Le motif d’empaquetage le long du sillon: une nouvelle entité structurale récurrente dans les ARN ribosomiques

La plupart des molécules d’ARN doivent se replier en structure tertiaire complexe afin d’accomplir leurs fonctions biologiques. Cependant, les déterminants d’une chaîne de polynucléotides qui sont nécessaires à son repliement et à ses interactions avec d’autres éléments sont essentiellement inconnus. L’établissement des relations structure-fonction dans les grandes molécules d’ARN passe inévitablement par l’analyse de chaque élément de leur structure de façon individuelle et en contexte avec d’autres éléments. À l’image d’une construction d’immeuble, une structure d’ARN est composée d’unités répétitives assemblées de façon spécifique. Les motifs récurrents d’ARN sont des arrangements de nucléotides retrouvés à différents endroits d’une structure tertiaire et possèdent des conformations identiques ou très similaires. Ainsi, une des étapes nécessaires à la compréhension de la structure et de la fonction des molécules d’ARN consiste à identifier de façon systématique les motifs récurrents et d’en effectuer une analyse comparative afin d’établir la séquence consensus. L’analyse de tous les cas d’empaquetage de doubles hélices dans la structure du ribosome a permis l’identification d’un nouvel arrangement nommé motif d’empaquetage le long du sillon (AGPM) (along-groove packing motif). Ce motif est retrouvé à 14 endroits dans la structure du ribosome de même qu’entre l’ARN ribosomique 23S et les molécules d’ARN de transfert liées aux sites ribosomaux P et E. Le motif se forme par l’empaquetage de deux doubles hélices via leur sillon mineur. Le squelette sucre-phosphate d’une hélice voyage le long du sillon mineur de l’autre hélice et vice versa. Dans chacune des hélices, la région de contact comprend quatre paires de bases. L’empaquetage le plus serré est retrouvé au centre de l’arrangement où l’on retrouve souvent une paire de bases GU dans une hélice interagissant avec une paire de bases Watson-Crick (WC) dans l’autre hélice. Même si la présence des paires de bases centrales GU versus WC au centre du motif augmente sa stabilité, d’autres alternatives existent pour différents représentants du motif. L’analyse comparative de trois librairies combinatoires de gènes d’AGPM, où les paires de bases centrales ont été variées de manière complètement aléatoire, a montré que le contexte structural influence l’étendue de la variabilité des séquences de nucléotides formant les paires de bases centrales. Le fait que l’identité des paires de bases centrales puisse varier suggérait la présence d’autres déterminants responsables au maintien de l’intégrité du motif. L’analyse de tous les contacts entre les hélices a révélé qu’en dehors du centre du motif, les interactions entre les squelettes sucre-phosphate s’effectuent via trois contacts ribose-ribose. Pour chacun de ces contacts, les riboses des nucléotides qui interagissent ensemble doivent adopter des positions particulières afin d’éviter qu’ils entrent en collision. Nous montrons que la position de ces riboses est modulée par des conformations spécifiques des paires de bases auxquelles ils appartiennent. Finalement, un autre motif récurrent identifié à l’intérieur même de la structure de trois cas d’AGPM a été nommé « adenosine-wedge ». Son analyse a révélé que ce dernier est lui-même composé d’un autre arrangement, nommé motif triangle-NAG (NAG-triangle). Nous montrons que le motif « adenosine-wedge » représente un arrangement complexe d’ARN composé de quatre éléments répétitifs, c’est-à-dire des motifs AGPM, « hook-turn », « A-minor » et triangle-NAG. Ceci illustre clairement l’arrangement hiérarchique des structures d’ARN qui peut aussi être observé pour d’autres motifs d’ARN. D’un point de vue plus global, mes résultats enrichissent notre compréhension générale du rôle des différents types d’interactions tertiaires dans la formation des molécules d’ARN complexes.

Le vieillissement chronologique de Schizosaccharomyces pombe : Implication des voies de détection du glucose

La première augmentation de la longévité en laboratoire fût observée à la suite d’une intervention nutritionnelle consistant en une réduction de l’apport alimentaire chez le rat. Plus tard, ce phénomène a été reproduit dans de très nombreuses espèces et référé en tant que restriction calorique. Le développement des techniques de biologie moléculaire moderne a permis de montrer dans des organismes modèles simples que cette flexibilité du processus de vieillissement était régulée par des facteurs génétiques. De fait, plusieurs mécanismes cellulaires ont alors pu être identifiés comme responsables de ce contrôle du vieillissement. Ces voies de régulation ont révélées être conservées entre les espèces, depuis les levures jusqu’aux organismes multicellulaires tels que le nématode, la mouche ou la souris, suggérant l’existence d’un programme universel de vieillissement dans le vivant. La levure s’est avéré à plusieurs reprises être un modèle puissant et fiable pour la découverte de gènes impliqués dans ce phénomène. Mon étude a consisté au développement d’un nouveau modèle unicellulaire d’étude du vieillissement à travers l’espèce Schizosaccharomyces pombe appelée aussi levure à fission. La première étape de mon travail a montré que les voies de détection des nutriments gouvernées par la sérine/thréonine protéine kinase A (Pka1) et la sérine/thréonine kinase Sck2 contrôlent le vieillissement chronologique de ces cellules comme il était connu dans la levure Saccharomyces cerevisiae. Ceci permit de valider l’utilisation de la levure à fission pour l’étude du vieillissement. Ensuite, nous avons analysé plus en détail l’effet pro-vieillissement du glucose en étudiant le rôle de sa détection par le récepteur membranaire Git3 couplé à la protéine G (Gpa2) en amont de la kinase Pka1. La perte du signal du glucose par la délétion de Git3 imite partiellement l’effet d’augmentation de longévité obtenu par baisse de la concentration en glucose dans le milieu. De plus, l’effet néfaste du signal du glucose est maintenu en absence de tout métabolisme du glucose suite à la mutation des hexokinases, premières enzymes de la glycolyse. L’ensemble de ces résultats suggèrent que la signalisation du glucose est prédominante sur son métabolisme pour son effet pro-vieillissement. D’autre part, à la fois la suppression de cette signalisation et la baisse de niveau de glucose disponible allongent la durée de vie en corrélation avec une augmentation de la résistance au stress, une hausse d’activité mitochondriale et une baisse de production de radicaux libres. Finalement, le criblage d’une banque de surexpression d’ADNc a permis d’identifier plusieurs gènes candidats responsables de ces effets en aval de la voie de signalisation Git3/PKA. La recherche sur les mécanismes moléculaires du vieillissement propose une nouvelle approche, un nouvel angle de vue, pour la compréhension des fonctions cellulaires et promet d’apporter de précieuses clefs pour mieux comprendre certaines maladies. En effet, le vieillissement est la première cause d’apparition de nombreuses affections comme les cancers, les maladies cardiovasculaires et métaboliques ou les maladies neurodégénératives tels que les syndromes d’Alzheimer et de Parkinson.

La délocalisation et son impact sur les employés transférés: une étude de cas dans le secteur des services

Les transformations économiques visant la création d’un marché mondial unique, le progrès technologique et la disponibilité d’une main-d’œuvre qualifiée dans les pays à bas salaire amènent les dirigeants des entreprises à réexaminer l’organisation et la localisation de leurs capacités productives de façon à en accroître la flexibilité qui est, selon plusieurs, seule garante de la pérennité de l’organisation (Atkinson, 1987; Patry, 1994; Purcell et Purcell, 1998; Kennedy 2002; Kallaberg, Reynolds, Marsden, 2003; Berger, 2006). Une stratégie déployée par les entreprises pour parvenir à cette fin est la délocalisation (Kennedy, 2002; Amiti et Wei, 2004; Barthélemy, 2004; Trudeau et Martin, 2006; Olsen, 2006). La technologie, l’ouverture des marchés et l’accès à des bassins nouveaux de main-d’œuvre qualifiée rendent possible une fragmentation de la chaîne de production bien plus grande qu’auparavant, et chaque maillon de cette chaîne fait l’objet d’un choix de localisation optimale (Hertveldt et al., 2005). Dans ces conditions, toutes les activités qui ne requièrent aucune interaction complexe ou physique entre collègues ou entre un employé et un client, sont sujettes à être transférées chez un sous-traitant, ici ou à l’étranger (Farrell, 2005). La plupart des recherches traitant de l’impartition et des délocalisations se concentrent essentiellement sur les motivations patronales d’y recourir (Lauzon-Duguay, 2005) ou encore sur les cas de réussites ou d’échecs des entreprises ayant implanté une stratégie de cette nature (Logan, Faught et Ganster, 2004). Toutefois, les impacts sur les employés de telles pratiques ont rarement été considérés systématiquement dans les recherches (Benson, 1998; Kessler, Coyle-Shapiro et Purcell, 1999; Logan et al., 2004). Les aspects humains doivent pourtant être considérés sérieusement, car ils sont à même d’être une cause d’échec ou de réussite de ces processus. La gestion des facteurs humains entourant le processus de délocalisation semble jouer un rôle dans l’impact de l’impartition sur les employés. Ainsi, selon Kessler et al. (1999), la façon dont les employés perçoivent la délocalisation serait influencée par trois facteurs : la manière dont ils étaient gérés par leur ancien employeur (context), ce que leur offre leur nouvel employeur (pull factor) et la façon dont ils sont traités suite au transfert (landing). La recherche vise à comprendre l’impact de la délocalisation d’activités d’une entreprise sur les employés ayant été transférés au fournisseur. De façon plus précise, nous souhaitons comprendre les effets que peut entraîner la délocalisation d’une entreprise « source » (celle qui cède les activités et les employés) à une entreprise « destination » (celle qui reprend les activités cédées et la main-d’œuvre) sur les employés transférés lors de ce processus au niveau de leur qualité de vie au travail et de leurs conditions de travail. Plusieurs questions se posent. Qu’est-ce qu’un transfert réussi du point de vue des employés? Les conditions de travail ou la qualité de vie au travail sont-elles affectées? À quel point les aspects humains influencent-t-ils les effets de la délocalisation sur les employés? Comment gérer un tel transfert de façon optimale du point de vue du nouvel employeur? Le modèle d’analyse est composé de quatre variables. La première variable dépendante (VD1) de notre modèle correspond à la qualité de vie au travail des employés transférés. La seconde variable dépendante (VD2) correspond aux conditions de travail des employés transférés. La troisième variable, la variable indépendante (VI) renvoie à la délocalisation d’activités qui comporte deux dimensions soit (1) la décision de délocalisation et (2) le processus d’implantation. La quatrième variable, la variable modératrice (VM) est les aspects humains qui sont examinés selon trois dimensions soit (1) le contexte dans l’entreprise « source » (Context), (2) l’attrait du nouvel employeur (pull factor) et (3) la réalité chez le nouvel employeur (landing). Trois hypothèses de recherche découlent de notre modèle d’analyse. Les deux premières sont à l’effet que la délocalisation entraîne une détérioration de la qualité de vie au travail (H1) et des conditions de travail (H2). La troisième hypothèse énonce que les aspects humains ont un effet modérateur sur l’impact de la délocalisation sur les employés transférés (H3). La recherche consiste en une étude de cas auprès d’une institution financière (entreprise « source ») qui a délocalisé ses activités technologiques à une firme experte en technologies de l’information (entreprise « destination »). Onze entrevues semi-dirigées ont été réalisées avec des acteurs-clés (employés transférés et gestionnaires des deux entreprises). Les résultats de la recherche indiquent que la délocalisation a de façon générale un impact négatif sur les employés transférés. Par contre, cette affirmation n’est pas généralisable à tous les indicateurs étudiés de la qualité de vie au travail et des conditions de travail. Les résultats mettent en évidence des conséquences négatives en ce qui a trait à la motivation intrinsèque au travail, à l’engagement organisationnel ainsi qu’à la satisfaction en lien avec l’aspect relationnel du travail. La délocalisation a également entraîné une détérioration des conditions de travail des employés transférés soit au niveau de la sécurité d’emploi, du contenu et de l’évaluation des tâches, de la santé et sécurité au travail et de la durée du travail. Mais, d’après les propos des personnes interviewées, les conséquences les plus importantes sont sans aucun doute au niveau du salaire et des avantages sociaux. Les conséquences de la délocalisation s’avèrent par contre positives lorsqu’il est question de l’accomplissement professionnel et de la satisfaction de l’aspect technique du travail. Au niveau de la confiance interpersonnelle au travail, l’organisation du travail, la formation professionnelle ainsi que les conditions physiques de l’emploi, les effets ne semblent pas significatifs d’après les propos recueillis lors des entrevues. Enfin, les résultats mettent en évidence l’effet modérateur significatif des aspects humains sur les conséquences de la délocalisation pour les employés transférés. L’entreprise « source » a tenté d’amoindrir l’impact de la délocalisation, mais ce ne fut pas suffisant. Comme les employés étaient fortement attachés à l’entreprise « source » et qu’ils ne désiraient pas la quitter pour une entreprise avec une culture d’entreprise différente qui leur paraissait peu attrayante, ces dimensions des aspects humains ont en fait contribué à amplifier les impacts négatifs de la délocalisation, particulièrement sur la qualité de vie au travail des employés transférés. Mots clés : (1) délocalisation, (2) impartition, (3) transfert d’employés, (4) qualité de vie au travail, (5) conditions de travail, (6) technologies de l’information, (7) entreprise, (8) gestion des ressources humaines.

Caractérisation de la réponse immunitaire cellulaire dirigée contre ARFP et cartographie des épitopes du génotype 3a lors de l’infection au virus de l’hépatite C

L’interféron-α pegylé en combinaison avec la ribavirin est le seul traitement approuvé pour le traitement de l’infection au virus de l’hépatite C (VHC). L’efficacité est de 50-75%, la thérapie est coûteuse et induit beaucoup d’effets secondaires. Il est impératif d’avoir une meilleure compréhension de la pathogenèse du VHC afin de développer des traitements plus efficaces ou un vaccin. À cette fin, notre approche est de caractériser la réponse immunitaire cellulaire induite par ARFP, un antigène nouveau et conservé chez le VHC, et de cartographier les épitopes de la réponse immunitaire cellulaire d’un patient infecté au génotype 3a ayant résolu spontanément. Le génotype 3a, étant prévalant chez les utilisateurs de drogues intraveineuses (IDUs) constitue 60% des nouvelles infections. Peu d’épitopes furent identifiés auparavant pour ce génotype, ce qui rend l’étude de la réponse immunitaire difficile chez cette population. Dans cette étude, pour la réponse immunitaire cellulaire dirigée contre ARFP, nous n’avons pas observé de différence significative entre les patients ayant résolu spontanément comparativement avec ceux ayant développé une infection persistante. Ceci suggère fortement que ARFP ne joue pas un rôle majeur lors de la résolution de l’infection aigue au VHC. Pour la caractérisation de la réponse immunitaire cellulaire chez un des patients infectés au génotype 3a, nous avons identifié et caractérisé 5 épitopes spécifiquement reconnus par des lymphocytes T, CD3+, CD4+ et CD8- : E2504-521, NS31064-1081, NS4b1759-1776, NS5a2074-2091, NS5b2421-2436. Nous avons comparé avec ceux connus pour le génotype 1a. Nous avons identifié 4 nouveaux épitopes. Enfin, l’épitope NS4b1759-1776, identifié auparavant, pourrait s’avérer être un candidat intéressant dans la mise au point d’un vaccin à base de peptides immunogéniques contre le VHC.

Pharmacogénétique du DHFR chez les enfants leucémiques

Le dihydrofolate réductase (DHFR) est la principale cible du méthotrexate, un important composant du traitement de la leucémie lymphoblastique aiguë (LLA). Une association des polymorphismes du promoteur de DHFR avec l’issue de la LLA a été mise en évidence au laboratoire. Une survie sans événement (EFS) réduite corrélait avec les allèles A -317 et C -1610, et l’haplotype *1, défini par ces allèles. L’haplotype *1 était aussi associé à une expression élevée du DHFR. Dans cette étude, nous étendons l’analyse à la région régulatrice adjacente, d’environ 400 pb, correspondant au transcrit mineur non-codant du DHFR, qui joue un rôle essentiel dans la régulation de la transcription au niveau du promoteur majeur. Six polymorphismes ont été identifiés, parmi lesquels 5 étaient des SNPs et un polymorphisme de longueur composé d’un nombre variable d’éléments de 9 pb et d’une insertion/délétion de 9 pb. L’analyse d’haplotype, incluant tous les polymorphismes promoteurs, a révélé une diversification de l’haploytpe *1 en 5 sous-types (*1a à *1e). Les variations du promoteur majeur et les sous-types de l’haplotype *1 ont été par la suite analysés pour l’association avec l’issue de LLA. Un EFS réduit corrélait avec l’allèle A du polymorphisme G308A (p=0,02) et avec l’haplotype *1 (p=0,01). Des niveaux élevées d’ARNm étaient trouvés chez les porteurs de l’haplotype *1b (p=0,005) et pas pour les autres sous-types de l’haplotype *1. Alors, la mauvaise issue de LLA associée avec l'haplotype *1 est en effet déterminée par le sous-type *1b. Cette étude donne un nouvel aperçu des polymorphismes régulateurs du DHFR définissant plus précisément les variations du DHFR prédisposant un événement.

Studies toward the total synthesis of natural and unnatural aeruginosins

Nous avons démontré l’utilité du groupement protecteur tert-butylsulfonyle (N-Bus) pour la chimie des acides aminés et des peptides. Celui-ci est préparé en deux étapes, impliquant la réaction d’une amine avec le chlorure de tert-butylsulfinyle, suivie par l’oxydation par du m-CPBA, pour obtenir les tert-butylsulfonamides correspondants avec d’excellents rendements. Le groupement N-Bus peut être clivé par traitement avec 0.1 N TfOH/DCM/anisole à 0oC en 10h pour régénérer le sel d’ammonium. Une variété d’acides aminés N-Bus protégés ainsi que d’autres aminoacides peuvent alors être utilisés pour préparer divers dipeptides et tripeptides. A l’exception du groupe N-Fmoc, les conditions de déprotection du groupe N-Bus clivent également les groupements N-Boc, N-Cbz et O-Bn. Une déprotection sélective et orthogonale des groupes N-Boc, N-Cbz, N-Fmoc et O-Bn est également possible en présence du groupe protecteur N-Bus. Le nouvel acide aminé non-naturel (3R, 2R) 3–méthyl-D-leucine (β-Me-Leu) et son régioisomère 2-méthyle ont été synthétisés par ouverture d’une N-Ts aziridine en présence d’un excès de LiMe2Cu. Chacun des régioisomères du mélange (1:1,2) a été converti en la méthylleucine correspondante, puis couplé à l’acide D-phényllactique puis au motif 2-carboxyperhydroindole 4-amidinobenzamide en présence de DEPBT. Des élaborations ultérieures ont conduit à des analogues peptidiques non-naturels d’aeruginosines telles que la chlorodysinosine A. Les deux analogues ont ensuite été évalués pour leur activité inhibitrice de la thrombine et la trypsine. La présumée aeruginosine 3-sulfate 205B et son anomère β ont été synthétisés avec succès à partir de 5 sous-unités : la 3-chloroleucine, l’acide D-phényllactique, le D-xylose, le 2-carboxy-6-hydroxyoctahydroindole et l’agmatine. La comparaison des données RMN 1H et 13C reportées avec celles obtenues avec l’aeruginosine synthétique 205B révèle une différence majeure pour la position du groupe présumé 3'-sulfate sur l’unité D-xylopyranosyle. Nous avons alors synthétisés les dérivés méthyl-α-D-xylopyranosides avec un groupement sulfate à chacune des positions hydroxyles, afin de démontrer sans ambiguïté la présence du sulfate en position C-4' par comparaison des données spectroscopiques RMN 1H et 13C. La structure de l’aeruginosine 205B a alors été révisée. Une des étapes-clés de cette synthèse consiste en la formation du glycoside avec le groupe hydroxyle en C-6 orienté en axial sur la sous-unité Choi. Le 2-thiopyridylcarbonate s’est avéré une méthode efficace pour l’activation anomérique. Le traitement par AgOTf et la tétraméthylurée en solution dans un mélange éther-DCM permet d’obtenir l’anomère α désiré, qui peut alors être aisément séparé de l’anomère β par chromatographie

Imagerie à haut contraste et caractérisation d'exoplanètes par la spectroscopie intégrale de champ

Cette thèse porte sur l’amélioration des techniques d’imagerie à haut-contraste permettant la détection directe de compagnons à de faibles séparations de leur étoile hôte. Plus précisément, elle s’inscrit dans le développement du Gemini Planet Imager (GPI) qui est un instrument de deuxième génération pour les télescopes Gemini. Cette caméra utilisera un spectromètre à champ intégral (SCI) pour caractériser les compagnons détectés et pour réduire le bruit de tavelure limitant leur détection et corrigera la turbulence atmosphérique à un niveau encore jamais atteint en utilisant deux miroirs déformables dans son système d’optique adaptative (OA) : le woofer et le tweeter. Le woofer corrigera les aberrations de basses fréquences spatiales et de grandes amplitudes alors que le tweeter compensera les aberrations de plus hautes fréquences ayant une plus faible amplitude. Dans un premier temps, les performances pouvant être atteintes à l’aide des SCIs présentement en fonction sur les télescopes de 8-10 m sont investiguées en observant le compagnon de l’étoile GQ Lup à l’aide du SCI NIFS et du système OA ALTAIR installés sur le télescope Gemini Nord. La technique de l’imagerie différentielle angulaire (IDA) est utilisée pour atténuer le bruit de tavelure d’un facteur 2 à 6. Les spectres obtenus en bandes JHK ont été utilisés pour contraindre la masse du compagnon par comparaison avec les prédictions des modèles atmosphériques et évolutifs à 8−60 MJup, où MJup représente la masse de Jupiter. Ainsi, il est déterminé qu’il s’agit plus probablement d’une naine brune que d’une planète. Comme les SCIs présentement en fonction sont des caméras polyvalentes pouvant être utilisées pour plusieurs domaines de l’astrophysique, leur conception n’a pas été optimisée pour l’imagerie à haut-contraste. Ainsi, la deuxième étape de cette thèse a consisté à concevoir et tester en laboratoire un prototype de SCI optimisé pour cette tâche. Quatre algorithmes de suppression du bruit de tavelure ont été testés sur les données obtenues : la simple différence, la double différence, la déconvolution spectrale ainsi qu’un nouvel algorithme développé au sein de cette thèse baptisé l’algorithme des spectres jumeaux. Nous trouvons que l’algorithme des spectres jumeaux est le plus performant pour les deux types de compagnons testés : les compagnons méthaniques et non-méthaniques. Le rapport signal-sur-bruit de la détection a été amélioré d’un facteur allant jusqu’à 14 pour un compagnon méthanique et d’un facteur 2 pour un compagnon non-méthanique. Dernièrement, nous nous intéressons à certains problèmes liés à la séparation de la commande entre deux miroirs déformables dans le système OA de GPI. Nous présentons tout d’abord une méthode utilisant des calculs analytiques et des simulations Monte Carlo pour déterminer les paramètres clés du woofer tels que son diamètre, son nombre d’éléments actifs et leur course qui ont ensuite eu des répercussions sur le design général de l’instrument. Ensuite, le système étudié utilisant un reconstructeur de Fourier, nous proposons de séparer la commande entre les deux miroirs dans l’espace de Fourier et de limiter les modes transférés au woofer à ceux qu’il peut précisément reproduire. Dans le contexte de GPI, ceci permet de remplacer deux matrices de 1600×69 éléments nécessaires pour une séparation “classique” de la commande par une seule de 45×69 composantes et ainsi d’utiliser un processeur prêt à être utilisé plutôt qu’une architecture informatique plus complexe.

Le VEGF induit la synthèse du PAF par l’entremise de l’activation du VEGFR-2 : identification des phosphotyrosines impliquées

Notre laboratoire a démontré que la capacité proinflammatoire du vascular endothelial growth factor (VEGF-A165) implique la synthèse endothéliale du facteur d’activation plaquettaire (PAF) via l’activation du récepteur tyrosine kinase homodimérique VEGFR-2/R-2. La synthèse du PAF requiert l’activation de la p38 MAPK et p42/44 MAPK qui activent la phospholipase A2 secrétée de type V (sPLA2-V). Nous avons découvert que la synthèse aigue de prostacycline (PGI2) induite par le VEGF-A165 requiert l’activation des récepteurs hétérodimériques VEGFR-1/R-2. L’activation sélective des récepteurs du VEGF peut donc agir comme balance dans la synthèse de facteurs pro-(PAF) et anti-(PGI2) inflammatoire. Cependant, les tyrosines impliquées dans la transphosphorylation de VEGFR-2/R-2 menant à la synthèse du PAF sont inconnues. Par mutagenèse dirigée, nous avons effectué des transfections transitoires de cellules endothéliales avec des plasmides codant pour le VEGFR-2 dont les tyrosines ciblées ont été remplacées de façon séquentielle par une phénylalanine. Un vecteur vide pcDNA a été utilisé comme contrôle négatif. La stimulation des cellules endothéliales de l’aorte bovine (BAEC) transfectées avec le VEGF-A165 (1nM) pendant 15 minutes augmente la synthèse du PAF de 300%, laquelle était similaire dans les BAEC non transfectées. Dans les BAEC transfectées avec les vecteurs pcDNA codant pour les mutations Y801F, Y1059F, Y1175F et Y1214F, nous avons observé une réduction de 54, 73, 68, et 57% respectivement de la synthèse du PAF induite par le VEGF par rapport au pcDNA témoin. Nos résultats apportent un nouvel aperçu sur le mécanisme par lequel le VEGF induit la synthèse du PAF qui est connu pour sa contribution dans l’activité pro-inflammatoire du VEGF.

Adopter Tchekhov : étude sociolinguistique de trois traductions québécoises d'Oncle Vania (1983-2001)

Réalisé en codirection avec Hélène Buzelin

Le néo-chamanisme de Michael Harner : étude des transformations du chamanisme classique à la lumière de l’analyse des transformations religieuses selon Danièle Hervieu-Léger

Durant le dernier demi-siècle, la religion, comme tous les autres domaines d’activité humaine, a connu plusieurs transformations importantes. La diminution considérable, durant cette période, de la pratique religieuse institutionnalisée est accompagnée de l’apparition d’une multitude de nouvelles formes de spiritualités qui tentent de répondre aux besoins religieux de l’homme occidental. Parmi les multiples manifestations de ce genre, on découvre une spiritualité distincte, appelée néo-chamanisme ou chamanisme urbain, réunissant de nombreuses pratiques contemporaines qui se définissent comme chamaniques. Dans le cadre de ce mémoire, nous nous sommes concentrés sur l’étude du phénomène néo-chamanique de Michael Harner, ex-professeur et directeur du département d’anthropologie au Graduate Faculty of the New School for Social Research à New York, et fondateur de la Foundation for Shamanic Studies (à l’avenir : FSS). La présente recherche a pour but d’analyser le néo-chamanisme de Harner et de définir sa place parmi les nouvelles formes de religiosités. La théorie de la recomposition du religieux de Danièle Hervieu-Léger sert de cadre d’analyse pour cette nouvelle forme de spiritualité. Dans la première partie, nous traitons le phénomène religieux contemporain sous l’angle socioreligieux. Nous présentons un aperçu global des transformations que celui-ci subit en modernité sous l’impact de la sécularisation. À l’aide de la théorie des nouvelles formes religieuses de Danièle Hervieu-Léger, nous mettons en lumière les principales règles selon lesquelles une nouvelle configuration du religieux se déploie dans le contexte occidental contemporain. Dans la seconde partie, nous examinons le chamanisme traditionnel sous l’angle anthropologique. Nous faisons la lecture d’études classiques sur le chamanisme. Il apparaît que le chamanisme classique est communautaire, réservé à quelques personnes choisies par les esprits et que le processus laborieux d’initiation permettant d’accéder à cette fonction implique certains éléments spécifiques parmi lesquels on compte la maladie initiatique, la mort rituelle et la résurrection de la personne. Dans la troisième partie, nous examinons le néo-chamanisme de Harner. Nous rendons compte de son ouvrage majeur La voie spirituelle du chamane : Le Secret d'un sorcier indien d’Amérique du Nord et nous examinons l’expérience chamanique de la Foundation for Shamanic Studies (FSS). Il se dégage de cette étude que l’approche de Harner se veut l’expression d’un chamanisme fondamental et universel adapté à la société contemporaine. La pratique néo-chamanique de Harner se focalise sur le voyage chamanique et sur le contact avec le monde des esprits comme des éléments qui sont au cœur du chamanisme traditionnel. C’est une pratique axée principalement sur l’individu à des fins d’accomplissement de soi et d’(auto)guérison. Elle attire généralement des personnes dont le niveau de scolarité est élevé, disposées à payer pour les services fournis par la fondation. À la fin de notre étude, nous dégageons les conclusions générales suivantes : le néo-chamanisme de Harner s’éloigne de la tradition chamanique et la transforme en une spiritualité nouvelle adaptée aux besoins des Occidentaux; il reflète les transformations subies par le fait religieux pendant la période moderne; il s’adresse principalement à un public en quête de services spirituels ciblés et ponctuels et il favorise une forme de communalisation temporaire et intense; cependant, l’individuation de la pratique chamanique est porteuse de ses effets politiques et néocoloniaux.

Les différences sexuelles dans l’activation cérébrale durant l’accomplissement de la tâche de rotation mentale chez les patients atteints de schizophrénie

Dans la population générale plusieurs études ont démontré que les hommes ont, par comparaison aux femmes, de meilleures performances dans les tâches de rotation mentale à trois dimensions. A l’aide de l’imagerie par résonnance magnétique fonctionnelle, on a pu observer que l’exécution de cette tâche de rotation mentale s’accompagnait d’une activation du cortex pariétal chez l’homme mais du cortex prefrontal chez la femme. Ces différences entre les deux sexes suggèrent un fonctionnement neuronal différent dans l’appréhension des habiletés cognitives et comportementales. De fait, de nombreuses études ont signalé des différences notables entre les deux sexes quant à leur fonctionnement cérébral tant sur le plan émotionnel que de leurs habiletés visuo spatiales. La schizophrénie est un trouble grave et persistant de la santé mentale dont l’origine est certes multifactorielle et dont les facteurs de protection sont partiellement biologiques, psychologiques et sociales. Cette maladie requiert une approche thérapeutique à la fois clinique médicamenteuse, psychologique et sociale visant à une réintégration des malades dans leur communauté. Le pronostic de cette maladie varie en fonction du sexe ainsi que les atteintes neurologiques, neuropsychologiques et socioculturelles. Il est donc surprenant que l’exploration des mécanismes neuronaux sous-tendant les anomalies fonctionnelles cognitivo-comportementales n’ait point, en schizophrénie, adressé à date la fonctionnalité différente de l’homme et de la femme. Une étude pilote, réalisée dans mon laboratoire d’accueil, ayant suggéré chez le schizophrène, lors du traitement cognitif de stimuli émotionnels, une altération du dimorphisme sexuel observé dans la population normale, il devenait impératif de confirmer ces observations. Ce mémoire vise à vérifier par résonnance magnétique fonctionnelle l’activité neuronale cérébrale témoignant de la performance neuropsychologique de schizophrènes des deux sexes et de la comparer à celle de sujets témoins sains appareillés pour l’âge, la dominance hémisphérique et le statut familial socio-économique. A cette fin, nous avons enregistré, lors d’une tâche de rotation mentale à trois dimensions, les variables neurocognitives traduisant la validité des réponses ainsi que leur rapidité d’exécution. Simultanément, nous avons enregistré, par résonnance magnétique fonctionnelle, les sites d’activation cérébrale ainsi que leur degré d’activation corticale. Les données expérimentales, neurocognitives et cérébro-fonctionnelles, furent analysées en comparant les deux sexes d’une part et les deux états de santé d’autre part. Les résultats de ce mémoire ont fait l’objet de deux articles qui sont inclus. Les résultats obtenus confirment l’hypothèse d’un dimorphisme homme/femme dans la population générale ainsi que chez le schizophrène. Ces résultats appuient aussi l’hypothèse de l’altération, chez le schizophrène, du dimorphisme observé dans la population générale.

Sport moderne et spiritualité évangélique : une étude interdisciplinaire des concepts de plaisir et de motivation en lien avec l’action humaine

Dans le contexte pastoral évangélique, il est très difficile de s’expliquer qu’un croyant puisse aimer et servir Dieu avec passion pour constater, quelques années plus tard, que la motivation qui le pousse vers Dieu a été étouffée. Bien qu’ils utilisent des termes différents, les entraineurs sportifs posent essentiellement la même question : comment inciter les personnes sous leur charge à fournir un rendement correspondant à leur potentiel. Si la motivation est le moteur du comportement, pour bien des personnes, les émotions en constituent le volant. Il semble que par nature l’humain oriente son comportement vers les émotions agréables et s’éloigne des émotions désagréables. C’est aussi vrai pour le sportif que pour le croyant. Cette étude propose une réflexion interdisciplinaire entre la théologie et la psychologie au sujet du plaisir, de la motivation et de l’action humaine, à la fois dans le sport moderne et dans la spiritualité, qui permette d’aborder notre problématique sous un nouvel éclairage. Les premiers chapitres ont pour objectifs d’identifier la rencontre entre le sport et la spiritualité (chapitre 1), de situer la problématique dans son contexte anthropologique à partir de la compréhension psychologique contemporaine de l’émotion (chapitre 2) et de la motivation (chapitre 3). Les chapitres qui suivent examinent la motivation humaine chez les sportifs à partir de la psychologie du sport (chapitre 4), avant de consulter deux théologiens protestants Jürgen Moltmann du courant libéral et John Piper, évangélique conservateur (chapitre 5) pour introduire la discussion théologique. Bien que la psychologie contemporaine ait été une discipline longtemps figée dans un paradigme darwinien ou humaniste, décriant l’empiètement de la théologie sur sa compréhension de l’humain, le chapitre 6 présente des exemples où une discussion théologique de l’humain, dépourvue de toute validité empirique, peut apporter une vision complémentaire à la psychologie contemporaine et contribuer au bien-être du sportif comme à celui du croyant. Ainsi, la contribution de la psychologie, qui est acceptable à une interprétation évangélique, peut apporter un éclaircissement sur les raisons possibles d’un changement de motivation chez le croyant dans son amour et son service envers Dieu. Le dernier chapitre se veut le prolongement de cette étude dans d’autres domaines, comme les études bibliques et le counseling auprès des croyants et des sportifs et dans le cadre de l’aumônerie militaire.

In silico analysis of mitochondrial proteins

Le rôle important joué par la mitochondrie dans la cellule eucaryote est admis depuis longtemps. Cependant, la composition exacte des mitochondries, ainsi que les processus biologiques qui sy déroulent restent encore largement inconnus. Deux facteurs principaux permettent dexpliquer pourquoi létude des mitochondries progresse si lentement : le manque defficacité des méthodes didentification des protéines mitochondriales et le manque de précision dans lannotation de ces protéines. En conséquence, nous avons développé un nouvel outil informatique, YimLoc, qui permet de prédire avec succès les protéines mitochondriales à partir des séquences génomiques. Cet outil intègre plusieurs indicateurs existants, et sa performance est supérieure à celle des indicateurs considérés individuellement. Nous avons analysé environ 60 génomes fongiques avec YimLoc afin de lever la controverse concernant la localisation de la bêta-oxydation dans ces organismes. Contrairement à ce qui était généralement admis, nos résultats montrent que la plupart des groupes de Fungi possèdent une bêta-oxydation mitochondriale. Ce travail met également en évidence la diversité des processus de bêta-oxydation chez les champignons, en corrélation avec leur utilisation des acides gras comme source dénergie et de carbone. De plus, nous avons étudié le composant clef de la voie de bêta-oxydation mitochondriale, lacyl-CoA déshydrogénase (ACAD), dans 250 espèces, couvrant les 3 domaines de la vie, en combinant la prédiction de la localisation subcellulaire avec la classification en sous-familles et linférence phylogénétique. Notre étude suggère que les gènes ACAD font partie dune ancienne famille qui a adopté des stratégies évolutionnaires innovatrices afin de générer un large ensemble denzymes susceptibles dutiliser la plupart des acides gras et des acides aminés. Finalement, afin de permettre la prédiction de protéines mitochondriales à partir de données autres que les séquences génomiques, nous avons développé le logiciel TESTLoc qui utilise comme données des Expressed Sequence Tags (ESTs). La performance de TESTLoc est significativement supérieure à celle de tout autre outil de prédiction connu. En plus de fournir deux nouveaux outils de prédiction de la localisation subcellulaire utilisant différents types de données, nos travaux démontrent comment lassociation de la prédiction de la localisation subcellulaire à dautres méthodes danalyse in silico permet daméliorer la connaissance des protéines mitochondriales. De plus, ces travaux proposent des hypothèses claires et faciles à vérifier par des expériences, ce qui présente un grand potentiel pour faire progresser nos connaissances des métabolismes mitochondriaux.

Dieu, le capitalisme et le développement local : conflits sociaux et enracinement territorial : étude monographique d'un village québécois

Inscrite dans la tradition monographique en sociologie et en anthropologie, cette thèse prend pour objet la diversité des pratiques et des idéologies caractéristiques des différents types de populations rurales distingués en fonction de l'enracinement territorial, afin d'apporter un nouvel éclairage sur les conflits sociaux actuels dans tous les milieux ruraux québécois qui surgissent notamment de l'accroissement du nombre des néo-ruraux dont les visions du monde s'opposent à celles des agriculteurs, dont le nombre diminue sans cesse. Prenant un village comme observatoire, il s'agit de rendre compte du mouvement totalisant de l'expérience de la vie en société à la fois dans ses dimensions « matérielles » et « symboliques ». L'étude des principales formes de vie sociale (religieuse, économique et politique) se fait grâce à des méthodes diversifiées: l'observation participante, l'analyse statistique, l'analyse du discours, le travail sur les archives municipales et l'histoire orale. L'analyse des différentes formes de vie sociale montre que leur organisation est structurée par deux principaux modèles. Le modèle public et communautaire comprend les personnes qui valorisent l'implication de l'État et des professionnels dans la gestion collective de la redistribution des richesses et dans le développement des milieux ruraux. Ces personnes occupent une position économique « marginale » à l'intérieur de la localité et sont plus près des milieux urbains tant par leurs positions que par leurs visions du monde. Quant au modèle privé et familial, il comprend les personnes défendant le rôle prépondérant des réseaux familiaux dans le développement local et la fermeture de la localité face à la concurrence des marchés extérieurs et aux interventions politiques exogènes. Les représentants de ce modèle occupent une position économique locale dominante, mais se sentent de plus en plus dominés politiquement face aux interventions extérieures des représentants politiques régionaux et des professionnels ainsi qu'économiquement à l'échelle mondiale où ils occupent une position dominée. Les oppositions sous-jacentes à ces deux modèles s'inscrivent dans une histoire ancienne qui met en scène d'une part les élites traditionnelles liées à l'Église et les notables francophones scolarisées et d'autre part les élites industrielles et commerciales qui succèdent aux anglophones dès les années 1920. Le sens et le contenu des modèles varient légèrement avec les transformations récentes de la structure familiale et la régionalisation des pouvoirs politiques et religieux.

Les éditeurs indépendants au Chili (2000-2005) : un développement contemporain des industries culturelles

Cette thèse porte sur l’émergence sur la scène chilienne d’un nouvel acteur dans la production du livre, acteur qui s’organise à la fin des années 1990 en se définissant lui-même en tant qu’éditeur indépendant et qui, au cours des premières années du XXIe siècle, élargit cette définition pour inclure le phénomène de l’édition autonome et le domaine de l’édition universitaire. Le point de ralliement de ces acteurs, organisés autour de l’association Editores de Chile, est la reprise et l’affirmation d’un rôle moderne des éditeurs de livres, au sens des Lumières. On peut constater l’articulation entre les revendications spécifiques du secteur et ses positions politiques sur la valeur symbolique de la production culturelle, sur son rôle en tant que facteur de construction identitaire et démocratique car l’accès aux livres ne peut pas être restreint par l’action sans contrepoids du marché. L’angle théorique que nous proposons est celui des théories des industries culturelles tout en intégrant aussi les contributions des études culturelles. En nous situant dans une perspective de l’économie politique des industries culturelles, nous chercherons à redéfinir le concept d’indépendance par le biais d’une analyse des stratégies d’unités économiques (les maisons d’édition) et des rapports entre ces unités et leurs contextes géographiques, politiques et culturels spécifiques. Nous tenons aussi en considération des éléments macrostructurels, mais en considérant que leur capacité d’influence est toujours relative et, en conséquence, doit faire l’objet d’une réévaluation en fonction des rapports de forces et des conjonctures politiques, économiques et sociales spécifiques. Nous pensons que l’indépendance n’est pas un phénomène qui n’est pas exclusif au monde de l’édition. Nous avons fait le constat qu’il existe aussi au sein des industries de l’enregistrement sonore, de l’audiovisuel et des médias comme la presse, la radio et, en moindre proportion, la télévision. En termes méthodologiques, nous proposons une approche qui combine des méthodes et des instruments quantitatifs et qualitatifs, c’est-à-dire, l’analyse des statistiques de l’édition au Chili (fréquences des titres, genres et auteurs), des entrevues semi-structurées et une analyse documentaire. Avant d’aborder la description et l’analyse de la production de livres au Chili et du sens que les éditeurs donnent à l’indépendance et à leurs prises de position dans le champ culturel, nous proposons une description historique et industrielle de l’édition du livre chilien. Cette description permet de comprendre la naissance et le développement du secteur en regard des processus politiques, économiques et sociaux du Chili et de l’Amérique latine, ainsi que sa situation actuelle en regard des nouvelles conditions politiques et économiques qui résultent du processus de globalisation et des transformations néolibérales locales et internationales. La recherche examine ensuite le caractère de la production de livres publiés au Chili entre les années 2000 et 2005 en considérant les titres produits, les auteurs et les genres. Cette analyse permet aussi d’établir des différences entre ces maisons d’édition et celles qui relèvent des grands conglomérats transnationaux de l’édition de livres. Cette analyse comparative nous permet d’établir de manière concluante des différences quant au nombre et á la diversité et l’intérêt culturel des livres publiés entre les éditeurs transnationaux et les éditeurs indépendants regroupés sous le nom de Editores de Chile. Cette analyse permet aussi d’établir des liens précis entre la production des éditeurs indépendants et leurs objectifs culturels et politiques explicites. Nous faisons ensuite état, par le biais de l’exposition et de l’analyse des entrevues réalisées avec les éditeurs, des trajectoires de ces organisations en tenant compte des périodes historiques spécifiques qui ont servi de contexte à leur création et à leur développement. Nous mettons ici en rapport ces trajectoires des éditeurs, les définitions de leurs missions et les stratégies mobilisées. Nous tenons aussi compte des dimensions internationales de ces définitions qui s’expriment dans leur participation au sein d’organisations internationales telle que l’Alliance internationale d’éditeurs indépendants (Gijón 2000 et Dakar 2003) et, spécifiquement, leur expression dans la coopération avec des maisons d’édition latino-américaines. Les entrevues et l’analyse documentaire nous permettent d‘entrevoir les tensions entre la politique culturelle de l’État chilien, en contraste avec des définitions, des objectifs et des actions politiques de Editores de Chile. Nous relions donc dans l’analyse, l’émergence de l’édition indépendante et les résistances qu’engendrent la globalisation des marchés culturels et les mouvements de concentration de la propriété, ainsi que les effets et réponses aux transformations néolibérales au plan des politiques culturelles publiques. Nous concluons alors à la nécessité d’une économie politique critique des industries culturelles qui puisse se pencher sur ces phénomènes et rendre compte non seulement de rapports entre conglomérats et indépendants et du développement des filières de la production culturelle, mais aussi du déploiement des logiques culturelles et politiques sous-jacentes, voire des projets historiques, qui se confrontent dans le champ des industries culturelles.