Mining biomedical information from scientific literature

The rapid evolution and proliferation of a world-wide computerized network, the Internet, resulted in an overwhelming and constantly growing amount of publicly available data and information, a fact that was also verified in biomedicine. However, the lack of structure of textual data inhibits its direct processing by computational solutions. Information extraction is the task of text mining that intends to automatically collect information from unstructured text data sources. The goal of the work described in this thesis was to build innovative solutions for biomedical information extraction from scientific literature, through the development of simple software artifacts for developers and biocurators, delivering more accurate, usable and faster results. We started by tackling named entity recognition - a crucial initial task - with the development of Gimli, a machine-learning-based solution that follows an incremental approach to optimize extracted linguistic characteristics for each concept type. Afterwards, Totum was built to harmonize concept names provided by heterogeneous systems, delivering a robust solution with improved performance results. Such approach takes advantage of heterogenous corpora to deliver cross-corpus harmonization that is not constrained to specific characteristics. Since previous solutions do not provide links to knowledge bases, Neji was built to streamline the development of complex and custom solutions for biomedical concept name recognition and normalization. This was achieved through a modular and flexible framework focused on speed and performance, integrating a large amount of processing modules optimized for the biomedical domain. To offer on-demand heterogenous biomedical concept identification, we developed BeCAS, a web application, service and widget. We also tackled relation mining by developing TrigNER, a machine-learning-based solution for biomedical event trigger recognition, which applies an automatic algorithm to obtain the best linguistic features and model parameters for each event type. Finally, in order to assist biocurators, Egas was developed to support rapid, interactive and real-time collaborative curation of biomedical documents, through manual and automatic in-line annotation of concepts and relations. Overall, the research work presented in this thesis contributed to a more accurate update of current biomedical knowledge bases, towards improved hypothesis generation and knowledge discovery.

Turismo sustentável e educação ambiental nos parques naturais de Montesinho e Douro Internacional

Esta Tese insere-se no âmbito das Ciências e Engenharia do Ambiente e aborda as temáticas do Turismo Sustentável, Educação Ambiental e Áreas Protegidas. Na atualidade o turismo é considerado como um dos fenómenos sociais e económicos mais importantes e um instrumento com grande importância para o desenvolvimento dos países e regiões. A discussão em torno do conceito de turismo sustentável, embora nem sempre coincidentes, orienta para uma conceção onde a componente ambiental, social e económica constituem as principais dimensões que devem ser consideradas no seu desenvolvimento. As áreas protegidas são territórios cuja principal função é conservação do ambiente. Estes espaços protegidos possuem um conjunto de recursos que os potenciam para o desenvolvimento do turismo sustentável e educação ambiental contribuindo, desta forma, para o desenvolvimento sustentado das regiões. Atualmente o turismo sustentável e a educação ambiental são uma realidade cada vez mais presente nas áreas protegidas contribuindo com benefícios sociais, económicos e para o desenvolvimento sustentável das regiões. Pretendeu-se com este trabalho analisar as opiniões e perceções dos visitantes, dos responsáveis dos empreendimentos turísticos, das associações locais e os dirigentes políticos, sobre o turismo sustentável e educação ambiental nos Parques Naturais de Montesinho e Douro Internacional com vista à apresentação de iniciativas para o seu desenvolvimento.Para a concretização deste desiderato geral foi selecionada uma metodologia que englobou, por um lado, uma análise empírica, através da implementação de inquérito por questionários aos visitantes dos Parques Naturais de Montesinho e Douro Internacional. A recolha de informação junto dos empreendimentos turísticos e associações locais, inseridos nos territórios dos parques naturais. Por outro lado, o inquérito por entrevista foi o instrumento de recolha de informação utilizado junto dos responsáveis políticos dos Concelhos que integram os Parques Naturais de Montesinho e Douro Internacional. Dos resultados obtidos, destaca-se que os visitantes, na maioria, são pessoas que visitaram estes parques pela primeira ou segunda vez, não ficam alojados na área e visitaram o parque acompanhados. Salienta-se a opinião favorável, destes, sobre a existência de áreas protegidas em Portugal e sobre a contribuição que estas podem dar para a conservação do ambiente, representando um recurso importante para as gerações futuras. Destaca-se, também, a opinião positiva sobre a visita aos parques e a consideração de que é importante o desenvolvimento do turismo e da educação ambiental. Em relação aos empreendimentos turísticos que participaram no estudo verificou-se que são, principalmente da tipologia de espaço rural. Além da oferta de alojamento, alguns empreendimentos turísticos disponibilizam atividades turísticas nos parques. Os responsáveis são da opinião que os parques são uma mais-valia para a região e tem uma opinião favorável sobre o desenvolvimento do turismo sustentável nas áreas em estudo. No que concerne às associações, verificou-se que as atividades que desenvolvem não estão vocacionadas para o turismo e educação ambiental. No entanto, estas associações também consideram importante a existência dos parques na região e que o turismo sustentável e a educação ambiental são duas componentes complementares que podem contribuir para o desenvolvimento sustentável das áreas dos parques. A opinião dos dirigentes dos municípios que integram os parques naturais de Montesinho e Douro Internacional orienta-se no mesmo sentido. Estes são de opinião que é necessário desenvolver uma estratégia e implementar medidas para o desenvolvimento do turismo sustentável nos parques naturais. Esperamos que os resultados desta investigação possam, de alguma forma, contribuir para orientar as iniciativas e ações de desenvolvimento do turismo sustentável e educação ambiental dos diversos agentes que atuam nos Parques Naturais de Montesinho e Douro Internacional.

Didática de línguas e cultura linguística no Colégio D. José I

Parti do pressuposto de que uma Cultura Linguística construída de forma sólida em todas as suas vertentes favorece o conhecimento e o contacto com o Outro, proporcionando o enriquecimento cultural e linguístico. Seguro de que a actual orientação plural da Didática das Línguas desempenha um papel fulcral numa sociedade global como aquela em que vivemos e que a escola é um lugar de encontro de alunos, de culturas e línguas, decidi que era importante identificar as imagens das línguas escolares que se manifestam na comunidade educativa do Colégio D. José I em Aveiro. Este trabalho é realizado com a colaboração de um grupo de alunos de Espanhol do sétimo ano de escolaridade para seguidamente perceber como reagem os mesmos ao tratamento da temática das imagens das línguas e se é possível obter como resultado as transformações da Cultura Linguística. Para tal, segui uma metodologia de investigação com características de investigação-acção, já que o estudo iria decorrer no terreno com o intuito de tentar perceber para agir em conformidade com a realidade e tendo como universo os alunos de Espanhol do sétimo ano de escolaridade. Foram utilizados quatro instrumentos de recolha de dados: frases construídas pelos alunos de Espanhol relativas às línguas escolares; o registo áudio da aula em que se debateram ideias e os resultados do trabalho de campo; um inquérito por questionário adaptado de estudos anteriores; uma revisitação das frases dos alunos sobre as línguas escolares. Os dados foram analisados com recurso ao programa Excel e as questões abertas sujeitas a análise de conteúdo. A análise permitiu concluir que o panorama relativo às imagens das línguas escolares tem sofrido subtis alterações ao longo da última década, principalmente no tocante ao Francês e ao Espanhol, e que os alunos reagem, não só de forma positiva como mostram sofrer subtis mudanças na sua Cultura linguística. Face às conclusões obtidas propõe-se um caminho apoiado em princípios enquadradores de uma educação plurilingue e de aceitação do Outro, passível de promover imagens mais positivas das línguas e das suas aprendizagens e favorecer a construção da Cultura Linguística nos alunos. Considero ainda que a escola deve ser o elemento facilitador de um contacto saudável entre as línguas e os alunos, criando assim tendências de contactos mais diversificados a longo prazo.

Barrier properties of poly(lactic acid) based films

In recent years, the search for a environmentally friendly products has increased. One of the major challenges has been the demand for biodegradable materials that can replace plastic. If a few decades ago, plastic replaced, for example, the ivory in billiard balls, and in other products, saving the lives of thousands elephants, nowadays a replacement for that plastic is being searched, to prevent the change of the environmental conditions, essential to life in harmonly with the fauna and flora that the human specie has, in recent years, destroyed. Plastic is a petroleum derivate, whose price has been growing exponentially, mainly due to the fact of beind a cheap material and also to enable the production of products that are essential to modern life. Therefore, the petrochemical era is going to come to an end and a new environmentally sustainable era, based on biodegradable materials from renewable sources, will follow. The change to green routes only will be possible with the support of the major companies, and the implementation of drastic governmental law. Poly(lactic acid), PLA, is produced from the lactose present in the corn or sugarcane and has been intensively studied in recent years because if some limitants properties required its extrusion are overcome, it has the potential to replace the traditional polymers. PLA have high brittleness, low toughness and low tensile elongation. In this work, natural antioxidant (alpha-tocopherol) and synthetics antioxidants (BHT ant TBHQ) were added to the PLA with the aim not only to improve their flexibility, but also to create an active packaging to extend the shelf life of the foods and improve the organoleptic properties by preventing food losses. The impact of the addition of antioxidants into the PLA films, in its mechanical, thermal and barrier properties were studied by FTIR, DSC, SEM, AFM, DMA, TGA, QCM and time-lag techniques.

Propriedades intrínsecas e de processamento de termoplásticos elastoméricos incorporando borracha de pneu reciclada

O trabalho apresentado tem por objetivo contribuir para a valorização da borracha proveniente de pneus em fim de vida, assente em princípios de sustentabilidade ambiental. A abordagem adotada para a concretização deste objetivo consiste na incorporação de borracha de pneus em formulações de base termoplástica e elastomérica (TPE), adequadas ao processo de moldação por injeção. São desenvolvidos estudos sobre a morfologia, propriedades mecânicas, térmicas e reológicas das ligas poliméricas à base de granulado de borracha de pneu (GTR). A falta de adesão entre o GTR e a matriz polimérica leva à degradação das propriedades mecânicas dos materiais obtidos. A estratégia explorada passa pela utilização de um elastómero para promover o encapsulamento do GTR e, desta forma, procurar obter ligas com propriedades mecânicas características de um TPE. São analisadas ligas ternárias (TPEGTR) compostas por polipropileno (PP) de elevada fluidez, GTR e elastómero virgem. O efeito da presença de diferentes elastómeros nas ligas é analisado neste trabalho: um elastómero de etilenopropileno- dieno (EPDM), e um novo elastómero de etileno-propileno (EPR) obtido por catálise metalocénica. O estudo da morfologia das ligas obtidas mostra haver interação entre os materiais, sendo possível inferir a viabilidade da estratégia adotada para promover a adesão do GTR. A incorporação de elastómero promove o aumento da resistência ao impacto e da extensão na rotura nas ligas, o que é atribuído, fundamentalmente, ao encapsulamento do GTR e ao aumento da tenacidade da matriz termoplástica. Com o objetivo de avaliar a influência da estrutura cristalina das ligas TPEGTR no seu comportamento mecânico, procede-se à análise do processo de cristalização sob condições isotérmicas e não isotérmicas. Neste estudo, é avaliado o efeito da presença dos materiais que constituem a fase elastomérica na cinética de cristalização. Para cada uma das ligas desenvolvidas, recorre-se ao modelo de Avrami para avaliar o efeito da temperatura no mecanismo de nucleação, na morfologia das estruturas cristalinas e na taxa de cristalização. Recorre-se à reometria capilar para estudar, sob condições estacionárias, o comportamento reológico das ligas TPEGTR. O modelo de Cross-WLF é utilizado para avaliar o comportamento reológico de todos os materiais, obtendo-se resultados similares àqueles obtidos experimentalmente. O comportamento reológico dos polímeros PP, EPR e EPDM é do tipo reofluidificante, tendo o EPR um comportamento reológico similar ao do PP e o EPDM um comportamento reo-fluidificante mais pronunciado. Em todas as ligas analisadas o comportamento reológico revela-se do tipo reo-fluidificante, sendo que a presença de GTR promove o aumento da viscosidade. Os parâmetros obtidos do modelo de Cross-WLF são utilizados para realizar a simulação da etapa de injeção recorrendo a um software comercial. Os resultados obtidos são validados experimentalmente pelo processo de moldação por injeção, evidenciando uma boa adequabilidade da aplicação deste modelo a estas ligas. O trabalho desenvolvido sobre ligas TPEGTR, constitui um contributo para a valorização da borracha proveniente de pneus em fim de vida, assente em princípios de sustentabilidade ambiental.

Sistema automático de medida usando o sistema GSM

Este artigo apresenta um sistema automático de aquisição de dados com aplicação na monitorização da qualidade da água, não só do mar mas também de rios, lagos e lagoas. É um instrumento ambiental bastante útil, baseado numa estação de medida situada numa bóia que envia os dados via GSM para uma estação em Terra.

Importância económica dos recursos naturais, bens e serviços ambientais na confluência dos rios Tejo e Zêzere

Dissertação mest., Gestão e Conservação da Natureza, Universidade do Algarve, 2008

Paralelização automática de algoritmos matriciais

Tese de dout., Engenharia Electrónica e Computação, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2003

Processamento de emoções realizado por sujeitos com traumatismo crânio-encefálico

Tese de dout., Psicologia, Faculdade de Ciências Humanas e Sociais, Univ. do Algarve, 2010

Conhecimento profissional dos professores de ciências naturais do 3º CEB no âmbito da unidade didática "Alimentação e digestão - sistema digestivo"

Dissertação de mest., Didática e Inovação no Ensino das Ciências (Biologia/Geologia), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2011

Estudo da evolução da microbiota em fermentações naturais de azeitona verde do Algarve

Disssertação de mest., Tecnologia de Alimentos, Instituto Superior de Engenharia, Univ. do Algarve, 2011

Coreference resolution for portuguese using parallel corpora word alignment

A área de Extração da Informação tem como objetivo essencial investigar métodos e técnicas para transformar a informação não estruturada presente em textos de língua natural em dados estruturados. Um importante passo deste processo é a resolução de correferência, tarefa que identifica diferentes sintagmas nominais que se referem a mesma entidade no discurso. A área de estudos sobre resolução de correferência tem sido extensivamente pesquisada para a Língua Inglesa (Ng, 2010) lista uma série de estudos da área, entretanto tem recebido menos atenção em outras línguas. Isso se deve ao fato de que a grande maioria das abordagens utilizadas nessas pesquisas são baseadas em aprendizado de máquina e, portanto, requerem uma extensa quantidade de dados anotados.

Processamento de emoções em traumatismos crânio-encefálicos frontais

Os traumatismos crânio-encefálicos (TCE) são a causa mais frequente de lesão cerebral em jovens adultos, integrando o campo de intervenção mais frequente na prática neuropsicológica (Portellano, 2005), sendo o lobo frontal uma das estruturas cerebrais mais vulneráveis ao impacto que ocorre no cérebro durante um TCE. Lesões nesta estrutura cerebral estão frequentemente associadas a sequelas em diferentes funções cognitivas, alterações a nível do comportamento emocional e social e que podem alterar gravemente o estilo de vida do doente. Está bem documentado na literatura a relação entre o reconhecimento visual de emoções e o lobo frontal (ver, por exemplo Green, Turner, & Thompson, 2004; Croker & McDonald, 2005; Radice-Neumanet al., 2007). Os estudos indicam uma marcada dificuldade por partes destes sujeitos no reconhecimento visual de emoções básicas e uma associação entre esta dificuldade e as sequelas comportamentais (ver, por exemplo, Radice-Neumanet al., 2007). Relativamente à valência das emoções, investigações prévias indicam que existe uma maior dificuldade no reconhecimento das emoções negativas, comparativamente às emoções positivas, sendo consensual que a alegria é a emoção básica mais bem reconhecida no grupo clínico de sujeitos com TCE, quando comparados com grupos não-clínicos. Pretendemos com a presente investigação dar continuidade ao estudo sobre o processamento de emoções e verificar se existe um compromisso no reconhecimento visual de emoções básicas em doentes com TCE frontais. Adicionalmente, procuramos investigar se existe uma associação entre o reconhecimento de emoções e o desempenho dos sujeitos em provas que avaliam o funcionamento executivo. Participaram no estudo 17 sujeitos com TCE recente no lobo frontal, e/ou em regiões subcorticais com conexão aos lobos frontais, recrutados nas unidades de Neurotraumatologia, Neuropsicologia e de Neurocirurgia do Hospital de S. José, em Lisboa. Este grupo foi emparelhado a um grupo de controlo constituído por 17 sujeitos saudáveis. A ambos os grupos foi aplicada uma entrevista clínica para recolha de dados sócio-demográficos e clínicos, testes neuropsicológicos para avaliação das funções executivas e cinco sub-testes adaptados da Florida Affect Battery (FAB) para avaliar o processamento de emoções. No geral, os resultados revelam um desempenho estatisticamente inferior no grupo TCE nas provas de avaliação do reconhecimento visual de emoções, quando comparado com o grupo de controlo, sobretudo para as emoções “triste” e “zangada”. Contudo, não existe compromisso no reconhecimento da emoção “alegria”. Relativamente às funções executivas, os resultados do estudo indicam que existe correlação entre a maioria das componentes avaliadas e o reconhecimento de emoções. Em suma, o nosso estudo indica a existência de um compromisso no reconhecimento visual de emoções no grupo clínico com TCE, sendo a dificuldade superior no reconhecimento de emoções negativas. Demonstramos também uma correlação inequívoca entre a disfunção executiva e a dificuldade no reconhecimento de emoções nos doentes com TCE.

French-greek machine translation of imperative sentences: issues in aspect and mood from a controlled language perspective

The present dissertation examines how grammatical aspect and mood are handled by machine translation (MT) systems within the scope of imperative sentences (orders, recommendations) when dealing with the language pair French-Greek (unidirectional, towards Greek). As the grammatical category of aspect is not expressed in the same way in both languages, choosing the correct aspect value when translating a verb from French to Greek can pose problems. We are interested in describing the types of errors that occur and their frequency in a corpus taken from texts pertaining to the security domain and from technical manuals, where imperative sentences are very common. In order to further delimit our research, our sample consists of sentences that comply with the general principles of simplicity and readability provided by several controlled language guidelines and aimed at higher translatability when having MT in mind. In a second phase, this study aims at discovering how modifying some of the control rules would help (or not) the MT systems better decide upon the translation of aspect and mood.

Aplicação de embalagens ativas com agentes naturais na preservação de alimentos

Este trabalho teve como principal objetivo estudar o efeito de 3 tipos de filme compostos por quitosano, extrato de graínha de uva (EGU) e carvacrol em três matrizes alimentares. As amostras foram embaladas e armazenadas durante 15 dias a 10 ºC e 65% de umidade. A cor (parâmetros Lab), perfil de textura, pH, atividade da água e % de umidade foram avaliados. No salmão verificou-se que o filme com maior concentração de EGU (filme 1) mostrou ser mais eficaz na manutenção da cor laranja/avermelhada (a inicial fresco-9,6; a final filme 1-9,3). Os perfis de textura seguiram o mesmo comportamento para todas as amostras (p>0,05). O pHaumentou de 6,3 a 8,8 na amostra de salmão fresco. O filme 1 foi o que se destacou com valores depHde 7,10 nos dias 1, 2 e 4 (p<0,05). A umidade e atividade da água diminuíram (58-34,49)e aumentaram, respetivamente (0,957-0,974). No abacaxi os valores normalizados de luminosidade variaram entre 0,98 (dia 1) e 0,64 (15 dias de armazenamento). Os valores normalizados de pHforam semelhantes variando entre 0,84 e 1. O fruto perdeu a sua firmeza, contudo os filme 2 e 3 mantiveram as características mais próximas das iniciais. A umidade e a atividade da água não sofreram alterações significativas (p>0,05). No queijo, o filme 3 manteve a sua cor, com valores de ae bmuito próximos à amostra fresco do dia 0. O pHe a textura não apresentaram diferenças significativas (p>0,05) ao longo do tempo. A umidade e a atividade da água apresentaram valores muito próximos, com exceção do filme 2 que diminuiu ao fim dos 15 dias para 0,92. Em geral, verificou-se uma melhoria das amostras relativamente ao ao pH e à cor e uma perda de firmeza. Conclui-se que estes agentes naturais se apresentam, em alguns parâmetros com potencial para desenvolver embalagens ativas com vista ao aumento do tempo de vida útil dos alimentos.