Flavor-protein binding: disulfide interchange reactions between ovalbumin and volatile disulfides

The irreversible binding of selected sulfur-containing flavor compounds to proteins was investigated in aqueous solutions containing ovalbumin and a mixture of disulfides (diethyl, dipropyl, dibutyl, diallyl, and 2-furfuryl methyl) using solid-phase micro-extraction (SPME). In systems which had not been heated, the recovery of disulfides from the headspace above the protein at the native pH (6.7) was similar to that from an aqueous blank. However, significant losses were observed when the pH of the solution was increased to 8.0. When the protein was denatured by heating, much greater losses were observed and some free thiols were produced. In similar heat-denatured systems at pH 2.0, no losses of disulfides were observed. Disulfides containing allyl or furfuryl groups were more reactive than saturated alkyl disulfides. Interchange reactions between protein sulfhydryl groups and the disulfides are believed to be responsible for the loss of the disulfides.

Towards a standardised metadata protocol for urban meteorological networks

With the growing number and significance of urban meteorological networks (UMNs) across the world, it is becoming critical to establish a standard metadata protocol. Indeed, a review of existing UMNs indicate large variations in the quality, quantity, and availability of metadata containing technical information (i.e., equipment, communication methods) and network practices (i.e., quality assurance/quality control and data management procedures). Without such metadata, the utility of UMNs is greatly compromised. There is a need to bring together the currently disparate sets of guidelines to ensure informed and well-documented future deployments. This should significantly improve the quality, and therefore the applicability, of the high-resolution data available from such networks. Here, the first metadata protocol for UMNs is proposed, drawing on current recommendations for urban climate stations and identified best practice in existing networks

Understanding climate data through commentary metadata: the CHARMe project

We describe the CHARMe project, which aims to link climate datasets with publications, user feedback and other items of "commentary metadata". The system will help users learn from previous community experience and select datasets that best suit their needs, as well as providing direct traceability between conclusions and the data that supported them. The project applies the principles of Linked Data and adopts the Open Annotation standard to record and publish commentary information. CHARMe contributes to the emerging landscape of "climate services", which will provide climate data and information to influence policy and decision-making. Although the project focuses on climate science, the technologies and concepts are very general and could be applied to other fields.

Upgrading a TCABR data analysis and acquisition system for remote participation using Java, XML, RCP and modern client/server communication/authentication

The TCABR data analysis and acquisition system has been upgraded to support a joint research programme using remote participation technologies. The architecture of the new system uses Java language as programming environment. Since application parameters and hardware in a joint experiment are complex with a large variability of components, requirements and specification solutions need to be flexible and modular, independent from operating system and computer architecture. To describe and organize the information on all the components and the connections among them, systems are developed using the extensible Markup Language (XML) technology. The communication between clients and servers uses remote procedure call (RPC) based on the XML (RPC-XML technology). The integration among Java language, XML and RPC-XML technologies allows to develop easily a standard data and communication access layer between users and laboratories using common software libraries and Web application. The libraries allow data retrieval using the same methods for all user laboratories in the joint collaboration, and the Web application allows a simple graphical user interface (GUI) access. The TCABR tokamak team in collaboration with the IPFN (Instituto de Plasmas e Fusao Nuclear, Instituto Superior Tecnico, Universidade Tecnica de Lisboa) is implementing this remote participation technologies. The first version was tested at the Joint Experiment on TCABR (TCABRJE), a Host Laboratory Experiment, organized in cooperation with the IAEA (International Atomic Energy Agency) in the framework of the IAEA Coordinated Research Project (CRP) on ""Joint Research Using Small Tokamaks"". (C) 2010 Elsevier B.V. All rights reserved.

XML-mottagning av trafikinformation

Trafiq används av Columna för att distribuera trafikinformation. Funktionen är först och främst att förädla och förmedla information. En viktig del i denna tjänst är kopplingen mot Vägverkets (VV) tjänst Triss som förser Trafiq med trafikinformation. Överföringen av information från VV till Columna sker idag med filer och FTP. VV tillhandahåller numera en tjänst där data skickas på XML-format med http. Min uppgift var att implementera mottagaren i .NET och C# på Columna. I utredningen utreds de mekanismer som ligger till grund för Internettjänster och distribuerade funktioner över Internet. Min slutsats är att http och webbservrar är ett kraftfullt verktyg och kan användas för att lösa många problem som har med datorkommunikation att göra.

Utveckling av webbtjänst för BISRapportgenerator på Banverket

Banverket är den myndighet som har ansvaret för järnvägstransportsystemet i Sverige och är enproducent av järnvägsinformation. En stor del av infrastrukturinformationen lagras i baninformationssystemetBIS och Banverket är förpliktad att tillhandahålla den. I nuläget är informationenåtkomlig på ett lätt sätt främst internt. Dessutom ställer dagens samhälle krav på att informationenska levereras enligt standard. Standardiseringsorgan har tagit fram standarder för geografiskinformation som svar på behovet att återanvända och samutnyttja geografiska data.Vårt examensarbete är genomfört på Banverket Verksamhetsstöds IT-avdelning och var inriktatpå att kartlägga standarder för geografisk information och utveckla en webbtjänst för BIS för attöka tillgängligheten till informationen.Rapportens kunskapsbidrag är en analys av standarder för geografisk information som är relevantaför järnvägsnätet. Resultatet har framställts genom en reflexiv analysmetod med abduktionsom angreppssätt och kvalitativa datainsamlingsmetoder.Som en praktisk del i vårt examensarbete har vi utvecklat en webbtjänst som tillhandahållerfunktionalitet för att nå data i BIS om nätanknutna företeelser och ett ramverk för att omstruktureraBIS interna format i enlighet med standarder.Vi föreslår att Banverket följer de svenska tillämpningsstandarderna SS 63 70 04, SS 63 70 06och SS 63 70 07. Enligt vårt förslag ska Banverket vidta följande åtgärder för att leverera grundläggandedata om järnvägsnät och nätanknutna företeelser enligt dessa standarder:• Analys av informationsbehov utifrån nya verklighets- och verksamhetskrav.• Dokumentation av begreppsmodell och publicering av objekttypskatalog.• Kvalitetssäkring av informationen i BIS.• Datainsamling av koordinater på noder och geometrier på länkar.• Utveckling av ny datamodell för BIS som stödjer tidsaspekter.• Översyn av BIS arkitektur och design.• Uppgradering av utvecklingsplattform.• Utveckling av transformeringar för omstrukturering av rapportresultat från BIS interna formattill standarder.• Komplettering av webbtjänsten med metoder för att leverera metadata. Användaren behövermetadata för att kunna välja objekttyper, attribut och urvalskriterier när rapportbeställningarskapas.• Komplettering av webbtjänsten med metoder för att leverera information om järnvägsnätetsinfrastruktur.

Towards a Protocol for the Attachment of Metadata to Service Descriptions and its Use in Semantic Discovery

Service discovery in large scale, open distributed systems is difficult because of the need to filter out services suitable to the task at hand from a potentially huge pool of possibilities. Semantic descriptions have been advocated as the key to expressive service discovery, but the most commonly used service descriptions and registry protocols do not support such descriptions in a general manner. In this paper, we present a protocol, its implementation and an API for registering semantic service descriptions and other task/user-specific metadata, and for discovering services according to these. Our approach is based on a mechanism for attaching structured and unstructured metadata, which we show to be applicable to multiple registry technologies. The result is an extremely flexible service registry that can be the basis of a sophisticated semantically-enhanced service discovery engine, an essential component of a Semantic Grid.

Mapping Attribution Metadata to the Open Provenance Model

A description of a data item's provenance can be provided in dierent forms, and which form is best depends on the intended use of that description. Because of this, dierent communities have made quite distinct underlying assumptions in their models for electronically representing provenance. Approaches deriving from the library and archiving communities emphasise agreed vocabulary by which resources can be described and, in particular, assert their attribution (who created the resource, who modied it, where it was stored etc.) The primary purpose here is to provide intuitive metadata by which users can search for and index resources. In comparison, models for representing the results of scientific workflows have been developed with the assumption that each event or piece of intermediary data in a process' execution can and should be documented, to give a full account of the experiment undertaken. These occurrences are connected together by stating where one derived from, triggered, or otherwise caused another, and so form a causal graph. Mapping between the two approaches would be benecial in integrating systems and exploiting the strengths of each. In this paper, we specify such a mapping between Dublin Core and the Open Provenance Model. We further explain the technical issues to overcome and the rationale behind the approach, to allow the same method to apply in mapping similar schemes.

Uma Avaliação de abordagens alternativas para armazenar RDF em banco de dados relacional

O Resource Description Framework (RDF) é uma infra-estrutura, que possibilita a codificação, troca e reuso de metadata estruturado. Metadata é dados sobre dados. O termo refere a qualquer dado usado para ajudar a identificação, descrição e localização de recursos eletrônicos na rede. O RDF permite adicionar declarações, sinônimos e palavras que não estão presentes nos recursos, mas que são pertinentes a eles. Uma declaração RDF pode ser desenhada usando diagramas de arcos e nodos, onde os nodos representam os recursos e os arcos representam as propriedades nomeadas. O modelo básico consiste em recursos, propriedades e objetos. Todas as coisas sendo descritas pelas declarações RDF são chamadas de recursos. Um recurso pode ser uma página da Web inteira ou um elemento específico HTML ou XML dentro de um documento fonte. Uma propriedade é um aspecto específico, característica, atributo, ou relação usada para descrever um recurso. O objeto pode ser um outro recurso ou um literal. Estas três partes, juntas, formam uma declaração RDF. O resultado do parser para recursos com metadata RDF, é um conjunto de declarações referentes aquele recurso. A declaração destas propriedades e a semântica correspondente delas estão definidas no contexto do RDF como um RDF schema. Um esquema não só define as propriedades do recurso (por exemplo, título, autor, assunto, tamanho, cor, etc.), mas também pode definir os tipos de recursos sendo descritos (livros, páginas Web, pessoas, companhias, etc.). O RDF schema, provê um sistema básico de tipos necessários para descrever tais elementos e definir as classes de recursos. Assim, os recursos constituindo este sistema de tipos se tornam parte do modelo RDF de qualquer descrição que os usa. A geração de modelos RDF pode ser conseguida através de algoritmos implementados com linguagens de programação tradicionais e podem ser embutidos em páginas HTML, documentos XML e até mesmo em imagens. Com relação a modelos em imagens, servidores Web específicos são usados para simular dois recursos sobre o mesmo URI, servindo ora a imagem ora a descrição RDF. Uma alternativa para armazenar e manipular grande quantidade de declarações RDF é usar a tecnologia de banco de dados relacional. Abordagens para armazenar declarações RDF em banco de dados relacional foram propostas, mas todas elas mantêm modelos diversos de diferentes fontes. Critérios de avaliação como tempo de carga, proliferação de tabelas, espaço, dados mantidos e custo de instruções SQL foram definidos. Duas abordagens apresentaram resultados satisfatórios. Com uma nova abordagem proposta por este trabalho se obteve melhores resultados principalmente no aspecto de consultas. A nova proposta provê mecanismos para que o usuário faça seu próprio modelo relacional e crie suas consultas. O conhecimento necessário pelo usuário se limita em parte aos modelos mantidos e ao esquema RDF.

Aplicação de XML para estruturação de ambientes de controle acadêmico baseado em ontologias

Nos últimos anos, um grande esforço tem sido despendido no estudo de formas de representar documentos textuais, chamados semi-estruturados, objetivando extrair informações destes documentos com a mesma eficiência com que essas são extraídas de bancos de dados relacionais e orientados a objetos. A pesquisa, em dados semi-estruturados, tornou-se fundamental com o crescimento da Web como fonte e repositório de dados, uma vez que os métodos de pesquisa existentes, baseados em navegação e busca por palavra-chave, mostraram-se insuficientes para satisfazer as necessidades de consulta em escala cada vez maior. Com o surgimento da XML, e a tendência de se tornar a linguagem padrão na Web, fez com que a representação de informações fosse dirigida para este novo padrão, porque disponibiliza um bom intercâmbio de informações e a produção de documentos eletrônicos. Existe a necessidade de se disponibilizar os documentos e as informações na rede em formato Web, HTML ou XML. Sendo assim, consultar documentos XML representa um desafio para a comunidade de pesquisa em banco de dados, pois implica em disponibilizar os grandes volumes de dados já existentes em formato XML, surgindo a necessidade de ferramentas de consulta que sejam ao mesmo tempo, flexíveis o suficiente para compreender a heterogeneidade dos documentos e, poderosas ao ponto de extraírem informações com rapidez e correção. Este trabalho apresenta uma abordagem sobre a linguagem XML, sua importância, vantagens, principais aplicações e as linguagens de consulta para dados XML. Após, é detalhada uma aplicação para Web utilizando a tecnologia XML, baseado em Ontologias, e a sua disponibilização na Web. A aplicação desenvolvida utilizou XML e linguagens de consulta para XML e com suporte a XML, baseando-se em Ontologias, com o objetivo de permitir consultas e o armazenamento de informações referentes aos alunos concluintes de determinados cursos da Universidade da Região da Campanha - Urcamp/Bagé, colocando à disposição da Universidade uma nova ferramenta, que disponibiliza informações referentes aos cursos em questão, utilizando uma nova tecnologia, que tende a tornar-se padrão na Web.

Consultando fontes de dados XML heterogêneas através de modelos conceituais

XML é um padrão da W3C largamente utilizado por vários tipos de aplicações para representação de informação semi-estruturada e troca de dados pela Internet. Com o crescimento do uso de XML e do intercâmbio de informações pela Internet é muito provável que determinadas aplicações necessitem buscar uma mesma informação sobre várias fontes XML relativas a um mesmo domínio de problema. No intuito de representar a informação dessas várias fontes XML, o programador é obrigado a escolher entre muitas estruturas hierárquicas possíveis na criação dos esquemas de seus documentos XML. Um mesmo domínio de informação, desta maneira, pode então ser representado de diferentes formas nas diversas fontes de dados XML existentes. Por outro lado, verifica-se que as linguagens de consulta existentes são fortemente baseadas no conhecimento da estrutura de navegação do documento. Assim, ao consultar uma determinada informação semanticamente equivalente em várias fontes é necessário conhecer todos os esquemas envolvidos e construir consultas individuais para cada uma dessas fontes. Em um ambiente de integração, entretanto, é possível gerar um modelo global que representa essas fontes. Ao construir consultas sobre um modelo global, temos consultas integradas sobre estas fontes. Para se atingir esse objetivo, contudo, devem ser resolvidos os problemas da heterogeneidade de representação dos esquemas XML. Dessa forma, com base em uma abordagem de integração de esquemas, o presente trabalho define a linguagem de consulta CXQuery (Conceptual XQuery) que possibilita a construção de consultas sobre um modelo conceitual. Para possibilitar o retorno dos dados das fontes nas consultas feitas em CXQuery, foi desenvolvido um mecanismo de tradução da linguagem CXQuery para a linguagem de consulta XQuery 1.0. A linguagem XQuery 1.0 é umas das linguagens mais utilizadas para o acesso as fontes XML e permite que os dados possam ser retornados ao usuário. Para possibilitar essa tradução, foi definida uma metodologia de representação da informação de mapeamento através de visões XPath. Essa metodologia é relativamente eficaz no mapeamento das diferentes representações das fontes XML.

Evolução de esquemas de workflow representados em XML

Sistemas de gerência de workflow estão sendo amplamente utilizados para a modelagem e a execução dos processos de negócios das organizações. Tipicamente, esses sistemas interpretam um workflow e atribuem atividades a participantes, os quais podem utilizar ferramentas e aplicativos para sua realização. Recentemente, XML começou a ser utilizada como linguagem para representação dos processos bem como para a interoperação entre várias máquinas de workflow. Os processos de negócio são, na grande maioria, dinâmicos, podendo ser modi- ficados devido a inúmeros fatores, que vão desde a correção de erros até a adaptação a novas leis externas à organização. Conseqüentemente, os workflows correspondentes devem também evoluir, para se adequar às novas especificações do processo. Algumas propostas para o tratamento deste problema já foram definidas, enfocando principalmente as alterações sobre o fluxo de controle. Entretanto, para workflows representados em XML, ainda não foram definidos mecanismos apropriados para que a evolução possa ser realizada. Este trabalho apresenta uma estratégia para a evolução de esquemas de workflow representados em XML. Esta estratégia é construída a partir do conceito de versionamento, que permite o armazenamento de diversas versões de esquemas e a consulta ao hist´orico de versões e instâncias. As versões são representadas de acordo com uma linguagem que considera os aspectos de evolução. As instâncias, responsáveis pelas execuções particulares das versões, também são adequadamente modeladas. Além disso, é definido um método para a migração de instâncias entre versões de esquema, no caso de uma evolução. A aplicabilidade da estratégia proposta é verificada por meio de um estudo de caso.

Materialização de visões XML

A grande quantidade de dados eletrônicos disponível atualmente nem sempre pode ser representada com modelos tradicionais, principalmente devido à ausência de esquema no momento da criação destes dados. Neste sentido, modelos semi-estruturados têm sido propostos; uma das abordagens utilizadas é XML, uma linguagem para troca e representação deste tipo de informação. Entretanto, consultar dados semi-estruturados pode demandar processos de extração com alto custo. Uma das alternativas para solucionar este problema é a definição de visões sobre estes dados, e a posterior materialização destas informações. O uso de visões materializadas para dados XML ainda é pouco explorado. Uma das abordagens que podem ser utilizadas é o uso de sistemas de gerenciamento de bancos de dados relacionais para o armazenamento das visões. Desse modo, informação semanticamente relacionada (informação acerca de um mesmo domínio, possivelmente representada em formatos diferentes) pode ser agrupada em uma única unidade lógica, facilitando o acesso a estes dados por parte do usuário, e introduzindo alguma estrutura nos dados semiestruturados. Dessa maneira, o usuário final submete consultas diretamente sobre a visão materializada, evitando extrações contínuas de dados nas fontes XML. A materialização de dados XML exige a definição de um repositório de dados para o armazenamento destas instâncias. Utilizando-se a abordagem relacional, é necessário definir um mecanismo para a geração do esquema lógico do banco de dados. Consultar os dados nas fontes XML exige a integração destas instâncias. Neste contexto, integrá-las significa identificar quais instâncias de dados representam o mesmo objeto do mundo real, bem como resolver ambigüidades de representação deste objeto. O problema de identificação de entidades em XML é mais complexo que em bases de dados estruturadas. Dados XML, como propostos originalmente, não carregam necessariamente a noção de chave primária ou identificador de objeto. Assim, é necessária a adoção de um mecanismo que faça a identificação das instâncias na integração destes dados. Além disso, à medida que as fontes de dados XML sofrem alterações, a visão materializada deve ser atualizada, a fim de manter-se consistente com as fontes de dados. A manutenção deve propagar as alterações feitas nos dados XML para a visão materializada. Reprocessar todo o conteúdo da visão materializada é, na maioria das vezes, muito caro. Assim, é desejável propagar as mudanças incrementalmente, ou seja, processar apenas as alterações necessárias. Neste sentido, o presente trabalho apresenta uma proposta de técnica para armazenamento de dados XML em um banco de dados relacional. A proposta utiliza ontologias para a geração do esquema lógico do banco de dados. O problema de integração de dados é mostrado. O foco principal do trabalho está na proposta de uma técnica de atribuição de identificadores a instâncias XML, baseada no uso de funções Skolem e no padrão XPath, proposto pelo W3C. Também é proposto um mecanismo para manutenção incremental deste banco, à medida que as fontes XML sofrem atualizações.

Intercâmbio de dados entre aplicativos utilizando XML/XSLT

A integração de aplicações heterogêneas é uma tarefa constante entre empresas do mundo moderno. A grande quantidade de fornecedores de software, aliada à extensa variedade de técnicas e linguagens computacionais utilizadas, fazem desta integração uma tarefa trabalhosa e cara para as organizações. As alternativas existentes para a integração de sistemas de diferentes fornecedores podem variar, desde acesso compartilhado a uma base de dados comum, uso de replicadores de dados entre bases de dados distintas, troca de mensagens entre aplicações, ou o uso de programas exportadores/importadores, gerando arquivos em um formato previamente protocolado entre os desenvolvedores dos softwares envolvidos. Este trabalho visa propor uma alternativa para a integração de sistemas heterogêneos, fazendo uso da tecnologia XML para representar os dados que são trocados entre os aplicativos. Para tanto, sugere um framework a ser utilizado no planejamento da arquitetura dos softwares. O objetivo principal da adoção de um framework é a utilização de uma metodologia previamente desenvolvida e certificada, economizando tempo de análise para a solução de um problema. O framework proposto subtrai dos desenvolvedores a necessidade de alteração do código fonte dos seus programas cada vez que a integração com um novo fornecedor de software se faz necessária, ou que há alteração no formato dos dados trocados entre os aplicativos. Este efeito é conseguido através da utilização de XSLT para a conversão de formatos de documentos XML trocados pelos softwares. Tal conversão é realizada por um processador XSLT externo aos programas envolvidos. Para simplificar o processo, foi desenvolvido o protótipo de uma ferramenta para a geração de templates XSLT. Templates são elementos da especificação XSLT capazes de realizar a transformação entre estruturas representadas em XML. O gerador de templates XSLT é uma ferramenta gráfica capaz de converter mapeamentos realizados entre estruturas XML em templates XSLT, podendo aplicar as transformações geradas a documentos XML, com a finalidade de teste ou transformação.