Sequenciamento do RNAm codificante da hepcidina e análise de sua expressão gênica em diferentes tecidos de ovinos saudáveis

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Complementação do seqüenciamento do genoma do Southern bean mosaic virus, isolado São Paulo, expressão da porção C-terminal da polimerase e produção de anti-soro policlonal

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Expressão em Escherichia coli e produção de antissoro policlonal para proteína P1 do Southern bean mosaic virus

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Clonagem e expressão do gene da nucleoproteína (np) do vírus da doença de newcastle em Escherichia coli para aplicação no imunodiagnóstico

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Fatores de transcrição reguladores do metabolismo do glicogênio em Neurospora crassa: caracterização parcial e identificação de alvos de ligação por ChIP-Seq

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise funcional de genes de Xanthomonas axonopodis pv. citri implicados na patogênese

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Isolamento, caracterização e expressão em sistema bacteriano de um gene que codifica uma proteína transportadora de lipídeos de Piper nigrum

A pimenteira-do-reino (Piper nigrum L.) constitui uma das espécies de pimenta mais amplamente utilizadas no mundo, pertencendo à família Piperaceae, a qual compreende cerca de 1400 espécies distribuídas principalmente no continente americano e sudeste da Ásia, onde esta cultura originou. A pimenteira-do-reino foi introduzida no Brasil no século XVII, e tornou-se uma cultura de importância econômica desde 1933. O Estado do Pará é o principal produto brasileiro de pimenta-do-reino, contudo sua produção vem sendo afetada pela doença fusariose causada pelo fungo Fusarium solani f. sp. piperis. Estudos prévios revelaram a identificação de sequencias de cDNA diferencialmente expressas durante a interação da pimenteira-do-reino com o F. solani f. sp. piperis. Entre elas, uma sequencia de cDNA parcial que codifica para uma proteína transportadora de lipídeos (LTP), a qual é conhecida por seu importante papel na defesa de plantas contra patógenos e insetos. Desta forma, o objetivo principal deste trabalho foi isolar e caracterizar as sequencias de cDNA e genômica de uma LTP de pimenteira-do-reino, denominada PnLTP. O cDNA completo da PnLTP isolado por meio de experimentos de RACE apresentou 621 bp com 32 pb and 235 bp nas regiões não traduzidas 5‘ e 3‘, respectivamente. Este cDNA contem uma ORF de 354 bp codificando uma proteína deduzida de 117 resíduos de aminoácidos que apresentou alta identidade com LTPs de outras espécies vegetais. Análises das sequencias revelou que a PnLTP contem um potencial peptídeo sinal na extremidade amino-terminal e oito resíduos de cisteína preditos por formar quatro pontes de dissulfeto, as quais poderiam contribuir para a estabilidade desta proteína. O alinhamento entre as sequencias de cDNA e genômica revelou a ausência de introns na região codificante do gene PnLTP, o que está de acordo ao encontrado em outros genes de LTPs de plantas. Por último, a PnLTP madura foi expressa em sistema bacteriano. Experimentos adicionais serão realizados com o objetivo de avaliar a habilidade da PnLTP recombinante em inibir o crescimento do F. solani f. sp. piperis.

O uso da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real em doadores de sangue soropositivos para o anti-HCV

O HCV é um vírus esférico, que apresenta um genoma de RNA com polaridade positiva. Atualmente está classificado na família Flaviviridae num gênero separado que é o Hepacivirus, apresenta cerca de 9,4 Kb constituído por uma única e longa fase de leitura aberta (ORF) que compreende quase todo o genoma. Apresenta duas regiões não traduzidas nas extremidades 5' e 3' denominadas 5' UTR e 3' UTR. A poli proteína precursora é clivada em dez proteínas, resultando em proteínas virais estruturais e proteínas nãoestruturais. É um vírus de transmissão preferencialmente parenteral, com distribuição universal, cujo diagnóstico é feito na grande maioria de maneira acidental, sendo atualmente utilizado os testes sorológico e molecular. Este trabalho tem como objetivo comparar o teste sorológico de imunoensaio enzimático (ELISA) e a reação em cadeia da polimerase (PCR) na ocasião da seleção de pré-doadores de sangue. Foram feitos testes de detecção do vírus C por PCR em 290 amostras com resultado positivo ou indeterminado para o teste ELISA. A análise dos resultados revelou que as amostras com testes ELISA positivo/PCR positivo e ELISA positivo/PCR negativo são duas amostras diferentes e independentes (p=0,0006). Esta diferença pode ser supostamente devido a resposta imune diferenciada nas amostras que apresentaram resultado no teste PCR positivas. Esperava-se que houvesse correlação entre os resultados do DO/Cutoff (ELISA) e carga viral (PCR) como o que ocorre em outros vírus como o HIV, no entanto os resultados apresentaram-se totalmente dispersos (R²=0,025), confirmando a não correlação entre os dois testes: ELISA e PCR para o vírus C.

Caracterização molecular e relação filogenética do genoma completo dos arbovírus Bussuquara, Iguape, Ilhéus e Rocio (Família Flaviviridae, Gênero Flavivirus)

Os flavivírus são conhecidos por seu complexo ciclo biológico e importância na saúde pública e na economia mundial. Os aspectos ecológicos e quadros clínicos estão estreitamente relacionados à filogenia e evolução dos flavivírus. Este trabalho objetiva a caracterização molecular dos genomas dos flavivírus Bussuquara (VBSQ), Iguape (VIGU), Ilhéus (VILH) e Rocio (VROC), determinando relações filogenéticas com os demais integrantes do gênero Flavivirus. Foi realizado o seqüenciamento completo da região codificadora (ORF) e regiões não codificantes (RNC) 5’ e 3’; análise da estrutura secundária do RNA viral e das sequências conservadas da 3’RNC; determinação dos sítios de clivagem, glicosilação, resíduos Cis e motivos conservados na poliproteína; e as análises de similaridade e filogenética. Os genomas dos VBSQ, VIGU, VILH e VROC apresentaram a mesma organização que os demais flavivírus, medindo 10.815 nt, 10.922 nt, 10.775 nt, 10.794 nt, respectivamente. O padrão das sequências conservadas da 3’RNC do VBSQ foi RCS2-CS2-CS1, enquanto que para os VIGU, VILH e VROC foram CS3-RCS2-CS2-CS1. As características das estruturas secundárias do RNAs dos flavivírus em estudo foram similares aos demais flavivírus. O número dos sítios de glicosilação das proteínas PrM, E e NS1 foi distinto entre os flavivírus brasileiros, porém o padrão 6,12,12 dos resíduos de Cis e do sítios de clivagem permaneceram conservados. Na proteína E, alterações aminoacídicas pontuais foram observadas no peptídeo de fusão dos VBSQ, VIGU e VROC, e a sequência do tripepídeo RGD foi distinta para os quatro vírus em estudo. Os motivos determinantes das atividades de MTase-SAM da NS5, bem como da helicase e protease da NS3, permanecem conservados. Dentre os oito motivos da polimerase viral (NS5), somente os motivos V, VI e VII possuem alguma substituição nucleotídica para o VILH e VROC. As análises de similaridade mostram que VBSQ apresenta maior relação com VIGU enquanto que o VILH e VROC são mais relacionados entre si, porém sendo consideradas espécies virais distintas. Com base nas análises filogenéticas, características moleculares do genoma e biológicas, propõem-se a formação de três grupos genéticos: o grupo Rocio, que agrupa VROC e VILH; o grupo Bussuquara formado pelos VBSQ e Vírus naranjal e o grupo Aroa que inclui o Vírus Aroa e VIGU.

Prevalência da infecção pelo Papilomavírus humano (HPV) em mulheres investigadas para o câncer cervical, na cidade de Belém, Para

O Papilomavírus humano infecta as células basais do epitélio estratificado, induzindo o desenvolvimento de lesões proliferativas benignas na pele ou mucosas. As infecções apresentam distribuição universal. Muitos estudos têm demonstrado a forte associação da infecção por espécies de alto risco com casos de câncer cervical. Sendo assim, o presente estudo visou determinar a prevalência da infecção pelo HPV em um grupo de mulheres investigadas para o câncer cervical. No período de janeiro de 2008 a dezembro de 2009 foram coletadas amostras cervicais de 180 mulheres atendidas no Laboratório de Citopatologia da UFPA, sendo 162 elegíveis para o estudo. De cada participante foi coletada duas amostras, uma destinada à confecção do esfregaço para posterior análise citológica, através do Método de Papanicolaou e a outra destinada à análise por biologia molecular a fim de se investigar a presença do HPV, na qual utilizou-se os iniciadores MY09 e MY11. As espécies de HPV foram identificadas através da técnica de seqüenciamento de bases nucelotídicas da ORF L1 do HPV. A análise do perfil epidemiológico do grupo estudado demonstrou que a média de idade correspondia a 37,5 anos. A maioria (49,38%) era casada, 37,65% havia iniciado a atividade sexual entre 13 e 17 anos de idade e 58,64% não usava preservativos durante as relações sexuais. A prevalência global do HPV encontrada foi de 18,52%. Treze espécies diferentes foram identificadas, sendo que a maioria (66,67%) pertencia ao grupo de baixo risco, no qual o HPV-11 foi mais freqüente. Dentre o grupo de alto risco (30%) o HPV-31 foi encontrado em quatro casos. A distribuição das espécies de HPV de acordo com o resultado citológico demonstrou que a ocorrência da infecção foi maior no grupo de mulheres cujo esfregaço era livre de alterações citológicas (43,33%). No grupo de mulheres com alterações pré-malignas só observou-se infecções por espécies de baixo risco (10%). A infecção pelo HPV mostrou associação estatisticamente significativa com a atividade sexual e com a freqüência na realização do exame preventivo. A prevalência encontrada no estudo corrobora com outros achados descritos na literatura. A predominância da infecção em mulheres com citologia normal reforça a idéia de que a infecção é, em sua maioria, assintomática e que o método de Papanicolaou é menos eficiente na detecção da infecção em relação às técnicas de biologia molecular. Entretanto, ao se tratar de detecção de doença pré-maligna ou maligna, a biologia molecular não se aplica e, portanto não deve substituir o PCCU.

Caracterização molecular de proetínas envolvidas nos mecanismos de homeostase de cobre em Xanthomonas citri subsp. citri

Pós-graduação em Biotecnologia - IQ

Caracterização funcional de HTRA1 em linhagens celulares HPV positiva e HPV negativa

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Produção de vetores recombinantes para análise das propriedades biológicas e cancerígenas da proteína K1 do herpesvírus associado ao sarcoma de Kaposi (KSHV/HHV-8)

Pós-graduação em Patologia - FMB

Geração e análise da imunogenicidade de plasmídeos contendo epítopos CD8 sub-dominantes expressos em Trypanosoma cruzi

Durante a infecção experimental por Trypanosoma cruzi, a resposta imune adaptativa mediada por células CD8+ é direcionada a poucos epítopos imunodominantes e subdominantes. Em estudos anteriores, foi demonstrado que, em diferentes linhagens de camundongos, a imunização com plasmídeos ou proteínas recombinantes, que expressam epítopos CD8 imunodominantes, antecipa a resposta imune após o desafio e proporciona resposta imune protetora contra infecções letais com T.cruzi. Em nosso estudo atual, desenvolvemos a hipótese que também é possível gerar resposta imune protetora a partir de imunizações com plasmídeos que expressam epítopos subdominantes. Neste caso, esta resposta poderia se somar a resposta imune dominante ampliando o espectro da resposta imuno-protetora. Para testar nossa hipótese, nós tivemos que construir diferentes plasmídeos contendo a ORF do gene da proteína 2 de superfície de amastigota (asp-2) de T.cruzi contendo mutações que: i) retiraram os epítopos imunodominantes CD8 (VNHRFTLV para H-2Kb ou TEWETGQI para H-2Kk) ;ii) trocaram o epítopo imunodominante por epítopos sub-dominantes (TsKb-18 ANYDFTLV ou TsKb-20 ANYKFTLV). Além disso, também foi construído um plasmídeo contendo somente a porção P4-P7 (261° a 500° aminoácidos) da asp-2. Após a construção destes plasmídeos, testamos a imunogencidade de dois deles, denominados pRE-P4P7 e o pIgSP-VNHRATLA, foram testados individualmente na vacinação de camundongos F1(C57BL/6 x B10.A) (H-2Kb e H- 2Kk) ou de CB10 (H-2Kb), respectivamente, e desafiados com tripomastigotas da cepa Y de T.cruzi. A vacinação de camundongos F1 (C57BL/6 x B10.A) com o plasmídeo pré- P4-P7 aumentou significativamente a resposta imune de células CD8+ específicas ao epítopo sub-dominante TEWETGQI, restrito ao MHC H-2kk, porém não diminuiu a resposta ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Genotipagem de HLA de classe I e II para seleção de células precursoras dendríticas para estudo da imunobiologia do vírus associado ao Sarcoma de Kaposi (KSHV)

The Kaposi-associated Herpesvirus (KSHV) also known as Human Herpesvirus 8 (HHV-8) is associated with the development of Kaposi’s sarcoma (KS) and others limphoprolipheratives diseases such as Primary Effusion Lymphoma (PEL) and Multicentric Castleman Disease (MCD). Even though the virus is considered lymphotropic, it is able to infect others cell types such as macrophages, dendritic cells, endothelial cells, monocytes and fibroblasts. After infection, KSHV be latent expressing essential viral genes to its maintenance in a infected cell. However, in some circumstances may occur the reactivation of lytic cycle producing new viral particles. K1 protein of KSHV interferes in the cellular signaling inducing proliferation and supporting cellular transformation. K1 is encoded by viral ORF-K1, which shows high variability between different genotypes of KSHV. So far, it is not clear whether different isoforms of K1 have specific immunobiological features. The KSHV latency is maintained under strict control by the immune system supported by an adequate antigen presentation involving Human Leucocyte Antigen (HLA) class I and II. Polymorphisms of HLA class I and II genes confer an enormous variability in molecules that recognize a large amount of antigens, but also can increase the susceptibility to autoimmune diseases. Therefore, the present study aims to genotype HLA class I (A and B) and class II (DR and DQ) from volunteers to identify haplotypes that can provide better response to K1 epitopes of different KSHV genotypes. First of all, 20 volunteers were selected to genotype HLA genes. In our results we observed prevalence of certain HLA class I haplotypes as HLAA1, HLA-A2, HLA-A24, HLA-A26, HLA-B8, HLA-B18 e HLA-B44. After the in silico analysis using BIMAS and SYFPEITHI databases, we observed high scores for epitopes from the B genotype of KSHV, indicating...(Complete abstract click electronic access below)