DNA-Array-Technologie

Es wurde ein genomischer DNA-Array der Modellpflanze Arabidopsis thaliana mit einer 13.800 EST-Klone umfassenden cDNA-Bibliothek entwickelt und in der Genexpressionsanalyse der pflanzlichen Pathogenabwehr eingesetzt. Mittels PCR-Amplifikation sind 13.000 PCR-Produkte der cDNA-Fragmente hergestellt worden, mit denen 66 genomische Arabidopsis-Arrays auf Nylon und Polypropylen als Trägermaterial hergestellt werden konnten. Die Validierung mit Fluoreszenz- und Radiaktivhybridisierung sowie der Vergleich von drei Normalisierungsmethoden führte zu reproduzierbaren Ergebnissen bei hohem Korrelationskoeffizienten. Die etablierte DNA-Array-Technologie wurde zur Genexpressionsanalyse der pathogeninduzierten Abwehrmechanismen der Pflanze Arabidopsis thaliana in den ersten 24 Stunden nach Infektion mit dem avirulenten Bakterium Pseudomonas syringae pv. tomato eingesetzt. In einer Auswahl von 75 Genen der Stoffwechselwege Glycolyse, Citrat-Cyclus, Pentosephosphat-Cyclus und Glyoxylatmetabolismus konnte für 25 % der Gene, im Shikimat-, Tryptophan- und Phenylpropanoidsyntheseweg für 60 % der Gene eine erhöhte Transkriptionsrate nachgewiesen werden. Die Ergebnisse dieser Arbeit stimmen mit experimentellen Daten verschiedener unabhängiger Studien zur pflanzlichen Pathogenantwort überein. Darüberhinaus sind erstmals Transkriptionsprofile von bisher auf Transkriptionsebene nicht untersuchten Genen erstellt worden. Diese Ergebnisse bestätigen die transkriptionelle Aktivierung ganzer Stoffwechselwege und gewähren erstmals einen Einblick in die koordinierte differentielle Transkription ganzer Stoffwechselwege während der Pathogenabwehr.

Forensisch relevante SNP-Genotypisierung mittels elektronischer Microarray-Technologie

Die vorliegende Dissertation entstand im Rahmen eines multizentrischen EU-geförderten Projektes, das die Anwendungsmöglichkeiten von Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs) zur Individualisierung von Personen im Kontext der Zuordnung von biologischen Tatortspuren oder auch bei der Identifizierung unbekannter Toter behandelt. Die übergeordnete Zielsetzung des Projektes bestand darin, hochauflösende Genotypisierungsmethoden zu etablieren und zu validieren, die mit hoher Genauigkeit aber geringen Aufwand SNPs im Multiplexformat simultan analysieren können. Zunächst wurden 29 Y-chromosomale und 52 autosomale SNPs unter der Anforderung ausgewählt, dass sie als Multiplex eine möglichst hohe Individualisierungschance aufweisen. Anschließend folgten die Validierungen beider Multiplex-Systeme und der SNaPshot™-Minisequenzierungsmethode in systematischen Studien unter Beteiligung aller Arbeitsgruppen des Projektes. Die validierte Referenzmethode auf der Basis einer Minisequenzierung diente einerseits für die kontrollierte Zusammenarbeit unterschiedlicher Laboratorien und andererseits als Grundlage für die Entwicklung eines Assays zur SNP-Genotypisierung mittels der elektronischen Microarray-Technologie in dieser Arbeit. Der eigenständige Hauptteil dieser Dissertation beschreibt unter Verwendung der zuvor validierten autosomalen SNPs die Neuentwicklung und Validierung eines Hybridisierungsassays für die elektronische Microarray-Plattform der Firma Nanogen Dazu wurden im Vorfeld drei verschiedene Assays etabliert, die sich im Funktionsprinzip auf dem Microarray unterscheiden. Davon wurde leistungsorientiert das Capture down-Assay zur Weiterentwicklung ausgewählt. Nach zahlreichen Optimierungsmaßnahmen hinsichtlich PCR-Produktbehandlung, gerätespezifischer Abläufe und analysespezifischer Oligonukleotiddesigns stand das Capture down-Assay zur simultanen Typisierung von drei Individuen mit je 32 SNPs auf einem Microarray bereit. Anschließend wurde dieses Verfahren anhand von 40 DNA-Proben mit bekannten Genotypen für die 32 SNPs validiert und durch parallele SNaPshot™-Typisierung die Genauigkeit bestimmt. Das Ergebnis beweist nicht nur die Eignung des validierten Analyseassays und der elektronischen Microarray-Technologie für bestimmte Fragestellungen, sondern zeigt auch deren Vorteile in Bezug auf Schnelligkeit, Flexibilität und Effizienz. Die Automatisierung, welche die räumliche Anordnung der zu untersuchenden Fragmente unmittelbar vor der Analyse ermöglicht, reduziert unnötige Arbeitsschritte und damit die Fehlerhäufigkeit und Kontaminationsgefahr bei verbesserter Zeiteffizienz. Mit einer maximal erreichten Genauigkeit von 94% kann die Zuverlässigkeit der in der forensischen Genetik aktuell eingesetzten STR-Systeme jedoch noch nicht erreicht werden. Die Rolle des neuen Verfahrens wird damit nicht in einer Ablösung der etablierten Methoden, sondern in einer Ergänzung zur Lösung spezieller Probleme wie z.B. der Untersuchung stark degradierter DNA-Spuren zu finden sein.

What users think about the differences between caffeine and illicit,prescription stimulants for cognitive enhancement

Pharmacological cognitive enhancement (CE) is a topic of increasing public awareness. In the scientific literature on studentrnuse of CE as a study aid for academic performance enhancement, there are high prevalence rates regarding the use ofrncaffeinated substances (coffee, caffeinated drinks, caffeine tablets) but remarkably lower prevalence rates regarding the usernof illicit/prescription stimulants such as amphetamines or methylphenidate. While the literature considers the reasons andrnmechanisms for these different prevalence rates from a theoretical standpoint, it lacks empirical data to account for healthyrnstudents who use both, caffeine and illicit/prescription stimulants, exclusively for the purpose of CE. Therefore, wernextensively interviewed a sample of 18 healthy university students reporting non-medical use of caffeine as well as illicit/rnprescription stimulants for the purpose of CE in a face-to-face setting about their opinions regarding differences in generalrnand morally-relevant differences between caffeine and stimulant use for CE. 44% of all participants answered that there is arngeneral difference between the use of caffeine and illicit/prescription stimulants for CE, 28% did not differentiate, 28% couldrnnot decide. Furthermore, 39% stated that there is a moral difference, 56% answered that there is no moral difference andrnone participant was not able to comment on moral aspects. Participants came to their judgements by applying threerndimensions: medical, ethical and legal. Weighing the medical, ethical and legal aspects corresponded to the students’rnindividual preferences of substances used for CE. However, their views only partly depicted evidence-based medical aspectsrnand the ethical issues involved. This result shows the need for well-directed and differentiated information to prevent thernpotentially harmful use of illicit or prescription stimulants for CE.

Antiepileptic drugs and pregnancy. Population based pharmaco-epidemiological study on prescription patterns, pregnancy outcome and foetal health

Aims of the study: To assess the prevalence of Antiepileptic Drug (AED) exposure in pregnant women with or without epilepsy and the comparative risk of terminations of pregnancy (TOPs), spontaneous abortions, stillbirth, major congenital malformations (MCMs) and foetal growth retardation (FGR) following intrauterine AED exposure in the Emilia Romagna region (RER), Northern Italy (4 million inhabitants). Methods: Data were obtained from official regional registries: Certificate of Delivery Assistance, Hospital Discharge Card, reimbursed prescription databases and Registry of Congenital Malformations. We identified all the deliveries, hospitalized abortions and MCMs occurred between January 2009 and December 2011. Results: We identified 145,243 pregnancies: 111,284 deliveries (112,845 live births and 279 stillbirths), 16408 spontaneous abortions and 17551 TOPs. Six hundred and eleven pregnancies (0.42% 95% Cl: 0.39-0.46) were exposed to AEDs. Twenty-one per cent of pregnancies ended in TOP in the AED group vs 12% in the non-exposed (OR:2.24; CI 1.41-3.56). The rate of spontaneous abortions and stillbirth was comparable in the two groups. Three hundred fifty-three babies (0.31%, 95% CI: 0.28-0.35) were exposed to AEDs during the first trimester. The rate of MCMs was 2.3% in the AED group (2.2% in babies exposed to monotherapy and 3.1% in babies exposed to polytherapy) vs 2.0% in the non-exposed. The risk of FGR was 12.7 % in the exposed group compared to 10% in the non-exposed. Discussion and Conclusion: The prevalence of AED exposure in pregnancy in the RER was 0.42%. The rate of MCMs in children exposed to AEDs in utero was almost superimposable to the one of the non-exposed, however polytherapy carried a slightly increased risk . The rate of TOPs was significantly higher in the exposed women. Further studies are needed to clarify whether this high rate reflects a higher rate of MCMs detected prenatally or other more elusive reasons.

Prescription procedures in medication for relapse prevention after inpatient treatment for alcohol use disorders in Switzerland

In randomized controlled trials with high internal validity, pharmacotherapy using acamprosate, naltrexone, and, to a somewhat lesser extent, disulfiram has proved effective in preventing relapse in patients with alcohol use disorders (AUD). There remains, however, a paucity of studies with sufficient external validity in which the effectiveness of pharmacotherapy in clinical practice is investigated. This study aimed to make a contribution to close this gap in research.