Conformational heterogeneity of tripeptides containing Boc-Leu-Aib as corner residues in the solid state

A critical analysis of single crystal X-ray diffraction studies on a series of terminally protected tripeptides containing a centrally positioned Aib (alpha-aminoisobutyric acid) residue has been reported. For the tripeptide series containing Boc-Ala-Aib as corner residues, all the reported peptides formed distorted type II beta-turn structures. Moreover, a series of Phe substituted analogues ( tripeptides with Boc-Phe-Aib) have also shown different beta-turn conformations. However, the Leu-modified analogues (tripeptides with Boc-Leu-Aib) disrupt the concept of beta-turn formation and adopt various conformations in the solid state. X-ray crystallography sheds some light on the conformational heterogeneity at atomic resolution. (c) 2007 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Overlapping double turn conformations adopted by tetrapeptides containing non-coded alpha-Amino Isobutyric Acid (AIB) and formation of tape-like structures through supramolecular helix mediated self-assembly

Single crystal X-ray diffraction studies and solvent dependent H-1 NMR titrations reveal that a set of four tetrapeptides with general formula Boc-Xx(1)-Aib(2)-Yy(3)-Zz(4)-OMe, where Xx, Yy and Zz are coded L- amino acids, adopt equivalent conformations that can be described as overlapping double turn conformations stabilized by two 4 -> 1 intramolecular hydrogen bonds between Yy(3)-NH and Boc C=O and Zz(4)-NH and Xx(1)C=O. In the crystalline state, the double turn structures are packed in head-to-tail fashion through intermolecular hydrogen bonds to create supramolecular helical structures. Field emission scanning electron microscopic (FE-SEM) images of the tetrapeptides in the solid state reveal that they can form flat tape-like structures. The results establish that synthetic Aib containing supramolecular helices can form highly ordered self-aggregated amyloid plaque like human amylin.

Amyloid-like fibrillogenesis through supramolecular helix-mediated self-assembly of tetrapeptides containing non-coded alpha-aminoisobutyric acid (Aib) and 3-aminobenzoic acid (m-ABA)

Single-crystal X-ray diffraction studies of two terminally protected tetrapeptides Boc-Ile-Aib-Val-m-ABA-OMe (I) and Boc-Ile-Aib-Phe-m-ABA-OMe (II) (Aib = alpha-aminoisobutyric acid; m-ABA = meta-aminobenzoic acid) reveal that they form continuous H-bonded helices through the association of double-bend (type III and I) building blocks. NMR Studies support the existence of the double-bend (type Ill and I) structures of the peptides in solution also. Field emission scanning electron-microscopic (FE-SEM) and high-resolution transmission electron-microscopic (HR-TEM) images of the peptides exhibit amyloid-like fibrils in the solid state. The Congo red-stained fibrils of peptide I and II, observed between crossed polarizers, show green-gold birefringence, a characteristic of amyloid fibrils.

The research productivity of the AIB Farmer Award finalists

Purpose – This paper aims to analyze the research productivity and impact of the finalists of the AIB best dissertation award, now titled the Buckley and Casson Award, but from 1987 to 2012 the Farmer Award. Specifically, this paper examines whether there is a relationship between winning the best dissertation award and subsequent publication productivity and impact. Relationships between academic institution and institutional geographic location and finalists are also examined. Design/methodology/approach – The paper examines 25 years of citation counts and the number of publications in Google Scholar of Farmer Award winners and finalists of the AIB best dissertation award from inception in 1987 to 2009, with cited publications as a measure of productivity and citations as a measure of impact. Top performers in productivity and impact are identified, and the averages of winners and non-winners are analyzed in aggregate, over time and per year. Data on finalists' institution and geographic location of institution are analyzed to describe the importance of location and institution to the award. Findings – It is found that the overall average citations of the winners of the award is less than that of the non-winners, and that in the large majority of years the non-winners have an average citation count higher than that of the winners. However, taking averages in five year increments shows more mixed results, with non-winners performing better in two periods and winners performing better in two periods, with the remaining period being split as to research productivity and impact. Originality/value – Aggarwal et al. in this journal summarized a variety of data on Farmer Award finalists from the 1990s to gain insights on institutions represented by finalists, the publication record of finalists, and content of dissertations, among other characteristics. This paper updates some of the insights from that paper by examining data on award winners from 1987 to 2013, and adds further insight by examining for the first time cited publications and citation counts winners and non-winners for the same period excluding the last two years.

Um Mecanismo de notificação e propagação de mudanças para um modelo de versões

Um dos requisitos naturais na modelagem de diversas aplicações na área de banco de dados é a utilização de um mecanismo para controle de versões. Esse mecanismo fornece suporte a um processo evolutivo. Tal suporte permite armazenar os diferentes estágios de uma entidade em tempos distintos, ou sob diferentes pontos de vista. Estudos recentes nessa área mostram a importância de incorporar ao modelo conceitual de banco de dados, um mecanismo para auxiliar no controle da evolução de versões. A evolução de versões apresenta problemas principalmente quando ocorre em uma hierarquia de composição. Por exemplo, se existem objetos compostos fazendo referência à objetos componentes que representam versões, então modificações nos componentes podem causar alterações nos objetos que os referenciam. Normalmente as ações relativas a essas modificações são a notificação ou a propagação de mudanças. Algumas propostas adicionam mecanismos de notificação e propagação ao modelo conceitual utilizado por aplicações não convencionais. Isso é importante porque mecanismos deste tipo auxiliam no controle da integridade de dados e na divulgação de informações sobre as mudanças realizadas no banco de dados. O objetivo do trabalho aqui descrito é apresentar um mecanismo de notificação e propagação, que trata da evolução de dados, para um modelo de versões. É definido um modelo de classes com propriedades e operações que permitem manter e manipular subscrições de eventos referentes à evolução de objetos e versões e reagir diante da ocorrência destes eventos. Para atender os requisitos das diferentes aplicações, esta proposta especifica três estratégias. Cada uma delas apresenta diferentes funcionalidades: notificação ativa (enviar mensagens sobre mudanças ocorridas); notificação passiva (armazenar informações sobre mudanças ocorridas) e propagação (alterar o conteúdo do banco de dados automaticamente). Para validar o mecanismo proposto, uma implementação é apresentada para o sistema Oracle 8.

Simulação da propagação de poluentes no canal do Jacuí e no Rio dos Sinos

No trabalho proposto é apresentado um método analítico para a obtenção da solução da equação advectivo-difusiva que rege a propagação de poluentes em corpos hídricos. Este método utiliza transformações conformes para efetuar o mapeamento de um corpo hídrico com geometria arbitrária em um semi-plano, fornecendo uma solução em forma fechada expressa em termos da função corrente e do potencial velocidade.

Avaliação da eficácia de sistemas de reparo no combate à iniciação e à propagação da corrosão do aço induzida por cloretos

o presente trabalho avaliou a eficiência de cinco sistemas de reparo no combate à iniciação e à propagação da corrosão do aço por cloretos, os quais são: sistemas de reparo formados com argamassa e barras de aço sem pintura e um sistema de reparo formado com argamassa 1:3 a/c=O,5 com pintura de zinco nas barras de aço. A avaliação se deu através de ensaios de corrosão acelerada, usando ciclos de umedecimento e secagem, em corpos de prova prismáticos (45x80x90mm) confeccionados com as argamassas dos sistemas de reparo a serem testados, possuindo no seu interior duas séries de duas barras de 5mm de diâmetro distantes 5mm e 10mm das faces. Foram efetuados também ensaios complementares nas argamassas, classificados em ensaios de durabilidade: absorção por imersão (NBR 9778/87), absorção por capilaridade (NBR 9779/95), difusão de cloretos (usando fatias de 10mm de espessura de corpos de prova cilíndricos de 5mm de diâmetro) e determinação do teor de cloretos na argamassa, e ensaios mecânicos: módulo de elasticidade (NBR 8522/84) e resistência à compressão (NBR 5739/93). Além dos ensaios supracitados, elaborou-se uma análise do custo/beneficio da utilização dos sistemas de reparo em estudo. Todos os corpos de prova (cilíndricos e prismáticos) foram curados em câmara úmida por 7 dias e posteriormente em ambiente de laboratório até completarem 28 dias, idade onde se iniciou todos os ensaios. Os resultados apontam uma superioridade, no ensaio de corrosão acelerada e nos ensaios complementares de durabilidade, do sistema de reparo com adição de estireno-butadieno (SBR) seguido em ordem decrescente, do sistema com adição de sílica ativa, do sistema com adição de nitrito de sódio e do sistema com pintura de zinco nas barras. Nos ensaios complementares mecânicos, o sistema de reparo com adição de sílica ativa apresentou os melhores resultados, seguido do sistema de reparo com adição do inibidor de corrosão. A análise custo/beneficio aponta o sistema de reparo com adição de sílica ativa como o mais viável economicamente, seguido, em ordem decrescente de desempenho, dos sistemas com adição de nitrito de sódio, com adição de estireno-butadieno e com pintura de zinco nas barras.

Caracterização das sementes e propagação sexuada de Hypericum caprifoliatum Cham. & Schlecht (Clusiaceae)

A espécie Hypericum caprifoliatum é nativa do sul do Brasil. Devido a suas propriedades fitoterápicas é importante estabelecer seu cultivo e evitar sua exploração de forma extrativista. Os objetivos do trabalho foi caracterizar as sementes, avaliar a germinação, comparada à Hypericum perforatum e a sua propagação sexuada. Os experimentos foram conduzidos nos Departamentos de Plantas Forrageiras e Agrometeorologia e no de Horticultura e Silvicultura da Faculdade de Agronomia da UFRGS. Os estudos foram feitos com um lote de sementes de H. caprifoliatum obtido em Teutônia-RS, e um lote comercial de H. perforatum e incluíram: caracterização das sementes de H. caprifoliatum (peso de mil sementes - PMS, cor, tamanho); comparação da germinação com H. perforatum, em BOD e sobre papel, aos 34 dias, quanto à necessidade de luz (sem luz - 7 e 21 dias); tratamentos para superação de dormência (KNO3 - 0,2%, ácido giberélico - 0,5g/l, imersão em água à 70°C - 15 minutos); temperatura para teste de germinação em meio ágar-água - 6g/l (20°C, 25°C, 30°C e 20 - 30°C); emergência de plântulas aos 30 e 52 dias sob cultivo protegido e BOD, utilizando substrato comercial, sob diferentes temperaturas (20 - 30°C, 25°C,30°C); comparação do cultivo protegido e condições de campo para obtenção de mudas. Foram obtidos os seguintes resultados: As sementes apresentam PMS de 0,0205g, cor parda e 0,4 mm de comprimento. A germinação aos 34 dias com luz, foi 18%, e em H. perforatum 57 %; sem luz até 21 dias, foi 15% e, em H. perforatum, 55% com plântulas estioladas. A superação de dormência resultou em: testemunha 9%, KNO3 (0,2%) - 1%, ácido giberélico - 26%, água (70°C - 15 minutos) - 0%. A germinação em meio ágar-água, aos 60 dias: 20°C 64%, 20-30°C - 86%, 25°C - 18% e 30°C17%. A emergência (%) de plântulas em cultivo protegido, aos 30 dias, foi 33% e, em BOD: 20-30°C - 18%, 25°C - 36% e 30°C - 5%. A alteração da temperatura 30°C para 20°C, mantendo os outros tratamentos resultou, na contagem aos 52 dias: 20-30°C - 18%, 25°C - 42 % e 20°C - 29%. Mudas mais vigorosas foram obtidas em condições de campo. Os resultados indicam necessidade de luz, superação de dormência e temperatura inferior à 25°C para germinação de H. caprifoliatum, sendo possível sua propagação sexuada.

Influência ambiental e de parâmetros agronômicos na produção de poejo (Cunila galioides Benth.)

Cunila galioides (Lamiaceae), conhecida popularmente como poejo, é uma planta nativa encontrada em regiões de campos de altitude do sul do Brasil. Devido suas propriedades químicas é empregada na medicina popular e apresenta potencialidades de utilização como planta aromática, visando a extração do óleo essencial. Neste sentido, foram desenvolvidos quatro experimentos com o objetivo de gerar subsídios para a exploração comercial desta espécie, avaliando a influência de alguns parâmetros agronômicos e ambientais na produção quantitativa e qualitativa em três quimiotipos. Os experimentos desenvolvidos incluíram a propagação sexuada e assexuada, diferentes níveis de calagem aplicada ao substrato, distintos níveis de alumínio em hidroponia e o cultivo em condições de campo em cinco regiões agroecológicas no Rio Grande do Sul utilizando-se nove populações. Os resultados demonstraram que é possível realizar a propagação por sementes ou estaquia. A taxa de germinação de sementes é baixa, aumentando consideravelmente utilizando-se tratamentos de superação de dormência. A estaquia mostrou-se eficiente, mesmo sem a utilização de hormônios, indicando que o poejo é uma espécie de fácil enraizamento. A calagem mostrou efeito na produção de biomassa, teor e composição química do óleo essencial, ocorrendo interação entre quimiotipo e dosagem de calcário Foram observadas diferenças de tolerância ao alumínio entre os quimiotipos com aumento na concentração de flavonóides nas populações tolerantes. O cultivo em cinco regiões do Estado mostrou diferenças de produção de biomassa entre as populações e entre os locais, ocorrendo interação genótipo x ambiente. A composição química do óleo essencial das populações manteve-se praticamente estável, em todos os locais, com algumas variações. Observou-se, uma maior concentração de sesquiterpenos em alguns óleos essenciais que pode ser atribuída ao estresse ambiental.

Estudo de propagação de onda eletromagnética em estrutura geológica estratificada

Resumo não disponível.

Enraizamento de estacas de Camellia sinensis L. em função da época de coleta de ramos, genótipos e ácido indolbutírico

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Propagação de jambeiro vermelho (Syzygium malaccense L.) por estaquia de ramos herbáceos

The consumption of exotic fruits has been showing accentuated increase and the cultivated area is in expansion, generating demand for adequate culturing techniques. The Malay apple (Syzygium malaccense), with probable origin in India, has a fruit widely known and appreciated in the North and Northeasthern Brazilian states. The Malay apple tree is extremely tall and has a long juvenile period when propagated by seed, making its vegetative multiplication is desirable, to anticipate the productive period and decrease its size, and also to obtain uniform orchards. The experiment was conducted at UNESP/FCAV, Jaboticabal Campus, using Malay apple herbaceous cuttings subjected to treatments with indol butyric acid (IBA) (0; 1,000; 3,000 and 5,000 mgL(-1)) and cuttings with and without basal incision. The variables analyzed were percentage of survival and rooting of the cuttings, number and mean length of roots per cutting. The experiment was conducted under CRB on a factorial scheme (4 X 2) with 4 replicates constituted by 10 cuttings each. Data were analyzed by Tukey's mean test at 5% probability. The vegetative propagation by rooting of herbaceous cuttings of the Malay apple is possible, however, both IBA treatments and basal incision have not shown significant effect on the analyzed variables.

Influência da fonte material e do tempo de cura na propagação vegetativa da pitaya vermelha (Hylocereus undatus Haw)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)