Monte-Carlo dosimetry on a realistic cell monolayer geometry exposed to alpha particles

The energy and specific energy absorbed in the main cell compartments (nucleus and cytoplasm) in typical radiobiology experiments are usually estimated by calculations as they are not accessible for a direct measurement. In most of the work, the cell geometry is modelled using the combination of simple mathematical volumes. We propose a method based on high resolution confocal imaging and ion beam analysis (IBA) in order to import realistic cell nuclei geometries in Monte-Carlo simulations and thus take into account the variety of different geometries encountered in a typical cell population. Seventy-six cell nuclei have been imaged using confocal microscopy and their chemical composition has been measured using IBA. A cellular phantom was created from these data using the ImageJ image analysis software and imported in the Geant4 Monte-Carlo simulation toolkit. Total energy and specific energy distributions in the 76 cell nuclei have been calculated for two types of irradiation protocols: a 3 MeV alpha particle microbeam used for targeted irradiation and a 239Pu alpha source used for large angle random irradiation. Qualitative images of the energy deposited along the particle tracks have been produced and show good agreement with images of DNA double strand break signalling proteins obtained experimentally. The methodology presented in this paper provides microdosimetric quantities calculated from realistic cellular volumes. It is based on open-source oriented software that is publicly available.

TCAD for PV: a fast method for accurately modelling metal impurity evolution during solar cell processing

Coupled device and process silumation tools, collectively known as technology computer-aided design (TCAD), have been used in the integrated circuit industry for over 30 years. These tools allow researchers to quickly converge on optimized devide designs and manufacturing processes with minimal experimental expenditures. The PV industry has been slower to adopt these tools, but is quickly developing competency in using them. This paper introduces a predictive defect engineering paradigm and simulation tool, while demonstrating its effectiveness at increasing the performance and throughput of current industrial processes. the impurity-to-efficiency (I2E) simulator is a coupled process and device simulation tool that links wafer material purity, processing parameters and cell desigh to device performance. The tool has been validated with experimental data and used successfully with partners in industry. The simulator has also been deployed in a free web-accessible applet, which is available for use by the industrial and academic communities.

Beyond filtered backprojection: a reconstruction software package for ion beam microtomography data

A new version of the TomoRebuild data reduction software package is presented, for the reconstruction of scanning transmission ion microscopy tomography (STIMT) and particle induced X-ray emission tomography (PIXET) images. First, we present a state of the art of the reconstruction codes available for ion beam microtomography. The algorithm proposed here brings several advantages. It is a portable, multi-platform code, designed in C++ with well-separated classes for easier use and evolution. Data reduction is separated in different steps and the intermediate results may be checked if necessary. Although no additional graphic library or numerical tool is required to run the program as a command line, a user friendly interface was designed in Java, as an ImageJ plugin. All experimental and reconstruction parameters may be entered either through this plugin or directly in text format files. A simple standard format is proposed for the input of experimental data. Optional graphic applications using the ROOT interface may be used separately to display and fit energy spectra. Regarding the reconstruction process, the filtered backprojection (FBP) algorithm, already present in the previous version of the code, was optimized so that it is about 10 times as fast. In addition, Maximum Likelihood Expectation Maximization (MLEM) and its accelerated version Ordered Subsets Expectation Maximization (OSEM) algorithms were implemented. A detailed user guide in English is available. A reconstruction example of experimental data from a biological sample is given. It shows the capability of the code to reduce noise in the sinograms and to deal with incomplete data, which puts a new perspective on tomography using low number of projections or limited angle.

Comparación de los resultados obtenidos en el estudio de la toxicidad de diferentes plaguicidas sobre dos especies de miridos, aplicando la metodología de la OILB

Nesidiocoris tenuis (Router) (Hemiptera: Miridae) y Macrolophus basicornis (Stål) (Hemiptera: Miridae), son dos depredadores utilizados en el control de plagas del tomate, principalmente Tuta absoluta (Meyrick) (Lepidoptera: Gelechiidae), en España y Brasil respectivamente. Se ha estudiado la toxicidad residual de ocho modernos plaguicidas en adultos de estas dos especies de miridos, siguiendo la metodología recomendada por la Organización Internacional de Lucha Biológica e Integrada (OILB). Los ensayos se realizaron en dos laboratorios diferentes: Unidad de Protección Vegetal (ETSIA, UPM) y Laboratorio de Estudios de Selectividad (UFLA, Lavras-Brasil). Los insecticidas empleados en ambos laboratorios contenían el mismo ingrediente activo cuando fue posible (en el caso de Deltametrina y Flubendiamida) o pertenecían al mismo grupo de modo de acción principal según la clasificación del IRAC (Comité de Acción para la Resistencia a los Insecticidas): Spirotetramat, Metaflumizona y Sulfoxaflor en España y Spiromesifen, Indoxacarb e Imidacloprid en Brasil, respectivamente. Se evaluó la mortalidad durante los 3 días de exposición a los residuos y cuando fue posible, la descendencia de los supervivientes. Se comparan los resultados y las categorías de toxicología OILB obtenidas para los insecticidas estudiados.

Construção tridimensional de atlas dos núcleos anteriores do tálamo a partir de cortes de um bloco de encéfalo

Tese de mestrado integrado em Engenharia Biomédica e Biofísica, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2016

Preparação e caracterização de micro/nanopartículas de quitosano para libertação de cisplatina

Nos últimos anos, a crescente necessidade de desenvolvimento de novos e inovadores sistemas para a libertação de fármacos, tem levado a comunidade científica à pesquisa de novos materiais, maioritariamente de origem polimérica. O aparecimento destes materiais abre novas possibilidades aos campos de investigação da medicina e farmacologia, uma vez que os polímeros podem ser facilmente modificados (por reticulação física ou química) e processados nas mais diversas formas. Entre os novos materiais estudados encontra-se o quitosano, um polímero de origem natural extraído das carapaças de animais marinhos. O quitosano tem sido exaustivamente investigado devido a um conjunto de características, como biocompatibilidade, biodegradabilidade e ausência de toxicidade. O objectivo do presente trabalho consiste na preparação de microsferas de quitosano pelo método de emulsão água-em-óleo, seguido de reticulação, para utilização como sistemas de libertação de fármacos. Após análise da literatura disponível, verifica-se que existe um hiato de informação sobre o impacto das condições iniciais da preparação de microsferas nas suas características de tamanho e forma, pelo que se considerou importante colmatar a presente falta com este estudo, uma vez que o conhecimento da morfologia das microsferas preparadas é fulcral para estudos de difusão. Em estudos de libertação de fármacos, o quitosano geralmente apresenta elevadas taxas de difusão e biodegradação, juntamente com reduzidas propriedades mecânicas. Na tentativa de melhorar estas propriedades, as microsferas de quitosano são reticuladas quimicamente com genipin, um reticulante de origem natural. Para o estudo do impacto das variáveis de entrada no tamanho e na morfologia das microsferas, variou-se a concentração de quitosano, a concentração de genipin e a velocidade de agitação da emulsão água-em-óleo, pois na informação existente na literatura está patente que estas são as variáveis mais relevantes. Depois de obtidas as microsferas, foram recolhidas imagens com uma camara de alta resolução acoplada a um microscópio óptico, sendo que a dimensão e a morfologia destas foi analisada por análise de imagem, com recurso ao software de imagem ImageJ®. Foram medidos os parâmetros de tamanho, designadamente o diâmetro equivalente, o perímetro e os diâmetros de Feret (máximo e mínimo), e os parâmetros de forma: a circularidade e o factor de forma (AR). Os resultados obtidos mostram que o diâmetro equivalente das microsferas de quitosano reticuladas com genipin (bem como todas as restantes propriedades de tamanho) diminui com a diminuição quer da concentração de polímero quer da concentração de reticulante. O aumento da velocidade de agitação da emulsão também se reflecte numa diminuição da dimensão das microsferas. As variáveis de entrada não aparentam ter qualquer tipo de impacto sobre as características de forma, embora os resultados indiciem que as microsferas mais pequenas, de menor diâmetro equivalente são as que, aparentemente, apresentam maior esfericidade. Estes resultados, de natureza qualitativa, foram consolidados por recurso a Análise de Variância (ANOVA)

Instrumentation for magnetoaerodynamic heat transfer.

"Prepared for the Air Force Ballistic Missile Division, Headquarters Air Research and Development Command, under Contract AF(647)-309, Thermonuclear Propulsion Research."

Theory of electron driven shock waves

"STL/TR-60-0000-GR310."

The stability of plasmas in the presence of conducting walls.

"Prepared for the Air Force Bassistic Missle Division, Headquarters Air Research and Development Command, under Contract AF 04 (647)-594, Thermonuclear propulsion research."

Dynamic stabilization of a plasma column.

"This report was prepared in connection with Space Technology Laboratories Program of General Research."

Plasma turbulence.

"Prepared for the United States Atomic Energy Commission, under AEC Contract AT (04-3)-321, Plasma Turbulence Research."

Transverse pinch oscillations.

"Prepared for the Air Force Ballistic Missile Division, Headquarters Air Research and Development Command, under Contract AF 04 (647-309 Thermonuclear Propulsion Research."

Superconductive properties of thin tin films,

"This work was supported in part by the General Research Provision of contract between the Air Force and Space Technology Laboratories, Inc., and in part by the Office of Naval Research."