts. Tot i això, per diverses sHsps-CI ha estat descrita una activitat xaperona in vitro i, més recentment, que la seva sobreexpressió augmenta la viabilitat de cèl.lules d'E.coli en condicions d'estrès tèrmic. L'estudi de l'acumulació de sHsps-CI en surera (Quercus suber) mitjançant immunodetecció en electroforesi bidimensional mostra uns patrons d'acumulació complexos i formats per dos grups d'espècies proteiques principals, a l'entorn dels 10 i 17 kDa respectivament, que mostren una inducció diferencial en funció del teixit i l'estrès. Mentre que les espècies proteiques de 17 kDa s'indueixen per temperatura però no per estrès oxidatiu, les de ca. 10 kDa ho fan per estrès oxidatiu i no per temperatura. Ambdós grups d'espècies proteiques s'acumulen conjuntament en fel.lema. Assajos de PCR i RT-PCR han permès clonar parcialment tres noves sHsps-CI en surera: Qshsp10-CI, QshspC-CI i QshspD-CI. Aquest fet confirma la multigeneïcitat de les sHsps-CI en surera que apuntava el patró bidimensional. Dels nous clons obtinguts destaca especialment Qshsp10-CI, un gen que presenta un codó stop enmig del domini -cristal.lí que fa que a la proteïna que se'n dedueix li manqui un 55% del domini -cristal.lí i tota l'extensió C-terminal. Es tractaria de la sHsp més petita i més truncada descrita fins al moment. L'anàlisi de l'expressió de Qshsp10-CI mitjançant RT-PCR mostra expressió en plantes tractades amb H2O2 però no en les que han estat sotmeses a un xoc de calor. Aprofitant l'oportunitat que oferia aquesta sHsp-CI de ser utilitzada com a model per l'estudi de la importància del domini -cristal.lí i l'extensió C-terminal en l'activitat protectora enfront l'estrès, es va voler determinar la capacitat que tenia d'augmentar la viabilitat de cèl.lules d'E. coli en condicions d'estrès tèrmic i oxidatiu. Els resultats mostren que la proteïna recombinant QsHsp10-CI, tot i la important truncació que té, és capaç de protegir cèl.lules d'E. coli en condicions d'estrès tèrmic i, remarcablement, en condicions d'estrès oxidatiu. Tots aquests resultats indiquen que les espècies proteiques de ca. 10 kDa podrien correspondre a Qshsp10-CI i tenir un paper en les cèl.lules del fel.lema en la protecció enfront l'estrès oxidatiu. L'estrès oxidatiu provoca lesions al DNA que poden produir errors en la replicació, transcripció o traducció i generar proteïnes aberrants. Donades les condicions d'estrès oxidatiu a les quals es troben sotmeses les cèl.lules del fel.lema, s'ha volgut estudiar la variabilitat dels seus àcids nucleics. La determinació de la taxa de mutació de la regió codificant del gen Qshsp17.4-CI en mRNA i DNA de fel.lema i àpex radicular, un teixit jove i en creixement actiu va mostrar unes taxes sorprenentment elevades en l'mRNA (1/1784 pb) i el DNA genòmic (1/1520 pb) del fel.lema. Aquestes taxes són les més altes descrites en un genoma nuclear eucariota i són similars a les dels virus d'RNA d'evolució ràpida com el virus de l'Hepatitis C. Amb aquestes taxes de mutació, un terç dels mRNAs del fel.lema de la surera contindrien missatges aberrants i la supervivència de les cel.lules es veuria compromesa. Això implica que el fel.lema hauria de ser considerat com un mosaic de cèl.lules genèticament heterogènies i, per tant, una sola seqüència no defineix en tota la seva amplitud un gen en aquest teixit. No es va detectar cap mutació en àpex de rel. Amb l'objectiu d'aprofundir en el coneixement de les mutacions que es donen en aquests dos teixits i per tal de poder fer una anàlisi qualitativa més completa que permetés especular sobre el seu origen, es va aplicar un mètode de selecció de seqüències mutants en base a la utilització d'enzims de restricció. Les mutacions detectades en fel.lema es corresponen amb les relacionades, en altres sistemes no nuclears (plasmidis, fags i DNA bacterià), amb l'estrès oxidatiu. En conseqüència, l'estrès oxidatiu al qual estan sotmeses les cèl.lules del fel.lema podria ser el causant de l'elevada taxa de mutació detectada. D'acord amb això, el tipus majoritari de productes d'oxidació de les bases del DNA que s'acumulen en brots de plàntules de surera en resposta al peròxid d'hidrògen produeixen el mateix tipus de mutacions detectades en l'mRNA del fel.lema de la surera. La major sensibilitat d'aquest nou mètode ha permès, a més, detectar mutacions en molècules d'mRNA de rel, un teixit en el qual no s'havia trobat cap mutació utilitzant el mètode de clonatge i seqüenciació directa. Tot i això, el tipus de mutacions predominants no estan relacionades amb l'estrès oxidatiu sinó amb erros en la reparació dels àcids nucleics.