Ancestral haplotype 8.1 and lung disease severity in European cystic fibrosis patients

The clinical course of cystic fibrosis (CF) lung disease varies between patients bearing identical CFTR mutations. This suggests that additional genetic modifiers may contribute to the pulmonary phenotype. The highly conserved ancestral haplotype 8.1 (8.1AH), carried by up to one quarter of Caucasians, comprises linked gene polymorphisms on chromosome 6 that play a key role in the inflammatory response: LTA +252A/G; TNF -308G/A, HSP70-2 +1267A/G and RAGE -429T/C. As inflammation is a key component inducing CF lung damage, we investigated whether the 8.1AH represents a lung function modifier in CF.

Molecularly imprinted polymers for the extraction of imiquimod from biological samples using a template analogue strategy

Molecularly Imprinted Polymers (MIPs) against imiquimod, a highly potent immune response modifier used in the treatment of skin cancer, were synthesised using a template analogue strategy and were compared with imprints of the drug itself. An investigation of the complexation between the functional monomer and the template analogue revealed an association constant of 1,376 ± 122 M-1, significantly higher than previously reported values for similar systems. The binding characteristics of the synthesised imprinted polymers were evaluated and extremely strong binding for imiquimod was observed while imprinting factors as high as 17 were calculated. When applied as sorbents in solid-phase extraction of imiquimod from aqueous, urine and blood serum samples, clean extracts and recoveries up to 95% were achieved, and it is concluded that while imiquimod imprints exhibited higher capacity for the drug, template analogue imprints are more selective. The results obtained suggest potential applications of imiquimod imprints as sorbents in rapid extraction and monitoring of undesirable systemic release of the drug.

Adaptive linear combination of heuristic orderings in constructing examination timetables

In this paper, we investigate adaptive linear combinations of graph coloring heuristics with a heuristic modifier to address the examination timetabling problem. We invoke a normalisation strategy for each parameter in order to generalise the specific problem data. Two graph coloring heuristics were used in this study (largest degree and saturation degree). A score for the difficulty of assigning each examination was obtained from an adaptive linear combination of these two heuristics and examinations in the list were ordered based on this value. The examinations with the score value representing the higher difficulty were chosen for scheduling based on two strategies. We tested for single and multiple heuristics with and without a heuristic modifier with different combinations of weight values for each parameter on the Toronto and ITC2007 benchmark data sets. We observed that the combination of multiple heuristics with a heuristic modifier offers an effective way to obtain good solution quality. Experimental results demonstrate that our approach delivers promising results. We conclude that this adaptive linear combination of heuristics is a highly effective method and simple to implement.

Simple preparation of positively charged silver nanoparticles for detection of anions by surface-enhanced Raman spectroscopy

Modification of citrate and hydroxylamine reduced Ag colloids with thiocholine bromide, a thiol functionalized quaternary ammonium salt, creates particles where the zeta potential is switched from the normal values of ca. -50 mV to ca. + 50 mV. These colloids are stable but can be aggregated with metal salts in much the same way as the parent colloids. They are excellent SERS substrates for detection of anionic targets since their positive zeta potentials promote adsorption of negatively charged ions. This is important because the vast majority of published SERS studies involve cationic or neutral targets. Moreover, the fact that the modifier is a quaternary ammonium ion means that the negative surface charge is maintained even at alkaline pH. The modified colloids can be used to detect compounds which cannot be detected using conventional negatively-charged citrate or hydroxylamine reduced metal nanoparticles, for example the detection limit was 5.0 x 10(-5) M for perchlorate and

Genome-wide gene pathway analysis of psychotic illness symptom dimensions based on a new schizophrenia-specific model of the OPCRIT

Empirically derived phenotypic measurements have the potential to enhance gene-finding efforts in schizophrenia. Previous research based on factor analyses of symptoms has typically included schizoaffective cases. Deriving factor loadings from analysis of only narrowly defined schizophrenia cases could yield more sensitive factor scores for gene pathway and gene ontology analyses. Using an Irish family sample, this study 1) factor analyzed clinician-rated Operational Criteria Checklist items in cases with schizophrenia only, 2) scored the full sample based on these factor loadings, and 3) implemented genome-wide association, gene-based, and gene-pathway analysis of these SCZ-based symptom factors (final N= 507). Three factors emerged from the analysis of the schizophrenia cases: a manic, a depressive, and a positive symptom factor. In gene-based analyses of these factors, multiple genes had q<. 0.01. Of particular interest are findings for PTPRG and WBP1L, both of which were previously implicated by the Psychiatric Genomics Consortium study of SCZ; results from this study suggest that variants in these genes might also act as modifiers of SCZ symptoms. Gene pathway analyses of the first factor indicated over-representation of glutamatergic transmission, GABA-A receptor, and cyclic GMP pathways. Results suggest that these pathways may have differential influence on affective symptom presentation in schizophrenia.

PIAS1 is increased in human prostate cancer and enhances proliferation through inhibition of p21

Prostate cancer development and progression are associated with alterations in expression and function of elements of cytokine networks, some of which can activate multiple signaling pathways. Protein inhibitor of activated signal transducers and activators of transcription (PIAS)1, a regulator of cytokine signaling, may be implicated in the modulation of cellular events during carcinogenesis. This study was designed to investigate the functional significance of PIAS1 in models of human prostate cancer. We demonstrate for the first time that PIAS1 protein expression is significantly higher in malignant areas of clinical prostate cancer specimens than in normal tissues, thus suggesting a growth-promoting role for PIAS1. Expression of PIAS1 was observed in the majority of tested prostate cancer cell lines. In addition, we investigated the mechanism by which PIAS1 might promote prostate cancer and found that down-regulation of PIAS1 leads to decreased proliferation and colony formation ability of prostate cancer cell lines. This decrease correlates with cell cycle arrest in the G0/G1 phase, which is mediated by increased expression of p21(CIP1/WAF1). Furthermore, PIAS1 overexpression positively influences cell cycle progression and thereby stimulates proliferation, which can be mechanistically explained by a decrease in the levels of cellular p21. Taken together, our data reveal an important new role for PIAS1 in the regulation of cell proliferation in prostate cancer.

Travailler ensemble à l'école primaire qu'en pensent des acteurs de l'ÉPS du milieu scolaire et de la formation à l'enseignement?

Au Québec, les réformes du système scolaire implantées depuis 2001 au primaire appellent à modifier considérablement la tâche des personnes enseignantes. L'appel au professionnalisme collectif s'oppose à une conception plus traditionnelle du travail de l'enseignant"seul devant ses élèves". Cette dimension du travail enseignant est également présente à l'intérieur de la formation initiale à l'enseignement (Gouvernement du Québec, 200 lb). Parmi les douze compétences professionnelles, deux d'entre elles se réfèrent au travail entre les personnes impliquées dans les apprentissages des élèves. Dans le domaine de l'éducation physique et à la santé (EPS) au primaire, un certain nombre de transformations observées depuis quelques années sont susceptibles d'influencer le travail entre personnes enseignantes. En effet, plusieurs spécialistes en éducation physique et à la santé sont de plus en plus fréquemment appelés à enseigner dans un contexte de co-enseignement (team teaching). Le programme de formation de l'école québécoise (Gouvernement du Québec, 200la) invite également les spécialistes d'éducation physique et à la santé à travailler à l'intérieur des équipes-cycles. Finalement, les spécialistes de l'ÉPS se sont vus attribuer la responsabilité du volet éducation à la santé à l'école par le biais de la compétence disciplinaire Adopter un mode de vie sain et actif . Depuis ces récentes transformations, les spécialistes en ÉPS sont davantage appelés à travailler avec des acteurs du milieu scolaire qu'auparavant. L'objectif général de cette étude est de comprendre comment des acteurs oeuvrant dans le domaine de l'ÉPS au primaire voient le"travailler ensemble" comme dimension du travail enseignant et comme objet de formation. Plus précisément, les questions de recherche sont liées aux thèmes suivants : 1) le sens que les acteurs du milieu scolaire donnent au concept du"travailler ensemble"; 2) les conditions et les obstacles à la mise en place et à l'accomplissement dû"travailler ensemble"; 3) la place qu'occupe la formation au"travailler ensemble" à l'intérieur du programme de formation à l'enseignement ciblé dans cette étude. Sur le plan conceptuel, cette étude est confrontée à la polysémie des terminologies des concepts qui font référence au"travailler ensemble". Dans cette optique, nous chercherons à définir les différents concepts qui s'y rapportent. Nous présenterons un modèle conceptuel du"travailler ensemble" à partir d'autres référents traitant du même thème. Le modèle conceptuel s'opérationnalisera selon deux concepts, soit celui d'intensité et celui d'interdépendance. Cette étude emprunte une approche de recherche qualitative de type interprétative, elle est menée auprès de onze (n = 11) acteurs du milieu scolaire (personnes enseignantes associées en EPS (n = 4), directions d'école (n = 2) et auprès d'acteurs issus d'un programme de formation à l'enseignement de l'ÉPS (stagiaires en EPS (n = 3), formateurs universitaires à l'enseignement (n = 2)). Il s'agit d'un échantillon non probabiliste de type critérié (Patton, 1990). Les résultats ont été recueillis par le biais de questionnaires sociodémographiques et d'entrevues semi-dirigées. La présence d'acteurs provenant de quatre catégories différentes nous permettra d'effectuer une triangulation par les sources d'informations (Savoie-Zajc et Karsenti, 2000). Les entrevues nous révèlent que les acteurs rencontrés ont diverses occasions de travailler avec leurs collègues à l'école et que les conditions varient selon le rôle occupé par les personnes (enseignantes d'une même discipline, enseignantes d'une discipline différente ou non enseignantes). Chez les spécialistes en EPS que nous avons rencontrés, nous observons que le travail entre collègues d'une même discipline dépasse les limites de l'école. Ce contexte s'avère propice au renforcement d'une identité professionnelle commune. Les acteurs rencontrés identifient des conditions favorables et défavorables au"travailler ensemble". Celles-ci prennent diverses formes. Elles sont tantôt de nature affective, organisationnelle ou identitaire. En ce qui concerne la place occupée par la formation au"travailler ensemble" à l'intérieur du programme d'ÉPS participant, il semble que les occasions de développer cette compétence soient plus pertinentes à l'intérieur des stages qu'à l'intérieur des cours donnés à l'université. Par contre, les occasions de"travailler ensemble" en stage varient en fonction du contexte d'intervention de la personne enseignante associée. Cette situation soulève un certain nombre d'interrogations se rapportant tant à la capacité de la personne enseignante à s'adapter aux récentes transformations de l'école québécoise qu'aux programmes actuels de formation à l'enseignement pour former les futures personnes enseignantes au"travailler ensemble". Cette étude contribuera de façon significative à l'accroissement des connaissances au regard du"travailler ensemble" à l'école et en formation à l'enseignement dans le contexte de l'ÉPS. Cette perspective n'a pas ou très peu été documentée par d'autres auteurs. Bien qu'elle ne conduise pas à une série de recommandations à l'intention des acteurs impliqués dans la formation à l'enseignement, cette étude contribue, à clarifier des concepts liés au"travailler ensemble" et à les articuler."--Résumé abrégé par UMI.

Une étude du développement professionnel par l'intégration dans la pratique d'enseignement d'une approche visant le développement du potentiel mathématique des élèves

Les enseignants passent une bonne partie de leur à temps à produire, à adapter et à modifier des ressources pédagogiques, ce qui place ce travail, appelé travail documentaire, au coeur de leur développement professionnel (Gueudet et Trouche, 2008). Dans le cadre d'une recherche collaborative ayant pour but le développement professionnel d'orthopédagogues et d'enseignants, effectuée par des chercheurs de l'Université de Sherbrooke, des ressources pédagogiques visant le développement du potentiel mathématique des élèves en difficulté d'apprentissage ont été conçues, adaptées et modifiées. Nous appuyant sur l'approche documentaire du didactique de Gueudet et Trouche (2008), nous décrivons le processus d'intégration de l'approche de développement du potentiel mathématique dans la pratique d'enseignement d'une enseignante ayant participé à la recherche collaborative. L'analyse de différents types de données recueillies lors des phases préactive, interactive et postactive de l'enseignement nous a permis d'identifier cinq schèmes d'usage (schèmes d'instrumentation et d'instrumentalisation) dans la pratique d'enseignement de notre enseignante. Notre mémoire traite donc de la problématique du développement professionnel des enseignants en considérant, sous un angle didactique, leur travail sur des ressources pédagogiques.

Etude de la structuration laser femtoseconde multi-échelle de verres d’oxydes dopés à l’argent

La structuration laser femtoseconde de verres d’oxydes est aujourd’hui un domaine de recherche en pleine expansion. L’interaction laser-matière est de plus en plus utilisée pour sa facilité de mise en œuvre et les nombreuses applications qui découlent de la fabrication des composants photoniques, déjà utilisés dans l’industrie des hautes technologies. En effet, un faisceau d’impulsions ultracourtes focalisé dans un matériau transparent atteint une intensité suffisante pour modifier la matière en trois dimensions sur des échelles micro et nanométriques. Cependant, l’interaction laser-matière à ces régimes d’intensité n’est pas encore complètement maîtrisée, et les matériaux employés ne sont pas entièrement adaptés aux nouvelles applications photoniques. Par ce travail de thèse, nous nous efforçons donc d’apporter des réponses à ces interrogations. Le mémoire est articulé autour de deux grands volets. Le premier aborde la question de l’interaction de surface de verres avec de telles impulsions lumineuses qui mènent à l’auto-organisation périodique de la matière structurée. L’influence du dopage en ions photosensibles et des paramètres d’irradiation est étudiée afin d’appuyer et de conforter le modèle d’incubation pour la formation de nanoréseaux de surface. À travers une approche innovante, nous avons réussi à apporter un contrôle de ces structures nanométriques périodiques pour de futures applications. Le second volet traite de cristallisation localisée en volume induite en grande partie par l’interaction laser-matière. Plusieurs matrices vitreuses, avec différents dopages en sel d’argent, ont été étudiées pour comprendre les mécanismes de précipitation de nanoparticules d’argent. Ce travail démontre le lien entre la physicochimie de la matrice vitreuse et le caractère hors équilibre thermodynamique de l’interaction qui influence les conditions de nucléation et de croissance de ces nano-objets. Tous ces résultats sont confrontés à des modélisations de la réponse optique du plasmon de surface des nanoparticules métalliques. Les nombreuses perspectives de ce travail ouvrent sur de nouvelles approches quant à la caractérisation, aux applications et à la compréhension de l’interaction laser femtoseconde pour l’inscription directe de briques photoniques dans des matrices vitreuses.

Copy number variation and Huntington’s disease

Tese de doutoramento, Ciências Biomédicas (Neurociências), Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2014

Quantificação de metais potencialmente tóxicos em mexilhão dourado (Limnoperna fortunei) por espectrometria de absorção atômica com fonte contínua e alta resolução empregando amostragem direta de sólidos

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Deregulated expression of selected histone methylases and demethylases in prostate carcinoma

Prostate cancer (PCa), a leading cause of cancer-related morbidity and mortality, arises through the acquisition of genetic and epigenetic alterations. Deregulation of histone methyltransferases (HMTs) or demethylases (HDMs) has been associated with PCa development and progression. However, the precise influence of altered HMTs or HDMs expression and respective histone marks in PCa onset and progression remains largely unknown. To clarify the role of HMTs and HDMs in prostate carcinogenesis, expression levels of 37 HMTs and 20 HDMs were assessed in normal prostate and PCa tissue samples by RT-qPCR. SMYD3, SUV39H2, PRMT6, KDM5A, and KDM6A were upregulated, whereas KMT2A-E (MLL1-5) and KDM4B were downregulated in PCa, compared with normal prostate tissues. Remarkably, PRMT6 was the histone modifier that best discriminated normal from tumorous tissue samples. Interestingly, EZH2 and SMYD3 expression levels significantly correlated with less differentiated and more aggressive tumors. Remarkably, SMYD3 expression levels were of independent prognostic value for the prediction of disease-specific survival of PCa patients with clinically localized disease submitted to radical prostatectomy. We concluded that expression profiling of HMTs and HDMs, especially SMYD3, might be of clinical usefulness for the assessment of PCa patients and assist in pre-therapeutic decision-making.

A eficiência energética nas redes de telecomunicações e tecnologias de informação e comunicação

A presente tese pretende fazer uma abordagem ao crescimento dos consumos de energia elétrica, que se tem verificado, nos últimos anos, no setor das telecomunicações e das tecnologias de informação; devido ao constante crescimento das redes, dos equipamentos a ela ligados e do tráfego que nelas transita. Num contexto de globalização da economia, no qual, as redes de telecomunicações e de energia elétrica são dois dos maiores contribuintes, a presente tese procura encontrar enquadramentos e soluções para um dos maiores desafios que a humanidade enfrenta atualmente, e que em parte, é consequente dessa globalização: encontrar novas fontes e formas de utilização da energia, -particularmente da energia elétrica - para que a humanidade continue a usufruir, de uma forma sustentável, dos benefícios que a mesma proporciona. Na primeira parte, procura-se fazer uma abordagem que utiliza fontes de informação e conhecimento, do mercado global, nomeadamente, entidades reguladoras e normalizadoras, operadores, fornecedores de tecnologias e consumidores, que abrangessem os três maiores mercados mundiais – União Europeia, Estados Unidos da América e Ásia-Pacífico. Considerou-se fundamental fazê-lo, por se tratar de uma dissertação no âmbito de um Mestrado com o selo de garantia EUR-ACE. Ao longo da dissertação analisou-se a temática da eficiência energética nas redes de telecomunicações e das tecnologias de informação e comunicação, um tema cada vez mais pertinente, já que o número de pessoas com ligações à Internet, já supera os 3 mil milhões, e as redes passaram a ser o meio por onde são transmitidos, a cada segundo, terabytes de sinais de voz, dados e vídeo. Procurou-se encontrar as linhas de orientação que estão a ser traçadas, para otimizar os consumos energéticos, de um complexo sistema convergente de redes e serviços, formado por entidades reguladoras e normalizadoras, operadores, fornecedores de tecnologias e consumidores, onde nem sempre as fronteiras estão perfeitamente definidas. Perante a constatação da realidade exposta, analisou-se as políticas energéticas desenvolvidas nos últimos anos, pelos vários players do mercado das telecomunicações, das tecnologias de informação e dos sistemas elétricos de energia bem como algumas métricas e objetivos comumente aceites. viii São analisados os contributos das partes interessadas, para o desenvolvimento de políticas energéticas eficazes, por forma a permitirem uma implementação, que considere o funcionamento dos equipamentos como um todo, e não de uma forma isolada como tradicionalmente o assunto era abordado. As especificidades na forma como funcionam as redes de telecomunicações e respetivos equipamentos, são expostas sobre várias óticas, comprovando-se que a temática da eficiência energética é uma das áreas mais difíceis lidar, de todas as consideradas nas políticas energéticas. Demonstrou-se que muitos dos equipamentos não estão otimizados em termos de gestão de energia, procurou-se evidenciar as consequências dessa realidade, uma vez que os equipamentos referidos, têm a necessidade de estar permanentemente a ser alimentados pela rede de energia elétrica, para garantir as funções para que foram projetados. Da pesquisa efetuada e descrita ao longo da dissertação, constatamos o empenho de toda a comunidade científica, operadores e agências de energia e de telecomunicações, em resolver o problema, já que há a consciencialização de que o ritmo de crescimento da rede e equipamentos terminais, é superior ao registado na melhoria da eficiência energética dos vários componentes e equipamentos terminais. Na segunda parte do relatório da tese, procurou-se testar a aplicabilidade das normas e recomendações dos organismos que tutelam a atividade a nível global - algumas publicadas nos últimos 2 anos - a um caso prático. Um edifício hospitalar de média dimensão. Foi elaborada uma aplicação informática, que suportada numa metodologia padronizada, seja capaz de fazer a avaliação da eficiência energética dos equipamentos serviços de telecomunicações de informação e comunicação em funcionamento do hospital. Por dificuldades de disponibilidade dos responsáveis do edifício, os resultados ficaram aquém do esperado. Conseguiu-se desenhar a aplicação, inventariar-se apenas parte dos equipamentos. Demonstrou-se que, a forma como alguns equipamentos estão a ser utilizados, não cumprem regras de utilização racional e eficiente. Procurou-se sensibilizar alguns dos responsáveis, para a necessidade de alterar comportamentos e prosseguir o processo de inventariação, por forma, a que o trabalho iniciado atinja os objetivos propostos.

Recommandations pour une alimentation saine

Afin de tenir compte de ces recommandations pour notre alimentation quotidienne, il faut adapter aussi bien les menus domestiques destinés à la famille que les menus des cantines sur les lieux de travail, et ceci de façon simultanée. Ce but peut être atteint sans modifier nos traditions alimentaires, ni même notre approvisionnement.Le respect de ces directives permettra d'équilibrer rapidement notre alimentation et adapter notre consommation à nos besoins réels.

NR2E3 mutations in enhanced S-cone sensitivity syndrome (ESCS), Goldmann-Favre syndrome (GFS), clumped pigmentary retinal degeneration (CPRD), and retinitis pigmentosa (RP).

NR2E3, also called photoreceptor-specific nuclear receptor (PNR), is a transcription factor of the nuclear hormone receptor superfamily whose expression is uniquely restricted to photoreceptors. There, its physiological activity is essential for proper rod and cone photoreceptor development and maintenance. Thirty-two different mutations in NR2E3 have been identified in either homozygous or compound heterozygous state in the recessively inherited enhanced S-cone sensitivity syndrome (ESCS), Goldmann-Favre syndrome (GFS), and clumped pigmentary retinal degeneration (CPRD). The clinical phenotype common to all these patients is night blindness, rudimental or absent rod function, and hyperfunction of the "blue" S-cones. A single p.G56R mutation is inherited in a dominant manner and causes retinitis pigmentosa (RP). We have established a new locus-specific database for NR2E3 (www.LOVD.nl/eye), containing all reported mutations, polymorphisms, and unclassified sequence variants, including novel ones. A high proportion of mutations are located in the evolutionarily-conserved DNA-binding domains (DBDs) and ligand-binding domains (LBDs) of NR2E3. Based on homology modeling of these NR2E3 domains, we propose a structural localization of mutated residues. The high variability of clinical phenotypes observed in patients affected by NR2E3-linked retinal degenerations may be caused by different disease mechanisms, including absence of DNA-binding, altered interactions with transcriptional coregulators, and differential activity of modifier genes.