Minimizing recombinations in consensus networks for phylogeographic studies

Background: We address the problem of studying recombinational variations in (human) populations. In this paper, our focus is on one computational aspect of the general task: Given two networks G1 and G2, with both mutation and recombination events, defined on overlapping sets of extant units the objective is to compute a consensus network G3 with minimum number of additional recombinations. We describe a polynomial time algorithm with a guarantee that the number of computed new recombination events is within ϵ = sz(G1, G2) (function sz is a well-behaved function of the sizes and topologies of G1 and G2) of the optimal number of recombinations. To date, this is the best known result for a network consensus problem.Results: Although the network consensus problem can be applied to a variety of domains, here we focus on structure of human populations. With our preliminary analysis on a segment of the human Chromosome X data we are able to infer ancient recombinations, population-specific recombinations and more, which also support the widely accepted 'Out of Africa' model. These results have been verified independently using traditional manual procedures. To the best of our knowledge, this is the first recombinations-based characterization of human populations. Conclusion: We show that our mathematical model identifies recombination spots in the individual haplotypes; the aggregate of these spots over a set of haplotypes defines a recombinational landscape that has enough signal to detect continental as well as population divide based on a short segment of Chromosome X. In particular, we are able to infer ancient recombinations, population-specific recombinations and more, which also support the widely accepted 'Out of Africa' model. The agreement with mutation-based analysis can be viewed as an indirect validation of our results and the model. Since the model in principle gives us more information embedded in the networks, in our future work, we plan to investigate more non-traditional questions via these structures computed by our methodology.

The science of monetary policy: A new Keynesian perspective

This paper reviews the recent literature on monetary policy rules. We exposit the monetary policy design problem within a simple baselinetheoretical framework. We then consider the implications of adding various real world complications. Among other things, we show that the optimal policy implicitly incorporates inflation targeting. Wealso characterize the gains from making credible commitments to fightinflation. In contrast to conventional wisdom, we show that gains from commitment may emerge even in the central bank is not trying toinadvisedly push output above its natural level. We also consider theimplications of frictions such as imperfect information.

5-Azacytidine to Treat Acute Myeloid Leukemia In Elderly or Frail Patients: A Phase II Study (SAKK 30/07).

Background: Acute Myeloid Leukemia (AML) in the elderly is notoriously difficult to treat and has a low remission rate with very few long term survivors when using standard treatment approaches. Azacytidine, a hypomethylating agent, has been shown to induce remission and prolong survival in patients with myelodysplastic syndromes; studying this approach to patients with AML is therefore warranted. We present results of an ongoing phase II trial treating elderly or frail AML patients with Azacytidine. Methods: AML elderly or frail patients, and therefore unfit for an intensive chemotherapy regimens, with a WHO performance status 3 were considered for this trial. Trial therapy consisted of 100mg/m2 of Azacytidine injected subcutaneously on 5 consecutive days every 28 days up to 6 cycles, stopping at 6 months if no hematological improvement achieved, or earlier in the case of progression or complications. Treatment was continued beyond 6 months in responding patients. Trial therapy was considered uninteresting if the response rate (CR + PR) within 6 months of therapy initiation was 15% or less and promising if 34% or more. Using the exact single-stage phase II design by A'Hern with a 5% significance level and 90% power, 43 patients were required: If 10 or fewer achieved a response within 6 months the trial therapy should not be considered for further investigation in its current format for this indication and patient population. Results: Between September 2008 and January 2010, 45 evaluable patients across 10 Swiss centers were accrued with a median follow-up of 7 months (range: 0 - 13). 27 (60%) were male, median age was 74 (range: 55 - 86) years and 35 (78.8%) had performance status 0-1. Patients had been excluded from more intensive chemotherapy regimens because of age (n = 37) or due to comorbidities or patient refusal (n=8). Five patients had therapy related AML. Patients received a median of 3 (range: 1 - 10) cycles. Treatment was stopped for not achieving a response by the 6th cycle in 2 patients and earlier in 26 patients (for disease progression in 5, toxicity in 3, patient refusal in 2, recurrent infections in 1, and death in 8). Seventeen patients remain on therapy. The median time spent in the hospital was 12 days (1 - 30) in 24/38 patients hospitalized during the first treatment cycle and 13 days (2 - 28) in 15/31 patients hospitalized during subsequent cycles. Adverse events of grade III or higher most frequently reported were constitutional or hematologic, i.e. fatigue in 5, febrile neutropenia in 8, infections in 6, dyspnea in 6, anemia in 3, neutropenia in 12 and thrombocytopenia in 10, hemorrhage in 2 and retinal detachment in 5. Based on available data on 38 patients, CR/CRi or hematologic improvement or stable disease within 6 months of trial registration was observed in a proportion of patients. Final and mature data, determining whether the predefined proportion of responding patients has been reached or not, will be presented at the conference. Up to now there were a total of 26 deaths. Median overall survival time was 5.7 months (95% CI: 3.1, 8.7). Conclusions: The current results of this slightly modified Azacytidine schedule demonstrate a feasible new therapy option for elderly or frail AML patients in an outpatient setting with moderate, mainly hematologic toxicity.

Enhanced kangaroo mother care for heel lance in preterm neonates: a crossover trial.

OBJECTIVE: To test if enhancing maternal skin-to-skin contact, or kangaroo mother care (KMC) by adding rocking, singing and sucking is more efficacious than simple KMC for procedural pain in preterm neonates. STUDY DESIGN: Preterm neonates (n=90) between 32 0/7 and 36 0/7 weeks' gestational age participated in a single-blind randomized crossover design. The infant was held in KMC with the addition of rocking, singing and sucking or the infant was held in KMC without additional stimulation. The Premature Infant Pain Profile was the primary outcome with time to recover as the secondary outcome. A repeated-measures analysis of covariance was employed for analyses. RESULT: There were no significant differences in any of the 30 s time periods over the 2 min of blood sampling nor in time to return to baseline. Compared to historical controls of the same age in incubator, the pain scores were lower and comparable to other studies of KMC. There were site differences related to lower scores with the use of sucrose in one site and higher scores in younger, sicker infants in another site. CONCLUSION: The sensorial stimulations from skin-to-skin contact that include tactile, olfactory sensations from the mother are sufficient to decrease pain response in premature neonates. Other studies showing that rocking, sucking and music were efficacious were independent of skin-to-skin contact, which, when used alone has been shown to be effective as reported across studies.

A new spin on a compositionalist predictive modelling framework for conservation planning: a tropical case study in Ecuador

Knowledge about spatial biodiversity patterns is a basic criterion for reserve network design. Although herbarium collections hold large quantities of information, the data are often scattered and cannot supply complete spatial coverage. Alternatively, herbarium data can be used to fit species distribution models and their predictions can be used to provide complete spatial coverage and derive species richness maps. Here, we build on previous effort to propose an improved compositionalist framework for using species distribution models to better inform conservation management. We illustrate the approach with models fitted with six different methods and combined using an ensemble approach for 408 plant species in a tropical and megadiverse country (Ecuador). As a complementary view to the traditional richness hotspots methodology, consisting of a simple stacking of species distribution maps, the compositionalist modelling approach used here combines separate predictions for different pools of species to identify areas of alternative suitability for conservation. Our results show that the compositionalist approach better captures the established protected areas than the traditional richness hotspots strategies and allows the identification of areas in Ecuador that would optimally complement the current protection network. Further studies should aim at refining the approach with more groups and additional species information.

Sähkönjakeluverkon suunnitteluperusteet

Diplomityössä määritellään sähkönjakeluverkon suunnitteluperusteet. Suunnitteluperusteet antavat ohjeet verkostosuunnittelijoille siitä, miten sähköverkko suunnitellaan sähköteknisesti oikein, taloudelliset näkökohdat huomioiden. Työn alussa määritellään kaikkiin suunnittelutehtäviin vaikuttavat sähkötekniset ja taloudelliset laskentaparametrit. Oikeiden parametrien käyttäminen on ehdottoman tärkeää totuudenmukaisten lopputulosten saavuttamiseksi. Eniten lopputuloksiin vaikuttaville laskentaparametreille suoritetaan työn loppuosassa herkkyysanalyysi, jotta tulevaisuuden mahdollisesti erilaiset olosuhteet voitaisiin huomioida. Varsinaisissa suunnitteluun liittyvissä osioissa käsitellään keski- ja pienjänniteverkkojen suunnittelunlisäksi jakelumuuntajan mitoittaminen, sekä määritellään rajat erilaisille verkoston rakenteille. Erityisesti elinkaarikustannusajattelua painotetaan suunnittelutehtävissä ottamalla huomioon komponenttien koko pitoaikana syntyvät kustannukset.

Sähköverkkoyhtiön keskijänniteverkon kehittämissuunnitelma

Tämän työn tavoitteena oli laatia KSS Energia Oy:n keskijänniteverkon kehittämissuunnitelma. Tätä varten selvitettiin verkon nykytila ja sen toimivuus korvaustilanteissa. Suunnitelmaa varten laadittiin verkoston vuoteen 2020 asti ulottuva kuormitusennuste. Kehittämissuunnitelmassa paikannettiin alueet, joilla kuormitettavuus, korvattavuus tai oikosulkukestoisuus olisivat toimivansähkönjakelun esteinä tulevaisuudessa. Työn painopistealueiksi muodostuivat Vuolenkosken, Paimenpolun ja Valkealan alueet. Näiden alueiden kasvavan tehontarpeen tyydyttämiseksi selvitettiin uusien sähköasemien rakentamisvaihtoehtoja. Suunnitelmassa tarkasteltiin ja vertailtiin kolmen uuden sähköaseman rakentamista keskijänniteverkon saneerausvaihtoehtoon. Työssä selvitettiin myös miten alueen kuormituksen kasvun aiheuttama lisätehontarpeen jakelu voidaan hoitaa. Näiden alueiden kuormituksen kasvu edellyttää uusien sähköasemien rakentamista seuraavien 10vuoden kuluessa.

Conflict-based Method for Conceptual Process Synthesis

The changing business environment demands that chemical industrial processes be designed such that they enable the attainment of multi-objective requirements and the enhancement of innovativedesign activities. The requirements and key issues for conceptual process synthesis have changed and are no longer those of conventional process design; there is an increased emphasis on innovative research to develop new concepts, novel techniques and processes. A central issue, how to enhance the creativity of the design process, requires further research into methodologies. The thesis presentsa conflict-based methodology for conceptual process synthesis. The motivation of the work is to support decision-making in design and synthesis and to enhance the creativity of design activities. It deals with the multi-objective requirements and combinatorially complex nature of process synthesis. The work is carriedout based on a new concept and design paradigm adapted from Theory of InventiveProblem Solving methodology (TRIZ). TRIZ is claimed to be a `systematic creativity' framework thanks to its knowledge based and evolutionary-directed nature. The conflict concept, when applied to process synthesis, throws new lights on design problems and activities. The conflict model is proposed as a way of describing design problems and handling design information. The design tasks are represented as groups of conflicts and conflict table is built as the design tool. The general design paradigm is formulated to handle conflicts in both the early and detailed design stages. The methodology developed reflects the conflict nature of process design and synthesis. The method is implemented and verified through case studies of distillation system design, reactor/separator network design and waste minimization. Handling the various levels of conflicts evolve possible design alternatives in a systematic procedure which consists of establishing an efficient and compact solution space for the detailed design stage. The approach also provides the information to bridge the gap between the application of qualitative knowledge in the early stage and quantitative techniques in the detailed design stage. Enhancement of creativity is realized through the better understanding of the design problems gained from the conflict concept and in the improvement in engineering design practice via the systematic nature of the approach.

Putkilinjan suunnittelu integroidussa simulointiympäristössä

Työn tavoitteena oli määritellä kirjallisuustutkimuksen ja suunnitteluesimerkin avulla vaatimuksia integroidulle simulointiympäristölle, joka sisältää simulointiohjelmien lisäksi prosessilaitteiden mitoitusohjelmia ja prosessilaite- ja mallitietokannan. Lisäksi pohdittiin simulointiympäristön tuomia etuja prosessissuunnitteluun. Esimerkkinä käytettiin yksinkertaista putkilinjaa. Ensin selvitettiin prosessisuunnittelun kulkua, menetelmiä, apuvälineitä ja ajankohtaisia teemoja kirjallisuuden perusteella. Prosessisuunnittelun menetelmistä keskityttiin yksityiskohtaisemmin prosessisimulointiin. Lisäksi etsittiin kirjallisuudesta esimerkkejä integroiduista suunnitteluympäristöistä. Kirjallisuusselvityksen perusteella määriteltiin yleisiä vaatimuksia integroidulle simulointiympäristölle. Seuraavaksi suunniteltiin esimerkkinä käytetty putkilinja ja kuvattiin suunnittelun eteneminen. Suunnitteluesimerkin avulla pyrittiin tunnistamaan suunnitteluprosessista ne kohdat, joissa integroitu simulointiympäristö helpottaisi työskentelyä sekä pohtimaan yksityiskohtaisemmin integroidun simulointiympäristön toimintoja. Lopuksi kuvattiin putkilinjan suunnittelun eteneminen integroidussa simulointiympäristössä ja pohdittiin sen etuja verrattuna perinteiseen putkilinjan suunnitteluun. Tutkimuksen perusteella integroitu simulointiympäristö tehostaa prosessisuunnittelua siten, että simulointimallien määrittelyissä tarvittavat laitetiedot ovat saatavissa helposti ja nopeasti ohjelmien ymmärtämässä muodossa. Simulointiympäristössä tieto eri sovellusten välillä siirtyy osittain automaattisesti, minkä takia ohjelmiin ei erikseen tarvitse syöttää samoja tietoja. Lisäksi integroitu simulointiympäristö tukee rinnakkaista suunnittelua ja automaatio- ja prosessisuunnittelun integrointia.Jatkotutkimusehdotuksena on lisäselvitykset siitä, miten simulointiympäristö sijoittuisi yrityksissä jo olemassa oleviin suunnittelujärjestelmiin, etenkin tiedonhallintajärjestelmiin nähden. Muina jatkotutkimusehdotuksina on integroidun simulointiympäristön tarkasteleminen automaatiosuunnittelijan kannalta sekä vaatimusmäärittelyjen tarkentaminen. Työssä ei juuri ole kiinnitetty huomiota siihen, kuinka helposti ehdotetut simulointiympäristön toiminnot ja vaatimukset ovat toteutettavissa teknisesti tai ylipäätään ovatko toteutettavissa, joten tämäkin vaatinee jatkotutkimuksia.

Real-time Quality of Service Controller for Differentiated Services

IP-verkkojen hyvin tunnettu haitta on, että nämä eivät pysty takaamaan tiettyä palvelunlaatua (Quality of Service) lähetetyille paketeille. Seuraavat kaksi tekniikkaa pidetään lupaavimpina palvelunlaadun tarjoamiselle: Differentiated Services (DiffServ) ja palvelunlaatureititys (QoS Routing). DiffServ on varsin uusi IETF:n määrittelemä Internetille tarkoitettu palvelunlaatumekanismi. DiffServ tarjoaa skaalattavaa palvelujen erilaistamista ilman viestintää joka hypyssä ja per-flow –tilan ohjausta. DiffServ on hyvä esimerkki hajautetusta verkkosuunnittelusta. Tämän palvelutasomekanismin tavoite on viestintäjärjestelmien suunnittelun yksinkertaistaminen. Verkkosolmu voidaan rakentaa pienestä hyvin määritellystä rakennuspalikoiden joukosta. Palvelunlaatureititys on reititysmekanismi, jolla liikennereittejä määritellään verkon käytettävissä olevien resurssien pohjalta. Tässä työssä selvitetään uusi palvelunlaatureititystapa, jota kutsutaan yksinkertaiseksi monitiereititykseksi (Simple Multipath Routing). Tämän työn tarkoitus on suunnitella palvelunlaatuohjain DiffServille. Tässä työssä ehdotettu palvelunlaatuohjain on pyrkimys yhdistää DiffServ ja palvelunlaatureititysmekanismeja. Työn kokeellinen osuus keskittyy erityisesti palvelunlaatureititysalgoritmeihin.

Kuopion Energian keskijänniteverkon kehittämissuunnitelma

Tämän työn tavoitteena oli laatia Kuopion Energian keskijänniteverkon kehittämissuunnitelma. Kehittämissuunnitelmaa varten selvitettiin ensin verkon nykytila ja toimivuus korvaustilanteissa. Tämän jälkeen laadittiin vuoteen 2020 asti ulottuvat kuormitusennusteet. Nykytilan ja kuormitusennusteiden pohjalta selvitettiin toimenpiteet, joilla Kuopion Energian keskijänniteverkko selviää tulevaisuuden vaatimuksista. Kehittämissuunnitelmassa selvitettiin alueet, joilla kuormitettavuus, korvattavuus tai oikosulkukestoisuus muodostuisi tulevaisuudessa toimivan sähkönjakelun esteeksi. Työn painopistealueiksi muodostuivat Savilahden ja Petosen alueet. Työssä selvitettiin, kuinka Petosen alueen nopean kuormituksen kasvun aiheuttama lisätehontarve saadaan hoidettua. Vaihtoehtoisina ratkaisutapoina selvitettiin lisäkapasiteetin rakentamista Petosen aluetta nykyisin syöttävälle Leväsen sähköasemalle tai uuden sähköaseman rakentamista. Savilahden alueen kasvavan tehontarpeen tyydyttämiseksi selvitettiin lisätehon saneeraamista Savilahden sähköasemalle tai vastaavasti uuden sähköaseman rakentamista Iloharjun kytkinasemalle.

1000 V sähkönjakelujärjestelmän teknistaloudellisen kannattavuuden tarkastelu

Tässä työssä tutkitaan 1000 V pienjännitejakelun taloudellista kannattavuutta. Tutkimus perustuu teoreettiseen tarkasteluun, jossa noudatetaan yleisiä verkostosuunnittelun periaatteita. EU-lainsäädäntö mahdollistaa 1000 V pienjänniteportaan sijoittamisen nykyisen keskijänniteverkon ja pienjänniteverkon väliin lisäten kolmannen jakelujänniteportaan nykyään käytettävien 20 kV ja 0,4 kV väliin. Jakeluverkkojen kehittämiseksi on etsittävä ratkaisu, joka on taloudellinen sekä asiakkaiden että verkonhaltijoiden kannalta. Tällaiset ratkaisut pienentävät verkon käytön kokonaiskustannuksia ja parantavat sähkön laatua. Lisättäessä jakeluverkkoon kolmas jänniteporras, keskijänniteverkon johtopituus lyhenee ja varsinkin lyhyiden haarajohtojen määrä vähenee. Tämä vähentää keskijänniteverkossa esiintyvien keskeytysten määrää ja pienentää keskeytyskustannuksia. Kilovoltin järjestelmä on kannattava korvattaessa sillä osa keskijänniteverkkoa, tai estettäessä perinteisellä järjestelmällä tarvittava muuntopiirin jakaminen. Osana varsinaista pienjänniteverkkoa ei kilovoltinjärjestelmä ole kannattava. Tässä työssä kolmijänniteportaista jakeluverkkoa tutkitaan teoreettisilla verkkosuunnitelmilla, joita tehdään muutamille perusverkkotopologioille. Taloudellista kannattavuutta tutkitaan vertaamalla perinteistä kaksijänniteportaista ja kolmijänniteportaista verkkoratkaisua kustannusten suhteen teknisten reunaehtojen puitteissa. 1000 V pienjännitejakelu vaatii uudenlaisia verkostokomponentteja. Näistä on erityisesti käsitelty 1/0,4 kV pienjännitemuuntajaa. Muuntajasuunnittelun lähtökohtana on 1000 V verkon käyttäminen keskijänniteverkon jatkeena maasta erotettuna verkkona.

Keravan Energia Oy:n ja Etelä-Suomen Energia Oy:n sähköverkkojen yleissuunnitelma

Työn tavoitteena on ollut laatia Keravan Energia Oy:n ja Etelä-Suomen Energia Oy:n keskijänniteverkkoja koskeva yleissuunnitelma. Tutkimustyön painopiste on ollut verkkojen nykytilan selvityksen ohella ajankohtaisissa verkkojärjestelykysymyksissä. Kuormitusennusteiden laadinnan pohjana on ollut kunnista saatavat väestö- ja työpaikkaennusteet. Verkkojen vahvistusta koskevat toimenpide-ehdotukset sijoittuvat vahvoille kasvualueille Etelä-Sipooseen ja Alikeravalle. Eräs keskeisimmistä tehtävistä on ollut Etelä-Suomen Energia Oy:n verkkoon sijoittuvan Östersundomin alueen sähkönjakelun kehittäminen. Työssä on tarkasteltu ja vertailtu uuden sähköaseman rakentamista keskijänniteverkon saneeraamisvaihtoehtoon. Alueen kuormituksen nopea kasvu edellyttää verkoston kehittämissuunnitelmien pikaista toimeenpanoa jo seuraavien 1-2 vuoden kuluessa. Toinen merkittävistä verkostohankkeista sijoittuu Keravan Energia Oy:n sähköverkkoon. Työssä on selvitetty 110 kV:n verkon uudelleenjärjestelyjen vaikutuksia nykyisen keskijänniteverkon rakenteeseen. Savion ja Alikeravan asemien korvaaminen uudella asemalla aiheuttaisi asemainvestoinnin lisäksi noin kahden miljoonan markan lisäinvestoinnin kaapeliyhteyksien rakentamista varten sekä lähes miljoonan markan lisähäviökustannukset tarkasteluajalta.

Haja-asutusalueen keskijänniteverkon kaapeloinnin ja automaation suunnittelumetodiikka

Tässä diplomityössä tutkitaan erilaisia keskijänniteverkon kehittämismenetelmiä sekä suunnittelua haja-asutusalueelle. Suunnittelumetodiikan perustana on vertailla sähköverkon käyttövarmuuden tunnuslukujen sekä kokonaiskustannusten kehittymistä erilaisilla investointiratkaisuilla. Lähemmässä tarkastelussa ovat erilaiset kaapelointimenetelmät sekä automaatiolaitteet kuten maastoon sijoitettavat katkaisijat sekä kauko-ohjattavat erottimet. Kehittämisratkaisujen vertailemiseksi sähköverkosta muodostetaan laskentaa varten malli, jonka avulla on mahdollista tarkastella mm. käyttövarmuuden tunnuslukujen sekä verkon kustannusten kehittymistä. Verkon kustannuksissa otetaan huomioon investointikustannukset, käyttö- ja kunnossapitokustannukset, viankorjauskustannukset sekä keskeytyskustannukset. Keskeytysten laskentaa varten toteutetaan erilliset laskentalohkot, jotta keskeytyskustannukset saadaan mallinnettua tarkasti. Kaapelointistrategia-analyysissä vertaillaan kaapeloinnin erilaisia toteuttamisperiaatteita. Erilaisia tutkittavia kaapelointimenetelmiä ovat vyörytysmenetelmä, vikaherkimpien kohteiden uusinta, vanhimpien kohteiden uusinta, täydellinen kaapelointi sekä optimiverkostoratkaisu, jossa on hyödynnetty keskijännitejohtojen kaapeloinnin lisäksi mm. automaatioratkaisuja ja 1000 V tekniikkaa. Kaapelointimenetelmiä vertailtaessa on havaittu, että vikaherkimmistä kohteista aloitettava saneeraus tuottaa parhaimman tuloksen, jos optimiratkaisua ei oteta huomioon.

The effect of literacy training on the self-concept of moderately mentally handicapped adults

In this single group, pretest/posttest design study the literacy level and self-concept of nine moderately mentally handicapped adults was assessed. The participants in the study were involved in reading lessons using the Ball-Stick-Bird reading system, a brainbased program. No significant differences were found in either literacy level or reading level after intervention. However, there were changes in reading behaviour. These changes occurred in the subskills ofdirectionality, letter-sound correspondence, wordreading, and use of reading materials.