Le changement de paradigme du Renseignement Forensique pour la lutte contre le dopage organisé et le trafic de substances interdites

Bien que la lutte contre le dopage poursuive de nombreux objectifs à fin de détection, réduction, neutralisation et/ou prévention du dopage, l'approche actuelle se focalise essentiellement sur le processus judiciaire. A l'instar de la prise de décision dans le domaine de l'application de la loi, l'antidopage pourrait voir la portée et l'efficacité de son activité s'améliorer sensiblement en s'appuyant sur le Renseignement Forensique. En effet, des bénéfices notables pourraient découler d'une récolte d'information à plus large spectre, suivie d'une structuration et d'un traitement des données approfondis. Le Renseignement Forensique pourrait apporter une dimension logique étendue à l'interprétation des données relatives aux activités de dopage afin de supporter une approche globale et proactive outrepassant les limitations de l'approche actuelle réactive et du cas par cas. L'information provenant d'une variété de sources telles que des études physiologiques, épidémiologiques et sociologiques alimenterait une mémoire organisée afin de fournir du renseignement en temps réel sur la taille, la gravité et l'évolution de tout phénomène relatif au dopage. Du fait de la complexité du dopage, intégrer ces éléments aux résultats de chimie analytique des athlètes et au suivi longitudinal des biomarqueurs de dopage serait d'une grande aide pour élaborer des stratégies adaptées à chaque situation, que le phénomène soit global ou un cas isolé. Le processus du renseignement se fonde avant tout sur un raisonnement logique. La polyvalence et la flexibilité en découlant seraient de précieux atouts pour détecter, neutraliser, mettre fin et/ou prévenir le dopage, individuel ou organisé, ou le trafic de produits dopants. Cette méthodologie permettrait également d'affiner le ciblage des athlètes ou équipes et de fournir des preuves de dopage en l'absence de résultats d'analyses anormaux. Ainsi, par le Renseignement Antidopage une réponse proactive pourrait être proposée à tout phénomène de dopage potentiel ou émergent, ou aux problèmes existants en présentant des actions et/ou politiques innovantes.

On landslide risk, resilience and vulnerability of mountain communities in Central-Eastern Nepal

Executive SummaryIn Nepal, landslides are one of the major natural hazards after epidemics, killing over 100 persons per year. However, this figure is an underreported reflection of the actual impact that landslides have on livelihoods and food security in rural Nepal. With predictions of more intense rainfall patterns, landslide occurrence in the Himalayas is likely to increase and continue to be one of the major impediments to development. Due to the remoteness of many localities and lack of resources, responsibilities for disaster preparedness and response in mountain areas usually lie with the communities themselves. Everyday life is full of risk in mountains of Nepal. This is why mountain populations, as well as other populations living in harsh conditions have developed a number of coping strategies for dealing with adverse situations. Perhaps due to the dispersed and remote nature of landslides in Nepal, there have been few studies on vulnerability, coping- and mitigation strategies of landslide affected populations. There are also few recommendations available to guide authorities and populations how to reduce losses due to landslides in Nepal, and even less so, how to operationalize resilience and vulnerability.Many policy makers, international donors, NGOs and national authorities are currently asking what investments are needed to increase the so-called 'resilience' of mountain populations to deal with climate risks. However, mountain populations are already quite resilient to seasonal fluctuations, temperature variations, rainfall patterns and market prices. In spite of their resilience, they continue to live in places at risk due to high vulnerability caused by structural inequalities: access to land, resources, markets, education. This interdisciplinary thesis examines the concept of resilience by questioning its usefulness and validity as the current goal of international development and disaster risk reduction policies, its conceptual limitations and its possible scope of action. The goal of this study is two-fold: to better define and distinguish factors and relationships between resilience, vulnerability, capacities and risk; and to test and improve a participatory methodology for evaluating landslide risk that can serve as a guidance tool for improving community-based disaster risk reduction. The objective is to develop a simple methodology that can be used by NGOs, local authorities and communities to reduce losses from landslides.Through its six case studies in Central-Eastern Nepal, this study explores the relation between resilience, vulnerability and landslide risk based on interdisciplinary methods, including geological assessments of landslides, semi-structured interviews, focus groups and participatory risk mapping. For comparison, the study sites were chosen in Tehrathum, Sunsari and Dolakha Districts of Central/Eastern Nepal, to reflect a variety of landslide types, from chronic to acute, and a variety of communities, from very marginalized to very high status. The study uses the Sustainable Livelihoods Approach as its conceptual basis, which is based on the notion that access and rights to resources (natural, human/institutional, economic, environmental, physical) are the basis for coping with adversity, such as landslides. The study is also intended as a contribution to the growing literature and practices on Community Based Disaster Risk Reduction specifically adapted to landslide- prone areas.In addition to the six case studies, results include an indicator based methodology for assessing and measuring vulnerability and resilience, a composite risk assessment methodology, a typology of coping strategies and risk perceptions and a thorough analysis of the relation between risk, vulnerability and resilience. The methodology forassessing vulnerability, resilience and risk is relatively cost-effective and replicable in a low-data environment. Perhaps the major finding is that resilience is a process that defines a community's (or system's) capacity to rebound following adversity but it does not necessarily reduce vulnerability or risk, which requires addressing more structural issues related to poverty. Therefore, conclusions include a critical view of resilience as a main goal of international development and disaster risk reduction policies. It is a useful concept in the context of recovery after a disaster but it needs to be addressed in parallel with vulnerability and risk.This research was funded by an interdisciplinary grant (#26083591) from the Swiss National Science Foundation for the period 2009-2011 and a seed grant from the Faculty of Geosciences and Environment at the University of Lausanne in 2008.Résumé en françaisAu Népal, les glissements de terrain sont un des aléas les plus dévastateurs après les épidémies, causant 100 morts par an. Pourtant, ce chiffre est une sous-estimation de l'impact réel de l'effet des glissements sur les moyens de subsistance et la sécurité alimentaire au Népal. Avec des prévisions de pluies plus intenses, l'occurrence des glissements dans les Himalayas augmente et présente un obstacle au développement. Du fait de l'éloignement et du manque de ressources dans les montagnes au Népal, la responsabilité de la préparation et la réponse aux catastrophes se trouve chez les communautés elles-mêmes. Le risque fait partie de la vie quotidienne dans les montagnes du Népal. C'est pourquoi les populations montagnardes, comme d'autres populations vivant dans des milieux contraignants, ont développé des stratégies pour faire face aux situations défavorables. Peu d'études existent sur la vulnérabilité, ceci étant probablement dû à l'éloignement et pourtant, les stratégies d'adaptation et de mitigation des populations touchées par des glissements au Népal existent.Beaucoup de décideurs politiques, bailleurs de fonds, ONG et autorités nationales se demandent quels investissements sont nécessaires afin d'augmenter la 'resilience' des populations de montagne pour faire face aux changements climatiques. Pourtant, ces populations sont déjà résilientes aux fluctuations des saisons, des variations de température, des pluies et des prix des marchés. En dépit de leur résilience, ils continuent de vivre dans des endroits à fort risque à cause des vulnérabilités créées par les inégalités structurelles : l'accès à la terre, aux ressources, aux marchés et à l'éducation. Cette thèse interdisciplinaire examine le concept de la résilience en mettant en cause son utilité et sa validité en tant que but actuel des politiques internationales de développement et de réduction des risques, ainsi que ses limitations conceptuelles et ses possibles champs d'action. Le but de cette étude est double : mieux définir et distinguer les facteurs et relations entre la résilience, la vulnérabilité, les capacités et le risque ; Et tester et améliorer une méthode participative pour évaluer le risque des glissements qui peut servir en tant qu'outil indicatif pour améliorer la réduction des risques des communautés. Le but est de développer une méthodologie simple qui peut être utilisée par des ONG, autorités locales et communautés pour réduire les pertes dues aux glissements.A travers les études de cas au centre-est du Népal, cette étude explore le rapport entre la résilience, la vulnérabilité et les glissements basée sur des méthodes interdisciplinaires ; Y sont inclus des évaluations géologiques des glissements, des entretiens semi-dirigés, des discussions de groupes et des cartes de risques participatives. Pour la comparaison, les zones d'études ont été sélectionnées dans les districts de Tehrathum, Sunsari et Dolakha dans le centre-est du Népal, afin de refléter différents types de glissements, de chroniques à urgents, ainsi que différentes communautés, variant de très marginalisées à très haut statut. Pour son cadre conceptuel, cette étude s'appuie sur l'approche de moyens de subsistance durable, qui est basée sur les notions d'accès et de droit aux ressources (naturelles, humaines/institutionnelles, économiques, environnementales, physiques) et qui sont le minimum pour faire face à des situations difficiles, comme des glissements. Cette étude se veut aussi une contribution à la littérature et aux pratiques en croissantes sur la réduction des risques communautaires, spécifiquement adaptées aux zones affectées par des glissements.En plus des six études de cas, les résultats incluent une méthodologie basée sur des indicateurs pour évaluer et mesurer la vulnérabilité et la résilience, une méthodologie sur le risque composé, une typologie de stratégies d'adaptation et perceptions des risques ainsi qu'une analyse fondamentale de la relation entre risque, vulnérabilité et résilience. Les méthodologies pour l'évaluation de la vulnérabilité, de la résilience et du risque sont relativement peu coûteuses et reproductibles dans des endroits avec peu de données disponibles. Le résultat probablement le plus pertinent est que la résilience est un processus qui définit la capacité d'une communauté (ou d'un système) à rebondir suite à une situation défavorable, mais qui ne réduit pas forcement la vulnérabilité ou le risque, et qui requiert une approche plus fondamentale s'adressant aux questions de pauvreté. Les conclusions incluent une vue critique de la résilience comme but principal des politiques internationales de développement et de réduction des risques. C'est un concept utile dans le contexte de la récupération après une catastrophe mais il doit être pris en compte au même titre que la vulnérabilité et le risque.Cette recherche a été financée par un fonds interdisciplinaire (#26083591) du Fonds National Suisse pour la période 2009-2011 et un fonds de préparation de recherches par la Faculté des Géosciences et Environnement à l'Université de Lausanne en 2008.

Phylogenetic analyses of C4 photosynthesis evolution in grasses: genetics of convergence and convergence of genes

Summary : During the evolutionary diversification of organisms, similar ecological constraints led to the recurrent appearances of the same traits (phenotypes) in distant lineages, a phenomenon called convergence. In most cases, the genetic origins of the convergent traits remain unknown, but recent studies traced the convergent phenotypes to recurrent alterations of the same gene or, in a few cases, to identical genetic changes. However, these cases remain anecdotal and there is a need for a study system that evolved several times independently and whose genetic determinism is well resolved and straightforward, such as C4 photosynthesis. This adaptation to warm environments, possibly driven by past atmospheric CO2 decreases, consists in a CO2-concentrating pump, created by numerous morphological and biochemical novelties. All genes encoding C4 enzymes already existed in C3 ancestors, and are supposed to have been recruited through gene duplication followed by neo-functionalization, to acquire the cell specific expression pattern and altered kinetic properties that characterize Ca-specific enzymes. These predictions have so far been tested only in species-poor and ecologically marginal C4 dicots. The monocots, and especially the grass family (Poaceae), the most important C4 family in terms of species number, ecological dominance and economical importance, have been largely under-considered as suitable study systems. This thesis aimed at understanding the evolution of the C4 trait in grasses at a molecular level and to use the genetics of C4 photosynthesis to infer the evolutionary history of the C4 phenotype and its driving selective pressures. A molecular phylogeny of grasses and affiliated monocots identified 17 to 18 independent acquisitions of the C4 pathway in the grass family. A relaxed molecular clock was used to date these events and the first C4 evolution was estimated in the Chloridoideae subfamily, between 32-25 million years ago, at a period when atmospheric CO2 abruptly declined. Likelihood models showed that after the COZ decline the probability of evolving the C4 pathway strongly increased, confirming low CO2 as a likely driver of C4 photosynthesis evolution. In order to depict the genetic changes linked to the numerous C4 origins, genes encoding phopshoenolpyruvate carboxylase (PEPC), the key-enzyme responsible for the initial fixation of atmospheric CO2 in the C4 pathway, were isolated from a large sample of C3 and C4 grasses. Phylogenetic analyses were used to reconstruct the evolutionary history of the PEPC multigene family and showed that the evolution of C4-specific PEPC had been driven by positive selection on 21 codons simultaneously in up to eight C4 lineages. These selective pressures led to numerous convergent genetic changes in many different C4 clades, highlighting the repeatability of some evolutionary processes, even at the molecular level. PEPC C4-adaptive changes were traced and used to show multiple appearances of the C, pathway in clades where species tree inferences were unable to differentiate multiple C4 appearances and a single appearance followed by C4 to C3 reversion. Further investigations of genes involved in some of the C4 subtypes only (genes encoding decarboxylating enzymes NADP-malic enzyme and phosphoenolpyruvate carboxykinase) showed that these C4-enzymes also evolved through strong positive selection and underwent parallel genetic changes during the different Ca origins. The adaptive changes on these subtype-specific C4 genes were used to retrace the history of the C4-subtypes phenotypes, which revealed that the evolution of C4-PEPC and C4-decarboxylating enzymes was in several cases disconnected, emphasizing the multiplicity of the C4 trait and the gradual acquisition of the features that create the CO2-pump. Finally, phylogenetic analyses of a gene encoding the Rubisco (the enzyme responsible for the fixation of CO2 into organic compounds in all photosynthetic organisms) showed that C4 evolution switched the selective pressures on this gene. Five codons were recurrently mutated to adapt the enzyme kinetics to the high CO2 concentrations of C4 photosynthetic cells. This knowledge could be used to introgress C4-like Rubisco in C3 crops, which could lead to an increased yield under predicted future high CO2 atmosphere. Globally, the phylogenetic framework adopted during this thesis demonstrated the widespread occurrence of genetic convergence on C4-related enzymes. The genetic traces of C4 photosynthesis evolution allowed reconstructing events that happened during the last 30 million years and proved the usefulness of studying genes directly responsible for phenotype variations when inferring evolutionary history of a given trait. Résumé Durant la diversification évolutive des organismes, des pressions écologiques similaires ont amené à l'apparition récurrente de certains traits (phénotypes) dans des lignées distantes, un phénomène appelé évolution convergente. Dans la plupart des cas, l'origine génétique des traits convergents reste inconnue mais des études récentes ont montré qu'ils étaient dus dans certains cas à des changements répétés du même gène ou, dans de rares cas, à des changements génétiques identiques. Malgré tout, ces cas restent anecdotiques et il y a un réel besoin d'un système d'étude qui ait évolué indépendamment de nombreuses fois et dont le déterminisme génétique soit clairement identifié. La photosynthèse dite en Ça répond à ces critères. Cette adaptation aux environnements chauds, dont l'évolution a pu être encouragé par des baisses passées de la concentration atmosphérique en CO2, est constituée de nombreuses nouveautés morphologiques et biochimiques qui créent une pompe à CO2. La totalité des gènes codant les enzymes Ç4 étaient déjà présents dans les ancêtres C3. Leur recrutement pour la photosynthèse Ç4 est supposé s'être fait par le biais de duplications géniques suivies par une néo-fonctionnalisation pour leur conférer l'expression cellule-spécifique et les propriétés cinétiques qui caractérisent les enzymes C4. Ces prédictions n'ont jusqu'à présent été testées que dans des familles C4 contenant peu d'espèces et ayant un rôle écologique marginal. Les graminées (Poaceae), qui sont la famille C4 la plus importante, tant en termes de nombre d'espèces que de dominance écologique et d'importance économique, ont toujours été considérés comme un système d'étude peu adapté et ont fait le sujet de peu d'investigations évolutives. Le but de cette thèse était de comprendre l'évolution de la photosynthèse en C4 chez les graminées au niveau génétique et d'utiliser les gènes pour inférer l'évolution du phénotype C4 ainsi que les pressions de sélection responsables de son évolution. Une phylogénie moléculaire de la famille des graminées et des monocotylédones apparentés a identifié 17 à 18 acquisitions indépendantes de la photosynthèse chez les graminées. Grâce à une méthode d'horloge moléculaire relâchée, ces évènements ont été datés et la première apparition C4 a été estimée dans la sous-famille des Chloridoideae, il y a 32 à 25 millions d'années, à une période où les concentrations atmosphériques de CO2 ont décliné abruptement. Des modèles de maximum de vraisemblance ont montré qu'à la suite du déclin de CO2, la probabilité d'évoluer la photosynthèse C4 a fortement augmenté, confirmant ainsi qu'une faible concentration de CO2 est une cause potentielle de l'évolution de la photosynthèse C4. Afin d'identifier les mécanismes génétiques responsables des évolutions répétées de la photosynthèse C4, un segment des gènes codant pour la phosphoénolpyruvate carboxylase (PEPC), l'enzyme responsable de la fixation initiale du CO2 atmosphérique chez les plantes C4, ont été séquencés dans une centaine de graminées C3 et C4. Des analyses phylogénétiques ont permis de reconstituer l'histoire évolutive de la famille multigénique des PEPC et ont montré que l'évolution de PEPC spécifiques à la photosynthèse Ça a été causée par de la sélection positive agissant sur 21 codons, et ce simultanément dans huit lignées C4 différentes. Cette sélection positive a conduit à un grand nombre de changements génétiques convergents dans de nombreux clades différents, ce qui illustre la répétabilité de certains phénomènes évolutifs, et ce même au niveau génétique. Les changements sur la PEPC liés au C4 ont été utilisés pour confirmer des évolutions indépendantes du phénotype C4 dans des clades où l'arbre des espèces était incapable de différencier des apparitions indépendantes d'une seule apparition suivie par une réversion de C4 en C3. En considérant des gènes codant des protéines impliquées uniquement dans certains sous-types C4 (deux décarboxylases, l'enzyme malique à NADP et la phosphoénolpyruvate carboxykinase), des études ultérieures ont montré que ces enzymes C4 avaient elles-aussi évolué sous forte sélection positive et subi des changements génétiques parallèles lors des différentes origines de la photosynthèse C4. Les changements adaptatifs sur ces gènes liés seulement à certains sous-types C4 ont été utilisés pour retracer l'histoire des phénotypes de sous-types C4, ce qui a révélé que les caractères formant le trait C4 ont, dans certains cas, évolué de manière déconnectée. Ceci souligne la multiplicité du trait C4 et l'acquisition graduelle de composants participant à la pompe à CO2 qu'est la photosynthèse C4. Finalement, des analyses phylogénétiques des gènes codant pour la Rubisco (l'enzyme responsable de la fixation du CO2 en carbones organiques dans tous les organismes photosynthétiques) ont montré que l'évolution de la photosynthèse Ça a changé les pressions de sélection sur ce gène. Cinq codons ont été mutés de façon répétée afin d'adapter les propriétés cinétiques de la Rubisco aux fortes concentrations de CO2 présentes dans les cellules photosynthétiques des plantes C4. Globalement, l'approche phylogénétique adoptée durant cette thèse de doctorat a permis de démontré des phénomène fréquents de convergence génétique sur les enzymes liées à la photosynthèse C4. Les traces génétiques de l'évolution de la photosynthèse C4 ont permis de reconstituer des évènements qui se sont produits durant les derniers 30 millions d'années et ont prouvé l'utilité d'étudier des gènes directement responsables des variations phénotypiques pour inférer l'histoire évolutive d'un trait donné.

Expression of apoptosis and survival genes in human memory T cell populations

RESUME Introduction: Les cellules T mémoires humaines sont classées en trois sous-populations sur la base de l'expression d'un marqueur de surface cellulaire, CD45RA, et du récepteur aux chimiokines, CCR7. Ces sous-populations, nommées cellules mémoires centrales (TcM), mémoires effectrices (TEM) et mémoires effectrices terminales (ITEM), ont des rôles fonctionnels distincts, ainsi que des capacités de prolifération et de régénération différentes. Cependant, la génération de ces différences reste encore mal comprise et on ignore les mécanismes moléculaires impliqués. Matériaux et Méthodes: Des cellules mononucléaires humaines du sang périphérique ont été séparées par cytométrie de flux selon leur expression de CD4, CD8, CD45RA et CCR7 en sous-populations de cellules CD4+ ou CD8+ naïves, TcM, TEM ou ITEM. Dans chacune de ces sous-populations, 14 gènes impliqués dans l'apoptose, la survie ou la capacité proliférative des cellules T ont été quantifiés par RT-PCR en temps réel, relativement à l'expression d'un gène de référence endogène. L'ARN provenant de 450 cellules T a été utilisé par gène et par sous-population. Les gènes analysés (cibles) comprenaient des gènes de survie (BAFF, APRIL, BAFF-R, BCMA, TACI, IL-15Rα, IL-7Rα), des gènes anti-apoptotiques (Bcl-2, BclxL, FLIP), des gènes pro-apoptotiques (Bad, Bax, Fast) et le gène anti-prolifératif, Tob. A l'aide de la méthode comparative delta-delta-CT, le taux d'expression des gènes cibles de chaque sous-population des cellules T mémoires CD4+ et CD8+, à été comparée à leur taux d'expression dans les cellules T naïves CD4+ et CD8+. Résultats: Dans les cellules CD8+, les gènes pro-apoptotiques Bax et Fast étaient surexprimés dans toutes les sous-populations mémoires, tandis que l'expression des facteurs anti-apoptotiques et de survie comme Bcl-2, APRIL et BAFF-R, étaient diminués. Ces deux tendances étaient particulièrement accentuées dans les sous-groupes des cellules mémoires TEM et TTEM. A noter que malgré le fait que leur expression était également diminuée dans les autres cellules mémoires, le facteur de survie IL-7Ra, était sélectivement surexprimé dans la sous-population de cellules TcM et l'expression d'IL-15Ra était sélectivement augmentée dans les TEM. Dans les cellules CD4+, le taux d'expression des gènes analysés était plus variable entre les sujets étudiés que dans les cellules CD8+, ne permettant pas de définir un profil d'expression spécifique. L'expression du gène de survie BAFF par contre, a été significativement augmentée dans toutes les sous-populations mémoire CD4+. Il en va de même pour l'expression d' APRIL et de BAFF-R, bien que dans moindre degré. A remarquer que l'expression du facteur anti-apoptotique Fast a été observée uniquement dans la souspopulation des TTEM. Discussion et Conclusions: Cette étude montre une nette différence entre les cellules CD8+ et CD4+, en ce qui concerne les profils d'expression des gènes impliqués dans la survie et l'apoptose des cellules T mémoires. Ceci pourrait impliquer une régulation cellulaire homéostatique distincte dans ces deux compartiments de cellules T mémoires. Dans les cellules CD8+ l'expression d'un nombre de gènes impliqués dans la survie et la protection de l'apoptose semblerait être diminuée dans les populations TEM et TTEM en comparaison à celle des sous-populations naïves et TEM, tandis que l'expression des gènes pro-apoptotiques semblerait être augmentée. Comme ceci paraît être plus accentué dans les TTEM, cela pourrait indiquer une plus grande disposition à l'apopotose dans les populations CCR7- (effectrices) et une perte de survie parallèlement à l'acquisition de capacités effectrices. Ceci parlerait en faveur d'un modèle de différentiation linéaire dans les cellules CD8+. De plus, l'augmentation sélective de l'expression d'IL-7Ra observée dans le sous-groupe de cellules mémoires TEM, et d'IL-15Ra dans celui des TEM, pourrait indiquer un moyen de sélection pour des réponses immunitaires mémoires à long terme par une réponse distincte à ces cytokines. Dans les cellules CD4+ par contre, aucun profil d'expression n'a pu être déterminé; les résultats suggèrent même une résistance relative à l'apoptose de la part des cellules mémoires. Ceci pourrait favoriser l'existence d'un modèle de différentiation plus flexible avec des possibilités d'interaction multiples. Ainsi, la surexpression sélective de BAFF, APRIL et BAFF-R dans les sous-populations individuelles des cellules mémoires pourrait être un indice de l'interaction de ces sous-groupes avec des cellules B. ABSTRACT Introduction: Based on their surface expression of the CD45 isoform and of the CCR7 chemokine receptor, memory T cells have been divided into the following three subsets: central memory (TAM), effector memory (TEM) and terminal effector memory (ITEM). Distinct functional roles and different proliferative and regenerative capacities have been attributed to each one of these subpopulations. The molecular mechanisms underlying these differences; however, remain poorly understood. Materials and Methods: According to their expression of CD4, CD8, CD45RA and CCR7, human peripheral blood mononuclear cells were sorted by flow-cytometry into CD4+ or CD8+ naïve, TAM, TEM and ITEM subsets. Using real-time PCR, the expression of 14 genes known to be involved in apoptotis, survival or proliferation of T cells was quantified separately in each individual subset, relative to an endogenous reference gene. The RNA equivalent of 450 T cells was used for each gene and subset. The target gene panel included the survival genes BAFF, APRIL, BAFF-R, BCMA, TACI, IL-15Rα and IL-7Rα, the anti-apoptotic genes Bcl2, Bcl-xL and FLIP, the pro-apoptotic genes Bad, Bax and Fast, as well as the antiproliferative gene Tob. Using the comparative CT-method, the expression of the target genes in the three memory T cell subsets of both CD4+ and CD8+ T cell populations was compared to their expression in the naïve T cells. Results: In CD8+ cells, the pro-apoptotic factors Bax and Fast were found to be upregulated in all memory T cell subsets, whereas the survival and anti-apoptotic factors Bcl-2, APRIL and BAFF-R were downregulated. These tendencies were most accentuated in TEM and TTEM subsets. Even though the survival factor IL-7Rα was also downregulated in these subsets, interestingly, it was selectively upregulated in the CD8+ TAM subset. Similarly, IL-15Rαexpression was shown to be selectively upregulated in the CD8+ TEM subset. In CD4+ cells, the expression levels of the analyzed genes showed a greater inter-individual variability than in CD8+ cells, thus suggesting the absence of any particular expression pattern for CD4+ memory T cells. However, the survival factor BAFF was found to be significantly upregulated in all CD4+ memory T cell subsets, as was also the expression of APRIL and BAFF-R, although to a lesser extent. Furthermore, it was noted that the pro-apoptotic gene Fast was only expressed in the TTEM CD4+ subset. Discussion and Conclusions: Genes involved in apoptosis and survival in human memory T cells have been shown to be expressed differently in CD8+ cells as compared to CD4+ cells, suggesting a distinct regulation of cell homeostasis in these two memory T cell compartments. The present study suggests that, in CD8+ T cells, the expression of various survival and antiapoptotic genes is downregulated in TEM and TTEM subsets, while the expression of proapoptotic genes is upregulated in comparison to the naïve and the TAM populations. These characteristics, potentially translating to a greater susceptibility to apoptosis in the CCR7- (effector) memory populations, are accentuated in the TTEM population, suggesting a loss of survival in parallel to the acquisition of effector capacities. This speaks in favour of a linear differentiation model in CD8+ T memory cells. Moreover, the observed selectively increased expression of IL-7Rα in CD8+ TAM cells - as that of IL-15Rα in CD8+ TEM cells -suggest that differential responsiveness to cytokines could confer a selection bias for distinct long-term memory cell responses. Relative to the results for CD8+ T cells, those for CD4+ T cells seem to indicate a certain resistance of the memory subsets to apoptosis, suggesting the possibility of a more flexible differentiation model with multiple checkpoints and potential interaction of CD4+ memory cells with other cells. Thus, the selective upregulation of BAFF, APRIL and BAFF-R in individual memory subsets could imply an interaction of these subsets with B cells.

"Marxisme et philosophie du langage" (1929) de V. Volochinov et sa réception chez R. Chor : deux voies du développement de la science du langage «marxiste» dans les années 1920 en Russie

Malgré le succès de  « Marxisme et philosophie du langage » (par la suite MPL) de V. Volochinov, ce texte n'a suscité que trois comptes rendus. Le quatrième est ébauché par A. Romm. Resté à l'état de notes, ce compte rendu est bien étudié par les chercheurs contemporains. En revanche, le compte rendu écrit par R. Chor n'a jamais été analysé de façon détaillée. Notre article a pour but de combler cette lacune et porte sur le contenu de l'analyse critique de MPL faite par Chor. Son examen révèle que le compte rendu écrit par cette dernière et MPL de Volochinov représentent la formulation de principes de base diamétralement opposés de la science du langage «marxiste». Cela se manifeste dans la réception des idées de F. de Saussure. Si Chor considère la conception de ce dernier comme fondement de la linguistique «théorique» portant sur la langue en tant que système de signes (ou de «signifiances» dans les termes de Chor), Volochinov rejette la théorie de Saussure. Il la considère comme «abstraite», d'où le nom «objectivisme abstrait» qu'il donne au saussurisme. En élaborant la philosophie du langage «marxiste», il s'appuie sur la néo-philologie idéaliste (les idées de Vossler et de son Ecole) définie dans MPL comme «subjectivisme individualiste». Volochinov propose d'étudier la «langue» comme fait réel, accessible à l'observation immédiate et non pas comme objet d'étude «théorique». Ce fait constitue une cible de la critique adressée par Chor à Volochinov

Identification et qualification des compétences d'entreprise

STRUCTURE DU DOCUMENT ET PRINCIPALES CONTRIBUTIONS CHAPITRE 1 INTRODUCTION ET MÉTHODOLOGIE Le chapitre 1 présente un aperçu de la recherche, le contexte, les objectifs, la méthodologie, la démarche. CHAPITRE 2 : ÉTAT DE LA QUESTION Le chapitre 2 présente un état de la question des principaux concepts : les compétences, la gestion des compétences, les systèmes de gestion des compétences. La question de la gestion des compétences en sciences de gestion, et son lien avec la stratégie de l'entreprise a beaucoup occupé les chercheurs et les praticiens. On peut distinguer deux tendances principales : les recherches provenant du champ disciplinaire de la stratégie d'entreprise, regroupées par commodité sous l'étiquette «approche stratégique », et les recherches issues du domaine de la gestion des ressources humaines, qu'on appellera GRH. Au-delà du vocabulaire souvent commun (ressources, compétences), de la vision partagée qu'il est nécessaire de voir l'entreprise « de l'intérieur » et non plus uniquement dans son environnement, les deux approches ont des problématiques très similaires, comme le lien avec la performance ou les changements organisationnels induits par une démarche compétence. Pourtant, les divergences subsistent. L'approche stratégique procède d'un niveau « macro »pour identifier des « compétences-clés », et peine souvent à opérationnaliser ce concept. Les démarches GRH ont un souci analytique de décomposition de la compétence et de la ressource qui risque de noyer la démarche dans le détail. En outre, alors que le vocabulaire est similaire, les définitions divergent. Concilier ces divergences, afin de conserver les avantages de l'une et de l'autre de ces théories, à savoir le lien avec la stratégie pour l'une et le souci d'opérationnaliser les concepts pour l'autre est peut être plus aisé à l'heure ou les nouvelles conditions auxquelles sont soumises les entreprises qui oeuvrent dans l' »économie de la connaissance ». Les technologies qui deviennent accessibles plus facilement font qu'en dernière instance, ce sont bien les collaborateurs de l'entreprise qui sont le support de la compétence. L'objectif de cet état de la question n'est pas de procéder à un recensement exhaustif des manières de traiter de la compétence en sciences de gestion. Il est plutôt de mettre en évidence ce que les deux approches peuvent amener, chacun à leur manière, à notre problème, l'identification des compétences d'entreprise en lien avec la stratégie. Ces éléments nous serviront de matériau pour construire notre propre modèle d'identification des compétences. C'est sans doute la première fois que ces deux modèles sont confrontés du point de vue de la stratégie de l'entreprise. CHAPITRE 3 : LE MODÈLE CONCEPTUEL Le chapitre 3 présente le modèle conceptuel d'identification des compétences d'entreprise. Après une discussion sur la notion de modèle en sciences de gestion, il présente l'intérêt d'une modélisation, et la démarche de modélisation. Celle-ci se décompose en 3 étapes concentriques successives : un modèle informel, un modèle semi-formel qui prendra la forme d'une ontologie, et quelques éléments d'un modèle formel. Une présentation des ontologies et de l'utilité de cette technique précèdera la construction du modèle à proprement parler. Cette construction se fera à partir des fonctionnalités d'un système de gestion des compétences défini comme utile à l'entreprise, c'est à dire répondant aux objectifs. Dans cette partie, nous construirons notre modèle conceptuel d'identification et de qualification des compétences d'entreprises. Nous commencerons par préciser la notion de modèle. Un modèle consiste en une schématisation, -qui typifie certaines caractéristiques du réel, pour en faire ressortir certains traits dominants, les mettre en valeur et permettre ainsi d'anticiper certains développements de la réalité. Nous sélectionnerons et préciserons ensuite les entités nécessaires à la composition du modèle. Nous définirons ainsi le concept de compétences et les concepts qui lui sont liés. Dans une troisième partie, nous montrerons en quoi la technique des ontologies peut se révéler utile pour notre problématique. CHAPITRE 4 : LE MODÈLE DE RAISONNEMENT Le chapitre 4 présente le modèle de raisonnement, quelques fonctionnalités du prototype, quelques éléments de l'algorithme, une esquisse de l'architecture, des requêtes possibles, vues à travers une technique inspirée des use-cases. La partie précédente aura permis de sélectionner les entités nécessaires à un modèle d'identification et de qualification des compétences. Dans cette partie, nous allons développer le modèle de raisonnement. L'objectif de notre travail est d'identifier concrètement les compétences de l'entreprise, et de les qualifier, afin de servir d'aide à la décision. Dans cette optique, le modèle de raisonnement décrira les opérations effectuées sur les entités identifiées précédemment. Après avoir défini le modèle de raisonnement et son fonctionnement, nous présenterons les quatre cas d'utilisation qui nous servirons d'exemples d'utilisation. Il s'agit des cas de dirigeant d'entreprise, responsable des ressources humaines, chef de projet, et collaborateur de l'entreprise. Ces cas d'utilisation nous permettrons d'opérationnaliser les concepts décrits dans le modèle conceptuel à travers un système d'indicateurs, d'effectuer des opérations sur ces concepts. ANNEXE : UNE ÉTUDE DE CAS Enfin, en annexe de ce document, nous décrirons une étude de cas. Il s'agit d'une intervention menée en entreprise, qui a repris, et ainsi testé, une bonne partie des éléments décrits dans ce travail. Cette intervention a débouché sur la mise en place d'une gestion des compétences qui se concrétise notamment par un «tableau de bord des compétences ». CHAPITRE 5 : CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES Le chapitre 5 présente les conclusions, et quelques perspectives. Il présente les principaux apports, les limites, un retour sur certaines questions méthodologiques. PRINCIPALES CONTRIBUTIONS L'objectif de cette thèse est de proposer un modèle qui permette d'identifier et de qualifier les compétences d'entreprise. On peut dégager un certain nombre de contributions 1. Nous proposons un modèle d'identification et de qualification des compétences en cohérence avec les préoccupations des entreprises, notamment par le lien avec la stratégie, qui permet l'adaptabilité et la flexibilité. 2. Nous proposons une méthode de qualification des compétences qui permet de distinguer les compétences d'entreprise selon différents points de vue 3. Nous proposons des fonctionnalités et une architecture rendant possible la réalisation d'un outil de gestion des compétences.

L'examen clinique du sein : vidéos d'enseignement des compétences cliniques en gynécologie destinés à un module en ligne

Cette thèse présente un travail audiovisuel « L'examen clinique du sein ». Avec l'unité « L'examen génital » elle forme le module « Gynécologie » du projet Virtual Skills Lab (VSL). Le but du projet VSL est d'établir un portail d'enseignement en ligne pour l'enseignement des compétences cliniques (ce terme étant utilisé ici comme équivalent de l'anglais « clinical skills »). Les compétences traitées sont celles exigées par le Catalogue suisse des objectifs d'apprentissage. L'unité « L'examen clinique du sein » est constituée d'une multitude de courtes séquences vidéo qui peuvent être regardées à la suite ou de manière individuelle. Elle est divisée en étapes logiques telles que l'inspection ou la palpation. Chacune de ces étapes appelées « skill » est présentée de deux façons : comme vue d'ensemble et par une approche pas à pas. La séquence « vue d'ensemble » présente le skill en temps réel et représente donc une visualisation du but à atteindre par l'apprenant. Le skill est décomposé en petites étapes (step), les procédures sont montrées au ralenti, munies d'une explication par une voix off. Le format de ces séquences est présenté en double largeur, la partie de gauche montre l'action, la partie de droite est utilisée pour des tableaux ou des graphiques explicatifs. Les différents gestes des compétences cliniques sont rarement standardisés. Pour VSL, un processus de validation sur la base d'un consensus suisse a été mis en place. Ceci ne veut néanmoins pas dire que les modules VSL validés ont été intégrés dans le curriculum de toutes les universités suisses. Vu la complexité des curriculums et la multitude de facteurs entrant enjeu, notamment sur l'intégration des moyens d'enseignement audiovisuels, leur implémentation est une phase critique de tout projet de ce genre. En Suisse, le multilinguisme y ajoute un degré de complexité. A Lausanne, « L'examen clinique du sein » a été introduit aussi bien dans la formation pré- que postgraduée.

Biology and pathogenicity of "Waddlia chondrophila"

Abstract This thesis investigates the pathogenicity of a Chlamydia-related bacterium: Waddlia chondrophila, which is suspected to cause abortion in bovines as well as miscarriages in humans. Macrophages represent the first line of defense of the innate immunity against invading pathogens, we thus studied the interaction between W. chondrophila and human macrophages. We observed that W. chondrophila multiplied very efficiently inside monocyte-derived macrophages. Diagnostic tools to detect obligate intracellular bacteria are lacking so we developed a Waddlia specific real-time PCR based on the 16S rRNA encoding gene. Since W. chondrophila could be involved in human miscarriage, we analyzed samples from women having miscarriage or uneventful pregnancy. Waddlia serologies results confirmed an association between the presence of W. chondrophila antibodies and miscarriage (23.2% versus 14.6% in the control group, p-value 0.044). As W. chondrophila's pathogenicity was suggested, we studied its antibiotic susceptibility. W. chondrophila revealed to be susceptible to macrolides and tetracylines but resistant to beta-lactams and fluoroquinolones. This resistance to fluoroquinolones could be explained by mutations in the quinolone resistance determining region of the gyrase (GyrA) and topoisomerase IV (ParC) encoding genes. In conclusion, this thesis allowed to precise the role of W. chondrophila in human miscarriage. However, more studies will be necessary to fully understand the pathogenesis of W. chondrophila in adverse pregnancy outcomes. Résumé Le but de cette thèse a été d'étudier la pathogénicité d'une bactérie apparentée aux Chlamydia: Waddlia chondrophila. Les macrophages représentant la première ligne de défense du système immunitaire inné contre les pathogènes, nous avons d'abord étudié l'interaction entre W. chondrophila and les macrophages humains. Nous avons pu observer que W. chondrophila résistait aux effecteurs microbicides des macrophages et se multipliait efficacement au sein de ces cellules. Au vu du manque d'outils diagnostiques pour détecter cette bactérie intracellulaire obligatoire, nous avons également développé une PCR en temps réel, spécifique pour Waddlia, basée sur le gène de l'ARN ribosomal 16S. Cette PCR a été utilisée dans les différents projets afin de détecter la présence de W. chondrophila. W. chondrophila étant suspectée de pouvoir causer des fausses couches chez la femme, nous avons analysé des échantillons provenant de femmes ayant souffert de fausse couche, ainsi que, comme contrôles, des femmes ayant eu une grossesse normale. Les sérologies ont révélé une association entre la présence d'anticorps dirigés contre Waddlia et la fausse couche (23.2% versus 14.6% chez les contrôles, p-value=0.044). La présence de la bactérie a aussi été détectée par PCR et immunohistochimie dans plusieurs échantillons. L'implication de W. chondrophila dans la fausse couche se précisant, nous avons étudié sa susceptibilité aux antibiotiques. W. chondrophila s'est révélée sensible aux macrolides et aux tetracyclines mais résistante aux beta-lactames et aux quinolones. Cette résistance aux quinolones peut être expliquée par la présence de mutations dans le QRDR (région déterminant la résistance aux quinolones) des gènes gyrA et parC. En conclusion, cette thèse a permis de préciser l'implication de W. chondrophila dans la fausse couche. Des études complémentaires seront cependant nécessaires pour confirmer et préciser le rôle exact de W. chondrophila dans les problèmes obstétricaux.

Processus et fonctions psychiques de l'écriture : de la création littéraire au groupe à médiation

Ce travail porte sur l'étude des processus et fonctions psychiques de la création littéraire et de l'écriture dans une perspective psychanalytique, à partir d'une méthodologie de recherche qualitative exploratoire. Un premier volet de la recherche s'attache à étudier les processus et fonctions psychiques dans la création littéraire à partir de six entretiens semi-structurés avec des écrivains romands publiés. Les entretiens sont analysés en profondeur à partir de la méthodologie qualitative Interpretative Phenomenological Analysis (Smith, Flowers & Larkin, 2009). Un second volet de la recherche étudie les processus et fonctions psychiques de l'écriture dans un atelier de groupe à médiation écriture prenant place dans un Centre de Jour pour adultes, à partir de l'élaboration de deux cas. L'articulation des analyses de ces expériences d'écriture dans les deux contextes étudiés permet de mettre en évidence des enjeux de continuité/discontinuité dans le passage du premier mouvement créateur de l'écriture - le « miroir-papier » - vers le mouvement de la publication/lecture - le « miroir-lecteur ». Ces enjeux de partage invitent à penser le travail créateur de l'écriture à partir de la notion de « Moi- peau » (Anzieu, 1995) et à préciser cinq fonctions psychiques de l'écriture : transformation ; protection ; échange ; réassurance narcissique ; partage. Un accent particulier est porté sur la fonction de protection, dans la tension qu'elle entretient avec celle de transformation, au travers de la mise en évidence de six formes d'enveloppes d'écriture protectrice. Finalement, les analyses mettent en évidence la manière dont cette tension entre un investissement défensif de l'écriture et un investissement de transformation se déploie par des voies singulières en vue d'une tentative de résolution du conflit subjectif interne entre les exigences du « public intérieur » (De M'Uzan, 1964) et la rencontre avec l'objet réel. Ces pistes d'analyses permettent de préciser les modalités de contribution de l'écriture aux processus de symbolisation et d'enrichir la pratique du champ des médiations thérapeutiques de repères d'appréciation clinique. - Based on an exploratory qualitative research methodology, this work focuses on the psychical processes and functions of literary creation and writing from a psychoanalytic perspective. The first part of the research investigates psychical processes and functions in creative writing through the analysis of six semi-structured interviews with published Swiss writers. The interviews are analyzed according to the exploratory qualitative methodology Interpretative Phenomenological Analysis (Smith, Flowers & Larkin, 2009). The second area of research examines the processes of writing in the context of an art-therapy writing group that took place in an adult day center. The observations lead to the elaboration of two case studies. The joint analysis of these writing experiences highlights issues of continuity/discontinuity in passing from the first creative writing movement - the « mirror-paper » - to the final publication/reading of the work - the «mirror-reader». These issues enable us to understand the creative writing processes from the concept of the « skin-ego » (Anzieu, 1995). Five functions of writing are proposed: transformation, protection, exchange, narcissistic reassurance, and sharing. An emphasis on the tension between the protection and the transformation functions is highlighted through the identification of six forms of protective writing psychical envelopes. Finally, the analysis shows how this tension between a defensive and a transformative investment in writing takes place in an attempt to resolve the internal conflict between the « inner audience » (De M'Uzan, 1964) and the encounter with the real object. This study clarifies the way creative writing can contribute to symbolization and can enrich clinical assessment in the field of art-therapy.

« Recueil de monumens antiques... tirés de toutes parts et de divers cabinets... », comprenant de nombreuses reproductions à la plume de médailles, vases, marbres, etc...

Ex-libris d'A. Kühnholtz-Lordat.

Disseny i muntatge d'un mòdul d'entrades digitals per comunicació modbus

Actualment l’exigència i la competitivitat del mercat, obliguen les industries a modernitzar-se i automatitzar tots els seus processos productius. En aquests processos les dades i paràmetres de control són dades fonamentals a verificar. Amb aquest treball final de carrera, es pretén realitzar un mòdul d’entrades digitals, per tal de gestionar les dades rebudes d’un procés automatitzat. L’objectiu d’aquest TFC ha estat dissenyar un mòdul d’entrades digitals capaç de gestionar dades de qualsevol tipus de procés automatitzat i transmetre-les a un mestremitjançant un bus de comunicació Modbus. El projecte però, s’ha centrat en el cas específic d’un procés automatitzat per al tractament de la fusta. El desenvolupament d’aquest sistema, comprèn el disseny del circuit, la realització de la placa, el software de lectura de dades i la implementació del protocol Modbus. Tot el mòdul d’entrades està controlat per un microcontrolador PIC 18F4520. El disseny és un sistema multiplataforma per tal d’adaptar-se a qualsevol procés automàtic i algunes de les seves característiques més rellevants són: entrades aïllades multitensió, control de fugues, sortides a relé, i memòria externa de dades, entre altres. Com a conclusions cal dir que s’han assolit els objectius proposats amb èxit. S’ha aconseguit un disseny robust, fiable, polivalent i altament competitiu en el mercat. A nivell acadèmic, s’han ampliat els coneixements en el camp del disseny i de la programació.

Subthalamic nucleus deep brain stimulation for Parkinson's disease : "Are we where we think we are ?

ABSTRACT High frequency electrical deep brain stimulation (DBS) of the subthalamic nucleus (STN) is a worldwide recognized therapy for the motor symptoms of Parkinson's disease in fluctuating patients who are progressively disabled despite medical treatment adjustments. However, such improvements emerge despite a lack of understanding of either the precise role of STN in human motor control or the mechanism(s) of action of DBS. Through the question "are we where we think we are", this thesis is first dedicated to the control of the position of the preoperatively defined target and of the implanted electrodes on magnetic resonance imaging (MRI). This anatomical approach will provide a way to identify more precisely the structure(s) involved by electrical stimulation. Then, a study of the correlation existing between the position of the preoperative target and the position of the electrode is performed. In this part, a unique opportunity is given to identify factors that may affect these correlation results. Finally, the whole work represents a « quality assessment » of the crucial steps of STN DBS: first, the target and the implanted electrode localisation procedures that have been developed in collaboration with the Radiological department; second the implantation procedure that has been performed nowadays on more than 50 parkinsonian patients in the Neurosurgical department of the Centre Hospitalier Universitaire Vaudois in collaboration with the Neurological department. This work is especially addressed to the multidisciplinary medical team involved in the surgical treatment of movement disorders, including also neurophysiologists, neuropsychologists and psychiatrists. RESUME La stimulation électrique à haute fréquence du noyau sous-thalamique est à ce jour mondialement reconnue pour le traitement des symptômes moteurs de la maladie de Parkinson chez des patients sévèrement atteints et chez qui la réponse fluctuante au traitement médicamenteux ne peut être améliorée de façon satisfaisante. Cependant, les résultats observés surviennent malgré une compréhension approximative et controversée du rôle réel du noyau sous-thalamique dans le contrôle du mouvement volontaire aussi bien que des mécanismes d'action de la stimulation cérébrale profonde. A travers la question « sommes-nous où nous pensons être », cette thèse est tout d'abord consacrée à l'étude du contrôle de la position de la cible définie avant l'intervention et de la position des électrodes implantées sur l'imagerie par résonance magnétique (IRM). Cette approche anatomique permettra d'identifier plus précisément la (les) structure(s) influencées par la stimulation électrique. Ensuite, une étude de la corrélation existant entre la position de la cible préopératoire et la position des électrodes implantées est effectuée. Elle a pour but de mettre en évidence les facteurs influençant les résultats de cette corrélation. Enfin, le travail dans son ensemble est un « contrôle de qualité » des étapes cruciales de la stimulation du noyau sous-thalamique : premièrement, des méthodes de localisation de la cible et des électrodes implantées effectuées sur IRM, développées en collaboration avec le service de Radiologie ; deuxièmement, de la méthode d'implantation utilisée à ce jour chez plus de 50 patients dans le service de Neurochirurgie du Centre Hospitalier Universitaire Vaudois en collaboration avec le service de Neurologie. Ce travail s'adresse spécialement aux équipes médicales pluridisciplinaires impliquées dans le traitement chirurgical des mouvements anormaux, incluant également des neurophysiologistes, des neuropsychologues et des psychiatres.

Integrated Analysis of High-Resolution Gene Expression and Copy Number Profiling Identified Biallelic Deletion of CDKN2A/2B Tumor Suppressor Locus As the Most Frequent and Unique Genomic Abnormality in Diffuse Large B-Cell Lymphoma (DLBCL) with Strong Prognostic Value in Both GCB and ABC Subtypes and Not Overcome by a Dose-Intensive Immunochemotherapy Regimen Plus Rituximab. Results of a Prospective GELA Clinical Trial Program

Background and aim of the study: Genomic gains and losses play a crucial role in the development and progression of DLBCL and are closely related to gene expression profiles (GEP), including the germinal center B-cell like (GCB) and activated B-cell like (ABC) cell of origin (COO) molecular signatures. To identify new oncogenes or tumor suppressor genes (TSG) involved in DLBCL pathogenesis and to determine their prognostic values, an integrated analysis of high-resolution gene expression and copy number profiling was performed. Patients and methods: Two hundred and eight adult patients with de novo CD20+ DLBCL enrolled in the prospective multicentric randomized LNH-03 GELA trials (LNH03-1B, -2B, -3B, 39B, -5B, -6B, -7B) with available frozen tumour samples, centralized reviewing and adequate DNA/RNA quality were selected. 116 patients were treated by Rituximab(R)-CHOP/R-miniCHOP and 92 patients were treated by the high dose (R)-ACVBP regimen dedicated to patients younger than 60 years (y) in frontline. Tumour samples were simultaneously analysed by high resolution comparative genomic hybridization (CGH, Agilent, 144K) and gene expression arrays (Affymetrix, U133+2). Minimal common regions (MCR), as defined by segments that affect the same chromosomal region in different cases, were delineated. Gene expression and MCR data sets were merged using Gene expression and dosage integrator algorithm (GEDI, Lenz et al. PNAS 2008) to identify new potential driver genes. Results: A total of 1363 recurrent (defined by a penetrance > 5%) MCRs within the DLBCL data set, ranging in size from 386 bp, affecting a single gene, to more than 24 Mb were identified by CGH. Of these MCRs, 756 (55%) showed a significant association with gene expression: 396 (59%) gains, 354 (52%) single-copy deletions, and 6 (67%) homozygous deletions. By this integrated approach, in addition to previously reported genes (CDKN2A/2B, PTEN, DLEU2, TNFAIP3, B2M, CD58, TNFRSF14, FOXP1, REL...), several genes targeted by gene copy abnormalities with a dosage effect and potential physiopathological impact were identified, including genes with TSG activity involved in cell cycle (HACE1, CDKN2C) immune response (CD68, CD177, CD70, TNFSF9, IRAK2), DNA integrity (XRCC2, BRCA1, NCOR1, NF1, FHIT) or oncogenic functions (CD79b, PTPRT, MALT1, AUTS2, MCL1, PTTG1...) with distinct distribution according to COO signature. The CDKN2A/2B tumor suppressor locus (9p21) was deleted homozygously in 27% of cases and hemizygously in 9% of cases. Biallelic loss was observed in 49% of ABC DLBCL and in 10% of GCB DLBCL. This deletion was strongly correlated to age and associated to a limited number of additional genetic abnormalities including trisomy 3, 18 and short gains/losses of Chr. 1, 2, 19 regions (FDR < 0.01), allowing to identify genes that may have synergistic effects with CDKN2A/2B inactivation. With a median follow-up of 42.9 months, only CDKN2A/2B biallelic deletion strongly correlates (FDR p.value < 0.01) to a poor outcome in the entire cohort (4y PFS = 44% [32-61] respectively vs. 74% [66-82] for patients in germline configuration; 4y OS = 53% [39-72] vs 83% [76-90]). In a Cox proportional hazard prediction of the PFS, CDKN2A/2B deletion remains predictive (HR = 1.9 [1.1-3.2], p = 0.02) when combined with IPI (HR = 2.4 [1.4-4.1], p = 0.001) and GCB status (HR = 1.3 [0.8-2.3], p = 0.31). This difference remains predictive in the subgroup of patients treated by R-CHOP (4y PFS = 43% [29-63] vs. 66% [55-78], p=0.02), in patients treated by R-ACVBP (4y PFS = 49% [28-84] vs. 83% [74-92], p=0.003), and in GCB (4y PFS = 50% [27-93] vs. 81% [73-90], p=0.02), or ABC/unclassified (5y PFS = 42% [28-61] vs. 67% [55-82] p = 0.009) molecular subtypes (Figure 1). Conclusion: We report for the first time an integrated genetic analysis of a large cohort of DLBCL patients included in a prospective multicentric clinical trial program allowing identifying new potential driver genes with pathogenic impact. However CDKN2A/2B deletion constitutes the strongest and unique prognostic factor of chemoresistance to R-CHOP, regardless the COO signature, which is not overcome by a more intensified immunochemotherapy. Patients displaying this frequent genomic abnormality warrant new and dedicated therapeutic approaches.

Effect of antiviral therapy on circulating cytokeratin-18 fragments in patients with chronic hepatitis C.

Hepatocellular apoptosis plays a major role in the pathogenesis of chronic hepatitis C. It can be measured noninvasively by determining the circulating levels of cytokeratin-18 fragments. We hypothesized that the effect of antiviral therapy on this parameter will be different in patients with a sustained virological response, relapse (REL) and nonresponse (NR). We quantified cytokeratin-18 fragments in plasma of patients participating in the Swiss Hepatitis C cohort, who received antiviral therapy without stopping because of sides effects. A total of 315 patients were included, 183 with a sustained response, 64 with NR and 68 who relapsed. Mean levels ±SD of circulating cytokeratin-18 fragments before therapy were 174 ± 172 U/L for responsders, 188 ± 145 for nonresponders and 269 ± 158 U/L for patients who relapsed. The values were significantly higher in the REL group (ANOVA P < 0.006). A sustained response was associated with a significant improvement of the plasma levels (94 ± 92 U/L, paired test P < 0.000001), whereas there was no improvement in the nonresponder group (183 ± 158 U/L) and in the relapser group (158 ± 148 U/L). There was a weak correlation between alanine aminotransferase (ALT) and cytokeratin-18 fragment levels (r² = 0.35, P < 0.000001) before therapy but not after therapy and none with hepatitis C virus (HCV) viremia. Successful antiviral therapy results in a significant decrease in circulating levels of cytokeratin-18 fragments arguing for a reduction in hepatocellular apoptosis after clearance of the HCV. Baseline cytokeratin-18 fragment levels are higher in relapsers. Correlations with ALT are weak, suggesting that these two tests measure different but related processes.

Le cinéma-vérité, films et controverses

Peut-on se réclamer du « cinéma » tout en prétendant rendre compte d'une « vérité »? Quelles sont les limites éthiques du dévoilement d'un individu face à une caméra ? Un cinéaste peut-il être pleinement « auteur » d'une oeuvre construite à partir de fragments de réel? Voilà quelques-unes des questions posées au début des années soixante par la sortie des films qui se revendiquent ou sont associés au « cinéma-vérité ». Proposée en 1960 par Edgar Morin, cette notion controversée sert durant quelques années de bannière à un mouvement cinématographique supposé renouveler les rapports entre film et réalité par une approche plus directe, un dispositif d'interactions avec les protagonistes, ou une démarche autoréflexive qui interroge en son sein le projet du film. Chronique d'un été de Jean Rouch et Edgar Morin, Les Inconnus de la terre et Regard sur la folie de Mario Ruspoli, les travaux de Richard Leacock pour la Drew Associates, Le Chemin de la mauvaise route de Jean Herman, Hitler, connais pas de Bertrand Blier, La Punition de Jean Rouch ou encore Le Joli Mai de Pierre Lhomme et Chris Marker : tous ces « films-vérité » renouvellent les débats et construisent de nouveaux clivages dans la cinéphilie française. Sans chercher à se positionner sur le contenu des polémiques, le présent ouvrage retrace pour la première fois l'histoire du mouvement « cinéma-vérité » en s'intéressant aux films (contexte de production, tournages, innovations techniques) et aux discours (articles, débats, tables rondes) qui les ont précédés, accompagnés et traversés. Grâce à de nombreuses sources inédites, Cinéma-vérité, films et controverses met au jour un phénomène d'une importance méconnue dans l'histoire du cinéma en France.