BIOMedical search engine framework: lightweight and customized implementation of domain-specific biomedical search engines

The Smart Drug Search is publicly accessible at http://sing.ei.uvigo.es/sds/. The BIOMedical Search Engine Framework is freely available for non-commercial use at https://github.com/agjacome/biomsef

Angina pré-infarto na evolução intra-hospitalar de pacientes idosos com infarto agudo do miocárdio

FUNDAMENTO: A angina pré-infarto (API) pode ser um marcador de pré-condicionamento isquêmico. Foi demonstrada redução da área infartada, do remodelamento ventricular, da incidência de insuficiência cardíaca, choque cardiogênico ou morte, quando a API estava presente. Esses resultados foram mais evidentes em adultos, porém, não em idosos. OBJETIVO: Avaliar a relação entre API e a evolução clínica de pacientes idosos com infarto agudo do miocárdio (IAM). MÉTODOS: Estudo tipo série de casos com grupo de comparação. Foram incluídos 36 pacientes com diagnóstico de IAM com elevação do segmento ST. Os pacientes foram distribuídos em grupo A (21 pacientes com API) e grupo B (15 pacientes sem API). RESULTADOS: A idade média da população estudada foi 70,5 anos. A maioria (73%) dos pacientes era do sexo masculino. O índice de massa corpórea médio foi 25,3 kg/m2. A amostra era constituída por 77,8% de hipertensos, 27,8% de diabéticos e 32,4% de dislipidêmicos. Dor torácica tipo A foi relatada por 71,4% dos estudados. A maioria (72,2%) dos idosos foi classificada em Killip I. Os desfechos clínicos nos grupos A e B foram: angina pós-infarto 9,5% versus 20%, p=0,630; insuficiência cardíaca 23,8% versus 13,3%, p=0,674; revascularização de urgência 4,8% versus 6,7%, p=1; arritmia cardíaca 0% versus 6,7%, p=0,417. Não foi constatado nenhum caso de reinfarto, choque cardiogênico e morte até 30 dias em ambos os grupos. CONCLUSÃO: A presença da angina pré-infarto não se associou com uma melhor evolução clínica em idosos acometidos por IAM nesta série de casos.

Internet au service du patrimoine. Cartographie dynamique de l'inventaire des géotopes d'importance nationale

L'inventaire des géotopes d'importance nationale, aujourd'hui proche de son état final, est le fruit d'un long travail de sélection, de documentation ainsi que de définition et de numérisation des périmètres des sites initié dans les années 1990 par le groupe de travail pour la protection des géotopes en Suisse (Strasser et al. 1995, Berger et al. 2008). Il représente un outil au service de la diffusion et à la promotion du géopatrimoine suisse, auprès de la population en général et des professionnels des géosciences en particulier, dans un but de valorisation patrimoniale et de protection et par une sensibilisation à la valeur particulière et à la vulnérabilité des géotopes.¦C'est dans cet objectif qu'a été développée une interface cartographique rendant accessible sur Internet le contenu de cet inventaire. L'outil de web mapping utilisé - GoogleMaps API - permet en effet d'enrichir une interface de navigation intuitive de diverses fonctions additionnelles offertes par la cartographie sur internet (Kraak 2004, Plewe 2007). La carte n'est donc pas seulement une représentation de la réalité permettant la localisation de différents objets, mais également un outil de recherche thématique et spatiale ainsi qu'un index reliant chaque objet cartographié à diverses informations.¦Porte d'accès aux données des site à une échelle individuelle ou globale, mais aussi outil d'exploration, cette interface propose plusieurs niveaux d'utilisation, correspondant aux diverses interactions possibles avec ces données : naviguer et découvrir les sites, réaliser des sélections multiples, comparer les géotopes à d'autres données, comme l'inventaire fédéral des paysages. L'utilisateur peut ainsi produire à chaque fois la carte qui répond à ses besoins et à ses questions. En donnant à tous accès au contexte et aux particularités de chaque site par delà la globalité abstraite de l'inventaire, cette application se veut avant tout un outil au service de la médiation du géopatrimoine.

Desenvolupament d'un servidor d'informació geogràfica

L'explosió d'aplicacions a Internet basades en oferir serveis de localització, com són portals web de mobilitat o aplicacions de seguiment de vehicles en línia han motivat aquest projecte. Google Maps ens permet afegir mapes fàcilment en un lloc web amb la seva API, però OpenLayers, una llibreria JavaScript lliure ens dóna l'opció de carregar cobertures de mapa i marcadors des de qualsevol font. OpenStreetMap proporciona dades geogràfiques de manera lliure, com per exemple mapes de carrers i carreteres. Un estudi acurat de l'estructura i agrupació de les dades en el format OSM i el desenvolupament d'un servidor basat en el model de tessel·les, són els principals elements de partida per crear la nostra pròpia font de dades cartogràfiques. En aquest projecte s'analitza i processa DXF Drawing eXchange Format passant al format OSM. Un fitxer OSM conté la informació geogràfica necessària per a la base de dades espaial a partir de la qual, entre d'altres aplicacions, es podran visualitzar els mapes propis en una aplicació de seguiment de vehicles o en un portal web.

Aplicación con Google Maps

El principal objetivo de este proyecto es realizar un aplicativo web que utilice API’s para que, a partir de un conjunto de rutas almacenadas en el sistema, éste sea capaz de generar nuevas rutas a partir de éstas, de modo que dicho sistema no se comporte como un mero "almacén" de rutas introducidas por los usuarios para poder ser utilizadas por los demás posteriormente, sino que podamos ser nosotros mismos los que decidamos ciertos aspectos de la ruta que deseamos que el sistema nos proporcione. Así, el aplicativo desarrollado, partiendo de un conjunto previo de rutas, será capaz de generar nuevas rutas pasando lo más cerca posible de un conjunto de puntos definidos por el usuario, pudiendo ser calculadas siguiendo diferentes parámetros de optimización tales como el menor número de rutas utilizadas en el cálculo o el menor número de intersecciones entre ellas. Estas rutas, posteriormente, pueden visualizarse en la aplicación mediante el API de Google Maps, o pueden ser descargadas para utilizarlas en nuestro dispositivo GPS portátil.

Desarrollo de una aplicación web para representación de datos de posicionamiento

En aquesta memòria s’explica el desenvolupament d’una eina útil que permet a l’usuari visualitzar en l’aplicació Google Maps les dades de posicionament captats en una sessió GPS. En aquest projecte, hem dissenyat una aplicació Web en la qual recollim les dades ingressades per l’usuari mitjançant un formulari. Un cop emmagatzemades aquestes dades en el servidor, la nostra eina hi executa l’aplicació encarregada del càlcul de les posicions. Aquesta és un script desenvolupat en MATLAB, que s’encarrega d’interpretar les dades subministrades per l’usuari, amb les quals es poden calcular les coordenades captades pel receptor GPS. Una vegada calculades, el software les emmagatzema en el servidor, en un arxiu .xml, que serà el que posteriorment interpretarà Google Maps gràcies al seu API. D’aquesta manera, l’usuari obtindrà el resultat visual de la sessió GPS que hagi decidit carregar sense necessitat des disposar de cap software específic per a la interpretació i el càlcul de les dades que hi ha capturat.

Migració d’una aplicació estàndard de gestió (catàleg fotogràfic del parc de Collserola) a entorn web

La constant evolució que estan experimentant les tecnologies d’informació fa que cada vegada els programes es vagin quedant més obsolets, a la vegada que cada vegada són més els programes nous, amb noves funcionalitats, nous avantatges, llicències gratuïtes, etc. El Consorci del Parc de Collserola es veu amb la necessitat d’investigar en aquests nous camps que van sorgint per anar actualitzant-se. La nostra aplicació pretén ser un model de migració i desenvolupament d’una aplicació ja existent, que gestiona l’arxiu fotogràfic del parc de Collserola, a una aplicació de programari lliure que sigui d’accés a tot el públic via Internet, capaç de gestionar el catàleg de fotografies a la vegada que s’incorporen noves funcionalitats a l’aplicació. Pel desenvolupament de l’aplicació es farà servir Microsoft Visual Web Developer 2008 Express Edition afegint-hi una API de Google Maps, tots dos software de codi lliure.

Creació d'un sistema d'informació per a la gestió, visualització i ús de les dades d'anivellacions

El present projecte ha consistit en la creació del SIA, Sistema d’Informació d’Anivellacions. Un SIG integrat que ha estat creat per emmagatzemar, gestionar i consultar les dades d’anivellació topogràfica i GPS. El projecte ha comportat tres grans fases: en primer terme s’ha creat una BBDD en Oracle i, posteriorment, amb la finalitat de facilitar la inserció de dades, es crea una aplicació que permet la ràpida inclusió a la BBDD de les noves mesures que arribin a l’IGC. Finalment, es crea un visualitzador amb tecnologia ESRI, més concretament la nova API de Flex que ESRI ha desenvolupat.

Factores de rendimiento en entornos multicore

Este documento refleja el estudio de investigación para la detección de factores que afectan al rendimiento en entornos multicore. Debido a la gran diversidad de arquitecturas multicore se ha definido un marco de trabajo, que consiste en la adopción de una arquitectura específica, un modelo de programación basado en paralelismo de datos, y aplicaciones del tipo Single Program Multiple Data. Una vez definido el marco de trabajo, se han evaluado los factores de rendimiento con especial atención al modelo de programación. Por este motivo, se ha analizado la librería de threads y la API OpenMP para detectar aquellas funciones sensibles de ser sintonizadas al permitir un comportamiento adaptativo de la aplicación al entorno, y que dependiendo de su adecuada utilización han de mejorar el rendimiento de la aplicación.

Malaria control in an agro-industrial settlement of Rondônia (Western Amazon Region, Brazil)

A malaria control pilot project was developed in the Urupá agro-industrial farm that is situated in the State of Rondônia (Western Amazon Region, Brazil). Around 180 inhabitants had been surveyed for the past five years. The control measures were based on (1) training a community agent to perform on the spot microscopical diagnosis of malaria and to treat the uncomplicated cases of malaria; (2) limiting the use of insecticides to a short period before the high transmission season. This resulted in a significant reduction in the time between the onset of clinical symptoms and specific chemotherapy which fell from 3.5 to 1.3 days. In relation to the previous three reference years the total number of malaria cases was reduced to 50% in the first year and to 25% in the second year. The introduction of these measures coincided with pronounced reduction in the frequency of Plasmodium falciparum infections but this was less marked for P. vivax infections. In the second year of the pilot experiment there was no P. falciparum transmission on the farm. During the last decade there was a general decrease in the endemicity of malaria in the State of Rondônia. The linear regression coefficient values indicate that the decline was more pronounced in Urupá than in the general municipality and that the falciparum malaria API in Urupá farm is significantly lower than in the general municipality of Candeias were the farm is situated.

An efficient use of virtualization in grid/cloud environments

Grid is a hardware and software infrastructure that provides dependable, consistent, pervasive, and inexpensive access to high-end computational resources. Grid enables access to the resources but it does not guarantee any quality of service. Moreover, Grid does not provide performance isolation; job of one user can influence the performance of other user’s job. The other problem with Grid is that the users of Grid belong to scientific community and the jobs require specific and customized software environment. Providing the perfect environment to the user is very difficult in Grid for its dispersed and heterogeneous nature. Though, Cloud computing provide full customization and control, but there is no simple procedure available to submit user jobs as in Grid. The Grid computing can provide customized resources and performance to the user using virtualization. A virtual machine can join the Grid as an execution node. The virtual machine can also be submitted as a job with user jobs inside. Where the first method gives quality of service and performance isolation, the second method also provides customization and administration in addition. In this thesis, a solution is proposed to enable virtual machine reuse which will provide performance isolation with customization and administration. The same virtual machine can be used for several jobs. In the proposed solution customized virtual machines join the Grid pool on user request. Proposed solution describes two scenarios to achieve this goal. In first scenario, user submits their customized virtual machine as a job. The virtual machine joins the Grid pool when it is powered on. In the second scenario, user customized virtual machines are preconfigured in the execution system. These virtual machines join the Grid pool on user request. Condor and VMware server is used to deploy and test the scenarios. Condor supports virtual machine jobs. The scenario 1 is deployed using Condor VM universe. The second scenario uses VMware-VIX API for scripting powering on and powering off of the remote virtual machines. The experimental results shows that as scenario 2 does not need to transfer the virtual machine image, the virtual machine image becomes live on pool more faster. In scenario 1, the virtual machine runs as a condor job, so it easy to administrate the virtual machine. The only pitfall in scenario 1 is the network traffic.

Desenvolupament d'un widget FlexViewer per Meteoclimatic

En la totalitat del següent document es detalla el procés dut a terme per a la realització d'un sistema d'informació geogràfica (SIG) en relació a la creació d'un widget amb dades meteorològiques a temps real de Meteoclimatic, utilitzant els productes d'Adobe Flash Builder 4.5 i l'API ArcGIS for Flex (que ens permetrà implementar mapes ESRI dins aquest entorn).

Antimicrobial resistance of Enterococcus sp. isolated from the intestinal tract of patients from a university hospital in Brazil

This study reports the results about antimicrobial resistance of Enterococcus spp. isolated from intestinal tract of patients from a university hospital in Brazil. The identification of strains at species level was performed by conventional biochemical tests, API 20 Strep (bioMérieux), and polymerase chain reaction assay. The specie distribution was E. faecium (34%), followed by E. faecalis (33%), E. gallinarum (23.7%), E. casseliflavus (5.2%), E. avium (1%), and E. hirae (1%). Intrinsic resistance to vancomycin characterized by presence of vanC genes was found in E. gallinarum and E. casseliflavus. The high prevalence of VanC phenotype enterococci is very important because these species have been reported as causing a wide variety of infections. Vancomycin-resistant E. faecium or E. faecalis were not found and no one isolate of these species was a beta-lactamase producer. Thirteen clinical isolates of enterococci (13.4%) showed multiresistance patterns, which were defined by resistance to three classes of antibiotics plus resistance to at least one aminoglycoside (gentamicin and/or streptomycin). The resistance to several antimicrobials shown by enterococcal strains obtained in this study is of concern because of the decrease in the therapeutic options for treatment of infections caused by enterococci.

Tipus Abstractes de Dades i Disseny per Contracte

Biblioteca de tipus abstractes de dades (TADs) que incorpora la tecnologia de disseny per contracte (DbC) i consta bàsicament de dues parts. La primera, l'especificació, que és el punt d'entrada a l'API, és un conjunt d'interfícies, les quals introdueixen les operacions dels TADs i en fixen el comportament, així com defineixen els drets i obligacions dels usuaris.

Phenotypic characterization of three clinical isolates of Burkholderia pseudomallei in Ceará, Brazil

Burkholderia pseudomallei, the causative agent of melioidosis was found in a small cluster of cases in Tejuçuoca, Ceará, Brazil. Tests were carried out to determine its phenotypic characteristics: colony morphology on Ashdown agar and MacConkey agar, biochemical profile in conventional biochemical tests and API 20NE, arabinose assimilation and susceptibility testing by disk diffusion, comparing with data in the literature. This study confirms the presence of B. pseudomallei in Brazil and describes its characteristics.